BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480219
Length=3424
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G06210.1 | Symbols: ELF8, VIP6 | binding | chr2:2428903-2436... 4482 0.0
> AT2G06210.1 | Symbols: ELF8, VIP6 | binding | chr2:2428903-2436687
REVERSE LENGTH=3580
Length=3580
Score = 4482 bits (2427), Expect = 0.0
Identities = 2678/2798 (96%), Gaps = 21/2798 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 633 CTAGATCCTGATAATGTTGAGGCTCTTGTGGCACTTGGGATCATGGATTTGCAAGCAAAT 692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 775 CTAGATCCTGATAATGTTGAGGCTCTTGTGGCACTTGGGATTATGGATTTGCAAGCAAAT 834
Query 693 GATTCTATAGGAATGAGGAAAGGAATGGACAGAATGCAGCAAGCATTTGAGATTTATCCA 752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 835 GATTCTATAGGAATGAGGAAAGGAATGGACAGAATGCAGCAGGCATTCGAGATTTATCCC 894
Query 753 TATTGCGCATCAGCCCTAAATTATTTGGCCAATCACttttttttCACTGGCCAGCACTTT 812
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 895 TATTGCGCATCAGCCTTAAATTATTTGGCCAATCACTTTTTTTTCACCGGCCAGCACTTT 954
Query 813 CTTGTTGAGCAGCTGACTGAAACGGCATTAGCCGTCACAACTCATGGGCCAACAAAGTCA 872
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 CTTGTTGAGCAGCTGACTGAAACAGCATTAGCCGTCACAACTCATGGGCCAACAAAGTCA 1014
Query 873 CATTCTTTTTACAATTTAGCACGGTCATATCATAGCAAGGGGGACTATGAAAAGGCTGGG 932
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1015 CATTCTTTTTACAATTTAGCACGGTCATATCATAGCAAGGGGGACTTTGAAAAGGCTGGG 1074
Query 933 ATGTACTATATGGCAGCCATCAAAGAAACTAATAATAAGCCACAAGAATTTGTATTTCCT 992
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1075 ATGTACTATATGGCAGCCATCAAAGAAACTAATAATAACCCACACGAATTTGTATTTCCT 1134
Query 993 TACTTTGGTTTGGGTCAAGTACAACTAAAGTTGGGGGAGCTGAAAGGATCTGTATTTAAC 1052
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1135 TACTTTGGTTTGGGTCAAGTACAACTAAAGTTGGGGGAGCTTAAAGGATCTGTATTTAAT 1194
Query 1053 TTTGAGAAAGTATTAGAAGTCTATCCCGACAACTGTGAGACTCTGAAGGCTCTCGGGCAC 1112
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1195 TTTGAGAAAGTATTAGAAGTTTATCCTGACAACTGCGAGACTTTGAAGGCTCTCGGGCAC 1254
Query 1113 TTATACACCCAGCTTGGACAAAATGATAAGGCCCTTGAGTACATGCGAAAGGCCACAAAA 1172
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 TTATACACCCAGCTTGGACAAAATGAGAAGGCCCTTGAGTACATGCGAAAGGCCACAAAA 1314
Query 1173 CTTGATCCACGTGATGCCCAGGCATTTGTTGGCCTTGGTGAGCTGCTGATATCATCTGAC 1232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 CTTGATCCACGTGATGCCCAGGCATTTGTTGGCCTTGGTGAGCTGCTGATATCATCTGAC 1374
Query 1233 ACAGGG-GCTGCACTTGACGCCTTCAAAATGGCACGGACACTCATGAAAAAGGGAGGGCA 1291
|| ||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1375 AC-GGGAGCCGCCCTTGACGCCTTCAAAATGGCACGGACGCTCATGAAAAAAGGAGGGCA 1433
Query 1292 AGAGGTGCCGATAGAAGTCCTGAATGACATTGGTGCTTTACATTTTGAGAGAGAAGAATT 1351
||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 AGAAGTGCCTATAGAAGTCCTGAATGACATCGGTGCTTTACATTTTGAGAGAGAAGAATT 1493
Query 1352 TGAGTCTGCGCTTGACAATTTTAAGGAGGCTCTGGGTGATGGAATATGGATTAGCTTCCT 1411
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 TGAGTCTGCGCTTGAGAATTTTAAGGAGGCTCTGGGTGATGGAATATGGATTAGCTTCCT 1553
Query 1412 TGATGAGAAAGAAAATTTGGAACAAACAGGTGTATCTGTTCTAGGGTACAAGGATACGGG 1471
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1554 TGATGAAAAAGAAAATTTGGAACAGACAGGTGTATCTGTTCTCGGGTACAAGGACACGGG 1613
Query 1472 CATTTTCCATAGGCTGATTGAAAGTGGTCACTCTGTCGATGTTCCTTGGAATAAAGTCAC 1531
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1614 CATTTTCCATAGGCTGATTGAAAGTGGTCACTCTGTCGATGTACCTTGGAATAAAGTTAC 1673
Query 1532 AACTTTGTTTAACCTGGCTAGATTACTTGAGCAGTTACACAAAACAGAAGCAGCGACTTT 1591
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 AACTTTGTTTAACCTGGCTAGATTACTTGAACAGATACACAAAACAGAAGCAGCGACTTT 1733
Query 1592 TCTGTATCGATTGATACTTTTCAAGTATCCTGGCTACATAGATGCTTATTTGAGGCTTGC 1651
| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 TATGTATCGGTTGATACTTTTCAAGTATCCTGGCTACATAGATGCTTATTTGAGGCTTGC 1793
Query 1652 TGCGAGTGCAAAAGCTCAGAACAATCTTCCTCTGGCCATTGAACTGGTGAATGAAGCTTT 1711
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1794 TGCAAGTGCAAAAGCTCAGAACAATCTTCCTCTGGCCATTGAACTGGTGAATGAAGCTCT 1853
Query 1712 GAAAGTGGACGATAAAAATCCAAATGCGTTGTCTCTGCTTGGTGAATTGGAGCTTAAGAA 1771
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 GAAAGTGGACGATAAAAATCCAAATGCTTTGTCTCTACTTGGTGAATTGGAGCTTAAGAA 1913
Query 1772 TGATGACTGGGTTAAGGCAAAGGAAACCTTTCGAGCTGCTAATGATGCGACTGATGGGAA 1831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1914 CGATGACTGGGTTAAGGCAAAGGAAACCTTTCGAGCTGCTAATGATGCAACTGATGGGAA 1973
Query 1832 GGACTCATATGCTATTCTCTCTCTGGGGAACTGGAACTATTTCGCGGCAATGCGCAATGA 1891
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1974 GGACTCATATGCTATTCTTTCTCTGGGGAACTGGAACTATTTTGCAGCAATGCGCAATGA 2033
Query 1892 GAAAAGAAATCCAAAATTAGAAGCTACACATCTGGAGAAGGCCAAGGAACTCTATACTAA 1951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 GAAAAGAAATCCAAAATTAGAAGCTACACATCTGGAGAAGGCCAAGGAACTCTATACTAA 2093
Query 1952 AGTCCTGACTCAACATAATTCCAACATGTATGCTGCCAATGGTTCTGGCATTGTATTGGC 2011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2094 AGTCCTGACTCAACATAATTCCAACATGTATGCTGCCAACGGTTCTGGCATTGTATTAGC 2153
Query 2012 AGAGAAAGGCCAATTTGATATTGCCAAAGATGTTTTTACTCAGGTTCAAGAAGCTGCGAG 2071
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2154 AGAGAAAGGCCAATTTGATATTGCCAAGGATGTTTTTACTCAGGTTCAAGAAGCTGCGAG 2213
Query 2072 TGGAAGTGTATTTCTTCAGATGCCTGATGTATGGGTGAATCTGGCTCATGTTTACTTTGC 2131
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2214 CGGAAGTGTATTTCTTCAGATGCCTGATGTATGGGTGAATCTGGCTCATGTTTACTTTGC 2273
Query 2132 TCAAGGGAATTTTGCCTTAGCCGTGAAAATGTATCAAAACTGCTTGCGGAAGTTCTTTAA 2191
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2274 TCAAGGGAATTTTGCCTTAACCGTGAAAATGTATCAAAACTGCTTGCGAAAGTTCTTTTA 2333
Query 2192 CAACACAGACTCTCAAATTCTTCTTTACTTAGCCCGTACCCATTACGAGGCTGAGCAGTG 2251
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2334 CAACACAGACTCCCAAATCCTTCTTTACTTAGCCCGTACCCATTATGAGGCTGAGCAGTG 2393
Query 2252 GCAAGAGTGCAAAAAGACACTATTAAGGGCCATTCACTTGACTCCTTCAAATTACACATT 2311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394 GCAAGAGTGCAAAAAGACACTATTAAGGGCCATTCACTTGACTCCTTCAAATTACACATT 2453
Query 2312 CAGATTTGATTTGGGTGCTGTAATGCAGAAATCATCGTCTTCCACACTGCAAAAGaaaaa 2371
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2454 CAGATTTGATTTGGGTGCTGTAATGCAAAAATCATCGTCTTCCACACTGCAAAAGAAAAA 2513
Query 2372 aaGAACAGCTGATGAGGTGCGCTCAACAGTTGCAGAAGCTGAGAATGCTGTTCGTGTATT 2431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2514 AAGAACAGCTGATGAGGTGCGCTCAACAGTTGCAGAAGCAGAGAATGCTGTTCGTGTATT 2573
Query 2432 CACTCAATTGTCTGCTGCTTCAGACCTCCATGTTCATGGGTTTGATAGCAAGAAAATTCA 2491
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2574 CACTCAATTGTCTGCTGCTTCAGACCTCCATGTTCATGGGTTTGATAGCAAGAAAATACA 2633
Query 2492 AACCCATGTTCAGTATTGCTCGCACTTGCTGGAAGCAGCAAAAGTTCACCGTGAAGCAGC 2551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2634 AACCCATGTTCAGTATTGCTCGCACTTGCTGGAAGCAGCAAAAGTTCACCGTGAAGCTGC 2693
Query 2552 TGAGC-GTGAGGAGCTGCAGAACCGACAGAGATTAGAAGTTGCTCGTCAGGCTGCTTTGG 2610
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 TGAGCAG-GAGGAGCTGCAGAACCGACAGAGATTAGAAGTTGCTCGTCAGGCTGCTTTGG 2752
Query 2611 CAGAAGAAGCACGCCGTAAAGCTGAAGAACAGAGGAAATATCAGTTGGAGAAAAGAAAAC 2670
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 CAGAAGAAGCACGCCGTAAAGCTGAAGAACAGAGGAAATATCAGTTGGAGAAAAGAAAAC 2812
Query 2671 AGGAGGAAGAGCTGAGACGCCTAAAGCAAGAAGAAGAAAAAATTCAACGTATAAAGGAAC 2730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 2813 AGGAGGAAGAGCTGAGACGCCTAAAGCAAGAAGAAGAAAAATTTCAGCGTATAAAGGAAC 2872
Query 2731 AATGGAAGAGCTCCACACCTGGATCTCATAAGCGGAAAGATAGAGTGGATGATGATGACG 2790
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2873 AATGGAAGAGCTCCACACCTGGATCTAATAAGCGGAAGGATAGAGTGGAAGATGATGATG 2932
Query 2791 GGGAAGGTAAGCCCAGTGAGCGGagaagaaagaaaggcggaaagagaagaaagaaggaca 2850
||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2933 GGGAAAGTAAGCCCAGTGAGCGGAGAAGAAAGAAGGGTGGAAAGAGAAGAAAGAAGGACA 2992
Query 2851 aaagCTCAAGGGCTCGACACTACGAGGACGATGAAGAAGAAACTGCCACTATGGATGATC 2910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2993 AAAGCTCAAGGGCTCGACACTACGAGGACGATGAAGAAGAAGCTGCCACTATGGATGATC 3052
Query 2911 ATAATGAAGTGGAAGATGAAGACGCCAATAATAATTATAACAGGGAAGATGAGATGACAA 2970
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3053 ATAATGAAGTGGAAGATGAAGACGCCAACACTAATTATAACAGGGAAGATGAGATGACTA 3112
Query 2971 ATCAAGAAGCTGAGGAACCTGTGGATGATGATGCTCATGATCTTCTCGCTGCTGCTGGGC 3030
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3113 CTCAAGAAGCTGAGGAACCTGTGGATGATGATGCTCATGATCTTCTCGCTGCTGCTGGGC 3172
Query 3031 TCGAAGATCCTGATGTTGATGATGATGAGGTACCTGCTTCGGGGGTAAGACGAAGAAGGG 3090
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 3173 TCGAAGATCCTGATGTTGATGATGATGAGGTACCTACTTCGGGTGTAAGGCGAAGAAGGG 3232
Query 3091 CGCTATCATCATCAGATGAAGAAGGTGAATTGATGGAGGAGAGTCAGCCAAAT-CAAAGc 3149
|| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||
Sbjct 3233 CGTTATCGTCATCAGACGAAGAAGGTGAATTAATGGAGGAGAGTCATCCAAATTCAA-GC 3291
Query 3150 ccccccagagagaaagaagagagcaacggggaaggagaagatgctaacatggaggaagaa 3209
|||| | ||| |||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||
Sbjct 3292 CCCCAGAAAGAAAAAGAAGAGAGCAATGGGGAAGCTGGTGATCCTAACATGGAGGAAGAA 3351
Query 3210 gactagaagaggaagaggaagaggCCAATTGAGA--TCGTTCATACATAACAACAGATTT 3267
|| | || | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |
Sbjct 3352 GA---G--GA--A-GAGGAAGAGGCCAATTGAGAGATATTTCATACATAACAACAGATAT 3403
Query 3268 CTCTTGTGTGTTTGTAACTTTAGTGACAAAGATATTCCATTGATTCAATTTTTCTAGAAG 3327
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 3404 CTCTTGTGTGTTTGTAACTTTAGTGACAAAGAT-TTC-ATTGATTCAATTTCTCTAGTAG 3461
Query 3328 TCAGAGTGTGAGGACAAAATTT-CATTCACAGGCCAAGGATAATCAGTTTGAACTTTGGG 3386
||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||
Sbjct 3462 TCAGAGTGTGAAGACAA--TTTACATTCACAGGCCAAGGATGATCAGTTTGTATTTTGGG 3519
Query 3387 TTATTTGGATTGAGCCTTGTTTTTATTTGCTATTGTTA 3424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3520 TTATTTGGATTGAGCCTTGTTTTTATTTGCTATTGTTA 3557
Score = 957 bits (518), Expect = 0.0
Identities = 604/643 (94%), Gaps = 15/643 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGCAATTACTTCTAGGGTTTGTGGTAATCGT--C---G-C-TGCAATGGCGAGTGTGTAC 53
||||||| |||||||||||| |||||||| | | | | ||||||||||||||||||
Sbjct 55 TGCAATTTCTTCTAGGGTTTCTGGTAATCCTCACTTAGCCGGGCAATGGCGAGTGTGTAC 114
Query 54 ATACCGGTTCAGAATTCGGAAGAAGAAGTTAGGGTTGTTCTTGATCAGCTCCCTCGTGAC 113
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 ATACCGGTTCAGAATTCAGAAGAAGAAGTTAGGGTTGTTCTTGATCAGCTCCCTCGTGAC 174
Query 114 GCTTCTGATATACTTGATATCCTTAAAGCCGAACAAGCTCCTCTCGATCTCTGGCTCATC 173
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 GCTTCTGATATACTTGATATTCTTAAAGCCGAACAAGCTCCTCTCGATCTCTGGCTCATC 234
Query 174 ATCGCGAGGGAATACTTCAAGCAAGGAAAAATTGAACAGTTTCGACAAATATTGGAGGAA 233
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 ATCGCGAGGGAGTACTTCAAACAAGGAAAAATTGAACAGTTTCGACAAATATTGGAGGAA 294
Query 234 GGCTCAAGTTCTGACATTGATGAGTACTATGCTGATGTTAAGTACGAGAGAATAGCAATC 293
|| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 295 GGGTCAAGTTCTGACATTGACGAGTACTATGCCGATGTTAAGTACGAGAGAATAGCGATT 354
Query 294 TTGAACGCTCTAGGTGCGTATTACAGCTA-CTTGGGTAAAACTGAGA-CAAAACACAGAG 351
||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 355 TTGAATGCTCTAGGTGCGTATTATAGCTACCTT-GGTAAAACTGAGACCAAAA-ACAGAG 412
Query 352 AAAAAGAGGAGCAATTCATCT-TGGCAACACGATATTATAACAAAGCGTCGAGAATCGAT 410
| |||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 413 AGAAAGAGGAGCAATTTATCTCT-GCCACACGATATTATAACAAAGCATCGAGAATCGAT 471
Query 411 ATGCATGAGCCTTCCACTTGGGTTGGGAAAGGTCAGCTCTTACTGGCTAAGGGTGAAATA 470
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 ATGCATGAACCTTCCACTTGGGTTGGGAAAGGTCAGCTCTTACTGGCTAAGGGTGAAATA 531
Query 471 GATAATGCACTTCAGGCATTTAAGATTGTGTTAGACACTGCCCCTGATAATGTTCCTGCT 530
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 GATAATGCTCTTCAGGCATTTAAGATTGTGTTAGACACTGCCCCTGATAATGTTCCTGCT 591
Query 531 CTTCTGGGTCAGGCTTCTGTAGAATTTAATCGTGGACGTTTTTCTGAGTCATTA-AACCT 589
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |
Sbjct 592 CTTCTGGGTCAGGCTTCTGTAGAATTTAATCGTGGACGATTTTCTGAGTCATTACAAC-T 650
Query 590 ATACAAGAGGGCCTTGCAAGTATTTCCTGGGTGTCCTGCAGCT 632
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 651 ATACAAGAGGGCCTTGCAAGTATTTCCCGGTTGTCCTGCAGCT 693
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 170417105371
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5