BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478143
Length=2890
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G08020.1 | Symbols: | PHD finger family protein | chr3:2557... 4669 0.0
> AT3G08020.1 | Symbols: | PHD finger family protein | chr3:2557437-2561802
REVERSE LENGTH=2924
Length=2924
Score = 4669 bits (2528), Expect = 0.0
Identities = 2804/2928 (96%), Gaps = 55/2928 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TATCTCTGCGTCCAAACCAAAACTCACAGAGCTCA-CAAAAGAGACGACCC--TTTCTAC 57
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 14 TATCTCTGCGTCCAAACCAAAACTCACAGAGCTCACCAAAAGAGACGACCCTTTTTCTAC 73
Query 58 TACACACACAAACTGCtaattaattcattaatacttata-a-ttatt-acattatcgatc 114
|||||| | ||||| || ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| |||||
Sbjct 74 TACACAAAGAAACTACTGATTAATTCATTAATACTAATAGAGTTATTAACATTACCGATC 133
Query 115 cttatattattattatgaataaattaaattaaaaaaaaaaaaGAGAGAAAGAAGCGATCT 174
|||||||||||| ||| |||| | | | ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 134 CTTATATTATTA-TAT---TAAA-T--A-T-AAAAAAAAAAA-AGAGAAAGAAGCGATCT 183
Query 175 CT-AAAATC-AAATCTCGA-----ttttttttttttCCGTTTGGAGGCGAGAGGAATAA- 226
|| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 184 CTAAAAATCAAAATCTCGATTTTTTTTTTTTTTTTTCCGTTTGGAGGCGAGAGGAATAAT 243
Query 227 --TT-TT----T---G---TAT---ATGGCCTTTCACGTAGCTTGCCCAATTACATGTCG 270
|| || | | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 244 TTTTGTTGGGGTGAGGATATATGGGATGGCCTTTCACGTAGCTTGTCCAATTACATGTCG 303
Query 271 TCGGATCTGCAATTGCTCCTTAGGGTTTTCTCGGGATCTCCGTGGAGCCAATGCGAAAGA 330
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 304 TCGGATTTGCCATTGCTCCTTAGGGTTTTCTCGGGATCTCCGTGGAGCCAATGCGAAACA 363
Query 331 GGAGTTTTTGAAAGAGGTTAATCGAGTGGAGGAGTTTCTCAAGGATCCTTG-TGTTTCTT 389
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 364 TAAGTTTTTGAAAGAGGTTATTCGAGTGGAGGAGTTTCTCAAGGATCC-TGCTGTTTCTT 422
Query 390 CTAAGGTTTTTGA-TGGAGGTACCGTTCAGGTTAGGGTTCCTAAGGTTGTTCCTGCTCCT 448
|||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 CTAATGTTTTT-ATTGGAGGTACCGTTCAAGTTAGGGTTCCTAAGGTTGTTCCTGCTCCT 481
Query 449 CAGACGGTTTCGATTTTGGGGGTTGGAGATGGTGCTATTGGTTCTGGAGTTGATGAATTG 508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 482 CAGACGGTTTCGATTTTGGGGGTTGGAGATGGTGCTATTGGTTCTGGTGTTGATGAATTG 541
Query 509 GCGGAGGAAGCTTCGGCTCAGAAGAAACGTGTTGCTCTTCAGAGACAAGCTGCTGTTACG 568
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 GCGGAGGAAGCTTCTGCTCAGAAGAAACGTGTTGCTCTTCAGAGACAAGCTGCTGTTACT 601
Query 569 GTTGAAGCTGCTGAGGATTATGCTCGGAGGTTTGAATCTGGGGTCAATGACCTTACCTCA 628
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 602 GTCGAAGCTGCTGAGGATTATGCTCGGAGGTTTGAATCTGGTGTCAATGACCTTACCTCA 661
Query 629 AACGATCATGCTGGTGAAGAAGTAGTTCACTCCGGCATGAATATAATGTGTAGAATGTGC 688
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 662 AACGATCATGCTGGTGAAGAATTAGGCCACTCCGGCATGAATATAATGTGCAGAATGTGC 721
Query 689 TTTCTAGGAGAAGGTGAAGGAAGTGAGAGAGCAAGGAGGATGCTTTCCTGTAAA-ACCTG 747
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||
Sbjct 722 TTCCTAGGAGAAGGTGAAGGAAGTGATAGAGCAAGGAGGATGCTTTCTTGTAAAGA-CTG 780
Query 748 TGGAAAGAAGTACCACAAGAATTGTTTAAAGTCTTGGGCTCAACATAGAGATTTATTTCA 807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TGGAAAGAAGTACCACAAGAATTGTTTAAAGTCTTGGGCTCAACATAGAGATTTATTTCA 840
Query 808 TTGGAGTTCATGGAGTTGTCCCTCTTGCCGGGTTTGTGAGGTCTGCCGTAGAACAGGAGA 867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTGGAGTTCATGGAGTTGTCCCTCTTGCCGGGTTTGTGAGGTCTGCCGTAGAACAGGAGA 900
Query 868 TCCTAACAAATTCATGTTCTGCAAAAGGTGTGATGCTGCTTACCATTGTTATTGCCAACA 927
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TCCTAACAAGTTCATGTTCTGCAAAAGGTGTGATGCTGCTTACCATTGTTATTGCCAACA 960
Query 928 TCCTCCACACAAGAATGTAAGTTCTGGGCCATATCTCTGCCCAAAGCATACAAGATGCCA 987
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TCCTCCACACAAGAATGTTAGTTCTGGGCCATATCTCTGCCCAAAGCATACAAGATGCCA 1020
Query 988 CAGCTGTGATTCTACTGTCCCTGGAAATGGCCTAAGTGTCAGGTGGTTTTTATCATATAC 1047
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CAGCTGTGATTCTACTGTCCCTGGAAATGGCCTGAGTGTCAGGTGGTTTTTATCATATAC 1080
Query 1048 TTGCTGTGATGCTTGTGGCAGATTGTTTGTGAAGGGAAATTATTGCCCTGTATGCTTGAA 1107
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTGCTGTGATGCTTGTGGCAGATTGTTTGTTAAGGGAAATTATTGCCCTGTATGCTTGAA 1140
Query 1108 GGTGTATAGGGATTCGGAATCAACCCCAATGGTATGCTGCGATATTTGTCAACGCTGGGT 1167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GGTGTATAGGGATTCGGAATCAACCCCAATGGTATGCTGCGATATTTGTCAACGCTGGGT 1200
Query 1168 GCATTGCCATTGCGATGGAATAAGTGATGACAAATATCTGCAGTTTCAAGTTGATGGAAA 1227
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GCATTGCCATTGTGATGGAATAAGTGATGACAAATATATGCAGTTTCAAGTTGATGGAAA 1260
Query 1228 GCTACAATATAAATGTGCCACATGCCGTGGGGAGTGTTATCAGGTGAAGGATCTTCAGGA 1287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GCTACAATATAAATGTGCCACATGCCGTGGGGAGTGTTATCAGGTGAAGGATCTTCAGGA 1320
Query 1288 TGCAGTTCAAGAACTTTGGAAGAAAAAAGATGTGGTGGACAAAGAGTTGATTGCTAGTTT 1347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TGCAGTTCAAGAACTTTGGAAGAAAAAAGATGTGGTGGACAAAGAGTTGATTGCTAGTTT 1380
Query 1348 AAGGGCTGCTGCTGGTTTGCCAACAGACGAGGAAATATTTTCGATATTTCCATTTTCAGA 1407
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AAGGGCTGCTGCTGGTTTGCCAACAGAGGAGGAAATATTTTCGATATTTCCATTTTCAGA 1440
Query 1408 TGATGATGAAAATGGACCCGTATCTGGGCGCTCACTGAAGTTTTCTATTAAAGGTTTGGT 1467
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1441 TGATGAAGAAAATGGACCCGTATCTGGGCGCTCACTGAAGTTTTCGATTAAAGGTTTGGT 1500
Query 1468 GGAAAAATCCCCAAAGAAAAGCAAGGAGTATGGGAAACACTCTTTAAGTAAAAAGCATGC 1527
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1501 GGAAAAATCCCCAAAGAAAAGCAAGGAGTATGGGAAACACTCTTCAAGTAAAAAGCATGC 1560
Query 1528 TAGTAAAAAAGGTAGTCACACTAAGTTAGAGCCTGAACTTCATCAGGAGATTGGATCTGA 1587
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TAGTAAAAAAGGTAGTCACACTAAGTTGGAGCCTGAAGTTCATCAGGAGATTGGATCTGA 1620
Query 1588 GAGACGCCGACTAGGTGGTGCTAGAATTGATAATGTGGGGTTTCAGATAAACGAACAATC 1647
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GAGACGCCGACTAGGTGGTGTTAGAATTGATAATGTGGGTTTTCAGATAAACGAACAATC 1680
Query 1648 AGACGTTAATTCTTCTGTAGCTGGAATTTGCTCAACACATGAACCTAAGATTGTAAAACA 1707
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GGACGTTAATTCTTCTGTAGCTGGAATTTGCTCAACACATGAACCTAAGATTGTAAAACA 1740
Query 1708 CAAGAGGGTTGATGATGTTATGGTGACTGATGAAGAAAAGCCGTCAAGGATAGTCAGAAT 1767
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1741 CAAGAGGGTTGATGATGTTATGGTGACTGATGAAGAAAAGCCGTCAAGGATAGTGAGAAT 1800
Query 1768 AAAGTGTAGCAAGCCTCATGATTCTGATAGCGAGGATACCCTAAGGAATGCAGGGGAGGA 1827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 AAAGTGTAGCAAGCCTCATGATTCTGATAGCGAGGATACCCTAAGGAATGCAGGGGAGGA 1860
Query 1828 GAAATCTGTAAAGGCAAAGAAGTTGGTTATTAATCTGGGTGCTAGGAAAATAAATGTCAG 1887
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 AAAATCTGTAAAGGCAAAGAAGTTGGTTATTAATCTGGGTGCTAGGAAAATAAATGTCAG 1920
Query 1888 TGGTTCTTCGAAGTCCAATGTTGTTTCTCATTTATCGAGGGACAAAGATCAGTCCACTTT 1947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 TGGTTCTTCGAAGTCCAATGTTGTTTCTCATTTATCGAGAGACAAAGATCAGTCCACTTT 1980
Query 1948 GGGTGGAGATAAAGTTGATCAGACTGGCGAAGTAAGAACCCTGAAGATCTCTGGAAGGTT 2007
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GGGTGGGGATAAAGTTGATCAGACTGGGGAAGTAAGAACCCTGAAGATCTCTGGAAGGTT 2040
Query 2008 TGGGAAAACTCAATCTGAAGGAAGTAAAGCTACATTTGGGTC-GATCACACAGTTCCCTG 2066
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||
Sbjct 2041 TGGGAAAACTCAATCTGAAGGAAGTAAAGCTACATTTGGGTCAG-TCACTCAGTTCCCTG 2099
Query 2067 C---ATCAACAAGTGAAGGAAATCATGTGGATGACAAAACATCCATCTCACCAGCGTTAC 2123
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2100 CTGCATCAACAAGTGAAGGAAATCATGTGGATGACAAAACATCCATCTCACCAGCATTAC 2159
Query 2124 AGAAAGAAGCAAGACCTCTGCTGAAATTTAAACTCAGGAAACCTAATTCAGGAGATCAGA 2183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 AGAAAGAAGCAAGACCTCTGCTGAAATTTAAACTCAGGAAACCTAATTCAGGAGATCAGA 2219
Query 2184 CATCTTCGGTTACAACGCAGTCTGAAGATGAAAAACTGAGTTCTGCAAAGGGCCAAAGAT 2243
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 CATCTTCGGTTACAACGCAGTCTGAAGATGAAAAATTGAGTTCTGCAAAGGGCCAAAGAT 2279
Query 2244 CAAAGAGAAAGAGACCTTCAAGCTTAGTGGACATGGCTTCATTGAAAGAGGACGGTGAAG 2303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2280 CAAAGAGAAAGAGACCTTCAAGCTTAGTGGACATGGCTTCATTGAAAGAAGACGGTGAAG 2339
Query 2304 CTACAACACATTCTCATCAGGATAGTTCAAGGAATGACGAGATGATGGATGCTAACTGGA 2363
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 CTACAACACATTCTCATCAGGATAATTCAAGGAACGACGAGATGATGGATGCTAACTGGA 2399
Query 2364 TTTTGAAAAAGTTGGGTAAAGATTCAATAGGAAAGAGAGTCGAAGTCCATGGATCTCAAA 2423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TTTTGAAAAAGTTGGGTAAAGATTCAATAGGAAAGAGAGTCGAAGTCCATGGATCTCAAA 2459
Query 2424 ACTCATGGCATAAGGGAACAGTGACAGACGTTTCTGAAGACACATCCACATTGTCGGTTT 2483
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 ACTCATGGCGTAAGGGAACAGTGACAGACGTTTCTGGAGACACATCCACATTGTCGGTTT 2519
Query 2484 CTCTAGATGATGGAAGCATCAAGACATTTGAACTTGGGAAGCACAGTGTCCGCTTCATAC 2543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 CTCTAGATGATGGAAGCATCAAGACATTTGAACTTGGGAAGCACAGTGTCCGCTTCATAC 2579
Query 2544 CGCAAAAGCAAAAGAGGTCGAGGAGCTGATTGGACCATCGAGCAGTGCTTTAGTCACTAA 2603
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2580 CGCAAAAGCAAAAGAGGTCAAGGAGCTGATTGGACCATCGAGCAGCGCTTTAGTCACTAA 2639
Query 2604 CTTTCTGCGTGTGAGCCATGAAGAAGATTTGATTGTTGGGGCATTTCATACT-TTTATAG 2662
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||
Sbjct 2640 CTTTCTGCATGCGAGCCATGAAGAAGATTTGATTGTTGGGGCATTTTATACTATTTA-AG 2698
Query 2663 CTCTTTCTGGTGGTAATTATCAGTAAGATGGAAAGTGCCAAACTGTGTAGATATTACTTG 2722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 CTCTTTCTGGTGGTAATTATCAGTAAGATGGAAAGTGCCAAACTGTGTAGATATTACTTG 2758
Query 2723 TGGTATTGAAGGTAGCTATGATCTGGTTAAGACTCGATTGGTCGTTCCCTGTAACTTACT 2782
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 TGGTGTTGAAGGTAGCTATGATCTTGTTAAGACTCGATTGGTCGTTCCCTGTAACTTACT 2818
Query 2783 CACTTGCTAGGTCCGTAGTTTTTGCAGACTCATGTAACAATTTGTTCAAATTCAAGCTTG 2842
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2819 CACTTCCTAGGTCCATAGTTTTTGCAGACTCATGTAACAATTTGTTCAAATTCAAGCATG 2878
Query 2843 TGAGAAATCTTTGTTACTAGACGGCAAAATATGGTATAAACATATATC 2890
| |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2879 TCAGAAATCT--GTTACTAAATGGCAAAATATGGTATAAACATTTATC 2924
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 143627957809
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5