BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479552
Length=1931
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G20290.1 | Symbols: ATEHD1, EHD1 | EPS15 homology domain 1 |... 3160 0.0
> AT3G20290.1 | Symbols: ATEHD1, EHD1 | EPS15 homology domain 1
| chr3:7074817-7078871 REVERSE LENGTH=2008
Length=2008
Score = 3160 bits (1711), Expect = 0.0
Identities = 1878/1952 (96%), Gaps = 37/1952 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTGCCGTCGAGACGAAGAACCCGCTTTCTCTGAAACCGTAATTTCACTTCAATATCTGCA 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 TTGCCGTCGAGACGAAGAACCCGCTTTCTCTGAAACCGTAATCTCACTTCAATATCTGCG 60
Query 61 AATCCTCAAATCTGGATTCACACCTGAGAAGCTTG----T---TA-A--TC-----TTTT 105
||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | || | || ||||
Sbjct 61 AATCCACAAATCTGGATTCACACCTGAGAAGTTTGTTAATCGGTACATCTCTAGATTTTT 120
Query 106 GCAATCGGAGATGGAGATCGAATCCGTCGCAGCTGGTTCTTGTTCAAAGGAGAATCAAAT 165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 121 GCAATCGGAGATGGAGATCGAATCCGTCGCAGCTGGTTCTTGTTCCAAGGAGAATCAAAT 180
Query 166 GATCTACAAGGAATGGTTCGAATTCGCCGATTCAGACGGCGATGGCCGTATTACTGGTAA 225
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GATCTACAAGGAATGGTTCGAATTCTCCGATTCAGACGGCGATGGCCGTATTACTGGTAA 240
Query 226 CGATGCGATCAAGTTCTTCACTATGTCGAATTTGCCTCGACCGGAGTTGAAGCAGATCTG 285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 241 CGATGCGATCAAGTTCTTCACTATGTCGAATTTGCCTCGTCCGGAATTGAAGCAGATCTG 300
Query 286 GGCAATTGCAGATTCAAAGAGACAAGGGTATCTTGCTTTCAAAGACTTTATTGTTGCCAT 345
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 301 GGCTATTGCAGATTCAAAGAGACAAGGGTATCTTGGTTTCAAAGAGTTTATTGTTGCCAT 360
Query 346 GCAGCTTGTTTCGTTGGCTCAAACTGGACATGAAATATCGCATGAAATTCTTAATAGCGA 405
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 361 GCAGCTTGTTTCGTTGGCTCAAACTGGACATGAAATATCGCATGAAGTTCTTATTAGCGA 420
Query 406 TGTTGATTTCAAAAATATCAATCCTCCTACCATGGAAGGTCTGGGTGTATTAATGGCGAA 465
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TGTTGATTTCAAAAATATCAATCCTCCTACCATGGAAGGTCTGGGTGTATTAATGGCGAA 480
Query 466 GAAGAAGCATTCATCAAAGTCGAGTGATCCTAATATGAATGGTAGCCCTGCCGCAGACAC 525
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AAAGAAGCATTCATCAAAGTCGAGTGATCCTAATATGAATGGTAGCCCTGCCGCAGACAC 540
Query 526 ATCACTTACAGCTCACTGGTTCTCTTCAAAATCTTCAAAAAAGATTTCTCTGTCCTCCGT 585
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTCACTTACAGCTCACTGGTTCTCTTCAAAATCTTCAAAAAAGATTTCTCTGTCCTCCGT 600
Query 586 AACATCTATAGTGGATGGCCTGAAGAGGTTGTACATTCAGAAGCTGAAGCCACTTGAAGT 645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AACATCTATAGTGGATGGCCTGAAGAGGTTGTACATTCAGAAGCTGAAGCCACTTGAAGT 660
Query 646 AGCATATCGGTTTAACGATTTTGTATCCCCTTTGTTGACTAACAGTGATTTCGATGCGAA 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 661 AGCATATCGGTTTAACGATTTTGTATCCCCTTTGTTGACTAACAGTGATTTCGATGCAAA 720
Query 706 ACCTATGGTAATGCTTCTGGGTCAATACTCCACAGGAAAAACAACATTCATTAAGCATTT 765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ACCTATGGTAATGCTTCTGGGTCAATACTCCACAGGAAAAACAACATTCATTAAGCATTT 780
Query 766 GCTTAAATCTAGTTATCCAGGCAATATGCAAACAGGAGCTCATATTGGACCAGAGCCGAC 825
||||||||| | | | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GCTTAAATC------T--A--C-TTAT-C---CAGGAGCTCATATTGGACCAGAGCCGAC 825
Query 826 TACTGACAGATTTGTTGTTGTCATGTCTGGACCTGATGAAAGAAGTATTCCGGGGAACAC 885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 826 TACTGACAGATTTGTTGTTGTCATGTCTGGACCTGATGAAAGAAGCATTCCGGGGAACAC 885
Query 886 AGTAGCAGTTCAAGCAGATATGCCATTCAGTGGTCTTACAACTTTTGGGACTGCCTTTTT 945
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 AGTAGCAGTTCAAGCAGATATGCCATTCAGTGGTCTTACAACTTTTGGGACTGCCTTTTT 945
Query 946 GTCAAAGTTTGAATGCTCTCAGATGCCTCACCCTCTGCTGGAGCATGTAACATTTGTCGA 1005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 GTCAAAGTTTGAATGCTCTCAGATGCCTCACCCTCTGCTGGAGCATGTAACATTTGTCGA 1005
Query 1006 CACCCCTGGAGTTTTATCAGGGGAAAAGCAAAGAACACAGCGAGCATATGATTTCACTGG 1065
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 CACCCCTGGAGTTTTATCAGGGGAAAAACAAAGAACACAGCGAGCATATGATTTCACTGG 1065
Query 1066 TGTTACATCATGGTTTGCCTCTAAGTGCGATCTTATCCTCCTCTTATTTGACCCACACAA 1125
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1066 TGTTACATCATGGTTTGCCTCTAAGTGTGATCTTATCCTCCTCCTATTTGACCCACACAA 1125
Query 1126 GCTGGATGTAAGTGATGAGTTCAAGCGTGTAATTTCATCTTTACGCGGTCATGATGACAA 1185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1126 GCTGGATGTAAGTGATGAGTTCAAGCGTGTAATTTCATCTTTACGCGGTCATGATGACAA 1185
Query 1186 GATCCGCGTTGTTCTGAATAAGGCTGATCAAGTGGACACTCAGCAGCTAATGAGGGTATA 1245
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 GATCCGCGTTGTTCTGAATAAGGCTGACCAAGTGGACACTCAGCAGCTAATGAGGGTATA 1245
Query 1246 TGGAGCTCTCATGTGGTCACTTGGGAAAGTTCTCAATACTCCTGAGGTCTCCCGTGTCTA 1305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1246 TGGAGCTCTCATGTGGTCACTTGGGAAAGTTCTCAATACTCCTGAGGTCTCTCGTGTCTA 1305
Query 1306 CATTGGTTCGTTTAGTGATAAACCCATAAACGAAGCTGCAACTGGTCCAATTGGGAGAGA 1365
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 CATTGGTTCCTTCAGTGATAAACCCATAAACGAAGCTGCAACTGGTCCAATTGGGAGAGA 1365
Query 1366 GTTGTTTGAAAAGGAGCAAGATGACCTTCTTGCTGATTTGAAAGACATTCCAAAGAAAGC 1425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1366 GTTGTTTGAAAAGGAGCAAGATGACCTTCTTGCTGATTTGAAAGACATTCCTAAGAAAGC 1425
Query 1426 TTGTGATCGCCGAATAAATGAGTTTGTGAAACGGGCAAGAGCAGCAAAGATACATGCGTA 1485
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 TTGTGATCGTCGAATAAATGAGTTTGTGAAACGGGCAAGAGCAGCAAAGATACATGCGTA 1485
Query 1486 CATCATCAGCCATTTGAAGAAGGAGATGCCAGCGATAATGGGGAAAGCCAAAGCTCAACA 1545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 CATCATCAGCCATTTGAAGAAGGAGATGCCAGCGATAATGGGGAAAGCCAAAGCTCAACA 1545
Query 1546 GAAACTGATAGATAACTTGGAAGACGAGTTTGGAAAGGTACAAAGAGAGCATCACTTACC 1605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1546 GAAACTGATAGATAACTTGGAAGACGAGTTTGGAAAGGTACAAAGAGAGCATCACTTACC 1605
Query 1606 AAAAGGAGATTTCCCAAATGTGGATCATTTCAGGGAGGTGCTAAGTGGTTACAACATCGA 1665
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606 TAAAGGAGATTTCCCAAATGTGGATCATTTCAGGGAGGTGCTAAGTGGTTACAACATCGA 1665
Query 1666 CAAGTTTGAGAAGCTAAAGCCGAAAATGTTGCAGACTGTTGATGATATGTTGGGGTATGA 1725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 CAAGTTTGAGAAGCTAAAGCCGAAAATGTTGCAGACTGTTGATGATATGTTGGGGTATGA 1725
Query 1726 CATTCCAGAGCTCTTGAAAAATTTCAGAAACCCTTATGATTAATATTTCCATCCCTCTTA 1785
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1726 CATCCCAGAGCTCTTGAAAAATTTCAAAAACCCTTATGATTAATATTTCTATCCCTCTTA 1785
Query 1786 TCT-CTGTGGTTGCTGTATAATCCTA---TATACATTCACTTTTGGCCTAGCCCTTGTGA 1841
||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 TCTTCTGCGGTTGCTGTATAATCCAAAACTATACATTCACTTTTGGCCTAGCCCTTGTGA 1845
Query 1842 CTTGTGAGCATTAATGCACATTTGTATTCTTACAAGACTTGTAGACAATAAAGACA--CA 1899
||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1846 CTTGTGAGCGTTAATGCATATTTGTAT-CTTACAAGCCTTGTAGACAATAGAGACAAACA 1904
Query 1900 TAAAGAGTGCTGACTTGATAATTGGCTTATAT 1931
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 TAAAGAGTGCTGACTTGATAATTGGCTTATAT 1936
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95632038225
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5