BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478079
Length=1301
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G07560.1 | Symbols: APM2, PEX13 | peroxin 13 | chr3:2411321-... 2015 0.0
> AT3G07560.1 | Symbols: APM2, PEX13 | peroxin 13 | chr3:2411321-2413475
REVERSE LENGTH=1375
Length=1375
Score = 2015 bits (1091), Expect = 0.0
Identities = 1252/1324 (95%), Gaps = 33/1324 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAGAAGAAAGTAATCCGttttgttttttcctctcttttcgaggtccctcctcctttgtca 60
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1 AAGAAGAAAGTAATCTGTTTTGTTTTTTCCTCTCTTTTCGAGGTCCCTTCTCCTCTGTCT 60
Query 61 tc-t--t-----ctctc---tctctc--tctct-T-TCTCCGCGCTTGAGGTTGGCATCG 105
|| | | ||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 TCTTCATCCCACCTCTCTTGTCTCTCTATCTCTCTCTCTCCGCGCTTGAGGTTGGCGTCG 120
Query 106 GAGATTACC-A-AAGAGCTCTCTCCAATCGTCGTCTC-TTG-GATATGGCGTCTCAGCCT 161
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 121 GAGATTACCAACAAGAGCTCTCTCCAATCGTCGTCTCTTTGATATATGGCGTCTCAGCCT 180
Query 162 GCAGGTGGTTGTCCTCCTAAACCTTGGGAACAAGAAGGAAATACATCTGGTCCTACA-CC 220
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 181 GCAGGTGGCAGTCCTCCTAAACCTTGGGAAAAAGAAGGAAATACATCTGGTCCTA-ATCC 239
Query 221 TTTCAGGCCTCCTTCTAATACTAGCACGGCTGGTTCAGTTGAGGCTTCTGGCACAGCTAA 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TTTCAGGCCTCCTTCTAATACTAGCACGGCTGGTTCAGTTGAGGCTTCTGGCACAGCTAA 299
Query 281 TCCTGGTGAAGTAGTTCCTCCCCCCGTGAACCGGACTAATACAGCTGCTAATATGAATGC 340
||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 300 TCCTGGTGAAGTAGTTCCTCCGCCCGTGAACAGGCCTAATACAGCTGCTAATATGAATTC 359
Query 341 ACTGAGTAGGCCTGTACCGGCTAGACCTTGGGAGCAGCAGAATTATGGGAGCACTATGGG 400
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 ACTCAGTAGGCCTGTACCGGCTAGACCTTGGGAACAGCAGAATTATGGGAGCACTATGGG 419
Query 401 AGGAGGTTATGGTTCAAATCTAGGTATGACCTCTGGGTATGGGTCAGGTACATATGGTTC 460
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGGAGGTTATGGTTCAAATCTAGGTATGACCTCTGGGTATGGGTCAGGTACATATGGTTC 479
Query 461 AGCATTAGGTGGGTATGGTTCATCATATGGTGGTGGGATGTATGGTGGTAGTAGCATGTA 520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 AGCATTAGGTGGGTATGGTTCATCATATGGTGGTGGGATGTATGGAGGTAGTAGCATGTA 539
Query 521 TAGAGGAGGTTATGGTGGTGCTGGTGGTCTCTATGGAAGTTCAGGCatgtatggtggtgg 580
|||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TAGAGGAGGTTATGGT-G-G-TGGTGGGCTCTATGGAAGTTCAGGCATGTATGGTGGTGG 596
Query 581 cgcgatgggtggttatggtggcacgatgggtggttatggtatgggtatgggaacgggaat 640
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 TGCGATGGGTGGTTATGGTGGCACGATGGGTGGTTATGGTATGGGTATGGGAACGGGAAT 656
Query 641 gggaatggggatgggaatgggaat--g-ggtccttatggtggtCAAGATCCAAATGACCC 697
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 657 GGGAATGGGGATGGGAATGGGAATGGGTGGTCCTTATGGTAGTCAAGATCCAAATGACCC 716
Query 698 TTTTAATCAGCCTCCATCTCCACCAGGCTTCTGGATATCATTTCTCCGTGTGATGCAAGG 757
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 TTTTAATCAACCTCCATCTCCACCAGGCTTCTGGATATCATTTCTCCGTGTGATGCAAGG 776
Query 758 TGCTGTGAATTTCTTTGGCCGTGTAGCGATGCTTATAGATCAAAACACACAGGCCTTTCA 817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TGCTGTGAATTTCTTTGGCCGTGTAGCGATGCTTATAGATCAAAACACACAGGCCTTTCA 836
Query 818 CATGTTCATGTCTGCCCTTCTTCAGCTATTTGATCGTGGTGGTATGTTATATGGAGAATT 877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 CATGTTCATGTCTGCCCTTCTTCAGCTATTTGATCGTGGTGGTATGTTATATGGAGAATT 896
Query 878 AGCAAGATTTGTATTGCGTATGCTTGGGGTGAGAACAAGGCCTAGAAAGATGCAGCAGCC 937
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 AGCAAGATTTGTACTGCGTATGCTTGGGGTGAGAACAAGGCCTAGAAAGATGCAGCAGCC 956
Query 938 ACCACAAGGGCCTAATGGACTCCCTTTACCCCACCACCCACATGGAAACCAGAACTACAT 997
|||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 957 ACCACAAGGGCCTAATGGGCTACCTTTACCACACCAGCCACATGGAAACCAGAACTACCT 1016
Query 998 CGAGGGGCCTAAAACTGCTGCACCAGGTGGTGGCGGTGGTTGGGACAATGTATGGGGCAA 1057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 CGAGGGGCCTAAAACTGCTGCACCAGGTGGTGGCGGTGGTTGGGACAATGTATGGGGCAA 1076
Query 1058 CTAAAAGTTACTTCTTTCATTACCCAAATCCTTCAGCATTGCTTTAAATACAACAAGAAA 1117
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || || |
Sbjct 1077 CTAA--GTTACTTCTTTCATTACCCAAATCCTTCAACATTGCTTTAAA-ACACCATGACA 1133
Query 1118 ACCAGTTGGTTACCGATAGAAGACAAGCCGTGTAGCAGCCTGCAACGCAGATTGGGATGT 1177
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1134 ACCAGTTGGTTACCGATAGAAGATAAACCGTGTAGCAGCCTGCAACACAGATTGGGATGT 1193
Query 1178 ACGAAAACCAGATGTTTGTTTACAAATCGAGtctcttcttctcttctctctatctctcta 1237
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1194 ACGAAAACCAGATGTTTGTTTGCAAATTGAGTCTCTTCTTCTCTTCTCTCTATCTCTC-A 1252
Query 1238 tctatctctctGATTGTGTGGTAAAGGATAGATGTCGTACTCAATAAAATGGAAAGTGAA 1297
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1253 G-TAT-TCTCTGATTGTGTGGTAAAGGATAGATGTCGTACTCTACAAAATGGAAAGTGAA 1310
Query 1298 GTTT 1301
||||
Sbjct 1311 GTTT 1314
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64005694875
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5