BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479055
Length=2198
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G15990.1 | Symbols: SULTR3;4 | sulfate transporter 3;4 | chr... 3474 0.0
> AT3G15990.1 | Symbols: SULTR3;4 | sulfate transporter 3;4 | chr3:5426987-5430880
FORWARD LENGTH=2257
Length=2257
Score = 3474 bits (1881), Expect = 0.0
Identities = 2080/2176 (96%), Gaps = 13/2176 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 25 ACCATGGGTCATGGCACGAACAGAGTAGAAGACATGTCGTCACCAAACAATGGAACCACA 84
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |
Sbjct 92 ACCATGGGTCATGGCACTAACAGAGTAGAAGACATGGCGTCACCAAACAATGGAA-C-C- 148
Query 85 GGAGCAGGAGAAACGGTCGTGGAGATACACAGCGTTTGTCTACCGCCAAAGAAAACAGCG 144
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 149 ---GCAGGAGAAACGGTCGTGGAGATACACAGCGTTTGTCTACCGCCGAAGAAAACAGCG 205
Query 145 TTTCAGAAACTGAAAAAGCGCGTTGCGGATGTGTTCTTCCCTGATGATCCGTTACAGAGG 204
||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 206 TTTCAGAAACTGAAAAAACGCGTTGGGGACGTGTTCTTCCCTGATGATCCGTTACAGAGG 265
Query 205 TTTAGGAACCAAACATGGAGAAACAGAGTGATTTTGGGTCTTCAAAGCTTGTTCCCAATA 264
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 266 TTTAGGAACCAAACATGGAGAAACAGAGTGATTCTAGGTCTTCAAAGCTTGTTCCCGATA 325
Query 265 TTCACATGGGTTTCTCAGTATGATCTCAAGCTTTTTAGGTCCGATGTTGTCTCTGGTCTC 324
|||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 326 TTCACATGGGGTTCTCAGTACGATCTCAAGCTTCTTAGGTCCGATGTTATCTCTGGTCTC 385
Query 325 ACCATTGCCAGTCTCGCCATCCCTCAGGGAATCAGCTATGCAAAGCTAGCAAACTTACCA 384
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 ACCATTGCCAGTCTCGCCATTCCTCAGGGAATCAGCTATGCAAAGCTAGCAAACTTACCA 445
Query 385 CCCATAGTTGGTCTTTATTCAAGCTTTGTGCCACCACTTATATACGCAGTTCTTGGAAGT 444
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
Sbjct 446 CCTATAGTTGGTCTTTATTCAAGCTTTGTGCCACCACTGATATATGCAGTTCTTGGGAGT 505
Query 445 TCAAGACATCTTGCAGTTGGTCCTGTCTCAATAGCATCACTTGTGATGGGCTCAATGCTA 504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 506 TCAAGACATCTTGCAGTTGGTCCTGTCTCAATAGCATCACTTGTGATGGGCTCAATGCTA 565
Query 505 AGTGAAAGTGTTTCTCCAACACAAGATTCAATTCTATATCTCAAATTGGCTTTCACTTCA 564
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 AGTGAAAGTGTTTCACCAACACAAGATTCAATTCTATATCTCAAATTGGCTTTCACTTCA 625
Query 565 ACTTTCTTTGCTGGTGTCTTCCAAGCCTCCCTTGGCCTTCTTAGGCTGGGATTTATGATT 624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 626 ACTTTCTTTGCTGGTGTCTTCCAAGCCTCCCTTGGCCTTCTTAGGCTAGGATTTATGATT 685
Query 625 GACTTTTTGTCAAAGGCAACTTTGGTTGGTTTCACTGCTGGTGCTGCAGTGATTGTGTCA 684
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 686 GACTTTTTGTCAAAGGCAACTTTGATTGGTTTCACTGCTGGTGCTGCAGTTATCGTGTCA 745
Query 685 CTTCAACAACTTAAGGGTCTTCTTGGAATTGTTCATTTCACTGGCAAAATGCAATTTGTT 744
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 746 CTTCAACAACTTAAGGGTCTTCTTGGAATTGTTCATTTCACTGGCAAAATGCAAATTGTT 805
Query 745 CCTGTCATGTCTTCTGTTTTCAACCACATATCTGAATGGTCTTGGGAAACTATTGTCATG 804
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 806 CCTGTCATGTCTTCTGTTTTCAACCATAGATCTGAATGGTCTTGGGAAACTATTGTCATG 865
Query 805 GGGGTTGGCTTCTTGAGCATTCTCTTAACCACAAGACACATTAGCATGAGGAAGCCAAAA 864
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 GGGATTGGCTTCTTGAGCATTCTCTTAACCACAAGACACATTAGCATGAGGAAGCCAAAA 925
Query 865 CTTTTCTGGATATCAGCTGCATCACCTTTGGCATCAGTTATTATATCAACACTGCTTGTA 924
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 926 CTGTTCTGGATATCTGCTGCATCACCTTTGGCATCGGTTATTATATCAACTCTGCTTGTA 985
Query 925 TACCTCATTAGATCCAAGACTCAAGCAATCTCTTTCATTGGACATCTACCAAAGGGTTTG 984
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 986 TACCTCATTAGATCCAAGACTCATGCCATCTCTTTCATTGGACATCTACCAAAGGGTTTG 1045
Query 985 AATCCACCTTCATTAAATATGTTGTACTTCAGTGGTGCTCATCTTGCTCTTGCCATCAAA 1044
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 AATCCACCTTCATTAAACATGTTGTACTTCAGTGGTGCTCATCTTGCTCTTGCCATCAAA 1105
Query 1045 ACCGGTATCATCACCGGGATTCTTTCTCTTACAGAAGGGATTGCTGTAGGGAGAACTTTT 1104
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1106 ACCGGTATCATCACCGGGATTCTTTCTCTTACAGAAGGGATTGCTGTAGGGAGAACCTTT 1165
Query 1105 GCATCTCTAAAGAACTATCAAGTTAATGGAAACAAAGAAATGATGGCTATAGGTTTTATG 1164
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 GCATCTCTAAAGAACTATCAAGTTAATGGAAACAAAGAAATGATGGCTATAGGTTTTATG 1225
Query 1165 AACATGGCTGGTTCTTGCACCTCTTGCTATGTTACAACAGGGTCTTTCTCTCGATCTGCG 1224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226 AACATGGCTGGTTCTTGCACCTCTTGCTATGTTACAACAGGGTCTTTCTCTCGATCTGCG 1285
Query 1225 GTAAACTACAATGCAGGAGCGAAAACGGCGGTTTCTAACATTGTGATGGCCTCTGCTGTT 1284
|||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1286 GTAAACTATAATGCTGGAGCGAAAACAGCGGTTTCTAACATTGTGATGGCCTCTGCAGTT 1345
Query 1285 CTTGTGACCCTTTTGTTTTTGATGCCACTTTTCTATTACACTCCTAATGTGATCCTAGCT 1344
|| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346 CTAGTGACCCTTCTGTTTTTGATGCCACTCTTCTATTACACTCCTAATGTGATCCTAGCT 1405
Query 1345 GCTATCATATTAACCGCGGTGATTGGCCTCATTGATTATCAAGCCGCTTACAAGCTCTGG 1404
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1406 GCTATCATCTTAACCGCGGTGATAGGCCTCATTGATTATCAAGCGGCTTACAAGCTTTGG 1465
Query 1405 AAAGTTGACAAATTCGACTTCTTCACTTGCTTGTGTTCCTTCTTTGGCGTTCTCTTCGTT 1464
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1466 AAAGTTGACAAATTCGATTTCTTCACTTGCTTGTGTTCCTTCTTTGGCGTTCTCTTTGTT 1525
Query 1465 TCTGTACCTCTTGGCCTAGCAATAGCAGTGGGAGTTTCGGTTATCAAGATCCTGTTGCAT 1524
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 1526 TCTGTACCTCTTGGCCTAGCAATAGCAGTGGCAGTTTCAGTTATCAAGATCTTGTTGCAC 1585
Query 1525 GTAACCCGGCCAAACACTTCAGAATTTGGAAATATCCCAGGGACTCAGATATATCAGAGT 1584
|||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1586 GTAACCAGGCCAAACACTTCAGAATTTGGGAATATCCCAGGGACTCAGATTTATCAGAGT 1645
Query 1585 CTTGGAAGATACAGAGAAGCCTCAAGAATCCCTGGCTTCCTAATCCTTGCTATTGAATCT 1644
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1646 CTTGGAAGATACAGAGAAGCTTCAAGAATCCCAGGCTTCCTAATCCTTGCTATTGAATCT 1705
Query 1645 CCTATATACTTCGCTAATAGCACTTACCTTCAAGATAGGATCTTGAGATGGACAAGGGAA 1704
|||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||||||
Sbjct 1706 CCTATATATTTCGCCAATAGCACTTATCTTCAAGACAGGATTTTGAGATGGGCCAGGGAA 1765
Query 1705 GAGGAAACTCGGATAAAGGAGATCAATGGTACTACCTTGAAATGCATAATTCTTGACATG 1764
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1766 GAGGAAAATCGGATAAAGGAGAACAATGGTACTACCTTGAAATGCATAATTCTTGACATG 1825
Query 1765 ACAGCTGTCTCTGCGATAGACACAAGCGGGCTTGAAGCGGTGTTTGAACTTAGGAGGAGG 1824
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1826 ACAGCTGTGTCTGCGATAGACACAAGCGGGCTTGAAGCGGTGTTTGAACTTAGGAGGAGA 1885
Query 1825 CTCGAGAAGCATTCACTTCAGCTTGTGCTGGTGAATCCTGTGGGGACTGTGATGGAAAAG 1884
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1886 CTCGAGAAGCAATCTCTTCAGCTTGTGCTGGTGAATCCTGTGGGGACTGTGATGGAAAAG 1945
Query 1885 CTACACAAGTCCAAGATCATTGAGGCATTGGGTCTGAGTGGACTTTATCTAACAGTTGGT 1944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1946 CTACACAAGTCCAAGATCATTGAGGCATTGGGTCTGAGTGGACTTTATCTAACAGTTGGT 2005
Query 1945 GAAGCTGTGGCTGATCTCTCATCAACATGGAAAGCTCATGGCCAGCCATGAAACAAAGCA 2004
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2006 GAAGCTGTGGCTGATCTCTCATCAACATGGAAAGCTAATGGCCAGCCTTGAAACAAAGCA 2065
Query 2005 AAACTTTGAACTTCTAATGGAGAGACTGTCTCTAAAGATGGTGCAGCCTCTTGTGAAACA 2064
|| | || | ||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2066 GT-CTCT-AA-T-CTAATAGAGAGACTGTTTCTGAAGATGGAGCAGCCTCTTGTGAAACA 2121
Query 2065 TTTTTGGTGCTAGCTGTAAACTCCTT-AGGGAGTTTCTGTTTTAATTGTAGAATAAAATG 2123
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2122 TTTTTGGTGCTAGCTGAAAACTCCTTGAGGGAGTTTCTGTTTTAATTGTAGAATAAA-TG 2180
Query 2124 TAATTTCATCTTTTAACAAATCGGTATA-ATACATAATTTGGATATAAATAGCCTATGCA 2182
||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2181 TAATTTCATCTTTTAACAATTCGGTATGTATACATAATTTGGATATAAATAGCCTATGCA 2240
Query 2183 AAGCATTCATCTTCTC 2198
||||||| ||||||||
Sbjct 2241 AAGCATTTATCTTCTC 2256
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109035583740
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5