BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg479822 Length=1478 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G31422.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:1279... 2165 0.0 AT5G28141.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:1011... 2039 0.0 AT5G28673.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:1070... 1993 0.0 AT1G35745.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:1324... 1925 0.0 AT2G10405.1 | Symbols: | transposable element gene | chr2:4005... 612 3e-174 AT2G10410.1 | Symbols: SADHU1-1 | transposable element gene | c... 121 2e-26 > AT3G31422.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:12792940-12795066 REVERSE LENGTH=2127 Length=2127 Score = 2165 bits (1172), Expect = 0.0 Identities = 1378/1479 (93%), Gaps = 7/1479 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 AATAATGTTTCCATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATACATCATTATATG 60 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 653 AATAATGTTTCAATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATTCATCATTATATG 712 Query 61 GGCATTACTTGTCATTGGGTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 120 || ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 713 GGTATTACTTCTTATTGGCTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 772 Query 121 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCCGataatatttttaaattaataaaaataatttta 180 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 773 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCTGATAATATTTTTAAATTAATAAAAATAATTTTA 832 Query 181 gaagaatataatttaacaaacagaatattttctatttCGTTTGACAATGCATCCGCTAAT 240 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 833 GAAGAATATAATTTAACAAACAAAATATTTTCTATTTCTTTTGATAATGCATCCGCTAAT 892 Query 241 ACTGCTTCTATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGTGGAAAATATTTT 300 || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 893 ACGGCTTCCATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGAGGAAAATATTTT 952 Query 301 CATGTTCGATGCATTTGTCAAGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCT 360 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 953 CATGTTCGATGCATTTGTCATGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCT 1012 Query 361 CAAAATAACCTTGTTTCACCGATCAAAAATGCTTTGAATTATTTGTGGGGGCACCCACAA 420 |||||||| ||| |||| || || |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||| Sbjct 1013 CAAAATAATCTTATTTCTCCAATTAAAACTGCTTTGAATTATTTATGGGGTCATCCACAA 1072 Query 421 TTAATGAAAAAATGGTTTCGATTTTGTAAATTGCATAACGTATCTCCCAAAAGGTTTTCT 480 |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 1073 TTAAAG-AAAAATGGTTTCGATTTTGTAAAATGCATAATGTATCCCCCAAAAGGTTTTCT 1131 Query 481 CGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTAT 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1132 CGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTAT 1191 Query 541 AAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGTAGTTCTTTAACTTTATGGACAACT 600 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| Sbjct 1192 AAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGCAGTTCTTTAACTTTATGGCCCACT 1251 Query 601 CATTGGGATGATTGTAGTGCACTTTTAAAATTGTTAAAATGTTTCAATGATGCAACATTT 660 |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1252 CATTGGGATGATTGTAATGCACTTTTAAAGTTATTAAAATGTTTTAATGATGCAACATTT 1311 Query 661 TTGTTATCTGGTGTTTATTATCCTACTAGTCATTTACTTTTATATGAATGTGTTAATATT 720 || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1312 TTATTATCCGGTGTTTATTATCCTACTAGTCATGTACTTTTATATGAATGTGTTAATATT 1371 Query 721 GCTGATGTGATGCATGAACATGGAAATAATATTGCTTTGTCAACATGCATA-CAAACTAT 779 |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||| | | ||| Sbjct 1372 GCTGATGTGATGCATGAACATGAAAATAATACTGTTTTGTCATCATGCATAACTAG-TAT 1430 Query 780 GAGAGATAAATGGATAAAATACTATAGAGAAATTCCACCTCTTAATTTGCTTGCATCCGT 839 ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || Sbjct 1431 GAGAGATAAATGGTTAAAATACTATAGAGAAATCCCATCTCTTAATTTGCTTGCATGTGT 1490 Query 840 TTTTGATCCTCGAACTAAATTTGATACTTTGTATGATTACCTCATCGCATATTATGATTT 899 |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1491 TTTTGATCTTCGAACTAAATTTGATGGTTTATATGATTACCTCATCGCATATTATGATCT 1550 Query 900 ATTGCATTTGTCTGATAGTATTGATGTTCCTAGCATTATTTCAAACTTAAGAATAGACAT 959 |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| |||| ||||| |||||| Sbjct 1551 ATTGCATTTGTCTGATAGTATTAATGTCCCAAGCATTATTTCCAACTCAAGAAAAGACAT 1610 Query 960 AGAAAATTTATATGATGAATATTATAGAATATATCAGCATATGGCACCACAAGAAACTGA 1019 ||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||| ||| |||||||| |||||| Sbjct 1611 AGAAAATTTGTATGATGAATATTATAGATTACATGAGCATTTGGTACCACAAGGAACTGA 1670 Query 1020 ATCATCTCTTCAAACTAATATCTCATCAACTTCTAAGTTAAGTCTTGCAGAAAGAATGCG 1079 ||||||||| |||| | |||| | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1671 ATCATCTCTACAAAATGATATGTTATCAACTTCTACGTTAAGTCTTGTAGAAAGAATGCG 1730 Query 1080 GCGACAG-AAAAGGCAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTCAAAAATATTTAT 1138 ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1731 GCGAC-GTAAAAGGCAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTGAAAAATATTTAT 1789 Query 1139 CTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGTAGGTAATAACTTTCAAATCATTCATTGGT 1198 |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1790 CTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGCAGGCAATAACTTTCAAATCATTCATTGGT 1849 Query 1199 GGAAGAGCCACCAATCTCACTATCCGATTTTGGCCATGATCGCAAAAGACGTTTTTTCTT 1258 ||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1850 GGAAGAGTCATCAATCTCAATATCCAATTTTAGCCATGATCGCAAAAGACGTTCTTTCTT 1909 Query 1259 CACCAGTTTCTACAGTTTCGGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGACG 1318 |||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1910 CACCCGTTTTTACAGTTTCCGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGATG 1969 Query 1319 AAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCCCAGGCATGTCTTGATGATTGGA 1378 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| Sbjct 1970 AAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCTCAAGCATGTCTTGACGATTGGA 2029 Query 1379 CCAGGGCCGAATATAGACAACAAGAATTCCTTCGAGAAAATGAAGAAGA-TGTAGAAGAT 1437 ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| Sbjct 2030 CCAAAGCCGGATATAGACAACAAGAATTCCTTCGAGAGAATGAAGAAGAAT-TAGAAGAT 2088 Query 1438 ATTGATAGTGATGTATCGTCAACGAGATCAGAAGATAGT 1476 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2089 ATTGATAGTGATGTATCATCAACGAGATCAGAAGATAGT 2127 > AT5G28141.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:10117450-10118928 REVERSE LENGTH=1479 Length=1479 Score = 2039 bits (1104), Expect = 0.0 Identities = 1359/1483 (92%), Gaps = 13/1483 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 AATAATGTTTCCATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATACATCATTATATG 60 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1 AATAATGTTTCAATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATTCATCATTATATG 60 Query 61 GGCATTACTTGTCATTGGGTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 120 || ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GGAATTACTTCTCATTGGCTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 120 Query 121 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCCGataatatttttaaattaataaaaataatttta 180 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 121 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCTGATAATATTTTTAAATTAATAAAAATAATGTTA 180 Query 181 gaagaatataatttaacaaacagaatattttctatttCGTTTGACAATGCATCCGCTAAT 240 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 181 GAAGAATATAATTTAACAAACAAAATATTTTCTATTTCGTTTGATAATGCATCCGCTAAT 240 Query 241 ACTGCTTCTATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGTGGAAAATATTTT 300 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 241 ACTGCTTCCATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGAGGAAAATATTTT 300 Query 301 CATGTTCGATGCATTTGTCAAGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCT 360 |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 CATGTTCGATGCATTTGTCACGTCTTAAATTTATGTTTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCT 360 Query 361 CAAAATAACCTTGTTTCACCGATCAAAAATGCTTTGAATTATTTGTGGGGGCACCCACAA 420 |||||| | ||| ||||||| || |||| |||||||||||||| |||| || |||||| Sbjct 361 CAAAATTATCTTATTTCACCAATTAAAACTGCTTTGAATTATTCACGGGGTCATCCACAA 420 Query 421 TTAATGAAAAAATGGTTTCGATTTTGTAAATTGCATAACGTAT-CTCCCAAAAGGTTTTC 479 |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||| Sbjct 421 TTAATGAAAAAATGGTTTCGGTTTTGTAAA-TGCATAATGTATCCT-CCAAAAGGTTTTC 478 Query 480 TCGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTA 539 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 TTGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTA 538 Query 540 TAAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGTAGTTCTTTAACTTTATGGA-CAA 598 ||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| || Sbjct 539 TAAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTTAATAAAATTACAGTTCTTTAACTTTATGGCTCA- 597 Query 599 CTCATTGGGATGATTGTAGTGCACTTTTAAAATTGTTAAAATGTTTCAATGATGCAACAT 658 |||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||| | Sbjct 598 CTCATTGGGATGCTTGTAATGCACTTTTAAAGTTATTAAAATGTTTTAGTGATGCAACGT 657 Query 659 TTTTGTTATCTGGTGTTTATTATCCTACTAGTCATTTACTTTTATATGAATGTGTTAATA 718 |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 658 TTTTATTATCCAGTGTTTATTATCATACTAGTCATTTACTTTTATATGAATGTGTTCATA 717 Query 719 TTGCTGATGTGATGCATGAACATGGAAATAATATTGCTTTGTCAACATGCATA-CAAACT 777 |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| | | | Sbjct 718 TTGCTGATGTGATGAATGAACATGAAAATAATATTGTTTTGTCATCATGCATAACTAG-T 776 Query 778 ATGAGAGATAAATGGATAAAATACTATAGAGAAATTCCACCTCTTAATTTGCTTGCATCC 837 ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 777 ATGAGAGATAAATGGTTAAAATACTATAGATAAATCCCACCTCTTAATTTGCTTGCATCT 836 Query 838 GTTTTTGATCCTCGAACTAAATTTGATACTTTGTATGATTACCTCATCGCATATTATGAT 897 |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||| || Sbjct 837 GTTTTTGATCTTCGAACTAAATTTGATAGTTTATATGATTACTTCGTCGCATATTATAAT 896 Query 898 TTATTGCATTTGTCTGATAGTATTGATGTTCCTAGCATTATTTCAAACTTAAGAATAGAC 957 |||| |||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||| ||||| |||| Sbjct 897 CTATTACATTTGTCTGATAGTATTAATGTTCCAAACATTATTTTTAACTCAAGAAAAGAC 956 Query 958 ATAGAAAATTTATATGATGAATATTATAGAATATATCAGCATATGGCACCACAAGAAACT 1017 ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||| |||| Sbjct 957 ATAGAAAATTTGTATGATGAATATTATAGATTATATGAGCATTTGGTACCACAAGGAACT 1016 Query 1018 GAATCATCTCTTCAAACTAATATCTCATCAACTTCTAAGTTAAGTCTTGCAGAAAGAATG 1077 ||||||||||| |||| | |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1017 GAATCATCTCTACAAAATGATATGTCATAAACTTCTACGTTAAGTCTTGCAGAAAGAATG 1076 Query 1078 CGGCGACAG-AAAAGGCAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTCAAAAATATTT 1136 ||||||| | |||| |||| |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 1077 CGGCGAC-GTAAAACGCAATGACCATCACAAGATAATAATGCAAAACTTGAAAAATATTT 1135 Query 1137 ATCTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGTAGGTAATAACTTTCAAATCATTCATTG 1196 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1136 ATCTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGCAGGTAATAACTTTCAAAACATTCATTG 1195 Query 1197 GTGGAAGAGCCACCAATCTCACTATCCGATTTTGGCCATGATCGCAAAAGACGTTTTTTC 1256 ||||||||| ||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1196 GTGGAAGAGTCACCAATCTTAATATCCAATTTAA-CCATGATCGCAAAAGACGTTTTTTC 1254 Query 1257 TTCACCAGTTTCTACAGTTTCGGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGA 1316 |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1255 TTCACCCGTTTCTACAGTTTCCGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGA 1314 Query 1317 CGAAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCCCAGGCATGTCTTGATGATTG 1376 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| || ||||| Sbjct 1315 TAAAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCTCAAGCATATCT-GACGATTG 1373 Query 1377 GACCAGGGCCGAATATAGACAACAAGAATTCCTTCGAGAAAATGAAGAAGA-TGTAGAAG 1435 |||||| |||| |||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||| | |||||| Sbjct 1374 GACCAGAGCCGGATATAGACAAAAAGAATTCTTTCAAGAGAATGAAGAAGAAT-TAGAAG 1432 Query 1436 ATATTGATAGTGATGTATCGTCAACGAGATCAGAAGATAGTGA 1478 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1433 ATATTGATAGTGATGTATCATCAACGAGATCAGAAGATAGTGA 1475 > AT5G28673.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:10706347-10708619 REVERSE LENGTH=2273 Length=2273 Score = 1993 bits (1079), Expect = 0.0 Identities = 1348/1477 (91%), Gaps = 22/1477 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 AATAATGTTTCCATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATACATCATTATATG 60 ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 806 AATAATGTTTCAATATGCTCTGATATTTGGAGGGATCAGTGGCAAATTCATCATTATATG 865 Query 61 GGCATTACTTGTCATTGGGTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 120 || ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 866 GGTATTACTTCTCATTGGCTTGATAGTGATTAGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 925 Query 121 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCCGataatatttttaaattaataaaaataatttta 180 ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 926 CGAGTTTTTTATGAAAGACATACATCCAATAATATTTTTAAATTAATAAAAATAATTTTA 985 Query 181 gaagaatataatttaacaaacagaatattttctatttCGTTTGACAATGCATCCGCT-AA 239 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| | || Sbjct 986 GAAGAATATAATTTAACAAACAAAATATTTTCTATTTCTTTTGATAATGCATCCG-TGAA 1044 Query 240 TACTGCTTCTATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGTGGAAAATATTT 299 |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1045 TACTTCTTCCATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGAGGAAAATATTT 1104 Query 300 TCATGTTCGATGCATTTGTCAAGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTC 359 ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1105 TCATGTTCGATGCATTTGTCATGTCTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTTGTTTC 1164 Query 360 TCAAAATAACCTTGTTTCACCGATCAAAAATGCTTTGAATTATTTGTGGGGGCACCCACA 419 ||||||||| ||| |||| || || |||| | ||||||||||||| ||||| || ||||| Sbjct 1165 TCAAAATAATCTTATTTCTCCAATTAAAACTACTTTGAATTATTTATGGGGTCATCCACA 1224 Query 420 ATTAATGAAAAAATGGTTTCGATTTTGTAAATTGCATAACGTATCTCCCAAAAGGTTTTC 479 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1225 ATTAATGAAAAAATGGTTTCGATTTTGTAAATTGCATAATGTATC-CCCAAAAGGTTTTC 1283 Query 480 TCGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTA 539 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1284 TCGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTA 1343 Query 540 TAAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGTAGTTCTTTAACTTTATGGACAAC 599 |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | || Sbjct 1344 TAAAGATTTATTGTATAGTTTTATTCAACAAAATAGCAGTTCTTTAACTTTATGGCCCAC 1403 Query 600 TCATTGGGATGATTGTAGTGCACTTTTAAAATTGTTAAAATGTTTCAATGATGCAACATT 659 ||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| | Sbjct 1404 TCATTGGGATGATTGTAATGCACTTTTAAAGTTATTAAAATGTTTTAATGATGCAATGCT 1463 Query 660 TTTGTTAT-CTGGTGTTTATTATCCTACTAGTCATTTACTTTTAT-ATGAATGTGTTAAT 717 ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 1464 TTTATTATTC-GGTGTTTATTATCCTACTAGTCATTTACTTTTTTTATGAATGTGTTAAT 1522 Query 718 ATTGCTGATGTGATGCATGAACATGGAAATAATATTGCTTTGTCAACATGCATA-CAAAC 776 ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| | | Sbjct 1523 ATTGCTGATCTGATGCACGAACATGAAAATAATATTGTTTTGTCATCATGCATAACTAG- 1581 Query 777 TATGAGAGATAAATGGATAAAATACTATAGAGAAATTCCACCTCTTAATTTGCTTGCATC 836 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| Sbjct 1582 TATGAGAGATAAATGGTTAAAATACTATAGAGAAATCCCACCTTTTAATTTGCTTGCATC 1641 Query 837 -CGTTTTTGATCCTCGAACTAAATTTGATACTTTGTATGATTACCTCATCGCATATTATG 895 | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| || ||||||||| Sbjct 1642 TC-TTTTTGATCCTCGAACTAAATTTGATGGTTTATATGATTATCTCGTCACATATTATG 1700 Query 896 ATTTATTGCATTTGTCTGATAGTATTGAT----GTTCCTAGCATTATTTCAAACTTAAGA 951 || |||| ||||||| |||||||||| || ||| | ||||||||||| |||| |||| Sbjct 1701 ATCTATTACATTTGTTTGATAGTATTAATTAATGTTTCAAGCATTATTTCCAACTCAAGA 1760 Query 952 ATAGACATAGAAAATTTATATGATGAATATTATAGAATATATCA-GCATATGGCACCACA 1010 | ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | |||| ||| |||||| Sbjct 1761 AAAGACACAGAAAATTTGTATGATAAATATTATAGATTATAT-ATGCATTTGGTACCACA 1819 Query 1011 AGAAACTGAATCATCTCTTCAAACTAATATCTCATCAACTTCTAAGTTAAGTCTTGCAGA 1070 || |||| |||||||||| |||| | |||| ||||||||||||| |||||||||| |||| Sbjct 1820 AGGAACTTAATCATCTCTACAAA-TGATATGTCATCAACTTCTACGTTAAGTCTTCCAGA 1878 Query 1071 AAGAATGCGGCGACAG-AAAAGGCAACGACCATCACAAGGTAATAAT-GCTGAACTTCAA 1128 ||||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| || Sbjct 1879 AAGAATGCGACGAC-GTAAAAGGCAATGACCATCACAAGGTAATAATTGCTGAACTTGAA 1937 Query 1129 AAATATTTATCTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGTAGGTAATAACTTTCAAATC 1188 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 1938 AAATATTTATATACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGCAGGAAATAACTTTCAAATC 1997 Query 1189 ATTCATTGGTGGAAGAGCCACCAATCTCACTATCCGATTTTGGCCATGATCGCAAAAGAC 1248 ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1998 ATTCATTGGTGGAAGAGTCACCAATCTCAATATTCAATTTTAGCCATGATCGCAAAAGAC 2057 Query 1249 GTTTTTTCTTCACCAGTTTCTACAGTTTCGGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAA 1308 ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2058 GTTCTTTCTTCACCCGTTTCTACAGTTTCCATCGAGCGAGCTTTTAACATGGGAGGTCAA 2117 Query 1309 ATACTAGACGAAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCCCAGGCATGTCTT 1368 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 2118 ATACTAGATGAAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCTCAAGCATGTCTT 2177 Query 1369 GATGATTGGACCAGGGCCGAATATAGACAACAAGAATTCCTTCGAGAAAATGAAGAAGA- 1427 || ||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2178 GACGATTGGACCAGAGCCGGATATAGACATCAAAAATTCCTTCGAGAGAATGAAGAAGAA 2237 Query 1428 TGTAGAAGATATTGATAGTGATGTATCGTCAACGAGA 1464 | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2238 T-TAGAAGATATTGATAGTGATGTATCATCAACGAGA 2273 > AT1G35745.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:13248054-13249824 REVERSE LENGTH=1771 Length=1771 Score = 1925 bits (1042), Expect = 0.0 Identities = 1275/1387 (92%), Gaps = 17/1387 (1%) Strand=Plus/Plus Query 76 TGGGTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTTCGAGTTTTTGATGAA 135 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 398 TGGCTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTTCGAGTTTTTTATGAA 457 Query 136 AGACATACATCCGataatatttttaaattaataaaaataattttagaagaatataattta 195 |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 458 AGACATACGTCTGATAATATTTTTAAATTAATAAAAATAAATTTAGAAGAATATAATTTA 517 Query 196 acaaacagaatattttctatttCGTTTGACAATGCATCCGCTAATACTGCTTCTATTGAT 255 ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 518 ACAAACAAAATATTTTCTATTTCTTTTGATAATGCATCCGCTAATACTGCTTCCATTGAT 577 Query 256 GAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGTGGAAAATATTTTCATGTTCGATGCATT 315 |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 578 GAATTAATAAATAATTGTAGTCTTATTTTAGGAGGAAAATATTTTCATGTTCGATGCATT 637 Query 316 TGTCAAGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCTCAAAATAACCTTGTT 375 ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || Sbjct 638 TGTCATGTCTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCTCAAAATAATCTTATT 697 Query 376 TCACCGATCAAAAATGCTTTGAATTATTTGTGGGGGCACCCACAATTAATGAAAAAATGG 435 || || || |||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 698 TCTCCAATTAAAACTGCTTTGAATTATTTATGGGGTCATCCACAATTAATGAAAAAATGG 757 Query 436 TTTCGA-TTTTGTAAATTGCATAACGTATCTCCCAAAAGGTTTTCTCGAGATGTTCCTAC 494 |||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| Sbjct 758 TTTC-AGTTTTGTAAAATGCATAATGTATCTCCCAAAAGGTTTTCTTGAGATGTTTTTAC 816 Query 495 TCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTATAAAGATTTATTGTG 554 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 817 TCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTATAAATATTTATTGTG 876 Query 555 TAGTTTTATTCAACAAAATTGTAGTTCTTTAACTTTATGGACAACTCATTGGGATGATTG 614 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 877 TAGTTTTATTCAACAAAATTGCAGTTCTTTAACTTTATGGCCCACTCATTGGGATGATTG 936 Query 615 TAGTGCACTTTTAAAATTGTTAAAATGTTTCAATGATGCAACATTTTTGTTATCTGGTGT 674 || |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| Sbjct 937 TAATGCACTTTTAAAGTTATTAAAATGTTTTAATGATGCAACGTTTTTATTATCCAGTGT 996 Query 675 TTATTATCCTACTAGTCATTTACTTTTATATGAATGTGTTAATATTGCTGATGTGATGCA 734 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 997 TTATTATCATACTAGTCATTTACTTTTATATGAATGTGTTAATATTGCTGATGTGATGCA 1056 Query 735 TGAACATGGAAATAATATTGCTTTGTCAACATGCATA-CAAACTATGAGAGATAAATGGA 793 |||||||| |||||||| || ||||||| |||||||| | | |||||||||||||||| Sbjct 1057 TGAACATGAAAATAATACTGTTTTGTCATCATGCATAACTAG-TATGAGAGATAAATGGT 1115 Query 794 TAAAATACTATAGAGAAATTCCACCTCTTAATTTGCTTGCATCCGTTTTTGATCCTCGAA 853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1116 TTAAATACTATAGAGAAATTCCACCTCTTAATTTGCTTGCATCTATTTTTGATCCTCGAA 1175 Query 854 CTAAATTTGATACTTTGTATGATTACCTCATCGCATATTATGATTTATTGCATTTGTCTG 913 ||||||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| Sbjct 1176 CTAAATTTGATGGTTTATTTGATTACCTCGTCGCATATTATGATCTATTACATTTGTCTG 1235 Query 914 ATAGTATTGATGTTCCTAGCATTATTTCAAACTTAAGAATAGACATAGAAAATTTATATG 973 |||||||| | ||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| |||| Sbjct 1236 ATAGTATTAA-GTTCCAAGCATTATTTCCAACTCAAGAAAAGACATAGAAA-TTTGTATG 1293 Query 974 ATGAATATTATAGAATATATCAGCATATGGCACCACAAGAAACTGAATCATCTCTTCAAA 1033 |||||||||||| | | |||| | | |||||||| ||||||||||||||| |||| Sbjct 1294 ATGAATATTATA---TG-A---GCATTTAGTACCACAAGGAACTGAATCATCTCTACAAA 1346 Query 1034 CTAATATCTCATCAACTTCTAAGTTAAGTCTTGCAGAAAGAATGCGGCGACAGAA-AAGG 1092 | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| | | |||| Sbjct 1347 ATGATATGTCATCAACTTCTATGTTAAGTCTTGCAGAAAGAATGCGTCGAC-GTAGAAGG 1405 Query 1093 CAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTCAAAAATATTTATCTACTAATTTTGAG 1152 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1406 CAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTGAAAAATATTTATCTACTAATTTTGAG 1465 Query 1153 TTTAGTGATGCAGATGTAGGTAATAACTTTCAAATCATTCATTGGTGGAAGAGCCACCAA 1212 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1466 TTTAGTGATGCAGATGCAGGTAATAACTTTCAAATCATTCATTGGTGGAAGAGTCACCAA 1525 Query 1213 TCTCACTATCCGATTTTGGCCATGATCGCAAAAGACGTTTTTTCTTCACCAGTTTCTACA 1272 ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| Sbjct 1526 TCTCAATATCCAATTTTAGCCATGATCGCAAAAGACGTTCTTTCTTCACCCGTTTCTACA 1585 Query 1273 GTTTCGGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGACGAAACTCGATCAAGA 1332 |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1586 TTTTCCGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTTAAATACTAGATGAAACTCGATCAAGA 1645 Query 1333 ATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCCCAGGCATGTCTTGATGATTGGACCAGGGCCGAATAT 1392 ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||| |||| Sbjct 1646 ATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCTCAAGCATGTCTTGACGATTGGACCAGAGCCGGATAT 1705 Query 1393 AGACAACAAGAATTCCTTCGAGAAAATGAAGAAGA-TGTAGAAGATATTGATAGTGATGT 1451 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| | Sbjct 1706 AGACAACAAGAATTCCTTCGAGAGAATGAAGAAGAAT-TAGAAGATATTGATAGTGATTT 1764 Query 1452 ATCGTCA 1458 ||| ||| Sbjct 1765 ATCATCA 1771 > AT2G10405.1 | Symbols: | transposable element gene | chr2:4005579-4006116 FORWARD LENGTH=538 Length=538 Score = 612 bits (331), Expect = 3e-174 Identities = 410/448 (92%), Gaps = 5/448 (1%) Strand=Plus/Plus Query 157 tttaaattaataaaaataattttagaagaatataatttaacaaacagaatattttctatt 216 ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 58 TTTAAATTAATAAAAATAATTATAGAAAAATATAATTTAACAAACAAAAGATTTTCTATT 117 Query 217 tCGTTTGACAATGCATCCGCTAATACTGCTTCTATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGT 276 | |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 118 TTGTTTGATAATGCATCCGCTAATATTGCTTCCATTGATGAATTAATAAATAATTATAGT 177 Query 277 CCTATTTTAGGTGGAAAATATTTTCATGTTCGATGCATTTGTCAAGTTTTAAATTTATGT 336 | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 178 CTTATTTTAGGTGGAAAACATTTTCATGTTCGATGCATTTGTCATGTTTTAAATTTATGT 237 Query 337 GTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCTCAAAATAACCTTGTTTCACCGATCAAAAATGCTTTG 396 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||| | | ||| Sbjct 238 GTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCTCAAAATAATCTTATTTCACCAATTAAAACTACGTTG 297 Query 397 AATTATTTGTGGGGGCACCCACAATTAATGAAAAAATGGTTTCGATTTTGTAAATTGCAT 456 |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 298 AATTATTTATGGGGTCATCCACAATTAATGAAAAAATGGTTT-GATTTTGTAAAATGCAT 356 Query 457 AACGTATCTCCCAAA-AGGTTTTCTCGAGATGTTCCTACTC-GTTGGAATTCAACATATG 514 ||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 357 AACATATCCCCCAAACAG-TTTTCTCGAGATGTTCCTACTCAGT-GGAATTCAACATATT 414 Query 515 ATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTATAAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATT 574 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 415 ATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTATAAACATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATC 474 Query 575 GTAGTTCTTTAACTTTATGGACAACTCA 602 | ||||||||| ||| |||| | ||||| Sbjct 475 GCAGTTCTTTAGCTTAATGGCCCACTCA 502 > AT2G10410.1 | Symbols: SADHU1-1 | transposable element gene | chr2:4005995-4007044 REVERSE LENGTH=1050 Length=1050 Score = 121 bits (65), Expect = 2e-26 Identities = 79/86 (92%), Gaps = 0/86 (0%) Strand=Plus/Minus Query 517 ATGCTTGTTGATTCTATTGGTTATAAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGT 576 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1050 ATGCTTGTTGATTCTATTGGTTATAAACATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATCGC 991 Query 577 AGTTCTTTAACTTTATGGACAACTCA 602 ||||||||| ||| |||| | ||||| Sbjct 990 AGTTCTTTAGCTTAATGGCCCACTCA 965 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 72891191340 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5