BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg478789 Length=1719 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G13860.1 | Symbols: HSP60-3A | heat shock protein 60-3A | ch... 2887 0.0 > AT3G13860.1 | Symbols: HSP60-3A | heat shock protein 60-3A | chr3:4561517-4565279 REVERSE LENGTH=2052 Length=2052 Score = 2887 bits (1563), Expect = 0.0 Identities = 1667/1719 (97%), Gaps = 0/1719 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGTATCGAGTGCTATCAAAGTTATCTTCTTCAATTGGCTCGTCTACTTCCAGGAAACTG 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 147 ATGTATCGAGTGCTATCAAAGTTATCTTCTTCAATTGGCTCGTCTACTTCCAGGAAACTG 206 Query 61 GTTTCTGGACGGATTATAAGTAGCAGAAACTATGCGGCCAAGGATATCAGTTTCGGGGTC 120 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 207 GTTTCTGGGCGGATTATAAGTAGCAGAAACTATGCGGCCAAGGATATCAGTTTCGGGATC 266 Query 121 GGAGCTCGGGCAGCTATGTTGCAAGGTGTATCCGAGGTTGCAGAAGCTGTGAAAGTCACA 180 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 267 GGAGCTCGGGCAGCTATGTTGCAGGGTGTATCCGAGGTTGCAGAAGCTGTGAAAGTCACT 326 Query 181 ATGGGGCCAAAGGGAAGAAATGTGATAATTGAGAACAGTTATGGCGGACCAAAGATCACA 240 ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 327 ATGGGACCAAAGGGAAGAAATGTGATAATTGAGAGCAGTTATGGCGGACCAAAGATCACA 386 Query 241 AAGGATGGTGTCACCGTGGCAAAAAGCATATCATTTCAAGCAAAAGCTAAGAACATTGGT 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 387 AAGGATGGTGTCACCGTGGCAAAAAGCATATCATTTCAAGCTAAAGCTAAGAACATTGGT 446 Query 301 GCGGAACTTGTGAAACAGGTTGCAAGTGCCACTAACAAGGTCGCTGGAGATGGTACCACT 360 || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 447 GCCGAACTCGTCAAACAGGTTGCAAGTGCCACTAACAAGGTTGCTGGAGATGGTACCACT 506 Query 361 TGTGCCACTGTTTTGACTCAGGCGATACTCGTCGAAGGTTGCAAGTCAGTGGCTGCTGGT 420 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||| Sbjct 507 TGTGCCACTGTTTTGACTCAGGCGATACTCATCGAAGGCTGCAAGTCGGTGGCTGCAGGT 566 Query 421 GTAAATGTGATGGATTTGCGTGTTGGCATTAATATGGCAATTGCTGCAGTTGTCTCTGAT 480 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 567 GTAAATGTGATGGATTTGCGTGTTGGAATTAATATGGCAATTGCTGCAGTTGTCTCTGAT 626 Query 481 TTGAAAAGCAGAGCTGTTATGATTAGCACCCCAGAAGAGATCACACAGGTTGCCACGATA 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 627 TTGAAAAGCAGAGCTGTTATGATTAGCACCCCAGAAGAGATCACACAGGTTGCCACTATA 686 Query 541 TCTGCAAATGGGGAGCGTGAGATAGGAGAACTAATTGCAAGAGCCATGGAGAAAGTTGGA 600 |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 687 TCTGCAAATGGGGAGCGTGAAATAGGGGAACTAATTGCAAGAGCCATGGAGAAAGTTGGA 746 Query 601 AAGGAAGGGGTTATCACTGTTGCTGATGGTAACACTTTAGATAACGAGCTAGAAGTAGTG 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 747 AAGGAAGGGGTTATCACTGTTGCTGATGGTAACACTTTAGATAACGAGCTGGAAGTAGTG 806 Query 661 GAAGGAATGAAGCTAGCCAGAGGTTACATTTCTCCTTATTTTATCACAGACGAGAAGACC 720 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 807 GAAGGAATGAAGCTAGCCAGAGGTTACATTTCTCCTTATTTTATCACGGATGAGAAGACC 866 Query 721 CAGAAATGCGAGCTTGAAAATCCCATCATCCTCATTCATGAAAAGAAGATTTCAGACATT 780 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 867 CAGAAATGCGAGCTTGAAAATCCCATCATCCTCATTCATGAGAAGAAGATTTCAGACATT 926 Query 781 AACTCTTTGTTGAAAGTTTTAGAAGCAGCTGTGCAAAGTAGCAGACCACTTCTTATTGTA 840 |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 927 AACTCTTTGTTGAAAGTTTTAGAAGCGGCTGTGAAAAGTAGTAGACCACTTCTTATTGTA 986 Query 841 GCAGAAGATGTTGAGAGTGATGCATTAGCTATGCTTATTCTCAATAAGCATCATGCTGGG 900 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 987 GCAGAAGATGTTGAGAGTGATGCATTAGCTATGCTTATTCTCAATAAGCATCATGGTGGG 1046 Query 901 TTTAAGGTATGCGCTATCAAGGCTCCGGGGTTCGGTGACAACAGGAAAGCAAGCTTGGAT 960 |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1047 CTTAAGGTATGTGCTATCAAGGCTCCGGGGTTTGGTGACAACAGGAAAGCAAGCTTGGAT 1106 Query 961 GACCTTGCGGTTCTTACTGGTGCAGAGGTTATCTCTGAGGAGCGTGGGCTATCTCTAGAA 1020 || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1107 GATCTTGCAGTTCTTACTGGTGCAGAGGTTATCTCTGAGGAGCGTGGGCTATCTCTAGAA 1166 Query 1021 AAAATTCGCCCTGAATTGCTTGGAACTGCGAAGAAGGTTACCATCACCCGTGATGACACT 1080 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 1167 AAAATTCGCCCTGAATTGCTTGGAACTGCGAAGAAGGTTACCGTTACCCGTGATGACACT 1226 Query 1081 ATTATCCTACATGGTGGTGGTGATAAAAAGCTAATCGAAGAAAGATGTGAAGAGTTAAGG 1140 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1227 ATTATCCTACATGGTGGTGGTGATAAAAAGCTAATTGAAGAAAGATGTGAAGAGTTAAGA 1286 Query 1141 TCAGCCAATGAAAAGAGCACTTCCACTTTTGATAAAGAAAAAACGCAAGAAAGACTCTCA 1200 ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1287 TCAGCCAATGAAAAGAGTACATCCACTTTTGATCAAGAGAAAACGCAAGAAAGACTCTCA 1346 Query 1201 AAGCTATCAGGTGGTGTTGCAGTCTTCAAGGTGGGAGGGGCAAGTGAATCTGAAGTTGGA 1260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1347 AAGCTATCAGGTGGTGTTGCAGTCTTCAAGGTGGGAGGGGCAAGTGAATCTGAAGTTGGA 1406 Query 1261 GAGAGAAAAGACAGAGTCACTGATGCTTTAAACGCTACCAGAGCAGCTGTAGAAGAAGGC 1320 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 1407 GAGAGAAAAGACAGAGTCACTGATGCTTTAAACGCCACAAGAGCAGCTGTAGAAGAAGGC 1466 Query 1321 ATCATACCGGGTGGTGGTGTGGCTCTATTATATGCGACAAAGGCTTTAGACAACCTTCAA 1380 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1467 ATCATACCGGGTGGTGGTGTGGCTCTATTATATGCGACAAAGGCTTTAGACAACCTTCAA 1526 Query 1381 ACTCAAAACGAGGATCAAAGAAGAGGTGTTCAGATTGTTCAGAATGCTCTCAAGGCTCCT 1440 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1527 ACTGAAAACGAGGATCAAAGAAGAGGTGTTCAGATTGTTCAGAATGCTCTCAAGGCTCCT 1586 Query 1441 GCATTTACAATAGCTGAAAATGCCGGTTACGATGGTTCTTTAGTGGTTGGCAAGTTATTA 1500 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1587 GCATTTACAATAGCTGCAAATGCCGGTTACGATGGTTCTTTAGTGGTTGGCAAGTTATTA 1646 Query 1501 GAGCAAGATGATTGCAATTTTGGTTTCGATGCCGCCAAAGGTACATATGTGGATATGGTG 1560 |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1647 GAGCAAGACGATTGCAATTTTGGTTTCGATGCAGCCAAAGGTAAATATGTGGATATGGTG 1706 Query 1561 AAATCTGGAATCATAGACCCAGTCAAGGTGATCAGAACCGCATTAACCGATGCCGCTAGC 1620 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 1707 AAAGCTGGAATCATAGACCCAGTCAAGGTGATCAGAACCGCCTTAACCGATGCTGCTAGC 1766 Query 1621 GTCTCTTTGCTTTTGACAACAACAGAAGCCTCAGTGCTTGTGAAGGCAGACGAGAACACT 1680 || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1767 GTTTCTTTGCTTTTGACAACAACAGAGGCCTCAGTGCTTGTGAAGGCAGACGAGAACACT 1826 Query 1681 CCAAACCATGTCCCTGATATGGCCAGCATGGGCATGTGA 1719 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1827 CCAAACCATGTCCCTGATATGGCCAGCATGGGCATGTGA 1865 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 84989522685 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5