BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478403
Length=3133
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G10690.1 | Symbols: GYRA | DNA GYRASE A | chr3:3339392-33463... 5099 0.0
> AT3G10690.1 | Symbols: GYRA | DNA GYRASE A | chr3:3339392-3346340
REVERSE LENGTH=3170
Length=3170
Score = 5099 bits (2761), Expect = 0.0
Identities = 3017/3141 (96%), Gaps = 16/3141 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTGAAATTCGCGCCTGGGAAATCCTCCGGCGTGG--CTCTAGGGTTTTAGGCTCTTTAAT 58
|||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1 TTGAAATTCGCGCCTGAGAAATTCTCCGGTGTGGCTCTCTAGGGTTTTA-GCACTTTAAT 59
Query 59 CCATTTTTACTTTCT-AAAATCCCTAAAACCCTCTGGGCATGACTCCATTATTATGCCAT 117
|||||| ||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 60 CCATTTGTAC-TTGTAAAAATCCCTAAAACCCTCTGGGCATGACTCCAGTATTATGCCAT 118
Query 118 TCCACTGCTTCAATCCCTAACCCTAActctctcatgtctctctcctccactctccgtcta 177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 TCCACTGCTTCAATCCCTAACCCTAACTCTCTCATGTCTCTCTCCTCCACTCTCCGTCTC 178
Query 178 tcttcct-ccttcctccgccgctccttcttccgatttcccctcACCGACCCATTATGTCG 236
||||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 179 TCTTCCTCCCTT-CTTCGCCGCTCCTTCTTCCGATTCCCCCTCACCGACCCATTATGCCG 237
Query 237 TCTCCGCCGCACTGAACCCTCCGCCTCGCGTTTCTTCTCCTCCCGTACTCCCCAGTCCGG 296
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 238 TCTCCGCCGCACTGAACCCTCCGCCACGCGTTTCTTCTCCTCCCGTACTCCTCGGTCCGG 297
Query 297 CAAGTTCGTTGTCGGTGCTTCCAAACGCGCCGATGAGCAGTTCAAGGAAGAGTCCGGTGC 356
||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 298 CAAATTCGTTGTCGGTGCTGGTAAGCGCGGAGATGAGCAGGTCAAGGAAGAGTCCGGAGC 357
Query 357 CAACAACGGCGGTTTGGTGGTTTCTGGGGACGAATCTCGTATTGTGCCTTTTGAGCTTCA 416
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 358 TAACAATGGCGGTTTGGTTGTTTCTGGGGACGAATCTCGTATTGTGCCTTTTGAGCTACA 417
Query 417 TAAGGAGGCTACTGAGTCGTACATGGCGTATGCGCTCTCTGTTTTGCTTGGTCGCGCTTT 476
|||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 418 TAAGGAAGCTACTGAGTCGTATATGTCGTATGCGCTCTCTGTTTTGCTTGGACGTGCTTT 477
Query 477 GCCTGATGTTAGAGACGGACTGAAACCAGTACATCGGAGAATTCTCTTTGCAATGCATGA 536
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GCCTGATGTTAGAGACGGACTAAAACCAGTACATCGGAGAATTCTCTTTGCAATGCATGA 537
Query 537 GTTGGGGATGTCATCTAAGAAACCATACAAGAAATGTGCAAGAGTTGTTGGAGAGGTTCT 596
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GTTGGGGATGTCATCTAAAAAACCATACAAGAAATGTGCAAGAGTTGTTGGAGAGGTTCT 597
Query 597 TGGTAAGTTTCATCCGCATGGAGATACTGCTGTTTATGATTCGCTTGTTAGGATGGCTCA 656
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 598 TGGTAAATTCCATCCGCATGGAGATACTGCTGTTTATGATTCTCTTGTTAGGATGGCTCA 657
Query 657 GAGTTTCTCCTTGAGATGTCCACTTATCCAAGGCCATGGAAATTTTGGCTCAATAGATGC 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GAGTTTCTCCTTGAGATGTCCACTTATCCAAGGCCATGGAAATTTTGGCTCAATAGATGC 717
Query 717 AGATCCTCCTGCTGCTATGCGTTACACCGAATGCAGACTCGATCCACTGGCAGAGGCAGT 776
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 AGATCCTCCTGCTGCTATGCGTTACACTGAATGCAGACTCGATCCACTGGCAGAGGCAGT 777
Query 777 ACTATTGTCTGATCTGGACCAAGATACGGTTGATTTTGTGGCCAATTTTGATAACTCACA 836
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 ACTATTGTCTGATCTGGATCAAGATACGGTGGATTTTGTGGCCAATTTTGATAACTCACA 837
Query 837 AAAAGAACCAGCAGTGTTGCCTGCTCGTCTTCCTGCTTTGTTGTTGAATGGAGCTTCTGG 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 AAAAGAACCAGCAGTGTTGCCTGCTCGTCTTCCTGCTTTGTTGTTGAATGGAGCTTCTGG 897
Query 897 GATTGCGGTTGGCATGGCAACAAATATTCCCCCTCATAATCTTGGGGAGTTGGTAGATGT 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 898 GATTGCGGTTGGCATGGCAACAAATATTCCCCCTCATAATCTTGGGGAGTTGGTAGACGT 957
Query 957 GCTTTGCGCTTTAATCCATAATCCAGAAGCAACGCTGCAAGAACTGCTGGAATACATGCC 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 GCTTTGCGCTTTAATCCATAATCCAGAAGCAACGCTGCAAGAACTGCTGGAATACATGCC 1017
Query 1017 TGCACCTGACTTTCCAACTGGAGGAATAATAATGGGAAATCTTGGGGTTTTGGATGCTTA 1076
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TGCACCGGATTTTCCAACTGGAGGAATAATAATGGGAAACCTTGGGGTTTTGGATGCTTA 1077
Query 1077 CCGAACTGGCCGAGGGCGTGTTGTAGTTAGAGGAAAAGCTGAAGTTGAATTGTTGGATCC 1136
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 CCGAACTGGCCGAGGGCGAGTTGTAGTTAGAGGAAAAGCTGAAGTTGAATTGTTGGATCC 1137
Query 1137 AAAGACAAAGCGGAATGCAGTTATTATCACAGAGATTCCTTACCAGACAAACAAAGCTAC 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 AAAGACAAAGCGGAATGCAGTTATTATCACAGAGATTCCTTACCAGACAAACAAAGCTAC 1197
Query 1197 GCTTGTCCAGAAGATTGCCGAACTTGTTGAAAATAAGACGCTAGAGGGCATAAGTGACAT 1256
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 ACTTGTCCAGAAGATTGCCGAACTTGTTGAAAATAAGACGCTAGAGGGCATAAGTGACAT 1257
Query 1257 ACGTGACGAGAGTGATCGTAATGGGATGCGTGTGGTTATTGAGCTCAAACGAGGAGGGGA 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1258 ACGTGACGAGAGTGATCGTAATGGGATGCGTGTGGTTATTGAGCTCAAAAGAGGAGGGGA 1317
Query 1317 TCCTGCACTTGTGCTAAATAATCTTTACCGGCATACTGCCCTTCAATCAAGCTTCAGCTG 1376
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 TCCTGCACTTGTGCTTAATAATCTTTACCGGCATACTGCCCTTCAATCAAGCTTCAGCTG 1377
Query 1377 CAACATGGTGGGTATCTGCGATGGAGAACCCAAGCTAATGGGTTTAAAAGAACTACTTCA 1436
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1378 CAACATGGTGGGTATCTGCGATGGAGAACCCAAGCTAATGGGATTAAAAGAACTACTTCA 1437
Query 1437 GGCATTTATAGATTTCAGATGTTCTGTTGCCGAAAGGCGTGCAAGGTTCAAGCTTTCACA 1496
|||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1438 GGCATTTATAGATTTCAGGTGTTCTGTCGTCGAAAGGCGTGCAAGATTCAAGCTTTCACA 1497
Query 1497 TGCACAACAACGAAAACATAATATTGAGGGTATTGTGGTTGGGCTTGACAATGTGGACGA 1556
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 TGCACAACAACGAAAGCATATTATTGAGGGTATTGTGGTTGGGCTTGACAATGTGGACGA 1557
Query 1557 AGTAATCAAACTCATCAAGAACGCCTCAAGTCATTCCTCTGCTAGTGCTGCTTTACAAAG 1616
||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1558 AGTAATCGAACTCATCACGAAGGCCTCAAGTCATTCCTCTGCTACTGCTGCTTTACAAAG 1617
Query 1617 TGGGTATGGTCTTTCTGAGAAACAAGCTGAGGCTATACTGGAGATAACTCTTCGAAGGCT 1676
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TGAATATGGTCTTTCTGAGAAACAAGCTGAGGCTATACTGGAGATAACTCTTCGAAGGCT 1677
Query 1677 AACTACTCTTGAGCGGAAAAAGGTTACTGATGAGAGTAGTTCACTGACAGAGCAAATTAC 1736
|||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1678 AACTGCTCTTGAGCGGAAAAAGTTTACTGATGAAAGTAGTTCACTAACAGAGCAAATTAC 1737
Query 1737 AAAGTTGGAGCAGCTATTATCAACCCGAGCAAATATCCTAAAGTTAATCGAACAAGAAGC 1796
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 AAAGTTGGAGCAGCTATTATCAACCCGAACAAACATCCTAAAGTTAATCGAACAAGAAGC 1797
Query 1797 AATAGAGCTGAAGGACAGATTCTCAAGTCCCAGGCGTTCAATGTTGGAGGATTCTGACAG 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 AATAGAGCTGAAGGACAGATTCTCAAGTCCCAGGCGTTCAATGTTGGAGGATTCTGACAG 1857
Query 1857 TGGTGATCTAGAAGATATAGATGTTATTCCAAATGAAGAGATGCTGATGGCAATCAGCGA 1916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1858 TGGTGATCTAGAAGATATAGATGTTATTCCAAATGAAGAGATGCTGATGGCAGTCAGCGA 1917
Query 1917 AAAGGGCTATGTGAAGAGAATGAAGGCCGATACATTCAATCTTCAGCATCGTGGAACAAT 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 AAAGGGCTATGTGAAGAGAATGAAGGCCGATACATTCAATCTTCAGCATCGTGGAACAAT 1977
Query 1977 TGGCAAATCTGTTGGGAAACTGAGAGTTGATGATGCAATGTCTGACTTTCTTGTTTGTCA 2036
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 TGGCAAATCTGTTGGGAAACTAAGAGTTGATGATGCAATGTCTGACTTTCTTGTTTGTCA 2037
Query 2037 TGCACATGACCATGTCCTCTTCTTCAGCGACCGGGGTATAGTTTACTCAACCCGTGCGTA 2096
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2038 TGCACATGACCATGTCCTCTTTTTCAGTGACCGGGGTATAGTTTACTCAACCCGTGCATA 2097
Query 2097 TAAAATTCCAGAATGCTCTCGCAATGCAGCTGGCACTCCTTTGGTTCAGATATTATCCAT 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 TAAAATTCCAGAATGCTCTCGCAATGCAGCTGGTACACCTTTGGTTCAGATATTATCCAT 2157
Query 2157 GTCAGAAGGTGAAAGAGTAACCTCCATTGTTCCTGTTAGCGAGTTTGCTGAAGATCGCTA 2216
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 GTCGGAAGGTGAAAGAGTAACCTCCATTGTTCCTGTTAGCGAGTTTGCTGAAGATCGCTA 2217
Query 2217 CCTCCTGATGCTTACTGTGAATGGCTGCATCAAGAAAGTATCGTTGAAATTATTCTCAGG 2276
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 2218 CCTCCTGATGCTTACAGTGAATGGCTGCATCAAGAAAGTATCTTTGAAATTATTTTCAGG 2277
Query 2277 AATACGCTCAACTGGAATCATAGCAATTCAGTTGAATTCTGGTGATGAACTGAAATGGGT 2336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 AATACGCTCAACTGGAATCATAGCAATTCAGTTGAATTCTGGTGATGAACTGAAATGGGT 2337
Query 2337 TCGTTGTTGCTCAAGCGATGATCTTGTGGCCATGGCGTCCCAAAACGGATTGGTCGTCTT 2396
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||| |||
Sbjct 2338 TCGTTGTTGCTCAAGCGACGATCTTGTAGCCATGGCATCCCAAAATGGAATGGTCGCCTT 2397
Query 2397 GAGTACATGTGATGGTGTTCGCACACTGAGCAGAAATACAAAGGGAGTGACTGCCATGAG 2456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 GAGTACATGTGATGGTGTTCGCACACTGAGCAGAAATACAAAGGGAGTGACTGCCATGAG 2457
Query 2457 ACTCAAGAATGAGGATAAGATAGCGAGCATGGACATCATACCTGCATCTCTGCGGAAAGA 2516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 ACTCAAGAATGAGGATAAGATAGCGAGCATGGACATCATACCTGCATCTCTGCGGAAAGA 2517
Query 2517 TATGGAAGAGAAGTCGGAAGATGCTTCAATTGTAAAACAATCCACCGGTCCATGGCTATT 2576
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2518 TATGGAAGAGAAGTCGGAAGATGCTTCACTTGTGAAACAATCCACGGGTCCATGGCTATT 2577
Query 2577 ATTCGTGTGTGAGAATGGTTATGGAAAGCGTGTTCCTCTGAGTAGCTTCCGGCGTTCGCG 2636
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 ATTCGTGTGTGAGAATGGCTATGGAAAGCGTGTTCCTCTGAGTAGCTTCCGGCGTTCGCG 2637
Query 2637 TTTGAACAGAGTTGGTTTATCTGGATACAAGTTTGCGGAGGATGATCGTTTGGCTGCTGT 2696
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 TCTGAACAGAGTTGGTTTATCTGGATACAAGTTTGCTGAGGATGATCGTTTGGCTGCTGT 2697
Query 2697 TTTCGTGGTTGGTTACTCCTTGGCTGAGGATGGGGAAAGCGATGAGCAAGTAGTTCTGGT 2756
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 TTTCGTTGTTGGTTACTCCTTGGCTGAGGATGGGGAGAGTGATGAGCAAGTAGTTCTGGT 2757
Query 2757 GAGCCAAAGCGGAACTGTGAACCGGATCAAAGTCAGGGATATCTCAATCCAATCCCGCAG 2816
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2758 GAGCCAAAGCGGAACTGTGAACCGGATCAAAGTCAGGGATATCTCAATCCAATCTCGCAG 2817
Query 2817 AGCACGGGGAGTGATTCTTATGCGGCTAGATCATGCCGGCAAAATCCAATCTGCTTCTCT 2876
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2818 AGCACGGGGAGTGATTCTTATGCGGCTAGATCATGCCGGCAAAATCCAATCTGCATCTCT 2877
Query 2877 GATCTCTGCAGCAGATGAAGAAGAAACAGAAGGAACTCCAACTAATGAAACCTTAGAAGC 2936
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||
Sbjct 2878 GATCTCTGCAGCAGATGAAGAAGAAACAGAAGGAACTCTAAGTAATGAAGCCGTAGAAGC 2937
Query 2937 CGTTAGCCTGTAAAGTTTACAATCCCAATTCAACCAGTTTTTGTGACAATTATCAAGTTC 2996
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 2938 CGTTAGCCTGTAAATTTTACAATCCCAATTCCACCAGTTTTTGAGACAATTGTCAAGTTC 2997
Query 2997 AGTACATAGAGTCTATGTGCTTAACTCTCTTCCTCATTTTGTTTTCT-GATG-TGTTACT 3054
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | | || |||||||
Sbjct 2998 AGTACATAGAGTCTATGTGCT-AACTCTCTTC---ATTTTGTTTTTTTG-TGATGTTACT 3052
Query 3055 ACGA-A-GAGAAAACCATGATCGAAGTTAGTTATTAACATTAATCTACTTTACATTTTGT 3112
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 3053 ACGAGAAGAGAAAACCATGATCGAAGTTAGTTATTAACATTAATCTGCTTCACATTTTGT 3112
Query 3113 TGGGTTTAATTATATAAATAT 3133
||||||||| |||||| ||||
Sbjct 3113 TGGGTTTAACTATATACATAT 3133
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 155818524958
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5