BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479911
Length=3489
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G24180.1 | Symbols: | Beta-glucosidase, GBA2 type family pr... 5073 0.0
> AT3G24180.1 | Symbols: | Beta-glucosidase, GBA2 type family
protein | chr3:8734634-8741725 REVERSE LENGTH=3626
Length=3626
Score = 5073 bits (2747), Expect = 0.0
Identities = 3204/3414 (94%), Gaps = 73/3414 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CGCACGCAAATCAAAAGCCAGACTTT-AAAACCACTTGCCACCGTACGAGAAACCTT-TC 58
||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||
Sbjct 6 CGCACGCAAATCAAAAG--AG--TTTAAAAACCACTTGCCACCGTATGAG-AACCTTGTC 60
Query 59 TCTGACGGTCGATCCTCCGCTCGCCACGCCGCCGCCACGTCAGCAGT---C-T--CCTCC 112
||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| | | | |||
Sbjct 61 TCTGACGGTCGATTCTCCGCTCGCCACGACGACGCCACGTCAGCA-TCCACATAGATTCC 119
Query 113 ATC-AAA-AT-A--GATTCC-T--AACCAATTTTCGAAGATTCGAATCCAA----T-T-C 158
|| ||| | | || || | |||| |||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 120 -TCTAAATCTCACCAATACCATCAAACCGATTTTCGAAGATTCGAATCCAATTCTTCTCC 178
Query 159 T--T-CT-C--CTTCTTCTGAGAAAATCTCAT-ATTTTTGCGA-ATTTCT-ACCGATTCG 209
| | || | ||||||||||||||||||||| ||| | | |||| | || ||| |
Sbjct 179 TCCTCCTCCTTCTTCTTCTGAGAAAATCTCATCGGATTT-C-ATATTTTTGTCCTATT-G 235
Query 210 --T-CTGAA--TG--AGATGCGTTTTCATTGTCACTTCCTTTAGGTTTTGAATCGGGGAT 262
| | || || |||| || | || |||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 236 ACTATTCAACGTGACAGAT-CGAATACA---AAACTT--TTT-GGTTTTGAATCGGGGAT 288
Query 263 TGTTCCGACTGAAACGGTGCCGTTTTAATTCGCTGCAAATGCTTGCCTGAGAAACACCTT 322
|||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 289 TGTTGCGACTGAGACGGTGCCGTTTCAATTCGCTGCAAATGCTTCCCTGAGAAATACCTT 348
Query 323 TTGTTCTTTTATGTAAATACAAGTGTAGAGTCGAGAA-TTTGAGTAGAGATGGTGGGGGC 381
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | | |||| | ||||| || ||
Sbjct 349 TTGTTCTTTTATGTAAATAAAAGTGTAGAATCGAGAAGTAT-AGTAAATATGGTTGGAGC 407
Query 382 AACTTTGTTTCACCGTAGAAAGCATTCATGGCCGGCTGAGGAATTTATCAGTAGAAGTAC 441
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 408 AACTTTGTTTCACCGTAGAAAGCATTCATGGCCGACTGAGGAATTCATCAGCAGAAGTAC 467
Query 442 TCTGCAATTACTTGATTCTGATAGTGCTGCTCCGCCACCACACGCATGGAGGAGGAGATT 501
| ||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 TTTGCAATTGCTCGATTTTGATAGTGCTGCTCCGCCACCACACGCATGGAGGAGGAGATT 527
Query 502 AAACTGCCATGCCAATATCCTT-AAAGAATTCACTATTACTTTTAGGGAAGCCATTAAAA 560
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 AAACTGCCATGCCAATAT-CTTAAAAGAATTCACTATTACTTTTAGGGAAGCCATTAAAA 586
Query 561 TGGTACGCTTGGGGATACGATTATGGTCTTATGTCAGAGAAGAGGCCTCCCATGGAAGGA 620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 TGGTACGCTTGGGGATACGATTATGGTCTTATGTCAGAGAAGAGGCCTCCCATGGAAGGA 646
Query 621 AAGCACCTATCGATCCCTTCACCAAAGAGAACTGCAAACCATCTGCATCCCAAGGTGTTC 680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 AAGCACCTATCGATCCCTTCACCAAAGAGAACTGCAAACCATCTGCATCCCAAGGTGTTC 706
Query 681 CACTCGGAGGAATGGGAAGTGGAAGCATATCTAGGGGCTTCAG-GGGTGAGTTTAAGCAG 739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 707 CACTCGGAGGAATGGGAAGTGGAAGCATATCTAGGGGCTTCAGAGGG-GAGTTTAAGCAG 765
Query 740 TGGCAAATCACTCCCGGAACTTGTGATCCTTCACCTATGATGTCTAATCAGTTTTCTATT 799
|||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 766 TGGCAAATCACTCCTGGGACTTGCGATCCATCACCTATGATGTCTAATCAGTTCTCTATT 825
Query 800 TTTATTTCTCGAGATGGTGGACACAAAAAGTATGCATCAGTTTTGTCTCCAGGCCAGCAT 859
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 TTTATTTCACGAGATGGTGGACACAAAAAGTATGCATCAGTTTTGTCTCCAGGCCAGCAT 885
Query 860 GGAAGTTTAGGAAAATCGCGTGATAAAGGTCTTTCTTCATGGGGCTGGAATCTGAATGGC 919
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 GGAAGTTTAGGAAAGTCGCGTGATAAAGGTCTTTCTTCATGGGGCTGGAATCTGAATGGC 945
Query 920 CAGCATTCAACTTATCATGCTCTTTTTCCTCGGGCTTGGACTATATATGATGGTGAGCCT 979
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 CAGCATTCAACTTATCATGCTCTATTTCCTCGGGCTTGGACTATATATGATGGTGAGCCT 1005
Query 980 GATCCAGAGTTAAAGATCTCCTGCCGGCAAATATCTCCTTTTATACCAAACAATTATCGA 1039
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 GATCCAGAGTTAAAGATTTCCTGCCGGCAAATATCACCTTTTATACCAAACAATTATCGA 1065
Query 1040 GATAGTAGTCTTCCAGCAGCTGTTTTTGTATATACTTTGGTGAACACTGGAAAGGAAAGG 1099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1066 GATAGTAGTCTTCCAGCAGCTGTTTTTGTATATACTTTGGTGAACACTGGAAAGGAAAGG 1125
Query 1100 GCAAAAGTCAGCCTCCTATTCACATGGGCGAATTCAATAGGTGGGACTTCACATATGTCA 1159
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1126 GCAAAAGTCAGCCTTCTTTTCACATGGGCGAATTCAATGGGTGGGACTTCACATATGTCA 1185
Query 1160 GGGGGTCATGTGAATGAGCCATTCATAGGCGAAGATGGGGTCTCTGGTGTCCTCTTACAT 1219
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1186 GGGGGTCATGTGAATGAGCCATTCATAGGTGAAGATGGGGTCTCTGGCGTCCTCTTACAT 1245
Query 1220 CACAAGACAGGCAAGGGAAATCCTCCTGTTACATTTGCGATTGCTGCTTCTGAGACTCAG 1279
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 CACAAGACAGGCAAAGGAAATCCTCCTGTTACATTTGCGATTGCTGCTTCTGAGACTCAG 1305
Query 1280 AATGTTAATGTAACTGTTTTACCATACTTTGGATTGTCTGAAGATAGTTCTTTTACAGCG 1339
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 AATGTTAATGTAACTGTTTTACCATGCTTTGGATTGTCTGAAGATAGTTCTTTTACAGCG 1365
Query 1340 AAAGATATGTGGGATACAGTGGAAAAGGATGGGAAATTTGATCAAGAAAACTTCAATAGC 1399
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 AAAGATATGTGGGATACAATGGAACAGGATGGGAAATTTGATCAAGAAAACTTCAATAGC 1425
Query 1400 GGGCCAAGCACGCCTTCATTAGCTGGAGACACTATTTGTGCAGCAGTCTCAGCTTCGGCA 1459
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1426 GGGCCAAGCACACCTTCATTAGCTGGAGACACTATTTGTGCAGCAGTCTCGGCTTCGGCA 1485
Query 1460 TGGGTAGAAGCTCATGGCAAGTGCACTGTGTCTTTTGCTCTTTCGTGGTCATCACCAAAA 1519
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1486 TGGGTAGAAGCTCATGGCAAGTGCACTGTGTCTTTTGCACTTTCATGGTCATCGCCAAAA 1545
Query 1520 GTGAAATTTTCAAAGGGAAGCACATATGACAGGAGATACACTAAATTTTATGGAACTTCG 1579
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1546 GTGAAATTTTCAAAGGGAAGCACATATGACAGGAGATACACTAAATTTTATGGTACTTCG 1605
Query 1580 CCAAGAGCAGCGCTGGACCTTGTGCATGATGCACTGACAAATTATAAGAGGTGGGAGGAA 1639
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606 CCAAGAGCAGCGTTGGACCTTGTGCATGATGCACTGACAAATTATAAGAGGTGGGAGGAA 1665
Query 1640 GATATTGAGGCATGGCAAAATCCCATTCTCAGAGATGAAAGGCTCCCTGAGTGGTACAAG 1699
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 GATATTGAAGCATGGCAGAATCCCATTCTCAGAGATGAAAGGCTCCCTGAGTGGTACAAG 1725
Query 1700 TTCACTCTGTTCAATGAGCTTTACTTTTTGGTAGCCGGTGGTACAGTTTGGATAGACTCT 1759
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1726 TTCACTCTGTTCAATGAGCTTTACTTTTTGGTTGCCGGTGGTACAGTTTGGATAGACTCT 1785
Query 1760 TCTTCACTCAATGCCAATGGGAATAGTCAGCATCAACAATCGGGTTTAGGAAATTCAGAT 1819
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1786 TCTTCACTCAATGCTAATGGGAATAGTCAGCATCAACAATCGGGATTAGGAAATTCAGAT 1845
Query 1820 GGTATGG-CGGGTGGACTCGACATCAATGATCAACGGAATGACCTTGGTAATGGAAACAG 1878
|||| || ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1846 GGTAAGGTCGG-TGGACTTGACATTAATGATCAACGGAATGACCTTGGTAATGGCAACAG 1904
Query 1879 CGTTGGAGTAAAAAGCAATGATGAAGTATCAGCTATTCATAACCGGAATGGTTTATTTGT 1938
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 CGTTGGAGTAAAAAGCAATGATGAAGTATCAGCCATTCATAACCGGAATGGTTTATTTGT 1964
Query 1939 CGACACTCGCCATGTAGATGATGGCGATGATGTTGGTCGGTTTCTGTATTTGGAAGGTGT 1998
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 CGATACTCCCCATGTAGATGATGGCGATGATGTTGGTCGGTTTCTGTATTTGGAAGGTGT 2024
Query 1999 GGAGTATGTGATGTGGTGCACATATGACGTGCACTTTTACGCATCATATGCGCTCCTTAT 2058
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 GGAGTATGTGATGTGGTGCACATATGATGTACACTTTTACGCATCATATGCGCTCCTTAT 2084
Query 2059 GCTATTCCCAAAGATCGAACTAAACATCCAGCGGGATTTTGCAAAAGCTGTGTTGTCTGA 2118
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2085 GCTATTCCCAAAGATCGAACTAAACATCCAGCGTGATTTTGCGAAAGCCGTGTTGTCTGA 2144
Query 2119 AGATGGGAGGAAGGTTAAGTTCCTGGCAGAAGGAAATGTGGGGATTCGCAAGGTCAGAGG 2178
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2145 AGATGGTAGGAAGGTTAAGTTCCTGGCAGAAGGAAATGTGGGAATTCGCAAGGTCAGAGG 2204
Query 2179 TGCTGTTCCTCACGATCTGGGGATGCATGATCCGTGGAATGAAATGAATGCCTACAACAT 2238
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205 TGCTGTTCCTCACGATCTGGGGATGCATGATCCTTGGAATGAAATGAATGCCTACAACAT 2264
Query 2239 ACATGACACAAGCAAGTGGAAGGATCTTAATCCAAAGTTTGTGCTTCAGGTGTATAGAGA 2298
|||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 ACATGACACAAGCAGGTGGAAGGATCTGAACCCAAAGTTTGTGCTTCAGGTGTATAGAGA 2324
Query 2299 TTTTGCAGCTACAGGGGATTACCAATTTGGAATAGACGTTTGGCCCGCAGTTCGTGCTGC 2358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2325 TTTTGCAGCTACAGGGGATTACCAATTTGGAATAGACGTGTGGCCCGCAGTTCGTGCTGC 2384
Query 2359 TATGGAGTACATGGAACAGTTTGATAGAGACAATGACGATCTAATAGAGAATGATGGTTT 2418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385 TATGGAGTACATGGAACAGTTTGATAGAGACAATGACGATCTAATAGAGAATGATGGTTT 2444
Query 2419 CCCAGATCAGACATATGATACATGGACTGTTCATGGTGTGAGTGCATACTGCGGTTGCCT 2478
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2445 CCCAGATCAGACATATGATACATGGACTGTTCATGGCGTGAGTGCCTACTGCGGTTGCCT 2504
Query 2479 TTGGCTGGCTGCTCTTCAAGCTGCAGCGGCAATGGCTCTCCAAATCGGTGACAAATTCTT 2538
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2505 GTGGCTGGCTGCTCTTCAAGCTGCAGCAGCAATGGCTCTCCAAATTGGTGACAAATTCTT 2564
Query 2539 TGCAGAA-TTGTGTAAAAATAAGTTTTTGAATGCAAAGGCAGCAATGGAAACGAAACTCT 2597
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2565 TGCAGAACTT-TGTAAAAATAAGTTTTTGAATGCAAAGGCAGCACTGGAAACGAAACTCT 2623
Query 2598 GGAACGGATCATACTTCAATTATGACAGTGGGGCAAGCAGCAACAGCAAATCTATACAGA 2657
|||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2624 GGAATGGATCATACTTCAATTACGACAGTGGGTCAAGCAGCAACAGCAAATCTATACAGA 2683
Query 2658 CTGATCAGTTGGCGGGTCAATGGTATGCTGCATCTTCAGGTCTGCCTCCAATATTCGAGG 2717
| |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 2684 CCGATCAGCTGGCGGGTCAATGGTATGCCGCGTCTTCAGGTCTGCCTCCATTATTTGAGG 2743
Query 2718 AATCTAAAATCAGAAGCACTATGCAAAAGATCTTTGATTTCAATGTGATGAAGACCAAAG 2777
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2744 AATCCAAAATCAGAAGCACTATGCAAAAGATCTTTGATTTCAATGTGATGAAGACAAAAG 2803
Query 2778 GAGGCAAAATGGGTGCAGTAAATGGGATGCATCCTGATGGGAAAGTGGATGACACATGCA 2837
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2804 GAGGTAAAATGGGTGCTGTAAATGGGATGCATCCGGATGGGAAAGTGGATGACACGTGCA 2863
Query 2838 TGCAGTCGCGTGAGATATGGACAGGCGTCACTTATGCAGCTGCAGCTACAATGATCCTCT 2897
||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2864 TGCAGTCTCGTGAGATATGGACAGGTGTTACTTATGCAGCTGCGGCTACTATGATCCTCT 2923
Query 2898 CTGGAATGGAAGAACAAGGATTCACCACTGCTGAGGGAATTTTTACAGCTGGCTGGTCAG 2957
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2924 CTGGAATGGAAGAACAAGGTTTCACCACTGCTGAGGGAATTTTCACAGCTGGCTGGTCAG 2983
Query 2958 AAGAAGGTTTCGGATATTGGTTCCAGACACCGGAAGGTTGGACAATGGATGGGCATTACA 3017
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 AAGAAGGTTTCGGATATTGGTTCCAGACACCGGAAGGTTGGACAATGGATGGGCATTACC 3043
Query 3018 GGTC-CTTGATATACATGAGACCGCTTGCGATATGGGGAATGCAATGGGCATTATCGCTG 3076
|||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3044 GGTCACT-GATATACATGAGACCGCTCGCGATATGGGGAATGCAATGGGCATTATCGTTG 3102
Query 3077 CCAAAGGCAATTCTGGACGCTCCTCAGATCAACATGATGGACAGAGTACACTTATCCCCA 3136
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3103 CCAAAGGCAATTCTGGACGCTCCACAGATCAACATGATGGACAGAGTACACTTATCCCCT 3162
Query 3137 AGAAGCCGCAGATTCTCTAACAACTTCAAAGTTGTGAAACACAAGGCTAAGTGTTTTGGC 3196
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3163 AGAAGCCGAAGATTCTCGAACAACTTCAAAGTTGTGAAACACAAGGCAAAGTGTTTTGGT 3222
Query 3197 AATTCAGCATTAAGCTGTTCTTGCTAAATCATTCCGTCTTATTATATATAACATACAAGT 3256
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 3223 AATTCAGCATTAAGCTGTTCTTGCTAAATCATTCGGTCTTGTTATATATAAGATACAAGT 3282
Query 3257 AACATTCACATCTCTGATATGATTATCGGAGTAACTTATATaaaaaaaagtaaaaaaTGT 3316
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||
Sbjct 3283 AA-ATTCACATCTCTGATATGATTATCGGAGTAACATATATAAAAAAGAGGAAA---TGT 3338
Query 3317 TATTTAAGGAGAGGAATTAGCCGACATGGTTCCTGAGTTGTAATAA-AT-AATA 3368
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 3339 TATTTAAGGAGAGGAACTAGCCGACATAGTTCCTGAGTTGTAATAATATTAATA 3392
Score = 183 bits (99), Expect = 7e-45
Identities = 123/134 (92%), Gaps = 4/134 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 3357 TAATAAATAATAACCTGAGAAGAACAATTTGTGTTCTTCTTTTCTTCTGTTGGTTTAT-A 3415
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 3494 TAATAAATAATAATCTGAGAAGAACAATTTGTGTTCTTCTTTTCTTCTGTTGGTTT-TGA 3552
Query 3416 TTTATTGGCTTAAAGAAAAGCCACGTAAGAGCATATAAAACGGCAACACCTACGTACGCT 3475
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||
Sbjct 3553 ATTATTGGCTAAAAGAAAAGCCACGTAAGAGCATATAAT--GACAACGCCTACGTACGCT 3610
Query 3476 TTATAGCGTTCAAT 3489
|| |||||||||||
Sbjct 3611 TTTTAGCGTTCAAT 3624
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 173677956666
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5