BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480077
Length=3219
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G04270.5 | Symbols: RNEE/G | RNAse E/G-like | chr2:1474907-1... 4614 0.0
> AT2G04270.5 | Symbols: RNEE/G | RNAse E/G-like | chr2:1474907-1480210
FORWARD LENGTH=3256
Length=3256
Score = 4614 bits (2498), Expect = 0.0
Identities = 2948/3156 (93%), Gaps = 67/3156 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 122 TCGTCCCACCGCTCCGTGTATTGATGAAC--C--CATAGCAACTCAACACCACCATGGAT 177
||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| | | |||||||||
Sbjct 4 TCGTCCCACCGCTCCGTGTATTGCTGAACTTCTTCATAGCAACTC-A-A-TACCATGGAT 60
Query 178 GTTACTGAAGTTCCATGGCGTCGTCTTCCTCAAATTTCCGTTTCTTCACGCGCCTCGTGG 237
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GTTACTGAAGTTCCATGGCGTCGTCTTCCTCAATTTTCCGTTTCTTCACGCGCCTCGTGG 120
Query 238 CTTGTTACTTCTGGGTTTCCTG-TTTCTTCATATATGTTCTCTCATGTTGAGCGTGGAAA 296
|| ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCGTTTCTTCTGGGTTTCC-GCTTTCTTCATATATGTTCTCTCATGTTGAGCGTGGAAA 179
Query 297 GTCGTTTAGGCTCACCTTGTGCTTTGGGGTCTCTCG--T--G--CAAGGTCTGCTATT-- 348
| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||
Sbjct 180 GACGTTTAGGCTTACCTTGTGCTTTGGGGTCTCTCGTTTACGTCCAAGGTCTGCTATTCC 239
Query 349 -GT-A-A---GTG-TA-C---A-AC-AAGAACAGCCAGCTAGTCGTAGT-AAAGGATTAT 394
| | | || || | | | |||||||||| |||||||| | ||||||||||
Sbjct 240 ACTGAGATTTTTGTTATCTGTATTCTCAGAACAGCCACCTAGTCGT-CTCAAAGGATTAT 298
Query 395 GCGAGGTTGTTTGGATTGTGGAAGCTGATCTTGCA-CCTAATGAACATCTCTTCGTTACT 453
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||
Sbjct 299 GCGAGGTCGTTTGGATTGTGGAAGCTGATCTGGCAGCC-AATGAACATCTCTACGTTACT 357
Query 454 GGAGATCCTTCTGCTTTAGGTAGCTGGGAGCCAGACTGTGCAATCTCAATGTATCGTACT 513
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 358 GGAGATCCTTCTACATTAGGTAGCTGGGAGCCAGACTGCGCAATCTCAATGTATCCTACG 417
Query 514 GAAAATGATAATGAATGGGAAGCTAAAGTCAAGATTGCTTCTGGTGTAAATTTCAGGTAT 573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 GAAAATGATAATGAATGGGAAGCTAAAGTCAAGATTGCTTCTGGTGTAAATTTCAGGTAT 477
Query 574 AATTATTTTTTAAAAGCTGGATACGGATCTTCATCTGATGTCATCTGGAGACCAGGGCCA 633
|||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 AATTATCTGTTAAAAGCTGGATATGGATCTTCATCGGATGTCATCTGGAGACCAGGGCCA 537
Query 634 CAATTTTCGTTATCAGTTCCTTCTTCTGTCAATCGAGAGAGAAAAGTAGTTATAAGGGAT 693
||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| || |||||||||||
Sbjct 538 CAATTTTCGTTATCAGTTCCTTCCTCTGTCAATCAAGACAGAAAAATAATTATAAGGGAT 597
Query 694 TCATGGATGAG--T--G--TTTCCTCAAGATCACAAGAATCCTACGTATGGGGGTCTTGG 747
||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 598 TCATGGATGAGTATGAGTATTTCCTCAAAATCACAAGAATCCTACGGATGGGGGTCTTGG 657
Query 748 ATCGATGATGCTTACCTTTTTCCAAATTCTGTTACCTCAGCTCAAAGTGAAGGTAACAT- 806
|| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||| | | ||
Sbjct 658 ATTGATGATGCTTACCTTTTTCCAAACTGTGTTACCCCAGCTCAAAGCGAAGATGA-ATG 716
Query 807 CTCTACTTCTGATAGTGCTATAGAAGTCCCGAGAACACTTCTGAATGATAAGCAAGGAGG 866
| || | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 717 CACTTCCGCCGATAGTGCTATAGAAGTCCCGAGAACACATCTGAATGATAAGCAAGTAGG 776
Query 867 AAATGAATCTTTCTTCTGTGATGAGCTTGCAGCCTTTTCGTCAGAGAACTCAAACTTAAG 926
| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 AGCTGAATCTTTCTTATGTGATGAGCTTGCAGCCTTTTCGTCAGAGAACTCAAACTTAAG 836
Query 927 TGCGTTATTTTCTGACAACTATCAGCCTATCGAGGAACCGTGGTTGATTCAAGACTCTAT 986
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 837 TGCGTTATTTTCTGACAACTATCAGCCTATCGAGGAACCGTGGTTGATTCAAGAATCTAT 896
Query 987 TACCTTGCAACATGCAAGGAATATGCAGACTGACAGCGAACAAGATGTTGAAAGCTGTGA 1046
|||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 TACCTTACAACATGAAAGGAATATGCAGACTGATAGCGAACAAGATGTTGAAAGCTGTGA 956
Query 1047 TGAAAATGAAAACAGCTTACATACTGATGAACAAAATCACCAGCTGACAGAGACTCTCTT 1106
||| |||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 957 TGACAATGAAAATAACTTAAATACCGATGAACAAAATCACCAGCTGACTGAGACTCTCTT 1016
Query 1107 ACCTGATGGTGGATTTTTCCAACCGGAATCCATTTCTACTACGATACTGATCAATTCTTC 1166
||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 ACCAGATGGTGGATTTTTCCAATCAGAATCCATTGCTACTACGATACTGATCAATTCTTC 1076
Query 1167 TATATGTACGGTGCAAAGGATTGCTGTATTGGAAGGTGAAAAGCTGGTCGAGTTATTGTT 1226
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TATATGTACGGTGCAAAGGATTGCTGTATTGGAAGGTGGAAAGCTGGTCGAGTTATTGTT 1136
Query 1227 GGAACCAGTTAAGACCAATGTGCAGTGTGATAGTGTTTACCTGGGCGTGATCACTAAGTT 1286
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1137 GGAACCAGTTAAGACCAATGTGCAGTGTGATAGTGTTTACCTGGGCGTAATCACTAAGTT 1196
Query 1287 TGTGCCCCATATGGGTGGTGCATTTGTGAATATTGGAAGTGCTAGACATTCTTTCATGGA 1346
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 TGTGCCCCATATGGGTGGTGCATTTGTGAATATCGGAAGTGCTAGACATTCTTTCATGGA 1256
Query 1347 CATTAAGTCAAACAGGGAACCATTCATATTCCCTCCATTCTGTGATGGATCGAAGAAGCA 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 CATTAAGTCAAACAGGGAACCATTCATATTCCCTCCATTTTGTGATGGATCGAAGAAGCA 1316
Query 1407 AGCAGCTGATGGTTCTCCGATCCTCTCTATTAATGACATTCCAGCTCCCCATGAAATTGA 1466
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1317 AGCAGCTGATGGTTCTCCGATCCTCTCTATGAATGACATTCCAGCTCCCCATGAAATCGA 1376
Query 1467 ACATGCTTCCTATGACTTTGAAGCCAGTAGTTTATTAGACATTGATTCAAATGACCCTGG 1526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 ACATGCTTCCTATGACTTTGAAGCCAGTAGTTTATTAGACATTGATTCAAATGACCCTGG 1436
Query 1527 GGAATCTTTTCATGATGATGACGATGAGCATGAAAATGATGAATATCATGTCTCAGATGC 1586
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1437 GGAATCTTTTCATGATGATGACGATGAGCATGAAAATGATGAATATCATGTCTCAGAT-C 1495
Query 1587 -TCTAGTTGGATTAGTTAATGGAACTGTAGTGAACCATGGCGCTGTGGAAGTTGGATCTG 1645
||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 ATCTAGCTGGACTAGTTAATGGAACTGTAGTTAACCATGGCGCTGTGGAAGTTGGATCTG 1555
Query 1646 AGAATGGCCTTATTCCTCTGGAGAGAGAACACTCTGTAGATTCCCTCGTTTCTAATC-CA 1704
||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||| || | ||| || | ||
Sbjct 1556 AGAATGGCCATATTCCTATGGAGAGAGGACACTCTGCAGATTCTCTTGATTCGAA-CGCA 1614
Query 1705 TCAGTTCCAAAAACTTCTAAGGCGATGCCGTCTAAAGATAATAAGTGGATTCAAGTTCGG 1764
|||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 TCAGTTGCAAAAGCTTCTAAGGTGATGTCGTCTAAGGATAATAAGTGGATTCAAGTTCGG 1674
Query 1765 AAAGGCACCAAGATAATTGTGCAAGTTGTTAAAGAGGGCCTCGGTACGAAAGGTCCAACT 1824
||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AAAGGAACCAAAATTATTGTGCAAGTTGTTAAAGAGGGCCTCGGTACGAAAGGTCCAACT 1734
Query 1825 CTTACTGCTTACCCGAAACTGAGAAGTAGATTCTGGGTATTACTGACTCGATGCAAACGA 1884
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||
Sbjct 1735 CTTACTGCTTACCCGAAGCTGAGAAGTAGATTCTGGGTACTATTGACTCGTTGCAAACGA 1794
Query 1885 ATTGGAGTGTCGaaaaaaaTTTCGGGAGTTGAGAGAACCCGGTTAAAAGTTATAGCAAAA 1944
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 ATTGGAGTCTCGAAAAAAATTTCGGGAGTTGAGAGAACCCGGTTAAAAGTTATAGCAAAA 1854
Query 1945 ACATTGCAGCCTCAAGGTTTTGGACTGACTGTAAGGACTGTGGCTGCAGGCCATTCTCTA 2004
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1855 ACATTGCAGCCTCAAGGTTTTGGCCTGACTGTAAGGACTGTAGCTGCTGGCCATTCTCTA 1914
Query 2005 GAAGAACTGCAGAAAGACTTAGAAGGTCTGCTTTTAACGTGGAAGAACATTACAGATGAA 2064
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 GAAGAACTGCAGAAAGACTTAGATGGTCTGCTTTTAACCTGGAAGAACATTACAGATGAA 1974
Query 2065 GCAAAATCTTCAGCTCTTGCTGCAGATGAAGGTGTGGAAGGAGCCATTCCAGCGCTGCTA 2124
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 GCAAAATCTGCAGCCCTTGCTGCAGATGAAGGTGTGGAAGGAGCCATTCCAGCGCTGCTA 2034
Query 2125 CATAGAGCAATGGGTCAAACACTCTCAGTTGTGCAGGACTATTTCAATGACAAGGTTGAG 2184
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 CATAGAGCAATGGGTCAAACACTATCAGTTGTGCAGGACTATTTCAATGACAAGGTTGAG 2094
Query 2185 AAGATGGTGGTTGACTCTCCTAGGACATACCACGAGGTCACACACTACCTGCAGGATATG 2244
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 AAGATGGTGGTTGACTCTCCCAGGACATACCATGAGGTCACACACTACCTGCAGGATATG 2154
Query 2245 GCACCTGATCTTTGTAATCGAGTCGAATTGCATGATAAGGGTATACCTCTTTTTGATTTA 2304
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2155 GCACCTGATCTTTGTAATCGAGTGGAATTGCATGATAAGGGTATCCCTCTTTTTGATTTA 2214
Query 2305 TACGACATTGAGGAGGAAATCGAAGGTATTCTCAGTAAAAGAGTTCCACTTTCCAATGGA 2364
|| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 TATGAAATTGAGGAGGAAATCGAAGGTATTCTTAGTAAAAGAGTTCCACTTTCCAATGGA 2274
Query 2365 GGTTCTTTAGTGATTGAACAAACTGAGGCGTTGGTCTCTATTGATGTGAACGGAGGACAT 2424
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 GGTTCTTTGGTGATTGAACAAACTGAGGCGTTAGTCTCTATTGATGTGAACGGAGGACAT 2334
Query 2425 GGAATGTTTGGTCAGGGTAATTCACAGGAGAAAGCTATTTTAGAAGTTAATCTTGCTGCT 2484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 GGAATGTTTGGTCAGGGTAATTCACAGGAGAAAGCTATTTTAGAAGTTAATCTTGCTGCT 2394
Query 2485 GCCAGACAAATTGCAAGGGAGATTCGGCTGAGAGATATTGGCGGTATCATTGTGGTAGAT 2544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 GCCAGACAAATTGCAAGGGAGATTCGGCTGAGAGATATTGGCGGTATCATTGTGGTAGAT 2454
Query 2545 TTCATTGACATGGCAGATGAATCAAATAAGAGACTTGTTTATGAAGAGGTTAAGAAAGCA 2604
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 TTCATCGACATGGCAGATGAATCAAATAAGAGACTCGTTTATGAAGAGGTTAAGAAAGCC 2514
Query 2605 GTTGAGAGAGATAGGTCACTGGTAAAAGTATCAGAACTGTCTAGACACGGACTCATGGAA 2664
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2515 GTGGAGAGAGATAGGTCACTGGTAAAAGTATCAGAGCTGTCTAGACACGGACTTATGGAG 2574
Query 2665 ATAACAAGAAAAAGGGTTCGACCGAGTGTAACATTCATGATCAGTGAACCTTGTTCTTGC 2724
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2575 ATAACAAGAAAAAGGGTTCGGCCGAGTGTAACATTTATGATCAGTGAACCATGTTCTTGC 2634
Query 2725 TGTCATGCAACTGGTAGAGTGGAGGCACTGGAGACTTCCTTCTCAAAAATTGAACAAGAG 2784
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||
Sbjct 2635 TGTCACGCAACTGGTAGAGTGGAGGCACTGGAGACTACCTTTTCCAAAATTGAACAAGAG 2694
Query 2785 ATTTGTCGGCAGCTCGCAAAGATGGAGAAAAGAGGAGACCTAGAAAACCCCAAGTCTTGG 2844
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 2695 ATTTGTCGGCAGCTTGCAAAGATGGAGAAAAGAGGAGACCTGGAAAACCCCAAATCGTGG 2754
Query 2845 CCAAGATTCATATTGCGGGTGGACAGTCATATGTCAAGCTTCTTGACTACTGGGAAGAGG 2904
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2755 CCAAGATTCATATTGCGGGTGGACAGTCATATGTCAAGCTTCTTGACTACGGGGAAGAGG 2814
Query 2905 ACGAGGCTTGCAATCCTCAGTAGTTCCCTGAAAGTATGGATTCTCTTAAAGGTTGCTAGA 2964
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 ACGCGGCTTGCAATCCTCAGTAGTTCCCTGAAAGTATGGATTCTCTTAAAGGTTGCTAGA 2874
Query 2965 CATTTCACCAGAGGAACCTTTGAGGTTAAACCGTTCATGGATGAGAAGACGGTAAACGAA 3024
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2875 CATTTCACCAGAGGAACCTTTGAGGTTAAACCGTTCATGGATGAGAAGACAGTAAACGAA 2934
Query 3025 AGACAGCATCAAGTTGCTATTTCACTGCTCAAGAAAGCTGACGCCATAGCAGACTCCTCA 3084
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2935 AGACAGCATCAAGTTGCCATTTCACTGCTCAAGAAAGCTGACGCCATAGCAGACTCCTCC 2994
Query 3085 GCCAAGAAGAAGCTCACTCTTATTCCCA--A-GAAGGAAAAGACCAGTGGTAAACATAGA 3141
| |||||||||||||||||| ||||| | | |||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2995 GGCAAGAAGAAGCTCACTCTAATTCCAATTAAGAAGGAGAAGACCAGTGGTAAACAAAGG 3054
Query 3142 CGATGAG-C-AT----C---------A-C--TTTTGTTAGTTGTCTCAAATAATACTGTA 3183
||||||| | || | | | ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3055 CGATGAGACTATTTTTCTTTCTTGGCATCACTTTTGTTAGTTGTATCAAATAATACTGTA 3114
Query 3184 CCGAATCAATTATTGTGTATCAATATCATCTTCTTC 3219
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3115 CCGAATCAATTTTTGTGTATCAATATCATCTTCTTC 3150
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 160132882056
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5