BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480100
Length=2886
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G04660.1 | Symbols: APC2 | anaphase-promoting complex/cyclos... 4505 0.0
> AT2G04660.1 | Symbols: APC2 | anaphase-promoting complex/cyclosome
2 | chr2:1624741-1629162 FORWARD LENGTH=2913
Length=2913
Score = 4505 bits (2439), Expect = 0.0
Identities = 2722/2854 (95%), Gaps = 38/2854 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 43 TGAAATGTGGTTTCTGA-TTTATCTTCTTGTCAGTGAAACCCTAGTAATTGCCAAGTGAG 101
||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 79 TGAGAT-TGGTTTCTGATTTTATCTTCTTGCCAGTGAAACCCTAGTAATT-----GT--- 129
Query 102 GATTTTGCTGGGCAAGAAATTAGGGTTTTTGGAGGTTTTGTAACTTACT-AGAGAGTGTA 160
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||| |
Sbjct 130 GATTTTGCTGGGCAAGAAATTAGGGTTTTAGGAGGTTTTGTTACTTACTCA-AGAGTGAA 188
Query 161 AAAGATGGAAGCTTTAGGTTCATCTGATTGCAATTTAGAGATTTTAGAAACTCTCTCAGA 220
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 189 AAAGATGGAAGCTTTAGGTTCCTCTGATTGCAATTTAGAGATTTTAGAAACTCTATCAGA 248
Query 221 CGATGCGATTCAGGAGATTACTGAAAGCTACGACGGATTTTTCAGTTCTGTTGAGTCTCT 280
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||| ||||||||
Sbjct 249 CGATGCGATTCAGGAGATTACTGAAAGCTATGATGGATTTTTCACTACTGTAGAGTCTCT 308
Query 281 CATCGCTGGTACTGGAGATTCCTTTGTTGAAGATGAGTTTGTGTCTCAGGTGTATTGTCT 340
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 309 CATTGCTGGTACTGGAGATTCCTTAGTTGAAGATGAGTTTGTGTCTCATGTGTATTGTCT 368
Query 341 CTGCAAGTATGGGCTTGATTCTCTTGTTCGTGATCACTTTCTTAGATCACTTGAGCAAGC 400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 CTGCAAGTATGGGCTTGATTCTCTTGTTCGTGATCACTTTCTTAGATCACTTGAGCAAGC 428
Query 401 TTTTGAGAAGGGAGGTGCATCGAGTTTTTGGCAACATTTTGATGCTTATAGTGAGAAGAA 460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 429 TTTTGAGAAGGGAGGTGCATCGAGTTTTTGGCAACATTTTGATGCTTATAGTGAGAAGAA 488
Query 461 ACTTCATAATTATGGAGAGGAGATTCAGGTAGTGTTATGCAAGGCTTTGGAAGAAATTTC 520
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 ACATCATAATTATGGAGAGGAGATTCAGATAGTGTTATGCAAGGCTTTGGAAGAAATTTC 548
Query 521 TGTTGAAAAACAGTATCATGAGAAGTGTCTGTCCATAGTGGTTCATGCTTTGCAGTCGTA 580
| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 549 TATTGAAAAGCAGTATCATGAGAAGTGTCTGTCCATAGTAGTTCATGCTTTGCAGTCGTT 608
Query 581 TAAAGAACAGTCATCAG-TGGATAGACA-AACCTCAGATACAGAAAGAGTTCATCTTTTT 638
|||||||||||| |||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 TAAAGAACAGTCGTCAGAT-GATAGACAGAA-CTCAGATACAGAAAGAGTTCATCTTTTT 666
Query 639 TCGAGATTCCAGTCAATGTTGTCTTCAACTCTGATGACTACTCTTCCTCAGTATTTTCCT 698
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 667 TCGAGGTTCCAGTCAATGCTGTCTTCAACTCTGATGACTACACTTCCTCAGCATTTTCCT 726
Query 699 GAAATACTCCACTGGTATTTTAAGGAAAGGCTGGAGGAGTTAAGTGCAATCATGGATGGA 758
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 727 GAAATACTCCACTGGTATTTTAAGGAAAGGCTGGAGGAGTTAAGCGCAATCATGGACGGA 786
Query 759 GATGGTATTGAAGAACAAGAGGATGATTGCATGGATTTGGACGAGAAGCTGAGATATAAA 818
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 787 GATGGTATTGAAGAACAAGAGGATGATTGCATGGATTTGGACGAGAAGTTGAGATATAAA 846
Query 819 AACGGAGAAATGGATGTTGATGAAGGCTATTCCCAAGGAAAACGTTTGGGACATGACAAG 878
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 AACGGAGAAATGGATGTTGATGAAGGCTGTTCCCAAGGAAAACGTTTGGGACATGACAAG 906
Query 879 TTGGTGAAGAACATTGGGAAGGTGGTCCGTGACCTTAGAAGCATTGGATTTACATCTATG 938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 907 TTGGTGAAGAACATTGGGAAGGTGGTCCGTGACCTTAGAAGTATTGGATTTACATCTATG 966
Query 939 GCCGAAAATGCTTATGCTTCTGCCATATTTTTACTTCTTAAGGCGAAAGTCCATGATCTG 998
|| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 967 GCTGAAAATGCTTATGCTTCTGCCATCTTTTTGCTCCTTAAGGCGAAAGTCCATGATCTG 1026
Query 999 GCTGGTGATGATTACAGGACTTCTGTTTTGGAATCAATCAAAGAATGGATTCAGACAGTC 1058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 GCTGGTGATGATTACAGGACTTCTGTTTTGGAATCAATCAAAGAATGGATTCAGACAGTC 1086
Query 1059 CCTCTACAGTTTCTTAATGCACTTCTTTCTTATCTTGGTGATTCCGTAAGTTATGGTACC 1118
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 CCTCTACAATTCCTTAATGCACTTCTTTCTTATCTTGGTGATTCCGTAAGTTATGGTACC 1146
Query 1119 ACATCGTCTGACCTCATGTCCCCTCTGGCTTGTTGCCCATCTCCAAGCTTTTCCAAAGTG 1178
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1147 ACATCGTCTGGCCTCACGTCCCCTCTGGCTTGTTGCCCATCTCCAAGCTTTTCCAGAGTG 1206
Query 1179 GTGACTCCTTCCGAAGGAATTGTTAGGTGGAAATTACGGCTAGAATATTTTGCATATGAG 1238
||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 GTGACTCCTTCTGAAGGAATTGTTCGGTGGAAATTACGGCTAGAATATTTTGCATATGAA 1266
Query 1239 ACACTGCAAGATTTAAGGATAGCCAAACTT-TTTGAGATAATTGTTGATTATCCTGAGAG 1297
||||| |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1267 ACACTTCAAGATTTAAGGATTGCCAAA-TTATTTGAGATAATTGTTGATTATCCTGAGAG 1325
Query 1298 TTCTCCTGCCATTGAAGACTTAAAACAGTGTCTTGAATATACTGGGCAGCATTCTAAGCT 1357
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1326 TTCTCCTGCCATTGAAGACTTAAAGCAGTGTCTTGAATATACTGGACAACATTCTAAGCT 1385
Query 1358 AGTTGAATCTTTTATTACTTCTTTGAAATATCGTTTGCTCACTGCTGGTGCCTCAACCAA 1417
|||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 AGTTGAATCTTTTATTTCTTCGCTGAAATACCGTTTGCTCACTGCTGGTGCCTCAACCAA 1445
Query 1418 TGATATATTACATCAGTATGTGTCGACTATTAAAGCCCTTCGAGCAATAGACCCAGCTGG 1477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1446 TGATATATTACATCAGTATGTGTCGACTATTAAAGCTCTTCGGGCAATAGATCCAGCTGG 1505
Query 1478 TGTATTTCTGGAAGCAGTGGGTGAACCAATTAGAGACTATTTACGGGGACGGAAAGACAC 1537
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1506 TGTATTTCTGGAAGCAGTGGGTGAACCAATTAGAGACTATTTACGGGGGCGGAAAGATAC 1565
Query 1538 CATTAAATGTATTGTCACTATGCTTACAGATGGAAGTGGAGGGAATGCAAATGGTTCCGG 1597
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 CATTAAATGTATCGTCACTATGCTTACAGATGGAAGTGGAGGGAATGCAAATGGTTCCGG 1625
Query 1598 AAACCCTGGGGATAGTCTTCTTGAAGAATTAATGAGGGATGAAGAAAATCAAGAGAATGT 1657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1626 AAACCCTGGGGATAGTCTTCTTGAAGAATTAATGAGGGATGAAGAAAGTCAAGAGAATGT 1685
Query 1658 AGGTTTTGACGATGATTTCCACACTGATGATAAGCAAGCCTGGCTCAATGCTTCCCGTTG 1717
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1686 CGGTTTTGACGATGATTTTCACACCGATGATAAGCAAGCCTGGATCAATGCTTCCCGTTG 1745
Query 1718 GGAACCGGACCCTGTCGAGGCTGATCCTTTAAAAGGTAGCCTCAGTCAGAGGAAGGTAGA 1777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 GGAACCGGACCCTGTCGAGGCTGATCCTTTAAAAGGTAGCCTCAGTCAGAGGAAGGTAGA 1805
Query 1778 CATACTTGGAATGCTTGTTGATATAATTGGATCTAAAGAGCAACTAGTAAATGAATATCG 1837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1806 CATACTTGGAATGCTTGTTGATATAATTGGATCTAAAGAGCAACTAGTAAACGAATATCG 1865
Query 1838 TGTTATGCTTGCGGAAAAGCTTCTCAACAAGACTGATTATGACATCGACACTGAGATACG 1897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 TGTTATGCTTGCGGAAAAGCTTCTCAACAAGACTGATTATGACATCGACACTGAGATACG 1925
Query 1898 CACTGTTGAACTTCTCAAGATACATTTTGGAGAAGCCAGTATGCAAAGATGTGAGATAAT 1957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1926 CACTGTTGAACTTCTCAAGATACATTTTGGAGAAGCCAGTATGCAAAGATGTGAGATAAT 1985
Query 1958 GCTGAACGACTTAATTGATTCTAAGAGAGTGAACACTAACATTAAAAAGGCATCTCAAAC 2017
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1986 GCTGAACGACCTAATTGATTCTAAGAGAGTGAACACTAACATTAAAAAAGCATCTCAAAC 2045
Query 2018 AGGCGCTGAGTTAAGAGAGAATGAGCTTTCTGTTGATACTCTTACCTCGACGATACTCTC 2077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||
Sbjct 2046 AGGCGCTGAGTTAAGAGAGAATGAGCTTTCTGTTGATACTCTCACCTCAACGATACTTTC 2105
Query 2078 AACAAACTTCTGGCCACCAATTCAGGATGAACCTCTAGAGCTACCTGGACCTATCGACAA 2137
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2106 AACAAACTTCTGGCCACCAATTCAGGATGAACCTCTAGAGCTACCTGGACCTGTCGACAA 2165
Query 2138 GCTGCTATCAGATTATGCCAATCGATATCATGAAATCAAGACCCCTCGTAAACTACTTTG 2197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2166 GCTGCTATCAGATTATGCCAATCGATATCATGAAATCAAGACCCCTCGTAAATTACTTTG 2225
Query 2198 GAAGAAAAATCTTGGCACTGTCAAGTTGGAGTTGCAATTTGAAGACAGAGCTTTGCAGTT 2257
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2226 GAAGAAAAATCTTGGCACTGTCAAGTTGGAGCTGCAATTTGAAGACAGAGCAATGCAGTT 2285
Query 2258 CACTGTCTCCCCCACACATGCAGCCATTATCATGCAATTTCAAGAAAAGAAAAGTTGGAC 2317
||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2286 CACAGTCTCACCCACACATGCAGCCATTATTATGCAATTTCAAGAAAAGAAAAGTTGGAC 2345
Query 2318 CTATAAAGATCTTGCTGCAGTCATTGGAATACCCATTGACGCATTAAACCGAAGAGTAAA 2377
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2346 CTATAAAGATCTTGCTGAAGTCATTGGGATACCCATTGATGCATTAAACCGAAGAGTAAA 2405
Query 2378 CTTCTGGATAAGCAAGGGAGTTCTGAAAGAATCAACAGGAGCAAACTCAGATTCCAATGT 2437
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 2406 CTTCTGGATAAGCAAGGGAGTTCTGAGAGAATCTACAGGAGCAAACTCAAATTCCAGTGT 2465
Query 2438 GTTAACGCTCGTTGAATCCATAACTGATTCTGGAAAGAACGAAGGCGAGGAGGAGCTTCT 2497
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2466 GTTAACGCTCGTTGAATCCATAACTGATTCTGGAAAGAACGAAGGC---GAGGAGCTTCT 2522
Query 2498 AACAGGTGAAGAAGAGAGTGAAACATCGATTGCTTCTGTGGAAGATCAGCTTCGCAAAGA 2557
||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2523 AACAGGTGAGGAAGAGGGTGAAACATCAATTGCCTCTGTGGAAGATCAGCTTCGCAAAGA 2582
Query 2558 AATGACGATATACGAGAAATTCATCATGGGAATGCTCACAAATTTTGGTAGCATGGCACT 2617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2583 AATGACGATATACGAGAAATTCATCATGGGAATGCTCACAAATTTTGGTAGCATGGCACT 2642
Query 2618 AGAACGAATCCATAACACTCTCAAGATGTTTTGTGTGGCTGATCCTTCTTATGACAAGTC 2677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 AGAACGAATCCATAACACTCTCAAGATGTTTTGTGTGGCTGATCCTTCTTATGACAAGTC 2702
Query 2678 ACTGCAACAGCTTCAGAGCTTTCTTTCTGGTTTGGTTTCTGAAGAGAAACTAGAGTTTAG 2737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 ACTGCAACAGCTTCAGAGCTTTCTTTCTGGTTTGGTTTCTGAAGAGAAACTAGAGTTTAG 2762
Query 2738 AGATGGAATGTATTTGCTAAAGAAGTAGAACAACTCTTTCCATGTGTTAGACTA--TA-A 2794
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |
Sbjct 2763 AGATGGTATGTATTTGCTAAAGAAGTAGATCAACTCTTTACATGTGTTAGACTAGCTAGA 2822
Query 2795 -CTAGTTTTGTCTATTGTTGTATCAAGAATCAAGATCCTTTTCTTTTCTTAATGAAATCT 2853
||| ||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2823 ACTAATTTTGTCTATTGTTGTATCAA---T-A---TCCTTTTCTTTTCTCAATTAAATCT 2875
Query 2854 CATACT-GTTCTCAAGTGATAAACAATTACTACT 2886
|||| | ||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 2876 CATA-TAGTT---A-GTGATAAACAATTACTACT 2904
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 143427290037
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5