BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478548
Length=5532
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G11964.1 | Symbols: | RNA binding;RNA binding | chr3:379395... 8058 0.0
> AT3G11964.1 | Symbols: | RNA binding;RNA binding | chr3:3793957-3806626
REVERSE LENGTH=5691
Length=5691
Score = 8058 bits (4363), Expect = 0.0
Identities = 4824/5043 (96%), Gaps = 46/5043 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 504 GGTGTTCTCTGCTAACGTGAAAAGCGTTGAAGACCATGGTTATATCCTTCATTTTGGATT 563
|||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 681 GGTGTTCTCTGCAAACGTGAAAAGCATCGAAGACCATGGTTCTATCCTTCATTTTGGATT 740
Query 564 ACCTTCTATCTCAGGATTCATCGAAATAAGCAACGATGGAAACCAGGAGTCAGTAATGAA 623
|||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 741 ACCTTCTATCACAGGATTTATCGAAATAAGCGACGATGGAAACCAGGAGTCAGGAATGAA 800
Query 624 GACTGGGCAGCTTATTCAGGGCGTGGTTACAAAGATCGATAGAGATCGTAAAGTTGTTCA 683
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 801 GACTGGGCAGCTTATTCAGGGTGTGGTTACAAAGATCGATAGAGACCGTAAAATTGTTCA 860
Query 684 TCTTAGTTCTGACCCAGATTCAGTGGCTAAGTGTCTGACCAAGGATCTTAATGGCATGTC 743
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 861 TCTTAGTTCTGACCCAGATTCAGTGGCAAAGTGTCTGACCAAGGATCTTAGTGGCATGTC 920
Query 744 GTTTGATCTTCTCATCCCAGGCATGATGGTTAATACTCGCGTGCAATCAGTCCTTGAGAA 803
||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 921 GTTTGATCTTCTCATCCCAGGAATGATGGTTAATGCTCGCGTGCAATCAGTCCTCGAGAA 980
Query 804 TGGGATACTGTTTGATTTTCTTACATACTTTAATGGAACAGTTGATCTCTTCCACCTAAA 863
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 981 TGGGATACTGTTTGATTTTCTTACGTACTTTAATGGAACGGTTGATCTCTTCCACCTAAA 1040
Query 864 AAATCCATTGTCTAACAAAAGCTGGAAGGATGAGTATAATCAGAATAAGATGGTTAATGC 923
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1041 AAATCCATTATCTAACAAAAGCTGGAAAGATGAGTATAATCAGAATAAGACGGTTAATGC 1100
Query 924 TAGAATATTGTTTATCGATCCATCATCTAGAGCTGTTGGTTTGACATTGAACCCTCATCT 983
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1101 TAGAATATTGTTTATCGATCCATCATCTCGAGCTGTTGGTTTGACATTGAGCCCTCATGT 1160
Query 984 TGTTTGTAACAAGGCTCCTCCGTTGCATGTCTTTAGTGGAGACATATTCGATGAAGCAAA 1043
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1161 TGTTTGTAACAAGGCTCCTCCATTGCATGTCTTTAGCGGAGACATATTCGACGAAGCAAA 1220
Query 1044 AGTAGTTCGTATTGATAAATCAGGCCTTCTTCTGGAACTTCCTTCTAAGCCCGTACCAAA 1103
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1221 AGTAGTTCGTATTGATAAATCAGGCCTTCTTCTGGAACTTCCCTCTAAGCCCACACCAAC 1280
Query 1104 TCCAGCATACATCAGCTTTAAGGAAGGAAATCACATCCGTGTTCGAATACTTGGCCTTAA 1163
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 1281 TCCAGCATACGTTAGCTTTAAGGAAGGAAATCACATCCGTGTTCGAGTACTCGGCCTTAA 1340
Query 1164 GCAGATGGAAGGGTTGGCCATAGGGACTTTAAAGGAAAGCGCCTTTGAAGGTCCAGTTTT 1223
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 GCAGATGGAGGGGTTGGCCGTAGGGACTTTAAAGGAAAGCGCCTTTGAAGGTCCAGTTTT 1400
Query 1224 CACCCACTCTGATGTC-AGACCTGGTATGGTGACAAAGGCAAAAGTCATATCTGTTGATA 1282
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401 CACCCACTCTGATGTCAAG-CCTGGTATGGTGACAAAGGCAAAAGTCATATCTGTTGATA 1459
Query 1283 CATTTGGTGCCATTGTCCAATTTGCGGGTGGTCTCAAAGCAATGTGCCCACTTCGGCATA 1342
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 CATTTGGTGCCATTGTCCAATTTTCGGGTGGTCTCAAAGCAATGTGCCCACTTCGGCATA 1519
Query 1343 TGTCTGAGTTTGAAGTTGCGAAGCCCAGGAAAAAGTTCAAGGTTGGAGCTGAGTTAGTAT 1402
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1520 TGTCTGAGTTTGAAGTTACGAAGCCTAGGAAAAAGTTCAAGGTTGGAGCTGAATTAGTAT 1579
Query 1403 TCCGTGTGCTTGGCTGCAAATCAAAGAGAATAACTGTTACCTACAAGAAAACACTTGTGA 1462
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1580 TCCGTGTGCTTGGCTGCAAATCAAAGAGAATAACTGTTACCTACAAAAAAACACTTGTGA 1639
Query 1463 AGTCTAAACTTCCAATTTTGAGTTCTTACACTGATGCAACTGAAGGGCTAGTGACGCATG 1522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 AGTCTAAACTTCCAATTTTGAGTTCTTACACTGATGCAACTGAAGGGCTAGTGACGCATG 1699
Query 1523 GTTGGATAACAAAGATTGAAAAGCATGGATGCTTTGTTCGCTTCTATAATGGAGTGCAAG 1582
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 GCTGGATAACAAAGATCGAAAAGCATGGATGCTTTGTTCGCTTCTATAATGGAGTGCAAG 1759
Query 1583 GATTTGTTCCCAGATTTGAACTTGGTTTAGAGCCTGGAGGTGATCCAGATTCAGTGTTTC 1642
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1760 GATTTGTTCCCAGATTTGAACTTGGTTTAGAGCCTGGAAGTGATCCAGATTCAGTGTTTC 1819
Query 1643 ATGTTGGGGAGGTTGTCAAATGTAGAGTAACCAGTGCAGTTCATGGTTCTCGAAGGATCA 1702
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||||
Sbjct 1820 ATGTTGGGGAGGTTGTCAAATGTAGAGTAACTAGTGCAGTTCATGGTACCCAAAGGATCA 1879
Query 1703 CCCTTAACGATTCAATCAAGTTAGGTAGCATTGTATCAGGGATAATTGATAGTATAACTA 1762
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1880 CCCTTAACGATTCGATCAAGTTAGGTAGCATTGTATCAGGGATAATTGATACTATAACTA 1939
Query 1763 GTCAGGCAGTCATTGTCCGTGTTAAATCTAAAGGTGTTCTCAAGGGTACAATTTCTGCTG 1822
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1940 GTCAGGCAGTCATTGTCCGTGTTAAATCCAAAAGTGTTGTCAAGGGTACAATTTCTGCTG 1999
Query 1823 AACATTTAGCTGATCATCATGAGCAAGCAAAAGTAATAATGTCACTTTTAAGACCTGGAT 1882
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2000 AACATTTAGCTGATCATCATGAGCAAGCAAAATTAATAATGTCACTTTTAAGACCTGGAT 2059
Query 1883 ATGAGCTTGATAAGCTGCTGGTACTAGACATTGAAGGCAACAACT-TGGCTCTCTCTTCA 1941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 2060 ATGAGCTTGATAAGCTGCTGGTACTAGACATTGAAGGCAACAA-TATGGCTCTCTCTTCA 2118
Query 1942 AAATATTCTCTCATTAAGTTAGCTGAAGAGCTTCCTTCGGATTTTAATCAGCTCCAGCCA 2001
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 AAATATTCTCTCATTAAGTTAGCTGAAGAGCTTCCTTCGGATTTTAATCAGCTCCAGCCA 2178
Query 2002 AACTCAGTGGTTCATGGTTATGTTTGTAACTTGATTGAAAATGGCTGCTTTGTCCGTTTT 2061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2179 AACTCAGTGGTTCATGGTTATGTTTGTAACTTGATTGAAAATGGCTGTTTTGTCCGTTTT 2238
Query 2062 CTTGGTCGGTTGACTGGTTTCGCCCCAAGAAGCAAGGCAATTGACGACCCCAGGGCAGAT 2121
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2239 CTTGGTCGGTTGACTGGTTTCGCCCCAAGAAGCAAGGCAATTGACGACCCCAAGGCAGAT 2298
Query 2122 CTGTCAGAATCCTTCTTTATTGGACAATCGGTTCGGGCTAATATAGTTGATGTCAATCAA 2181
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2299 GTGTCAGAATCCTTCTTTGTTGGACAATCAGTTCGGGCTAATATAGTTGATGTCAATCAA 2358
Query 2182 GAAAAAAGTAGGATAACTCTTTCATTGAAACAGTCATCTTGCGCATCTGTAGATGCTTCT 2241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2359 GAAAAAAGTAGGATAACTCTTTCATTGAAACAGTCATCTTGCGCATCTGTAGATGCTTCT 2418
Query 2242 TTTGTCCAAGAGTACTTCCTCATGGATGAGAAGATATCGGACCTGCAATCATCTGATTTT 2301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2419 TTTGTCCAAGAGTACTTCCTCATGGATGAGAAGATATCGGACCTGCAATCATCTGATATT 2478
Query 2302 ACTAAAAGTGAGTGTAGCTGGATTGAGAAATTCTCAATTGGGAGTTTGATCAAGGGAACC 2361
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2479 ACTAAAAGTGACTGTAGCTGGGTTGAGAAATTCTCAATTGGGAGTTTGATCAAGGGAACC 2538
Query 2362 ATACAGGAACAAAATGATCTGGGTGTGGTGGTGAATTTTGACAATATTAATAACGTCCTT 2421
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2539 ATACAGGAACAAAATGATCTTGGTGTGGTGGTGAATTTTGACAATATTAATAACGTCCTT 2598
Query 2422 GGTTTTATACCTCAGCATCATATGGGTGGAGCTACTTTGGTACCCGGTTCTGTTGTCAAT 2481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2599 GGTTTTATACCTCAGCATCATATGGGTGGAGCTACTTTGGTACCCGGTTCTGTTGTCAAT 2658
Query 2482 GCAGTTGTTCTTGATATTTCTAGGGCAGAGAGACTAGTTGATTTGTCTTTGAGGCCTGAG 2541
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2659 GCAGTTGTTCTTGATATATCTAGGGCAGAGAGACTAGTTGATTTGTCTTTGAGGCCTGAG 2718
Query 2542 CTCATGAACAACTTAACCAAAGAGGTGTCCAACAGTCAGTCGAAAAAGAAACGTAAAAGA 2601
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2719 CTCTTGAACAACTTAACCAAAGAGGTGTCCAACAGT---TCAAAAAAGAAACGTAAAAGA 2775
Query 2602 GGAATCTCCAAGGAACTTGAAGTCCACCAGAGGGTCAGTGCTGTTGTAGAGATTGTGAAG 2661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2776 GGAATCTCCAAGGAACTTGAAGTCCACCAGAGGGTCAGTGCTGTTGTAGAGATTGTGAAG 2835
Query 2662 GAGCAACACTTGGTTTTGTCGATTCCAGAGCATGGTTACACTATAGGATATGCATCAATA 2721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2836 GAGCAACACTTGGTTTTGTCGATTCCAGAGCATGGTTACACTATAGGATATGCATCAGTA 2895
Query 2722 TCAGACTATAACACACAGAAGTTGCCAGTGAAACAATTTTCCACTGGCCAAAGTGTTGTT 2781
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2896 TCAGACTATAACACTCAGAAGTTGCCAGTGAAACAATTTTCCACTGGACAAAGTGTTGTT 2955
Query 2782 GCTTCTGTTAAGGCTGTGCAAAACCCTTTAACGTCTGGGAGGTTGCTTTTACTTCTTGAC 2841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2956 GCTTCTGTTAAGGCTGTGCAAAACCCTTTAACGTCTGGGAGGTTGCTTTTACTTCTTGAC 3015
Query 2842 TCTGTTTCCGGCACTTCTGAGACTTCCCGTTCTAAGAGGGCAAAGAAGAAATCCAGCTGT 2901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3016 TCTGTTTCCGGCACTTCTGAGACTTCCCGTTCTAAGAGGGCAAAGAAGAAATCCAGCTGT 3075
Query 2902 GAAGTTGGTTCTGTCGTCCACGCAGAGATTACTGAAATAAAGCCTTTTGAACTTAGAGTA 2961
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3076 GAAGTTGGTTCTGTTGTCCACGCCGAGATTACTGAAATAAAGCCTTTTGAACTTAGAGTA 3135
Query 2962 AACTTTGGCAACAGTTTCCGAGGAAGAATCCACATAACTGAGGT------AAATGATGCA 3015
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3136 AACTTTGGCAACAGTTTCCGAGGGAGAATCCACATAACTGAGGTTCTTGTAAATGATGCG 3195
Query 3016 AGTACAAGTGATGAACCTTTTGCCAAATTCAGAGTTGGGCAATCAATGTCTGCAAGGGTT 3075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3196 AGTACAAGTGATGAACCTTTTGCCAAATTCAGAGTTGGGCAATCAATTTCTGCAAGGGTT 3255
Query 3076 GTTGCAAAGCCGTGTCATACTGATATTAAAAAGACTCAACTTTGGGAGCTTTCTGTAAAG 3135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3256 GTTGCAAAGCCGTGTCATACTGATATTAAAAAGACTCAACTTTGGGAGCTTTCTGTAAAG 3315
Query 3136 CCGGCAATGCTTAGAGATTCCAGTGAGTTGAATGACATAAAAGAGAGTGAACAACTTGAG 3195
|| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 3316 CCTGCAATGCTTAAAGATTCCAGTGAGTTTAATGACACACAAGAGAGTGAACAACTTGAG 3375
Query 3196 TTTGTTGCTGGACAATGTGTCAATGGATATGTCTACAAAGTGGATAAGGAATGGGTTTGG 3255
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3376 TTTGCTGCTGGACAATGTGTCATTGGATATGTCTACAAAGTGGATAAGGAATGGGTTTGG 3435
Query 3256 TTAGCAATATCTCGCAACGTGACGGCACGCATATTCATTTTAGACAC-TGCATGCGAAGC 3314
|||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||
Sbjct 3436 TTAGCAGTATCTCGCAACGTGACAGCACGCATATTCATATTAGACACAT-CATGCAAAGC 3494
Query 3315 TCATGAACTTGAGGAGTTCGAAAGGCGTTTTCCCATTGGTAAAGCTGTTTCAGGCTATGT 3374
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3495 TCATGAACTTGAAGAGTTTGAAAGGCGTTTTCCCATCGGTAAAGCTGTTTCAGGCTATGT 3554
Query 3375 TTTGACATACAATAAAGAGAAAAGAACATTACGGTTGGTTCAGCGTCCACTACTTGAT-A 3433
|||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 3555 TTTGACGTACAATAAAGAGAAAAAAACATTACGGTTGGTTCAGCGTCCACTACT-GTTTA 3613
Query 3434 TCCACAAAAGCATTGCCAACGGTGGAGGCAGCAAAACAGATAAACTAGACAGTAGCATTC 3493
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3614 TCCACAAAAGCATTGCCAATGGTGGAGGCAGCAAAACGGATAAACCAGACAGTAGCATTC 3673
Query 3494 CTGTTGATGATGGTACTCTATTTATTCATGAAGGAGACATTCTGGGTGGAAGAATTTCTA 3553
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3674 CTGGTGATGATGATACTCTATTTATTCATGAAGGAGACATTCTGGGTGGAAGAATTTCTA 3733
Query 3554 AGATACTTCCTGGTGTTGGTGGATTTCGTGTGCAAATAGGTCCTTATGTATTCGGGAGAG 3613
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3734 AGATACTTCCTGGTGTTGGTGGACTTCGTGTGCAATTAGGTCCTTATGTATTCGGGAGAG 3793
Query 3614 TTCATTTTACTGAAATCAATGATTTATGGGTACCCA-ATCCATTAGATGGTTTTCGTGAA 3672
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3794 TTCATTTTACTGAAATCAATGATTCATGGGT-CCCTGATCCATTAGATGGTTTTCGTGAA 3852
Query 3673 GGCCAGTTTGTCAAATGCAAGGTCTTAGAAATCAGCAGTTCTAGTAAAGGGACTTGGCAA 3732
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3853 GGCCAGTTTGTCAAATGTAAGGTCTTAGAAATCAGCAGTTCTAGTAAAGGGACTTGGCAA 3912
Query 3733 ATTGAACTGTCATTGCGGACATCACTAGTTGGCATGAGTTCTGCTGACCATCTCTCAGAA 3792
|||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3913 ATTGAACTGTCATTACGGACCTCACTAGATGGCATGAGTTCTGCTGACCATCTCTCAGAA 3972
Query 3793 GATTTGAATAATAATGACAATGTTTGTAAGCGTTTTGAGAGAATTGAAGATCTTTCTCCT 3852
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 3973 GATTTGAAGAATAATGATAATGTTTGTAAGCGTTTTGAGAGGATTGAAGATCTTTCGCCT 4032
Query 3853 GATATGGGCGTCCAGGGTTATGTAAAAAATACGATGTCGAAAGGTTGTTTTATTATACTT 3912
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4033 GATATGGGCGTCCAGGGTTATGTCAAAAATACGATGTCGAAAGGTTGTTTTATTATACTT 4092
Query 3913 TCAAGGACAGTAGAGGCAAAAGTTAAACTGTCAAATTTATGTGATACTTTTGTTAAGGAA 3972
||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4093 TCAAGGACAGTGGAGGCAAAAGTTCGACTGTCAAATTTATGTGATACGTTTGTTAAGGAA 4152
Query 3973 CCCGAAAAGGAATTTCCAGTAGGAAAACTTGTAACTGGCAGGGTTTTAAATGTGGAGCCT 4032
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4153 CCCGAAAAGGAATTTCCAGTAGGAAAACTTGTGACTGGCAGGGTTTTAAATGTGGAGCCT 4212
Query 4033 TTATCCAAGCGGATAGAAGTCACTTTGAAGACAGCAAATGCTGGTGGGCAGCCAAAATCT 4092
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4213 TTATCCAAGCGGATAGAAGTCACTTTGAAGACAGTAAATGCTGGTGGGCGGCCAAAATCT 4272
Query 4093 GAATCTTATGACATGAAGAAATTCCATGTTGGAGATATGATTTCTGGGAGAATCAAACGT 4152
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4273 GAATCTTATGACTTGAAGAAACTCCATGTTGGAGATATGATTTCTGGGAGAATCAGACGT 4332
Query 4153 GTGGAGCCCTATGGCTTATTCATTGACATTGATCAAACTGGCATGGTTGGATTATGTCAC 4212
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4333 GTGGAGCCCTTTGGCTTATTCATTGACATTGATCAAACTGGCATGGTTGGATTATGTCAC 4392
Query 4213 ATAACACAGCTTTCGGATGATCGTATCGAGAATGTACAAGCCAGGTATAAAGCTGGGGAG 4272
||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 4393 ATATCACAGCTTTCTGATGATCGTATGGAGAATGTACAAGCCAGATATAAGGCTGGGGAG 4452
Query 4273 AGCGTCAGCGCAAAGATTTTGAAGCTGGACGAGAAAAAGC-GACGTATATCGCTCGGAAT 4331
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||
Sbjct 4453 AGCGTCCGCGCAAAGATTTTGAAGCTGGACGAGGAAAAGAAG-CGTATATCACTCGGAAT 4511
Query 4332 GAAAAGTTCTTATCTTATGAATGGTGATGATGTCAAGGCACAACCACCTTCCCAAGACAA 4391
||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 4512 GAAGAGTTCCTATCTTATGAATGGTGATGATGACAAGGCACAACCACTTTCCGAAGACAA 4571
Query 4392 CGCTGATGAAACAAGCATGGAATGTGATCCAATCAATAATCCGAAGACGGAAGTTCTTGC 4451
| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 4572 C----A-----CAAGCATGGAATGTGATCCAATCAATGATCCGAAGTCGGAAGTTCTTGC 4622
Query 4452 AGCAGTCGGTGATTTTGGGTTCCAGGAAACAAGCGGTGGAAGACATAGTGGAACTTCTCT 4511
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || ||
Sbjct 4623 AGCAGTCGATGATTTTGGGTTCCAGGAAACAAGCGGTGGAA--C-T--T----CT-CT-- 4670
Query 4512 GGTTCTTGCCCAAGTAGAATCAAGGGCTTCTATCCCTCCGCTTGAGGTTGACCTTGATGA 4571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4671 GGTTCTTGCCCAAGTAGAATCAAGGGCTTCTATCCCTCCGCTTGAGGTTGACCTTGATGA 4730
Query 4572 CATTGAGGAGACGGACTTTGACAACAACCAAAATCAGGAGAAACTACTGGGAGCCGATaa 4631
||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4731 CATTGAGGAGACGGACTTTGACAGCAGCCAGAATCAGGAGAAACTACTGGGAGCCAATAA 4790
Query 4632 agatgaaaagagcaagagaagggaaaagcaaaaagacaaggaggaaagagagaaaaaaaT 4691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 4791 AGATGAAAAGAGCAAGAGAAGGGAAAAGCAAAAAGACAAAGAGGAAAGAGAGAAGAAAAT 4850
Query 4692 ACAAGCTGCTGAAGGAAGATTGCTGGAGCATCATGCACCTGAGAGTGCTGATGAGTTTGA 4751
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 4851 ACAAGCTGCTGAAGGAAGATTGCTGGAGCATCATGCACCTGAGAATGCTGATGAATTTGA 4910
Query 4752 GAAATTGGTTAGAAGCTCTCCAAACAGCAGCTTTGTCTGGATAAAATATATGGCATTCAT 4811
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4911 GAAATTGGTTAGAAGCTCTCCAAACAGCAGCTTTGTCTGGATAAAATATATGGCGTTCAT 4970
Query 4812 GCTCAGCTTGGCTGATATTGAGAAAGCCAGGTCTATTGCTGAGAGGGCCTTGAGGACTAT 4871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4971 GCTCAGCTTGGCTGATATTGAGAAAGCCAGGTCTATTGCTGAGAGGGCCTTGAGGACTAT 5030
Query 4872 AAATATTCGTGAGGAAGAAGAGAAGCTAAACATATGGGTTGCTTACTTCAATTTGGAAAA 4931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5031 AAATATTCGTGAGGAAGAAGAGAAGCTAAACATATGGGTTGCTTACTTCAATTTGGAAAA 5090
Query 4932 TGAACATGGAAGTCCACCAGAGGAAGCGGTTAAGAAAGTGTTTGAAAGGGCCCGTCAATA 4991
||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5091 TGAACATGGAAATCCACCAGAGGAATCTGTTAAGAAAGTGTTTGAAAGGGCCCGTCAATA 5150
Query 4992 CTGTGACCCAAAGAAAGTTTACCTCGCACTCTTGGGCGTGTACGAGAGAACAGAGCAATA 5051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5151 CTGTGACCCAAAGAAAGTTTACCTCGCACTCTTGGGCGTGTACGAGAGAACAGAGCAATA 5210
Query 5052 TAAATTGGTTGATAAGCTGCTTGATGAGATGGTTAAAAAGTTCAAGCAATCTTGCAAGAT 5111
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5211 TAAATTGGCTGATAAGCTGCTTGATGAGATGATTAAAAAGTTCAAGCAATCTTGCAAGAT 5270
Query 5112 TTGGTTAAGGAAAATACAAAGTTCTCT-ACAACAAAACGAGGAAGGCATTCAATCCGTTG 5170
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 5271 TTGGTTAAGGAAAATACAAAGTTCTCTGA-AACAAAACGAGGAAGCCATACAATCCGTTG 5329
Query 5171 TGAATCGCGCCTTGCTATGTCTTCCACGCCATAAGCACATTAAGTTCATATCACAGACTG 5230
||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5330 TGAATCGTGCCTTGCTATGTCTTCCCCGCCATAAGCACATAAAGTTCATATCACAGACTG 5389
Query 5231 CTATCCTTGAGTTCAAATGTGGAGTTGCCGATAGAGGGAGATCACTGTTTGAAGGCGTTC 5290
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5390 CCATCCTTGAGTTCAAATGTGGAGTTGCGGATAGAGGGAGATCACTGTTTGAAGGTGTTC 5449
Query 5291 TTAGGGAATACCCGAAAAGAACAGATTTGTGGAGTGTTTATCTTGACCAAGAGATCCGGC 5350
||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5450 TTAGGGAATACCCAAAAAGAACAGACTTGTGGAGCGTTTATCTTGACCAAGAGATCCGGC 5509
Query 5351 TGGGAGAAG-TGGATGTAATTAGATCTTTATTCGAGAGAGCCATTAGCTTGAGCTTGCCT 5409
| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5510 TTGGAGAAGATG-ATGTAATTAGATCTTTATTCGAGAGAGCCATTAGCTTGAGCTTGCCC 5568
Query 5410 CCCAAGAAGATGAAGTTCTTGTTCAAGAAGTTCTTGGAATATGAGAAATCTGTTGGTGAA 5469
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5569 CCCAAGAAGATGAAGTTTTTGTTCAAGAAGTTCTTGGAATATGAGAAATCTGTTGGTGAC 5628
Query 5470 AAGGAGAGAGCCGAATACGTGAAACAGAGGGCGCTGGAGTACGCAAAAAGTACTTTGGCC 5529
||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 5629 GAGGAGAGAGTCGAATACGTGAAACAGAGGGCGATGGAGTATGCAAACAGTACCTTGGCC 5688
Query 5530 TGA 5532
|||
Sbjct 5689 TGA 5691
Score = 791 bits (428), Expect = 0.0
Identities = 482/508 (95%), Gaps = 3/508 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTAGTACCGCAGAAGAAATTTGCTAATGGAAAACGTCATGATTCTACAAAGTCCTTT 60
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTTGTACCGCAGAAGAAATTTGCTAATGGAAAACGTAATGATTCTACAAAGTCCTTT 60
Query 61 AAACCAACGAAGAAACCGTTTAAGAAGACCAAGGACGATGTAGCTGCTAGGTCTGAAGCC 120
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAACCAATGAAGAAACCGTTTAAGAAGACCAAGGACGATGTAGCTGCTAGGTCTGAAGCC 120
Query 121 ATGGCTCTTCAGCTCGACGATGTTCTTGACTTTCCTCGAGGTGGAGGGACTTCTCTGAGT 180
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 ATGGCTCTTCAGCTCGAAGATGTTCCCGACTTTCCTCGAGGTGGAGGTACTTCTCTGAGT 180
Query 181 AAAAAAGAGCGTGAGAAAATTTATGAAGAAGTCGATGCTGAGTTTGACGCTGATGAGCGT 240
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAAAAAGAGCGTGAGAAACTTTATGAAGAAGTCGATGCTGAGTTTGACGCTGATGAGCGT 240
Query 241 GTTTCTAAGAAGAGTAAAGGAGGAAAGTCTAAAAAGAGAATCCCTAGCGATGTAGACGAA 300
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 241 GTTTCTAAGAAGAGTAAAGGGGGTAAGTCTAAAAAGAGAATCCCTAGCGATTTAGACGAC 300
Query 301 TTGGGATTGCTTTTTGGCGGC--C-TTAATGGAAAACGGCCAAGATATGCCAATAAGATT 357
||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTGGGTTTGCTTTTTGGCGGCGGCCTTCATGGAAAACGGCCAAGATATGCCAATAAGATT 360
Query 358 ACCACTAAGAATATCTCCCCAGGAATGAAGCTTTTGGGAGTTGTTATTGAAGTAAACCAG 417
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 361 ACCACTAAGAATATTTCCCCAGGAATGAAACTTTTGGGAGTTGTTACTGAAGTAAACCAG 420
Query 418 AAGGATATTGTAATTAGTCTTCCAGGGGGATTACGTGGATTAGTTCGCGCAAGCGAGGCA 477
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 421 AAGGATATTGTAATTAGTCTTCCAGGGGGCTTACGCGGATTAGTTCGTGCAAGCGAGGTA 480
Query 478 TCAGATTTTACTGATCTTGGGATTGAGG 505
||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 481 TCAGATTTTACAGATCGTGGGATTGAGG 508
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 276169021215
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5