BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg480227 Length=3120 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT2G06990.1 | Symbols: HEN2 | RNA helicase, ATP-dependent, SK12... 4793 0.0 > AT2G06990.1 | Symbols: HEN2 | RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1 protein | chr2:2894940-2901078 FORWARD LENGTH=3352 Length=3352 Score = 4793 bits (2595), Expect = 0.0 Identities = 2910/3061 (95%), Gaps = 25/3061 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 TTGATTCCGATTTGTGAAAGATTTGCAAATTACAAA-TTTTCTTGTTGGAGAAATCTATG 59 ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||| ||| ||||||| ||| Sbjct 140 TTGATTCCGATTTGTTAAAGATTTGCAGATTA-AAAGTTTTCTTTTTGAAGAAATCCATG 198 Query 60 AGTGCCCAAATGGACGAACCAGAGACTCTCGGCAAAAGAAAAGTATCGGAAAGCTCAAAA 119 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| Sbjct 199 AGTGCCCAAATGGAAGAACCAGAGACTCTCGGCAAAAGAAAAGAATCTGAAAGTTCAAAA 258 Query 120 C-T--TTCCGATGAAACTCCGACGCCAGAACCAACAACGAAGCGTCGAAGCCTTAAACGT 176 | | ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| Sbjct 259 CTTCGTTCTGATGAAACTCCGACGCCAGAACCAAGAACGAAGCGTAGAAGTCTTAAACGT 318 Query 177 GCTTGTGTACATGAAGTTGCTGTTCCCAATGATTACACACCAACGAAAGAAGAGACGATT 236 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 319 GCTTGTGTACATGAAGTTGCTGTTCCTAATGATTACACACCAACGAAAGAAGAGACGATT 378 Query 237 CATGGGACGCTTGATAATCCTGTCTTCAATGGAGACATGGCCAAGACCTATCCTTTTAAG 296 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 379 CATGGGACGCTTGATAATCCTGTCTTCAATGGAGACATGGCCAAGACTTATCCTTTTAAG 438 Query 297 CTTGACCCTTTTCAGAGTGTATCTGTTGCTTGCTTAGAGAGAAAAGAATCGATTTTGGTT 356 |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 439 CTTGACCCTTTTCAAAGTGTATCTGTAGCTTGTTTAGAGAGAAAAGAATCGATTTTGGTA 498 Query 357 TCTGCTCACACTTCAGCTGGTAAAACTGCTGTTGCTGAGTATGCTATTGCAATGGCGTTT 416 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 499 TCTGCTCATACTTCAGCTGGTAAAACTGCTGTTGCTGAGTATGCTATTGCAATGGCGTTT 558 Query 417 AGAGATAAGCAGAGGGTTATATATACTTCTCCTTTGAAAGCTTTGAGTAATCAGAAGTAT 476 |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 559 AGAGATAAGCAGAGAGTTATTTACACTTCTCCTTTGAAAGCTTTGAGTAATCAGAAGTAT 618 Query 477 AGAGAGTTGCAGCATGAGTTTAAAGATGTTGGTTTGATGACTGGTGATGTTACTCTTTCA 536 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 619 AGAGAGTTGCAACATGAGTTTAAAGATGTTGGTTTGATGACTGGTGATGTTACTCTTTCA 678 Query 537 CCTAATGCTAGTTGTTTGGTTATGACAACTGAGATCTTGAGGGCGATGCTTTATAGAGGG 596 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 679 CCTAATGCTAGTTGTTTGGTTATGACTACTGAGATCTTGAGAGCTATGCTTTATAGAGGA 738 Query 597 TCTGAAGTTTTGAAGGAGGTCGCTTGGGTAATTTTTGATGAGATTCATTACATGAAGGAT 656 |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 739 TCTGAAGTGTTAAAGGAGGTCGCTTGGGTTATTTTTGATGAGATTCATTATATGAAGGAT 798 Query 657 AGGGAAAGAGGAGTTGTTTGGGAAGAGAGTATTATTTTCTTGCCACCTGCTATTAAGATG 716 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| Sbjct 799 AGAGAAAGAGGAGTTGTTTGGGAAGAGAGTATTATTTTCCTGCCTCCTGCTATTAAGATG 858 Query 717 GTTTTCCTTTCTGCGACTATGTCGAATGCTACTGAATTCGCGGAATGGATATGTTATTTG 776 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 859 GTATTCCTTTCTGCGACTATGTCGAATGCTACTGAATTTGCGGAATGGATATGTTATTTG 918 Query 777 CACAAGCAGCCATGTCATGTTGTGTACACAGATTTTAGGCCAACTCCTCTGCAGCATTAT 836 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 919 CACAAGCAGCCATGTCATGTTGTGTACACAGATTTTAGGCCAACACCTCTGCAGCATTAT 978 Query 837 GCTTTTCCTATGGGTGGGAGTGGACTGTACCTCGTGGTTGATGATAATGAGCAATTTCGG 896 |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 979 GCTTTTCCTATGGGTGGGGGTGGACTGTACCTTGTGGTTGATGATAATGAGCAGTTTCGG 1038 Query 897 GAGGACAATTTCGTTAAGATGCAGGATACGTTCCCAAAACCGAAATCTGTTGATGGGAAA 956 ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 1039 GAGGATAGTTTCGTTAAGATGCAGGATACTTTCCCCAAACCGAAATCTAATGATGGGAAA 1098 Query 957 AAGAGTGCGAATGGCAAATCTGGTGGTAGGGGTGCTAAAGGTGGCGGTGGCCCTGGTGAT 1016 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1099 AAGAGTGCGAATGGCAAATCTGGTGGTAGGGGTGCTAAAGGTGGAGGTGGCCCTGGTGAT 1158 Query 1017 TCTGATGTTTACAAAATTGTCAAGATGATCATGGATAGAAAATTTGAACCAGTTATCATC 1076 |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| Sbjct 1159 TCTGATGTTTACAAAATTGTAAAGATGATCATGGAGAGAAAATTTGAACCAGTCATTATC 1218 Query 1077 TTCAGCTTCAGTAGAAGAGAGTGTGAACAGCATGCATTGTCAATGTCAAAACTCGATTTT 1136 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1219 TTCAGCTTCAGTAGAAGAGAGTGTGAACAGCATGCATTGTCAATGTCAAAACTCGATTTT 1278 Query 1137 AATACAGATGAAGAGAAAGAGGTTGTGGAACAGGTGTTTAATAATGCAATGCAGTGCTTG 1196 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1279 AATACAGATGAAGAGAAAGAAGTTGTGGAACAGGTGTTTAATAATGCAATGCAGTGCTTG 1338 Query 1197 AATGAAGAAGATAGATCCTTACCTGCCATTGAACTGATGTTGCCACTGCTCCAACGTGGT 1256 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1339 AATGAAGAGGATAGATCCTTACCTGCCATTGAACTGATGTTGCCACTGCTCCAACGTGGT 1398 Query 1257 ATTGCTGTCCATCATTCTGGTCTTCTTCCTGTCATCAAGGAATTAGTGGAGCTTCTTTTT 1316 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1399 ATTGCTGTCCATCATTCTGGTCTTCTTCCTGTCATCAAGGAATTAGTGGAGCTTCTTTTT 1458 Query 1317 CAGGAAGGACTTGTGAAAGCGCTTTTTGCCACAGAAACCTTTGCTATGGGTTTGAACATG 1376 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1459 CAGGAAGGACTTGTGAAAGCGCTTTTTGCCACAGAAACCTTTGCTATGGGTTTGAATATG 1518 Query 1377 CCCGCAAAAACTGTCGTGTTTACTGCTGTTAAGAAGTGGGATGGTGACAGCCATCGTTAC 1436 ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1519 CCCGCCAAAACTGTAGTGTTTACTGCTGTTAAGAAGTGGGATGGTGACAGCCATCGTTAC 1578 Query 1437 ATTGGGTCTGGTGAATATATCCAGATGAGCGGCAGGGCTGGACGCCGTGGAAAGGATGAA 1496 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 1579 ATTGGGTCTGGTGAATATATCCAGATGAGCGGCAGGGCTGGACGTCGTGGAAAGGACGAG 1638 Query 1497 CGTGGCATCTGCATTATTATGATTGATGAACAGATGGAGATGAATACACTCAGGGACATG 1556 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1639 CGTGGCATCTGCATTATTATGATTGATGAACAGATGGAGATGAATACACTCAGGGACATG 1698 Query 1557 ATGTTGGGCAAACCAGCCCCTTTGCTTAGTACTTTTAGGCTGAGTTACTACACAATTTTG 1616 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1699 ATGTTGGGAAAACCAGCCCCTTTGCTTAGTACTTTTAGGCTGAGTTACTACACAATTTTG 1758 Query 1617 AATTTACTCAGTCGTGCCGAAGGACAATTTACTGCTGAGCATGTTATAAGGCACTCGTTC 1676 ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1759 AATCTATTGAGTCGTGCCGAAGGACAATTTACTGCTGAGCATGTTATAAGGCACTCGTTC 1818 Query 1677 CATCAATTCCAGCATGAAAAGGCTTTACCGGATATTGGGAATAAAGTGTCCAAACTTGAA 1736 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1819 CATCAATTCCAGCATGAAAAGGCTTTACCGGATATTGGGAATAAGGTGTCCAAACTTGAA 1878 Query 1737 GAGGAAGCTGCCATCCTTAATGCTTCTGGAGAGGCGGAGGTTGCTGAATACCATAAGCTA 1796 |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1879 GAGGAAGCTGCCATTCTTAACGCTTCTGGAGAGGCGGAGGTTGCTGAATACCATAATCTA 1938 Query 1797 CAACTTGACATAGCTCAACATGAAAAGAAACTTATGTCAGAAATAATAAGGCCTGAAAGG 1856 ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1939 CAATTTGACATTGCTAAACATGAAAAGAAACTTATGTCAGAAATAATTAGGCCTGAAAGG 1998 Query 1857 GTGCTTTGTTTTCTTGATACTGGTCGGCTGGTTAAGATAAGAGAAGGTGGCACAGAATGG 1916 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||| Sbjct 1999 GTGCTTTGTTTTCTTGATACTGGTCGGCTGGTTAAAATAAGAGAAGGTGGAACGGATTGG 2058 Query 1917 GGCTGGGGAGTTGTAGTTAATGTCATTAAAAAAT-CTTCAGTTGGAACTGGT---G---- 1968 |||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| | Sbjct 2059 GGCTGGGGAGTTGTCGTTAATGTTGT-AAAAAATTCTTCAGTTGGAACTGGTTCCGCCTC 2117 Query 1969 -------G----CGGATATATAGTAGATACTCTGCTTCATTGCTCTACTGGGTTTAGTGA 2017 | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2118 TTCACATGGTGGCGGATATATAGTGGATACTCTACTTCATTGCTCTACTGGTTTTAGTGA 2177 Query 2018 AAATGGTGCCAAGCCAAAGCCATGTCCTCCCCGTTCTGGGGAAAAGGGCGAGATGCATGT 2077 |||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| Sbjct 2178 AAATGGCGCAAAGCCAAAGCCATGTCCTCCCCGTGCTGGGGAAAAGGGTGAAATGCATGT 2237 Query 2078 GGTTCCTGTTCAGCTACCCTTAATTTCTGCTTTGAGCAGACTAAGGATATCAGTTCCTTC 2137 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2238 GGTTCCTGTTCAGCTACCCTTAATTTCTGCTTTGAGCAGACTAAGGATATCAGTTCCTTC 2297 Query 2138 TGATCTTCGGCCAGTAGAAGCAAGACAGAGTATATTACTTGCAGTACAGGAGTTGTCAAG 2197 ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2298 TGATCTTCGGCCAGTGGAAGCAAGACAGAGTATACTACTTGCATTACAGGAGTTGTCAAG 2357 Query 2198 TCGCTTCCCTCTAGGGTTCCCAAAACTCCATCCAGTCAAGGATATGAATATTCAAGATAC 2257 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2358 TCGCTTCCCTCTAGGGTTCCCAAAACTCCATCCAGTCAAGGATATGAATATTCAAGACAC 2417 Query 2258 AGAGATAGTGGATCTGGTCAGCCAAATTGAAGAAGTTGAGCAGAAGTTACTTGCTCATCC 2317 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2418 AGAGATAGTGGATCTGGTCAGCCAAATCGAAGAAGTTGAGCAGAAGTTACTTGCTCATCC 2477 Query 2318 GATGCACAAGTCTCAAGATGATCAACAAATAAAGAGTTTCCAGAGGAAGGCGGAGGTGAA 2377 ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2478 GATGCACAAGTCTGAAGATGATCAACAAATCAAGAGTTTCCAGAGGAAAGCGGAGGTGAA 2537 Query 2378 TTATGAAATTCAACAGCTCAAATCAAAAATGCGTGATTCCCAGCTCCAAAAGTTTCGAGA 2437 |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2538 TTATGAAATTCAACAGCTAAAATCGAAAATGCGTGATTCCCAGCTCCAAAAGTTTCGAGA 2597 Query 2438 TGAGCTTAAGAACCGATCTCGGGTATTAAAGAAACTTGGACACATTGATACGGATGGCGT 2497 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || Sbjct 2598 TGAGCTTAAGAACCGATCTCGGGTATTAAAGAAACTTGGACACATTGATGCTGATGGTGT 2657 Query 2498 CGTCCAGTTAAAGGGACGAGCTGCATGCTTGATAGACACAGGGGATGAATTGCTTGTCAC 2557 ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2658 CGTCCAGGTAAAGGGACGAGCTGCGTGCTTGATAGACACAGGGGATGAATTGCTTGTCAC 2717 Query 2558 TGAACTGATGTTTAATGGTACTTTTAATGATCTGGATCATCACCAAGTAGCAGCCCTTGC 2617 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2718 TGAACTGATGTTTAATGGTACTTTTAATGATCTGGATCATCACCAAGTAGCAGCCCTTGC 2777 Query 2618 AAGCTGTTTCATTCCTGTAGATAAATCAAATGAACAGGTCAATTTAAGGAATGAACTTAC 2677 |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2778 AAGCTGTTTCATTCCTGTTGATAAATCAAACGAACAGGTAAATTTAAGGAATGAACTTAC 2837 Query 2678 TAAACCATTGCAGCAGCTCCAAGATAGCGCACGGAAAATTGCGGAGATACAACATGAATG 2737 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 2838 CAAACCATTGCAGCAGCTCCAAGATAGTGCACGGAAAATAGCAGAGATACAACATGAATG 2897 Query 2738 CAAACTGGAAATTGACGTTGAAGAGTATGTGGAATCCACCATCAGGCCTTTCCTGATGGA 2797 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2898 CAAACTGGAAATTGACGTGGAAGAGTATGTGGAATCCACCATCAGGCCTTTCCTGATGGA 2957 Query 2798 TGTTATCTACTCTTGGTCAAAGGGCGCGAGCTTTGCAGAGATTATTCAAATGACTGACAT 2857 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2958 TGTTATCTACTCTTGGTCAAAGGGCGCAAGCTTTGCAGAGATTATACAAATGACTGACAT 3017 Query 2858 ATTCGAGGGTAGCATCATTAGGAGCGCTAGAAGGCTCGACGAGTTTTTGAACCAGCTTCG 2917 |||||| ||||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3018 ATTCGAAGGTAGTATCATCAGAAGTGCTAGAAGACTCGACGAGTTTTTGAACCAGCTTCG 3077 Query 2918 AGCTGCAGCGGATGCAGTTGGAGAAAGCAGTTTAGAGAGCAAGTTTGCTGCTGCTAGCGA 2977 ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 3078 AGCTGCAGCAGAGGCAGTTGGTGAAAGCAGTTTAGAGAGCAAGTTTGCAGCTGCTAGCGA 3137 Query 2978 GAGCTTGCGAAGAGGTATTATGTTTGCAAATTCGCTCTACTTGTAAGTGCTCTCTTGTAG 3037 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || Sbjct 3138 GAGCTTGCGACGAGGTATTATGTTTGCAAATTCGCTTTACTTGTAAGTACTCTCTTGGAG 3197 Query 3038 A 3038 | Sbjct 3198 A 3198 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 155166354699 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5