BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479727
Length=2550
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G22150.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4030 0.0
> AT3G22150.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:7812944-7815928 FORWARD LENGTH=2985
Length=2985
Score = 4030 bits (2182), Expect = 0.0
Identities = 2439/2561 (95%), Gaps = 25/2561 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GATAACATAGAGAGATAGATTGAAGAAAACAGAGCCAATAAAGGCTCTTCC----T-TT- 54
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1 GATAACATAGAGAGATAGAGAGAAGAAAACAGAGCCAATAAAGGCTCTTCCTTTTTCTTC 60
Query 55 TTCTTCATCATC-TC--CTTCTCAATGGCCGGATCAGCTCTACCTCTCCCTCCGCCTCCA 111
|||||| || || || |||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||
Sbjct 61 TTCTTCTTCTTCTTCATCTTCTCAATGGCTGGATCAGCTCTACCTCTACCACCTCCTCCA 120
Query 112 CCACTATCATTACAGTCTCCGTCGCAGAATCAAACCCGTCATTCTTCTACCTTTTCTCCA 171
|||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCACTATCATTACAATCTCCGTCACAAAATCAAACCCGTCATTCTTCTACCTTTTCTCCA 180
Query 172 CCAACCCTCACTCCTCAAACACCTTCTATCCGTTCCCGTCTCAGTAAAATCTGTCAAGAT 231
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 181 CCAACCCTTACTCCTCAAACACCTTCTATCCGTTCCCGTCTTAGCAAAATCTGTCAAGAT 240
Query 232 GGAAATCCACAACTTGCACGCCAACTGTTCGACGCAATTCCTAAACCAACCACTGTTCTT 291
||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 241 GGAAACCCACAACTTGCACGCCAATTGTTCGACGCAATTCCTAAACCAACTACTGTTCTT 300
Query 292 TGGAACACTATCATCATCGGGTTTATTTGTAATAATCTACCACACGAAGCTCTTCTTTTC 351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TGGAACACTATCATCATCGGGTTTATTTGTAATAATCTACCACACGAAGCTCTTCTTTTC 360
Query 352 TATTCCCGGATGAAAAAGACGGCACCTTTCACTAAATGTGATGCTTATACTTACTCTTCT 411
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TATTCCCGGATGAAAAAGACGGCACCTTTTACTAATTGTGATGCTTATACTTACTCTTCT 420
Query 412 ACACTCAAGGCGTGTGCTGAGACGAAGAATTTGAAAGCTGGTAAAGCGGTGCATTGTCAT 471
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 421 ACACTCAAGGCGTGTGCTGAGACTAAGAATTTGAAAGCTGGTAAAGCTGTGCATTGTCAT 480
Query 472 TTGATCCGTTGTTTACAGAATTCAAGCAGGGTTGTGCATAATTCTTTGATGAATATGTAT 531
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTGATCCGTTGTTTACAGAATTCAAGCAGAGTTGTGCATAATTCTTTGATGAATATGTAT 540
Query 532 GTTTCTTGCTTGAATGGTCCTGGAAGTGAATTGGATTGTTTTGAGTATGATGTGGTGCGT 591
|||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 541 GTTTCTTGTTTGAATGCTCC-----------T-GATTGTTTTGAGTATGATGTTGTGCGT 588
Query 592 AAAGTTTTCGATAATATGCGTAGGAAGAACGTTGTGGCTTGGAATACGTTGATTTCTTGG 651
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 589 AAAGTTTTCGATAATATGCGTAGGAAGAATGTTGTCGCTTGGAATACTTTGATTTCTTGG 648
Query 652 TATGTGAAAACAGGGAGAAATGCTGAAGCGTGTAGGCAATTTGGGATAATGATGAGAATG 711
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 TATGTGAAAACAGGGAGAAATGCTGAAGCTTGTAGGCAATTTGGGATAATGATGAGAATG 708
Query 712 GAGATAAAACCGAGCCCGGTTAGCTTTGTCAATGTTTTTCCTGCGGTGGCGACTTCTAAA 771
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| | |
Sbjct 709 GAGGTAAAACCGAGCCCGGTTAGCTTTGTTAATGTTTTTCCTGCGGTGTCGATTTCGAGA 768
Query 772 AGTATTAAGAAAGCTAACGTTTTTTATGGTTTGATGCTTAAATTGAGAGATGAATATGTG 831
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 769 AGCATTAAGAAAGCTAACGTTTTTTATGGTTTGATGCTTAAATTGGGAGATGAATATGTG 828
Query 832 AAGGACTTGTTTGTGGTTAGTTCGGCTATTTCTATGTATGCTGAGCTTGGCGATCTTGAG 891
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 829 AAGGACTTGTTTGTGGTTAGTTCGGCTATTTCTATGTATGCTGAGCTTGGTGATATTGAG 888
Query 892 TCATCAAGGAGAGTATTTGATTCTTGTGTTGAGAGGAACATTGAGGTTTGGAATACGATG 951
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 889 TCATCAAGGAGAGTGTTTGATTCTTGTGTTGAGAGAAACATCGAGGTTTGGAATACAATG 948
Query 952 ATAGGTGTTTATGTTCAGAATGATTGTCTCGTTGAAAGTATTGAGCTTTTTCTTGAAGCA 1011
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 ATAGGTGTTTATGTTCAGAATGATTGTCTGGTTGAAAGTATTGAGCTTTTTCTTGAAGCG 1008
Query 1012 ATAGGATCGAAAGAGATTGTGTCTGACGAAGTAACGTTCCTCTTGGCAGCGAGTGCTGTT 1071
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 ATAGGATCGAAAGAGATTGTGTCTGATGAAGTAACGTACCTCTTGGCAGCGAGTGCTGTT 1068
Query 1072 TCGGCGCTGCAGCAAGTAGAATTAGGCAGGCAGTTTCATGGTTTTGTGAGCAAGAACTTT 1131
|| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 TCAGCGTTGCAGCAAGTAGAACTAGGCAGGCAGTTTCATGGTTTTGTGAGCAAGAACTTT 1128
Query 1132 CGAGAGCTACCGGTTGTGATAATTAACTCATTGATGGTGATGTACTCAAGGTGTGGTTCT 1191
|||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 CGAGAGCTACCGATTGTGATTGTTAACTCGTTGATGGTGATGTACTCAAGGTGTGGTTCT 1188
Query 1192 GTGCACAAGTCATTTGGAGTCTTTCATTCGATgagagagagagaTGTTGTATCTTGGAAC 1251
||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1189 GTGCACAAGTCATTTGGAGTCTTTCTTTCCATGCGAGAGAGAGATGTTGTATCGTGGAAC 1248
Query 1252 ACTATGATCTCTGCATTTGTCCAAAATGGCCTAGATGATGAAGGATTGATGCTGGTTTAC 1311
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 ACTATGATCTCTGCATTTGTCCAAAATGGCTTAGATGATGAAGGATTGATGCTGGTTTAC 1308
Query 1312 GAGATGCAGAAGCAAGGGTTTAAGATTGATTACATAACTGTGACAGCTTTGCTTTCGGCT 1371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 GAGATGCAGAAGCAAGGGTTTAAGATTGATTACATAACTGTGACAGCTTTGCTTTCGGCT 1368
Query 1372 GCATCAAATCTTAGAAACAAGGAGATCGGGAAGCAGACTCATGGTTTCCTTATCAGGCAA 1431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1369 GCATCAAATCTTAGAAACAAGGAGATCGGGAAGCAGACTCACGCTTTCCTTATCAGGCAA 1428
Query 1432 GGCATTCAGTTTGAGGGAATGAATAGTTACCTTATCGACATGTATGCTAAGTCAGGTCTA 1491
|| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1429 GGGATTCAGTTCGAGGGAATGAACAGTTACCTTATCGACATGTATTCTAAGTCAGGTCTA 1488
Query 1492 ATTAGGATATCACAGAAGCTTTTTGAAGGAAGTGGCTATGCTGAAAGAGATCAAGCTACT 1551
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1489 ATTAGGATATCACAGAAGCTTTTTGAAGGAAGTGGTTATGCTGAAAGAGATCAGGCTACT 1548
Query 1552 TGGAATTCTATGATTTCCGGGTACACGCAGAATGGACACACAGAGGAAACGTTTCTAGTG 1611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1549 TGGAATTCTATGATTTCCGGGTACACGCAGAATGGACACACAGAGAAAACGTTTCTAGTG 1608
Query 1612 TTCAGGAAGATGTTAGAACAGAATATCCGACCCAATGCGGTAACTGTGGCATCAATTCTC 1671
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 TTCAGGAAGATGTTAGAACAGAATATACGACCCAATGCGGTAACTGTGGCATCAATTCTC 1668
Query 1672 CCTGCTTGTAGCCAAATAGGTAGTGTTGACTTAGGTAAACAGCTCCATGGTTTCTCTATC 1731
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 CCTGCTTGTAGCCAAATAGGTAGTGTTGACTTGGGTAAACAGCTCCATGGTTTCTCTATC 1728
Query 1732 AGGCGATACTTGGATCAGAACGTATTTGTCGCTTCTGCGTTAGTAGATATGTATTCAAAG 1791
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 AGGCAATACTTGGATCAGAACGTATTTGTGGCTTCTGCGTTAGTAGATATGTATTCAAAG 1788
Query 1792 GCAGGAGCAATAAAGTATGCAGAAGACATGTTTTCTCAAACGAAAGAGAGAAACTCCGTG 1851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1789 GCAGGAGCAATAAAGTATGCAGAAGACATGTTTTCTCAAACGAAAGAGAGAAATTCTGTG 1848
Query 1852 ACATACACCACGATGATATTGGGGTATGGTCAACATGGAATGGGCGAGAGAGCTATCTCG 1911
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 ACATACACCACGATGATACTGGGGTATGGCCAACATGGAATGGGCGAGAGAGCTATCTCG 1908
Query 1912 CTGTTTCTCTCAATGCAAGAGTCGGGAATCAAACCCGATGCTATCACCTTTGTTGCAGTG 1971
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1909 CTGTTTCTCTCAATGCAAGAGTCGGGAATCAAACCCGATGCTATAACCTTTGTTGCAGTG 1968
Query 1972 TTATCAGCTTGCAGCTATTCAGGTCTAGT-GAATGAAGGTCTAAAAATATTCGAGGAAAT 2030
||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1969 TTATCAGCTTGCAGCTATTCAGGTCTAATAGA-TGAAGGTCTCAAAATATTCGAGGAAAT 2027
Query 2031 GAGAGAAATTTATAACATTCAGCCTTCAAGTGAGCACTATTGCTGCATTACAGATATGTT 2090
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2028 GAGAGAAGTTTATAACATTCAGCCTTCAAGTGAGCACTATTGCTGCATTACAGATATGTT 2087
Query 2091 GGGGAGAGTTGGACGGGTTAATGAAGCCTACGAGTTTGTTAAAGGACTTGGTGAAGAAGG 2150
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 GGGGAGAGTTGGGCGGGTGAATGAAGCCTACGAGTTTGTTAAAGGACTTGGTGAAGAAGG 2147
Query 2151 GAACATAGCTGAGCTGTGGGGTTCACTACTCGGGTCTTGTAGACTACACGGTGAGCTTGA 2210
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2148 GAACATAGCTGAGCTATGGGGTTCACTACTCGGGTCTTGTAAACTACACGGTGAGCTTGA 2207
Query 2211 GCTTGCTGAAACTGTTTCAGAGAGGTTAGCTAAATTAGATAAAGGGAAGAACTTTTCCGG 2270
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 GCTTGCTGAAACTGTTTCGGAGAGGTTGGCTAAATTTGATAAAGGGAAGAACTTTTCCGG 2267
Query 2271 GTACGAGGTTTTGCTCTCGAATATGTATGCTGAGGAACAAAATTGGAAGAGCGTTGATAG 2330
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2268 GTATGAGGTTTTGCTCTCGAATATGTATGCTGAGGAACAAAAATGGAAGAGCGTTGATA- 2326
Query 2331 AG-TGAGGAAAGGAATGAGAGAAAAGGGTTTAAAGAAAGAAGTTGGTCGTAGTGGGATTG 2389
|| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 AGGTGAGGAGAGGAATGAGAGAAAAAGGTTTAAAGAAAGAAGTTGGTCGTAGTGGGATTG 2386
Query 2390 AAGTTGCAGGTCATGTCAACTGTTTTGTGTCTAGAGATCAAGAGCATCCTCACTCTGGTG 2449
|| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 2387 AAATTGCAGGTTACGTCAACTGTTTTGTGTCTAGAGATCAAGAGCATCCTCATTCTAGTG 2446
Query 2450 AGATTTATGATGTAATCGACGGTTTGGCTAAAGATATGAGAGGCGATTCGTTTCTGACAA 2509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2447 AGATTTATGATGTAATCGACGGTTTGGCTAAAGATATGAGAGGCGATTCGTTTCTGACAA 2506
Query 2510 CATTGCCAATTGTTACTCCAAGTTTGGAATTGGATGAGTGA 2550
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2507 CATTGCCAACTGTTACTCCAAGTTTGGAATTGGATGAGTGA 2547
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126571197189
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5