BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478826
Length=3647
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G14120.1 | Symbols: | FUNCTIONS IN: molecular_function unkn... 2865 0.0
> AT3G14120.1 | Symbols: | FUNCTIONS IN: molecular_function unknown;
INVOLVED IN: transport; LOCATED IN: nuclear pore; EXPRESSED
IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth
stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nuclear pore protein 84/107
(InterPro:IPR007252); Has 5399 Blast hits to 5001 proteins
in 612 species: Archae - 19; Bacteria - 730; Metazoa - 2186;
Fungi - 823; Plants - 382; Viruses - 37; Other Eukaryotes
- 1222 (source: NCBI BLink). | chr3:4677813-4685666 FORWARD
LENGTH=3697
Length=3697
Score = 2865 bits (1551), Expect = 0.0
Identities = 1653/1704 (97%), Gaps = 0/1704 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 102 ACTTGGGGTTAGTTTTCGTTGGTGAAGAAATGGATATGGATATGGACACTTCCCCTAGCT 161
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 152 ACTTGGGGTTAGCTTTCGTTGGTGAAGAAATGGATATGGATATGGACACTTCCCCTAGCT 211
Query 162 ACTTCGACCCCGAGGTTCTCAGTGTTAGGGATCAATTCCGTCGCTATCGAAAGAGACACT 221
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 212 ACTTCGACCCCGAGGCCCTCAGTGTTAGGGATCAATTCCGTCGCTATCGAAAGAGACACT 271
Query 222 CTACATCTCCACATGAGGAAATGTTGAGTTCAAATGTCAGCGAGAACAGATTACTGTATG 281
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 272 CTACATCGCCACATGAGGAAATGTTGAGTTCAAATGTCAGCGAGAACAGATTACTGTATG 331
Query 282 ATGGACATTACATCCATAGTCCAACAAATACTGCATTGCTTCTTGAAAACATTAAGGAGG 341
| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 332 ACGGGCATAACATTCATAGTCCAACAAATACTGCATTGCTCCTTGAAAACATTAAGGAAG 391
Query 342 AGGTTGACAACTTTCACACTGATCATTACGAAGCAACACCTGCAAACCCGATATCTGCTT 401
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 392 AGGTTGACAACTTTCACACTGATCATTACGAAGGAACACCTACAAACCCGATATCTGCTT 451
Query 402 CTAGGAGGGAGAGTGTTGGAATTCTTGATGATGATAATGAGGCTTTGTTTCGTCGAGTAG 461
| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 CCAGGAGGGAGAGTGTTGGAATTCTTAATGATGACGATGAGGCTTTGTTTCGTCGAGTAG 511
Query 462 AAAGTCAATCACTGAAGGCTTGCAAGATTGAGAATGATGAGTTAGCAGAGAGTGGAGATA 521
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 512 AAAGTCAATCACTCAAGGCTTGCAAGATTGAGAATGATGAGTTAGCGGAGAGTGGAGATA 571
Query 522 CAACCTTTGCTTTGTTTGCTTCCCTGTTTGATTCTGCGCTTCAAGGACTAATGTCCATTC 581
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 572 CAACCTTTGCTTTGTTTGCTTCCCTGTTTGATTCTGCGCTTCAAGGACTAATGTCCATTC 631
Query 582 CAGATCTAATGTTGAGGCTTGAGGAATCATGCAGGCATGTTTCACAATCAATTAGATATG 641
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 632 CAAATCTAATGTTGAGGCTTGAAGAATCATGCAGGAATGTTTCACAATCAATTAGATATG 691
Query 642 GATCAGATATTAGACATCGTGTTGTGGAGGATAAACTTATGAGACAGAAGGCTCAGCTTT 701
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 GATCAGATATTAGACATCGTGCTGTGGAGGATAAACTTATGAGACAGAAGGCTCAGCTTT 751
Query 702 TGCTTGGTGAGGCTGCCTCCTGGTCACTTTTATGGAACCTATATGGAAAAGGTACTGAAG 761
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 752 TGCTTGGTGAGGCTGCCTCCTGGTCACTTTTATGGAACCTATATGGAAAAGGTACTGATG 811
Query 762 AAGTTCCTGAGGATTTGATCCTGATCCCATCAACATCTCATGTGGAGGCTTGTCAGTTTG 821
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 812 AAGTTCCTGAGAATTTGATCCTGATCCCATCAACATCTCATTTGGAGGCTTGTCAGTTTG 871
Query 822 TTTTAAACGACCATACAGCTCAGCTATGCCTTCGGATAGTCCTGTGGCTTGAAGAACTTG 881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 872 TTTTAAACGACCATACAGCTCAGCTATGCCTTCGGATAGTCATGTGGCTTGAAGAACTTG 931
Query 882 CTTCAAAATCACTTGATTTGGAAAGGAAGGTGCGGGGATCTCATGTGGGTACTTATCTTC 941
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 932 CTTCAAAATCACTTGACTTGGAAAGGAAGGTGCAGGGATCTCATGTGGGTACTTATCTTC 991
Query 942 CTAACGCTGGAGTGTGGCATCACACACAAAGATATCTGAAGAAAAATGGCTCTAGCGCTG 1001
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 992 CTAATGCTGGAGTGTGGCATCACACACAAAGATATCTCAAGAAAAATGGCTCTAACGCTG 1051
Query 1002 ACACTGTACACCATCTGGATTTTGATGCTCCAACACGTGAACATGCTCGTCTTCTTCCTG 1061
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052 ACACTTTACACCATCTGGATTTTGATGCTCCAACACGTGAACATGCTCGTCTTCTTCCTG 1111
Query 1062 ATGACTATAAACAAGATGAATCTGTTCTTGAGGATGTTTGGACTTTGATAAGGGCTGGGA 1121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 ATGACTATAAACAAGATGAATCTGTTCTTGAGGATGTATGGACTTTGATAAGGGCTGGGA 1171
Query 1122 GAATAGAAGAGGCATGTGATCTCTGCAGGTCTGCTGGGCAGCCATGGAGAGCTGCAACTT 1181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1172 GAATAGAAGAGGCATGTGATCTCTGCAGGTCTGCTGGGCAGTCATGGAGAGCTGCGACTT 1231
Query 1182 TATGCCCTTTTTCTGGAATGGACATGTTTCCTTCTCTTGAGGCACTGGTAAAGAATGGAA 1241
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1232 TATGCCCTTTTTCTGGAATGGACATGTTTCCTTCTATTGAGGCACTGGTAAAGAATGGGG 1291
Query 1242 AAAATAGGACTCTCCAGGCCATCGAGCAGGAAAGTGGCTTTGGCAATCAACTGCGTCTTT 1301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292 AAAATAGGACTCTCCAGGCCATCGAGCAGGAAAGTGGCTTTGGCAATCAACTGCGTCTTT 1351
Query 1302 GGAAATGGGCTTCCTACTGTGCATCAGAGAAAATTGCAGAGCAGGACGGCGGCAAACATG 1361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352 GGAAATGGGCTTCCTACTGTGCATCAGAGAAAATTGCAGAGCAGGACGGCGGCAAACATG 1411
Query 1362 AAGTTGCTGTTTTTGCAACCCAATGTAGCAACCTGAACCGCATGTTACCAATTTGTTCTG 1421
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1412 AAGTTGCTGTTTTTGCAACTCAATGTAGCAACCTGAACCGCATGTTACCAATTTGTACTG 1471
Query 1422 ATTGGGAGTCAGCTTGCTGGGCGATGGCAAAATCCTGGCTTGATGTTCAGGTTGATCTTG 1481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1472 ATTGGGAGTCAGCTTGCTGGGCGATGGCAAAATCCTGGCTTGATGTTCAGGTTGATCTTG 1531
Query 1482 AACTCGCCCAATCAAAGCCAGGCTTGACAGAAAGGTTTAAAAGCTGCATTGATGAAAGCC 1541
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1532 AACTCGCCCAATCAAAGCCTGGTTTGACAGAAAGGTTTAAAAGCTGCATTGATGAAAGCC 1591
Query 1542 CTGAAACTATGCAAAATGGTTGTCAGGCTTCACTTGGGCCAGAAGATTGGCCCCTCCATG 1601
||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1592 CTGAAGCTACGCAAAATGGTTGTCAGGCTTCATTTGGGCCAGAAGATTGGCCCCTCCATG 1651
Query 1602 TTCTAAACCAACAACCCCGTGACCTTCCTGCTCTTCTTCAGAAACTCCATTCAGGGGAAA 1661
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1652 TTCTAAACCAACAACCCCGCGACCTTCCTGCTCTTCTTCAGAAACTTCATTCAGGGGAAA 1711
Query 1662 TGGTGCACGAAGCTGTTGTCAGAGGATGCAAAGAGCAGCACCGGCAAATTCAGATGAACC 1721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1712 TGGTGCACGAAGCTGTTGTCAGAGGATGCAAAGAGCAGCACCGCCAAATTCAGATGAACC 1771
Query 1722 TTATGTTGGGGGATATATCACATCTTCTTGATACCATATGGTCATGGATAGCGCCCTTAG 1781
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1772 TTATGTTGGGGGATATATCACATCTCCTTGATATCATATGGTCATGGATAGCGCCCTTAG 1831
Query 1782 AAAATGATCAAAGCAACTTCAGGC 1805
|| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1832 AAGATGATCAAAGCAACTTCAGGC 1855
Score = 2154 bits (1166), Expect = 0.0
Identities = 1220/1247 (98%), Gaps = 0/1247 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1860 GGCCCCATGGAGATCCTCATATGATAAAGTTTGGTGCACACGTGGTGCTTGTTCTTAGGC 1919
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1853 GGCCCCATGGAGATCCTCATATGATAAAGTTCGGTGCACACATGGTACTTGTTCTTAGGC 1912
Query 1920 TTCTGTTTACTGATGAAATCAATGACTCTTTCAGGGAGAAGCTCAATAATGTTGGTGATC 1979
|||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 TTCTATTTACTGATGAAATCAACGACTCTTTCAAGGAGAAGCTCAATAATGTTGGTGATC 1972
Query 1980 TTATTCTTCATATGTATGCGATGTTTTTATTTTCAAAACAACATGAAGAATTGGTAGGAA 2039
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 TTATTCTTCATATGTATGCGATGTTTCTATTTTCAAAACAACATGAAGAATTGGTAGGAA 2032
Query 2040 TTTATGCTTCTCAGCTTGCTCGCCATCGATGCATCGAACTTTTTGTACACATGATGGAGT 2099
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 TTTATGCTTCTCAGCTTGCTCGCCATCGATGCATTGAACTTTTTGTACACATGATGGAGT 2092
Query 2100 TAAGGATGCATAGCAGCGTACATGTGAAGTACAAAATCTTCCTGTCCGCTATGGAGTACT 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 TAAGGATGCATAGCAGCGTACATGTGAAGTACAAAATCTTCCTGTCCGCTATGGAGTACT 2152
Query 2160 TGCCATTCTCTCCTGTGGATGATTTACATGGAAATTTTGAAGAAATAGTTGACAGGGTTT 2219
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 TGTCATTCTCTCCTGTGGATGATTTACATGGAAATTTTGAAGAAATAGTTGACAGGGTTT 2212
Query 2220 TGTCAAGATCTCGGGAAATCAAACTTGCAAAATATGATCCCTCAATTGATGTTGCGGAGC 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 TGTCAAGATCTCGGGAAATCAAACTTGCAAAATATGATCCCTCAATTGATGTTGCGGAGC 2272
Query 2280 AGCATCGTCAGCAGAGTCTTCAAAAAGCAATAGCCATTCAGTGGCTCTGTTTTACACCTC 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 AGCATCGTCAGCAGAGTCTTCAAAAAGCAATAGCCATTCAGTGGCTCTGTTTTACACCTC 2332
Query 2340 CATCTACTATAAAGGATGTCAAGGATGTTACTTCCAAATTACTATTGCGATCTTTGATGC 2399
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2333 CATCTACTATAAAGGATGTGAAGGATGTTACTTCCAAATTACTTTTGCGATCTTTGATGC 2392
Query 2400 ACAGCAACATACTTTTCAGAGAGTTTGCTTTGATTGCCATGTGGAGGGTGCCTGCAACTC 2459
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 ACAGCAACATACTTTTCAGAGAGTTTGCATTGATTGCCATGTGGAGGGTGCCTGCAACTC 2452
Query 2460 CTGTGGGTGCACACACACTTCTTAGTTTTCTTGCTGAACCTCTGAAGCAACTCTCAGAAA 2519
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 CTGTGGGTGCACACACACTTCTTAGTTATCTTGCTGAACCTCTGAAGCAACTCTCAGAAA 2512
Query 2520 ATCCAGATACCCTTGAGGATTATGTCTCCGAGAATTTACAAGAGTTCCAAGACTGGAATG 2579
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 ATCCAGATACCCTCGAGGATTATGTTTCCGAGAATTTGCAAGAGTTCCAAGACTGGAATG 2572
Query 2580 AGTATTATTCCTGTGATGCAAAATATCGCAACTGGCTCAAATTCCAATTAGAGAATGCTG 2639
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2573 AGTATTATTCCTGTGATGCAAAATATCGCAACTGGCTCAAATTCCAGTTAGAGAATGCTG 2632
Query 2640 AAGTCACTGAACTCTCAGAAGAGGAAAATCAGAAAGCTGTTGTAGCAGCCAAAGAGACTC 2699
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 AAGTCACTGAACTGTCAGAAGAGGAAAATCAGAAAGCTGTTGTAGCAGCCAAAGAGACTC 2692
Query 2700 TGGATTCTTCTTTGTCATTGCTGCTCAGACAAGACAACCCCTGGATGACATTTCTCGAAG 2759
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2693 TGGATTCTTCTTTGTCATTGCTTCTCAGACAAGACAACCCCTGGATGACATTTCTCGAAG 2752
Query 2760 ACCATGTATTCGAATCAGAAGATTATATGTTCCTTGAATTGCATGCAACTGCGATGCTCT 2819
|||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 ACCATGTATTCGAATCAGAAGAATATTTATTCCTTGAATTGCATGCAACTGCGATGCTCT 2812
Query 2820 GTTTGCCTTCTGGTGAATGTCTGCGCCCAGATGCCACTGTTTGTGCTGCACTAATGAGTG 2879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 GTTTGCCTTCTGGTGAATGTCTGCGCCCAGATGCCACTGTTTGTGCTGCACTAATGAGTG 2872
Query 2880 CACTTTACTCTTCTGTCAGTGAGGAAGTTGTTTTAGATCGCCAGTTAATGGTAAATGTAT 2939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2873 CACTTTACTCTTCTGTCAGTGAGGAAGTTGTTTTAGATCGCCAGTTAATGGTAAATGTAT 2932
Query 2940 CGATTTCGTCAAGGGACAGCTACTGCATCGAGGTTGTGCTCCGCTGTCTAGCAATTAAGG 2999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 2933 CGATTTCGTCAAGGGACAGCTACTGCATCGAGGTTGTGCTCCGGTGTTTAGCAATTAAGG 2992
Query 3000 GTGATGGACTTGGGCCACATAATGCAAATGACGGTGGTATTCTAAGTGCAGTGGCTGCAG 3059
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2993 GCGATGGACTTGGGCCACATAATGCAAATGACGGTGGTATTCTAAGCGCAGTGGCTGCAG 3052
Query 3060 CTGGTTTTAAAGGTTCGGATATCTATGAAACATATTTCTCATTCACC 3106
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3053 CTGGTTTTAAAGGTTCGGATATCTATGGAACATATTTCTCATTCACC 3099
Score = 900 bits (487), Expect = 0.0
Identities = 524/542 (97%), Gaps = 1/542 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3107 GAGCTTACACGGTTCCAGGCAGGTGTTACAATGGATATATCCCGCCTAGACGCTTGGTAT 3166
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3139 GAGCTTACACGGTTCCAGGCAGGTGTTACAATGGATATATCCCGCCTAGACGCTTGGTAT 3198
Query 3167 TCAAGCAAAGAAGGCTCGCTTGAAACACCTGCCACTTATATTGTCCGGGGTCTTTGTAGA 3226
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3199 TCAAGCAAAGAAGGCTCGCTTGAAACACCTGCAACTTATATTGTCCGGGGTCTCTGTAGA 3258
Query 3227 AGATGCTGTCTTCCAGAACTCGTTCTTCGATCTATGCAGGTTTCTGTTTCTCTAATGGAG 3286
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3259 AGATGCTGTCTTCCAGAACTCGTTCTTCGATCAATGCAGGTTTCTGTTTCTCTAATGGAG 3318
Query 3287 TCGGGAAATCCACCTGAAGATCATGATGAACTGATTGAGCTTGTTGCTTCTGATGAAACT 3346
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3319 TCGGGAAATCCACCTGAAGATCATGATGAACTGATTGAGCTTGTTGCTTCTGATGAAACT 3378
Query 3347 GGTTTTCTCTCTTTGTTCAGTCGGCAGCAATTACAGGAGTTCATGTTGTTTGAGAGAGAG 3406
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 3379 GGTTTTCTCTCTTTGTTCAGTCGGCAACAATTACAGGAGTTCATGTTATTTGAGAGGGAG 3438
Query 3407 TATCGTATGTCCCAGTTGGAGCTTCAGGAAGAACTTTCATCATCTTGATATTGCCTCACC 3466
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3439 TATCGTATGTCCCAGTTGGAGCTTCAAGAGGAACTTTCATCACCTTGATATTGCCTCACC 3498
Query 3467 TTATATCTGCGCCAGCTTCTTCCTCACTGAATGCCCAGAGAGACAGCTTATTTTGGT-CG 3525
|| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||
Sbjct 3499 TTGTATCAGCGCCAGCTTCTTCCTCACTGAATGCCCAGAGAGACGGCTTACTTTGGTTCG 3558
Query 3526 TGTAAATTACGCTGTAATTTGTCTTCTTTTCAGACCAGGGATTCACTGATCAGACTGATG 3585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3559 TGTAAATTACGCTGTAATTTGTCTTCTTTTCAGACCAGGGATTCACTGATCAGACTGATG 3618
Query 3586 TATACATTCTGATAAATTTTGTCGAATACTGAGATTTCAAGTTCCATTTACTACTATTGG 3645
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3619 TATACATTGTGATAAATTTTGTCGAATGCTGAGATATCAAGTTCCCTTTACTACTATTGG 3678
Query 3646 TC 3647
||
Sbjct 3679 TC 3680
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 181604333660
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5