BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480240
Length=2415
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G07690.1 | Symbols: MCM5 | Minichromosome maintenance (MCM2/... 4002 0.0
> AT2G07690.1 | Symbols: MCM5 | Minichromosome maintenance (MCM2/3/5)
family protein | chr2:3523163-3527450 REVERSE LENGTH=2462
Length=2462
Score = 4002 bits (2167), Expect = 0.0
Identities = 2348/2433 (97%), Gaps = 21/2433 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 agagagagagagagagagagaTTCGTAACGGAGACGAAGCGAA-GATGTCAGGTTGGGAC 59
||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||
Sbjct 19 AGAGAGAAAGAGATAGAGAAATTCGTAACGGAGACGAAGC-AACGATGTCAGGATGGGAC 77
Query 60 GAAGGAGCAGTTTACTACAGCGACCAGCCGCAGTTCCCGGAGGCCGGAGACGCCACCACC 119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 78 GAAGGAGCAGTTTACTACAGCGACCAGCCGCAGTTCCCGGAGGCCGGAGACGCCGCAACC 137
Query 120 ATCAGCCCCCATGCCGTCTTAACCAAATTTAAGGAATTCATTCGAAATTTCGAGATCGAG 179
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 138 ATCAGTCCCCACGCCGTCTTAACCAAATTTAAGGAATTCATTCGAAACTTCGAGATCGAA 197
Query 180 CAGAATTGTTTCCCCTACAGAGAAGCTCTCCTCGATAACCCTAAGAGACTTCTTGTCCAC 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 198 CAGAATTGTTTCCCCTACAGAGAAGCTCTCCTCGATAACCCTAAGCGACTTGTTGTCCAC 257
Query 240 CTCGAAGATCTCCTCGCCTTTGATTCCGATCTCCCTTCTTTAATCCGATCTGCTCCTGCC 299
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 258 CTCGAAGATCTCCTCTCCTTTGATTCCGATCTCCCCTCCTTAATCCGATCTGCTCCTGCC 317
Query 300 GATTATCTCCCTGTGTTTGAGAAAGCAGCTGGTGAAGTGTTGACCGGATTGAAAATGAGG 359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 318 GATTATCTCCCTGTGTTTGAGAAAGCAGCTGGTGAAGTGTTGACTGGATTGAAAATGAGG 377
Query 360 GAGGCTAATGAGGGAGGGGAAATGGAGGAACCTCTGCCTAGAGATGTTCAGATTTTGCTG 419
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 378 GAGGCTAATGAGGGAGGGGTAATGGAGGAACCTCTGACTAGAGATGTGCAGATTTTGCTC 437
Query 420 ACTTCAAGAGAGGATCCAGTATCTATGCGATTACTTGGGGCCCAGTACATCTCAAAGTTG 479
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 438 ACTTCAAGAGAGGATCCAGTATCAATGAGATTACTTGGGGCACAGTACATCTCAAAGTTG 497
Query 480 GTGAAAATCTCTGGGATTAGTATTGCAGCTTCGAGAGTGAAAGCAAAGGCGACTTATGTG 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 498 GTGAAAATCTCTGGGATTAGTATTGCAGCTTCGAGAGTGAAAGCAAAGGCGACTTATGTG 557
Query 540 TTTTTGGTATGTAAGAATTGTAAAAAGACAAGGGAAGTTCCATGTCGTCCGGGTCTTGGT 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 558 TTTTTGGTATGTAAGAATTGTAAAAAGACAAGGGAAGTTCCATGTCGTCCGGGTCTTGGT 617
Query 600 GGGGCAATTGTTCCTCGATCATGTGATAATATTCCACAGCCTGGAGAGGAACCTTGCCCT 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 618 GGGGCAATTGTTCCTCGATCATGTGATAATATTCCACAGCCTGGAGAGGAGCCTTGCCCT 677
Query 660 CTTGATCCATGGATGGTGGTTCCTGATAGGAGCCAGTATGTTGATCAACAGACGTTAAAG 719
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 678 CTTGATCCTTGGATGGTGGTTCCTGATAGGAGCCAGTATGTTGATCAACAGACCTTAAAG 737
Query 720 CTACAGGAGAACCCGGAGGATGTTCCTACTGGAGAGCTTCCAAGAAATATGCTTCTCTCA 779
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 738 CTACAGGAGAATCCGGAGGATGTTCCTACTGGAGAGCTTCCAAGAAATATGCTTCTCTCA 797
Query 780 GTTGATCGGCATCTTGTACAAACAATTGTACCTGGAACCAGACTGACAGTAATGGGTATC 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 798 GTTGATCGGCATCTTGTACAAACAATTGTACCTGGAACCAGACTGACAGTAATGGGTATC 857
Query 840 TACAGCATTTTCCAAGCTTCATCATCATCTAACTCGCATAAAGGAGCAGTTGCAATTAGG 899
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 858 TACAGCATTTTCCAAGCTTCGTCATCATCTAACTCGCATAAAGGAGCAGTTGCAATTCGC 917
Query 900 CAGCCTTATATCAGAGTTGTTGGATTGGAAGACACAAATGAGGCCAGTTCCCGTGGCCCT 959
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 918 CAGCCTTATATCCGAGTTGTTGGACTGGAAGACACAAATGAGGCCAGTTCCCGTGGCCCT 977
Query 960 GCCAACTTCACTCCTGACGAAGAGGAAGAATTCAAAAAGTTTGCTGATAGTCAAGATGTA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 978 GCCAACTTCACTCCTGACGAAGAGGAAGAATTCAAAAAGTTTGCTGATAGTCAAGATGTA 1037
Query 1020 TACAAGAACATTTGCACCAAGATCGCTCCTTCTATATTTGGCCATGAGGATGTGAAGAGA 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1038 TACAAGAACATTTGCACCAAGATCGCTCCTTCTATATTTGGCCATGAGGATGTGAAGAGA 1097
Query 1080 GCAGCTGCGTGTCTTCTCTTTGGAGGATCCAGGAAGAGCCTGCCGGATGGAGTGAAACTA 1139
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1098 GCAGCTGCGTGTCTTCTCTTTGGAGGATCCAGGAAGAGCCTGCCCGATGGAGTGAAACTA 1157
Query 1140 AGAGGTGATATTAATGTTTTGCTTCTGGGAGACCCATCAACTGCAAAATCACAGTTTCTT 1199
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1158 AGAGGTGATATTAATGTTTTGCTTTTGGGAGACCCATCAACTGCAAAATCACAGTTTCTT 1217
Query 1200 AAGTTTGTGGAGAAGACGGCTCCAATTGCTGTTTATACATCTGGAAAGGGTTCATCCGCT 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1218 AAGTTTGTGGAGAAGACGGCTCCAATTGCTGTTTATACATCTGGAAAGGGTTCATCGGCT 1277
Query 1260 GCTGGGCTCACGGCTTCGGTGATTCGAGATAGCAGCACTCGAGAGTTCTATCTTGAAGGT 1319
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278 GCTGGGCTCACAGCTTCGGTGATTCGAGATAGCAGCACTCGAGAGTTCTATCTTGAAGGT 1337
Query 1320 GGTGCTATGGTTTTGGCTGATGGAGGTGTTGTGTGTATTGATGAATTTGACAAGATGAGA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1338 GGTGCTATGGTTTTGGCTGATGGAGGTGTTGTGTGTATTGATGAATTTGACAAGATGAGA 1397
Query 1380 CCGGAAGATAGAGTTGCTATTCATGAGGCAATGGAGCAGCAGACAATCTCCATTGCAAAA 1439
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1398 CCGGAAGATAGGGTTGCTATTCATGAGGCAATGGAGCAGCAGACAATCTCCATTGCAAAA 1457
Query 1440 GCTGGAATAACAACTGTCCTTAATTCTAGAACGTCGGTGCTTGCTGCTGCTAACCCGCCA 1499
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1458 GCTGGGATAACAACTGTCCTTAATTCTAGAACCTCGGTGCTTGCTGCTGCTAACCCGCCA 1517
Query 1500 TCAGGTCGATATGATGACCTTAAGACTGCACAGGACAATATTGATTTGCAGACAACAATT 1559
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1518 TCTGGTCGATATGATGACCTTAAGACTGCTCAGGACAATATCGATCTGCAGACAACAATT 1577
Query 1560 CTTTCTAGATTTGATCTTATCTTCATTGTCAAGGACATCAGGAAGTATTCCCAAGACAAG 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 CTTTCTAGATTTGATCTTATCTTCATTGTCAAGGACATCAGGAAGTATTCCCAAGACAAG 1637
Query 1620 GAAATAGCCAGCCATATTATAAGGGTTCATGCATCTGCGAACAAATTTTCGGATGAAAAC 1679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1638 GAAATAGCCAGCCATATTATAAGGGTTCATGCATCTGCAAACAAATTTTCGGATGAAAAC 1697
Query 1680 ACAGATTCTAAAGAAGATAATTGGCTCAAAAGGTATGTACAATACTGTCGAGCAAGGTGT 1739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 ACAGATTCTAAAGAAGATAATTGGCTCAAAAGGTATATACAATACTGTCGAGCAAGGTGT 1757
Query 1740 CATCCCCGTCTCTCAAAAGACGCTGCTGAGAACCTGCAGCGAAAATATGTCACAATCAGA 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1758 CATCCCCGTCTCTCAAAAGACGCTGCTGAGAACCTGCAGCGGAAATATGTCACAATCAGA 1817
Query 1800 ATGGATATGAAGAGACGTGCACATGAAACAGGAGAGGCTGCTCCGATACCTATCACAGTG 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1818 ATGGATATGAAGAGACGTGCACATGAAACAGGAGAGGCTGCTCCGATACCTATCACAGTG 1877
Query 1860 AGACAACTGGAAGCTATTGTCAGACTGAGTGAGTCACTTGCAAAAATGAGACTGTCACAT 1919
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1878 AGACAACTCGAAGCTATTGTCAGACTGAGTGAGTCACTTGCAAAAATGAGACTGTCACAC 1937
Query 1920 GAGGCCACGCCAGATGATGTAGACAAAGCTTTTAAACTTTTTGATACCTCAACCATGGAT 1979
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1938 GAGGCCACACCAGATGATGTAGACAAAGCTTTTAAACTTTTTGATACCTCGACAATGGAT 1997
Query 1980 GCAGCAAGATCAGGGATAAATCAACAGATAAACATAACAGGCGAGATGGCCAATGAAATC 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1998 GCAGCAAGATCAGGGATAAATCAACAGATAAACATAACAGGCGAGATGGCCAATGAAATC 2057
Query 2040 AAGCAAGCGGAAACACAGATAAAGAGAAGAATGGGGATCGGAGCTCGGTTATCAGAGAGA 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2058 AAGCAAGCGGAAACACAGATAAAGAGAAGAATGGGGATCGGAGCTCGATTATCAGAGAGA 2117
Query 2100 AGACTGATAGAGGATCTGGCTAGAATGGGAATGAACGATTCAATGGTGAGGAGGGCTTTG 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2118 AGACTGATAGAGGATCTGGCTAGAATGGGAATGAACGATTCAATGGTGAGGAGAGCTTTG 2177
Query 2160 TTGATAATGCACCAGAGAGGTGAAGTTGAGTACCAGCGAGAGAGACGTTCTATTGTCCGC 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2178 TTGATAATGCACCAGAGAGGTGAAGTTGAGTACCAGCGAGAGAGACGTTCTATTGTCCGC 2237
Query 2220 AAAGCTTGATCGTCTAGGCATGCAATCTCTCTTCTTTAGTA--A-C-a--a--aaa-aa- 2269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | ||| ||
Sbjct 2238 AAAGCTTGATCGTCTAGGCATGCAATCTCTCTTCTTTAGTAGCAGCGATGACCAAACAAA 2297
Query 2270 ------TATTTAGTATTATTAAGTTAATTTGTAGGCaaaaaaaaGAA-GAGAAGCTTATG 2322
|||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 2298 ACAAAATATTTAATATTATCAAGTTAATTTGTAGGCAAAAAGTAGAAAGAGAAGCTTATG 2357
Query 2323 TCATGTGTATTTTTGATGAAGATTCTTGGTATACGTTTATGCTTGCTTCAAACTAATGTA 2382
|||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2358 TCATGTGTATTT--GATGAAGATTCTTAGTAAACTTTTACGCTTGCTTCAAACTAATGTA 2415
Query 2383 TTCTCCACCATTGTTGTCCTTTGTTAAAACGTC 2415
||||||||| ||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2416 TTCTCCACCTTTGTTGTCCTTAGTTAAAATGTC 2448
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119929102005
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5