BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479524
Length=1772
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G20050.1 | Symbols: ATTCP-1, TCP-1 | T-complex protein 1 alp... 3079 0.0
> AT3G20050.1 | Symbols: ATTCP-1, TCP-1 | T-complex protein 1 alpha
subunit | chr3:6998238-7002404 REVERSE LENGTH=2082
Length=2082
Score = 3079 bits (1667), Expect = 0.0
Identities = 1737/1772 (98%), Gaps = 0/1772 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTCGAGGGCTCAGATCTCCGATCTATAGCCTCTCGCTTCTCCTCTCCTGTTCATATAATA 60
|||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 71 CTCGAGAGCTCAGATCTCCGATCTAGAGCCTTTCGCTTCTCCTCTTCTGTTCATATAACA 130
Query 61 ACCGGATAATGTCGATCTCCGCCCAAAATCCGGATATTTCCGGCGATAGACAATCCGGCC 120
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 131 ACTGAATAATGTCGATCTCCGCCCAAAATCCGGATATTTCCGGCGATAGACAATCCGGCC 190
Query 121 AAGATGTTCGTACTCAGAACGTGATGGCTTGTCAAGCTGTCTCTAATATTGTCAAGACCT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 191 AAGATGTTCGTACTCAGAACGTGATGGCTTGTCAAGCTGTTTCTAATATTGTTAAGACCT 250
Query 181 CTCTTGGTCCCGTCGGACTCGACAAGATGTTGGTGGATGATATTGGTGATGTGACCATTA 240
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 251 CACTTGGTCCCGTCGGCCTCGACAAGATGTTGGTGGATGATATTGGTGATGTGACTATTA 310
Query 241 CAAATGATGGTGCTACTATTCTTAGGATGTTGGAGGTCGAACACCCTGCTGCTAAGGTTC 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 311 CAAATGATGGTGCTACTATTCTTAGGATGTTGGAGGTCGAGCACCCTGCTGCTAAGGTTC 370
Query 301 TTGTCGAGTTAGCTGAACTACAAGATAGAGAAGTTGGTGATGGGACTACATCTGTTGTTA 360
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 TTGTCGAGTTAGCTGAACTTCAAGATAGAGAAGTCGGTGATGGGACTACATCTGTTGTTA 430
Query 361 TTGTAGCTGCTGAGTTGTTGAAGAGGGCAAATGATTTGGTCAGGAACAAAATACATCCAA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 431 TTGTAGCTGCTGAGTTGTTGAAGAGGGCAAATGATTTGGTCAGGAACAAAATACATCCAA 490
Query 421 CATCAATTATCAGTGGATATAGGCTAGCAATGAGAGAATCTTGCAAATACATAGAAGAGA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 491 CATCAATTATCAGTGGATATAGGCTAGCAATGAGAGAATCTTGCAAATACATAGAAGAGA 550
Query 481 AGTTGGTGACGAAGGTTGAAAAGCTTGGGAAAGTTCCATTGATAAACTGTGCCAAAACCA 540
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 551 AGTTGGTGACCAAGGTCGAAAAGCTTGGGAAAGTTCCATTGATAAACTGTGCCAAAACCA 610
Query 541 GCATGTCCTCCAAACTGATATCTGGTGACAGCGACGTCTTTGCCAATTTGGTTGTGGAAG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 611 GCATGTCCTCCAAACTGATATCTGGTGACAGCGACTTCTTTGCCAATTTGGTTGTGGAAG 670
Query 601 CCGTTCTTTCAGTAAAGATGACAAATCAGCGGGGCGAGATAAAATACCCTATCAAGGGCA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 CCGTTCTTTCAGTAAAGATGACAAATCAGCGGGGAGAGATAAAATACCCTATCAAGGGCA 730
Query 661 TTAATATTCTGAAAGCTCATGGACAAAGTGCAAGAGACAGCTATTTGTTAAATGGATATG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 731 TTAATATTCTGAAAGCTCATGGACAAAGTGCAAGAGACAGCTATTTGTTAAATGGATATG 790
Query 721 CACTCAATACTGGTCGTGCTGCCCAAGGGATGCCATTACGAGTGTCTCCAGCAAAGATTG 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 791 CACTCAATACTGGTCGTGCTGCCCAAGGGATGCCATTACGAGTGTCCCCAGCAAAGATTG 850
Query 781 CTTGCCTTGACTTCAATCTGCAGAAAACAAAAATGCAGCTGGGTGTCCAAGTTGTTGTTA 840
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 851 CTTGCCTTGACTTCAATCTGCAGAAGACAAAAATGCAGCTGGGTGTCCAAGTTGTTGTTA 910
Query 841 ATGACCCACGAGAACTTGAAAAGATCCGTCAAAGAGAAGCTGACATGACAAAAGAGCGGA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 911 ATGACCCACGAGAACTTGAAAAGATCCGTCAAAGAGAAGCTGACATGACAAAAGAGCGGA 970
Query 901 TAGAGAAACTTCTCAAAGCTGGGGCTAATGTAATTCTGACCACAAAGGGGATTGACGACA 960
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 971 TAGAGAAACTTCTCAAAGCTGGGGCCAATGTAATTCTGACCACAAAGGGGATTGACGACA 1030
Query 961 TGGCACTTAAATACTTTGTAGAGGCAGGAGCTATTGCTGTTAGGCGTGTGCGCAAAGAAG 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 TGGCACTTAAATACTTTGTAGAGGCAGGAGCTATTGCTGTTAGGCGTGTGCGCAAAGAAG 1090
Query 1021 ACATGCGCCATGTTGCCAAGGCGACAGGAGCGACTCTGGTCACCACTTTTGCTGACATGG 1080
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091 ACATGCGTCATGTTGCCAAGGCGACAGGAGCGACTCTGGTCACCACTTTTGCTGACATGG 1150
Query 1081 AGGGCGAAGAAACATTTGATCCAGCTCACCTTGGATCTGCTGATGAGGTTGTGGAAGAGA 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1151 AGGGCGAAGAAACATTTGATCCAGCTCACCTTGGATCTGCTGATGAGGTTGTTGAAGAGA 1210
Query 1141 GAATCGCAGATGATGATGTTATATTGATAAAGGGAACCAAAACAAGCAGTGCGGTTTCGT 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1211 GAATCGCAGATGATGATGTTATATTGATAAAGGGAACCAAAACAAGTAGTGCGGTCTCGT 1270
Query 1201 TGATCTTAAGAGGTGCAAATGACTACATGCTTGATGAGATGGAGAGAGCACTGCATGATG 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1271 TGATCTTAAGAGGTGCAAATGACTACATGCTTGATGAGATGGAGAGAGCACTGCATGACG 1330
Query 1261 CTTTATGTATTGTCAAGAGGACCCTTGAGTCCAACACGGTAGTTGCGGGTGGAGGTGCAG 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1331 CTTTATGTATTGTCAAGAGGACCCTTGAGTCCAACACGGTGGTTGCGGGTGGAGGTGCAG 1390
Query 1321 TTGAATCAGCATTGTCTGTGTATCTGGAGCACCTTGCTACAACCTTGGGCTCTCGCGAAC 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 TTGAATCAGCATTGTCTGTGTATCTGGAGCACCTTGCTACAACCTTGGGCTCTCGCGAAC 1450
Query 1381 AATTGGCCATCGCTGAATTTGCTGATGCGCTATTGATTATACCAAAGGTGCTTGCAGTAA 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1451 AATTGGCCATCGCTGAATTTGCTGATGCGCTATTGATTATACCAAAGGTGCTTGCAGTAA 1510
Query 1441 ACGCTGCTAAGGATGCAACCGAGTTGGTAGCTAAACTAAGAGCGTACCACCACACCGCAC 1500
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1511 ACGCTGCTAAGGATGCAACCGAATTGGTAGCTAAACTAAGAGCGTACCACCACACTGCAC 1570
Query 1501 AAACCAAGGCTGATAAGAAGCACTATTCAAGCATGGGACTTGACCTTGTAAACGGAACCA 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1571 AAACCAAGGCTGATAAGAAGCACTATTCAAGCATGGGACTTGACCTCGTAAACGGAACCA 1630
Query 1561 TCCGCAACAATTTGGAAGCTGGAGTGATCGAACCAGCTATGAGCAAAGTCAAAATTATCC 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1631 TCCGCAACAATTTGGAAGCTGGAGTGATCGAACCAGCTATGAGCAAAGTGAAAATTATCC 1690
Query 1621 AGTTTGCAACAGAGGCAGCCATTACGATTCTACGAATTGACGACATGATCAAACTGGTGA 1680
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691 AGTTTGCAACAGAGGCAGCCATAACGATTCTACGAATTGACGACATGATCAAACTGGTGA 1750
Query 1681 AGGATGAGAGCCAAGGCGAAGAATAAGCAAAGCTCAGCTCCTCTTTATCCGCCTTATCCT 1740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1751 AGGATGAGAGCCAAGGCGAAGAATAAGCAAAGCTCAGCTCCTCTTTATCCGCCTTATCAT 1810
Query 1741 CCTTAGTGTGTGTTTTTGTCCGCGTTTTCAGC 1772
||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1811 CCTTAGTGTGTGTTTTTGTCCGCATTTTCAGC 1842
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87650151570
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5