BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479822
Length=1478
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G31422.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:1279... 2165 0.0
AT5G28141.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:1011... 2039 0.0
AT5G28673.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:1070... 1993 0.0
AT1G35745.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:1324... 1925 0.0
AT2G10405.1 | Symbols: | transposable element gene | chr2:4005... 612 3e-174
AT2G10410.1 | Symbols: SADHU1-1 | transposable element gene | c... 121 2e-26
> AT3G31422.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:12792940-12795066
REVERSE LENGTH=2127
Length=2127
Score = 2165 bits (1172), Expect = 0.0
Identities = 1378/1479 (93%), Gaps = 7/1479 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATAATGTTTCCATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATACATCATTATATG 60
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Sbjct 653 AATAATGTTTCAATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATTCATCATTATATG 712
Query 61 GGCATTACTTGTCATTGGGTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 120
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Sbjct 713 GGTATTACTTCTTATTGGCTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 772
Query 121 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCCGataatatttttaaattaataaaaataatttta 180
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Sbjct 773 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCTGATAATATTTTTAAATTAATAAAAATAATTTTA 832
Query 181 gaagaatataatttaacaaacagaatattttctatttCGTTTGACAATGCATCCGCTAAT 240
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Sbjct 833 GAAGAATATAATTTAACAAACAAAATATTTTCTATTTCTTTTGATAATGCATCCGCTAAT 892
Query 241 ACTGCTTCTATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGTGGAAAATATTTT 300
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 893 ACGGCTTCCATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGAGGAAAATATTTT 952
Query 301 CATGTTCGATGCATTTGTCAAGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCT 360
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Sbjct 953 CATGTTCGATGCATTTGTCATGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCT 1012
Query 361 CAAAATAACCTTGTTTCACCGATCAAAAATGCTTTGAATTATTTGTGGGGGCACCCACAA 420
|||||||| ||| |||| || || |||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 1013 CAAAATAATCTTATTTCTCCAATTAAAACTGCTTTGAATTATTTATGGGGTCATCCACAA 1072
Query 421 TTAATGAAAAAATGGTTTCGATTTTGTAAATTGCATAACGTATCTCCCAAAAGGTTTTCT 480
|||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1073 TTAAAG-AAAAATGGTTTCGATTTTGTAAAATGCATAATGTATCCCCCAAAAGGTTTTCT 1131
Query 481 CGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTAT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 CGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTAT 1191
Query 541 AAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGTAGTTCTTTAACTTTATGGACAACT 600
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Sbjct 1192 AAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGCAGTTCTTTAACTTTATGGCCCACT 1251
Query 601 CATTGGGATGATTGTAGTGCACTTTTAAAATTGTTAAAATGTTTCAATGATGCAACATTT 660
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Sbjct 1252 CATTGGGATGATTGTAATGCACTTTTAAAGTTATTAAAATGTTTTAATGATGCAACATTT 1311
Query 661 TTGTTATCTGGTGTTTATTATCCTACTAGTCATTTACTTTTATATGAATGTGTTAATATT 720
|| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 TTATTATCCGGTGTTTATTATCCTACTAGTCATGTACTTTTATATGAATGTGTTAATATT 1371
Query 721 GCTGATGTGATGCATGAACATGGAAATAATATTGCTTTGTCAACATGCATA-CAAACTAT 779
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Sbjct 1372 GCTGATGTGATGCATGAACATGAAAATAATACTGTTTTGTCATCATGCATAACTAG-TAT 1430
Query 780 GAGAGATAAATGGATAAAATACTATAGAGAAATTCCACCTCTTAATTTGCTTGCATCCGT 839
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Sbjct 1431 GAGAGATAAATGGTTAAAATACTATAGAGAAATCCCATCTCTTAATTTGCTTGCATGTGT 1490
Query 840 TTTTGATCCTCGAACTAAATTTGATACTTTGTATGATTACCTCATCGCATATTATGATTT 899
|||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1491 TTTTGATCTTCGAACTAAATTTGATGGTTTATATGATTACCTCATCGCATATTATGATCT 1550
Query 900 ATTGCATTTGTCTGATAGTATTGATGTTCCTAGCATTATTTCAAACTTAAGAATAGACAT 959
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Sbjct 1551 ATTGCATTTGTCTGATAGTATTAATGTCCCAAGCATTATTTCCAACTCAAGAAAAGACAT 1610
Query 960 AGAAAATTTATATGATGAATATTATAGAATATATCAGCATATGGCACCACAAGAAACTGA 1019
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Sbjct 1611 AGAAAATTTGTATGATGAATATTATAGATTACATGAGCATTTGGTACCACAAGGAACTGA 1670
Query 1020 ATCATCTCTTCAAACTAATATCTCATCAACTTCTAAGTTAAGTCTTGCAGAAAGAATGCG 1079
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Sbjct 1671 ATCATCTCTACAAAATGATATGTTATCAACTTCTACGTTAAGTCTTGTAGAAAGAATGCG 1730
Query 1080 GCGACAG-AAAAGGCAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTCAAAAATATTTAT 1138
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1731 GCGAC-GTAAAAGGCAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTGAAAAATATTTAT 1789
Query 1139 CTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGTAGGTAATAACTTTCAAATCATTCATTGGT 1198
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Sbjct 1790 CTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGCAGGCAATAACTTTCAAATCATTCATTGGT 1849
Query 1199 GGAAGAGCCACCAATCTCACTATCCGATTTTGGCCATGATCGCAAAAGACGTTTTTTCTT 1258
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Sbjct 1850 GGAAGAGTCATCAATCTCAATATCCAATTTTAGCCATGATCGCAAAAGACGTTCTTTCTT 1909
Query 1259 CACCAGTTTCTACAGTTTCGGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGACG 1318
|||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1910 CACCCGTTTTTACAGTTTCCGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGATG 1969
Query 1319 AAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCCCAGGCATGTCTTGATGATTGGA 1378
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Sbjct 1970 AAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCTCAAGCATGTCTTGACGATTGGA 2029
Query 1379 CCAGGGCCGAATATAGACAACAAGAATTCCTTCGAGAAAATGAAGAAGA-TGTAGAAGAT 1437
||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||
Sbjct 2030 CCAAAGCCGGATATAGACAACAAGAATTCCTTCGAGAGAATGAAGAAGAAT-TAGAAGAT 2088
Query 1438 ATTGATAGTGATGTATCGTCAACGAGATCAGAAGATAGT 1476
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Sbjct 2089 ATTGATAGTGATGTATCATCAACGAGATCAGAAGATAGT 2127
> AT5G28141.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:10117450-10118928
REVERSE LENGTH=1479
Length=1479
Score = 2039 bits (1104), Expect = 0.0
Identities = 1359/1483 (92%), Gaps = 13/1483 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATAATGTTTCCATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATACATCATTATATG 60
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Sbjct 1 AATAATGTTTCAATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATTCATCATTATATG 60
Query 61 GGCATTACTTGTCATTGGGTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 120
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Sbjct 61 GGAATTACTTCTCATTGGCTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 120
Query 121 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCCGataatatttttaaattaataaaaataatttta 180
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Sbjct 121 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCTGATAATATTTTTAAATTAATAAAAATAATGTTA 180
Query 181 gaagaatataatttaacaaacagaatattttctatttCGTTTGACAATGCATCCGCTAAT 240
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 181 GAAGAATATAATTTAACAAACAAAATATTTTCTATTTCGTTTGATAATGCATCCGCTAAT 240
Query 241 ACTGCTTCTATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGTGGAAAATATTTT 300
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 ACTGCTTCCATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGAGGAAAATATTTT 300
Query 301 CATGTTCGATGCATTTGTCAAGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCT 360
|||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CATGTTCGATGCATTTGTCACGTCTTAAATTTATGTTTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCT 360
Query 361 CAAAATAACCTTGTTTCACCGATCAAAAATGCTTTGAATTATTTGTGGGGGCACCCACAA 420
|||||| | ||| ||||||| || |||| |||||||||||||| |||| || ||||||
Sbjct 361 CAAAATTATCTTATTTCACCAATTAAAACTGCTTTGAATTATTCACGGGGTCATCCACAA 420
Query 421 TTAATGAAAAAATGGTTTCGATTTTGTAAATTGCATAACGTAT-CTCCCAAAAGGTTTTC 479
|||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||
Sbjct 421 TTAATGAAAAAATGGTTTCGGTTTTGTAAA-TGCATAATGTATCCT-CCAAAAGGTTTTC 478
Query 480 TCGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTA 539
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 TTGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTA 538
Query 540 TAAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGTAGTTCTTTAACTTTATGGA-CAA 598
||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 539 TAAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTTAATAAAATTACAGTTCTTTAACTTTATGGCTCA- 597
Query 599 CTCATTGGGATGATTGTAGTGCACTTTTAAAATTGTTAAAATGTTTCAATGATGCAACAT 658
|||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||| |
Sbjct 598 CTCATTGGGATGCTTGTAATGCACTTTTAAAGTTATTAAAATGTTTTAGTGATGCAACGT 657
Query 659 TTTTGTTATCTGGTGTTTATTATCCTACTAGTCATTTACTTTTATATGAATGTGTTAATA 718
|||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 658 TTTTATTATCCAGTGTTTATTATCATACTAGTCATTTACTTTTATATGAATGTGTTCATA 717
Query 719 TTGCTGATGTGATGCATGAACATGGAAATAATATTGCTTTGTCAACATGCATA-CAAACT 777
|||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| | | |
Sbjct 718 TTGCTGATGTGATGAATGAACATGAAAATAATATTGTTTTGTCATCATGCATAACTAG-T 776
Query 778 ATGAGAGATAAATGGATAAAATACTATAGAGAAATTCCACCTCTTAATTTGCTTGCATCC 837
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Sbjct 777 ATGAGAGATAAATGGTTAAAATACTATAGATAAATCCCACCTCTTAATTTGCTTGCATCT 836
Query 838 GTTTTTGATCCTCGAACTAAATTTGATACTTTGTATGATTACCTCATCGCATATTATGAT 897
|||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 837 GTTTTTGATCTTCGAACTAAATTTGATAGTTTATATGATTACTTCGTCGCATATTATAAT 896
Query 898 TTATTGCATTTGTCTGATAGTATTGATGTTCCTAGCATTATTTCAAACTTAAGAATAGAC 957
|||| |||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||| ||||| ||||
Sbjct 897 CTATTACATTTGTCTGATAGTATTAATGTTCCAAACATTATTTTTAACTCAAGAAAAGAC 956
Query 958 ATAGAAAATTTATATGATGAATATTATAGAATATATCAGCATATGGCACCACAAGAAACT 1017
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Sbjct 957 ATAGAAAATTTGTATGATGAATATTATAGATTATATGAGCATTTGGTACCACAAGGAACT 1016
Query 1018 GAATCATCTCTTCAAACTAATATCTCATCAACTTCTAAGTTAAGTCTTGCAGAAAGAATG 1077
||||||||||| |||| | |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GAATCATCTCTACAAAATGATATGTCATAAACTTCTACGTTAAGTCTTGCAGAAAGAATG 1076
Query 1078 CGGCGACAG-AAAAGGCAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTCAAAAATATTT 1136
||||||| | |||| |||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1077 CGGCGAC-GTAAAACGCAATGACCATCACAAGATAATAATGCAAAACTTGAAAAATATTT 1135
Query 1137 ATCTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGTAGGTAATAACTTTCAAATCATTCATTG 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1136 ATCTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGCAGGTAATAACTTTCAAAACATTCATTG 1195
Query 1197 GTGGAAGAGCCACCAATCTCACTATCCGATTTTGGCCATGATCGCAAAAGACGTTTTTTC 1256
||||||||| ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 GTGGAAGAGTCACCAATCTTAATATCCAATTTAA-CCATGATCGCAAAAGACGTTTTTTC 1254
Query 1257 TTCACCAGTTTCTACAGTTTCGGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGA 1316
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 TTCACCCGTTTCTACAGTTTCCGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGA 1314
Query 1317 CGAAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCCCAGGCATGTCTTGATGATTG 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| || |||||
Sbjct 1315 TAAAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCTCAAGCATATCT-GACGATTG 1373
Query 1377 GACCAGGGCCGAATATAGACAACAAGAATTCCTTCGAGAAAATGAAGAAGA-TGTAGAAG 1435
|||||| |||| |||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||| | ||||||
Sbjct 1374 GACCAGAGCCGGATATAGACAAAAAGAATTCTTTCAAGAGAATGAAGAAGAAT-TAGAAG 1432
Query 1436 ATATTGATAGTGATGTATCGTCAACGAGATCAGAAGATAGTGA 1478
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 ATATTGATAGTGATGTATCATCAACGAGATCAGAAGATAGTGA 1475
> AT5G28673.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:10706347-10708619
REVERSE LENGTH=2273
Length=2273
Score = 1993 bits (1079), Expect = 0.0
Identities = 1348/1477 (91%), Gaps = 22/1477 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATAATGTTTCCATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATACATCATTATATG 60
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 806 AATAATGTTTCAATATGCTCTGATATTTGGAGGGATCAGTGGCAAATTCATCATTATATG 865
Query 61 GGCATTACTTGTCATTGGGTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 120
|| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 GGTATTACTTCTCATTGGCTTGATAGTGATTAGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 925
Query 121 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCCGataatatttttaaattaataaaaataatttta 180
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 CGAGTTTTTTATGAAAGACATACATCCAATAATATTTTTAAATTAATAAAAATAATTTTA 985
Query 181 gaagaatataatttaacaaacagaatattttctatttCGTTTGACAATGCATCCGCT-AA 239
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||
Sbjct 986 GAAGAATATAATTTAACAAACAAAATATTTTCTATTTCTTTTGATAATGCATCCG-TGAA 1044
Query 240 TACTGCTTCTATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGTGGAAAATATTT 299
|||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1045 TACTTCTTCCATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGAGGAAAATATTT 1104
Query 300 TCATGTTCGATGCATTTGTCAAGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTC 359
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1105 TCATGTTCGATGCATTTGTCATGTCTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTTGTTTC 1164
Query 360 TCAAAATAACCTTGTTTCACCGATCAAAAATGCTTTGAATTATTTGTGGGGGCACCCACA 419
||||||||| ||| |||| || || |||| | ||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 1165 TCAAAATAATCTTATTTCTCCAATTAAAACTACTTTGAATTATTTATGGGGTCATCCACA 1224
Query 420 ATTAATGAAAAAATGGTTTCGATTTTGTAAATTGCATAACGTATCTCCCAAAAGGTTTTC 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1225 ATTAATGAAAAAATGGTTTCGATTTTGTAAATTGCATAATGTATC-CCCAAAAGGTTTTC 1283
Query 480 TCGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1284 TCGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTA 1343
Query 540 TAAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGTAGTTCTTTAACTTTATGGACAAC 599
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1344 TAAAGATTTATTGTATAGTTTTATTCAACAAAATAGCAGTTCTTTAACTTTATGGCCCAC 1403
Query 600 TCATTGGGATGATTGTAGTGCACTTTTAAAATTGTTAAAATGTTTCAATGATGCAACATT 659
||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 1404 TCATTGGGATGATTGTAATGCACTTTTAAAGTTATTAAAATGTTTTAATGATGCAATGCT 1463
Query 660 TTTGTTAT-CTGGTGTTTATTATCCTACTAGTCATTTACTTTTAT-ATGAATGTGTTAAT 717
||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1464 TTTATTATTC-GGTGTTTATTATCCTACTAGTCATTTACTTTTTTTATGAATGTGTTAAT 1522
Query 718 ATTGCTGATGTGATGCATGAACATGGAAATAATATTGCTTTGTCAACATGCATA-CAAAC 776
||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| | |
Sbjct 1523 ATTGCTGATCTGATGCACGAACATGAAAATAATATTGTTTTGTCATCATGCATAACTAG- 1581
Query 777 TATGAGAGATAAATGGATAAAATACTATAGAGAAATTCCACCTCTTAATTTGCTTGCATC 836
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1582 TATGAGAGATAAATGGTTAAAATACTATAGAGAAATCCCACCTTTTAATTTGCTTGCATC 1641
Query 837 -CGTTTTTGATCCTCGAACTAAATTTGATACTTTGTATGATTACCTCATCGCATATTATG 895
| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| || |||||||||
Sbjct 1642 TC-TTTTTGATCCTCGAACTAAATTTGATGGTTTATATGATTATCTCGTCACATATTATG 1700
Query 896 ATTTATTGCATTTGTCTGATAGTATTGAT----GTTCCTAGCATTATTTCAAACTTAAGA 951
|| |||| ||||||| |||||||||| || ||| | ||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1701 ATCTATTACATTTGTTTGATAGTATTAATTAATGTTTCAAGCATTATTTCCAACTCAAGA 1760
Query 952 ATAGACATAGAAAATTTATATGATGAATATTATAGAATATATCA-GCATATGGCACCACA 1010
| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||
Sbjct 1761 AAAGACACAGAAAATTTGTATGATAAATATTATAGATTATAT-ATGCATTTGGTACCACA 1819
Query 1011 AGAAACTGAATCATCTCTTCAAACTAATATCTCATCAACTTCTAAGTTAAGTCTTGCAGA 1070
|| |||| |||||||||| |||| | |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1820 AGGAACTTAATCATCTCTACAAA-TGATATGTCATCAACTTCTACGTTAAGTCTTCCAGA 1878
Query 1071 AAGAATGCGGCGACAG-AAAAGGCAACGACCATCACAAGGTAATAAT-GCTGAACTTCAA 1128
||||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1879 AAGAATGCGACGAC-GTAAAAGGCAATGACCATCACAAGGTAATAATTGCTGAACTTGAA 1937
Query 1129 AAATATTTATCTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGTAGGTAATAACTTTCAAATC 1188
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1938 AAATATTTATATACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGCAGGAAATAACTTTCAAATC 1997
Query 1189 ATTCATTGGTGGAAGAGCCACCAATCTCACTATCCGATTTTGGCCATGATCGCAAAAGAC 1248
||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1998 ATTCATTGGTGGAAGAGTCACCAATCTCAATATTCAATTTTAGCCATGATCGCAAAAGAC 2057
Query 1249 GTTTTTTCTTCACCAGTTTCTACAGTTTCGGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAA 1308
||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2058 GTTCTTTCTTCACCCGTTTCTACAGTTTCCATCGAGCGAGCTTTTAACATGGGAGGTCAA 2117
Query 1309 ATACTAGACGAAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCCCAGGCATGTCTT 1368
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2118 ATACTAGATGAAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCTCAAGCATGTCTT 2177
Query 1369 GATGATTGGACCAGGGCCGAATATAGACAACAAGAATTCCTTCGAGAAAATGAAGAAGA- 1427
|| ||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2178 GACGATTGGACCAGAGCCGGATATAGACATCAAAAATTCCTTCGAGAGAATGAAGAAGAA 2237
Query 1428 TGTAGAAGATATTGATAGTGATGTATCGTCAACGAGA 1464
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2238 T-TAGAAGATATTGATAGTGATGTATCATCAACGAGA 2273
> AT1G35745.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:13248054-13249824
REVERSE LENGTH=1771
Length=1771
Score = 1925 bits (1042), Expect = 0.0
Identities = 1275/1387 (92%), Gaps = 17/1387 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 76 TGGGTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTTCGAGTTTTTGATGAA 135
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 398 TGGCTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTTCGAGTTTTTTATGAA 457
Query 136 AGACATACATCCGataatatttttaaattaataaaaataattttagaagaatataattta 195
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 458 AGACATACGTCTGATAATATTTTTAAATTAATAAAAATAAATTTAGAAGAATATAATTTA 517
Query 196 acaaacagaatattttctatttCGTTTGACAATGCATCCGCTAATACTGCTTCTATTGAT 255
||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 518 ACAAACAAAATATTTTCTATTTCTTTTGATAATGCATCCGCTAATACTGCTTCCATTGAT 577
Query 256 GAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGTGGAAAATATTTTCATGTTCGATGCATT 315
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 578 GAATTAATAAATAATTGTAGTCTTATTTTAGGAGGAAAATATTTTCATGTTCGATGCATT 637
Query 316 TGTCAAGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCTCAAAATAACCTTGTT 375
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Sbjct 638 TGTCATGTCTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCTCAAAATAATCTTATT 697
Query 376 TCACCGATCAAAAATGCTTTGAATTATTTGTGGGGGCACCCACAATTAATGAAAAAATGG 435
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Sbjct 698 TCTCCAATTAAAACTGCTTTGAATTATTTATGGGGTCATCCACAATTAATGAAAAAATGG 757
Query 436 TTTCGA-TTTTGTAAATTGCATAACGTATCTCCCAAAAGGTTTTCTCGAGATGTTCCTAC 494
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Sbjct 758 TTTC-AGTTTTGTAAAATGCATAATGTATCTCCCAAAAGGTTTTCTTGAGATGTTTTTAC 816
Query 495 TCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTATAAAGATTTATTGTG 554
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Sbjct 817 TCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTATAAATATTTATTGTG 876
Query 555 TAGTTTTATTCAACAAAATTGTAGTTCTTTAACTTTATGGACAACTCATTGGGATGATTG 614
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Sbjct 877 TAGTTTTATTCAACAAAATTGCAGTTCTTTAACTTTATGGCCCACTCATTGGGATGATTG 936
Query 615 TAGTGCACTTTTAAAATTGTTAAAATGTTTCAATGATGCAACATTTTTGTTATCTGGTGT 674
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Sbjct 937 TAATGCACTTTTAAAGTTATTAAAATGTTTTAATGATGCAACGTTTTTATTATCCAGTGT 996
Query 675 TTATTATCCTACTAGTCATTTACTTTTATATGAATGTGTTAATATTGCTGATGTGATGCA 734
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Sbjct 997 TTATTATCATACTAGTCATTTACTTTTATATGAATGTGTTAATATTGCTGATGTGATGCA 1056
Query 735 TGAACATGGAAATAATATTGCTTTGTCAACATGCATA-CAAACTATGAGAGATAAATGGA 793
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Sbjct 1057 TGAACATGAAAATAATACTGTTTTGTCATCATGCATAACTAG-TATGAGAGATAAATGGT 1115
Query 794 TAAAATACTATAGAGAAATTCCACCTCTTAATTTGCTTGCATCCGTTTTTGATCCTCGAA 853
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Sbjct 1116 TTAAATACTATAGAGAAATTCCACCTCTTAATTTGCTTGCATCTATTTTTGATCCTCGAA 1175
Query 854 CTAAATTTGATACTTTGTATGATTACCTCATCGCATATTATGATTTATTGCATTTGTCTG 913
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Sbjct 1176 CTAAATTTGATGGTTTATTTGATTACCTCGTCGCATATTATGATCTATTACATTTGTCTG 1235
Query 914 ATAGTATTGATGTTCCTAGCATTATTTCAAACTTAAGAATAGACATAGAAAATTTATATG 973
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Sbjct 1236 ATAGTATTAA-GTTCCAAGCATTATTTCCAACTCAAGAAAAGACATAGAAA-TTTGTATG 1293
Query 974 ATGAATATTATAGAATATATCAGCATATGGCACCACAAGAAACTGAATCATCTCTTCAAA 1033
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Sbjct 1294 ATGAATATTATA---TG-A---GCATTTAGTACCACAAGGAACTGAATCATCTCTACAAA 1346
Query 1034 CTAATATCTCATCAACTTCTAAGTTAAGTCTTGCAGAAAGAATGCGGCGACAGAA-AAGG 1092
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Sbjct 1347 ATGATATGTCATCAACTTCTATGTTAAGTCTTGCAGAAAGAATGCGTCGAC-GTAGAAGG 1405
Query 1093 CAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTCAAAAATATTTATCTACTAATTTTGAG 1152
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Sbjct 1406 CAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTGAAAAATATTTATCTACTAATTTTGAG 1465
Query 1153 TTTAGTGATGCAGATGTAGGTAATAACTTTCAAATCATTCATTGGTGGAAGAGCCACCAA 1212
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Sbjct 1466 TTTAGTGATGCAGATGCAGGTAATAACTTTCAAATCATTCATTGGTGGAAGAGTCACCAA 1525
Query 1213 TCTCACTATCCGATTTTGGCCATGATCGCAAAAGACGTTTTTTCTTCACCAGTTTCTACA 1272
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Sbjct 1526 TCTCAATATCCAATTTTAGCCATGATCGCAAAAGACGTTCTTTCTTCACCCGTTTCTACA 1585
Query 1273 GTTTCGGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGACGAAACTCGATCAAGA 1332
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Sbjct 1586 TTTTCCGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTTAAATACTAGATGAAACTCGATCAAGA 1645
Query 1333 ATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCCCAGGCATGTCTTGATGATTGGACCAGGGCCGAATAT 1392
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Sbjct 1646 ATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCTCAAGCATGTCTTGACGATTGGACCAGAGCCGGATAT 1705
Query 1393 AGACAACAAGAATTCCTTCGAGAAAATGAAGAAGA-TGTAGAAGATATTGATAGTGATGT 1451
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Sbjct 1706 AGACAACAAGAATTCCTTCGAGAGAATGAAGAAGAAT-TAGAAGATATTGATAGTGATTT 1764
Query 1452 ATCGTCA 1458
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Sbjct 1765 ATCATCA 1771
> AT2G10405.1 | Symbols: | transposable element gene | chr2:4005579-4006116
FORWARD LENGTH=538
Length=538
Score = 612 bits (331), Expect = 3e-174
Identities = 410/448 (92%), Gaps = 5/448 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 157 tttaaattaataaaaataattttagaagaatataatttaacaaacagaatattttctatt 216
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Sbjct 58 TTTAAATTAATAAAAATAATTATAGAAAAATATAATTTAACAAACAAAAGATTTTCTATT 117
Query 217 tCGTTTGACAATGCATCCGCTAATACTGCTTCTATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGT 276
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Sbjct 118 TTGTTTGATAATGCATCCGCTAATATTGCTTCCATTGATGAATTAATAAATAATTATAGT 177
Query 277 CCTATTTTAGGTGGAAAATATTTTCATGTTCGATGCATTTGTCAAGTTTTAAATTTATGT 336
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Sbjct 178 CTTATTTTAGGTGGAAAACATTTTCATGTTCGATGCATTTGTCATGTTTTAAATTTATGT 237
Query 337 GTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCTCAAAATAACCTTGTTTCACCGATCAAAAATGCTTTG 396
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Sbjct 238 GTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCTCAAAATAATCTTATTTCACCAATTAAAACTACGTTG 297
Query 397 AATTATTTGTGGGGGCACCCACAATTAATGAAAAAATGGTTTCGATTTTGTAAATTGCAT 456
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Sbjct 298 AATTATTTATGGGGTCATCCACAATTAATGAAAAAATGGTTT-GATTTTGTAAAATGCAT 356
Query 457 AACGTATCTCCCAAA-AGGTTTTCTCGAGATGTTCCTACTC-GTTGGAATTCAACATATG 514
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Sbjct 357 AACATATCCCCCAAACAG-TTTTCTCGAGATGTTCCTACTCAGT-GGAATTCAACATATT 414
Query 515 ATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTATAAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATT 574
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Sbjct 415 ATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTATAAACATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATC 474
Query 575 GTAGTTCTTTAACTTTATGGACAACTCA 602
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Sbjct 475 GCAGTTCTTTAGCTTAATGGCCCACTCA 502
> AT2G10410.1 | Symbols: SADHU1-1 | transposable element gene |
chr2:4005995-4007044 REVERSE LENGTH=1050
Length=1050
Score = 121 bits (65), Expect = 2e-26
Identities = 79/86 (92%), Gaps = 0/86 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 517 ATGCTTGTTGATTCTATTGGTTATAAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGT 576
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Sbjct 1050 ATGCTTGTTGATTCTATTGGTTATAAACATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATCGC 991
Query 577 AGTTCTTTAACTTTATGGACAACTCA 602
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Sbjct 990 AGTTCTTTAGCTTAATGGCCCACTCA 965
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72891191340
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5