BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478011
Length=2616
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G06920.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4433 0.0
> AT3G06920.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:2181717-2184449 FORWARD LENGTH=2616
Length=2616
Score = 4433 bits (2400), Expect = 0.0
Identities = 2545/2617 (97%), Gaps = 2/2617 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTGGGATTCGCAAGAACAAAATTTTGTAAGCACTTATCATCTTTGTCTGATAATGGC 60
|||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTGGGATTCGCTAGAACAAAATTTTGTAAGAACTTATCATCTTTATCTGATAATGGC 60
Query 61 GAAAATCATGAGAAACCATATACATTTGAGGGTAATAGGCAAATTGTTAATGATATTTGC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 61 GAAAATCATGAGAAACCATATACATTTGAGGGTAATAGGCAAACTGTTAATGATATTTGC 120
Query 121 AATGTTTTGGAGACTGGTGCTTGGGGTCCTTCAGCTGAGAATGCTCTATCTGCTCTAAAC 180
|||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 AATGTTTTGGAGACTGGTCCATGGGGACCTTCAGCTGAGAATACTCTATCTGCTCTAAGT 180
Query 181 TTTAAACCACAACCAGAATTTGTCATTGGGGTTTTACGGAGGCTGAAAGATGTTAATCGG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTTAAACCACAACCAGAATTTGTCATTGGGGTTTTACGGAGGCTGAAAGATGTTAATCGG 240
Query 241 GCGATTGAGTATTTCCGTTGGTATGAGAGAAGAACCGAGCTGCCTCATTGTCCCGAATCA 300
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 241 GCTATTGAGTATTTCCGTTGGTATGAGAGAAGAACCGAGCTGCCTCATTGTCCTGAATCA 300
Query 301 TACAACTCCTTGCTTTTAGTGATGGCTCGTTGTAGGAATTTTGATGCTTTGGACCAGATT 360
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TACAACTCCTTGCTTTTGGTGATGGCTCGTTGTAGAAATTTTGATGCTTTGGACCAGATT 360
Query 361 CTTGGAGAAATGAGTGTTGCAGGATTTGGCCCTTCTGTTAACACTTGTATTGAGATGGTT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTTGGAGAAATGAGTGTTGCAGGATTTGGCCCTTCTGTTAACACTTGTATTGAGATGGTT 420
Query 421 TTGAGCTGCGTTAAGGCTAATAAGCTTAGGGAAGGTTTTGATGTTGTGCAGAAT-ATGAG 479
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||
Sbjct 421 TTGGGCTGCGTTAAGGCTAATAAGCTTAGGGAAGGTTATGATGTTGTGCAG-ATGATGAG 479
Query 480 GAAGTTCAAGTTCCGACCTGCTTTTTCAGCTTACACAACTCTTATCGGTGCTTTCTCAGC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 480 GAAGTTCAAGTTCCGACCTGCTTTTTCAGCTTACACAACTCTTATCGGTGCTTTCTCGGC 539
Query 540 AGTTAATCATTCTGATATGATGTTGACACTCTTTCAGCAAATGCAGGAGTTAGGATATGA 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AGTTAATCATTCTGATATGATGTTGACACTCTTTCAGCAAATGCAGGAGTTAGGATATGA 599
Query 600 GCCAACCGTTCATCTTTTTACAACATTGATTCGGGGCTTTGCCAAAGAGGGTCGAGTTGA 659
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ACCGACCGTTCATCTGTTTACAACATTGATTCGGGGATTTGCCAAAGAGGGTCGAGTTGA 659
Query 660 TTCTGCTCTATCTTTGCTTGATGAGATGAAGAGCAGCTCTCTTGATGCCGACATTGTTCT 719
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TTCTGCTCTATCTTTACTTGATGAGATGAAGAGCAGCTCTCTTGATGCCGACATTGTTCT 719
Query 720 TTACAATGTATGTATAGATAGCTTTGGTAAAGTGGGCAAGGTTGATATGGCATGGAAATT 779
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TTATAATGTATGTATTGATAGCTTTGGTAAAGTGGGCAAGGTTGATATGGCATGGAAATT 779
Query 780 TTTTCATGAGATTGAAGCGAATGGTTTAAAGCCTGATGAAGTCACTTATACCAGCATGAT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTTTCATGAGATTGAAGCGAATGGTTTAAAGCCTGATGAAGTCACTTATACCAGCATGAT 839
Query 840 AGGAGTTCTGTGCAAGGCAAATAGATTGGATGAAGCTGTAGAGATGTTTGAGCATTTAGA 899
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 840 AGGAGTTCTGTGCAAGGCAAACAGATTGGATGAAGCTGTAGAGATGTTTGAGCATCTAGA 899
Query 900 GAAGAATAGACGGGTCCCTTGCACTTATGCTTACAACACGATGATTATGGGTTATGGTTC 959
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GAAGAATAGACGGGTTCCTTGCACTTATGCTTACAACACGATGATTATGGGTTATGGTTC 959
Query 960 GGCTGGAAAATTTGATGAAGCATACAGTCTCCTAGAGAGACAAAGGGCAAAAGGGTCTAT 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 960 GGCTGGAAAATTTGATGAAGCATACAGTCTCCTAGAGAGACAGAGGGCTAAAGGGTCTAT 1019
Query 1020 ACCGAGTGTGATTGCATATAATTGCATTCTTACATGCTTAAGGAAAATGGGAAAAGTGGA 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ACCGAGTGTGATTGCATATAATTGCATTCTTACATGCTTAAGGAAAATGGGAAAAGTGGA 1079
Query 1080 TGAAGCTTTGAAAGTATTCGAGGAGATGAAAAAAGACGCTGCTCCAAATCTTTCAACCTA 1139
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CGAAGCTTTGAAAGTTTTCGAGGAGATGAAAAAAGACGCTGCTCCAAATCTTTCAACCTA 1139
Query 1140 TAATATTCTCATTGACATGCTGTGTAGAGCTGGTAAACTTGACTGTGCTTTTGAGCTACG 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1140 TAATATTCTCATTGACATGCTGTGTAGAGCTGGTAAACTTGACACTGCTTTTGAGCTACG 1199
Query 1200 CGATTCTATGCAGAAGGCTGGTCTGTTTCCTAATGTTAGGACTGTGAACATAATGGTTGA 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CGATTCTATGCAGAAGGCTGGTCTGTTTCCTAATGTGAGGACTGTGAACATAATGGTTGA 1259
Query 1260 TCGTCTCTGTAAATCCCAAAAACTTGATGAAGCATGTGCTATATTTGAGCAGATGGATTA 1319
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||
Sbjct 1260 TCGGCTCTGTAAATCCCAAAAACTTGATGAAGCATGTGCTATGTTCGAGGAGATGGATTA 1319
Query 1320 TAAGGTTTGTACCCCAGATGAGATTACATTTTGCTCCCTCATAGATGGCTTAGGAAAGGT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TAAGGTTTGTACCCCAGATGAGATTACATTTTGCTCCCTCATAGATGGCTTAGGAAAGGT 1379
Query 1380 CGGAAGAGTTGATGACGCTTACAAAATCTATGAGAAGATGTTAGATTCTGATTGTCGTAC 1439
||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1380 CGGAAGAGTTGATGACGCTTACAAAGTCTATGAAAAGATGTTGGATTCTGATTGTCGTAC 1439
Query 1440 TAACTCTATTGTTTACACATCCCTCATAAAAAACTTCTTCAACCACGGTAGAAAAGAAGA 1499
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TAACTCTATCGTTTACACATCCCTCATAAAAAACTTCTTCAACCACGGTAGAAAAGAAGA 1499
Query 1500 TGGACACAAGATATACAAGGACATGGTTAATCAAAACTGTTCTCCTGATTTACAGCTTCT 1559
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TGGACACAAGATATACAAGGACATGATTAATCAAAACTGTTCTCCTGATTTACAGCTTCT 1559
Query 1560 TAATACGTACATGGATTGCATGTTCAAGGCTGGAGAACCAGAAAAGGGAAGGGCGATGTT 1619
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1560 TAATACGTACATGGATTGCATGTTCAAGGCTGGAGAACCAGAAAAGGGAAGGGCCATGTT 1619
Query 1620 TGAAGAAATAAAATCCCGTCGGTTTGTCCCAGATGCTCGAAGCTACTCGATTTTAATTCA 1679
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TGAAGAAATAAAAGCCCGTCGGTTTGTCCCAGATGCTCGAAGCTACTCGATTTTAATTCA 1679
Query 1680 TGGACTAATAAAAGCAGGATTTGCAAATGAAACTTATGAGTTGTTTTATTCCATGAAAGA 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TGGACTAATAAAAGCAGGATTTGCAAATGAAACTTATGAGTTGTTTTATTCCATGAAAGA 1739
Query 1740 GCAAGGCTGTGTCTTGGACACCCGTGCTTACAATATTGTCATTGACGGTTTCTGCAAGTG 1799
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GCAAGGGTGTGTCTTGGACACACGTGCTTACAATATTGTCATTGACGGTTTCTGCAAGTG 1799
Query 1800 CGGAAAAGTGAACAAAGCTTATCAGCTGCTGGAGGAAATGAAGACAAAAGGTTTTGAGCC 1859
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TGGAAAAGTTAACAAAGCTTATCAGCTGCTGGAGGAAATGAAGACAAAAGGTTTTGAGCC 1859
Query 1860 AACTGTCGTTACGTATGGTTCAGTCATTGACGGGCTAGCAAAAATAGATCGGCTTGATGA 1919
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AACTGTTGTTACGTATGGTTCAGTCATCGACGGGCTTGCAAAAATAGATCGGCTTGATGA 1919
Query 1920 AGCTTATATGCTCTTTGAGGAAGCAAAATCAAAGAGAATAGAGCTAAATGTGGTAATTTA 1979
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1920 AGCTTATATGCTCTTTGAGGAAGCAAAATCGAAGAGAATAGAGCTAAACGTGGTGATTTA 1979
Query 1980 CAGTAGTCTAATTGATGGGTTTGGAAAAGTTGGTAGGATAGATGAAGCTTACCTTATCTT 2039
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 CAGTAGTCTTATTGATGGGTTTGGAAAAGTTGGTAGGATAGATGAAGCTTACCTTATCTT 2039
Query 2040 GGAAGAGCTTATGCAGAAAGGATTAACACCTAATGTTTATACATGGAACTCATTGCTTGA 2099
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 GGAAGAGCTTATGCAGAAAGGATTAACACCTAATCTTTACACATGGAACTCATTGCTTGA 2099
Query 2100 TGCATTGGTCAAAGCTGAGGAAATCAACGAAGCGCTTGTCTGTTTTCAGTCGATGAAAGA 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TGCATTGGTCAAAGCTGAGGAAATCAACGAAGCGCTTGTCTGTTTTCAGTCGATGAAAGA 2159
Query 2160 ATTGAAATGCACGCCAAACCAAGTTACTTATGGTATCCTAATAAATGGTCTTTGTAAGGT 2219
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 ACTGAAATGCACGCCAAACCAAGTTACTTATGGTATCCTAATAAATGGTCTTTGTAAGGT 2219
Query 2220 CAGGAAGTTCAATAAAGCCTTTGTCTTTTGGCAAGAGATGCAGAAACAGGGGATGAAACC 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 CAGGAAGTTCAATAAAGCCTTTGTCTTTTGGCAGGAGATGCAGAAACAGGGGATGAAACC 2279
Query 2280 TAGCACTATTTCTTACACCACCATGATATCGGGGCTTGCAAAGGCTGGGAATATTGCAGA 2339
|| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 CAGTACTATTTCTTACACCACCATGATATCAGGACTTGCAAAGGCTGGGAATATTGCAGA 2339
Query 2340 GGCTGGGGCGCTATTTGATCGGTTTAAGGCAAACGGTGGTGTTCCAGACTCTGCTTGTTA 2399
|||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 GGCTGGGGCGCTCTTCGATCGGTTCAAGGCAAACGGTGGTGTTCCAGACTCTGCTTGTTA 2399
Query 2400 TAATGCCATGATCGAAGGTCTAAGTAACGGAAACAGGGCAATGGATGCTTTTTCTCTTTT 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TAATGCCATGATCGAAGGTCTAAGTAACGGAAACAGGGCAATGGATGCTTTTTCTCTTTT 2459
Query 2460 TGAGGAAACACGTCGAAGAGGATTACATATCCATAACAAAACCTGTGTTGTTCTTTTGGA 2519
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 TGAGGAAACACGTCGAAGAGGATTACCTATCCATAACAAAACCTGTGTTGTTCTTTTGGA 2519
Query 2520 TACTTTGCATAAGAATGATTGTCTTGAGCAAGCAGCTATTGTTGGAGCTGTTTTGAGGGA 2579
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2520 TACTTTGCATAAGAATGATTGTCTTGAGCAAGCAGCTATTGTGGGAGCTGTTTTGAGGGA 2579
Query 2580 AACGGGAAAGGCACGGCATGCTGCACGATCTTGGTAG 2616
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2580 AACGGGAAAGGCACGGCATGCTGCCCGATCTTGGTAG 2616
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129882215427
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5