BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479358
Length=3101
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G18524.1 | Symbols: MSH2, ATMSH2 | MUTS homolog 2 | chr3:636... 5145 0.0
> AT3G18524.1 | Symbols: MSH2, ATMSH2 | MUTS homolog 2 | chr3:6368010-6372568
REVERSE LENGTH=3114
Length=3114
Score = 5145 bits (2786), Expect = 0.0
Identities = 2999/3104 (97%), Gaps = 6/3104 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CGCCGCCGGTTGCCGCCAATCCGTTTTCCCGCCAAATTCGACACCATAAATTTCTTCTAG 60
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CGCCGCCGGTTGCCGCCAATCCGCTTTCCCGCCAAATTCGACACCATAAATTTCTTCTAG 60
Query 61 TCGCTTTCTATTCCAGTTCCATTGGAATTCCACGAAAG-AGTAACATTTACACCGGAGTC 119
|||||||| |||||||||||| || || ||||||||| || ||||||| ||||| |||
Sbjct 61 TCGCTTTCGATTCCAGTTCCACTGAAAAACCACGAAAGAAG-AACATTTGCACCGTAGTT 119
Query 120 GCAGAACGTAGGCGAAGGATTTTTGCTTTCTCTATCTTCCAATGGAGGGCAATTTCGAGG 179
|||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 120 GCAGAAGGTAGGTGAAGGA-TTTAGCTTTCTCTATCTTCCAATGGAGGGTAATTTCGAGG 178
Query 180 AACAGAACAAGCTTCCGGAGCTAAAATTGGATGCAAAGCAGGCTCAAGGGTTTCTCTCGT 239
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 179 AACAGAACAAGCTTCCGGAGCTGAAATTGGATGCAAAGCAAGCTCAAGGGTTTCTCTCGT 238
Query 240 TCTACAAAACCCTACCAAATGCTACGAGAGCTGTTAGATTCTTTGATCGCAAGGATTATT 299
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 TCTACAAAACCCTACCAAATGATACGAGAGCTGTTAGATTCTTTGATCGCAAGGATTATT 298
Query 300 ATACAGCTCATGGTGAAAATTCAGTTTTCATCGCAAAGACTTATTATCATACAACCACTG 359
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 ATACAGCTCATGGTGAAAATTCAGTTTTCATTGCAAAGACTTATTATCATACAACCACTG 358
Query 360 CTCTACGTCAGCTTGGGAGTGGATCAAATGCTCTTTCAAGTGTAAGCATTAGTAGGAACA 419
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 359 CTCTACGTCAGCTCGGGAGTGGTTCAAATGCTCTTTCAAGCGTAAGCATTAGTAGGAACA 418
Query 420 TGTTTGAAACGATTGCTAGGGATCTTCTCCTGGAGCGTAATGATCATACCGCAGAACTTT 479
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 419 TGTTCGAAACGATTGCTAGGGATCTTCTCCTGGAGCGTAATGATCATACTGTAGAACTTT 478
Query 480 ATGAGGGAAGTGGATCGAATTGGAGACTTGTGAAAACAGGTTCTCCTGGAAACATTGGAA 539
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 ATGAGGGAAGCGGATCGAATTGGAGACTTGTGAAAACAGGTTCTCCTGGAAACATTGGAA 538
Query 540 GCTTTGAAGATGTTTTGTTTGCAAACAATGAAATGCAGGACACACCAGTTGTTGTCTCCA 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 GCTTTGAAGATGTTTTGTTTGCAAACAATGAAATGCAGGACACACCAGTTGTTGTCTCCA 598
Query 600 TATTTCCAAGTTTTCAGGATGGCAGATGCGTTATCGGTATGGCCTATGTTGATCTGACTA 659
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 TATTTCCAAGTTTTCACGATGGCAGATGCGTTATTGGGATGGCCTATGTTGATCTGACTA 658
Query 660 GGCGAATTCTTGGACTAGCTGAGTTTCTTGATGATAGCCGCTTCACCAATCTGGAGTCTT 719
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GGCGAGTTCTTGGACTAGCTGAGTTTCTTGATGATAGCCGCTTCACCAATCTGGAGTCTT 718
Query 720 CGCTGATTGCTTTAGGCGCAAAAGAATGCATTTTTCCAGCTGAATCGGGCAAATCCAATG 779
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 719 CGTTGATTGCTCTAGGCGCAAAAGAATGCATTTTTCCAGCTGAATCCGGCAAATCCAATG 778
Query 780 AATGCAAAAGCCTGTATGATTCTCTGGAGAGGTGTGCCGTGATGATAACAGAGAGGAAGA 839
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 AATGCAAAAGCCTGTATGATTCCCTGGAGAGGTGTGCCGTGATGATAACAGAGAGGAAGA 838
Query 840 AACACGAGTTCAAAGGACGAGATTTAGATTCAGATCTTAAGAGATTGGTGAAGGGGAATA 899
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 AACACGAGTTCAAAGGAAGAGATTTAGATTCAGATCTTAAGAGATTGGTGAAGGGGAATA 898
Query 900 TTGAACCTGTTAGAGATTTGGTATCCGGGTTTGACCTTGCGACTCCTGCTCTAGGTGCAT 959
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TTGAGCCTGTTAGAGATTTGGTATCCGGGTTTGACCTTGCGACTCCTGCTCTAGGTGCAT 958
Query 960 TACTCTCCTTTTCTGAACTTCTCTCAAATGAGGATAACTATGGGAACTTCACGATCCGCA 1019
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 959 TACTCTCGTTTTCTGAACTTCTCTCAAATGAGGATAACTATGGGAACTTCACAATCCGCA 1018
Query 1020 GATATGATATTGGCGGATTCATGAGACTCGACTCTGCAGCTATGAGGGCGTTGAATGTGA 1079
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1019 GATATGATATTGGCGGATTCATGAGACTTGACTCTGCAGCTATGAGGGCTTTGAATGTGA 1078
Query 1080 TGGAGAGCAAAACTGATGCTAATAAGAATTTCAGTTTGTTTGGTCTCATGAACAGAACAT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TGGAGAGCAAAACTGATGCTAATAAGAATTTCAGTTTGTTTGGTCTCATGAACAGAACAT 1138
Query 1140 GCACCGCAGGGATGGGTAAGAGACTGCTTCATATGTGGCTGAAGCAACCTCTCGTGGATT 1199
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1139 GTACCGCAGGGATGGGTAAGAGACTGCTTCATATGTGGCTGAAGCAACCCCTCGTGGATT 1198
Query 1200 TGAATGAGATTAAGACGAGATTAGATATAGTTCAGTGCTTTGTTGAAGAAGCTGGATTAA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1199 TGAATGAGATTAAGACGAGATTAGATATAGTTCAGTGCTTTGTTGAAGAAGCTGGGTTAA 1258
Query 1260 GGCAAGATCTTAGACAGCATCTGAAGCGAATCTCAGATGTTGAGAGGCTTTTGCGCAGTC 1319
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GGCAGGATCTTAGACAGCATCTGAAGCGAATCTCAGATGTTGAGAGGCTTTTGCGCAGTC 1318
Query 1320 TCGAGAGAAGAAGAGGTGGGTTACAGCACATTATTAAACTCTATCAGTCAACTATAAGGC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TCGAGAGAAGAAGAGGTGGGTTACAGCACATTATTAAACTCTATCAGTCAACTATAAGGC 1378
Query 1380 TTCCCTTCATCAAAACAGCTATGCAACGGTACACCGGAGAATTCTCACCACTCATCAGAG 1439
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||| |
Sbjct 1379 TTCCCTTCATCAAAACAGCTATGCAACAGTACACCGGAGAATTCGCATCACTCATCAGCG 1438
Query 1440 AGAGATACTTGAAAAAGCTTGAGGCGTTATCAGATCAAGATCACCTCGGAAAGTTCATTG 1499
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1439 AGAGATACCTGAAAAAGCTTGAGGCTTTATCAGATCAAGATCACCTTGGAAAGTTCATCG 1498
Query 1500 ATTTGGTTGAGTACTCTGTAGATCTTGACCAGCTTGAAAATGGAGAATACATGATATCTT 1559
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ATTTGGTTGAGTGCTCTGTAGATCTTGACCAGCTAGAAAATGGAGAATACATGATATCTT 1558
Query 1560 CAAGCTACGACACCACATTGGCATCTCTGAAAGATCAGAAAGAATTGCTGGAGCAGCAGA 1619
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 CAAGCTACGACACCAAATTGGCATCTCTGAAAGATCAGAAAGAATTGCTGGAGCAGCAGA 1618
Query 1620 TTCACGAATTGCACAAAAAGACGGCGATAGAACTCGATCTTCAGGTCGACAAGGCTCTTA 1679
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TTCACGAATTGCACAAAAAGACAGCGATAGAACTTGATCTTCAGGTCGACAAGGCTCTTA 1678
Query 1680 AACTTGACAAAGCAGCACAATTTGGGCATGTCTTCAGGATCACGAAGAAGGAAGAGCCAA 1739
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 AACTTGACAAAGCAGCGCAATTTGGGCATGTCTTCAGGATCACGAAGAAGGAAGAGCCAA 1738
Query 1740 AGATCAGGAAGAAGCTGACGACACAGTTTATAGTGCTAGAGACTCGCAAAGACGGAGTGA 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AGATCAGGAAGAAGCTGACGACACAGTTTATAGTGCTGGAGACTCGCAAAGACGGAGTGA 1798
Query 1800 AGTTCACAAACACAAAGCTTAAAAAACTGGGGGACCAGTACCAAAGTGTTGTGGATGATT 1859
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AGTTCACAAACACAAAGCTAAAAAAACTGGGGGACCAGTACCAAAGTGTTGTGGATGATT 1858
Query 1860 ATAAGAGCTGTCAGAAGGAGCTCGTTGATCGTGTAGTTCAGACTGTTACCAGCTTCTCCG 1919
||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 1859 ATAGGAGCTGTCAAAAGGAGCTCGTTGATCGTGTAGTTGAGACTGTTACCAGCTTCTCTG 1918
Query 1920 AGGTGTTTGAGGAGTTAGCTGGGTTGCTCTCTGAAATGGATGTTTTGTTAAGCTTCGCTG 1979
|||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1919 AGGTATTTGAGGACTTAGCTGGGTTACTTTCTGAAATGGATGTTTTGTTAAGCTTTGCTG 1978
Query 1980 ATTTGGCTGCCAGTTGCCCTACTCCATACTGTAGGCCAGAAGTCACCTCTTCGGATGCTG 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1979 ATTTGGCTGCCAGTTGCCCTACTCCATACTGTAGGCCAGAAATCACCTCTTCGGATGCTG 2038
Query 2040 GAGATATTGTATTAGAAGGAAGCAGACATCCATGCGTAGAAGCTCAAGATTGGGTGAATT 2099
||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 GAGATATTGTACTAGAAGGAAGCAGACATCCATGTGTAGAAGCTCAAGATTGGGTGAATT 2098
Query 2100 TTATACCAAATGATTGCAGACTCATGAGAGGGAAGAGTTGGTTTCAAATAGTAACAGGGC 2159
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TCATACCAAATGATTGCAGACTCATGAGAGGGAAGAGTTGGTTTCAAATAGTAACAGGGC 2158
Query 2160 CTAACATGGGAGGAAAGTCCACTTTCATTCGCCAGGTTGGTGTGATTGTGCTGATGGCTC 2219
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 CTAACATGGGAGGGAAGTCCACTTTCATCCGCCAGGTTGGTGTGATTGTGCTGATGGCTC 2218
Query 2220 AAGTTGGTTCCTTTGTTCCTTGTGATAAAGCATCAATTTCCATCAGAGACTGCATCTTTG 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2219 AAGTTGGTTCCTTTGTTCCTTGTGATAAAGCATCAATTTCCATAAGAGACTGCATCTTTG 2278
Query 2280 CCCGTGTAGGAGCAGGCGATTGCCAACTGCGTGGAGTGTCTACTTTTATGCAAGAAATGC 2339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2279 CCCGTGTAGGAGCAGGCGATTGCCAACTGCGTGGAGTGTCAACTTTTATGCAAGAAATGC 2338
Query 2340 TTGAAACCGCATCGATATTGAAAGGTGCTACTGATAAGTCACTGATAATTATTGATGAAC 2399
||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2339 TTGAAACCGCATCGATATTGAAAGGCGCTAGTGATAAGTCACTGATAATTATCGATGAAC 2398
Query 2400 TTGGTCGTGGAACATCAACTTATGATGGTTTTGGTTTAGCTTGGGCTATATGTGAGCATC 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 TTGGTCGTGGAACATCAACTTATGATGGTTTTGGTTTAGCTTGGGCTATATGTGAGCATC 2458
Query 2460 TGGTTCAAGTGAAGAA-AGCACCAACTCTATTTGCTACTCACTTCCATGAACTTACTGCC 2518
||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 TGGTTCAAGTGAA-AAGAGCACCAACTCTGTTTGCTACTCACTTCCATGAACTTACTGCC 2517
Query 2519 TTGGCTCAAGCAAACTCTGAGGTCGCTGGTGACACCGTTGGTGTGGCAAACTTCCATGTC 2578
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 TTGGCTCAAGCAAACTCTGAGGTCTCTGGTAACACTGTTGGTGTGGCAAACTTCCATGTC 2577
Query 2579 AGCGCTCACATTGACACTGAAAGCCGCAAACTCACCATGCTTTACAAGGTTGAACCAGGG 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 AGCGCTCACATTGACACTGAAAGCCGCAAACTCACCATGCTTTACAAGGTTGAACCAGGG 2637
Query 2639 GCCTGTGACCAGAGCTTTGGGATTCATGTGGCGGAATTTGCCAACTTCCCTGAAAGCGTA 2698
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 GCCTGTGACCAGAGCTTTGGGATTCATGTGGCGGAATTTGCCAACTTCCCTGAAAGCGTC 2697
Query 2699 GTGGCCCTCGCAAGAGAGAAAGCAGCAGAACTGGAAGATTTCTCTCAGTCTTCCATGATA 2758
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2698 GTGGCCCTCGCAAGAGAGAAAGCTGCAGAGCTGGAAGATTTCTCTCCCTCCTCCATGATA 2757
Query 2759 GTCAACAATGAGGAGAGTGGGAAGAGAAAGAGCAGAGAAGATGATCCAGATGAAGTATCA 2818
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 ATCAACAATGAGGAGAGTGGGAAGAGAAAGAGCAGAGAAGATGATCCAGATGAAGTATCA 2817
Query 2819 AGAGGGGCAGCGCGAGCTCACAAGTTTCTGAAAGAGTTTGCAGCGATGCCACTTGATAAA 2878
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2818 AGAGGGGCAGAGCGAGCTCACAAGTTTCTGAAAGAGTTTGCAGCGATACCACTTGATAAA 2877
Query 2879 ATGGAGCTTAAAGATTCACTTCAACGGGTACGTGAGATGAAAGATGAGCTAGAGAAAGAT 2938
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 ATGGAGCTTAAAGATTCACTTCAACGGGTTCGTGAGATGAAAGATGAGCTAGAGAAAGAT 2937
Query 2939 GCTGCAGACTGCCACTGGCTCAGGCAGTTCCTGTGAAGAACCCTTGACGttttttggttt 2998
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 GCTGCAGACTGCCACTGGCTCAGGCAGTTTCTGTGAAGAACCCTTGACGTTTTTTGGTTT 2997
Query 2999 t-ggttttGTAAATAGCCTAAATCGGTTCTTGTAGTTGTGGTCGTTGCTTGGGATGAAAC 3057
| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2998 TTGGTTTTGTAAATAGCTTAAATCGGTTCTTGTAGTTGTGGTCGTTGCTTGGGATGAAAC 3057
Query 3058 TTAATGAGGGCAAAAACGTTATTCTATAATTTTTGTAAGTAAAG 3101
| ||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 3058 TAAATGAGGGCAAAAACATAATTCTACAATTTTTGTTAGTAAAG 3101
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 154213182782
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5