BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479811
Length=2526
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G23020.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3947 0.0
> AT3G23020.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:8177215-8179743 REVERSE LENGTH=2529
Length=2529
Score = 3947 bits (2137), Expect = 0.0
Identities = 2405/2535 (95%), Gaps = 15/2535 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTTGTTGAATCTTCGTTTAGATGGAAGTAGCTTACATGTTCTCTGTTCTACAAAAACC 60
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTTGTTGAATCTTCGTCTAGATGGAAGTAGCTTACATGTTCTCTGTTCTACAAAAACC 60
Query 61 TTACCGA--T-TTCGCCTCTCGATAAATTCCCATCCGTCAAGAAAGTGAAGCAGAATTAC 117
||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 TTACCGATTTCTTCGCCTCTCGATAAATTCCCATCTTTCAAGAAATTGAAGCAGAATTAC 120
Query 118 GTACCAGGAACTCACGACAGTGACAAAGGACCACAGAGAAGCACCAGAAATGGCGACCGA 177
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 121 GTACCAGGAACTCACGAGAGTGACAAAGGACCACAGAGAAGCACCAGAAATGGCGACAGA 180
Query 178 GGTTGTGGTACTGTTGCTCATGAAGTTGTCGCCGGAAAAAACTTACTTTTTGTAAACCCA 237
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 181 GGTTGTGGTACCGTTGCTCATGAAGTTGTCGCCGGAAAAAACTTACTTTTAGTAAACCCA 240
Query 238 GGTAATGGCAGCGTCGGAAAATCAGGTTTTAGTT-ATGGGTTTGTTGATAGGAGAAGTAA 296
||||||| |||||||||||||||| | | || ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 241 AGTAATGGTTGCGTCGGAAAATCAGGGATCA-TTGATGGGTTTGTTGATAAGAGAAGTAA 299
Query 297 AGATGGCG-GGTTTGGAGGGAATGGTATGGTTGGTAAAGTGCACACCAAGTGTTCGACGA 355
|||| ||| | ||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AGAT-GCGAGATTTGGTGGGAATGGTTTGGTTAGTGAAGTGCACACCAAGTGTTCGACGA 358
Query 356 AACGTCTGAGTTACGGAGGATGTATTCCCGCTATTCTAGAGGCTTTGGATTGTATTGAGG 415
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| |
Sbjct 359 AACGTCTGAGTTACGGAGGATGTATTCCCGCTATTTTAGAAGCTTTGGATAGTATTGAAG 418
Query 416 ATGTTGAAGATGCGTTGAGTCCTTGGGCAGAGAAGCTTAGTAACAAGGAGAGGACGATTA 475
|||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 419 ATGTTGAAGATGCGTTGAGTCCGTGGGCAGAGAGGCTTAGTAACAAGGAGAGAACGATTA 478
Query 476 TTTTAAAGGAGCAGACGCGGTGGGAGAGAGCGGTGGAGATTTTCGAGTGGTTTAAGAGTA 535
| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 479 TATTAAAGGAGCAGATACATTGGGAGAGAGCGGTGGAGATATTCGAATGGTTTAAGAGTA 538
Query 536 AGGGTTGTTATGAATTGAATGTGATTCATTATAATATCATGCTTC-GGATACTTGGGAAA 594
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 539 AAGGTTGCTATGAATTGAATGTGATTCATTATAATATCATGC-TCAGGATACTTGGGAAA 597
Query 595 GCTTGTAAATGGAGGTATGTGCAGAGTTTGTGGGATGAAATGATTAGGAAAGGTATCAAG 654
|||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GCTTGTAAGTGGAGGTATGTACAGAGTTTATGGGATGAAATGATTAGGAAAGGTATCAAG 657
Query 655 CCGATTAATTCGACGTATGGGACTCTCATCGATGTTTATAGCAAAGGCGGGCTTAAAGTA 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CCGATTAATTCGACGTATGGGACTCTCATCGATGTTTATAGCAAAGGCGGGCTTAAAGTA 717
Query 715 CATGCGCTTTGTTGGCTAGGGAAGATGAGTAAGATTGGGATGCAGCCTGATGAAGTTACG 774
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 718 CATGCGCTTTGTTGGTTAGGGAAGATGAGTAAGATTGGGATGCAGCCTGATGAAGTAACA 777
Query 775 ACGGGGATTGTTCTTCAAATGTATAAAAAGGCAAGAGAGTTTCAAAAAGCGGAGGAGTTT 834
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 778 ACAGGGATTGTTCTTCAAATGTATAAGAAGGCAAGAGAGTTTCAAAAAGCAGAGGAGTTT 837
Query 835 TTCAAGAAATGGTCGTGTGACGAAAACAAGGCGGATTCACATGTTTGCTTGAGCTCTTAT 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TTCAAGAAATGGTCGTGTGACGAAAACAAGGCGGATTCACATGTTTGCTTGAGCTCTTAT 897
Query 895 ACTTACAACACGATGATTGATACGTATGGTAAGTCCGGTCAGATAAAAGAGGCTTCAGAG 954
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 898 ACTTACAACACGATGATTGATACGTATGGTAAGTCCGGTCAGATAAAAGAAGCTTCAGAG 957
Query 955 ACGTTCAAGAGGATGCTAGAAGAAGGGATTGTTCCAACCACAGTGACTTTTAATACCATG 1014
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 ACGTTTAAGAGGATGCTAGAAGAAGGGATTGTTCCAACCACAGTGACTTTTAATACCATG 1017
Query 1015 ATTCATGTTTATGGCAATAATGGTCAGTTTGGTGAAGTCACTTCTTTGATGAAAACAATG 1074
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 ATTCATATTTATGGCAATAATGGTCAGCTTGGTGAAGTCACTTCTTTGATGAAAACAATG 1077
Query 1075 AAGTTTCATTGCGCACCTGATACAAGAACATATAACATTCTGATTTCACTTCACACGAAG 1134
||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 AAGCTTCATTGTGCACCTGATACAAGAACGTATAACATTCTGATTTCACTTCACACGAAG 1137
Query 1135 AACAACGATATAGAAAGGGCAGG-GACCTACTTCAAGGAAATGAAAGGCGCTGGGCTTAA 1193
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1138 AACAACGATATAGAAAGGGCAGGAG-CCTACTTCAAGGAAATGAAAGACGATGGGCTTAA 1196
Query 1194 ACCGGATCCTGTAAGTTACCGCACTCTCCTCTATGCATTCTCGATTAGACATATGGTTGA 1253
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 ACCGGATCCTGTAAGTTACCGCACTCTCCTATATGCATTCTCGATTAGACATATGGTTGA 1256
Query 1254 GGAAGCTGAAGAGCTTATAGCAGAGATGGATGATAATGATGTTGAGATTGATGAGTATAC 1313
||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1257 GGAAGCTGAAGGGCTTATAGCTGAGATGGATGATGATAATGTTGAGATAGATGAGTATAC 1316
Query 1314 ACAATCTGCTCTCACTAGAATGTATATAGAAGCAGAGATGCTTGAGAAATCATGGTCATG 1373
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 ACAATCTGCTCTCACTAGAATGTATGTAGAAGCAGAGATGCTTGAGAAATCATGGTCATG 1376
Query 1374 GTTCAAAAGGTTTCATGTTGCGGGTAATATGAGTTCTGAAGGCTATTCAGCCAACATTGA 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1377 GTTCAAAAGGTTTCATGTTGCGGGTAATATGAGTTCTGAAGGCTATTCAGCCAACATCGA 1436
Query 1434 TGCATATGGTGAGCGTGGATATTTATCAGAAGCCGAGAGGGTATTTATCTGCTGCCAAGA 1493
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1437 TGCATATGGTGAGCGTGGATATTTATCAGAAGCTGAGAGAGTGTTTATCTGCTGCCAAGA 1496
Query 1494 AGTAAATAAGAGAACAGTTCTTGAGTACAACGTAATGATCAAAGCTTATGGAATTAGTAA 1553
||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1497 AGTGAATAAGAGAACAGTTATTGAGTACAATGTAATGATCAAAGCGTATGGAATTAGTAA 1556
Query 1554 AAGCTGTGAAAAGGCGTGTGAGTTATTTGAGAGCATGATGAGTTATGGGGTCACACCGGA 1613
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 AAGCTGTGAAAAGGCATGTGAGTTATTTGAGAGCATGATGAGTTATGGGGTCACACCGGA 1616
Query 1614 TAAGTGTACATATAATACTCTCGTCCAGATCCTTGCGAGCGCCGACATGCCTGATAAAGC 1673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1617 TAAGTGTACATATAATACTCTCGTCCAGATCCTTGCGAGTGCCGACATGCCTCATAAAGG 1676
Query 1674 CAAATGCTACCTGGAAAAAATGAGAGAGACGGGATATGTGAGCGATTGTATACCTTACTG 1733
| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1677 TAGATGCTACTTGGAGAAAATGAGAGAGACGGGATATGTGAGCGATTGCATACCATACTG 1736
Query 1734 TGCTGTGATTTCGAGCTTTGTGAAACTGGGTCAGCTCAATATGGCAGAGGAAGTGTATAA 1793
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TGCTGTGATATCGAGCTTTGTGAAACTCGGTCAGCTCAATATGGCAGAGGAAGTGTATAA 1796
Query 1794 AGAGATGGTTGAGTACAATATCGAACCCGATGTTGTTGTATATGGCGTCTTGATCAATGC 1853
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1797 AGAGATGGTTGAGTACAATATCGAACCTGATGTTGTTGTATATGGAGTCTTGATCAATGC 1856
Query 1854 TTTTGCGGATACTGGAAACGTTCAGCAAGCTATGAGTTATGTAGAAGCGATGAAAGAAGC 1913
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 TTTTGCAGATACTGGAAATGTTCAGCAAGCTATGAGTTACGTAGAAGCGATGAAAGAAGC 1916
Query 1914 TGGAATTCCGGAAAACTCTGTTATATACAATTCTCTGATCAAGCTCTACACTAAAGTCGG 1973
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1917 TGGAATCCCGGGAAACTCTGTTATATACAATTCTCTGATTAAGCTCTACACCAAAGTCGG 1976
Query 1974 GTACTTAGATGAAGCTGAAGCAATATACAGAAAGCTTCTTCGATCGTGTAACGAGACACA 2033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||
Sbjct 1977 GTACTTAGATGAAGCTGAAGCAATATACAGAAAGCTTCTTCAATCGTGTAACAAGACGCA 2036
Query 2034 GTATCCGGATGTATATACATCAAATTGTATGATCAACCTGTATAGTC-AAAGATCGATGG 2092
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 2037 ATATCCGGATGTATATACATCAAACTGTATGATCAACCTGTATAG-CGAAAGATCGATGG 2095
Query 2093 TGAGAAAAGCGGAAGCTATATTCGAAAGCATGAAACAGAGAAGAGAAGCAAACGAGTTTA 2152
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2096 TGAGAAAAGCAGAAGCTATATTCGATAGCATGAAACAGAGAGGAGAAGCAAACGAGTTTA 2155
Query 2153 CCTTCGCGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAACGGTAGGTTTGAAGAAGCGACTCAGA 2212
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 CCTTTGCGATGATGTTATGTATGTACAAGAAGAACGGTCGGTTTGAAGAAGCGACTCAGA 2215
Query 2213 TAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAGGATTCTAACTGATCCGTTGAGTTATAACAGCGTTC 2272
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2216 TAGCAAAACAGATGAGAGAGATGAAGATTCTAACTGATCCGTTGAGCTACAACAGCGTTC 2275
Query 2273 TCGGTTTATAT-GCTTTAGACGGAAGATTCAAAGAAGCTGTTGAGACATTCAAAGAGATG 2331
|||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 TCGGCTTAT-TCGCTTTAGACGGGAGATTCAAAGAAGCTGTTGAGACATTCAAAGAGATG 2334
Query 2332 GTGTCATCTGGAATTCAACCTGATGACTCAACGTTCAAATCACTTGGAACCATTTTGATA 2391
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 2335 GTGTCATCTGGAATTCAACCTGATGACTCAACGTTCAAATCACTAGGAACCATTCTGATG 2394
Query 2392 AAACTTGGGATGTCGAAAAAAGCTGTTCGTAAGATCGAAGAAATTAGGAAAAAAGAGATT 2451
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 AAACTTGGGATGTCGAAAAAAGCTGTTCGTAAGATCGAAGAAATTAGGAAAAAAGAGATC 2454
Query 2452 AAGCGAGGATTAGAATTATGGATCTCAACTCTCTCATCTCTTGTTGGGATTGAAGATTGC 2511
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2455 AAGCGAGGATTAGAGCTATGGATCTCAACTCTCTCATCTCTTGTTGGGATTGGAGATTGT 2514
Query 2512 GAGGACGAGCTTTAG 2526
| ||||||||||||
Sbjct 2515 GTCGACGAGCTTTAG 2529
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125367190557
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5