BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478759
Length=2608
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G13670.1 | Symbols: | Protein kinase family protein | chr3:... 4207 0.0
AT3G13672.2 | Symbols: | TRAF-like superfamily protein | chr3:... 490 3e-137
> AT3G13670.1 | Symbols: | Protein kinase family protein | chr3:4469222-4473547
FORWARD LENGTH=2637
Length=2637
Score = 4207 bits (2278), Expect = 0.0
Identities = 2482/2578 (96%), Gaps = 23/2578 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 44 TTTTCTCATCGCAAACTTGAACCGTCGTAACCCTAAATCGCCATC-TC--CATCGGC-AA 99
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||
Sbjct 32 TTTTCTCATCGCAAACTTGAACCGTCGTAACCCTAAATCGCCATCTTCATCATCGGCAAA 91
Query 100 TCGAATCTCCGATTATATTTCAAATCGCTTACCAAATCCGACATGAGCCAGGCCCTCG-T 158
|||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 92 TCGAATCTCCGATTATATATCAAATAGCTTACCAAATCCGACATGACCCAGGCCCTCGTT 151
Query 159 TTCTGGAGGACTATAATGATCGGACTCTTCGTGTCCCGTCTCGATTGCATGGGGTTTGAG 218
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 152 TTC-GGAGGACTATAATGATCGGACTCTTCGTGTCCCGTCTCGATTGCATGGGGTTTGAG 210
Query 219 CTATGCCGGAGCTTCGCCGTGGAGTCCGCCGTGGCCGTGTTACTGACGCTGTAGCTCCCA 278
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 211 CTATGCCGGAGCTTCGCCGTGGAGTCCGCCGTGGCCGTGTTACTGATGCTGTAGCTCCCA 270
Query 279 ATCAGCTTCCGCAAACACCTACAGAAAAGAAACAGAGGAAGACTAACGGCAAA--ACCAG 336
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || ||| |||
Sbjct 271 ATCAGCTTCCGCAAACACCTACAGAAAAGAAACCGAAGAAGAGTACCGTTAAAGCTCCA- 329
Query 337 GAAAGCGGTAGCCGGCGGAGTTACAGGAGTTGCGGAGAGGCCGAGGACTAGATTAGCGGC 396
||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 330 -AAACCGGTTGCCGGCGGAGTTACAGGAGTTGCAGAGAGGCCGAGGACTAGATTAGCGGC 388
Query 397 GAGGAAATTAAAGGAGGAAGATAAAGAGATACCTCAGGAGATTCCGGTTATTGTACCGTC 456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 389 GAGGAAATTAAAGGAGGAAGATAAAGAGATACCTCAGGAGATTCCGGTTGTTGTGCCGTC 448
Query 457 TAAGGATACCGATAACGATAAAAAGAAGGGTAAAGAGGTAGCCGTTGAAGAAGAGAAGAA 516
|||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 449 TAAGGATAGCGATATCGATAAAAACAAGGGTAAAGAGGTAGTCGTTGAAGAAGAGAAGAA 508
Query 517 AGATATGGCGATTGGTAATGATAGTGGTGGCTCTAACAAGGCGGCTGCTCAGGAAGAAGA 576
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 509 AGATATGGCTATTGGTAATGATAGTGGTGGCTCTAACAAGGCGGCTGCTCAGGAAGAAGA 568
Query 577 AGGAAATACTGCTCCTTTCCCTGAGAGGGTCCAAGTTGGAGGATCACCACTATATAAAGT 636
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 569 AGGAAATACTGCTCCTTTCCCTGAGAGGGTTCAAGTTGGAGGATCACCACTATATAAAGT 628
Query 637 TGAGAGGAAGCTGGGGAAGGGTGGGTTTGGACAAGTATTTGTGGGACGTCGTATTAGTGG 696
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 629 TGAGAGAAAGCTGGGGAAGGGTGGTTTTGGACAAGTATTTGTCGGACGTCGTATTAGTGG 688
Query 697 TGGTAATGATCGTAGTGCAGGAGCTAGCATCTTGGAGGTTGCGCTAAAGTTTGAGCATAG 756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 689 CGGTAATGATCGTAGTGCAGGAGCTAGCATCTTGGAGGTTGCTCTAAAGTTTGAGCATAG 748
Query 757 GAGCAGCAAGGGTTGCAACTATGGTCCTCCACATGAGTGGCAGGTTTACAACACCTTGGG 816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 749 GAGCAGCAAGGGTTGCAACTATGGTCCTCCACATGAGTGGCAGGTTTACAACACCTTGGG 808
Query 817 TGGTAGCCATGGAGTCCCTAGAGTACATTTCAAAGGGAGGCAAGGAGATTATTATGTCAT 876
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 809 TGGTAGCCATGGAGTCCCTAGAGTACATTTCAAAGGCAGGCAAGGAGACTATTATGTCAT 868
Query 877 GGTTATGGACATGCTCGGGCCTAGCTTATGGGATTTATGGAATACTTCAGGGCAAGCAAT 936
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 869 GGTTATGGACATGCTTGGGCCTAGCTTATGGGATTTATGGAATACTTCAGGGCAAGCAAT 928
Query 937 GTCCTCGGAAATGGTAGCTTGCATTGCGGTTGAATCACTTTCCATCCTTGAAAAGATGCA 996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 929 GTCCTCGGAAATGGTAGCTTGCATTGCGGTTGAATCACTTTCCATCCTTGAAAAGATGCA 988
Query 997 TGCAAAAGGTTATGTGCATGGGGATGTTAAGCCAGAAAATTTCTTACTCGGCCAGCCTTC 1056
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 989 TGCAAAAGGTTATGTGCATGGGGATGTTAAGCCAGAAAATTTCTTACTCGGCCAGCCTTC 1048
Query 1057 AACGTCTCAAGAGAAAAAACTGTTTCTTGTTGATTTGGGACTAGCAACAAAGTGGAGAGA 1116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1049 AACGTCTCAAGAGAAAAAACTGTTTCTTGTTGATTTGGGACTAGCTACAAAGTGGAGAGA 1108
Query 1117 AGGTGGTAGCGGACAACATGTTGAATATGATCAACGTCCTGATATGTTTAGAGGGACAGT 1176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1109 AGGTGGTAGCGGACAACATGTTGAATATGATCAACGTCCTGATATGTTTAGAGGGACAGT 1168
Query 1177 TAGATACGCAAGTGCGCATGCTCATTTGGGGAGAACTGCTAGCAGAAGGGATGATCTCGA 1236
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1169 TAGATACGCAAGTGCACATGCTCATTTAGGGAGAACTGCTAGCAGAAGGGATGATCTGGA 1228
Query 1237 ATCATTGGCATATACGCTGATCTTTCTTCACCGAGGTAGATTGCCATGGCAAGGATATCA 1296
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229 ATCATTAGCATATACACTGATCTTTCTTCACCGAGGTAGATTGCCATGGCAAGGATATCA 1288
Query 1297 GGGAGATAACAAGTCATTCCTTGTTTGCAAAAAGAAGATGGCAACATCGCCGGATATGCT 1356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1289 GGGAGATAACAAGTCATTCCTTGTTTGCAAAAAGAAGATGGCAACATCGCCGGATATGCT 1348
Query 1357 TTGTTGTTTTTGTCCCCCTCCTTTCAAGCAATTTCTTGAGATCGTGGTAAATATGAAATT 1416
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349 TTGTTGTTTTTGTCCCCCTCCTTTCAAACAATTTCTTGAGATCGTGGTAAATATGAAATT 1408
Query 1417 TGATGAAGAACCCAACTATGGCAAGTTAGTATCTCTGTTTCAAGACCTCTTGGGCGAAAA 1476
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1409 TGATGAAGAACCCAACTATGGAAAGTTAGTATCTCTGTTTCAAGACCTCTTGGGCGAAAA 1468
Query 1477 TCCGGCAATTAGGCCTATAAACACAGAGGGTGCTCAAAAGATCATTTTCCAAGTTGGACA 1536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1469 TCCGGCAATTAGGCCTATAAACACAGAGGGTGCTCAAAAGATCATATTCCAAGTTGGCCA 1528
Query 1537 GAAGCGAGGTAGGTTGAGCATTGGGGAAGAAGAAGAAGATGCACCTAGGAAAAAAGTCCG 1596
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1529 GAAGCGAGGTAGGTTGAGCATTGGGGAGGAAGAAGAAGATGCCCCTAGGAAAAAGGTCCG 1588
Query 1597 TCTAGGAGTCCCTGCAACGCAATGGATATCGATTTACAATGCCAGGCAACCAATGAAGCA 1656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1589 TCTAGGAGTCCCTGCAACGCAATGGATATCGATTTACAATGCCAGGCAACCAATGAAGCA 1648
Query 1657 GAGGTATCATTATAATGTGGCTGATATAAGACTGGCACAGCATATTGAGAGAGGTATTGC 1716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1649 GAGGTATCATTATAATGTGGCTGATATAAGACTGGCACAGCATATTGAGAGAGGTATTGC 1708
Query 1717 AGATGGTTTGTTGATAAGCTGTGTATCATCATGTTCGAATCTCTGGGCATTGATAATGGA 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1709 AGATGGTTTGTTGATAAGCTGTGTATCATCATGTTCGAATCTCTGGGCATTGATAATGGA 1768
Query 1777 TGCTGGAACTGGCTTCACTAACCAAGTCTATGAACTCTCTCCTGTATTCTTGCACAAGGA 1836
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1769 TGCTGGAACTGGCTTCACGCACCAAGTCTATGAACTCTCTCCTGTATTCTTGCACAAGGA 1828
Query 1837 ATGGATTATGGAACAGTGGGAGAAGAACTACTACATTAGTTCCATTGCTGGTGCAAACAA 1896
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 1829 ATGGATTATGGAGCAGTGGGAGAAGAACTACTACATTAGTTCTATTGCTGGTGCAAGCAA 1888
Query 1897 TGGAAGCTCCTTAGTTGTCATGTCAAAAGGTACACAGTATACACAGCAGTCTTACAAAGT 1956
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1889 TGGAAGCTCCTTAGTTGTCATGTCAAAAGGTACGCAGTATACACAGCAGTCTTACAAAGT 1948
Query 1957 AAGCGATTCATTCCCGTTCAAGTGGATAAACAAGAAATGGAGAGAAGGCTTCCATGTAAC 2016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1949 AAGCGATTCATTCCCGTTCAAGTGGATAAACAAGAAATGGAGAGAAGGCTTCCATGTAAC 2008
Query 2017 CTCAATGGCAACAGCTGGAAGCCGGTGGGGTGTCGTTATGTCTCGCAATTCTGGCTACAG 2076
|||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2009 CTCAATGGCAACAGCTGGAAATCGATGGGGTGTTGTTATGTCCCGCAATTCTGGCTACAG 2068
Query 2077 TGAACAGGTTGTGGAACTTGATTTTCTGTATCCAAGTGAAGGCATCCACAGGCGTTGGGA 2136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2069 TGAACAGGTTGTGGAACTTGATTTTCTGTATCCAAGTGAAGGCATCCACAGGCGTTGGGA 2128
Query 2137 TGGTGGATTCAGAATCACATCAACAGCAGCAACAACCGATCAAGCTGCCCTCATCTTAAG 2196
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2129 TGGTGGATTCAGAATCACATCAACAGCAGCCACAACCGATCAAGCTGCTCTCATCCTAAG 2188
Query 2197 CATCCCACGTCGTAGACTGGTTGATGAGACGCAAGAGACATTGCGTACCTCTCAATTCCC 2256
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2189 CATCCCACGTCGTAGACTTGTTGATGAGACACAAGAGACGTTACGTACCTCTCAATTCCC 2248
Query 2257 CAGCACACATGTCAAGGAAAAATGGGGAAAGAATCTCTACCTTGCATCGTTAAGCTATGG 2316
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2249 CAGCACACACGTCAAGGAAAAATGGGGAAAGAATCTCTACCTTGCATCGTTAAGCTATGG 2308
Query 2317 CCGAACTGTATCTTGAGACTTATTAGTAAAAAATGTTGAAGGACGAGAGAAAGATGTTTC 2376
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2309 CCGAACTGTATCTTGAGACTTATTAGTAAAAACTGTTGAAGGACGAGAGAAATATGTTTC 2368
Query 2377 CAAGTCTCTGCTCCTATTCCATATCCAACCCTCTGGCCTCTCAGAGGCTCTGTTGTGCTT 2436
||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 2369 TAAGTCTCGGCTCCTATTCCTTATCCAACCCTATGGCCTCTCAG-G-CTCTGTTGTGCTT 2426
Query 2437 Ctt-ttttttt-CAGTTGAATTGTGAAGCAAAAAAGTGGTGATTGTGTTGTTTATTCTCT 2494
||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2427 CTTCTTTTTTTTCAGTTGAATTGTGAAGCAAAAATGTGGTGATTGTGTTGTTTATTC-C- 2484
Query 2495 CCCCTTGTGAAGG--ATTGAGCCACATAATCACCAGATTAGCTACACATTTCCCTCTAAA 2552
||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 2485 CCCCTTGTGAAGGGGATTGAGCCA--TAATCACCAGTTTACCTACACATTTCCCTCGAAA 2542
Query 2553 TTGCTAT-TT-AATTTTTTAAATCAAGAAAAGATATTTTTGTTACCAAATATTCTATA 2608
||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2543 TTGCTATATTTAATTTTT-AAATCAAGAAAAGATATTTTTGTCACCAAATATTCTATA 2599
> AT3G13672.2 | Symbols: | TRAF-like superfamily protein | chr3:4472563-4474364
REVERSE LENGTH=1662
Length=1662
Score = 490 bits (265), Expect = 3e-137
Identities = 320/344 (93%), Gaps = 13/344 (4%)
Strand=Plus/Minus
Query 2271 AGGAAAAATGGGGAAAGAATCTCTACCTTGCATCGTTAAGCTATGGCCGAACTGTATCTT 2330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052 AGGAAAAATGGGGAAAGAATCTCTACCTTGCATCGTTAAGCTATGGCCGAACTGTATCTT 993
Query 2331 GAGACTTATTAGTAAAAAATGTTGAAGGACGAGAGAAAGATGTTTCCAAGTCTCTGCTCC 2390
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||
Sbjct 992 GAGACTTATTAGTAAAAACTGTTGAAGGACGAGAGAAATATGTTTCTAAGTCTCGGCTCC 933
Query 2391 TATTCCATATCCAACCCTCTGGCCTCTCAGAGGCTCTGTTGTGCTTCtt-ttttttt-CA 2448
|||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 932 TATTCCTTATCCAACCCTATGGCCTCTCAG-G-CTCTGTTGTGCTTCTTCTTTTTTTTCA 875
Query 2449 GTTGAATTGTGAAGCAAAAAAGTGGTGATTGTGTTGTTTATTCTCTCCCCTTGTGAAGG- 2507
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 874 GTTGAATTGTGAAGCAAAAATGTGGTGATTGTGTTGTTTATTC-C-CCCCTTGTGAAGGG 817
Query 2508 -ATTGAGCCACATAATCACCAGATTAGCTACACATTTCCCTCTAAATTGCTAT-TT-AAT 2564
||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||
Sbjct 816 GATTGAGCCA--TAATCACCAGTTTACCTACACATTTCCCTCGAAATTGCTATATTTAAT 759
Query 2565 TTTTTAAATCAAGAAAAGATATTTTTGTTACCAAATATTCTATA 2608
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 758 TTTT-AAATCAAGAAAAGATATTTTTGTCACCAAATATTCTATA 716
Score = 315 bits (170), Expect = 2e-84
Identities = 186/194 (96%), Gaps = 0/194 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 2080 ACAGGTTGTGGAACTTGATTTTCTGTATCCAAGTGAAGGCATCCACAGGCGTTGGGATGG 2139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 ACAGGTTGTGGAACTTGATTTTCTGTATCCAAGTGAAGGCATCCACAGGCGTTGGGATGG 1282
Query 2140 TGGATTCAGAATCACATCAACAGCAGCAACAACCGATCAAGCTGCCCTCATCTTAAGCAT 2199
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1281 TGGATTCAGAATCACATCAACAGCAGCCACAACCGATCAAGCTGCTCTCATCCTAAGCAT 1222
Query 2200 CCCACGTCGTAGACTGGTTGATGAGACGCAAGAGACATTGCGTACCTCTCAATTCCCCAG 2259
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1221 CCCACGTCGTAGACTTGTTGATGAGACACAAGAGACGTTACGTACCTCTCAATTCCCCAG 1162
Query 2260 CACACATGTCAAGG 2273
|||||| |||||||
Sbjct 1161 CACACACGTCAAGG 1148
Score = 270 bits (146), Expect = 4e-71
Identities = 158/164 (96%), Gaps = 0/164 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1923 AAGGTACACAGTATACACAGCAGTCTTACAAAGTAAGCGATTCATTCCCGTTCAAGTGGA 1982
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1601 AAGGTACGCAGTATACACAGCAGTCTTACAAAGTAAGCGATTCATTCCCGTTCAAGTGGA 1542
Query 1983 TAAACAAGAAATGGAGAGAAGGCTTCCATGTAACCTCAATGGCAACAGCTGGAAGCCGGT 2042
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1541 TAAACAAGAAATGGAGAGAAGGCTTCCATGTAACCTCAATGGCAACAGCTGGAAATCGAT 1482
Query 2043 GGGGTGTCGTTATGTCTCGCAATTCTGGCTACAGTGAACAGGTT 2086
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 GGGGTGTTGTTATGTCCCGCAATTCTGGCTACAGTGAACAGGTT 1438
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129480879883
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5