BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480227
Length=3120
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G06990.1 | Symbols: HEN2 | RNA helicase, ATP-dependent, SK12... 4793 0.0
> AT2G06990.1 | Symbols: HEN2 | RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1
protein | chr2:2894940-2901078 FORWARD LENGTH=3352
Length=3352
Score = 4793 bits (2595), Expect = 0.0
Identities = 2910/3061 (95%), Gaps = 25/3061 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTGATTCCGATTTGTGAAAGATTTGCAAATTACAAA-TTTTCTTGTTGGAGAAATCTATG 59
||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||| ||| ||||||| |||
Sbjct 140 TTGATTCCGATTTGTTAAAGATTTGCAGATTA-AAAGTTTTCTTTTTGAAGAAATCCATG 198
Query 60 AGTGCCCAAATGGACGAACCAGAGACTCTCGGCAAAAGAAAAGTATCGGAAAGCTCAAAA 119
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||
Sbjct 199 AGTGCCCAAATGGAAGAACCAGAGACTCTCGGCAAAAGAAAAGAATCTGAAAGTTCAAAA 258
Query 120 C-T--TTCCGATGAAACTCCGACGCCAGAACCAACAACGAAGCGTCGAAGCCTTAAACGT 176
| | ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 259 CTTCGTTCTGATGAAACTCCGACGCCAGAACCAAGAACGAAGCGTAGAAGTCTTAAACGT 318
Query 177 GCTTGTGTACATGAAGTTGCTGTTCCCAATGATTACACACCAACGAAAGAAGAGACGATT 236
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 319 GCTTGTGTACATGAAGTTGCTGTTCCTAATGATTACACACCAACGAAAGAAGAGACGATT 378
Query 237 CATGGGACGCTTGATAATCCTGTCTTCAATGGAGACATGGCCAAGACCTATCCTTTTAAG 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 379 CATGGGACGCTTGATAATCCTGTCTTCAATGGAGACATGGCCAAGACTTATCCTTTTAAG 438
Query 297 CTTGACCCTTTTCAGAGTGTATCTGTTGCTTGCTTAGAGAGAAAAGAATCGATTTTGGTT 356
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 439 CTTGACCCTTTTCAAAGTGTATCTGTAGCTTGTTTAGAGAGAAAAGAATCGATTTTGGTA 498
Query 357 TCTGCTCACACTTCAGCTGGTAAAACTGCTGTTGCTGAGTATGCTATTGCAATGGCGTTT 416
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 499 TCTGCTCATACTTCAGCTGGTAAAACTGCTGTTGCTGAGTATGCTATTGCAATGGCGTTT 558
Query 417 AGAGATAAGCAGAGGGTTATATATACTTCTCCTTTGAAAGCTTTGAGTAATCAGAAGTAT 476
|||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 559 AGAGATAAGCAGAGAGTTATTTACACTTCTCCTTTGAAAGCTTTGAGTAATCAGAAGTAT 618
Query 477 AGAGAGTTGCAGCATGAGTTTAAAGATGTTGGTTTGATGACTGGTGATGTTACTCTTTCA 536
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 619 AGAGAGTTGCAACATGAGTTTAAAGATGTTGGTTTGATGACTGGTGATGTTACTCTTTCA 678
Query 537 CCTAATGCTAGTTGTTTGGTTATGACAACTGAGATCTTGAGGGCGATGCTTTATAGAGGG 596
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 679 CCTAATGCTAGTTGTTTGGTTATGACTACTGAGATCTTGAGAGCTATGCTTTATAGAGGA 738
Query 597 TCTGAAGTTTTGAAGGAGGTCGCTTGGGTAATTTTTGATGAGATTCATTACATGAAGGAT 656
|||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 739 TCTGAAGTGTTAAAGGAGGTCGCTTGGGTTATTTTTGATGAGATTCATTATATGAAGGAT 798
Query 657 AGGGAAAGAGGAGTTGTTTGGGAAGAGAGTATTATTTTCTTGCCACCTGCTATTAAGATG 716
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 799 AGAGAAAGAGGAGTTGTTTGGGAAGAGAGTATTATTTTCCTGCCTCCTGCTATTAAGATG 858
Query 717 GTTTTCCTTTCTGCGACTATGTCGAATGCTACTGAATTCGCGGAATGGATATGTTATTTG 776
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 859 GTATTCCTTTCTGCGACTATGTCGAATGCTACTGAATTTGCGGAATGGATATGTTATTTG 918
Query 777 CACAAGCAGCCATGTCATGTTGTGTACACAGATTTTAGGCCAACTCCTCTGCAGCATTAT 836
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 919 CACAAGCAGCCATGTCATGTTGTGTACACAGATTTTAGGCCAACACCTCTGCAGCATTAT 978
Query 837 GCTTTTCCTATGGGTGGGAGTGGACTGTACCTCGTGGTTGATGATAATGAGCAATTTCGG 896
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 979 GCTTTTCCTATGGGTGGGGGTGGACTGTACCTTGTGGTTGATGATAATGAGCAGTTTCGG 1038
Query 897 GAGGACAATTTCGTTAAGATGCAGGATACGTTCCCAAAACCGAAATCTGTTGATGGGAAA 956
||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1039 GAGGATAGTTTCGTTAAGATGCAGGATACTTTCCCCAAACCGAAATCTAATGATGGGAAA 1098
Query 957 AAGAGTGCGAATGGCAAATCTGGTGGTAGGGGTGCTAAAGGTGGCGGTGGCCCTGGTGAT 1016
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1099 AAGAGTGCGAATGGCAAATCTGGTGGTAGGGGTGCTAAAGGTGGAGGTGGCCCTGGTGAT 1158
Query 1017 TCTGATGTTTACAAAATTGTCAAGATGATCATGGATAGAAAATTTGAACCAGTTATCATC 1076
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1159 TCTGATGTTTACAAAATTGTAAAGATGATCATGGAGAGAAAATTTGAACCAGTCATTATC 1218
Query 1077 TTCAGCTTCAGTAGAAGAGAGTGTGAACAGCATGCATTGTCAATGTCAAAACTCGATTTT 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1219 TTCAGCTTCAGTAGAAGAGAGTGTGAACAGCATGCATTGTCAATGTCAAAACTCGATTTT 1278
Query 1137 AATACAGATGAAGAGAAAGAGGTTGTGGAACAGGTGTTTAATAATGCAATGCAGTGCTTG 1196
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1279 AATACAGATGAAGAGAAAGAAGTTGTGGAACAGGTGTTTAATAATGCAATGCAGTGCTTG 1338
Query 1197 AATGAAGAAGATAGATCCTTACCTGCCATTGAACTGATGTTGCCACTGCTCCAACGTGGT 1256
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 AATGAAGAGGATAGATCCTTACCTGCCATTGAACTGATGTTGCCACTGCTCCAACGTGGT 1398
Query 1257 ATTGCTGTCCATCATTCTGGTCTTCTTCCTGTCATCAAGGAATTAGTGGAGCTTCTTTTT 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 ATTGCTGTCCATCATTCTGGTCTTCTTCCTGTCATCAAGGAATTAGTGGAGCTTCTTTTT 1458
Query 1317 CAGGAAGGACTTGTGAAAGCGCTTTTTGCCACAGAAACCTTTGCTATGGGTTTGAACATG 1376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1459 CAGGAAGGACTTGTGAAAGCGCTTTTTGCCACAGAAACCTTTGCTATGGGTTTGAATATG 1518
Query 1377 CCCGCAAAAACTGTCGTGTTTACTGCTGTTAAGAAGTGGGATGGTGACAGCCATCGTTAC 1436
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1519 CCCGCCAAAACTGTAGTGTTTACTGCTGTTAAGAAGTGGGATGGTGACAGCCATCGTTAC 1578
Query 1437 ATTGGGTCTGGTGAATATATCCAGATGAGCGGCAGGGCTGGACGCCGTGGAAAGGATGAA 1496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1579 ATTGGGTCTGGTGAATATATCCAGATGAGCGGCAGGGCTGGACGTCGTGGAAAGGACGAG 1638
Query 1497 CGTGGCATCTGCATTATTATGATTGATGAACAGATGGAGATGAATACACTCAGGGACATG 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 CGTGGCATCTGCATTATTATGATTGATGAACAGATGGAGATGAATACACTCAGGGACATG 1698
Query 1557 ATGTTGGGCAAACCAGCCCCTTTGCTTAGTACTTTTAGGCTGAGTTACTACACAATTTTG 1616
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 ATGTTGGGAAAACCAGCCCCTTTGCTTAGTACTTTTAGGCTGAGTTACTACACAATTTTG 1758
Query 1617 AATTTACTCAGTCGTGCCGAAGGACAATTTACTGCTGAGCATGTTATAAGGCACTCGTTC 1676
||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 AATCTATTGAGTCGTGCCGAAGGACAATTTACTGCTGAGCATGTTATAAGGCACTCGTTC 1818
Query 1677 CATCAATTCCAGCATGAAAAGGCTTTACCGGATATTGGGAATAAAGTGTCCAAACTTGAA 1736
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1819 CATCAATTCCAGCATGAAAAGGCTTTACCGGATATTGGGAATAAGGTGTCCAAACTTGAA 1878
Query 1737 GAGGAAGCTGCCATCCTTAATGCTTCTGGAGAGGCGGAGGTTGCTGAATACCATAAGCTA 1796
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1879 GAGGAAGCTGCCATTCTTAACGCTTCTGGAGAGGCGGAGGTTGCTGAATACCATAATCTA 1938
Query 1797 CAACTTGACATAGCTCAACATGAAAAGAAACTTATGTCAGAAATAATAAGGCCTGAAAGG 1856
||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1939 CAATTTGACATTGCTAAACATGAAAAGAAACTTATGTCAGAAATAATTAGGCCTGAAAGG 1998
Query 1857 GTGCTTTGTTTTCTTGATACTGGTCGGCTGGTTAAGATAAGAGAAGGTGGCACAGAATGG 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||
Sbjct 1999 GTGCTTTGTTTTCTTGATACTGGTCGGCTGGTTAAAATAAGAGAAGGTGGAACGGATTGG 2058
Query 1917 GGCTGGGGAGTTGTAGTTAATGTCATTAAAAAAT-CTTCAGTTGGAACTGGT---G---- 1968
|||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2059 GGCTGGGGAGTTGTCGTTAATGTTGT-AAAAAATTCTTCAGTTGGAACTGGTTCCGCCTC 2117
Query 1969 -------G----CGGATATATAGTAGATACTCTGCTTCATTGCTCTACTGGGTTTAGTGA 2017
| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2118 TTCACATGGTGGCGGATATATAGTGGATACTCTACTTCATTGCTCTACTGGTTTTAGTGA 2177
Query 2018 AAATGGTGCCAAGCCAAAGCCATGTCCTCCCCGTTCTGGGGAAAAGGGCGAGATGCATGT 2077
|||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2178 AAATGGCGCAAAGCCAAAGCCATGTCCTCCCCGTGCTGGGGAAAAGGGTGAAATGCATGT 2237
Query 2078 GGTTCCTGTTCAGCTACCCTTAATTTCTGCTTTGAGCAGACTAAGGATATCAGTTCCTTC 2137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2238 GGTTCCTGTTCAGCTACCCTTAATTTCTGCTTTGAGCAGACTAAGGATATCAGTTCCTTC 2297
Query 2138 TGATCTTCGGCCAGTAGAAGCAAGACAGAGTATATTACTTGCAGTACAGGAGTTGTCAAG 2197
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2298 TGATCTTCGGCCAGTGGAAGCAAGACAGAGTATACTACTTGCATTACAGGAGTTGTCAAG 2357
Query 2198 TCGCTTCCCTCTAGGGTTCCCAAAACTCCATCCAGTCAAGGATATGAATATTCAAGATAC 2257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2358 TCGCTTCCCTCTAGGGTTCCCAAAACTCCATCCAGTCAAGGATATGAATATTCAAGACAC 2417
Query 2258 AGAGATAGTGGATCTGGTCAGCCAAATTGAAGAAGTTGAGCAGAAGTTACTTGCTCATCC 2317
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2418 AGAGATAGTGGATCTGGTCAGCCAAATCGAAGAAGTTGAGCAGAAGTTACTTGCTCATCC 2477
Query 2318 GATGCACAAGTCTCAAGATGATCAACAAATAAAGAGTTTCCAGAGGAAGGCGGAGGTGAA 2377
||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2478 GATGCACAAGTCTGAAGATGATCAACAAATCAAGAGTTTCCAGAGGAAAGCGGAGGTGAA 2537
Query 2378 TTATGAAATTCAACAGCTCAAATCAAAAATGCGTGATTCCCAGCTCCAAAAGTTTCGAGA 2437
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2538 TTATGAAATTCAACAGCTAAAATCGAAAATGCGTGATTCCCAGCTCCAAAAGTTTCGAGA 2597
Query 2438 TGAGCTTAAGAACCGATCTCGGGTATTAAAGAAACTTGGACACATTGATACGGATGGCGT 2497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||
Sbjct 2598 TGAGCTTAAGAACCGATCTCGGGTATTAAAGAAACTTGGACACATTGATGCTGATGGTGT 2657
Query 2498 CGTCCAGTTAAAGGGACGAGCTGCATGCTTGATAGACACAGGGGATGAATTGCTTGTCAC 2557
||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2658 CGTCCAGGTAAAGGGACGAGCTGCGTGCTTGATAGACACAGGGGATGAATTGCTTGTCAC 2717
Query 2558 TGAACTGATGTTTAATGGTACTTTTAATGATCTGGATCATCACCAAGTAGCAGCCCTTGC 2617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2718 TGAACTGATGTTTAATGGTACTTTTAATGATCTGGATCATCACCAAGTAGCAGCCCTTGC 2777
Query 2618 AAGCTGTTTCATTCCTGTAGATAAATCAAATGAACAGGTCAATTTAAGGAATGAACTTAC 2677
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2778 AAGCTGTTTCATTCCTGTTGATAAATCAAACGAACAGGTAAATTTAAGGAATGAACTTAC 2837
Query 2678 TAAACCATTGCAGCAGCTCCAAGATAGCGCACGGAAAATTGCGGAGATACAACATGAATG 2737
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2838 CAAACCATTGCAGCAGCTCCAAGATAGTGCACGGAAAATAGCAGAGATACAACATGAATG 2897
Query 2738 CAAACTGGAAATTGACGTTGAAGAGTATGTGGAATCCACCATCAGGCCTTTCCTGATGGA 2797
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2898 CAAACTGGAAATTGACGTGGAAGAGTATGTGGAATCCACCATCAGGCCTTTCCTGATGGA 2957
Query 2798 TGTTATCTACTCTTGGTCAAAGGGCGCGAGCTTTGCAGAGATTATTCAAATGACTGACAT 2857
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2958 TGTTATCTACTCTTGGTCAAAGGGCGCAAGCTTTGCAGAGATTATACAAATGACTGACAT 3017
Query 2858 ATTCGAGGGTAGCATCATTAGGAGCGCTAGAAGGCTCGACGAGTTTTTGAACCAGCTTCG 2917
|||||| ||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3018 ATTCGAAGGTAGTATCATCAGAAGTGCTAGAAGACTCGACGAGTTTTTGAACCAGCTTCG 3077
Query 2918 AGCTGCAGCGGATGCAGTTGGAGAAAGCAGTTTAGAGAGCAAGTTTGCTGCTGCTAGCGA 2977
||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3078 AGCTGCAGCAGAGGCAGTTGGTGAAAGCAGTTTAGAGAGCAAGTTTGCAGCTGCTAGCGA 3137
Query 2978 GAGCTTGCGAAGAGGTATTATGTTTGCAAATTCGCTCTACTTGTAAGTGCTCTCTTGTAG 3037
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 3138 GAGCTTGCGACGAGGTATTATGTTTGCAAATTCGCTTTACTTGTAAGTACTCTCTTGGAG 3197
Query 3038 A 3038
|
Sbjct 3198 A 3198
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 155166354699
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5