BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478716
Length=5256
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G13330.1 | Symbols: PA200 | proteasome activating protein 20... 4139 0.0
> AT3G13330.1 | Symbols: PA200 | proteasome activating protein
200 | chr3:4319647-4330061 REVERSE LENGTH=5608
Length=5608
Score = 4139 bits (2241), Expect = 0.0
Identities = 2394/2469 (97%), Gaps = 6/2469 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 480 CTTTATCGACTGGGAGTCGTACTTTCCCATGCTTTTCAGTAGATTCTTGAATATGTTTGA 539
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 708 CTTTATCGACTGGGAGTCTTACTTGCCCATGCTTTTCAGTAGATTTTTGAATATGTTTGA 767
Query 540 GGTTCCTGTTGCAAATGGGAGTGGATCATATCCTTTTTCAGTTGATGTTCCCAGAAACAC 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 768 GGTTCCTGTTGCAAATGGGAGTGGATCATATCCTTTCTCCGTTGATGTTCCCAGAAACAC 827
Query 600 AAGATTCTTGTTCTCTAACAGGACTACTACTCCATCAAAATCAATTGCACAATCTATTGT 659
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 AAGATTCTTGTTCTCCAACAGGACTACTACTCCATCTAAATCAATTGCACAATCTATTGT 887
Query 660 ATACTTTCTAAAACCTGGAAGTACGGCACATGAGCAGTTCGAGAAGTTGGTCAACCTCTT 719
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||
Sbjct 888 ATACTTTCTGAAACCTGGAAGTTCGGCACATGAGCAGTTAGAGAAATTGGTCAATCTCTT 947
Query 720 AGAACAGTATTATCATCCTTCTAATGGTGGCCGTTGGACTTATTCCTTGGAACGGTTTTT 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 AGAACAGTATTATCATCCTTCTAATGGTGGCCGTTGGACTTATTCCTTGGAACGGTTTTT 1007
Query 780 GCTTCACCTGGTGATAGCTTTCCAAAAGCGTTTACAGCGTGAGCAGCAATCCTATTCCTA 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1008 GCTTCACCTGGTGATAGCTTTCCAAAAGCGTTTACAGCGTGAGCAGCAATCCTATTGCTA 1067
Query 840 CAGAGATCCAGATAGTCTGCCAGCAGTCTGTTTAGGAAAGCCGGAAAGGATAGCTTTTGT 899
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1068 CAGAGATCCAGATAGTCTGCCAGCAACCTGTTTAGGAAAGCCGGAAAGGGTAGCTTTTGT 1127
Query 900 TGGCGTGGTGTTGAAGTTGATTGATCGTGGCCAATATAGCAAGAATGAACATCTTTCCGA 959
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1128 TGGCGTGGTGTTGAAGTTGATTGATCGTGGTCAATATAGCAAGAACGAACATCTTTCCGA 1187
Query 960 GACAGTTGCTGCAGCGACATCCATGTTATCTTATGTGGAGCCTTCTTTGGTCCTTCCTTT 1019
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 AACAGTTGCTGCAGCGACATCCATGTTGTCTTATGTGGAGCCTTCTTTGGTCCTTCCTTT 1247
Query 1020 TGTGGCGTCTCGGTTCCATTTGGCTTTGGAAACGACAACTGCCACCCACCAGCTGAAAAC 1079
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1248 TGTGGCTTCTCGGTTCCATTTGGCTTTGGAAACGACAACTGCCACCCACCAGTTGAAAAC 1307
Query 1080 TGCTATGATGTCCGTAGCATTTGCTGGCCGGTCAATCCTGCAGTCTTCCATGTCAACTGC 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 TGCTATGATGTCCGTAGCATTTGCTGGCCGGTCAATCCTGCAGTCTTCCATGTCAACTGC 1367
Query 1140 TAAAGCACAAGATCTTGGTGGTGATGTGGACGATAGGATGTTTCTTGATCTTATTGGGAT 1199
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368 TAAATCACAAGATCTTGGTGGTGATGTGGACGATAGGATGTTTCTTGATCTTATTGGGAT 1427
Query 1200 TTCTCTATCAAATGCATTGCTTGGTATGGATGCCAATGACCCCCCTAAAACCTTGGCAAC 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1428 TTCTCTATCAAATGCATTGCTTGGTATGGATGCCAATGACCCCCCTAAAACCTTGGCCAC 1487
Query 1260 TATGCAACTGATTGGCTCCATATTTTCCAATATGGCTGTTTTGGACGATAGTTCTGATGA 1319
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 TATGCAACTAATTGGCTCCATATTTTCCAATATGGCTGTTTTGGACGATAGTTCTGATGA 1547
Query 1320 CTTATCATTCATGCCAATGGATTCCTTCTCTGAGTGGCTGGATGAATTTTTGTGTCGTTT 1379
||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 CTTATCATTCATGACAATGGCTTCCTTCTCGGAGTGGCTGGATGAATTTTTGTGTCGTTT 1607
Query 1380 GATTGCTTTGTTACAGCATTTGGAACCCAACAGTGTTATAAATGAAGGCCTAAGTTCATC 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 GATTGCTTTGTTACAGCATTTGGAACCCAACAGTGTTATAAATGAAGGCCTAAGTTCATC 1667
Query 1440 TGCAACATCAGGAACGTTTTTGGTTGAGGATGGTCCATATTACTATTGCATGCTTGAAAT 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 TGCAACATCAGGAACGTTTTTGGTTGAGGATGGTCCATATTACTATTGCATGCTTGAAAT 1727
Query 1500 CCTACTTGGAAGGCTATCTGGATCTCTATATAACCAGGCCTTGAGAAAGATATCAAAATT 1559
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1728 CCTACTTGGAAGGCTATCTGGATCTCTATATAACCAGGCCTTGAAAAAGATATCAAAGTT 1787
Query 1560 TGTTCAGACAAATATCCTTCCTGGTGCAATTGCTGAGGTTGGGTTGCTTTGTTGTGCCTG 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1788 TGTTCAGACAAATATCCTTCCTGGTGCAATTGCCGAGGTTGGGTTGCTTTGTTGTGCATG 1847
Query 1620 TGTTCATTCCAACCCC-GAAGAAGCAGTTGCTCAAATTGTTGAACCAATGCTCCTTGCTG 1678
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 TGTTCATTC-AACCCCCGAAGAAGCAGTTGCTCAAATTGTTGAACCAATGCTCCTTGCTG 1906
Query 1679 TTATATCTTCTCTGAAAGAAATCCCTGTCACTGGGTATGGAGGAAAAGGAAGTGCAGAGA 1738
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1907 TTATATCTTCTCTGAAAGAAATCCCTGTCAATGGGTATGGAGGAAAAGGAAGTGCAGAGA 1966
Query 1739 CCCGTGTTTCCAATAAGCAAGACAAACACTCACTTTCTCCAGCGCTTGAGGCAGCTATAG 1798
||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 CCCTTGTTTCCAATAAGCAAGACAAACAAACACTTTCTCCAGCGCTTGAGGCAGCTATAG 2026
Query 1799 ATTATCAGCTGAAAGTATTGTCAGTTGCGATCACTTATGGAGGCATCTCACTTCTTCGGT 1858
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2027 ATTATCAGCTGAAAGTATTGTCAGTTGCCATCACTTATGGAGGCAGCTCACTTCTTCCGT 2086
Query 1859 ACAAAGGTCATTTGATCGAAGCTATATCTTCCGCATTTAATTCCTCATCTTGGAAGGTTA 1918
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2087 ACAAAGGTCTTTTGATCGAAGCTATATCTTCCGCATTTAATTCCTCATCTTGGAAGGTTA 2146
Query 1919 ACGGAGCTGGGGATCATCTTCTTCGATCTCTCCTTGGAAGTCTGATTCTTTACTATCCTA 1978
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 ATGGAGCTGGGGATCATCTTCTTCGATCTCTCCTCGGAAGTCTGATTCTTTACTATCCTA 2206
Query 1979 TTGATCAATACAAATGTTTGTCTCGTCACCCTGCTGCTCCTGCTTTGGAGGAATGGATCA 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2207 TTGATCAATACAAATGTTTGTCTCGTCACCCTGCTGCTCCTGCTTTGGAGGAATGGATAA 2266
Query 2039 GCACCAAAGCTTCTTATAAGGATGAGCAGGTGGCGCATTCCAGGTGGCATGTTCCCACCA 2098
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2267 GCACCAAAGCTTCTTCTAAGGATGAGCAGGTGGCGCATTCCAGGTGGCATGTTCCCACCC 2326
Query 2099 AAGAGGAAACTCAGTTTGCCAATGAGCTCTTAGATCTCCATCTTCAGTCAGCGTTAGATG 2158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2327 AAGAGGAAACTCAGTTTGCCAATGAGCTCTTAGATCTCCATCTTCAGTCAGCACTAGATG 2386
Query 2159 ATCTTTTGAGTATTTGCCAATCAAACATCCACTCTGATGCAGGAGATGAGAAAACACACC 2218
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 ATCTTTTGAGTATTTGCCAATCGAACATCCACTCTGATGCAGGAGATGAGAAAACACACC 2446
Query 2219 TTAAAGTGACTCTTTTGCGTATAGATTCTACATTGCAAGGTGTTTTGTCCTGCCTACCTG 2278
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2447 TTAAAGTGACTCTATTGCGTATAGATTCTACATTGCAAGGTGTTTTGTCCTGCCTACCTG 2506
Query 2279 ATTTCAGGCCATCACCTAGACATGATATGGTTGAAGATCTGCCGTTCTTTATAGCTGGAG 2338
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2507 ATTTCAGGCCATCACCTAGACATGATATGGTTGAAGATCTACAGTTCTTTATAGCTGGAG 2566
Query 2339 CATCGGGTTCATGTGTTGGCAGTGCTGAAATACGAGAAAAAACTGCTAAAACAATTCATG 2398
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 2567 CATCGGGTTCATGTGTTGGCAGCGCTGAGATACGAGAAAAAACTGCTATAACTATTCATG 2626
Query 2399 CAGCCTGCAAATACTTGTTAGAGAAAAAGTCAGATGACAGCATCTTGTTGATATTAATAA 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2627 CAGCCTGCAAATACTTGTTAGAGAAAAAGTCAGATGACAGCATCTTGTTGATATTAATAA 2686
Query 2459 TCCGCATAATGGATGCCCTGGGAAACTATGGCAGTTTGGAGTATGATGAATGGTCAAATC 2518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2687 TCCGCATAATGGATGCCCTGGGAAACTATGGCAGTTTGGAGTATGATGAATGGTCAAATC 2746
Query 2519 ACAGGCAGGCTTGGAAACTGGAATCTGCTGCGATTGTAGAGCCTCCAGCAAACTTTATTA 2578
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2747 ACAGGCAGGCTTGGAAACTGGAATCCGCTGCGATTGTAGAGCCCCCAGCAAACTTTATTA 2806
Query 2579 CTGAGTTTAATTCTAAGGGCAAGAGAAGGCCTAGATGGGCACTCATTGATAAAGCGTACA 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2807 CTGAGTTTAATTCTAAGGGCAAGAGAAGGCCTAGATGGGCACTCATTGATAAAGCGTACA 2866
Query 2639 TGCACAACACTTGGAGATCATCACAATCGTCATATCATCTGTTTCGTACAGATGGGAACT 2698
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2867 TGCACAACACATGGAGATCATCACAATCGTCCTATCATCTGTTTCGTACAGATGGGAACT 2926
Query 2699 TCTCTCCACCAGAAGCCTTGACACTTTTGGTTGATGACCTTTTGACCCTCTGTCTGCACA 2758
|||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2927 TCTCTCCACCAGAACCCTTAACATTTTTGGTTGATGATCTTTTGACCCTCTGTCTGCACA 2986
Query 2759 ACTATGAAACTGTTCGAGTGCTTGCTGGAAAATCTTTGCTGAAACTGTTAAAAAGATGGC 2818
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||
Sbjct 2987 ACTATGAAACTGTTCGAGTGCTTGCTGGAAAATCTTTGATAAAACTGTTAAAGAGATGGC 3046
Query 2819 CGACA-TTGCTTTCAAAGTGTGTTCTGTCCCTTACTGAGAACTTGCGAAAGCCGGATGTA 2877
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3047 CG-CAGTTGCTTTCAAAGTGTGTTCTGTCCCTTACTGAGAACTTGCGAAAGCCGGATGTA 3105
Query 2878 GAAGAGA-ATGTAGTCCTTGGTTCTTGTGCCATTCTCTCTTCACAGAGTGTTCTCAAGCA 2936
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3106 CAAGA-ATATGTAGTCCTTGGTTCTTGTGCCATTCTCTCTTCACACAGTGTTCTCAAGCA 3164
Query 2937 TTTGACTAC 2945
||| |||||
Sbjct 3165 TTTAACTAC 3173
Score = 3725 bits (2017), Expect = 0.0
Identities = 2208/2301 (96%), Gaps = 9/2301 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2947 CTTTTTGTCAAATATAACATTCACTTTGCGGGGCTGTCGAGAAACATACTTCGCTCATTG 3006
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3262 CTTTTTGTCAAATATAATATTCACTTTGCGGGACTGTCGAGAAACATACTTCGCTCATTG 3321
Query 3007 GAAAGCCATGTTGAGGGGTCTACTTCTGGAGATCTTGTTTCTCAGATTGGCTCCATGAGT 3066
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3322 GAAAGCCATGTTGAGGGCTCTACTTCTGGAGATCTTGTTTCTCAGATTGGCTCCATGAGT 3381
Query 3067 TTTGATTCTTCCAGCTTGCATTGGCGGTACAACTTGATGGCTAACAGAGTGCTCCTTCTG 3126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3382 TTTGATTCTTCCAGCTTGCATTGGCGGTACAACTTGATGGCTAACAGAGTGCTCCTTCTG 3441
Query 3127 TTAGTTATGTCCTCTAGGATTGACCCAAGCTTCTCTTTCAAAATCCTTGATGAAACTGCT 3186
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3442 TTAGTTATGTCCTCTAGGATTGACCCAAGCTTCTCTCTCAAAATCCTTGATGAAACCGCT 3501
Query 3187 GGCCACTTCTTGAAAAACTTGAAAAGTCAACTTCCTCAGACGAGAATACTGGCGATTTCA 3246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 3502 GGCCACTTCTTGAAAAACTTGAAAAGTCAACTTCCTCAGACCAGAATACTTGCCATTTCA 3561
Query 3247 GCGT-TAAACACCCTACTTAAAGAGTCACCTCATAAGATGCAAGGCAAGGATCAGCCTTC 3305
|| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3562 GC-TCTAAACATTCTACTTAAAGAGTCGCCTCATAAGATGCAAGGCAAGGATCAGCCTTC 3620
Query 3306 TGTGTCTTCACAAGAAATTGAAAATGCGAACTCATCCCTTGATTTAGCATTAAGCCAAAT 3365
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3621 TGTGTCTTCACAAGAAACTGAAAATGCCAACTCATCCCTTGATTTAGCATTGAGCCAAAT 3680
Query 3366 TTTTAGAGAGGAAGGATTCTTCAAGGAGACTTTTGAAAGTCTTTCTCATATTCATGTCAC 3425
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3681 TTTTAGAGAAGAAGGATTCTTCAAGGAGACTTTTGAAAGTCTTTCTCATATTCATATCAC 3740
Query 3426 TGACACAGATAGTTCCTCTAGAGGTAATCACGGAAGTTCATCCTTCCAGAGCATGGCGGA 3485
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3741 TGACACAGATAGTTCCTCTAGAGGGAATCACGGAAGTTCATCTTTCCAGAGCATGGCGGA 3800
Query 3486 CAAGTCGATCACTCGTTTCTATTTTGAATTCTCGGCTTCATGGCCAAGAACTCCTAGTTG 3545
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3801 CAAGTCAATCACTCGTTTCTATTTTGAATTTTCGGCTTCATGGCCTAGAACTCCTAGTTG 3860
Query 3546 GATATCTTTGTTAGGCAGTGATATATTTTACCCAAGTTTTGCTCGCATCTTCAAGCGATT 3605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3861 GATATCTTTGTTAGGCAGTGATATATTTTACCCAAGTTTTGCTCGCATCTTCAAGCGATT 3920
Query 3606 AGCACAAGAATGTGGAGTGCCTGTGTTACTGGCACTAAAAAGCCCCTTAGAGGAGTTTTG 3665
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3921 AGCACAAGAATGTGGAGTGCCTGTGTTACTGGCACTAAAAAGCCCCTTAGAGGAGTTTTG 3980
Query 3666 TAACGCCAAGGAGAGACCAAAACAGTGTGTTGCTGCTGAAGCATTAGCAGGTGTACTGCA 3725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3981 TAACGCCAAGGAGAGACCAAAACAGTGTGTTGCTGCTGAAGCATTAGCAGGTGTACTGCA 4040
Query 3726 CTCTGATGTTAATGGTCTTCTTGGTGAGTGGGATAGCTGGATAATGGTTCAGTTGCAGAA 3785
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4041 CTCTGATGTTAATGGTCTTTTTAATGAGTGGGATAGCTGGATAATGGTTCAGTTGCAGAA 4100
Query 3786 TGTTATTCTTGGCCAATCAGTAGAATCCATACCGGAATGGGCTGCTTGCATACGTTATGC 3845
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4101 TGTTATTCTTGGCCAATCAGTAGAATCCATACCGGAGTGGGCTGCTTGCATACGTTATGC 4160
Query 3846 TGTCACGGGGAAAGGGAAGCAAGGAACCAAAATTCCTGTCATTAGACAACAAATTTTGGA 3905
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4161 TGTCACAGGGAAAGGGAAGCAAGGAACCAAAATTCCTGTCATGAGACAACAAATTTTGGA 4220
Query 3906 CTGTATAGTGGCACCATTACCACCAACTGCGACCACCACTGTTGTTGCAAAGCGGTATGC 3965
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4221 CTGTATAGTGGCACCATTACCACCAACTGCGACCACAACTGTTGTTGCAAAGCGGTATGC 4280
Query 3966 TTTTCTTTCGGCTGCTCTGATAGAACTATCTCCACCAAAGATGCCTGTATCAGAAGTGAA 4025
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 4281 TTTTCTTTCGGCTGCTCTAATAGAACTATCTCCACCAAAGATGCCCGTAACAGAAGTGAA 4340
Query 4026 GCTGCATATCGTGCTTCTTGATGAGTTGATCTGTAATATGTCCCATTCCTCGGCACAAAT 4085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4341 GCTGCATATCGTGCTTCTTGATGAGTTGATCTGTAATATGTCCCACTCCTCGGCACAAAT 4400
Query 4086 AAGGGAAGCTATCGGTGTAATTCTTTCAGTATTATGTTCTAACATTCGGCTGCGGATGTC 4145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4401 AAGGGAAGCTATCGGTGTAATTCTTTCAGTATTATGTTCTAACATTCGGCTGCGGATGTC 4460
Query 4146 ATATCAACAAGAACATCCATCTGAAGAAGGGAGAACAGATGTTGATAGCCAACTTAAGGA 4205
||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4461 ATATCAACAAGAATATCCAACTGAAGAAGGGAAAACGGATGTTGATAGCCAACTTAAGGA 4520
Query 4206 GGAAAATTGGTTCAAGTTGATTGGTGCAAAAGCATCTGAAGCTGTAAAAAACATTCAACA 4265
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4521 GGAAAATTGGTTCAAATTGATTAGTGCAAAAGCATCTGAAGCTGTAAAAAACATTCAACA 4580
Query 4266 AGCTAGCATATCAGATAGCTTGGACACTTCAGCAGATGTGGATATGGAAAATGCTCAATC 4325
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 4581 AGCTAGCATATCAGATAGCTTGGACACTTCAACAGATGTAGATATGGGAAATGCTCAATC 4640
Query 4326 AAATGGCGACTCTCTTGATGATGTTAAATGGATGGAGACGCTCTTCCATTTCATTATCTC 4385
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4641 AAATGGCGATTCTCTTGATGATGTTAAATGGATGGAGACGCTCTTCCATTTCATTATCTC 4700
Query 4386 ATCTTTCAAATCTGGAAGGGCTTCGTATCTGCTAGACGTAATTGCGGGATTCCTCTATCC 4445
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4701 CTCTTTCAAATCTGGAAGAGCTTCGTATCTGCTAGACGTAATTGCTGGATTCCTCTATCC 4760
Query 4446 AGTGATATCCTTACAGGAAACATCACATAAAGATCTATCAATATTGGCTAAGGCAGCCTT 4505
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4761 AGTGATGTCCTTACAGGAAACATCACATAAAGATCTGTCAATATTGGCCAAGGCAGCCTT 4820
Query 4506 TGAGCTGCTGAAATGGCGAGTTTTCCCAGAATCTCATCTACAGAAAGTTATTGGAGTCAT 4565
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4821 TGAGCTGCTGAAGTGGCGAGTTTTCCCAGAGTCTCATCTACAGAAAGTTATTGGAGTCAT 4880
Query 4566 TCTTTCTTCTGCTGATGACTGTAACTGGCGGATAAGATCTTCAACCCTGACATATCTGCG 4625
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4881 TCTTTCTTCTGCTGATGACTCTAACTGGCGGATAAGATCTTCAACCCTGACATATCTGCG 4940
Query 4626 AACTTTTATGTATAGGCATACTTTCATCCTCACTCATGAAGATAAACAGAAAATCTGGAA 4685
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4941 AACTTTTATGTATAGGCATACTTTCATCCTCACTCATGAAGATAAACAAAAAATCTGGAA 5000
Query 4686 AACGGTGGAAAAGCTCCTTGTTGACAGCCAAGTAGAGGTACGAGAACATGCAGCAGCAGT 4745
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5001 AACAGTGGAAAAGCTCCTTGTTGACAGCCAAGTAGAGGTACGAGAGCATGCAGCAGCAGT 5060
Query 4746 TCTAGCAGGCCTAATGAAAGGAGGAGATGAAGAATTTGCTGCAGATTTTCGTGATAGATC 4805
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5061 TCTAGCAGGCCTAATGAAAGGAGGAGATGAAGATTTTGCTGCAGATTTTCGTGATAGATC 5120
Query 4806 CTACACAGAGGCAAACTCAATCCAGAAGAGAAGAAATCGGAGGAAAGCAAGTTCAACTCA 4865
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5121 CTATGCAGAGGCAAACTCAATCCAAAAGAGAAGAAATCGGAGGAAATCAAGTTCAACTCA 5180
Query 4866 GTCCATTGCAGAGGTGCATGGAGCCGTTCTTGGTTTAGTAGCTTCAGTTTTGTCTGTTCC 4925
||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5181 GTCCATTGCGGGGGTGCATGGAGCCGTTCTTGGTTTGGTAGCTTCAGTTTTGTCTGTTCC 5240
Query 4926 TTATGACATGCCCAGCTGGCTGCCGGATCATGTGACCTTACTGGCTCGTTTCGCGGGTGA 4985
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5241 TTATGACATGCCCAGCTGGCTGCCGGAGCATGTGACCTTACTGGCTCGGTTCGCGGGTGA 5300
Query 4986 ACCTACACCTATAAAATCGACTGTGACTAAAGCAGTGGCTGAGTTCCGGCGAACCCATGC 5045
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5301 ACCTACACCTATAAAATCGACTGTGACTAAAGCAGTGGCTGAGTTCCGGCGAACCCATGC 5360
Query 5046 GGATACATGGAACATCCAGAAAGATTCGTTCACTGAAGATCAGCTCGAGATCTTGACGGA 5105
|||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||
Sbjct 5361 GGATACATGGAACATCCAGAAAGACTCATTCACCGAAGATCAGCTTGAGATCTTGGCCGA 5420
Query 5106 TACATCTTCCTCTTCCTCATACTTTGCTTGATTTATGTCGGGGAATTGAGTTTCGTGAAA 5165
|||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||| |||
Sbjct 5421 TACATCTTCCTCTTCCTCGTACTTTGCTTGATTAATGTCGAGGAACTGAGTCTCGTCAAA 5480
Query 5166 AAA-GA-ACCACATCTTTGTAACTCCACCTTTTATTGATTTTTAATTTTGC-CCAATATA 5222
| | || | || | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 5481 AGACGATAATAC-TAAA-GTAACTCCACCTTTTATTGATTTTTAATTTTGTGCCAAAATA 5538
Query 5223 GATGTAATAATAA-AACCATG 5242
||||||||||||| ||| |||
Sbjct 5539 GATGTAATAATAATAAC-ATG 5558
Score = 649 bits (351), Expect = 0.0
Identities = 369/378 (98%), Gaps = 0/378 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCATCTGTACAATGAATGGCTACCGCCGCCTGTAGCGGAGGAGACGAAGAAGGAGAAA 60
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCATCTGTACAATGAATGGTTACCGCCGCCTGTAGCGGAGGAGACGAAGAAGGAGAAA 60
Query 61 GAGTCCTTCGCTCGTGTCGTGCGATGCGTCAAAGAGTTACACCGACCCGATGATCCAGAG 120
||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAGTCCTTCGCGCGTGTCGTGAGATGCGTCAAAGAGTTGCACCGACCCGATGATCCAGAG 120
Query 121 TCTGTTTACGCCACTCTTAAATGGATCTCCGTTATCGAACTCTTTGTTAGAGCGAAAAGT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTGTTTACGCCACTCTTAAATGGATCTCCGTTATCGAACTCTTTGTTAGAGCGAAAAGT 180
Query 181 GAATTGTCTGTGGAAGATGTTAGTGAACTCGTGGAAATTGGCTTACAAATTTTTCATTCA 240
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GAATTGTCCGTGGAAGATGTTAGTGAACTCGTGGAAATTGGCTTACAAATTTTTCATTCA 240
Query 241 TCTGAGAATAAGTTGTATGCACAGGTTAGATGGGGTAATGTTTTAGTCAGACTGATCAAC 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCTGAGAATAAGTTGTATGCACAGGTTAGATGGGGTAATGTTTTAGTCAGACTGATCAAC 300
Query 301 AAGTATCGTAAGAAGCTTTCTTTGAAAGTTCAGTGGAGACCCTTGTATGATACCTTGATT 360
|||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGTTTCGTAAGAAGCTGTCTTTGAAAGTTCAGTGGAGGCCCTTGTATGATACCTTGATT 360
Query 361 CATGCACATTTCAGCAGG 378
||||| ||||||||||||
Sbjct 361 CATGCTCATTTCAGCAGG 378
Score = 172 bits (93), Expect = 2e-41
Identities = 99/102 (97%), Gaps = 0/102 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 378 GTCTCTTTTGGAGAATCCTTGGCATAATTCCTCGTTTGAGGGCTCTGGTTTTGTGAGATT 437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 501 GTCTCTTTTGGAGAATCCTTGGCATAATTCCTCGTTTGAGGGCTCTGGCTTTGTGAGATT 560
Query 438 GTTCCTTCCTACGAACCCTGGAAATCAGGATTTCTTCTCCGA 479
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 561 GTTCCTTCCTACGAACCCCGAAAATCAGGATTTCTTCTCCGA 602
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 262322944947
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5