BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478590
Length=3483
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G12280.1 | Symbols: RBR1, RBR, RB, ATRBR1, RB1 | retinoblast... 5690 0.0
> AT3G12280.1 | Symbols: RBR1, RBR, RB, ATRBR1, RB1 | retinoblastoma-related
1 | chr3:3913412-3919133 REVERSE LENGTH=3561
Length=3561
Score = 5690 bits (3081), Expect = 0.0
Identities = 3330/3449 (97%), Gaps = 22/3449 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTTAGGGTTTGCCGCATAATCGGACCCCATTCT------AG-AGA--GAAGTCAGGTG 51
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||
Sbjct 7 TTTTTAGGGTTTGCCGCATAATCAGACCCCATTCTAGAGAGAGAAGAGGGAAGTCAGGTG 66
Query 52 AAGATAGAGAGAGACACTTAGAGGAGGG-AAATTTGTAGGGTTTGCGGAGATCTCTGTGA 110
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 67 AAGATAGAGAGAGACACTGAGAGGAGGGAAAATTTGTAGGGTTTTCGGAGATCTCTGTGA 126
Query 111 TTCTTCTGAATTTGTCGAATTTTTTGGAGGAGGCGTTAGAAGTCGGACTTGTTAAAAATT 170
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |
Sbjct 127 TTCCTCTGAATTTGTCGAATTTTTTGGAGGAGGCGTTAGAAGTCGGGCTTCTTAAAAA-T 185
Query 171 TAGATCTTCTGCTCA-GCTTTAATCGGTGACGTTTGGTTTTGGGATCTGTGACACAAAAA 229
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 186 CAGATCTTCTGCTCAGGCTTTAATCGGCGACGTCTGGTATTGGGATCTGTGACACAAAAA 245
Query 230 GCTGCGTTGGAGACTATGGAAGAAGTTCAGCCTCCAGTGACCCCGCCCATTGACCCTAAT 289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 246 GCTGCGTTGGAGACTATGGAAGAAGTTCAGCCTCCAGTGACCCCGCCCATTGAACCAAAT 305
Query 290 GGGAAAAGAAGCGAAGCGTCTCTCTTAGACATATGCGAGAAAGTTCTGTCTCTTGATGGG 349
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 306 GGGAAAAGAAGCGAAGCCTCTCTCTTGGACATATGCGAGAAAGTTCTGTCTCTTGATGGG 365
Query 350 AGCACTTGCGATGAAGCTTTGAAGTTGTTTACAGAAACCAAACGAATTTTGTCAGCAAGC 409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 AGCACTTGCGATGAAGCTTTGAAGTTGTTTACAGAAACCAAACGAATTTTGTCAGCAAGC 425
Query 410 ATGTCTAACATTGGAAGTGGAACGCGGGAGGAAGTAGAGAGGTTCTGGTTTGCGTTTATT 469
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 426 ATGTCTAACATTGGAAGTGGAACGCGGGAAGAAGTAGAGAGGTTCTGGTTTGCGTTTATT 485
Query 470 CTCTATTCAGTGAAGAGGCTTAGTGTGAGAAAAGAAGCGGATGGTCAGTCAGTGTCTGGT 529
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 486 CTCTATTCAGTGAAGAGGCTTAGTGTGAGAAAAGAAGCGGATGGTCTGTCAGTGTCTGGT 545
Query 530 GATAATGGGTTTAATCTATGTCAGATACTGAGGGCTCTGAAGCTAAATATTGTGGAtttt 589
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 546 GATAATGAGTTTAATCTATGTCAGATACTGAGGGCTCTGAAGCTAAATATTGTGGATTTT 605
Query 590 tttAAAGAGTTACCTCAGTTTGTGGTCAAGGCTGGATCTGTACTAGGTGAACTTTATGGC 649
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 606 TTTAAAGAGTTACCTCAGTTTGTGGTCAAGGCTGGATCTGTACTGGGTGAACTTTACGGC 665
Query 650 GCAGACTGGGAGAACAGACTTCAGGCAAAGGAGTTGCAGGCTAACTTTGTGCATCTTAGC 709
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 GCAGACTGGGAGAACAGACTTCAGGCAAAGGAGGTGCAGGCTAACTTTGTGCATCTTAGC 725
Query 710 CTTCTAAGCAAATACTACAAACGTGGGTTCCGCGAATTCTTCTTGACATATGATGCAAAC 769
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 726 CTTCTAAGCAAATACTACAAACGTGGGTTCCGGGAATTCTTTTTGACATATGATGCAAAC 785
Query 770 GCAGAAAAGAACTCAGCAAACTCTTCTACCTATTTGGC-GGATAGTTATCGTTTTGGATG 828
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 786 GCAGAAAAGAACTCAGCAAACTCTTCTACCTATTT-GCTGGATAGTTATCGTTTTGGATG 844
Query 829 GCTACTCTTTTTGGCACTCCGAAACCATGCGTTTAGTCGATTTAAGGACCTCGTGACTTG 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 845 GCTACTCTTTTTGGCACTCCGAAACCATGCGTTTAGTCGATTTAAGGACCTCGTGACATG 904
Query 889 CTCAAATGGCGTAGTTTCTATATTGGCTATTTT-ATTCATACATGTTCCTTGTCGGTTTA 947
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 CTCAAATGGCGTAGTTTCTATATTGGCTATTTTGA-TCATACATGTTCCTTGTCGGTTTA 963
Query 948 GAAATTTCAGCATCCAAGATTCTTCTCGCTTTGTTAATAAAGGTGACAAAGGTGTAGACT 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 964 GAAATTTCAGCATCCAAGATTCTTCTCGCTTTGTTAAGAAAGGTGACAAAGGTGTAGACT 1023
Query 1008 TGGTTGCATCACTTTGCAAGATATATGACTCCTCTGAAGATGAGTTGAGGATAGTAATTG 1067
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 TGGTTGCATCACTTTGCAAGATATATGACGCCTCAGAAGATGAGTTGAGGATAGTAATTG 1083
Query 1068 ACAAGGCAAATAATTTGGTAGAAACCATATTGAAGAAAAAGCCATCTCCAGCATCTGATT 1127
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1084 ACAAGGCAAATAATTTGGTAGAAACCATACTGAAGAAAAAGCCATCTCCAGCATCTGAGT 1143
Query 1128 GCCAAACTGACAAGCTAGATAATATTGACCCAGATGGCTTGACCTACTTTGAGGATTTAC 1187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144 GCCAAACTGACAAGCTAGATAATATTGACCCAGATGGCTTGACCTACTTTGAGGATTTAC 1203
Query 1188 TGGAGGAGACGTCCATCTCATCTAGCTTGATTACGCTAGAAAAGGATTACGACGATGGTA 1247
|||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||| | |||||||
Sbjct 1204 TGGAAGAGACGTCCATCTCAACTAGCTTAATTACACTTGAAAAGGATTACTATGATGGTA 1263
Query 1248 AAGGCGAACTCGATGAGAGGGTATTCATCAATGAAGAGGATAGCTTACTTGGATCTGGAA 1307
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264 AAGGCGAACTTGATGAGAGGGTATTCATCAATGAAGAGGATAGCTTACTTGGATCTGGAA 1323
Query 1308 GCTTATCTGCTGGAGCTGTAAATATTACTGGTGTCAAGAGGAAAAGTGATGCTTTGAGCT 1367
|||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1324 GCTTATCTGCAGGAGCTGTTAATATTACTGGTGTTAAGAGGAAAATTGATGCTTTGAGCT 1383
Query 1368 CACCTGCAAGGACATTGATAAGCCCACTCTCTCCTCATACGTCACCTGCTGCTAAGACAA 1427
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1384 CACCTGCAAGGACATTTATAAGCCCACTTTCTCCTCATAAGTCGCCTGCTGCTAAGACAA 1443
Query 1428 ATGGTATTAGCGGTGCTACCAAGTTGGCAGCAACACCAGTGAGCACAGCAATGACAACTG 1487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 ATGGTATTAGCGGTGCTACCAAGTTGGCAGCAACACCAGTGAGCACAGCAATGACAACTG 1503
Query 1488 CCAAGTGGCTCAGGACTGTCATATGCCCGCTTCTGCCAAAACCTTCTCCTGGATTGGAAC 1547
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1504 CCAAGTGGCTCAGGACTGTCATATCCCCGCTTCTGCCAAAACCTTCTCCTGGGTTGGAAC 1563
Query 1548 ATTTCCTTAAATCATGTGACAGAGATATAACAAATGACGTCACACGAAGAGCTCACATAA 1607
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1564 ATTTCCTTAAATCATGTGATAGGGATATAACAAATGACGTCACACGAAGAGCACACATAA 1623
Query 1608 TATTGGAAGCTATTTTTCCAAATAGTTCCCTTGGTGCCCAATGTGGAGGTGGAAGTTTGC 1667
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 TATTGGAAGCTATTTTCCCAAATAGTTCCCTTGGTGCCCAATGTGGAGGTGGAAGTTTGC 1683
Query 1668 AAGCTGTTGACCTGATGGATGACATATGGGCAGAGCAGCGGAGATTAGAAGC-TCTCAAG 1726
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | |||
Sbjct 1684 AAGCTGTTGACCTGATGGATGACATATGGGCAGAGCAGCGCAGATTAGAAGCTTGT-AAG 1742
Query 1727 TTATACTACAGAGTTCTTGAGGCAATGTGTAAAGCAGAAGCTCAGATTTTGCATGCAAGT 1786
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1743 TTATACTACAGAGTTCTTGAGGCAATGTGTAAAGCAGAAGCTCAGATTTTGCATGCAAAT 1802
Query 1787 AATCTGAACTCTTTATTGACAAATGAGAGGTTCCATAGATGCATGCTTGCTTGCTCAGCT 1846
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 AATCTGAACTCTTTATTGACAAATGAGAGGTTCCATAGATGCATGCTTGCTTGCTCAGCT 1862
Query 1847 GAATTGGTACTGGCTACCCACAAAACAATTACAATGTTGTTCCCAGCTGTTCTGGAGAGG 1906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 GAATTGGTACTGGCTACCCACAAAACAATTACAATGTTGTTCCCAGCTGTTCTGGAGAGG 1922
Query 1907 ACTGGGATCACAGCCTTTGATCTCAGCAAGGTAATAGAGAGTTTCATCCGACATGAGGAC 1966
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1923 ACTGGGATCACAGCCTTTGATCTCAGCAAGGTAATTGAGAGTTTCATACGACATGAAGAT 1982
Query 1967 TCTCTACCTAGAGAGTTGAGACGACATCTGAATTCACTGGAGGAACGGCTTCTAGAGAGT 2026
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 TCTCTGCCTAGAGAGTTGAGACGACATCTGAATTCACTGGAGGAACGGCTTCTAGAGAGT 2042
Query 2027 ATGGTATGGGAGAAAGGCTCTTCAATGTACAATTCTCTGATTGTTGCCAGGCCATCGCTT 2086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 ATGGTATGGGAGAAAGGCTCTTCAATGTACAATTCTCTGATTGTTGCCAGGCCATCGCTT 2102
Query 2087 GCATTGGAGATAAATCAGCTCGGATTACTAGCTGAACCGATGCCATCTCTGGATGCAATT 2146
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 GCATTGGAGATAAATCAGCTCGGTTTACTAGCTGAACCAATGCCATCTCTGGATGCAATC 2162
Query 2147 GCAGCACTTATTAACTTCTCTGAAGGAGTAAATCATGCATCATCTATTCAAAAGCATGAA 2206
|||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2163 GCAGCACTTATTAATTTCTCTGACGGAGCAAATCATGCATCATCTGTACAAAAGCATGAA 2222
Query 2207 ACTTGTTCAGGACAAAATGGGGGGATTAGATCGCCCAAAAGGTTATGTACTGATTACCGC 2266
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2223 ACTTGTCCAGGACAAAATGGGGGGATTAGATCGCCCAAAAGATTATGTACTGATTACCGC 2282
Query 2267 AGTATTCTAGTTGAACGCAATTCCTTTACATCACCAGTAAAGGATCGTCTCTTGGCCTTA 2326
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2283 AGCATTCTAGTTGAACGCAATTCCTTTACATCACCAGTAAAGGATCGTCTGTTGGCCTTA 2342
Query 2327 GGCAACGTTAAATCCAAGATGCTGCCACCTCCGTTGCAGTCTGCATTTGCCAGCCCAACA 2386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 GGCAACGTTAAATCCAAGATGCTGCCACCTCCGTTGCAGTCTGCATTTGCCAGCCCAACA 2402
Query 2387 CGGCCCAACCCAGGAGGCGGAGGAGAAACTTGTGCAGAAACTGGAATCAATATTTTCTTC 2446
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 CGGCCCAACCCAGGAGGTGGAGGAGAAACTTGTGCAGAAACTGGAATCAATATTTTCTTC 2462
Query 2447 ACCAAGATTAATAAATTGGCTGCTGTCAGAATCAATGGAATGGTGGAAAGGCTACAACTT 2506
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2463 ACAAAGATTAATAAATTGGCTGCTGTAAGAATCAATGGAATGGTGGAAAGACTACAACTT 2522
Query 2507 TCGCAGCAAATAAGGGAGAGTGTATATTGTTTCTTCCAACATGTACTTGCTCAGCGGACT 2566
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2523 TCACAGCAAATAAGGGAGAGTGTGTATTGTTTCTTCCAACATGTACTTGCTCAGCGGACT 2582
Query 2567 TCTCTTTTATTCAGTCGTCACATTGACCAGATCATTCTCTGTTGCTTCTACGGAGTGGCC 2626
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2583 TCTCTTTTATTCAGTCGACACATTGACCAGATCATTCTCTGTTGCTTCTACGGAGTGGCC 2642
Query 2627 AAGATATCCCAAATGAGCCTGACTTTCAGGGAAATCATATACAACTACCGGAAGCAACCA 2686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 AAGATATCCCAAATGAGCCTGACTTTCAGGGAAATCATATACAACTACCGGAAGCAACCA 2702
Query 2687 CAGTGTAAACCATTAGTTTTCCGCAGCGTTTATGTGGATTCGTTACAATGTCGCCGTCAA 2746
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 CAGTGTAAACCATTAGTTTTCCGCAGCGTTTATGTGGATGCGTTACAATGTCGCCGTCAA 2762
Query 2747 GGGAGGATAGGGCCAGATCATGTTGACATAATCACATTCTACAATGAGATATTTATTCCT 2806
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2763 GGGAGAATAGGGCCAGATCATGTTGACATCATCACATTCTACAATGAAATATTTATTCCT 2822
Query 2807 GCCGTAAAGCCGTTGCTGGTAGAGCTAGGTCCTGTGAGAAACGACCGGGCTGTGGAAGCC 2866
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2823 GCCGTAAAGCCGCTGCTGGTGGAGCTAGGTCCTGTAAGAAACGACCGGGCTGTGGAAGCC 2882
Query 2867 AATAATAAGCCTGAAGGTCAATGTCCCGGATCGCCAAAGGTGTCTGTGTTTCCAAGTGTT 2926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883 AATAATAAGCCTGAAGGTCAATGTCCCGGATCGCCAAAGGTGTCTGTGTTTCCAAGTGTT 2942
Query 2927 CCAGACATGTCCCCTAAAAAAGTATCTGCAGTGCACAATGTTTATGTTTCTCCTCTTCGG 2986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2943 CCAGACATGTCCCCTAAAAAAGTATCTGCAGTGCACAATGTTTATGTTTCTCCTCTTCGG 3002
Query 2987 GGATCAAAGATGGATGCTCTTATTTCACACAGTACGAAGAGTTACTATGCTTGTGTTGGA 3046
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3003 GGATCAAAGATGGATGCTCTTATTTCACACAGTACAAAGAGTTACTATGCTTGTGTTGGA 3062
Query 3047 GAGAGTACACATGCTTACCAGAGCCCTTCAAAGGACCTATCTGCCATCAACAACCGCTTG 3106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3063 GAGAGTACACATGCTTACCAGAGCCCTTCAAAGGACCTATCTGCCATCAACAACCGCTTG 3122
Query 3107 AACAACAGCAGCAGCAACCGCAAGAGGACGCTGAACTTTGATGTAGAAGCAGGGCTGGTC 3166
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||||
Sbjct 3123 AACAACAGCAGCAGCAACCGCAAGAGGACGCTAAACTTTGACGCAGAAGCAGGGATGGTC 3182
Query 3167 AGCGATTCCATGGTAGCAAATAGCCTTAACCTccaaaaccaaaaccaaaaccaaaaTGGA 3226
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3183 AGCGATTCCATGGTAGCAAATAGCCTTAACCTCCAAAACCAAAATCAAAACCAAAATGGA 3242
Query 3227 AGCGATGGATCGTCCTCAGGTG---CCGCACCCCTTAAAACCGAGCCAACAGATTCATAG 3283
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3243 AGCGATGCATCGTCCTCAGGTGGTGCCGCACCCCTTAAAACCGAGCCAACAGATTCATAG 3302
Query 3284 AT-TCTCTCTCTATTTGCAACGCCAACTTCTTTTCAACTATAGCATCTGTAAATCCTTAT 3342
|| |||||||||| |||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3303 ATATCTCTCTCTACTTGCTACACCAACTTCTCTTCAGTTATAGCATCTGTAAATCCTTAT 3362
Query 3343 GTTGCAGAGTTTGCTTTTATGTTTAGCTTTCTAGTTTATAGTGATCACCTCAGGCTATGA 3402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3363 GTTGCAGAGTTTGCTTTTATGTTTAGCTTTCTAGTTTATAGTGATCACCTCAGGCTATGA 3422
Query 3403 GCGGATGGATCCCTTTATTGTTTCTTTTT 3431
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3423 GCGGATGGATCCCTTTATTGTTTCTTTTT 3451
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 173376955008
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5