BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479436
Length=2816
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G19210.1 | Symbols: ATRAD54, CHR25, RAD54 | homolog of RAD54... 4673 0.0
> AT3G19210.1 | Symbols: ATRAD54, CHR25, RAD54 | homolog of RAD54
| chr3:6652745-6658938 REVERSE LENGTH=2849
Length=2849
Score = 4673 bits (2530), Expect = 0.0
Identities = 2722/2817 (97%), Gaps = 3/2817 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGCGGAGCTCTGGGCTCGTAGGTGTGTCGACAATGGAGGAAGAAGATGAAGAGATCTTAT 60
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 31 AGCGGAGCTCTGGGCTCGTAGGTGTAACGAAAATGGAGGAAGAAGATGAAGAGATCTTAT 90
Query 61 CGTCTTCCGATTGCGACGATTCTAGCGATAGCTACAAGGATGATTCTCAAGATTCGGAAG 120
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 91 CGTCTTCCGATTGCGACGATTCCAGCGATAGTTACAAGGATGATTCTCAAGATTCTGAAG 150
Query 121 GAGAAAACGAAAACCCTGACTGCGAAGACCTGGCGGTGGTTTCTCCTTCATCCGACGCAG 180
|||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 151 GAGAAAACGATAACCCTGAGTGCGAAGACCTTGCGGTGGTTTCTCTTTCATCCGACGCAG 210
Query 181 ATCGGAAATCTAAGAACGTCAATGATCTTTTGAGGGGTAATCTAGTTGTGCAACGGCAGC 240
||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 211 ATCGGAAATCTAAGAACGTAAAGGATCTTCTGAGGGGCAATCTAGTTGTGCAACGGCAGC 270
Query 241 CACTCCTTCCTCGGGTGCTTTCGGTGTCAGAAGGAGCGGCAGTTTGTAGGAAGCCCTTT- 299
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 271 CACTCCTTCCTCGGGTGCTTTCGGTGTCAGATGGAGCGGCAGTTTGTAGGAAG-CCTTTC 329
Query 300 AAGCCTCCGTGTTCTCATGGTTATAATTCCACTGGAAAACTTTCTCGTCGCCTTTCAGCT 359
|| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 330 AAACCTCCGTGTTCTCATGGTTATGATTCCACAGGACAACTTTCTCGTCGCCTTTCAGCT 389
Query 360 CGAAAACGGTTTGTCCCTTGGGGTTCCTCAACTCCTGTTGTGGTTGCTTTACCTACTAAG 419
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 390 CGAAAACGGTTTGTTCCTTGGGGTTCCTCAACTCCGGTTGTGGTTGCTTTACCTACTAAG 449
Query 420 CTAGAAGCATCAACCAATATTGAGAAAGATGAAGAAGAGGAAGTTGTTTGTCTGCCACCT 479
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 450 CTGGAAGCATCAACCAATATTGAGAGAGATGAAGAAGAGGAAGTTGTTTGTCTACCACCT 509
Query 480 GATATTGAACCCTTGATATTGTGGCAATCTGAAGAAGATGGAATGAGCAATGTAACAACA 539
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 510 GATATTGAACCTTTGGTATTGTGGCAATCTGAAGAAGATGGAATGAGCAATGTAACAACT 569
Query 540 ATCATGGTGCATTCATTGCTTGTCCAATTTCTTCGCCCTCATCAAAGAGAGGGTGTCCAG 599
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 570 ATCATGGTGCATTCAGTGCTTGTCAAATTTCTTCGCCCTCATCAAAGAGAGGGTGTCCAG 629
Query 600 TTCATGTTCGATTGTGTTTCAGGATTACATGGTTCGGCAAATATAAATGGTTGCATTCTG 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 630 TTCATGTTCGATTGTGTTTCAGGATTACATGGTTCGGCAAATATAAATGGTTGCATTCTG 689
Query 660 GCTGATGATATGGGTTTTGGGAAGACATTGCAGTCCATTACTTTACTATACACACTTCTT 719
|||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 690 GCTGATGACATGGGTTTAGGGAAGACATTACAGTCCATTACTTTACTATACACACTTCTT 749
Query 720 TGTCAAGGATTTGATGGGACGCCTATGGTTAAAAAGGCCATTATTGTTACTCCAACGAGT 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 750 TGTCAAGGATTTGATGGGACGCCTATGGTTAAAAAGGCCATTATTGTTACACCAACGAGT 809
Query 780 CTTGTCAGTAACTGGGAAGCTGAAATTAAGAAATGGGTTGGAGACAGGATCCAGCTTATA 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 810 CTTGTCAGTAACTGGGAAGCTGAAATTAAGAAATGGGTTGGAGACAGGATTCAGCTTATA 869
Query 840 GCCCTCTGTGAAAGCACCAGAGATGATGTTTTGTCTGGAATAGATAGTTTCACTCGACCA 899
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 GCCCTCTGTGAGAGCACCAGAGATGATGTTTTGTCTGGAATAGATAGTTTCACTCGACCA 929
Query 900 CGAAGCGCTTTGCAGGTACTTATCATTTCTTACGAGACATTCCGAATGCACTCATCCAAG 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 930 AGAAGCGCTTTGCAGGTACTTATCATTTCTTACGAGACATTCCGAATGCACTCATCCAAG 989
Query 960 TTCTGCAAGAGTGAATCATGTGATCTTCTAATATGCGATGAGGCTCATAGGTTGAAAAAT 1019
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 990 TTCTGCCAGAGTGAATCCTGTGATCTTCTAATATGCGATGAGGCTCATAGGTTGAAAAAT 1049
Query 1020 GACCAGACACTAACTAACAGGGCTTTGGCTTCATTGACATGCAAACGTCGGGTTTTGTTG 1079
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1050 GACCAGACACTTACAAACAGGGCTTTGGCTTCATTGACATGCAAACGTCGAGTTTTGTTG 1109
Query 1080 TCTGGAACTCCCATGCAGAATGACTTGGAAGAGTTTTTTGCCATGGTCAACTTTACAAAT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1110 TCTGGAACTCCCATGCAGAATGACTTGGAAGAGTTTTTTGCCATGGTCAACTTCACAAAT 1169
Query 1140 CCAGGGAGTTTAGGTGATGCTGCTCATTTTCGCCATTATTATGAGGCACCTATAATATGT 1199
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1170 CCAGGGAGTTTAGGTGATGCTGCACACTTTCGCCATTATTATGAGGCACCTATTATATGT 1229
Query 1200 GGAAGAGAACCTACAGCCACTGAGGAAGAGAAAAATTTAGCTGCTGACCGCTCCGCAGAA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1230 GGAAGAGAACCTACAGCCACTGAGGAAGAGAAAAACTTAGCTGCTGACCGCTCCGCAGAA 1289
Query 1260 CTGAGTTCAAAAGTCAATCAGTTTATTTTGAGGAGAACCAATGCATTGCTCTCAAATCAC 1319
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290 CTGAGTTCAAAAGTCAACCAGTTTATTTTGAGGAGAACCAATGCATTGCTCTCAAATCAC 1349
Query 1320 TTACCACCCAAGATAATTGAAGTAGTTTGTTGCAAGATGACGACTCTCCAGTCCACTTTG 1379
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1350 CTACCACCTAAGATAATTGAAGTAGTTTGTTGCAAGATGACTACTCTCCAGTCCACTTTG 1409
Query 1380 TACAACCATTTTATTAGCTCAAAAAATCTTAAAAGAGCACTTGCTGATAATGCAAAACAA 1439
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1410 TACAACCATTTTATTAGCTCGAAAAATCTTAAAAGGGCGCTTGCTGATAATGCAAAACAA 1469
Query 1440 ACCAAAGTTTTGGCTTATATAACAGCTCTTAAGAAGCTCTGCAATCATCCAAAGCTAATC 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 ACCAAAGTTTTGGCTTATATAACAGCTCTTAAGAAGCTCTGCAATCATCCAAAGCTAATC 1529
Query 1500 TACGATACAATAAAAAGCGGCAGTCCTGGAACTGTTGGGTTCGAGAATTGCTTAGAGTTT 1559
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1530 TACGACACAATAAAAAGCGGCAATCCTGGAACTGTTGGGTTTGAGAATTGCTTAGAGTTC 1589
Query 1560 TTCCCTGCAGAAATGTTCTCTGGGAGATCTGGAGCATGGACTGGGGGTGATGGTGCCTGG 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1590 TTCCCTGCAGAAATGTTCTCTGGGAGATCTGGAGCATGGACAGGGGGTGATGGTGCCTGG 1649
Query 1620 GTCGAGCTCTCTGGGAAAATGCACGTTCTCTCCAGACTTTTGGCCAACCTACGTCGAAAA 1679
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1650 GTCGAGCTCTCTGGGAAAATGCATGTTCTCTCCAGACTTTTGGCCAACCTACGTCGAAAA 1709
Query 1680 ACCAATGACCGCATAGTCCTTGTATCAAACTACACACAGACGTTGGATCTTTTCGCTCAA 1739
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1710 ACTGATGACCGCATAGTCCTTGTATCAAACTACACACAGACATTGGATCTTTTTGCTCAA 1769
Query 1740 CTCTGTCGTGAAAGAAGATATCCTTTTCTGAGGCTGGATGGATCAACAACAATCAGCAAG 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1770 CTCTGTCGTGAAAGAAGATATCCTTTTCTGAGGCTGGATGGATCAACAACAATCAGCAAG 1829
Query 1800 AGGCAGAAGCTTGTTAACCGGTTGAACGACCCAACAAAGGATGAGTTTGCATTTCTCTTA 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 AGGCAGAAGCTTGTTAACCGGTTGAACGACCCAACAAAGGATGAGTTTGCATTTCTCTTA 1889
Query 1860 AGCAGCAAGGCGGGTGGCTGTGGATTAAATTTAATCGGTGCTAATCGACTTGTTTTGTTC 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1890 AGCAGCAAGGCGGGTGGCTGTGGATTAAATTTAATTGGTGCTAATCGACTTGTTTTGTTC 1949
Query 1920 GATCCCGATTGGAATCCTGCCAATGATAAACAAGCTGCTGCTAGAGTTTGGAGGGATGGG 1979
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1950 GATCCTGATTGGAATCCTGCCAATGATAAACAAGCTGCTGCTAGAGTTTGGAGGGATGGG 2009
Query 1980 CAAAAGAAAAGAGTATATGTATACAGGTTTCTTAGTACTGGAACTATTGAAGAAAAGGTT 2039
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2010 CAAAAGAAAAGAGTATATGTCTACAGGTTTCTTAGTACTGGAACTATTGAAGAAAAGGTT 2069
Query 2040 TACCAGCGCCAGATGTCAAAGGAAGGGCTTCAAAAAGTTATTCAGCATGAACAGACGGAT 2099
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070 TACCAGCGCCAGATGTCAAAAGAAGGGCTTCAAAAAGTTATTCAGCATGAACAGACGGAT 2129
Query 2100 AACAACACGAGACAGGGGAACTTACTTTCTACAGAGGATCTACGAGATTTATTTTCTTTC 2159
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2130 AACAGCACGAGACAGGGGAACTTACTTTCTACAGAGGATCTACGAGATTTATTTTCCTTC 2189
Query 2160 CATGGGGATGTTAGGTCTGAAATCCATGAAAAGATGAGCTGCAATAGGTGCCAAAATGAT 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2190 CATGGGGATGTTAGGTCTGAAATCCATGAAAAGATGAGCTGCAGCAGGTGCCAAAATGAT 2249
Query 2220 TCCTCTGGTACTGAAAACATCGAAGAAGGAAATGAGAACAACGTAGGTGACAATGCTTGC 2279
||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 2250 GCCTCTGGTACTGAGAATATCGAAGAAGGGAATGAGAACAATGTAGATGACAATGCTTGC 2309
Query 2280 CAGATTGACCAAGAAGACATAGGCGGATTTGCAAAAGATGCAGGATGCTTTAACTTGTTA 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2310 CAGATTGACCAAGAAGACATAGGCGGATTTGCAAAAGATGCAGGATGCTTTAACTTGTTA 2369
Query 2340 AAAAACTCTGAAAAACAGGTGGGCACTCCATTGGAAGAAGATCTAGGAAGCTGGGGTCAT 2399
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2370 AAAAACTCTGAGAGACAGGTGGGCACTCCATTGGAAGAAGATCTAGGAAGCTGGGGTCAT 2429
Query 2400 CACTTTACCTCAAAGTCTGTTCCGGATGCTATACTGCAAGCTTCAGCAGGTGATGAGGTT 2459
|||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2430 CACTTTACCTCAAAATCCGTTCCAGATGCTATACTGCAAGCTTCAGCAGGTGACGAGGTG 2489
Query 2460 ACGTTTGTTTTCACAAACCAGGTAGATGGGAAGCTCGTTCCCATCGAATCAAATGTCAGT 2519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2490 ACGTTTGTTTTCACAAACCAGGTAGATGGGAAGCTCGTTCCCATCGAATCAAATGTCAGT 2549
Query 2520 CCAAAAACGGTGGAGTCCGAAGAGCACAATCGGAACCAAACTGTAAATAAGCGTGCCTTT 2579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2550 CCAAAAACGGTGGAGTCCGAAGAGCACAATCGGAACCAACCTGTAAATAAGCGTGCCTTT 2609
Query 2580 AACAAACCACAACAAAGACCTCGGGAACCGCTGCAACCGTTGTCTCTCAACGAGACCACA 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2610 AACAAACCACAACAAAGACCTCGGGAACCGCTGCAGCCGTTATCTCTCAACGAGACCACA 2669
Query 2640 AAAAGAGTGAAGTTGTCTACTTATAAGCGTTTACATGGTACTAGTAACATTGATGATGCT 2699
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2670 AAAAGAGTGAAGTTGTCTACTTATAAGCGTTTACATGGTAATAGTAACATTGATGATGCT 2729
Query 2700 CAGATTAAAATGTCTTTGCAAAGACCAAATCAAGTTTCTGTAAATCACGATGATGATTTT 2759
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2730 CAGATTAAAATGTCTTTGCAAAGACCAAATCTAGTTTCTGTAAATCACGATGATGATTTT 2789
Query 2760 GTATGAGATTGAAGTTTTTGAACCTTGAGACATTATTATGCTAATTTTGTGGACATT 2816
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||
Sbjct 2790 GTATGAGATTAAAGTTTTTGAACCTTGAGACATT-TTATGCTAATTTTATGCACATT 2845
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139915604027
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5