BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478549
Length=2113
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G11980.1 | Symbols: MS2, FAR2 | Jojoba acyl CoA reductase-re... 3369 0.0
> AT3G11980.1 | Symbols: MS2, FAR2 | Jojoba acyl CoA reductase-related
male sterility protein | chr3:3814236-3817117 FORWARD
LENGTH=2112
Length=2112
Score = 3369 bits (1824), Expect = 0.0
Identities = 2022/2118 (95%), Gaps = 11/2118 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATTCTGTTCTTGGTTTACTTAATCTTCTTTCTAGTTAAGTATATTCTTGTTGCTCATCAC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATTCTGTTCTTGGTTTACTTAATCTTCTTTCTAGTTAAGTATATTCTTGTTGCTCATCAC 60
Query 61 CAAAGCTTGTGATGGAGGCtctcttcttgagttcttcttcttcttcCTCCATCGTTGCAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || |
Sbjct 61 CAAAGCTTGTGATGGAGGCTCTCTTCTTGAG---TTCTTCTTCTTCCTCCATTGTAGCGT 117
Query 121 CAAACAAACTTGCTAGATTACACAACCGTTGTGACTGGTCTACATTGGTTAGAGATAAGA 180
||||||| ||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 118 CAAACAAGCTTACTAGGTTACACAACCATTGTGTCTGGTCTACAGTGATTAGAGATAAGA 177
Query 181 AAAGGGTCGGTCCCACTTGGTGCCGTGTA---GGTGGTGGTGATGGTGGGAGAAACAGTA 237
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 AAAGGTTCGGTCCCACTTGGTGCCGTGTAGGTGGTGGTGGTGATGGTGGGAGAAACAGTA 237
Query 238 ACGCAGAGAGACCTATTCGGGTTTCTTCGCTTTTGAAAGACAGAGGTCAGGTACTGATTA 297
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 ACGCAGAGAGGCCTATTCGGGTTTCTTCGCTTTTGAAAGACAGAGGTCAGGTACTGATTA 297
Query 298 GGGAACAGAGTTCGCCGGCTATGGATGCTGAGACATTGGTTCTGTCTCCAAACGGGAATG 357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 GGGAACAGAGTTCGCCGGCTATGGATGCTGAGACATTGGTTCTGTCTCCAAACGGGAATG 357
Query 358 GGAGAACCATTGAGATCAATGGAGTAAAGACTTTGATGCCTTTTAGTGGTGCTGCTATGG 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 358 GGAGAACCATTGAGATCAATGGAGTAAAGACTTTGATGCCTTTTAGTGGCGCTTCTATGG 417
Query 418 TTGGTATGAAAGAAGGACTTGGCATAATCAGTTTCCTCCAAGGGAAGAAGTTTCTAATCA 477
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TGGGGATGAAAGAAGGACTTGGCATAATCAGTTTCCTCCAAGGGAAGAAGTTTCTAATCA 477
Query 478 CTGGCTCGACCGGTTTCTTAGCTAAAGTACTGATTGAGAAAGTCTTGAGAATGGCTCCTG 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 CTGGCTCGACCGGTTTCTTAGCTAAAGTACTGATTGAGAAAGTCTTGAGAATGGCTCCTG 537
Query 538 ATGTTAGCAAGATATATCTCTTGATTAAAGCTAAAAACAAAGAAGCTGCCATCGAGCGGT 597
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 538 ATGTCAGCAAGATATATCTCTTGATTAAAGCCAAAAGCAAAGAAGCTGCGATCGAGCGGC 597
Query 598 TAAAGAACGAGGTGTTAGATGCAGAGCTTTTTAATAGTCTAAAAGAGACTCATGGAGCAT 657
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TAAAGAACGAGGTGTTAGATGCAGAGCTTTTTAATACTCTAAAAGAGACTCATGGAGCAT 657
Query 658 CGTACATGTCATTCATGTTAACTAAACTCATCCCTGTGACCGGAAACATTTGCGATTCAG 717
| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CTTACATGTCTTTCATGTTAACTAAACTCATCCCTGTGACCGGAAACATTTGCGATTCAA 717
Query 718 ACATTGGTTTGCAAGCAGATTCAGCTGAGGAGATTGCTAAAGAAGTTGATGTGATTATCA 777
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 718 ACATTGGGTTGCAAGCAGATTCAGCTGAAGAGATTGCGAAAGAAGTTGATGTTATAATCA 777
Query 778 ATTCTGCTGCTAATACAACCTTCAATGAAAGATACGATGTTTCTCTGGACATAAACACAA 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 778 ATTCTGCTGCTAATACAACCTTCAATGAAAGATACGATGTTGCTCTGGACATCAACACAA 837
Query 838 GAGGGCCCGGTAATCTCATGGGATTCGCCAAGAAGTGCAAGAAGCTCAAGCTGTTCTTGC 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 838 GAGGGCCCGGTAATCTCATGGGATTCGCCAAGAAGTGCAAGAAACTCAAACTGTTCTTGC 897
Query 898 AAGTATCCACAGCTTATGTGAATGGACAAAGACAAGGAAGGATCATGGAGATGCCATTCT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 898 AAGTATCCACAGCTTATGTGAATGGACAAAGACAAGGAAGGATCATGGAGAAGCCATTTT 957
Query 958 CGATGGGAGATTGTATAGCAACCGAGAACTTCCTCGAAGGAAACAGAAAAGCATTAGATG 1017
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 CTATGGGAGATTGTATAGCAACAGAGAACTTCCTCGAAGGAAACAGAAAAGCATTAGATG 1017
Query 1018 TTGATAGAGAGATGAAGTTAGCTCTTGAAGCTGCTAGAAAAGGGACTCAAAATCAAGATG 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TTGATAGAGAGATGAAGTTAGCTCTTGAAGCTGCTAGAAAAGGGACTCAAAATCAAGATG 1077
Query 1078 AGGCGCAGAAGATGAAGGATCTCGGTCTAGAGAGGGCAAGATCATATGGATGGCAAGACA 1137
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 AGGCACAGAAGATGAAGGATCTCGGTCTAGAGCGGGCAAGATCATATGGATGGCAAGACA 1137
Query 1138 CTTATGTTTTCACGAAAGCAATGGGTGAAATGATGATCAATAGCACTAGAGGAGACGTAC 1197
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1138 CTTATGTTTTCACCAAAGCAATGGGTGAGATGATGATCAATAGCACTCGAGGAGACGTAC 1197
Query 1198 CTGTTGTTATTATAAGGCCCAGCGTCATCGAAAGCACGTACAAAGACCCTTTCCCTGGAT 1257
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1198 CTGTTGTTATTATAAGGCCTAGCGTCATCGAAAGCACTTACAAAGATCCTTTCCCTGGAT 1257
Query 1258 GGATGGAAGGAAACAGGATGATGGATCCTATAGTTCTATGTTACGGGAAGGGACAGCTCA 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1258 GGATGGAAGGAAACAGGATGATGGATCCTATAGTTTTATGTTACGGGAAGGGGCAACTCA 1317
Query 1318 CGGGGTTTCTGGTTGATCCAAAAGGAGTTCTTGATGTGGTTCCTGCTGATATGGTTGTTA 1377
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CGGGGTTTTTGGTTGATCCAAAAGGAGTTCTTGATGTAGTTCCTGCTGATATGGTTGTTA 1377
Query 1378 ATGCAACATTAGCTGCTATAGCAAAGCATGGAATGGCAATGTCAGATCCGGAACCTGAAA 1437
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 ATGCAACGTTAGCTGCTATAGCAAAGCATGGAATGGCAATGTCAGATCCGGAACCTGAAA 1437
Query 1438 TAAATGTGTATCAGATCGCTTCTTCGGCGATAAACCCGCTGGTTTTCGAAGACTTAGCGG 1497
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TAAACGTGTATCAGATCGCTTCTTCGGCGATAAACCCGCTGGTTTTCGAAGACTTAGCGG 1497
Query 1498 AGCTTCTTTATAACCACTACAAGTCATCCCCGTGCATGGACTCTAAAGGTGATCCAATTA 1557
|||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1498 AGCTTCTTTATAACCACTACAAAACATCCCCATGCATGGACTCTAAAGGTGATCCTATTA 1557
Query 1558 TGGTGCGTTTGATGAAACTTTTCAATTCAGTTGACGATTTCTCGGATCATTTGTGGAGAG 1617
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TGGTGCGTTTGATGAAACTTTTCAATTCCGTTGATGATTTCTCGGATCATTTGTGGAGAG 1617
Query 1618 ATGCTCAAGAACGGAGCGGGTTGATGAGTGGTATGAGCTCAGTGGATAATAAGATGATGC 1677
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1618 ATGCTCAAGAACGGAGTGGGTTGATGAGTGGTATGAGTTCAGTGGATAGTAAGATGATGC 1677
Query 1678 AGAAGCTAAAGTTTATATGCAAGAAATCTGTTGAACAAGCCAAACACCTTGCTACTATTT 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 AGAAGCTAAAGTTTATATGCAAGAAATCTGTTGAACAAGCCAAACACCTTGCTACTATTT 1737
Query 1738 ATGAGCCATACACTTTCTATGGTGGAAGATTTGACAACAGCAATACACAGAGATTAATGG 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 ATGAGCCATACACTTTCTATGGTGGAAGATTTGATAACAGCAATACACAGAGATTAATGG 1797
Query 1798 AGAAGATGTCAGAGGACGAGAAGAGAGAGTTTGGGTTTGATGTTGGAAGCATTAACTGGA 1857
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 AGAATATGTCAGAGGACGAGAAGAGAGAATTTGGATTTGATGTTGGAAGCATTAACTGGA 1857
Query 1858 CGGACTACATTACAAATGTTCACATTCCCGGTTTAAGAAGGCATGTCTTGAAAGGAAGAG 1917
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 CGGACTACATTACAAACGTTCACATTCCCGGTTTAAGAAGGCATGTCTTGAAAGGAAGAG 1917
Query 1918 CTTAAAATTCAAATCTCACTTAACCAGACCAAACAAAATCAATCCTTTCTTTCATCtttt 1977
||||| || || ||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||
Sbjct 1918 CTTAACTTTGAA-TCTCACTAAACCAGACCAAACAGAATCGATCCCTTCTTTTATCTTTT 1976
Query 1978 ttttttttttttttttCATTCCATGTAATCGTGTTGTGTCTAATATATCAGTTTGATTTG 2037
| | ||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TATCTTTTTCTTTTTTCATTACGTGTAATCGTGTTGTGTCTAATATATCAGTTTGATTTG 2036
Query 2038 TAATAATTTGAAGAGAAAAG-GGAG-TGTTGTTATCTTCAAGTTTGCCCAAAATCTTTAG 2095
|||||||||||| | |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 2037 TAATAATTTGAA-A-AAAACCGGAAATGTTGTTATCTTTAAGTTTGCCCAAAATCTATAG 2094
Query 2096 TCATGTTCGATCCAAGAC 2113
||||||||||| ||||||
Sbjct 2095 TCATGTTCGATTCAAGAC 2112
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104768537415
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5