BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478494
Length=3576
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G11540.1 | Symbols: SPY | Tetratricopeptide repeat (TPR)-lik... 4940 0.0
> AT3G11540.1 | Symbols: SPY | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:3631887-3637955 FORWARD LENGTH=3788
Length=3788
Score = 4940 bits (2675), Expect = 0.0
Identities = 2893/2996 (97%), Gaps = 23/2996 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 602 TACACTTTCTTATGCCAATATCCTTCGGGCAAGAAACAAGTTTGCTGATGCGCTTGCTCT 661
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 770 TACACTTTCTTATGCCAATATTCTTCGGGCAAGAAACAAGTTTGCTGATGCGCTTGCTCT 829
Query 662 CTATGAGGCTATGCTGGAGAAAGATAGCAAGAATGTGGAAGCTCACATTGGAAAAGGGAT 721
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 CTATGAGGCTATGCTGGAGAAAGATAGCAAGAATGTTGAAGCTCACATTGGAAAAGGGAT 889
Query 722 ATGCTTGCAGACACAGAACAAAGGGAATCTAGCTTTCGATTGTTTTTCTGAAGCGATCAG 781
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 ATGCTTGCAGACGCAGAACAAAGGGAATCTAGCTTTCGATTGTTTTTCTGAAGCGATCAG 949
Query 782 GTTGGATCCTCACAATGCTTGTGCCCTCACGCACTGTGGTATACTCCATAAAGAAGAAGG 841
||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 950 GTTGGATCCGCATAATGCTTGTGCCCTTACACACTGTGGTATACTTCATAAAGAAGAAGG 1009
Query 842 ACGCCTCGTAGAAGCTGCTGAGTCCTACCAGAAAGCACTGATGGCAGATGCATCATACAA 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 ACGCCTCGTAGAAGCTGCTGAGTCCTACCAGAAAGCATTGATGGCAGATGCATCATACAA 1069
Query 902 GCCAGCAGCAGAGTGTTTAGCCATTGTTTTGACCGACCTTGGAACTAGCCTGAAGCTGGC 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 GCCAGCAGCAGAGTGTTTAGCCATTGTTTTGACCGACCTTGGAACTAGCCTGAAGCTGGC 1129
Query 962 TGGGAATACTCAGGAGGGAATTCAAAAGTATTACGAAGCCCTTAAGATTGACCCACACTA 1021
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 TGGGAATACTCAGGAAGGAATTCAAAAGTATTACGAAGCCCTTAAGATTGACCCACACTA 1189
Query 1022 TGCTCCTGCATATTACAACTTAGGTGTTGTATACTCCGAAATGATGCAATATGACAATGC 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1190 TGCTCCTGCATATTACAACTTAGGTGTTGTATACTCCGAAATGATGCAATATGACAATGC 1249
Query 1082 CTTGAGCTGCTACGAGAAGGCTGCACTTGAGAGGCCTATGTATGCTGAAGCATATTGTAA 1141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 CTTGAGCTGCTACGAGAAGGCTGCACTTGAGAGGCCTATGTATGCTGAAGCATATTGTAA 1309
Query 1142 CATGGGTGTCATTTATAAGAACCGTGGTGACTTGGAGATGGCAATCACTTGTTATGAGAG 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310 CATGGGTGTCATTTATAAGAACCGTGGTGACTTGGAGATGGCAATCACTTGTTATGAGAG 1369
Query 1202 ATGTCTAGCTGTGTCTCCAAACTTTGAGATTGCGAAGAACAATATGGCCATAGCTCTGAC 1261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 ATGTCTAGCTGTGTCTCCAAACTTTGAGATTGCGAAGAACAATATGGCCATAGCTCTGAC 1429
Query 1262 AGATTTAGGAACAAAGGTTAAACTTGAAGGCGATGTAACCCAAGGAGTGGCATATTACAA 1321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430 AGATTTAGGAACAAAGGTTAAACTTGAAGGCGATGTAACCCAAGGAGTGGCATATTACAA 1489
Query 1322 GAAGGCTCTCTATTATAACTGGCACTATGCAGATGCTATGTACAATCTTGGGGTGGCTTA 1381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1490 GAAGGCTCTCTATTATAACTGGCACTATGCAGATGCTATGTACAATCTTGGGGTGGCTTA 1549
Query 1382 TGGTGAAATGCTAAAGTTCGACATGGCGATTGTCTTCTATGAGCTTGCTTTCCACTTCAA 1441
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1550 TGGAGAAATGCTAAAGTTCGACATGGCGATTGTCTTCTATGAGCTTGCTTTCCACTTTAA 1609
Query 1442 TCCACATTGTGCTGAGGCTTGCAACAATTTGGGAGTACTTTACAAAGACCGTGACAACCT 1501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610 TCCACATTGTGCTGAGGCTTGCAACAATTTGGGAGTACTTTACAAAGACCGTGACAACCT 1669
Query 1502 TGATAAAGCTGTAGAGTGTTATCAGATGGCTCTATCAATCAAACCAAATTTCGCACAGTC 1561
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1670 TGATAAAGCTGTGGAGTGTTATCAGATGGCTCTATCAATCAAACCAAATTTTGCACAGTC 1729
Query 1562 GCTTAATAACCTTGGTGTCGTCTACACAGTCCAGGGAAAAATGGATGCTGCTGCCAGCAT 1621
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1730 GCTTAATAACCTTGGTGTCGTCTATACAGTCCAGGGGAAAATGGATGCTGCTGCCAGCAT 1789
Query 1622 GATCGAGAAGGCCATACTTGCAAATCCCACCTATGCAGAAGCTTTTAACAACCTAGGTGT 1681
||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 GATTGAGAAGGCTATACTTGCTAATCCCACATATGCAGAAGCTTTTAACAACCTAGGTGT 1849
Query 1682 TCTTTACAGAGATGCTGGAAATATAACTATGGCTATCGATGCTTATGAGGAATGCCTTAA 1741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 TCTTTACAGAGATGCTGGAAATATAACTATGGCTATCGATGCTTATGAGGAATGCCTTAA 1909
Query 1742 GATAGATCCAGATTCTCGCAATGCTGGCCAGAACCGATTGCTTGCCATGAACTACATAAA 1801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1910 GATAGATCCAGATTCTCGCAATGCTGGCCAGAACCGATTGCTTGCCATGAATTACATAAA 1969
Query 1802 TGAAGGACTCGATGACAAACTATATGAGGCTCACAGAGACTGGGGTTGGCGCTTCACAAG 1861
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 TGAAGGACTCGATGACAAACTATTTGAGGCTCACAGAGACTGGGGTTGGCGCTTCACAAG 2029
Query 1862 ATTACACCCTCAGTACACTTCATGGGACAATCTGAAAGATCCAGAGCGACCTATCACCAT 1921
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 ATTACACCCTCAATACACTTCATGGGATAATCTGAAAGATCCAGAGCGACCTATCACCAT 2089
Query 1922 TGGATATATCTCACCAGATTTCTTCACTCATTCAGTATCTTATTTCATTGAAGCTCCCCT 1981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2090 TGGATATATCTCACCAGATTTCTTCACTCATTCAGTATCTTATTTCATTGAAGCTCCCCT 2149
Query 1982 TACGCATCATGATTATACAAAGTACAAAGTGGTGGTTTATTCAGCGGTAGTTAAGGCAGA 2041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 TACGCATCATGATTATACAAAGTACAAAGTGGTGGTTTATTCAGCGGTAGTTAAGGCAGA 2209
Query 2042 TGCAAAAACATACAGGTTTAGGGATAAAGTGTTAAAGAAAGGTGGAGTTTGGAAGGATAT 2101
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 TGCAAAAACATACAGGTTTAGGGATAAAGTGTTGAAGAAAGGTGGAGTTTGGAAGGATAT 2269
Query 2102 ATACGGAATAGATGAGAAAAAGATAGCAAGTATGGTCAGAGAAGACAAAATCGACATTTT 2161
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2270 ATACGGGATAGATGAGAAAAAGATAGCAAGTATGGTCAGAGAGGACAAAATCGACATTTT 2329
Query 2162 GGTAGAACTCACTGGTCATACGGCAAACAACAAGTTGGGAACAATGGCCTGCAGACCAGC 2221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 GGTAGAACTCACTGGTCATACGGCAAACAACAAGTTGGGAACAATGGCCTGCAGACCAGC 2389
Query 2222 ACCTATTCAGGTTACTTGGATCGGCTATCCAAATACTACGGGTTTGCCCACGGTTGATTA 2281
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2390 ACCGGTTCAGGTTACTTGGATCGGCTATCCAAATACTACGGGTTTGCCCACTGTTGATTA 2449
Query 2282 CAGAATTACAGATTCGTTGGCTGATCCACCAGATACCAAACAGAAGCAGGTCGAGGAGCT 2341
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2450 CAGAATTACAGATTCGTTGGCTGATCCACCAGATACCAAACAAAAGCAGGTCGAGGAGCT 2509
Query 2342 GGTTAGGCTTCCCGAGTGTTTTCTTTGTTATACACCTTCCCCAGAGGCTGGTCCTGTTTG 2401
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2510 GGTTAGGCTTCCGGACTGTTTTCTTTGTTATACACCTTCCCCAGAGGCTGGTCCTGTTTG 2569
Query 2402 TCCAACACCTGCGCTTTCTAATGGCTTTGTCACATTTGGTAGTTTCAACAATCTCGCAAA 2461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2570 TCCAACACCTGCGCTTTCTAATGGCTTTGTCACATTTGGTAGTTTCAACAACCTCGCAAA 2629
Query 2462 GATCACTCCTAAGGTGCTGCAAGTGTGGGCTAGGATACTTTGTGCAGTTCCCAATTCTCG 2521
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2630 GATAACTCCTAAGGTGCTGCAAGTGTGGGCTAGGATACTGTGTGCAGTTCCCAATTCTCG 2689
Query 2522 TCTGGTGGTAAAATGCAAACCTTTCTGCTGCGATAGCATTAGGCAGAGGTTTCTCACAAC 2581
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2690 TCTAGTGGTAAAATGCAAACCTTTCTGCTGCGATAGCATTAGGCAGAGGTTTCTCACCAC 2749
Query 2582 GCTGGAGCAGCTTGGGCTAGAATCAAAGCGTGTTGATCTCTTGCCGTTGATTCTTTTCAA 2641
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2750 GCTGGAGCAGCTTGGGTTAGAATCAAAGCGTGTTGATCTCTTGCCTTTGATTCTTTTCAA 2809
Query 2642 CCACGACCATATGCAAGCTTATTCCTTAATGGATATTAGTTTGGACACATTCCCTTATGC 2701
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810 TCACGACCATATGCAAGCCTATTCCTTGATGGATATTAGTTTGGACACATTCCCTTATGC 2869
Query 2702 TGGAACGACGACTACTTGTGAATCTCTCTACATGGGAGTTCCATGTGTTACAATGGCTGG 2761
|||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2870 TGGAACTACCACTACCTGTGAGTCTCTCTACATGGGAGTTCCATGTGTTACAATGGCTGG 2929
Query 2762 CTCAGTACACGCTCATAATGTTGGTGTCAGTCTTCTCACTAAAGTTGGATTAGGACACCT 2821
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2930 CTCAGTACATGCTCATAATGTTGGTGTCAGTCTTCTCACTAAAGTTGGATTAGGACACCT 2989
Query 2822 GGTTGCCAAAAATGAGGATGAGTATGTTCAGTTATCTGTTGATCTAGCCTCTGATGTCAC 2881
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2990 GGTTGCCAAAAATGAGGATGAGTATGTTCAGCTATCTGTTGATCTAGCCTCTGATGTCAC 3049
Query 2882 AGCTCTTTCTAAATTGAGAATGAGTCTCCGGGATCTAATGGCTGGATCTCCTGTTTGTAA 2941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3050 AGCTCTTTCTAAATTGAGAATGAGTCTCCGGGATCTAATGGCTGGATCTCCTGTTTGTAA 3109
Query 2942 TGGTCCTTCCTTTGCTGTTGCTCTTGAATCCGCATATCGGAATATGTGGAAAAAGTACTG 3001
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3110 TGGTCCTTCCTTTGCTGTTGGTCTTGAATCCGCATATCGGAATATGTGGAAAAAGTACTG 3169
Query 3002 CAAAGGTGAAGTACCGTCCTTAAGGCGAATGGAAATGCTGCAAAAAGAGGTCCAAGATGA 3061
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3170 CAAAGGTGAAGTGCCGTCCTTAAGGCGAATGGAAATGCTGCAAAAAGAGGTCCATGATGA 3229
Query 3062 TCCCTTAATCTCGAAAGACTCGGGACCATCAAGACTCAGCGTTACTGGAGAAGCCACTCC 3121
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3230 TCCCTTAATCTCAAAAGACTTGGGACCATCAAGAGTCAGCGTTACTGGAGAAGCCACTCC 3289
Query 3122 GTCTATCAAGGCCAATGGTTCTGCTCCTGTACCTTCTTCTTTACCAACCCAATCCCCGCA 3181
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3290 GTCTCTCAAGGCCAATGGTTCTGCTCCTGTACCTTCCTCTTTACCAACCCAATCCCCGCA 3349
Query 3182 GATCTCAAAGAGAATGGACTCCACTAGTTAGATACCCGGCAAATCAAGCTGCTGCAAAAT 3241
| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 3350 GCTCTCAAAGAGAATGGACTCCACTAGCTAGATAACCAGCAAATCGAGCTGCTGCGAAAT 3409
Query 3242 GCCGG--GA-AG-C--G--------G-------TGTGAAAGAAAGAGTCCATGAGCTCTT 3280
||||| || || | | | |||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 3410 GCCGGCAGAGAGTCTTGACCCATCTGGAAAAGGTGTGAAAGAAAGAGTCGATGAGCTTTT 3469
Query 3281 CCTGCTTTTTACTTCCAAGACTATAGGAACTAGACTTTAGATTACTGCTTGTGTAGTAAA 3340
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3470 CCTGCTATTTACTTCCAAGACAATAGGAACTAGACTTTAGATTACTGCTTGTGTAGTAAA 3529
Query 3341 AAGAACAGAAAAACCACCTCTTTCTTTTGTTCCGTCTCCTTCCACTCTTAGTTTAGCTTT 3400
||||| || ||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 3530 AAGAATAGTAAAACCAGCTCTTTCTTTTGTTGTATCTCTTTCTACTCTTAGTTTAGCTTT 3589
Query 3401 ACATGATTCTTGGGAAGTCGTTAGGTGGAAGTGGATTTGGAGTTTTTCTTCTCATTTGAG 3460
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3590 ACATGATTCTTGGGAAGTCGTTAGGTGGTAGTGGATTTGGAGTTTTTCTTCTCATTTGAG 3649
Query 3461 AGATCAAGTTGTTGTGTATCAATTAGGGTTTCAAGGCTTTTTAGGATGTTTTCATGTGTT 3520
|||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3650 AGATCAAGTTGTTGTGTATCGATTAGGGTTTTAAGGCTTTTTAGGATGTTTTCATGTGTT 3709
Query 3521 GGATTTTGAATCATATTATAGTAAATATAGTTATAGCCAAAGCTTTTCGGTGCCTT 3576
||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3710 GGATTTTGACTCATATGATAGTAAATATAGTTATAG--AAAGCTTTTCGGTGCCTT 3763
Score = 510 bits (276), Expect = 3e-143
Identities = 508/608 (84%), Gaps = 64/608 (11%)
Strand=Plus/Plus
Query 46 ATTTTCTTGCATATCTAGAGGGTATTAT-TTTCTTTATTAC-ATGACTAATTCCCttttt 103
|||||||||||||||| || | | || | |||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 119 ATTTTCTTGCATATCTGGA-GAT-TTTTGTTTCTTTATTACAATGACTAATT--AATTTA 174
Query 104 ccttttttattttt-ttttAGCAAAATTATTACTGTTGTCTATTTTGTCCGTTT-T--T- 158
|||| || ||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | |
Sbjct 175 CCTTGTTCCTTTTTATTTTTGCAAAATGATTACTGTTATCTATTTTGTCCGTTTCTAATA 234
Query 159 CAATACAATAAC-AT-T--TTTGT-Taaa-aaaaaaTAA-CAATGAAGCCAGGAGAGCTA 211
|||| |||||| || | ||| ||| |||||| || || |||| ||||||||||
Sbjct 235 AAATAAAATAACAATCTGAGCTGTGGAAAGAAAAAAAAAGGAA--AAGCGAGGAGAGCTA 292
Query 212 ATCTGAGTCGTTGCCTCTGTCCACTGGCTCGGACCGACCTCGTACCTCTT-CGTTTGTCC 270
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 293 ATCTGAGTCGTTGCCTCTGTCCACTGGCTCGGACCGACCTCGTACCTCTTTCATTTGTCC 352
Query 271 -CGTGAGCATATAATAGAGGCTACGCCGTCGCCGCCACCTCCGCTCCATCCATTCACGGC 329
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 TCG--AGCTTATAATAGAGGCTACGCCGTCGCCGCCACCTCCGCTCCATCCATTCACGGC 410
Query 330 CAAGCGAC-AGCTCCACCGCTT-GG---G---T-T----T-----G------G-TTTCTG 364
|||||||| | ||||||||||| || | | | | | | ||||||
Sbjct 411 CAAGCGACGA-CTCCACCGCTTAGGCTTGGCGTCTGAGGTATACTGATCAACGCTTTCTG 469
Query 365 TTTTCGGAGGAGCGAGGCGGAGATCAGCTTCTCCTATGTC-AGCCCACGGATATCATTCT 423
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | || ||||||||||
Sbjct 470 TTTTCGGAGGAGCGAGGCGGAGATCAGCTTCTCTTATGTCTA-CTCAAACATATCATTCT 528
Query 424 TCTTTAGCCACTCGATTTCGTCTCTAGCGGCTCCAGAAGTTTCGTC---A-AGT-TC--- 475
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | || ||
Sbjct 529 TCTTTAGCCACTCGATTTCTTCTCTAGCGGCTCCAGAGGTTTCGTCGCTACAGAGTCAAG 588
Query 476 TTC-T-TTT-CTGGTTCTGTGGTGAACAAGATTTTAGGTACAAAAAA-TGGTGGGACTGG 531
||| | ||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 589 TTCCTCTTTTCAGGTTTTGTGGTGAACAAGATTTTAGTTACAAAAAAATGGTGGGACTGG 648
Query 532 AAGATGATACTGAGAGAGAGAGGTCACCAATCGTAGAGAACGGTTTTTCCAATGGATCTC 591
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 649 AAGATGATACTGAGAGAGAGAGGTCACCAGTCGTAGAGAATGGTTTTTCCAATGGGTCTC 708
Query 592 GGTCTTCT 599
||||||||
Sbjct 709 GGTCTTCT 716
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 178042480707
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5