BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479572
Length=2554
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G20475.1 | Symbols: ATMSH5, MSH5 | MUTS-homologue 5 | chr3:7... 4130 0.0
> AT3G20475.1 | Symbols: ATMSH5, MSH5 | MUTS-homologue 5 | chr3:7143454-7151014
FORWARD LENGTH=2719
Length=2719
Score = 4130 bits (2236), Expect = 0.0
Identities = 2451/2557 (96%), Gaps = 5/2557 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTCATCTTCCCCAACGtctctgct-ctttcccttctctctatctctctctcgttctaatc 59
|||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 26 TTCATCTTCCCCAACGACTCTGCTCCTTCCCCTTCTCTCCATCTCTCTCTCGTTCTAATC 85
Query 60 tGCGGCAATGGAGGAAATGGAAGACGCAGAAACCGAACCACAGGTTTATATGGCTTGTAT 119
| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 86 TTCGACAATGGAGGAAATGGAAGACACTGAAACCGAACCACAGGTTTACATGGCTTGTAT 145
Query 120 TCAGCATGGTCGGAGAGTTGGAGTTTCTTACTACGACTGTAGTGTACGCCAGCTTCATGT 179
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 146 TCAGCACGGTCGGAGAGTTGGAGTTTCTTACTACGACTGTAGTGTACGCCAGCTTCATGT 205
Query 180 GCTAGAAGTTTGGGAGGAAGATTGCTCAGATTTTACCTTCATTAATATGGTAAAATATCA 239
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||
Sbjct 206 GCTAGAATTTTGGGAAGAAGATTGCTCAGATTTTACATTGATCAATATGGTAAAATATCA 265
Query 240 AGCGAAGCCATCGATCATTTACACAAGCACCAAAAGTGAAGAATCCTTTGTAGCTGCTCT 299
|||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 266 AGCGAAGCCATCGATCATTTACGCAAGCACGAAAAGTGAAGAATCCTTTGTAGCTGCTTT 325
Query 300 GCAGCAAAATGACGGAACTGACGAGACTACCATGGTGAAGCTGGTAAAGAGTTCAACATT 359
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 326 GCAGCAGAATGACGGAACTGACGAGACTACCATGGTAAAGCTGGTAAAGAGCTCAACATT 385
Query 360 CAGCTACGAGCAAGCGTGGCACAGACTGGTTTATCTTCGAGTAACAGGAATGGATTATGG 419
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 386 CAGCTACGAGCAAGCGTGGCACAGACTGGTATATCTTCGAGTAACTGGAATGGATGATGG 445
Query 420 GTTGAACATCAAAGAAAGGATTTGTTATCTGAGTTCCATCATGGATGTGGGTAGTGAAGT 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 446 ATTGAACATCAAAGAAAGGATTTGTTATCTGAGTTCCATGATGGATGTGGGCAGTGAAGT 505
Query 480 CCAAGTTCGTGTTAGTGGGGGCCTTCTTGCTATATTAGAAAGTGAACGAATTGTAGAAAC 539
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 506 CCAAGTTCGTGTTAGTGGTGGTCTTCTTGCTATATTAGAAAGCGAACGAATTGTAGAAAC 565
Query 540 CCTGGAACAAAACGAATCTGGGAGTGCGTCAATCGCAATTGATTCAGTCATGGAAGTACC 599
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 CCTGGAACAAAACGAATCTGGGAGTGCATCAATCGCAATTGATTCAGTCATGGAAGTACC 625
Query 600 ATTGAACAAGTTTCTTCATCTTGATGCGGCTGCTCACGAGGCTCTGCAGATATTTCAAAC 659
|||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 626 ATTGAACAAGTTTCTTAAACTTGATGCTGCTGCTCACGAGGCTCTGCAGATATTTCAGAC 685
Query 660 AGATAAACATCCAGGCCATATGGGCATTAGCCGGGCAAAAGAAGGGTTCTCGGTGTTTGG 719
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 686 AGATAAACATCCAAGCCATATGGGCATTGGCCGGGCCAAAGAAGGGTTCTCGGTATTTGG 745
Query 720 AATGATGAATAAGTGTGCCACACCAATGGGTAGACGCCTTTTAAGAAGCTGGTTTATGAG 779
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 746 AATGATGAATAAGTGTGCCACGCCAATGGGTAGACGCCTTTTAAGAAGCTGGTTTATGAG 805
Query 780 ACCAATTTTAGATCTTGAAGTGTTAGATCGCCGTCTCAATGCTATTTCCTTTTTCATTTC 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 806 ACCAATTTTAGATCTTGAAGTGTTAGATCGCCGTCTCAATGCTATTTCCTTTTTCATTTC 865
Query 840 TTCAGTAGAGCTGATGGCATCATTGCGGGAGACACTGAAATCTGTGAAGGACATTTCGCA 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 866 TTCAGTAGAGCTGATGGCATCATTGCGGGAGACACTGAAATCAGTGAAGGACATTTCACA 925
Query 900 TCTGCTCAAGAAATTCAACTCTCCGACGTCCCTCTGTACCAGTAACGACTGGACAGCTTT 959
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 TCTACTCAAGAAATTCAACTCTCCGACGTCCCTCTGTACCAGTAACGACTGGACAGCTTT 985
Query 960 TTTGAAGAGTATAAGTGCGCTCCTGCACGTGAATAAGATATTTGAAGTTGGAGTTTCAGA 1019
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 986 CTTGAAGAGCATAAGTGCGCTCCTGCACGTGAATAAGATATTTGAAGTTGGAGTTTCAGA 1045
Query 1020 AAGTCTCAGAGAACATATGAGACGCTTCAACTTGGACATTATTGAGAAGGCCGGCTTATG 1079
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 AAGTCTCAGAGAGCATATGAGACGCTTCAACTTGGACATTATTGAGAAGGCCGGCTTATG 1105
Query 1080 TATCAGCACAGAGCTAGATTATGTCTATGAACTGGTCATTGGAGTCATTGATGTTACTAG 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 TATCAGCACAGAGCTAGATTATGTCTATGAACTGGTCATTGGAGTCATTGATGTTACTAG 1165
Query 1140 AAGCAAAGAGAGGGGATATCAAACATTGGTGAAAGAAGGATTCTGTGCTGAGTTGGATGA 1199
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 AAGCAAAGAGAGGGGATATCAAACTTTGGTTAAAGAAGGATTCTGTGCTGAGTTGGATGA 1225
Query 1200 GCTGAGGCAAATATACGAGGAGTTGCCAGAGTTTCTGCAGGAGGTTTCAGCGATGGAGTT 1259
||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226 GCTCAGGCAAATATATGAGGAGTTGCCAGAATTTCTGCAGGAGGTTTCAGCGATGGAGTT 1285
Query 1260 AGAACACTTTCCTCATTTGCATAAGGAAAAGCTTCCTCCTTGTATCGTCTATATTCAACA 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 AGAACACTTTCCTCATTTGCATAAGGAAAAGCTTCCTCCTTGTATCGTCTATATTCAACA 1345
Query 1320 AATTGGGTACCTCATGTGCATCTTTGGAGAAAAGCTTGATGAAACTGCACTTAATAGGCT 1379
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1346 AATTGGGTACCTCATGTGTATCTTTGGAGAAAAGCTTGATGAAACTGCTCTTAATAGGCT 1405
Query 1380 TACTGAATTTGAATTTGCGTTTTCCAATATGGATGGAGAGACTCAGCGATTCTTTTACCA 1439
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406 TACTGAATTTGAATTTGCGTTTTCTGATATGGATGGAGAGACTCAGCGATTCTTTTACCA 1465
Query 1440 TACCCCGAAGACACGAGAGTTAGACAACCTTCTTGGAGATATCTACCACAAAATTTTAGA 1499
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1466 TACCTCGAAGACACGAGAGTTAGACAACCTTCTTGGAGATATCTACCACAAAATTTTAGA 1525
Query 1500 TATGGAAAGGGCAATTATTAGGGACTTGCTATCACACACGCTTTTGTTCTCGGCTCACCT 1559
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1526 TATGGAAAGGGCAATTATTAGGGACTTGCTGTCACACACACTTTTGTTCTCGGCTCACCT 1585
Query 1560 GCTGAAGGCAGTTAACTTTGTTGCAGAACTTGATTGCATTTTATCGTTGGCTTGTGTAGC 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586 GCTGAAGGCAGTTAACTTTGTTGCAGAACTTGATTGCATTTTATCGTTGGCTTGTGTAGC 1645
Query 1620 CCATCAGAACAACTACGTAAGGCCTGTCCTGACAATAGAATCATTGCTTGATATTCGAAA 1679
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1646 CCATCAGAATAACTACGTAAGGCCTGTCCTGACAGTAGAATCATTGCTTGATATTCGAAA 1705
Query 1680 TGGAAGGCATATATTGCAGGAAATGGCTGTGGATACATTTATCCCGAGCGACACTGAAAT 1739
|||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||
Sbjct 1706 TGGAAGGCATGTTTTGCAGGAAATGGCTGTAGATACTTTTATCCCAAACGACACTGAAAT 1765
Query 1740 CAATGATAATGGCCGAATTCATATAATTACCGGGCCTAATTACTCAGGAAAGAGCATATA 1799
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1766 CAATGATAATGGACGAATTCATATAATTACCGGGCCTAATTACTCAGGAAAGAGCATATA 1825
Query 1800 TGTAAAGCAGGTGGCTTTAATTGTTTTCCTATCCCATATTGGAAGCTTTGTACCAGCAGA 1859
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1826 TGTAAAGCAGGTGGCGTTAATTGTTTTCCTATCCCATATTGGAAGCTTTGTACCAGCAGA 1885
Query 1860 TGCAACAACTGTTGGTTTAACTGACAGGATCTTTTGTGCAATGGGAAGCAAGTTCATGAC 1919
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1886 TGCAGCAACTGTTGGTTTAACTGACAGGATCTTTTGTGCAATGGGAAGCAAGTTCATGAC 1945
Query 1920 CGCGGAGCAATCTACATTTATGATAGATCTGCATCAAGTAGGAATGATGCTCAGACAGGC 1979
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1946 CGCGGAGCAATCTACATTCATGATAGATCTGCATCAAGTAGGAATGATGCTCAGGCAGGC 2005
Query 1980 AACTTCAAGATCTCTGTGTCTCGTAGACGAGTTTGGTAAAGGCACTCTTACAGAAGATGG 2039
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2006 AACTTCAAGATCTCTGTGTCTCTTAGACGAGTTTGGTAAAGGCACTCTTACAGAAGATGG 2065
Query 2040 TATTGGCTTGCTTGGTGGGACAATTAGCCACTTTGCTACATGTACTGAGCCACCAAGGGT 2099
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2066 TATTGGCTTGCTTGGTGGGACAATTAGTCACTTTGCTACATGTGCTGAGCCACCAAGGGT 2125
Query 2100 TCTAGTGTGTACGCACTTGACTGAACTACTTAACGAGAGCTGCTTGCCTGTTTCTGAGAA 2159
| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2126 TGTAGTATGTACGCACTTGACTGAGCTACTTAACGAGAGCTGCTTGCCTGTTTCTGAGAA 2185
Query 2160 GATTAAATTCTATACAATGAGCGTTCTTAGGCCAGACACAGAATCTGCAAAAATGGAAGA 2219
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2186 GATTAAGTTCTACACAATGAGCGTTCTTAGGCCAGACACAGAATCTGCAAACATGGAAGA 2245
Query 2220 AATTGTTTTTCTTTATCGGTTAATTCCGGGACAAACTTTACTGAGCTATGGTGAGCATCT 2279
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 2246 GATTGTTTTTCTTTATAGGTTAATTCCGGGACAAACTTTGCTGAGCTATGGCCTTCA-CT 2304
Query 2280 TTGTGTT--TGCGTTGGTGTCCCGGAGGAAGTCGTGAAGAGAGCAGCCATCGTGTTGGAC 2337
|| | | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2305 GTGCGCTACT-CGCTGGTGTCCCGGAGGAAGTCGTGAAGAGAGCAGCCATCGTGTTGGAC 2363
Query 2338 GCCTTTGAGAGTAACAACAACGTCGATAAACTAAGCCTTGACAAAATATCGTCTCAAGAT 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2364 GCCTTTGAGAGTAACAACAACGTCGATAAACTAAGCCTTGACAAAATATCGTCTCAAGAT 2423
Query 2398 CAAGCATTCAAGGATGCTGTTGACAAGTTTATGGAGTTTGACATCGGTAAAGGTGACATC 2457
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2424 CAAGCATTCAAGGATGCTGTTGACAAGTTTGCGGAGCTTGACATCAGTAAAGGTGACATC 2483
Query 2458 CGTGGCTTCTTTCAAGATATCTTCACTTCCTAAACCCTCACTTAAAAGTCAAGATCACCG 2517
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2484 CATGCCTTCTTTCAAGATATCTTCACTTCCTAAACCCTTACTTAAAAGTCAAGATCACCG 2543
Query 2518 AATAGAAAATGTAACCAACAACAGTAGATTTTTTAAA 2554
||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 2544 TATACAAAATGTAACCAACGACAGTAGATTTTTAAAA 2580
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126771864961
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5