BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479289
Length=2070
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G18020.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 3227 0.0
> AT3G18020.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr3:6165449-6167515 FORWARD LENGTH=2067
Length=2067
Score = 3227 bits (1747), Expect = 0.0
Identities = 1965/2072 (95%), Gaps = 7/2072 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTCTTCGTCACTCGCCTGCGACTACGAGCCAGAGAAAATGGCTTCTTCTTCTCTAAA 60
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTTCTTCGTCACTCGTCTGCGACTACGAGCCAGAGAAAATGGCTTCTTCTTCTCTAAA 60
Query 61 TCCCTCTCTTTCTCATCTGCCTCCATATTGAAATCTGATGATGTCGAAGGAGAAGATGAT 120
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCCCTCTCTTTCTCATCTGCCTCCGTATTGAAATCTGATGATGTCGAAGGAGAAGATGAT 120
Query 121 GCAGTAGAAGCAGAAGATCGTCGACGTAGTGTAACCAATAGAGCTTACTGGAGAAGACGA 180
||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCAATAGAAGCAGAAGATCGTCGACGCAGTGTAACCGATAGAGCTTACTGGAGAAGACGG 180
Query 181 ATACACAGTATCTGCGCCGTACGGAGAAATCCAGACGAAGCTCTTCGGGTTCTAGACGGA 240
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 181 ATACACAGTATCTGCGCCGTACGGAGGAATCCTGACGAAGCTCTTCGGATTCTAGACGGA 240
Query 241 CTCTGCCTCCGTGGATATCGTCCCGACTCGCTTAACCTGAGCAGTGTGATCCACTCTCTT 300
|||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTCTGCCTCCGTGGGTATCGTCCTGATTCGCTTAACCTCAGCAGTGTGATCCACTCTCTT 300
Query 301 TGTGACGCCGGACGATTTGACGAAGCTCACCGTCGGTTTCTACTCTTCGTCGCTTCAGGT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 301 TGTGACGCCGGACGATTTGACGAAGCTCACCGTCGGTTTTTACTCTTCCTCGCTTCAGGT 360
Query 361 TTTATCCCAGATGAGCGAACCTGCAACGTTATCATAGCGAGATTGTTAGATTTGAGATCT 420
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||||
Sbjct 361 TTTATCCCAGACGAGCGAACCTGCAACGTTATCATCGCAAGATTGTTATATTCGAGATCT 420
Query 421 CCGGTGAGTACGTTTGGAGTTATACAACGTTTGATCGGTTTCAAGAAGGAGTTCGTGCCG 480
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 421 CCGGTGAGTACGTTGGGAGTTATACACCGTTTGATCGGTTTCAAGAAGGAGTTTGTGCCA 480
Query 481 TCGTTGACGAATTACAACCGTTTGATCAATCAGTTGTGTTTGATTTATAGAGTAATCGAT 540
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 481 TCGTTGACGAATTACAACCGTTTGATGAATCAGTTGTGTACGATCTATAGAGTAATCGAT 540
Query 541 GCGCATAAGCTTGTATTTGATATGAGGAATAGAGGACATCTCCCAAATGTTGTGACTTTC 600
||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 541 GCGCATAAGCTAGTATTCGATATGAGAAACAGAGGGCATCTCCCAGATGTTGTGACTTTC 600
Query 601 ACAACTTTAATCGGTGGTTACTGTGAGATTAGAGAACTTGAAGTTGCTCATAAAGTGTTC 660
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ACAACTTTAATCGGTGGTTACTGTGAGATTCGAGAACTGGAAGTTGCTCATAAAGTGTTC 660
Query 661 GACGAAATGCGTGGGTGTGGCATAAGGCCTAATTCTCTCACAATGAGTGTTCTTATTGGT 720
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 661 GACGAAATGCGTGTGTGTGGCATAAGGCCTAATTCTCTCACATTGAGTGTTCTTATTGGT 720
Query 721 GGGTTTTTTAAAATGAGAGATGTTGAAACAGGACGGAAGCTGATGAAGGAACTTTGGGAA 780
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 721 GGGTTTTTGAAAATGAGAGATGTTGAAACAGGACGGAAGCTGATGAAGGAACTATGGGAA 780
Query 781 TACATGAAGGATGAGGCTGATACATCAATGAAAACAGCAGCTTTTGCGAATCTCGTTGAT 840
||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TACATGAAGAATGAGACTGATACATCAATGAAAGCAGCAGCTTTTGCGAATCTCGTTGAT 840
Query 841 TCTATGTGCAGGGAAGGGTATTTCAATGACGTTTTCGAGATTGCAGAGAACATGCCACAA 900
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 841 TCTATGTGCAGGGAAGGGTATTTCAATGATATTTTTGAGATTGCAGAGAACATGTCACTA 900
Query 901 TGCGAGTCTGTGAACGTTGAATTTTCTTACGGGCATATGATAGATTCCTTGTGTCGATAC 960
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TGCGAGTCTGTGAACGTTGAATTTGCTTACGGGCATATGATAGATTCCTTGTGTCGATAC 960
Query 961 AGGAGAAACCATGGAGCTGCAAGGATTGTTTATATAATGAAGAGTAAAGGATTAAAACCG 1020
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 961 AGGAGAAACCATGGAGCAGCGAGGATTGTTTATATAATGAAGAGTAAAGGGTTAAAACCG 1020
Query 1021 AGAAGAACGTCATACAATGCTATAATTCATGGCTTGTGCAAGGATGGTGGGTGTATGAGG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AGAAGAACGTCATACAATGCTATAATTCATGGCTTGTGCAAGGATGGTGGGTGTATGAGG 1080
Query 1081 GCTTATCAGTTGCTAGAAGAGGGATCTGAATTTG-GTTTCTTTCCGTCTGAGTATACTTA 1139
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GCTTATCAGTTGCTAGAAGAGGGATCTGAATTTGAGTTT-TTTCCGTCTGAGTATACTTA 1139
Query 1140 TAAGCTTCTAGTGGAGAGTCTATGCAGGGAACTGGACACGGGTAAAACCAGGAATGTTCT 1199
|||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1140 TAAGCTCCTAATGGAGAGTCTATGCAAGGAACTGGACACGGGTAAAGCCAGGAATGTTCT 1199
Query 1200 AGGGCTGATGTTGAGAAAAGAAGGAACAGATAGAACTCGAATCTATAATATTTATCTACG 1259
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AGAGCTGATGTTGAGAAAAGAAGGAGCAGATAGAACTCGAATCTATAATATTTATCTACG 1259
Query 1260 AGCTCTCTGTGTGATGGATAACCCGACTGAGATCCTGAACGTACTGGTCAGTATGCTTCA 1319
| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CGGTCTCTGCGTGATGGATAACCCGACTGAGATCCTGAACGTACTGGTCAGTATGCTTCA 1319
Query 1320 GGGAGACTGTAGTCCTGATGAGTATACACTTAACACAGTTGTTAATGGATTTTGCAAGAT 1379
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 1320 GGGAGACTGCAGGCCTGATGAGTATACACTTAACACAGTTATTAATGGATTATGCAAGAT 1379
Query 1380 GGGTAGGGTGGATGATGCAATGAAAGTTCTTGGTGATATGATGACAGGGAAATTCTGTGC 1439
||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1380 GGGCAGGGTGGACGATGCCATGAAAGTTCTTGATGATATGATGACAGGGAAGTTCTGTGC 1439
Query 1440 ACCAGATGCTGTGACTTTAACTACTGTTATGTGTGGCTTGCTTAG-TCAAGGAAGAGCAG 1498
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1440 ACCAGATGCTGTGACTTTAAATACTGTTATGTGTGGCTTGCTC-GCTCAAGGAAGAGCAG 1498
Query 1499 AAGAAGCTCTGGATGTGTTGAATCGGGTTATGCCAGAGAACAAGATTAAGCCAGGTGTTG 1558
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AAGAAGCTCTGGATGTGTTGAATCGCGTTATGCCGGAGAACAAGATTAAGCCAGGTGTTG 1558
Query 1559 TTACATACAATGCTGTTATACGCGGGTTGTTCAAGCTCAATAAGGGAGATGAAGCTATGT 1618
|| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTGCATACAATGCTGTTATACGTGGGTTGTTCAAGCTCCACAAGGGAGATGAAGCTATGT 1618
Query 1619 GTGTGTTTGATCAGCTGGAAAAGGCAAGTGTGACTGCGGATAGTACTACATATGCTATAA 1678
|||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1619 CTGTGTTTGGTCAGCTGGAAAAGGCGAGTGTGACTGCGGATAGCACTACATATGCAATAA 1678
Query 1679 TCATTGACGGATTGTGCGTGACTAGTCAGGTGGATATGGCGAAGAAGTTCTGGGATGATG 1738
|||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TCATTGACGGGTTGTGTGTGACTAATAAGGTGGATATGGCGAAGAAGTTCTGGGATGATG 1738
Query 1739 TGATATGGCCATCAGGCAGACATGATGTGTTTGTGTATGCAGCGTTTCTGAAAGGGCTTT 1798
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1739 TGATATGGCCATCAGGCAGACATGATGCGTTTGTGTATGCAGCATTTCTGAAAGGGCTTT 1798
Query 1799 GTCGGTCTGGTTATCTAAGTGATGCTTGCCATTTCCTATATGACCTGGCAGATTCTGGAG 1858
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GTCAGTCTGGTTATCTAAGTGATGCTTGCCATTTCCTATATGACCTGGCAGATTCTGGAG 1858
Query 1859 CAATGCCTAATGTTGTGTGCTATAATACTGTGATTGATGAGTGTAGCAGAAGTGGGTTGA 1918
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1859 CAATCCCTAATGTTGTGTGCTATAATACTGTGATTGCTGAGTGTAGCAGAAGTGGGTTAA 1918
Query 1919 AGAGAGAAGCGTACCAGATTTTGGAGGAGATGAGGAAGAACGGTCAGGCTCCTGATGCTG 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 AGAGAGAAGCGTACCAGATTTTGGAGGAGATGAGGAAGAACGGTCAGGCTCCTGATGCTG 1978
Query 1979 TTACATGGCGGATACTCGATAAACTGCATGATTCTTCTATGCCTTTAGCTGTGGAAGGAG 2038
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | || |||||||| |||
Sbjct 1979 TTACATGGCGGATACTCGATAAACTACATGATTCT---ATGGATCTAACTGTGGAAAGAG 2035
Query 2039 AGTTAAATTCAAACCCTGCAACCTCAGGATAG 2070
|||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 AGTTAATTTCAAACCCTGCAACCTCAGGATAG 2067
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102609913980
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5