BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479868
Length=4220
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G23590.1 | Symbols: RFR1, MED33A | REF4-related 1 | chr3:846... 6833 0.0
> AT3G23590.1 | Symbols: RFR1, MED33A | REF4-related 1 | chr3:8467449-8473627
FORWARD LENGTH=4277
Length=4277
Score = 6833 bits (3700), Expect = 0.0
Identities = 4036/4200 (96%), Gaps = 15/4200 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 27 CACGAGGACTATTCAGTCATTTGCAAACGCGCACACAAACGCACACGCGTTAAttttttt 86
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 45 CACGAGGACTATTCAGCCATTTGCAAACGCACACACAAACGCACACGCGTTTATTTTTTT 104
Query 87 ttCGCCAAATCAAATCTG-AGAGTTCCTGTATCTTTTAACCGCTCTTCCTCTTCTTCAGA 145
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 105 TTCGCCAAATCAAATCTGAAGAGTTCCTGTATCTTTTAACCGCTCTTCTTCTTCTTCAGA 164
Query 146 GAGCTTCGTTGATTGAACGGAAAAAATGGTGGTTCCTGGACGGAGAACCGTCTGGGATTG 205
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 165 GAGCTTCGTTGATTGAACGGAAAAAATGGTGGTTCCTGGACGGAGAACCGTCTGGGATTG 224
Query 206 TGTGATTGAGCTAACAAAGATGGCTCAAGAAAACTGTATCGATCCTCGTCTTTGGGCTTC 265
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 TGTGATTGAGCTGACAAAGATGGCTCAAGAGAACTGTGTCGATCCTCGTCTTTGGGCTTC 284
Query 266 TCAGTTATCATCGAATTTGAAATTCTTCGCCGTCGAGTTACCGTCGACGGAGCTCGCGGA 325
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 285 TCAGTTATCATCGAATTTGAAATTCTTCGCCGTGGAGTTACCGTCGACGGAGCTTGCGGA 344
Query 326 GGTTATCGTCTCGTACATTTGTTGGGATAATAACGTTCCTATTCTTTGGAAGTTTCTGGA 385
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 345 GGTTATTGTTTCGTACATTTGTTGGGATAATAACGTTCCTATTGTTTGGAAGTTTCTTGA 404
Query 386 AAGAGCTATGGCTTTGAAGCTTGTTTCTCCTCTCGTTGTTCTTGCTCTGCTCTCTCACAG 445
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||
Sbjct 405 AAGAGCTATGGCTTTGAAGCTTGTTTCTCCTCTCGTTGTTCTTGCTCTTCTCGCTGACAG 464
Query 446 AGTTGTTCCAAGCCGGTGTACGCAAGTAGCGGCTTATAGAATTTACTTGGAGCTGCTCAA 505
||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 465 AGTTGTTCCAACCCGGTCTACGCAACAAGCAGCTTATAGAATTTACTTGGAGCTGCTCAA 524
Query 506 GAGAAATATGTTCACTATTAAAGATCATATTAGTGGACCTCACTACCAGAAGGTTATGAT 565
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 525 GAGAAATATGTTCACCATTAAAGATCATATTAGTGGACCTCACTACCAGAAGGTCATGAT 584
Query 566 TTCAGTAGCCAACGTTCTTCGTCTTTCAAAGTTATTTGATTTGGAAACAAGCAAACCTGG 625
||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 585 TTCAGTATCCAATATTCTTCGTCTTTCAGAGTTATTTGATCTGGACACAAGCAAACCTGG 644
Query 626 TGTGCTTTTAGTAGAATTTGTTTTTAAGATGGTGTTACAACTGCTAGATGCAACGTTAAG 685
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 645 TGTGCTTTTAGTAGAGTTTGTTTTTAAGATGGTGTCACAATTGCTAGATGCAGCGTTAAG 704
Query 686 TGATGAAGGTTTGCTAGAGCTAAGCCAAGACTCGAGCTCCCAGTGGCTAGTTAAGTCTCA 745
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 TGATGAAGGTTTGCTAGAGCTAAGCCAAGACTCGAGCTCCCAGTGGCTAGTTAAGTCTCA 764
Query 746 AGAAATGGAAATTGATGTTCCTGAGAGATATAATGAAAAGACTGGATCGCTAGAGATGTT 805
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 765 AGATATGGAAATTGATGCTCCTGAGAGATATAATGAAAAGACTGGATCACTAGAGAAGTT 824
Query 806 ACAGTCTTTGAATACCATCATGGCTATCGAGTTGATTGCGGAGTTCCTCAGAAATACTGT 865
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 825 ACAGAGTTTGAATACCATCATGGCTATTGAGTTGATAGCGGAATTCCTCAGAAATACAGT 884
Query 866 GATAT-CCAGATTGCTATACTTGGTATCTTCCAACAGGGCTTCGAATTGGCATGAATTTG 924
||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 885 GAT-TGCGAGATTGCTATACTTGGTATCTTCCAACAGGGCTTCGAAGTGGCATGAATTTG 943
Query 925 TTCAGAAAGTGCAGCTGCTTGGAGAAAATTCATCGGCTTTAAAAAACTCAAAGGTTCTAA 984
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 944 TCCAGAAAGTGCAGCTTCTTGGAGAAAATTCATCGGCTTTAAAACACTCAAAGGTTCTAA 1003
Query 985 ATTCTGGGGATCTATTGCAGTTGATTTC-AAGTAGACGATTTGGGTATTCTTGTGACAGC 1043
|||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1004 ATTCTGGGGATCTATTACAATTGATTTCGAA-TAGACGATTTGGGTATTCTTATGATAGC 1062
Query 1044 AAAGTAACTTCATCACGGAAATCTAATGCAATAGTGGATTTTGGATCTCTCTCTTCCTTT 1103
|||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1063 AAAGTAACTTCAGCACGGAAATCCAATGCAATTGTGGATTTTGGATCTCTCTCTTCCTAT 1122
Query 1104 GCTGGCTTATGCCATGGAGCAAGTCTCTCTTCACTTTGGCTTCCTCTTGATCTAGTATTT 1163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 GCTGGCTTATGCCATGGAGCAAGTCTCTCTTCACTTTGGCTTCCTCTTGATCTAGTATTT 1182
Query 1164 GAAGATGCAATGGATGGATATCAAGTAAACCCAACTAGTGCAATTGAAATCATTACCGGT 1223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1183 GAAGATGCAATGGATGGATATCAAGTAAACCCAACTAGTGCGATTGAAATCATTACCGGT 1242
Query 1224 CTAGCTAAAACACTTAAAGAAATTAATGGGAGTACTTGGCATGACACTTTCTTGGGGCTT 1283
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 CTAGCTAAAACACTTAAAGAAATTAATGGGAGCACTTGGCATGACACTTTCTTGGGGCTT 1302
Query 1284 TGGATAGCAGCTCTCCGACTTGTTCAAAGGGAAAGGGATCCTATTGAGGGACCTATTCCT 1343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 TGGATAGCAGCTCTCCGACTTGTTCAAAGGGAAAGGGATCCTATTGAGGGACCTATTCCT 1362
Query 1344 CGACTGGACACAAGGCTGTGCATGTCATTATGTATTGTGCCTCTTGTGGTCGCAAACCTT 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 CGACTGGACACAAGGCTGTGCATGTCATTATGTATTGTGCCTCTTGTGGTCGCAAACCTT 1422
Query 1404 ATTGAAGAGGGGAAATACGTATCTGTCATGGAAAAGCTGCGAAATGATCTTATTACAAGT 1463
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||
Sbjct 1423 ATTGAAGAGGGGAAATACGAATCTGTCATGGAAAAGCTGCGAGATGACCTTGTTACAAGT 1482
Query 1464 TTGCAAGTCCTCGGTGATTTCCCTGGATTGCTGGCTCCTTCCAAGTGTGTTGTTTCTGCT 1523
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||
Sbjct 1483 TTGCAGGTCCTCGGTGATTTCCCTGGATTGCTGGCTCCTCCCAAATGCGTTGTTTCTGCT 1542
Query 1524 GCCAACAAGGCTGCTACGAAGGCAATCTTGTTTTTGTCTGGTGGCAATGTTGGAAAGTCG 1583
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543 GCCAACAAGGCTGCCACAAAGGCAATCTTGTTTTTGTCTGGTGGCAATGTTGGAAAGTCA 1602
Query 1584 TGTTCTGATGTCATAAACATGAAGGAAATGCCTATCAACTGCTCTGGAAACATGCGCCAC 1643
|||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 TGTTTTGATGTCATAAACATGAAGGACATGCCTGTCAACTGCTCTGGAAACATGCGCCAC 1662
Query 1644 CTGATAGTCGAGGCTTGTATTGCAAGAAACATACTGGATACGTCGGCCTATTCGTGGTCT 1703
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||
Sbjct 1663 CTGATAGTCGAGGCTTGTATTGCAAGAAACATACTGGATATGTCGGCTTATTCGTGGCCT 1722
Query 1704 GGCTATGTCAATGGCCGAATCAACCAAATACCTCAGAGTCTGCCGAATGAAGTACCCTGC 1763
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723 GGCTATGTTAATGGCCGAATCAACCAAATACCTCAGAGTCTGCCGAATGAAGTACCCTGC 1782
Query 1764 TGGTCGTCATTTGTGAAAGGGGC-CCAACTAAATGCTGCAATGGTGAATGCATTAGTTTC 1822
||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1783 TGGTCATCATTTGTGAAAGGGGCTCC-ACTAAATGCCGCAATGGTGAATACATTAGTTTC 1841
Query 1823 AGTTCCTGCTTCAAGCTTAGCAGAGCTCGAGAAACTATATGAGGTTGCAGTCAAAGGATC 1882
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1842 AGTTCCTGCTTCAAGCTTAGCAGAGCTCGAGAAACTATTTGAGGTTGCAGTCAAAGGATC 1901
Query 1883 GGATGACGAGAAGATATCTGCTGCTACAGTTCTTTGTGGGGCATCTCTCACACGGGGTTG 1942
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1902 GGATGACGAGAAGATATCTGCTGCTACAGTTCTTTGCGGGGCATCTCTCACACGGGGTTG 1961
Query 1943 GAACATACAGGAACACACTGTTGAGTTTCTTACAAGATTACTATCCCCACCCGTTCCAGC 2002
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1962 GAACATACAGGAACACACTGTTGAATATCTTACAAGATTACTATCCCCACCCGTTCCAGC 2021
Query 2003 AGATTATTCCAGGGCTGAAAATCATTTGATTGGTTATGCCTGCATGCTGAATGTTGTTAT 2062
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2022 AGATTATTCCAGGGCTGAAAATCATTTGATTGGTTATGCCTGCATGTTGAATGTTGTTAT 2081
Query 2063 TGTTGGGATAGGATCTGTTGACAGCATTCAGATTTTCTCTTTACATGGCATGGTTCCGCA 2122
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 TGTTGGGATAGGATCTGTTGACAGCATTCAAATTTTCTCTTTACATGGCATGGTTCCGCA 2141
Query 2123 ACTTGCTTGCTCACTAATGCCAATCTGTGAAGAGTTTGGATCTTACTCCCCGAGTGTATC 2182
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2142 ACTTGCTTGCTCACTAATGCCAATTTGTGAAGAGTTTGGATCTTACACCCCGAGTGTATC 2201
Query 2183 ATGGACTCTTCCTTCCGGAGAA-CAAGTATCAGCCTATTCTGTTTTCTCAAATGCATTCA 2241
||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 ATGGACTCTTCCTTCTGGAGAAGCAA-TATCAGCATATTCTGTTTTCTCAAATGCATTCA 2260
Query 2242 CTCTTCTTTTAAAGCTTTGGAGATTCAATCATCCTCCTATTGAGCATGGTGTAGGAGATG 2301
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2261 CTCTTCTTTTAAAGCTATGGAGATTCAATCATCCTCCTATTGAGCATGGTGTGGGAGATG 2320
Query 2302 TTCCCACAGTTGGTTCCCAACTCACTCCTGAACATCTTCTTTCAGTGCGTAATTCTTATC 2361
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2321 TTCCCACAGTTGGCTCCCAACTCACTCCTGAACATCTTCTTTCAGTGCGTAATTCTTATC 2380
Query 2362 TTGTTTCGTCGGAGACCCTTGATAGAGACCGAAACAGAAAGAGACTTTCAGAAGTTGCAA 2421
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2381 TTGTTTCGTCGGAGATCCTTGATAGAGACCGAAACAGAAAGAGACTTTCAGAAGTTGCAA 2440
Query 2422 GGGCAGCATCTTGCCAGCCCGTGTTTGTTGACTCGTTCCCCAAGCTAAAAATCTGGTATA 2481
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2441 GGGCAGCATCTTGCCAGCCCGTGTTTGTGGACTCGTTCCCCAAGCTGAAAGTCTGGTATA 2500
Query 2482 GGCAGCACCAAAGATGCATAGCTGCCACATTATCTGGACTTACACATGGATCTCCCATTC 2541
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2501 GGCAGCACCAAAGATGCATAGCAGCCACATTATCTGGACTTACACATGGATCTCCCGTTC 2560
Query 2542 ATCAGACAGTTGAAGCACTTCTCAACATGACGTTCGGTAAGGTCAGAGGCAGTCAGACTT 2601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2561 ATCAGACAGTTGAAGCACTTCTCAACATGACGTTCGGAAAGGTCAGAGGCAGTCAGACTT 2620
Query 2602 TAAATCCAGTAAATTCGGGCACAAGCAGTTCATCAGGAGCTGCAAGTGAAGATAGCAATA 2661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2621 TAAATCCAGTAAATTCGGGCACAAGCAGTTCATCAGGAGCTGCAAGTGAAGATAGCAATA 2680
Query 2662 CAAGACCTGAGTTTCCTGCTTGGGATATCCTCAAAGCCGTTCCATATGTTGTAGATGCTG 2721
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2681 TTAGACCTGAGTTTCCTGCTTGGGATATCCTCAAAGCCGTTCCATATGTTGTCGATGCTG 2740
Query 2722 CTTTAACTGCTTGTACTCATGGAAGGCTTTCGCCTCGTCAGTTAGCTACAGGGCTGAAAG 2781
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2741 CTTTAACCGCTTGTACTCATGGAAGGCTTTCGCCTCGTCAGTTAGCTACAGGGCTGAAAG 2800
Query 2782 ACTTAGCAGATTTTCTCCCGGCATCATTAGCAACGATAGTAAGCTATTTCTCAGCTGAGG 2841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2801 ACTTAGCAGATTTTCTCCCGGCATCATTAGCAACGATAGTAAGCTATTTCTCAGCTGAGG 2860
Query 2842 TGAGTAGAGGAGTTTGGAAGCCAGTATTCATGAACGGTGTGGATTGGCCAAGTCCAGCTA 2901
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2861 TGAGTAGAGGTGTTTGGAAGCCAGTATTCATGAACGGCGTGGATTGGCCAAGTCCAGCTA 2920
Query 2902 CAAATCTATCCTCTGTTGAGGAATATATAACGAAAATTCTTGCAACAACAGGCGTCGATA 2961
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2921 CAAATCTATCCACTGTTGAGGAATATATAACGAAAATTCTTGCAACAACAGGCGTCGATA 2980
Query 2962 TCCCTAGCCTTGCTCCAGGAGGGAGTTCACCGGCAACACTTCCTTTACCTTTAGCCGCCT 3021
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2981 TCCCTAGCCTTGCTCCAGGAGGGAGTTCTCCGGCAACGCTTCCTTTACCTCTAGCCGCAT 3040
Query 3022 TTGTAAGTCTAACCATTACTTACAAAATTGACAAAGCCTCAGAGCGGTTTCTCAACCTGG 3081
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3041 TTGTTAGTCTAACCATTACTTACAAAATTGACAAAGCCTCAGAGCGGTTTCTCAACCTGG 3100
Query 3082 CTGGCCCAGCTCTTGAGTGCTTGGCTGCAGGCTGCCCTTGGCCTTGCATGCCCATTGTAG 3141
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3101 CTGGCCCAGCTCTGGAGTGCTTGGCTGCAGGCTGCCCTTGGCCTTGCATGCCCATTGTAG 3160
Query 3142 CTTCATTATGGACCCAAAAGGCGAAACGTTGGTTTGACTTCCTTGTTTTCTCTGCCTCTC 3201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3161 CTTCATTATGGACCCAAAAGGCGAAACGTTGGTTTGACTTCCTTGTTTTCTCTGCCTCTC 3220
Query 3202 GCACCGTCTTCCTTCACAACCAAGACGCTGTGATTCAGCTCCTCAGAAACTGCTTCAGTG 3261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3221 GCACCGTCTTCCTTCACAACCAAGACGCTGTGATTCAGCTCCTCAGAAACTGCTTCAGTG 3280
Query 3262 CCACTCTCGGTTTGAATGCTGCCCCCATGTCAAATGATGGTGGCGTTGGAGCTCTTCTTG 3321
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3281 CCACTCTGGGTTTGAATGCTGCCCCCATGTCAAATGATGGTGGCGTTGGAGCTCTTCTTG 3340
Query 3322 GCCATGGATTTGGCTCTCATTTCTATGGCGGGATCTCTCCTGTAGCACCAGGGATTCTTT 3381
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3341 GCCATGGATTCGGCTCTCATTTCTATGGAGGGATCTCTCCTGTAGCACCAGGGATTCTTT 3400
Query 3382 ATCTTCGTATGTATCGTGCTCTCAGAGATACTGTCTCTGTATCGGAAGAAATTCTCTCTC 3441
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3401 ATCTCCGTATGTATCGTGCTCTCAGAGATACTGTCTCCGTATCGGAAGAGATTCTCTCTC 3460
Query 3442 TGCTGATACATTCGGTGGAGGATATAGCCCAGAACAGGCTCTCAAAGGAGAAGCTGGAAA 3501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3461 TGCTGATACATTCGGTGGAGGATATAGCCCAGAACAGGCTCTCAAAGGAGAAGCTGGAAA 3520
Query 3502 GGCTGAAGACAGTGAAGAACGGAACAAGATACGGCCAAAGTTCTCTAGCAACAGCAATGA 3561
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3521 AGCTGAAGACAGTGAAGAACGGATCAAGATACGGCCAAAGTTCTCTAGCAACAGCAATGA 3580
Query 3562 CTCAAGTCAAGCTTGCTGCTTCGCTTAGTGCCTCGTTGGTATGGCTAACCGGTGGCTTAG 3621
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3581 CTCAAGTGAAGCTTGCTGCTTCGCTGAGTGCCTCGTTGGTATGGCTAACCGGTGGCTTAG 3640
Query 3622 GTGTGGTCCACCTACTGATCAAAGAAACCATCCCGTCTTGGTTTCTATCAACTGACAAAT 3681
||||||||||| | || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3641 GTGTGGTCCACGTTCTCATCAAAGAAACGATCCCATCTTGGTTTCTATCAACTGACAAAT 3700
Query 3682 CAGACCGAGAACAAAGACCATCAGATCTAGTTGCAGAGCTAAGAGGTCATGCCCTTGCCT 3741
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3701 CAGACCGAGAACAAGGACCATCGGATCTAGTTGCAGAGCTAAGAGGTCATGCCCTTGCCT 3760
Query 3742 ACTTTGTAGTCCTATGTGGAGCATTTGCTTGGGGGGTGGACTCAAGATCATCTGCATCAA 3801
||||||| ||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 3761 ACTTTGTGGTCCTATGTGGAGCACTTACTTGGGGCGTGGATTCAAGATCATCTGCATCCA 3820
Query 3802 AACGCCGCCGCCAAGCAATCTTGGGAAGCCACTTGGAGTTCATCGCGAGTGTCTTAGACG 3861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 3821 AACGCCGCCGCCAAGCAATCTTGGGAAGCCACTTGGAGTTCATCGCGAGTGCCTTAGATG 3880
Query 3862 GGAAAATATCAGTGGGATGCGAAACAGCAACTTGGCGGACATATATTTCCGGTTTGGTGA 3921
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3881 GGAAAATATCAGTGGGATGTGAAACAGCAACTTGGCGAACATATATTTCCGGTTTGGTGA 3940
Query 3922 GTCTAATGGTGAGCTGTTTGCCTCTCTGGGTGACAGAGATCGATACAGAAGTGTTAAAGA 3981
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3941 GTCTAATGGTGAGCTGTTTGCCGCTCTGGGTGACAGAGATCGATACAGAAGTGTTAAAGA 4000
Query 3982 GTGTAAGCAGTGGACTAAGAAAATGGGGAAAAGAAGAGCTAGCGATTGTATTACTCTCCT 4041
|| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4001 GTCTAAGCAATGGACTAAGAAAATGGGGAAAAGACGAGCTAGCGATTGTATTACTCTCCT 4060
Query 4042 TGGGAGGTCTCAGAACAATGGACTACGCAGCTGATTTCATCATTCATTTGCGTTCATAGC 4101
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4061 TGGGAGGTCTCAAAACAATGGATTACGCAGCTGATTTCATCATTCATTTGCGTTCATAGC 4120
Query 4102 TTCTTAAAAAGTTTTGATCT-CTCCAGtttttttCAGATAGTTGCTTGATAGATGTGTTT 4160
|||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 4121 TTCTTAAAAAGTTTTGATCTTCTCCAGATTT---CAGATAGTTGTTTGATAGATGTTTTT 4177
Query 4161 CTTGTAGTGAATTTGCTTCCTTGTTGTGACTTGTGTTCTCTAGCTCCAGTGTTGTGTGAT 4220
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4178 CTTCTAGTG--TTTGCTTCCTTGTTGTGACTTGTGTTCTCTAGCTCCAGTGTTGTGTGAT 4235
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 210349991999
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5