BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478789
Length=1719
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G13860.1 | Symbols: HSP60-3A | heat shock protein 60-3A | ch... 2887 0.0
> AT3G13860.1 | Symbols: HSP60-3A | heat shock protein 60-3A |
chr3:4561517-4565279 REVERSE LENGTH=2052
Length=2052
Score = 2887 bits (1563), Expect = 0.0
Identities = 1667/1719 (97%), Gaps = 0/1719 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTATCGAGTGCTATCAAAGTTATCTTCTTCAATTGGCTCGTCTACTTCCAGGAAACTG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 147 ATGTATCGAGTGCTATCAAAGTTATCTTCTTCAATTGGCTCGTCTACTTCCAGGAAACTG 206
Query 61 GTTTCTGGACGGATTATAAGTAGCAGAAACTATGCGGCCAAGGATATCAGTTTCGGGGTC 120
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 207 GTTTCTGGGCGGATTATAAGTAGCAGAAACTATGCGGCCAAGGATATCAGTTTCGGGATC 266
Query 121 GGAGCTCGGGCAGCTATGTTGCAAGGTGTATCCGAGGTTGCAGAAGCTGTGAAAGTCACA 180
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 267 GGAGCTCGGGCAGCTATGTTGCAGGGTGTATCCGAGGTTGCAGAAGCTGTGAAAGTCACT 326
Query 181 ATGGGGCCAAAGGGAAGAAATGTGATAATTGAGAACAGTTATGGCGGACCAAAGATCACA 240
||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 327 ATGGGACCAAAGGGAAGAAATGTGATAATTGAGAGCAGTTATGGCGGACCAAAGATCACA 386
Query 241 AAGGATGGTGTCACCGTGGCAAAAAGCATATCATTTCAAGCAAAAGCTAAGAACATTGGT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 387 AAGGATGGTGTCACCGTGGCAAAAAGCATATCATTTCAAGCTAAAGCTAAGAACATTGGT 446
Query 301 GCGGAACTTGTGAAACAGGTTGCAAGTGCCACTAACAAGGTCGCTGGAGATGGTACCACT 360
|| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 447 GCCGAACTCGTCAAACAGGTTGCAAGTGCCACTAACAAGGTTGCTGGAGATGGTACCACT 506
Query 361 TGTGCCACTGTTTTGACTCAGGCGATACTCGTCGAAGGTTGCAAGTCAGTGGCTGCTGGT 420
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 507 TGTGCCACTGTTTTGACTCAGGCGATACTCATCGAAGGCTGCAAGTCGGTGGCTGCAGGT 566
Query 421 GTAAATGTGATGGATTTGCGTGTTGGCATTAATATGGCAATTGCTGCAGTTGTCTCTGAT 480
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 567 GTAAATGTGATGGATTTGCGTGTTGGAATTAATATGGCAATTGCTGCAGTTGTCTCTGAT 626
Query 481 TTGAAAAGCAGAGCTGTTATGATTAGCACCCCAGAAGAGATCACACAGGTTGCCACGATA 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 627 TTGAAAAGCAGAGCTGTTATGATTAGCACCCCAGAAGAGATCACACAGGTTGCCACTATA 686
Query 541 TCTGCAAATGGGGAGCGTGAGATAGGAGAACTAATTGCAAGAGCCATGGAGAAAGTTGGA 600
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 687 TCTGCAAATGGGGAGCGTGAAATAGGGGAACTAATTGCAAGAGCCATGGAGAAAGTTGGA 746
Query 601 AAGGAAGGGGTTATCACTGTTGCTGATGGTAACACTTTAGATAACGAGCTAGAAGTAGTG 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 747 AAGGAAGGGGTTATCACTGTTGCTGATGGTAACACTTTAGATAACGAGCTGGAAGTAGTG 806
Query 661 GAAGGAATGAAGCTAGCCAGAGGTTACATTTCTCCTTATTTTATCACAGACGAGAAGACC 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 807 GAAGGAATGAAGCTAGCCAGAGGTTACATTTCTCCTTATTTTATCACGGATGAGAAGACC 866
Query 721 CAGAAATGCGAGCTTGAAAATCCCATCATCCTCATTCATGAAAAGAAGATTTCAGACATT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 867 CAGAAATGCGAGCTTGAAAATCCCATCATCCTCATTCATGAGAAGAAGATTTCAGACATT 926
Query 781 AACTCTTTGTTGAAAGTTTTAGAAGCAGCTGTGCAAAGTAGCAGACCACTTCTTATTGTA 840
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 927 AACTCTTTGTTGAAAGTTTTAGAAGCGGCTGTGAAAAGTAGTAGACCACTTCTTATTGTA 986
Query 841 GCAGAAGATGTTGAGAGTGATGCATTAGCTATGCTTATTCTCAATAAGCATCATGCTGGG 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 987 GCAGAAGATGTTGAGAGTGATGCATTAGCTATGCTTATTCTCAATAAGCATCATGGTGGG 1046
Query 901 TTTAAGGTATGCGCTATCAAGGCTCCGGGGTTCGGTGACAACAGGAAAGCAAGCTTGGAT 960
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1047 CTTAAGGTATGTGCTATCAAGGCTCCGGGGTTTGGTGACAACAGGAAAGCAAGCTTGGAT 1106
Query 961 GACCTTGCGGTTCTTACTGGTGCAGAGGTTATCTCTGAGGAGCGTGGGCTATCTCTAGAA 1020
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107 GATCTTGCAGTTCTTACTGGTGCAGAGGTTATCTCTGAGGAGCGTGGGCTATCTCTAGAA 1166
Query 1021 AAAATTCGCCCTGAATTGCTTGGAACTGCGAAGAAGGTTACCATCACCCGTGATGACACT 1080
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1167 AAAATTCGCCCTGAATTGCTTGGAACTGCGAAGAAGGTTACCGTTACCCGTGATGACACT 1226
Query 1081 ATTATCCTACATGGTGGTGGTGATAAAAAGCTAATCGAAGAAAGATGTGAAGAGTTAAGG 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1227 ATTATCCTACATGGTGGTGGTGATAAAAAGCTAATTGAAGAAAGATGTGAAGAGTTAAGA 1286
Query 1141 TCAGCCAATGAAAAGAGCACTTCCACTTTTGATAAAGAAAAAACGCAAGAAAGACTCTCA 1200
||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1287 TCAGCCAATGAAAAGAGTACATCCACTTTTGATCAAGAGAAAACGCAAGAAAGACTCTCA 1346
Query 1201 AAGCTATCAGGTGGTGTTGCAGTCTTCAAGGTGGGAGGGGCAAGTGAATCTGAAGTTGGA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1347 AAGCTATCAGGTGGTGTTGCAGTCTTCAAGGTGGGAGGGGCAAGTGAATCTGAAGTTGGA 1406
Query 1261 GAGAGAAAAGACAGAGTCACTGATGCTTTAAACGCTACCAGAGCAGCTGTAGAAGAAGGC 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 GAGAGAAAAGACAGAGTCACTGATGCTTTAAACGCCACAAGAGCAGCTGTAGAAGAAGGC 1466
Query 1321 ATCATACCGGGTGGTGGTGTGGCTCTATTATATGCGACAAAGGCTTTAGACAACCTTCAA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1467 ATCATACCGGGTGGTGGTGTGGCTCTATTATATGCGACAAAGGCTTTAGACAACCTTCAA 1526
Query 1381 ACTCAAAACGAGGATCAAAGAAGAGGTGTTCAGATTGTTCAGAATGCTCTCAAGGCTCCT 1440
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1527 ACTGAAAACGAGGATCAAAGAAGAGGTGTTCAGATTGTTCAGAATGCTCTCAAGGCTCCT 1586
Query 1441 GCATTTACAATAGCTGAAAATGCCGGTTACGATGGTTCTTTAGTGGTTGGCAAGTTATTA 1500
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587 GCATTTACAATAGCTGCAAATGCCGGTTACGATGGTTCTTTAGTGGTTGGCAAGTTATTA 1646
Query 1501 GAGCAAGATGATTGCAATTTTGGTTTCGATGCCGCCAAAGGTACATATGTGGATATGGTG 1560
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1647 GAGCAAGACGATTGCAATTTTGGTTTCGATGCAGCCAAAGGTAAATATGTGGATATGGTG 1706
Query 1561 AAATCTGGAATCATAGACCCAGTCAAGGTGATCAGAACCGCATTAACCGATGCCGCTAGC 1620
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1707 AAAGCTGGAATCATAGACCCAGTCAAGGTGATCAGAACCGCCTTAACCGATGCTGCTAGC 1766
Query 1621 GTCTCTTTGCTTTTGACAACAACAGAAGCCTCAGTGCTTGTGAAGGCAGACGAGAACACT 1680
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1767 GTTTCTTTGCTTTTGACAACAACAGAGGCCTCAGTGCTTGTGAAGGCAGACGAGAACACT 1826
Query 1681 CCAAACCATGTCCCTGATATGGCCAGCATGGGCATGTGA 1719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1827 CCAAACCATGTCCCTGATATGGCCAGCATGGGCATGTGA 1865
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84989522685
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5