BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478023
Length=2817
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G07040.1 | Symbols: RPM1, RPS3 | NB-ARC domain-containing di... 4170 0.0
> AT3G07040.1 | Symbols: RPM1, RPS3 | NB-ARC domain-containing
disease resistance protein | chr3:2225952-2229024 REVERSE LENGTH=3073
Length=3073
Score = 4170 bits (2258), Expect = 0.0
Identities = 2493/2609 (96%), Gaps = 6/2609 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 184 CAAATCGAAGACATTCTCGACGAGTTTGGCTATCACATCCACGGTTATCGTAGTTGCGCC 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 229 CAAATCGAAGACATTCTCGACGAGTTTGGCTATCACATCCACGGTTATCGTAGCTGCGCC 288
Query 244 AAACTTTGGCGTGCGTTTCATTTCCCGAGGTATATGTGGGCGAGGCACTCAATAGCTCAG 303
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 289 AAAATTTGGCGTGCGTTTCATTTCCCGAGGTATATGTGGGCGAGGCACTCGATAGCTCAA 348
Query 304 AAGCTAGGAGTGGTGAATGTCATGATTCAATCCATTTCTGATTCCATGAAAAGGTACTAT 363
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 349 AAGCTAGGAATGGTTAATGTCATGATTCAATCCATTTCTGATTCCATGAAAAGGTACTAT 408
Query 364 CATTCAGAAAACTATCAAGCAGCAATATTATCGCCTATTGATGATGGCGATGCAAAGTGG 423
|||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 409 CATTCAGAAAACTACCAAGCAGCATTATTACCGCCTATTGATGATGGCGATGCAAAGTGG 468
Query 424 GTGAACAACATCAGTGAGTCTTCTCTTTTCTTTAGTGAAAATAGTCTTGTAGGGATTGAT 483
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 469 GTGAACAACATCAGTGAGTCATCTCTTTTCTTTAGTGAAAATAGTCTTGTAGGGATTGAT 528
Query 484 GCACCCAAGGGAAAGCTCATCGGACGGCTTCTAAGTCCGGAACCTCAGCGGATTGTTGTC 543
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 529 GCACCCAAGGGAAAGCTCATCGGACGGCTTCTAAGTCCCGAACCTCAGCGGATTGTTGTC 588
Query 544 GCGGTTGTTGGGATGGGCGGTTCAGGGAAGACTACACTCTCGGCGAATATCTTCAAGTCC 603
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 589 GCGGTGGTTGGGATGGGCGGTTCAGGGAAAACTACACTCTCAGCGAATATCTTCAAGTCT 648
Query 604 CAGAGCGTGCGGAGGCATTTTGAGTGTTACGCTTGGGTTACAATCTCGAAATCTTATGAG 663
|| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 649 CAAAGTGTGCGGAGGCATTTTGAGTCTTACGCTTGGGTTACAATCTCGAAATCTTATGTG 708
Query 664 ATTGAAGATGTATTTAGGACCATGATCAAGGAGTTCTATAAAGAAGCAGAAACACAGATT 723
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 709 ATTGAAGATGTGTTTAGGACCATGATCAAGGAGTTTTACAAAGAAGCAGATACACAGATT 768
Query 724 CCAGCTGAATTATACTCCTTAGGCTACAGAGAGTTGGTGGAAAAACTTGTGGAGTATTTG 783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 769 CCAGCTGAATTATACTCCTTAGGCTACAGAGAGTTGGTGGAAAAACTTGTGGAGTATTTG 828
Query 784 CAGTCAAAGAGGTACATTGTTGTGCTTGATGATGTATGGACCACTGGTCTATGGAGGGAG 843
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 829 CAGTCGAAGAGGTACATTGTTGTGCTTGATGATGTATGGACCACTGGTCTATGGAGGGAG 888
Query 844 ATAAGTATTGCTCTACCAGATGGTATTTACGGAAGTCGTGTTATGATGACCACTCGGGAC 903
|||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 889 ATAAGTATTGCTTTACCAGATGGTATTTATGGAAGTCGTGTTATGATGACTACTCGGGAC 948
Query 904 ATGAACGTGGCTTCTTTCCCATATGGAATCGGGAGCGGAAAGCATGAGATTGAGCTCTTA 963
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 949 ATGAACGTGGCTTCTTTCCCATATGGAATTGGGAGCACAAAGCACGAGATTGAGCTCTTA 1008
Query 964 AAAGAAGACGAAGCTTGGGTGCTTTTCTCCAACAAAGCTTTTCCGGGAAGTCTTGAGCAA 1023
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1009 AAAGAAGACGAAGCTTGGGTGCTTTTCTCCAACAAAGCTTTTCCGGCAAGTCTTGAGCAA 1068
Query 1024 TGCAGAACGCAGAATTTGGAGCCGATAGCACGGAAATTACTCGAGAGATGTCAGGGTTTG 1083
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 TGCAGAACGCAGAATTTGGAGCCGATAGCACGAAAATTAGTCGAGAGATGTCAGGGTTTG 1128
Query 1084 CCATTAGCTATTGCTTCTTTGGGGAGCATGATGTCAACCAAGAAGTTTGAATCAGAATGG 1143
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 CCATTAGCTATTGCTTCTTTGGGAAGCATGATGTCAACCAAGAAGTTTGAATCAGAATGG 1188
Query 1144 AAGAAAGTCTACAGTACTTTGAATTGGGAATTGAACAACAATCTTGAACTCAAGATTGTT 1203
|||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1189 AAGAAAGTCTACAGTACTTTAAACTGGGAACTGAACAACAATCATGAACTCAAGATTGTT 1248
Query 1204 CGAAGCATTTTGTTGCTTAGCTTCAACGATTTACCATACCCGCTTAAACGTTGTTTCTTA 1263
||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 CGAAGCATTATGTTCCTTAGCTTCAATGATTTGCCATACCCGCTTAAACGTTGTTTCTTA 1308
Query 1264 TATTGTTCTCTTTTCCCTGTGAACTATCGGATGAAAAGAAAGAGTCTCGTTAGGATGTGG 1323
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 1309 TATTGTTCTCTTTTCCCTGTGAACTATCGGATGAAAAGAAAGAGGCTCATTAGGATGTGG 1368
Query 1324 ATGGCACAAAGGTTTGTGGAACCGATCAGAGGAGTGAAAGCAGAAGAAGTGGCTGATAGT 1383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 ATGGCACAAAGGTTTGTGGAACCGATCAGAGGAGTGAAAGCAGAAGAAGTGGCTGATAGT 1428
Query 1384 TACCTCAATGAACTTGTTTACAGAAACATGCTTCAAGTTATCTTGTGGAATCCGTCTGGA 1443
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1429 TACCTCAATGAACTTGTTTACAGAAATATGCTTCAAGTTATCTTGTGGAATCCTTTTGGA 1488
Query 1444 CGACCCAAGGCGTTCAAGATGCATGACGTGATATGGGAGATTGCTCTATCTGTATCCAAA 1503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489 CGACCCAAGGCGTTCAAGATGCATGACGTGATATGGGAGATTGCTCTATCTGTATCCAAA 1548
Query 1504 CTTGAGAGGTTTTGTGATGTATATAATGATGACAGTGATGGTGATGATGCTGCAGAAACA 1563
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 CTTGAGAGGTTCTGTGATGTATATAATGATGACAGTGATGGTGATGATGCTGCAGAAACA 1608
Query 1564 ATAGAGAATTATGGTAGTCGCCATCTATGCATTCAGAAAGAGATGACACCAGATAGTATA 1623
|| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1609 ATGGAGAATTACGGTAGTCGCCATTTATGCATTCAGAAAGAGATGACACCTGATAGTATA 1668
Query 1624 CGTGCAACAAACCTTCACTCTCTGTTGGTTTGCTCTTCTGCTAAACACAAGATGGACTTA 1683
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1669 CGTGCAACAAACCTTCACTCTCTTTTGGTTTGCTCTTCTGCTAAACACAAGATGGAATTA 1728
Query 1684 CTTCCAAGTCTGAAACTTCTGAGAGCCTTAGACCTTGAAGACTCTGCCATCAGCAAGTTA 1743
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1729 CTTCCAAGTCTGAACCTTCTGAGAGCCTTAGACCTTGAAGACTCTTCCATCAGCAAGTTA 1788
Query 1744 CCAGATTGTTTAGTAACTATGTTCAACCTAAAGTACTTGAATTTGTCGAAGACACAGGTA 1803
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1789 CCAGATTGTTTAGTAACTATGTTCAACTTAAAGTACTTGAATTTGTCCAAGACACAGGTG 1848
Query 1804 AAAGAACTGCCAAAAGACTTCCATAAACTCATCAATTTGGAGACATTGAATACAAAGCAC 1863
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1849 AAAGAACTGCCAAAAAACTTCCATAAACTCGTCAATTTGGAGACGTTGAACACAAAGCAC 1908
Query 1864 TCCAAGATTGAGGAACTTCCTCCCGGGATGTGGAAGTTGCAGAAGTTGCGTTATCTCATT 1923
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1909 TCCAAGATTGAGGAACTTCCTCTAGGGATGTGGAAATTGAAGAAGTTGCGATATCTCATT 1968
Query 1924 ACTTTTCGGCGCAATGATGGACATGATTCCAATTGGAACTATGTTTTAGGTACAAGGGTT 1983
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 ACTTTTCGCCGCAATGAAGGACATGATTCCAATTGGAATTATGTTTTAGGTACAAGGGTT 2028
Query 1984 GTTCCTAAAATCTGGCAGTTGAAGGATTTGCAAGTCATGGACTGCTTCAACGCAGAAGCT 2043
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2029 GTTCCTAAAATCTGGCAGTTGAAGGATTTGCAAGTCATGGACTGCTTCAACGCAGAAGAT 2088
Query 2044 GAGCTTATCAAAAACCTTGGGAATATGACTCAACTCACAAGAATAAGTCTTGTCATGGTT 2103
|||||||||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 GAGCTTATCAAAAATCTCGGGTGTATGACTCAGCTCACAAGAATAAGTCTTGTCATGGTT 2148
Query 2104 AGGAGAGAACATGGAAGAGACTTATGTGATTCACTGAATAAGATTAGAAGACTTCGGTTC 2163
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| |||| |||
Sbjct 2149 AGGAGAGAACATGGAAGAGACTTGTGCGATTCACTGAATAAGATTAAAAGAATTCGATTC 2208
Query 2164 TTATCTTTAACGTCGATTCATGAAGAGGAACCGTTAGAGATAGATGACCTGATAGCAACT 2223
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2209 TTATCTTTAACGTCGATTGATGAAGAGGAACCGTTAGAGATAGATGACCTGATCGCAACT 2268
Query 2224 GCAAGCATTGAGAAGCTCTTTCTTGCTGGGAAACTGGAGAGAGTACCAAGTTGGTTCAAC 2283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2269 GCAAGCATTGAGAAGCTCTTTCTTGCTGGGAAACTGGAGAGAGTACCAAGTTGGTTCAAC 2328
Query 2284 ACCCTTCAAAACCTTACCTATTTGGGTTTGCGTGGATCTCAGTTGCAAGAAAACGCCATT 2343
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 2329 ACTCTTCAAAACCTTACCTATTTGGGTTTGCGTGGATCTCAGCTACAGGAAAACGCCATT 2388
Query 2344 CTCTCTATCCAAACGCTTCCTAAATTGGTATGGCTTTCATTTTACAATGCATACATGGGG 2403
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2389 CTCTCTATCCAAACGCTTCCTAGATTGGTATGGCTTTCATTTTACAATGCATACATGGGA 2448
Query 2404 CCTAGGTTGTGTTTTGCACAGGGATTTCAAAATCTGAAGATTCTAGAGATAGTTCAGATG 2463
||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 CCTAGGTTGCGTTTTGCACAAGGATTTCAGAATCTGAAGATTCTAGAGATAGTTCAGATG 2508
Query 2464 AAACATCTGACAGAAGTTGTTATAGAAGATGGTGCAATGTTTGAGCTTCAGAAGCTTTAT 2523
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 AAACATCTGACAGAAGTTGTTATAGAAGACGGTGCAATGTTTGAGCTTCAGAAGCTTTAT 2568
Query 2524 ATCAGGGCTTGTAGAGGGTTAGAGT-CGGTACCGAA-AGGAATTGAGAATCTAATAAATC 2581
|||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2569 GTCAGGGCTTGTAGAGGGTTAGAGTACG-TACC-AAGAGGAATTGAGAATCTTATAAATC 2626
Query 2582 TTCAAGAACTGCATTTGATTCATGTTTCTAATCAGTTGGTGGAGGGGATTAGCGGAGATG 2641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||| ||||||| |
Sbjct 2627 TTCAAGAACTGCATTTGATTCATGTTTCTAATCAGTTAGTAGAACGCATTCGCGGAGAAG 2686
Query 2642 GAAGTGTAGACCGGTCAAGGGTTAAACACATTCCTGCGATTAAGCATTATTTCAGAACTG 2701
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2687 GGAGTGTGGACCGGTCAAGGGTTAAACACATTCCTGCGATTAAGCATTATTTCAGAACTG 2746
Query 2702 ATAATGGCTCTTTCTATGTGAGCCTCTCATCTTGAGT-GGCCAAGGCATGCTTCATCATA 2760
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||
Sbjct 2747 ATAATGGCTCTTTCTATGTGAGCCTCTCATCTT-AGGCGGCCAAGGCAAGCTTCATCATA 2805
Query 2761 CAAGATACTGCACATTGCACTGTGAAAAT 2789
|||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2806 CAAGATACTGCACACTGTACTGTGAAAAT 2834
Score = 311 bits (168), Expect = 3e-83
Identities = 180/186 (97%), Gaps = 0/186 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTCGGCTACTGTTGATTTTGGGATCGGACGGATTCTTAGTGTCCTGGAAAACGAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTTCGGCTACTGTTGATTTTGGGATCGGACGGATTCTTAGTGTCCTGGAAAACGAG 60
Query 61 ACCTTGTTACTGTCAGGAGTCCATGGTGAGATTGATAAAATGAAGAAGGAGTTGCTGATC 120
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACCTTGTTATTGTCAGGAGTCCATGGTGAGATTGATAAAATGAAGAAGGAGTTGCTGATC 120
Query 121 ATGAAGTCTTTTCTTGAGGACACCCATAAACATGGTGGAAATGGATCCATAGCAACAACA 180
|||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 121 ATGAAGTCCTTTCTTGAGGATACTCATAAACATGGTGGAAATGGATCCACAACAACAACA 180
Query 181 ACTCAA 186
||||||
Sbjct 181 ACTCAA 186
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139965770970
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5