BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478626
Length=2044
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G12670.1 | Symbols: emb2742 | CTP synthase family protein | ... 3363 0.0
> AT3G12670.1 | Symbols: emb2742 | CTP synthase family protein
| chr3:4020120-4024268 REVERSE LENGTH=2056
Length=2056
Score = 3363 bits (1821), Expect = 0.0
Identities = 1974/2047 (96%), Gaps = 13/2047 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAAGAAGAAGAAGCAGAGAC--AAACGAATATGAAGTACGTTTTGGTGACAGGAGGAGTG 58
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 20 GAAGAAGAAGAAGCAGAGACAAAAACGATTATGAAGTACGTTTTGGTGACAGGAGGAGTG 79
Query 59 GTGAGTGGTCTTGGCAAAGGTGTCACTGCTAGTAGCATTGGACTTCTTCTTCAAGCATGT 118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 80 GTGAGTGGTCTTGGCAAAGGTGTCACTGCTAGTAGCATTGGACTTCTCCTTCAAGCATGT 139
Query 119 GGTCTTCGTGTTACTTCCATCAAAATTGATCCTTATCTTAATACTGATGCTGGAACAATG 178
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 140 GGTCTTCGTGTCACTTCCATTAAAATTGATCCTTATCTTAACACTGATGCTGGAACAATG 199
Query 179 TCTCCGTTTGAGCATGGAGAAGTATTTGTATTGGATGATGGTGGAGAGGTGGACTTGGAC 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 200 TCTCCGTTTGAGCATGGAGAAGTATTTGTATTGGATGATGGTGGAGAGGTGGATTTGGAC 259
Query 239 CTTGGAAACTATGAACGATTTTTGGACAGTACATTGACCCGTGACAACAATATAACAACT 298
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 260 CTTGGAAACTATGAACGATTTTTAGACAGTACATTGACCCGTGACAACAATATAACTACT 319
Query 299 GGAAAGATATACCAGTCAGTCATTGACAAGGAAAGGAAGGGGGACTACCTTGGAAGAACT 358
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 320 GGAAAGATATACCAGTCAGTTATTGACAAGGAAAGGAAGGGGGACTACCTCGGAAGAACT 379
Query 359 GTACAGGTGGTTCCTCATGTTACTGACGCAATCCAAGAGTGGATTGAGCGTGTAGCTAAT 418
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 GTACAGGTTGTTCCTCATGTTACTGACGCAATCCAAGAGTGGATTGAGCGTGTAGCTAAT 439
Query 419 GTTCCTGTGGATGGGAAGGAAGGTCCTCCTGATGTCTGTGTCATCGAATTAGGCGGGACT 478
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 GTTCCTGTGGATGGAAAGGAAGGTCCTCCTGATGTTTGTGTCATCGAATTAGGCGGGACT 499
Query 479 ATTGGTGATATTGAATCTATGCCCTTTATTGAGGCCCTTGGTCAATTCTCGTATAAAGTT 538
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 ATAGGTGATATTGAATCTATGCCCTTTATTGAGGCCCTTGGTCAATTCTCGTATAAAGTT 559
Query 539 GGGCCTGGTAATTTCTGCTTGGTTCATGTCAGCCTTGTGCCTGTTCTCAGTGTTGTTGGT 598
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 560 GGACCTGGTAATTTCTGCTTGGTTCATGTCAGCCTTGTGCCTGTTCTCAGTGTTGTTGGT 619
Query 599 GAACAGAAGACGAAGCCAACCCAGCATAGTGTGCGAGGACTCAGGAGCCTTGGTTTGACA 658
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 620 GAACAGAAGACGAAGCCAACCCAGCATAGTGTGCGAGGCCTCAGGAGCCTTGGTTTGACA 679
Query 659 CCAAATATCTTAGCATGTCGCAGCACAAAGGCACTTGAAGAAAATGTCAAGACAAAACTA 718
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 CCAAATATCCTAGCATGTCGCAGCACGAAGGCACTTGAAGAAAATGTCAAGACAAAACTA 739
Query 719 TCTCAATTTTGCCATGTGCCGGAAGTGAATATAGTAACGCTCTATGATGTTCCAAATATT 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 TCTCAATTTTGCCATGTGCCGGAAGTGAATATAGTAACGCTCTATGATGTTCCAAATATT 799
Query 779 TGGCATGTTCCGCTGCTTTTAAGGGATCAAAAGGCTCACGAAGCCATCCTAAAAGAGTTG 838
||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||
Sbjct 800 TGGCACGTTCCTCTGCTTTTAAGGGATCAAAAAGCTCATGAAGCGATCCTAAGAGAGTTA 859
Query 839 AACCTTAGTAATGCTGTAAAGCCTGACTTGGCAGAATGGACTGCGAGGACTAAAATTTAT 898
|| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 860 AATCTTAGTAATGCTATAAAGCCTGACTTGACAGAATGGACTGCAAGGACTAAAATTTAT 919
Query 899 GACACACTGCAAGATCCTGTGAGAATAGCTATGGTTGGAAAGTACACTGGCCTTACTGAT 958
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 GACACACTGCAAGACCCTGTGAGAATAGCTATGGTTGGAAAGTACACTGGCCTTACTGAT 979
Query 959 TCTTACCTTTCTGTGTTGAAGGCCCTTTTGCATGCTTCTGTTGCATGTCACAAGAAGCTT 1018
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 TCTTACCTTTCCGTGTTGAAGGCCCTTTTGCATGCTTCTGTTGCATGTCACAAGAAGCTT 1039
Query 1019 GTCATAGAGTGGGTTGCAGCCAGTGACCTTGAAGAGATAACTGCACAGGAGGCGCCAGAT 1078
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1040 GTCATAGAGTGGGTTGCAGCTAGTGACCTTGAAGAGATAACTGCACAAGAGACGCCAGAT 1099
Query 1079 GTCCATAAAGCTGCATGGGATCTTTTGAAGGGTGCTGATGGTATCCTAGTACCAGGAGGG 1138
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 GTCCATAAGGCTGCATGGGATCTTTTGAAGGGTGCTGATGGTATCCTAGTACCAGGAGGG 1159
Query 1139 TTTGGTGATCGAGGAGTGCAAGGGAAGATACTTGCTACAAAGTACGCCCGTGAAAATCAA 1198
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 TTTGGTGATAGAGGAGTGCAAGGGAAGATACTTGCTACAAAGTACGCCCGTGAAAATCAA 1219
Query 1199 GTTCCTTTCCTTGGCATATGCCTGGGAATGCAGCTGGCTGTTGTTGAATTTGCCCGCTCC 1258
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 GTCCCTTTCCTTGGCATATGCCTGGGAATGCAGCTGGCTGTTGTTGAATTTGCCCGCTCC 1279
Query 1259 ATTCTCGGTTTTCATGATGCAAACAGCACAGAGTTTGAACCAGAAACTTCAAGCCCTTGC 1318
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 ATTCTTGGTTTTCACGATGCAAACAGCACAGAGTTTGAACCAGAAACTTCAAGCCCTTGC 1339
Query 1319 ATCATATTTATGCCAGAAGGATCCACAACTCATATGGGGGGCACAATGCGCTTAGGGTCA 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 ATCATATTTATGCCAGAAGGATCCACAACTCATATGGGGGGCACAATGCGCTTAGGGTCA 1399
Query 1379 AGGAGGACTTACTTCCAGGTTGCTGATTGCAAGTCTTCCAAGTTGTACGGTAATGCAAAG 1438
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1400 AGGAAGACTTACTTCCAGGTTGCTGATTGCAAGTCTGCCAAGCTGTACGGTAATGCAAAG 1459
Query 1439 TTTGTTGATGAGCGACACAGGCACAGATATGAGGTAAATCCAGATATGATATCAGAAATT 1498
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 TTTGTAGATGAGCGACACAGGCACAGATATGAGGTAAATCCAGATATGATATCAGAAATT 1519
Query 1499 GAGAAGGCTGGCCTCTCCTTTGTTGGGAAAGATGAAACTGGGCGTCGTATGGAGATTGTA 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 GAGAAGGCTGGCCTCTCCTTTGTTGGGAAAGATGAGACTGGGCGTCGTATGGAGATTGTT 1579
Query 1559 GAACTACCAAGTCATCCATACTTTGTGGGTGCCCAGTTCCATCCTGAATTCAAGTCCAGA 1618
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 GAACTACCAAGTCATCCATACTTTGTGGGTGCTCAGTTCCATCCTGAATTCAAGTCCAGA 1639
Query 1619 CCTGGGAAACCTTCTGCATTGTTTCTAGGTCTTATCGCAGCAGCGTCTGGGTGTCTAGAA 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 CCTGGGAAACCTTCTGCATTGTTTCTAGGTCTTATCGCAGCAGCGTCTGGGTGTCTAGAA 1699
Query 1679 TCAGTTTTGCAAACAGGTGGCAAGGTGAACATAGTTTCGAAAAATGGAGTAGCCAATGGA 1738
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 TCAGTATTGCAAACAGGTGGCAAGGTGAACATAGTTTCGAAAAATGGAGTAGCCAATGGA 1759
Query 1739 TCTGCAATGGGGAAAGCTCATCAGAACGGAAATGTCTATAGCAATGGAAACGGGCTTCAC 1798
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1760 TCTGCAATGGGGAAAGTTCATCAGAACGGCAATGTCTATAGCAATGGAAACGGGCTTCAC 1819
Query 1799 CACTGACTCGGGAAAGGAACAATTTTACTTACTGCACTTTTAAAG-TTTTTCTGCTTTTA 1857
|||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||
Sbjct 1820 CACTGACTCGAGAAAGGAACAATTTTACT----GCACTTTTTAAGCTTTTT-TGCTTTTA 1874
Query 1858 ATCAAAGCTTTCTTTAAAGCCAGTCGACATGTATAGTCCTTGAGTTTTGTTTCCTTGTCT 1917
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1875 ATCAAAGCTTTCTTTAA-GCAAGTCGACATGTATAGTCCCTGAGTTTTGTTTCCTTGTCT 1933
Query 1918 TGCTTGAAGACTTGTTGGGTTTCGTTGTTAGGGTTTGGGGAGAGACATGGATATGAATGT 1977
|| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1934 TGA---AA-ACTTGTTTGGTTTCGTTGTTAGGGTTTGGGGAGAGACATGGATATGAATGT 1989
Query 1978 GCTTCCTGTTCTTGGGTTGCTTTTTGCCTTTCATAGCTGAAAAGTAATAAAGATCTATAA 2037
|||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 1990 GCTTCCTGTTCTTGGGTTACTTTTTACCTTTCATAGCTAAAAACTAATAAAGATCTATAT 2049
Query 2038 TCTAGTT 2044
|||||||
Sbjct 2050 TCTAGTT 2056
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101304699810
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5