BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479589
Length=2563
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G20630.1 | Symbols: UBP14, TTN6, ATUBP14, PER1 | ubiquitin-s... 4218 0.0
> AT3G20630.1 | Symbols: UBP14, TTN6, ATUBP14, PER1 | ubiquitin-specific
protease 14 | chr3:7202773-7208402 REVERSE LENGTH=2684
Length=2684
Score = 4218 bits (2284), Expect = 0.0
Identities = 2471/2563 (96%), Gaps = 5/2563 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAAACCCTATGGAGCTCCTCCGATCCAACTTGTCTAGGGTTCAGATCCCTGAACCTACTC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 55 AAAACCCTATGGAGCTCCTCCGATCCAACTTGTCTAGGGTTCAGATCCCTGAACCTACTC 114
Query 61 ATCGCATCTACAAGCATGAGTGTTGCATCTCCTTCGATACTCCGAGATCCGAAGGAGGAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 ATCGCATCTACAAGCATGAGTGTTGCATCTCCTTCGATACTCCGAGATCCGAAGGAGGAT 174
Query 121 TGTTCGTTGATATGAATAGTTTTCTTGCTTTCGGGAAGGATTATGTTTCTTGGAATTATG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 175 TGTTCGTTGATATGAATAGTTTTCTTGCTTTCGGGAAGGATTATGTTTCTTGGAACTATG 234
Query 181 AGAAGACTGGAAACCCTGTTTATCTGCATATTAAGCAGACTACCAAGTCTGTTCCTGAGG 240
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||
Sbjct 235 AGAAGACTGGAAACCCTGTTTATCTTCATATTAAGCAGACTAGGAAGTCTATTCCCGAGG 294
Query 241 ATCGCCCTCTCAAGAAACCGACTCTGCTCGCTATAGGAGTTGATGGAGGATTTGATAACA 300
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 295 ATCGGCCTCTCAAGAAACCGACTCTGCTCGCTATAGGTGTTGATGGAGGCTTTGATAACA 354
Query 301 TTGAGCCTGAGTACGAGGAGTCGTATAGCATAGTCATTCTTCCGGATTTTGTGTCACTTC 360
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
Sbjct 355 ATGAGCCAGAGTACGAGGAGTCTTATAGCATAGTCATACTTCCGGATTTTGTTTCACTCC 414
Query 361 CATTTCCTTCTGTTGAACTACCAGAGAAGGTGAGGATTGCTGTCGATACTGTAGTGAATG 420
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 CGTTTCCTTCTGTTGAGCTACCAGAGAAGGTGAGGATTGCTGTCGATACTGTAGTGAATG 474
Query 421 CCGTAGGTGCTGAGCGGAAAGAGCAGGTTGCTGCTTGGACAGCTGAGAAAAAGTTAGTTA 480
|||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 475 CCGTTGGTGCTGAGCGGAAAGAGCAAGTTGCAGCTTGGACAGCTGAGAAAAAGTTAATTA 534
Query 481 GTGAACATGCATTGACACTGCAGCAAATCAAGAGTGGCATTGTCATTCCTCCCTCTGGTT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 GTGAACATGCATTGACACTGCAGCAAATCAAGAGTGGCATTGTCATTCCTCCCTCTGGTT 594
Query 541 GGAAATGTGCCAAGTGTGATAAGACGGAGAATCTCTGGCTTAATCTTACCGATGGAATGA 600
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GGAAATGTTCTAAGTGTGATAAGACGGAGAATCTCTGGCTTAATCTTACCGATGGAATGA 654
Query 601 TTCTCTGTGGAAGAAAAAACTGGGATGGAACTGGTGGAAACAACCATGCGGTTGAGCACT 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 655 TTCTCTGTGGAAGAAAAAACTGGGATGGAACTGGTGGAAACAACCATGCTGTTGAGCACT 714
Query 661 ACAAAGAGACAGCCTACCCTCTTGCTGTAAAGCTTGGAACTATCACAGCTGACTTAGAAG 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 715 ACAAAGAGACAGCCTACCCTCTTGCTGTAAAGCTTGGAACTATCACTGCTGACTTAGAAG 774
Query 721 CAGCAGATGTTTATTCCTATCCGGAAGATGACAGTGTTTTGGACCCGCTCCTGGCTGAGC 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 CAGCAGATGTTTATTCCTATCCGGAAGATGACAGTGTTTTGGACCCGCTCCTGGCTGAGC 834
Query 781 ATCTGGCCCATTTTGGAATTGACTTCTCGTCGATGCAGAAGACTGAAATGACAACTGCCG 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 835 ATCTGGCCCATTTTGGAATTGACTTCTCGTCGATGCAGAAGACTGAAATGACAACTGCTG 894
Query 841 AAAGAGAACTTGATCAAAATACAAATTTTGATTGGAACCGTATACAAGAGAGTGGAAAAG 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 AAAGAGAACTTGATCAAAATACAAATTTTGATTGGAACCGTATACAAGAGAGTGGAAAAG 954
Query 901 AATTGGTACCAGTTTTTGGACCGGGATATACCGGACTTCTCAATCTTGGGAACAGTTGCT 960
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 955 AATTGGTGCCAGTTTTTGGACCTGGATATACCGGACTTGTCAATCTTGGGAACAGTTGCT 1014
Query 961 ACTTGGCAGCTACGATGCAGATTGTTTTCTCTACCCATTCATTTATTTCAAGATACTTTT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 ACTTGGCAGCTACGATGCAGATTGTTTTCTCTACCCATTCATTTATTTCAAGATACTTTT 1074
Query 1021 CACATCAGAGCTTAAAGATGGCTTTTGAGATGGCTCCTGCTGATCCAACTTTGGACCTCA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 CACATCAGAGCTTAAAGATGGCTTTTGAGATGGCTCCTGCTGATCCAACTTTGGACCTCA 1134
Query 1081 ATATGCAATTAACAAAGCTTGGACATGGTTTACTATCTGGGAAGTACTCTATTCCTGCAA 1140
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1135 ATATGCAATTAACAAAGCTTGGACACGGCTTACTATCTGGGAAGTACTCAATGCCTGCAA 1194
Query 1141 CTCAGAAGGATGCTACAACTGGAGATGCTAGACAAGAAGGAATACCTCCTCGCATGTTCA 1200
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 CTCAGAAGGATGCTACAACTGGAGATCCTAGACAAGAAGGAATACCTCCTCGCATGTTCA 1254
Query 1201 AAAACGTAATTGCTGCAAGCCACTCAGAATTCTCTTCTATGAGACAGCAGGATGCTCTCG 1260
||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 AAAACGTAATTGCCGCGAGCCACGCAGAATTCTCTTCTATGAGACAGCAGGATGCTCTCG 1314
Query 1261 AGTTTTTCCTCCATTTGGTAGGCAAGGTTGAGCGTGCTAGCAACACGACACCAGATTTAG 1320
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 ACTTTTTCCTCCATCTGGTAGGCAAGGTTGAGCGTGCTAGCAACACGACACCAGATTTAG 1374
Query 1321 ACCCCTCGAGGAGTTTTAAGTTTGGAATAGAAGAGAAGATCCTTTGTCCATCTGGAAAGG 1380
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1375 ACCCCTCGAGGAGCTTCAAGTTTGGAATAGAAGAGAAGATCCTTTGTCCGTCTGGAAAGG 1434
Query 1381 TTGGATATAATAAGAGGGAAGACTGTATTCTTTCTTTGAACATTCCACTGCATGAGGCAA 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1435 TTGGATATAATAAGAGGGAAGACTGTATTCTTTCTTTGAACATTCCGCTACATGAGGCAA 1494
Query 1441 CTAATAGAGATGAATTAGAAGCCTTTAACAAGCAGAAAGCAGGAAAAGGATTGGAAGAAA 1500
|||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1495 CTAATAAAGATGAATTAGAAGCCTTTCACAAGCAAAAAGCAGGAAAAGGATTGGAAGAGA 1554
Query 1501 ATGATATCAGGTCAAGTGATGAAATAGTACGCCCACGAGTTCCTTTAGAAGCTTGTCTAG 1560
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1555 ATGATATGAGGTCAAGTGATGAAATAGTACGCCCACGAGTTCCTTTAGAAGCCTGTCTAG 1614
Query 1561 CAAATTTTGCATCATCAGAGCCGATTGATGACTACTACAGCTCTGCTCTGAAGGGGAGGA 1620
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| | ||
Sbjct 1615 CAAATTTTGCATCATCAGAGCCGATTGAAGACTACTATAGCTCTGCTTTGAAGGGAATGA 1674
Query 1621 CAACAGCTATCAAGACAACTGGTTTGACATCTTTCCCAGATTATTTGGTCTTGCACATGC 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 CAACAGCTATCAAGACAACTGGTTTGACATCTTTCCCAGATTATTTGGTCTTGCACATGC 1734
Query 1681 GGAAGTTTGTTATGGAGGCAGGCTGGGTGCCAAAGAAACTTGATGTATACATTGATGTTC 1740
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 GGAAATTTGTTATGGAGGAAGGCTGGGTGCCAAAGAAACTTGATGTATACATTGATGTTC 1794
Query 1741 CGGATGTTATTGATATCAGCCACATGCGTAGCAAAGGACTCCAACCTGGGGAGGAACTGT 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1795 CGGATGTTATTGATATCAGCCACATGCGTAGCAAAGGACTCCAACCTGGGGAAGAACTGT 1854
Query 1801 TGCCAGATGGCGTTCCAGAAGAAGTGATTGAATCAGCGCAGCCTGTGGCAAATGAGGAGA 1860
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1855 TGCCAGATGGCGTTCCAGAAGAAGTGATGGAATCAGCGCAGCCCGTGGCAAATGAGGAGA 1914
Query 1861 TAGTTGCACAACTTGTCTCAATGGGATTTAGCCAGCTTCATTGCCAGAAAGCTGCCATAA 1920
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1915 TAGTTGCACAGCTAGTCTCAATGGGATTTAGCCAGCTTCACTGCCAGAAAGCTGCCATAA 1974
Query 1921 ATACTTCCAATGCTGGGGTTGAAGAGGCAATGAACTGGTTACTTTCTCACATGGATGATC 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 ATACTTCCAATGCTGGGGTTGAAGAGGCAATGAACTGGTTACTTTCTCACATGGATGATC 2034
Query 1981 CAGACATTGATGCACCGATCTCCCACCAGACATCTGACGTTGATCAATCAAGCCTTGATG 2040
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2035 CAGACATCGATGCACCAATCTCCCACCAGACATCTGACATTGATCAATCAAGCGTTGATA 2094
Query 2041 CCTTACTCTCCTTTGGTTTTGCTGAAGATGTTGCTCGAAAGGCACTAAAAGCCTCGGGAG 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 CCTTACTCTCCTTTGGTTTTGCTGAAGATGTTGCTCGGAAGGCACTAAAAGCCTCGGGAG 2154
Query 2101 GAGATATAGAGAAAGCAACAGATTGGATATTCAACAACCCTAATGCATCTGTTTCAGACA 2160
|||| || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 GAGACATTGAGAAAGCAACAGACTGGGTATTCAACAACCCTAATGCATCTGTTTCAGACA 2214
Query 2161 TGGATGTTTCCTCTAGCAATTCAGCGCAGACTCCGGCTCAAAGTGGATTACCAGATGGAG 2220
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 TGGATGTATCCTCTAGCAATTCAGCGCAGACTCCGGCTCAAAGTGGATTACCAGATGGAG 2274
Query 2221 GAGGGAAATACAAGCTGTTTGGAATAGTAAGTCACATGGGAACATCAGTGCACTGTGGTC 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 GAGGGAAATACAAGCTGTTTGGAATAGTAAGTCACATGGGAACATCAGTGCACTGTGGTC 2334
Query 2281 ACTACGTGGCGCACATATTGAAAGAAGGTCGTTGGGTTATTTTCAATGACGACAAAGTTG 2340
| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 ATTACGTGGCTCACATATTGAAAGAAGGCCGCTGGGTAATTTTCAATGACGACAAAGTTG 2394
Query 2341 GTATCTCGACTGATCCTCCTAAAGACATGGGTTATGTCTACTTCTTTCAGCGGCTTGATT 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 GTATCTCGACTGATCCTCCTAAAGACATGGGTTATGTCTACTTCTTTCAGCGGCTTGATT 2454
Query 2401 GATTCGATGGAGCCAGTCACAAAGACaaaaaaaaaCTAATCCCtttttttttttCATAGA 2460
||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 2455 GATTCGATGGAGCCAGTTACAGAGACAAAAA----CTAATCC-TTTTTTTTTTAAATAGA 2509
Query 2461 AACTTTTAAGGTCGATAGGGTTTTTAAGATTTGGATTGAGGTGACCCATGGGACTTGTTT 2520
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 2510 AACTTTTAAGGTCGATAGGGTTTTTAACATTTGGATTGAGGTGACCCATGTGACTAGTTT 2569
Query 2521 CGGTTCCAAAATCTTACTTGTGGATTAGTAAATTTGGTTCACT 2563
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2570 CGGTTCCAAAATCTTACATGTGGATTAGTAAATTTGGTTCACT 2612
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127223367448
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5