BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478006
Length=2540
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G06860.1 | Symbols: MFP2, ATMFP2 | multifunctional protein 2... 4084 0.0
> AT3G06860.1 | Symbols: MFP2, ATMFP2 | multifunctional protein
2 | chr3:2161869-2166349 FORWARD LENGTH=2575
Length=2575
Score = 4084 bits (2211), Expect = 0.0
Identities = 2450/2562 (96%), Gaps = 29/2562 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTTCATCAATTCCG-AAATTTTGACTCGC--AATCTCAACGAAGCTCGAAAAATGGAT 57
|||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5 TTTTTCATTAATTCCGAAAATTTTGACTCGCAAAATCTCAACGAAGCTCG-AAAATGGAT 63
Query 58 TCACGAACTAAGGGGAAGACGGTGATGGAAGTTGGTGGCGATGGCGTTGCGGTCATAACA 117
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 64 TCACGAACCAAGGGGAAGACGGTGATGGAAGTTGGTGGCGATGGCGTTGCCGTCATAACA 123
Query 118 CTCATCAACCCTCCCGTCAATTCTCTATCTTTCGACGTGCTATACAATCTCAAAAGTAAT 177
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 124 CTCATCAATCCTCCCGTCAATTCTCTATCCTTCGACGTGCTATACAATCTCAAAAGTAAT 183
Query 178 TACGAGGAGGCCTTGAGCAGGAATGATGTTAAAGCTATTGTTATTAC-GG-G----GGGA 231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||
Sbjct 184 TACGAGGAGGCCTTGAGCAGGAATGATGTTAAAGCTATTGTTATTACTGGTGCAAAGGGG 243
Query 232 AGGTTCTCTGGTGGCTTTGATATATCTGGTTTTGGTGAAATGCAGAAGGGGACTATGAAA 291
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||
Sbjct 244 AGGTTCTCTGGTGGCTTTGATATATCTGGTTTTGGTGAAATGCAGAAGGGGAATGTCAAA 303
Query 292 GAGCCAAAGGCTGGATACATTTCGATTGACATCATAACCGACTTGCTTGAAGCTGCAAGG 351
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 304 GAGCCAAAGGCTGGTTACATTTCGATTGACATCATAACCGACTTGCTTGAAGCTGCTAGG 363
Query 352 AAACCGTCTGTCGCTGCCATTGATGGGCTTGCCTTGGGAGGAGGATTAGAACTTGCCATG 411
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 364 AAACCGTCTGTCGCTGCCATTGATGGACTTGCCTTGGGAGGAGGATTAGAACTTGCTATG 423
Query 412 GCTTGTCATGCTAGGATATCAGCTCCTGCTGCACAGTTAGGCTTGCCTGAGCTGCAACTT 471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 424 GCTTGTCATGCTAGGATATCAGCTCCTGCTGCACAGTTAGGCTTGCCTGAGCTGCAACTT 483
Query 472 GGTGTTATTCCTGGTTTTGGAGGAACGCAGCGTCTTCCGCGTCTTGTTGGTCTCACCAAA 531
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 484 GGTGTTATTCCTGGTTTTGGAGGAACGCAGCGTCTCCCGCGTCTTGTTGGTCTCACCAAA 543
Query 532 GCCCTTGAAATGATTTTGATATCTAAGCCAGTTAAAGCTGAAGAAGGTCATTCTTTGGGT 591
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 544 GCCCTTGAAATGATTTTGACATCTAAGCCAGTTAAAGCTGAGGAAGGTCATTCTTTGGGT 603
Query 592 CTTATTGATGCTGTGGTGCCACCTGCGGAGTTACTAACCACTGCTCGTCGCTGGGCCCTT 651
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 604 CTTATTGATGCTGTGGTGCCACCTGCGGAGTTAGTAACCACTGCTCGTCGCTGGGCCCTT 663
Query 652 GACATAGTTGAGAGGAGAAAACCATGGGTTTCTAGTGTTTCCAAGACTGATAAGTTACCT 711
|||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 664 GACATAGTCGGGAGGAGAAAACCATGGGTATCTAGTGTTTCCAAGACTGATAAGTTACCT 723
Query 712 TCTCTTGGAGAGGCAAGGGAAATACTGAAGTTTGCCAGGGGACAGACACAGAAGCGAGCC 771
||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||
Sbjct 724 CCTCTTGGAGAGGCAAGGGAGATACTGACGTTTGCCAAGGCACAGACACTCAAGCGTGCC 783
Query 772 CCCAATATGAAACACCCTTTGATGTGCCTTGACGCTATCGAAGTAGGTATTGTTTCTGGT 831
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 784 CCCAATATGAAACACCCTTTAATGTGCCTTGACGCTATTGAAGTAGGTATTGTTTCTGGT 843
Query 832 CCAAGGGCTGGTTTAGAAAAGGAGGCTGAAGTCGCCTCACAAGTGGTTAACCTGGATACC 891
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 844 CCAAGGGCTGGTTTAGAAAAGGAAGCTGAAGTCGCCTCACAAGTGGTAAAACTGGATACC 903
Query 892 ACCAAAAGCTTGATCCATGTCTTCTTTTCTCAGCGAGGAACTACTAAGGTTCCTGGAGTT 951
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 904 ACCAAAGGCTTGATCCACGTCTTCTTTTCTCAGCGAGGAACTGCTAAGGTTCCTGGAGTT 963
Query 952 ACTGATCGTGGATTGGCGCCAAGAAAGATTAAGAAGGTAGCCATAATTGGCGGCGGGTTA 1011
||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 964 ACTGATCGTGGGTTGGTGCCAAGGAAGATTAAGAAGGTAGCCATAATTGGAGGCGGGTTG 1023
Query 1012 ATGGGATCTGGAATAGCCACTGCACTGATCCTAAGTAACTATCCAGTGGTTCTCAAGGAG 1071
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1024 ATGGGATCTGGAATAGCTACTGCGTTGATCCTAAGTAACTATCCAGTGATTCTCAAGGAG 1083
Query 1072 GTAAATGAGAAATTCCTGGAGGCTGGAATTGGCAGAGTCAAAGCTAATCTCCAGAGCCGT 1131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 GTAAATGAGAAATTCCTGGAGGCTGGAATTGGCAGAGTTAAAGCTAATCTCCAGAGCCGT 1143
Query 1132 GTAAGGAAAGGAAGCATGTCTCAGGAAAAGTTTGAGAAAACCATGTCTCTCCTTAAGGGC 1191
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144 GTAAGGAAGGGAAGCATGTCTCAGGAAAAGTTTGAGAAAACCATGTCTCTCCTTAAGGGT 1203
Query 1192 TCTCTTGATTATGAAAGCTTTAGGGATGTGGACATGGTCATTGAGGCTGTTATTGAGAAT 1251
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 TCTCTTGATTATGAAAGCTTTAGAGATGTGGACATGGTCATTGAGGCTGTTATTGAGAAT 1263
Query 1252 ATATCTTTGAAGCAACAAATTTTTGCTGATCTGGAGAAATACTGTCCTCAGCATTGTATC 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264 ATATCTTTGAAGCAACAAATTTTTGCTGATCTGGAGAAATACTGTCCTCAGCATTGTATC 1323
Query 1312 CTTGCTAGCAACACATCGACCATTGACTTGAACAAAATTGGGGAGCGGACCAAGTCTCAG 1371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1324 CTTGCTAGCAACACATCGACCATTGACTTGAACAAAATTGGGGAGCGGACCAAGTCTCAG 1383
Query 1372 GATCGAATTGTTGGAGCACATTTTTTCAGCCCAGCACATATCATGCCGCTACTTGAAATA 1431
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1384 GATCGAATTGTTGGAGCACATTTTTTCAGTCCAGCACATATCATGCCGCTACTTGAAATA 1443
Query 1432 GTTCGGACCAATCATACCTCTGCCCAAGTAATTGTCGACCTGTTAGATGTTGGGAAGAAG 1491
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 GTTCGGACCAATCATACCTCTGCCCAAGTAATTGTTGACCTGTTAGATGTTGGGAAGAAG 1503
Query 1492 ATTAAGAAAACACCAGTCGTGGTGGGAAACTGCACAGGGTTTGCAGTGAATAGGATGTTC 1551
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1504 ATTAAGAAAACACCAGTTGTGGTGGGAAACTGCACAGGGTTTGCAGTGAATAGGATGTTC 1563
Query 1552 TTCCCTTACACACAGGCAGCTATGTTCCTTGTTGAGTGTGGAGCAGATCCATATCTAATC 1611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1564 TTCCCTTACACACAGGCAGCTATGTTCCTTGTTGAGTGTGGAGCAGATCCATATCTAATC 1623
Query 1612 GACAGGGCAATCAGCAAGTTTGGAATGCCAATGGGTCCCTTCAGATTGTGTGACCTGGTT 1671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1624 GACAGGGCAATCAGCAAGTTTGGAATGCCAATGGGTCCCTTCAGACTGTGTGACCTGGTT 1683
Query 1672 GGATTTGGTGTGGCGATTGCAACCGCAACGCAATTCATCGAGAACTTCTCAGAACGGACA 1731
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684 GGATTTGGTGTGGCGATTGCAACCGCAACGCAGTTTATCGAGAACTTCTCAGAACGGACT 1743
Query 1732 TACAAATCAATGATTATCCCACTTATGCAAGAGGACAAGAGAGCTGGCGAAGCCACTCGC 1791
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1744 TACAAATCAATGATTATTCCACTTATGCAAGAGGACAAGAGAGCTGGTGAAGCCACTCGC 1803
Query 1792 AAAGGTTTCTATTTGTATGATGATAAGCGCAAGGCTAAACCTGATCCTGAGCTAAAGAAA 1851
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1804 AAAGGTTTCTATTTGTATGATGATAAGCGCAAGGCGAAACCTGATCCTGAGCTAAAGAAA 1863
Query 1852 TATATCGAAAAGGCAAGAAGCATATCTGGAGTAAAGCTTGACCCTAAGTTGGCGAATTTG 1911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864 TATATCGAAAAGGCAAGAAGCATATCTGGAGTAAAGCTTGACCCTAAGTTGGCGAATTTG 1923
Query 1912 TCGGAGAAGGAAATTATTGAAATGACATTTTTCCCAGTAGTAAACGAGGCGTGTAGGGTT 1971
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924 TCGGAGAAGGACATTATTGAAATGACATTCTTCCCAGTAGTAAACGAGGCGTGTAGGGTT 1983
Query 1972 TTTGCTGAAGGTATTGCTGTCAAAGCAGCAGACCTTGACATTGCTGGCATAATGGGAATG 2031
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1984 TTTGCTGAAGGTATCGCTGTCAAAGCAGCAGACCTTGACATTGCTGGCATAATGGGAATG 2043
Query 2032 GGTTTTCCACCTTATAGAGGAGGAATCATGTTCTGGGCTGATTCCATCGGATCGAAATAC 2091
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2044 GGTTTTCCACCTTACAGAGGAGGAATCATGTTCTGGGCTGATTCCATCGGATCGAAATAC 2103
Query 2092 ATATACTCGAGGCTGGATGAGTGGTCAAAGATTTATGGTGAATTCTTCAAGCCTTGTGCT 2151
|| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2104 ATTTACTCGAGGCTGGATGAGTGGTCGAAGGCTTATGGTGAATTCTTCAAGCCTTGTGCT 2163
Query 2152 TTTTTGGCTGAAAGGGGATCTAAAGGAGTTCCACTGAGCGCTCCAGTGAAACAAGCCAGT 2211
||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2164 TTTTTGGCTGAGAGGGGATCTAAAGGAGTTCTTTTGAGCGCTCCCGTGAAACAAGCCAGC 2223
Query 2212 TCACGGTTGTAAGGTCAGCGTTTCTGCGGAACCATTTCTCCATTGGTGCATCTTCTGTGT 2271
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2224 TCACGGTTGTAAGGTCAGCGTTTCAGTGGAACCATTTCTCCATTGGTGCATCTTCTGTGT 2283
Query 2272 TTTCTTTATGTCCACATTTTACTT-G--GG-A--T------CTTTTGGCCTTCAGAAGCT 2319
||||||||||| |||||||||||| | || | | |||||||||| ||||||||
Sbjct 2284 TTTCTTTATGTTCACATTTTACTTAGCCGGGAAGTGGGTATCTTTTGGCCT-CAGAAGCT 2342
Query 2320 TTTAAATAAAGTCTCATCTCAGACATATGGATCTGGGAGAAAGTAGGGATTAAGTTGTAG 2379
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 TTTAAATAAAGTCTCATCTCAGACATATGAATCTGGGAGGAAGTAGGGATTAAGTTGTAG 2402
Query 2380 TAGCAATAAGATTTCTTTTATGTTATGCTTTGTCATACAACAAAGTTGTCAGATACATTT 2439
|||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 TAGCAATAAGATTTGTTTTATGTTGTGCTTTGTCATACAACAAAGTTGTCAGATACATTT 2462
Query 2440 GTTGTTATAAAGCTATTATATGGAGTTAAGTTCTATGATTTATTGATAATGTTGTCATAT 2499
|||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2463 GTTGTTATAAAGCTAT-AT--GGAGT-AAGTTCTATGATTTAATGATAATGTTGTCATTT 2518
Query 2500 GACAA-TCAGTTAAAATTAAATAGTGAATCAATATGGAATTA 2540
||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2519 GACAAATCAGTTAAAAT-AAATTGTGAATCAATATGGAATTA 2559
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126069527759
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5