BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479948
Length=1503
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G24330.1 | Symbols: | O-Glycosyl hydrolases family 17 prote... 2300 0.0
AT3G24332.1 | Symbols: | other RNA | chr3:8830336-8831838 REVE... 1347 0.0
> AT3G24330.1 | Symbols: | O-Glycosyl hydrolases family 17 protein
| chr3:8830336-8831838 FORWARD LENGTH=1503
Length=1503
Score = 2300 bits (1245), Expect = 0.0
Identities = 1420/1506 (94%), Gaps = 6/1506 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCAGAAGAGAGATCAAAGTTGACAACAAACCACTTCTATTATCATCAGATTATTCTT 60
||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCAGGAGAGAGATCAAAGTTAACAACAAACCACTTTTATAATCATCAGATTATTCTT 60
Query 61 TGTTCA-TTTCTTATCATCTCACAAGTTTCCATTGCCTCAAGCAACACTAGTAGTGTAGG 119
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 61 TGTT-ACTTTCTTATCATCTCACAAGTTTCCATTGCCTCAAGCAACACGAGTAATGTAGG 119
Query 120 AGTTAACTGGGGAACAATGGCGAGTCACCAGCTTCCACCAGAAAAGGTAGTGAAGATGCT 179
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 120 AGTTAACTGGGGAATAATGGCGAGTCACCAGCTTCCACCAGAAAAGGTTGTGAAGATGCT 179
Query 180 ACA-AGACAATGGTTTCACTAAGCTGAAACTGTTTGAAGCCGACCAAAACATCTTAGACG 238
| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 A-ATGGACAATAGTTTCACTAAGCTGAAACTATTTGAAGCCGACCAAAACATCTTAGACG 238
Query 239 CTCTAATTGGCTCACAGATCGAAGTCATGATCGGAATACCAAACCGGTTTCTTAAAGAAT 298
|||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 CTCTAATTGGCTCAGACATTGAAGTCATGATAGGAATACCAAACCGGTTTCTTAAAGAAA 298
Query 299 TGGCTCAAGATACATCTGTAGCAGCTTCGTGGGTTGAAGAAAACGTTACTGCTTATTCTT 358
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 TGGCTCAAGATACATCTGTAGCAGCTTCATGGGTTGAAGAAAACGTTACTGCTTATTCTT 358
Query 359 ACAATGGTGGAGTCAACATCAAGTACATAGCTGTTGGAAACGAGCCTTTCCTTCAGACAT 418
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ACAACGGTGGAGTCAACATCAAGTACATAGCTGTTGGAAACGAGCCTTTCCTTCAGACAT 418
Query 419 ATAATGGAACTTACGTTGAGTTCACTTTACCAGCTCTCATCAACATCCAACGAGCATTAG 478
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 419 ATAATGGAACTTACGTTGAGTTCACATTACCAGCTCTTATCAACATCCAACGAGCACTAG 478
Query 479 AGGAAGCTGATTTGAAAGGTGTGACAGTCACTGTTCCTTTCAACGCAGACATCTATTTTT 538
||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AGGAAGCTGATCTGAAAAATGTGAAAGTCACTGTTCCTTTCAACGCAGACATCTATTTTT 538
Query 539 CACCTTAAGCGAACCCGGTTCCATCAGCTGGAGGCTTTAGGCCTGAGCTTAGGGATGCAA 598
| ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 539 CCCCTGAAGCGAACCCTGTTCCATCAGCTGGAGACTTTAGACCTGAGCTAAGGGATGCAA 598
Query 599 CGATTGAGATAATCAATTTCTTGTATTCACATGATTCACCTTTCACGGTCAACATTTACC 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 599 CGATTGAGATAATCAATTTCTTGTATTCACATGATTCGCCTTTCACGGTTAACATATACC 658
Query 659 CTTTTCTCAGTCTCTATGGAAATGCTTACTTCCCTTTGGACTTTGCCTTCTTTGATGGGA 718
||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 659 CTTTTCTTAGTCTCTATGGAAATGCTTACTTTCCTTTGGATTTTGCCTTCTTTGATGGGA 718
Query 719 CTAACAAATCTTTGAGAGATGGAAATTTGGTCTACACTAATGTGTTTGATGCGAATCTCG 778
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 CTAACAAGTCTTTGAGAGATGGAAATTTGGTCTACACCAATGTGTTTGATGCGAATCTCG 778
Query 779 ACACTTTGATTTGTGCTATGGAGAAATATAGCTTCTTGGGGATGAAGATCATCGTAGGAG 838
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 779 ACACTTTGATTTGTGCTATGGAGAGATATAGCTTCTTGGGGATGAAGATCATTGTAGGAG 838
Query 839 AAGTCGGATGGCCTACAGATGGAGACAAGAACGCTAATATAAAGAGTGCAAAGAGATTCA 898
| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 839 AGGTCGGGTGGCCTACGGATGGAGACAAGAACGCTAATGTAAAGAGTGCAAAGAGATTCA 898
Query 899 ATGAGGGGATGGTAAAGCATGCTATGTCTGGAAATGGAACGCCTGCGAGGAAATGAGTGA 958
|| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 899 ATCAGGGAATGGTAAAGCATGCTATGTCTGGAAATGGAACGCCTGCGAGGAAAGGAGTGA 958
Query 959 TCATGGATGTTTACCTTTTCAGCCTTGTCGATGAGGACGCCAAGAGTATAGCACCGGGGA 1018
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TTATGGATGTTTACCTTTTCAGCCTTGTTGATGAGGACGCCAAGAGTATAGCACCGGGGA 1018
Query 1019 CTTTTGAGAGACATTGGGGGATCTTTGGGTTTGATGGGAGACCGAAATATGAGCTTGACT 1078
|||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CTTTTGAGAGGCACTGGGGGATCTTTGAGTTTGATGGGAGACCGAAATATGAGCTTGACT 1078
Query 1079 TGTCAGGTAAAGGCAATGACAAGCCTTTGGTTCCTGTGGAAGATGTTAACTATCTGCCAA 1138
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |
Sbjct 1079 TGTCAGGTAAAGGAAATGACAAGCCTTTGGTTCCTGTGGAAGATGTGAAGTATCTGCCCA 1138
Query 1139 AAACTTGGTGTGTTCTCGACCCTAATGCATATAACCTCGATGACTTGCCTGATAATATCG 1198
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 AAACTTGGTGTATTCTTGACCCTAATGCATATAACCTCGATGACTTGCCTGATAATATCG 1198
Query 1199 ACTATGCGGGTAGCTTATCTGATTGCACAGCACTCGGGTATGGATCCTCTTGTAACCATC 1258
||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 ACTATGCTTGTAGTTTGTCTGATTGCACAGCACTCGGGTATGGATCCTCTTGTAACCATC 1258
Query 1259 TTACTGCCATAG-ACAATGCTTCATATGTCTTTAACATGTATTATCAGATGCACGATCAG 1317
| ||||| | || | |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TCACTGCTACAGGA-AATGTTTCATATGCCTTTAATATGTATTATCAGATGCACGATCAG 1317
Query 1318 AAAACCTGGGACTGCGATTTCTTGGGGTTGGGTTTGATAATAGACGAAGATCCATCTGAT 1377
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||
Sbjct 1318 AAAACATGGGACTGCGATTTCTTGGGGTTGGGTTTGATCACAGATGAAGATCCATCTGAT 1377
Query 1378 GAACTTTGTGAGTTCCCTGTGATGATTGATACAGGAAATTCACCAAGGTTGCAACCTCGA 1437
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||| ||
Sbjct 1378 GAACTTTGCGAGTTCCCTGTAATGATTGATACAGGAGATTCAACGAGGTTGCAGCCTGGA 1437
Query 1438 TCTTCAAGAGTGTTGACCAGAGTCGCAGCCGCGGTTTTAGTTATGTTGGTCCTTCCCATC 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TCTTCAAGAGTGTTGACCAGAGTCGCAGCCGCGGTTTTAGTTATGTTGGTCCTTCCCATC 1497
Query 1498 TTGTAG 1503
||||||
Sbjct 1498 TTGTAG 1503
> AT3G24332.1 | Symbols: | other RNA | chr3:8830336-8831838 REVERSE
LENGTH=1402
Length=1402
Score = 1347 bits (729), Expect = 0.0
Identities = 827/875 (95%), Gaps = 4/875 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1 ATGGCAGAAGAGAGATCAAAGTTGACAACAAACCACTTCTATTATCATCAGATTATTCTT 60
||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1402 ATGGCAGGAGAGAGATCAAAGTTAACAACAAACCACTTTTATAATCATCAGATTATTCTT 1343
Query 61 TGTTCA-TTTCTTATCATCTCACAAGTTTCCATTGCCTCAAGCAACACTAGTAGTGTAGG 119
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1342 TGTT-ACTTTCTTATCATCTCACAAGTTTCCATTGCCTCAAGCAACACGAGTAATGTAGG 1284
Query 120 AGTTAACTGGGGAACAATGGCGAGTCACCAGCTTCCACCAGAAAAGGTAGTGAAGATGCT 179
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1283 AGTTAACTGGGGAATAATGGCGAGTCACCAGCTTCCACCAGAAAAGGTTGTGAAGATGCT 1224
Query 180 ACA-AGACAATGGTTTCACTAAGCTGAAACTGTTTGAAGCCGACCAAAACATCTTAGACG 238
| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1223 A-ATGGACAATAGTTTCACTAAGCTGAAACTATTTGAAGCCGACCAAAACATCTTAGACG 1165
Query 239 CTCTAATTGGCTCACAGATCGAAGTCATGATCGGAATACCAAACCGGTTTCTTAAAGAAT 298
|||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164 CTCTAATTGGCTCAGACATTGAAGTCATGATAGGAATACCAAACCGGTTTCTTAAAGAAA 1105
Query 299 TGGCTCAAGATACATCTGTAGCAGCTTCGTGGGTTGAAGAAAACGTTACTGCTTATTCTT 358
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104 TGGCTCAAGATACATCTGTAGCAGCTTCATGGGTTGAAGAAAACGTTACTGCTTATTCTT 1045
Query 359 ACAATGGTGGAGTCAACATCAAGTACATAGCTGTTGGAAACGAGCCTTTCCTTCAGACAT 418
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 ACAACGGTGGAGTCAACATCAAGTACATAGCTGTTGGAAACGAGCCTTTCCTTCAGACAT 985
Query 419 ATAATGGAACTTACGTTGAGTTCACTTTACCAGCTCTCATCAACATCCAACGAGCATTAG 478
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 984 ATAATGGAACTTACGTTGAGTTCACATTACCAGCTCTTATCAACATCCAACGAGCACTAG 925
Query 479 AGGAAGCTGATTTGAAAGGTGTGACAGTCACTGTTCCTTTCAACGCAGACATCTATTTTT 538
||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 AGGAAGCTGATCTGAAAAATGTGAAAGTCACTGTTCCTTTCAACGCAGACATCTATTTTT 865
Query 539 CACCTTAAGCGAACCCGGTTCCATCAGCTGGAGGCTTTAGGCCTGAGCTTAGGGATGCAA 598
| ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 864 CCCCTGAAGCGAACCCTGTTCCATCAGCTGGAGACTTTAGACCTGAGCTAAGGGATGCAA 805
Query 599 CGATTGAGATAATCAATTTCTTGTATTCACATGATTCACCTTTCACGGTCAACATTTACC 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 804 CGATTGAGATAATCAATTTCTTGTATTCACATGATTCGCCTTTCACGGTTAACATATACC 745
Query 659 CTTTTCTCAGTCTCTATGGAAATGCTTACTTCCCTTTGGACTTTGCCTTCTTTGATGGGA 718
||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 744 CTTTTCTTAGTCTCTATGGAAATGCTTACTTTCCTTTGGATTTTGCCTTCTTTGATGGGA 685
Query 719 CTAACAAATCTTTGAGAGATGGAAATTTGGTCTACACTAATGTGTTTGATGCGAATCTCG 778
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 684 CTAACAAGTCTTTGAGAGATGGAAATTTGGTCTACACCAATGTGTTTGATGCGAATCTCG 625
Query 779 ACACTTTGATTTGTGCTATGGAGAAATATAGCTTCTTGGGGATGAAGATCATCGTAGGAG 838
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 624 ACACTTTGATTTGTGCTATGGAGAGATATAGCTTCTTGGGGATGAAGATCATTGTAGGAG 565
Query 839 AAGTCGGATGGCCTACAGATGGAGACAAGAACGCT 873
| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 564 AGGTCGGGTGGCCTACGGATGGAGACAAGAACGCT 530
Score = 798 bits (432), Expect = 0.0
Identities = 499/532 (94%), Gaps = 2/532 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 973 CTTTTCAGCCTTGTCGATGAGGACGCCAAGAGTATAGCACCGGGGACTTTTGAGAGACAT 1032
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 531 CTTTTCAGCCTTGTTGATGAGGACGCCAAGAGTATAGCACCGGGGACTTTTGAGAGGCAC 472
Query 1033 TGGGGGATCTTTGGGTTTGATGGGAGACCGAAATATGAGCTTGACTTGTCAGGTAAAGGC 1092
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 TGGGGGATCTTTGAGTTTGATGGGAGACCGAAATATGAGCTTGACTTGTCAGGTAAAGGA 412
Query 1093 AATGACAAGCCTTTGGTTCCTGTGGAAGATGTTAACTATCTGCCAAAAACTTGGTGTGTT 1152
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 411 AATGACAAGCCTTTGGTTCCTGTGGAAGATGTGAAGTATCTGCCCAAAACTTGGTGTATT 352
Query 1153 CTCGACCCTAATGCATATAACCTCGATGACTTGCCTGATAATATCGACTATGCGGGTAGC 1212
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 351 CTTGACCCTAATGCATATAACCTCGATGACTTGCCTGATAATATCGACTATGCTTGTAGT 292
Query 1213 TTATCTGATTGCACAGCACTCGGGTATGGATCCTCTTGTAACCATCTTACTGCCATA-GA 1271
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||
Sbjct 291 TTGTCTGATTGCACAGCACTCGGGTATGGATCCTCTTGTAACCATCTCACTGCTACAGGA 232
Query 1272 CAATGCTTCATATGTCTTTAACATGTATTATCAGATGCACGATCAGAAAACCTGGGACTG 1331
|||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 231 -AATGTTTCATATGCCTTTAATATGTATTATCAGATGCACGATCAGAAAACATGGGACTG 173
Query 1332 CGATTTCTTGGGGTTGGGTTTGATAATAGACGAAGATCCATCTGATGAACTTTGTGAGTT 1391
|||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 172 CGATTTCTTGGGGTTGGGTTTGATCACAGATGAAGATCCATCTGATGAACTTTGCGAGTT 113
Query 1392 CCCTGTGATGATTGATACAGGAAATTCACCAAGGTTGCAACCTCGATCTTCAAGAGTGTT 1451
|||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 112 CCCTGTAATGATTGATACAGGAGATTCAACGAGGTTGCAGCCTGGATCTTCAAGAGTGTT 53
Query 1452 GACCAGAGTCGCAGCCGCGGTTTTAGTTATGTTGGTCCTTCCCATCTTGTAG 1503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 52 GACCAGAGTCGCAGCCGCGGTTTTAGTTATGTTGGTCCTTCCCATCTTGTAG 1
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74146204965
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5