BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480300
Length=1605
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G08596.1 | Symbols: | transposable element gene | chr4:5475... 2202 0.0
AT1G36880.1 | Symbols: | pseudogene, similar to P0529E05.9, bl... 2141 0.0
AT1G42570.1 | Symbols: | pseudogene, similar to P0529E05.9, bl... 2071 0.0
AT1G36660.1 | Symbols: | pseudogene, similar to P0529E05.9, bl... 1094 0.0
> AT4G08596.1 | Symbols: | transposable element gene | chr4:5475880-5477918
REVERSE LENGTH=2039
Length=2039
Score = 2202 bits (1192), Expect = 0.0
Identities = 1488/1627 (91%), Gaps = 36/1627 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 CCAATCACACGGTGTGGTTGTAATGCTCATATGACTTGCTACCTTCAGAAGACCGGAAAA 63
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Sbjct 363 CCAATCACTCGGTGTGGTTGTAATGCTCATATGACTTGCTACCTTCAGAAGACCGGAAAA 422
Query 64 TATAAGGTTGTGTCTTTC-AACCAGAATCATAACCATGATTTAGTGAAG-ACGCCTATGA 121
|||||| |||| |||||| | || ||| || ||||||||||||||| || || |||||||
Sbjct 423 TATAAGCTTGTATCTTTCGAGCC-GAACCACAACCATGATTTAGTG-AGAACACCTATGA 480
Query 122 AACATTTGTTGAAGGGAAATCGGGTATTATCTATCTCTCAAAAACAACATGCAGATGATG 181
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Sbjct 481 AGCATTTGTTGAAGGGAAATCAGGAATTATCTATCTGTCAAAAACAACATGTAGATGATG 540
Query 182 CCGAGATGTCAGGAATTTCAGCAAAATCAACTGTTGAAATGATGAGTAGAGAAGTAGGAG 241
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Sbjct 541 CTGAGATGTCAGGGATTTCAGCAAAAGCAACTGTTGAAATGATGAGTAGAGAAGTTGGGG 600
Query 242 GGTAAGTAAATCTGGGTTTTTTGAAGAAGGATTATCAAAATTACATATACCGAAAGCGAA 301
|| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 601 GGCAAGAAAATCTGGGTTTTTTGAAGAAAGATTATCAAAATTACATATACCGAAAGAGAA 660
Query 302 TGGCAAAAATGGAAAAGGGAGATGTTGGAGCTGTTTTGGAGTACTTTCAG-------AA- 353
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Sbjct 661 TGGCAAAAATGGAAAAGGGAGATGGTGCAGCTGTTTTGGAATACTTTCAGAAAAAAAAAG 720
Query 354 A----AA----t-tttttttATTCAATGCAACTTGATGAGGATGATATGATCACTAATAT 404
| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGGGTAATTCGTCTTTTTTTATTCAATGCAACTTGATGAGGATGATATGATCACTAATAT 780
Query 405 CTTCTGGGCAGATGATCGGTCTATAAGTGATTACAATCTTTTTGGAGATGTCGTTTGCTT 464
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Sbjct 781 ATTCTGGGCAGATGATCGGTCTATCAGTGATTACAATCTTTTTGGAGATGTCATTTGCTT 840
Query 465 TGACACAACTTATAAGACCAATGACTATGAAAGACCCTTTGCTCCATTTGTCGGAGTCAA 524
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 841 TGACACAACTTATAAGACCAATGAATATGATAGACCCTTTGTTCCATTTGTCGGGGTCAA 900
Query 525 TCATCATAAGCAAACTGTTGTGTTTGGTGCTGCTCTCTTATATGATGAAACC-ACTGAGT 583
|||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||
Sbjct 901 TCATCACAAGCAAACAGTTGTGTTTGGTGTTGCTCTCTTATATGATAAAACCAAC-GAGT 959
Query 584 CATATAAGTGGCTTTTCGAGACTTTTCTTGGAGCAATGTCTGGAAAACAACC-TGAAACA 642
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Sbjct 960 CATATAAGTGGCTTTTCGAGACTTTTCTTGGAGTAATGTATGGAAAACAACCAAAAAACA 1019
Query 643 ATTCTTACAGACCAATGTGCAGCAATGGCGAATGCAATAGTGAAGGTATTTCCTGATACA 702
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Sbjct 1020 ATTCTTACAGACCAATGTGCAGCAATGGCGAATGCGATAGTAAAGGTATTCCCTGATACA 1079
Query 703 AAGCATAGATTATGTGTTTGGCATATTTACCAAAATGCTGCAAAGAAGTTGAGTCATGTA 762
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AA-TATAGATTATGTGTTTGGCATATTTACCAAAATGCTGCAAAGAAGTTGAGTCATGTA 1138
Query 763 TTTCATGGAGCAGAACAATTTGCCATGAACTTTAGTAAATGTGTATATGACCATGAGGAA 822
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1139 TTTCATGGAGCAGAACAATTTGCCATGGATTTTAGTAAGTGTGTATATGACTATGAGGAA 1198
Query 823 GAAGAAGAATGGTTATTGGCATGGAGTAATATGCTCCAGTAGCATAAATTGACGGGGGAT 882
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||
Sbjct 1199 GAAGAAGATTGGTTATTAGCATGGAGTAATATGCTCCAGAAGCATAACTTGATAGAGGAT 1258
Query 883 AAATGGTTGAAGAATTTATTTGAGCTGAGAGAAAAATGGGCAATGGTATATGGACGTCAT 942
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1259 AAATGGTTGAAGAATTTGTTTGAGCTGAGAGAAAAATGGGCAATGGTATATGAACGTCAT 1318
Query 943 ACTTTTACAGCAGATATGGTGAGCACACAGCGTAGTGAAAGTATGAATAATATTTTGaaa 1002
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TCTTTTACAGCAGATATGGTGAGCACACAACGTAGTGAAAGTATGAATAATATTTTGAAA 1378
Query 1003 aaaaTACTTGAAGCATAGTTATAACTTGTTGTGCTTCTTTGAACACTATGAGAGAGTGTT 1062
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1379 AA--TACTTGAAGCATAGTTATAACTTGTTGTGCTTCTTTGAACACTACGAGAAAGTGTT 1436
Query 1063 GGAGGATCAACGATATAAAGAATTAGTTGCTGACTTCAATATGATGCATACCTCGCCGGT 1122
|||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1437 GGAGGATCGACGATATAAGGAATTAGTTGCTGATTTCAATATGATGCATACCTTGCCGGT 1496
Query 1123 ATTATGTGCTACTGTAGAGATGTTGCAACATGCAGAGGAAGTGTATACAC-CAGAAGTTT 1181
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Sbjct 1497 ATTATGTGCTACTGTAG-GATGTTGCAATATGCGGAGGAAGTGTATACACTCAAAA-TTT 1554
Query 1182 TTAGCTTGTTCCAGAAGCAATTCATAGTTATCGGTGATTATGTTGCCAAAAAGGTTAGTA 1241
|||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1555 TTAGCTTGTTCCAGAAACAATACATAGTTATTGGTGATTATGTTGCCAACAAGGTTAGTA 1614
Query 1242 AGTCTGAGATGGTGTATGAATACAA-TGTATCTTATCGAGGTGTAGCACGAGA-GCATTT 1299
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Sbjct 1615 AGTATGAGATGGTATATGAATATAAAT-TACCTTATCGTGGTGTAGCACG-GAAGCATTT 1672
Query 1300 GGTTAATTATGATGCTGCAAACGAGACAATACATTGTGGTTGCAAGAAGTTTTCTTTTGC 1359
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Sbjct 1673 TATTAATTATGATGTTGCAAACGAGACGATACGTTGCAGTTGCATGAACTTTAGTTTTGC 1732
Query 1360 TGGGATTTTATGTCGTCATGCATTGAAAGTGTTGGACAAGAAGAATGTTAGAAGAATTCC 1419
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Sbjct 1733 CGGGATTTTATGTCGTCATGCATTGAAAGTGCTGGACAAGAAAAATGTTAGAAAAATCCC 1792
Query 1420 ATCTA-CTTACATTCTAAATCGATGGAGTAAAGAGGCAAAAGCACGAAACATATCTTATT 1478
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||
Sbjct 1793 ATCTAACT-ACATTCTAAATCGATGGAGTAAAGAGGCAAAAGCACGAAAAACATTTTTTT 1851
Query 1479 ATCATTCAGAGTCACCTAATGAAACAGTCAAGCAATCGATTGGAAAGCGATATAGCCATA 1538
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Sbjct 1852 ATCATTCAGAGCCACCTAATGAAACAGTCAAGGAATCGATTGGAAAGCGATATAGCCATA 1911
Query 1539 TATGTCATACTTTCCGTGAGATTGCATATGTTGCTGCTGATCATATAGAAATGACATTGT 1598
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1912 TATGTCGTACTTTCCGTGAGATTGCATCTGTTGCTACTGATCATATAGAATTGACGTTGT 1971
Query 1599 GTGCAAA 1605
|||||||
Sbjct 1972 GTGCAAA 1978
> AT1G36880.1 | Symbols: | pseudogene, similar to P0529E05.9,
blastp match of 46% identity and 1.9e-119 P-value to GP|18461196|dbj|BAB84393.1||AP003279
P0529E05.9 {Oryza sativa (japonica
cultivar-group)} | chr1:13961890-13963772 REVERSE LENGTH=1883
Length=1883
Score = 2141 bits (1159), Expect = 0.0
Identities = 1437/1567 (92%), Gaps = 36/1567 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 CAATCACACGGTGTGGTTGTAATGCTCATATGACTTGCTACCTTCAGAAGACCGGAAAAT 64
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Sbjct 331 CAATCACTCGATGT--TTGTAATGCTCATATGACTTGCTACCTTCAGTAGACCGGAAAAT 388
Query 65 ATAAGGTTGTGTCTTTC-AACCAGAATCATAACCATGATTTAGTGAAGACGCCTATGAAA 123
|| ||||||| || ||| | || ||| || |||| |||||||||||| || ||||||||
Sbjct 389 ATTAGGTTGTATCATTCGAGCC-GAACCACAACCCTGATTTAGTGAA-ACACCTATGAAG 446
Query 124 CATTTGTTGAAGGGAAATCGGGTATTATCTATCTCTCAAAAACAACATGCAGATGATGCC 183
||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 447 CATTTGTTGAAAGAAAATCGGGAATTATCTATCTCTCAAAAACAACATGCAGATGAT--- 503
Query 184 GAGATGTCAGGAATTTCAGCAAAATCAACTGTTGAAATGATGAGTAGAGAAGTAGGAGGG 243
|||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 504 ---ATGTCAGGGATTTCAGCAAAAGCAACTGTTGAAATGATGAGTAGAGAAGTTGGGGGG 560
Query 244 TAAGTAAATCTGGGTTTTTTGAAGAAGGATTATCAAAATTACATATACC--GAAAGCGAA 301
||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 561 CAAGAAAATCTGGGTTTTTTGAAGAAAGATTATCAAAATTACATATACCGAGAAAGAGAA 620
Query 302 TGGCAAAAATGGAAAAGGGAGATGTTGGAGCTGTTTTGGAGTACTTTCAG----AA--A- 354
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || |
Sbjct 621 TGGCAAAAATGGAAAAGGGAGATGCTGGAGCTGTTTTGGAATACTTTCAGAAAAAAGGAG 680
Query 355 ---AA------ttttttttATTCAATGCAACTTGATGAGGATGATATGATCACTAATATC 405
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 GGTAATTCGTCTTTTTTTTATTCAATGCAACTTGATGAGGATGATATGATCACTAATATA 740
Query 406 TTCTGGGCAGATGATCGGTCTATAAGTGATTACAATCTTTTTGGAGATGTCGTTTGCTTT 465
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Sbjct 741 TTCTGGGCAGATGATCGGTCAATAAGTGATTACAATCTTTTTGGAGATGTCATTTGCTTT 800
Query 466 GACACAACTTATAAGACCAATGACTATGAAAGACCCTTTGCTCCATTTGTCG-GAGTCAA 524
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| | |||||
Sbjct 801 GACACAACTTATAAGACCAATGAATATGATAGACCATTTGCTCCATTTGTCGTG-GTCAA 859
Query 525 TCATCATAAGCAAACTGTTGTGTTTGGTGCTGCTCTCTTATATGATGAAACCACTGAGTC 584
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 860 TCATCACAAGCAAACAGTTGTGTTTGGTGCTGCTCTCTTATATGAGGAAACCAGTGAGTC 919
Query 585 ATATAAGTGGCTTTTCGAGACTTTTCTTGGAGCAATGTCTGGAAAACAACCTGAAACAAT 644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 920 ATATAAGTGGCTTTTCGAGACTTTTCTTGGAGCAATGTCTGGAAAACAACCAAAAACAAT 979
Query 645 TCTTACAGACCAATGTGCAGCAATGGCGAATGCAATAGTGAAGGTATTTCCTGATACAAA 704
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Sbjct 980 TCTTACAGACCAATGTGCAGCAATGGCGAATGCAATAGTAAAGGTATTCCCTGATACAAA 1039
Query 705 GCATAGATTATGTGTTTGGCATATTTACCAAAATGCTGCAAAGAAGTTGAGTCATGTATT 764
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1040 ACATAGATTATGTGTTTGGCATATTTACCAAAATGCTGCAAAGAAATTGAGTCATGTATT 1099
Query 765 TCATGGAGCAGAACAATTTGCCATGAACTTTAGTAAATGTGTATATGACCATGAGGAAGA 824
|||| |||||||| |||||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 TCATTGAGCAGAATAATTTGTCATGGATTTTAGTAAGTGTGTATATGACCATGAGGAAGA 1159
Query 825 AGAAGAATGGTTATTGGCATGGAGTAATATGCTCCAGTAGCATAAATTGACGGGGGATAA 884
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||
Sbjct 1160 AGAATATTGGTTATTGGCATGGAGTAATATGCTCCAGAAGCATAACTTGACAGAGGATAA 1219
Query 885 ATGGTTGAAGAATTTATTTGAGCTGAGAGAAAAATGGGCAATGGTATATGGACGTCATAC 944
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 ATGGTTGAAGAATTTGTTTGAGCTGAGAGAAAAATGGGCAATGGTATATGGACGTCATAC 1279
Query 945 TTTTACAGCAGATATGGTGAGCACACAGCGTAGTGAAAGTATGAATAATATTTTGaaaaa 1004
|||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 TTTTACAGCATATATGGTGAGCACACAACGTAGTGAAAGTATGAATAATATTTTGAAAAA 1339
Query 1005 aaTACTTGAAGCATAGTTATAACTTGTTGTGCTTCTTTGAACACTATGAGAGAGTGTTGG 1064
| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1340 A-TACTTGAAGCATAGTTATAACTTGTTGCGCTTCTTTGAACACTACGAGAGAGTGTTGG 1398
Query 1065 AGGATCAACGATATAAAGAATTAGTTGCTGACTTCAATATGATGCATACCTCGCCGGTAT 1124
|||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1399 AGGATCGACGATATAAGGAATTAGTTGCTGATTTCAATATGATGCATACCTTGCCGGTAT 1458
Query 1125 TATGTGCTACTGTAGAGATGTTGCAACATGCAGAGGAAGTGTATACACCAGAAGTTTTTA 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1459 TATGTGCTACTGTAGAGATGTTGCAACATGCAGAGGAAGTGTATACACCCGAAATTTTTA 1518
Query 1185 GCTTGTTCCAGAAGCAATTCATAGTTATCGGTGATTATGTTGCCAAAAAGGTTAGTAAGT 1244
|||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1519 GCTTGTTCCAAAAACAATACATAGTTATTGGTGATTATGTTGCCAACAAGGTTAGTAAGT 1578
Query 1245 CTGAGATGGTGTATGAATACAATGTATCTTATCGAGGTGTAGCACGAGAGCATTTGGTTA 1304
|||||||||| |||||| | || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1579 CTGAGATGGTATATGAACATAAAGTATCTTATCGTGGTGTAGCACAAGAGCATTTGGTTA 1638
Query 1305 ATTATGATGCTGCAAACGAGACAATACATTGTGGTTGCAAGAAGTTTTCTTTTGCTGGGA 1364
||||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||| |||||| ||||
Sbjct 1639 ATTATGATGTTGCAAACGAGACGATATGTTGCAGTTGCATGAAGTTTAGTTTTGCCGGGA 1698
Query 1365 TTTTATGTCGTCATGCATTGAAAGTGTTGGACAAGAAGAATGTTAGAAGAATTCCATCTA 1424
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1699 TTTTATGTCTTCATGCATTGAAAATGTTGGACAAGAAGAATGTTAGAAGAATCCCATCTA 1758
Query 1425 -CTTACATTCTAAATCGATGGAGTAAAGAGGCAAAAGCACGAAACATATCTTATTATCAT 1483
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1759 ACT-ACATTCTAAATCGATGGAGTAAAGAGGCAAAAGCACGAAAAATATCTTATTATCAT 1817
Query 1484 TCAGAGTCACCTAATGAAACAGTCAA-GCAATCGATTGGAAAGCGATATAGCCATATATG 1542
|||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1818 TCAGAGCCACGTAATGAAACAGTCAAAG-AATCGATTGGAAAGCGATATAGACATCTATG 1876
Query 1543 TCATACT 1549
|| ||||
Sbjct 1877 TCGTACT 1883
> AT1G42570.1 | Symbols: | pseudogene, similar to P0529E05.9,
blastp match of 56% identity and 1.2e-110 P-value to GP|18461196|dbj|BAB84393.1||AP003279
P0529E05.9 {Oryza sativa (japonica
cultivar-group)} | chr1:15988784-15990469 FORWARD LENGTH=1686
Length=1686
Score = 2071 bits (1121), Expect = 0.0
Identities = 1464/1628 (90%), Gaps = 29/1628 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 CCAATCACACGGTGTGGTTGTAATGCTCATATGACTTGCTACCTTCAGAAGACCGGAAAA 63
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 51 CCAATAACACGGTGTGGTTCTAATGCTCATATGACTTGCTACTTTCAGAAGACCAAAAAA 110
Query 64 TATAAGGTTGTGTCTTTC-AACCAGAATCATAACCATGATTTAGTGAAGACGCCTATGAA 122
|||||||||||||| ||| | || ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 111 TATAAGGTTGTGTCATTCGAGCC-GAACCATAACCATGATTTAGTGAGGACACCTATGAA 169
Query 123 ACATTTGTTGAAGGGAAATCGGGTATTATCTATCTCTCAAAAACAACATGCAGATGATGC 182
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 170 GCATTTGTTGAAGGGAAATCGAGAATTATCTATCTCTCCAAAACAACATGAAGATGATGC 229
Query 183 CGAGATGTCAGGAATTTCAGCAAAATCAACTGTTGAAATGATGAGTAGAGAAG-TAGGAG 241
|||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||| | |||
Sbjct 230 CGAGATGTCAGGGACTTCAGCAAAAGCAACCGTTGAAATGATGAGAATAGAAGTTGGGA- 288
Query 242 GGTAAGTAAATCTG--GGTTTTTTGAAGAAGGATTATCAAAATTACATATACCGAAAGCG 299
|||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||| |
Sbjct 289 TCCGAGTAAATCTGTTTTTTTTTTTAAGAAAGATTATCAAAATTAGATATACGGAAAGAG 348
Query 300 AATGGCAAAAATGGAAAAGGGAGATGTTGGAGCTGTTTTGGAGTACTTTCAG---AA-A- 354
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |
Sbjct 349 AATGGCAAAAATGGAAAAGAGAGATGTTGGAGCTGTTTTGGAATACTTTCAGAAAAAGAG 408
Query 355 ---AA----ttttttttATTCAATGCAACTTGATGAGGATGATATGATCACTAATATCTT 407
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 409 GGTAATTCGTTTTTTTTATTCAATGCAACTTGATGAGGATGATATGATCACTAATATATT 468
Query 408 CTGGGCAGATGATCGGTCTATAAGTGATTACAATCTTTTTGGAGATGTCGTTTGCTTTGA 467
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 469 CTGGGTAGATTATCGGTCTATAAGTGATTACAATCTTTTTGGAGATGTCATTTGCTTTGA 528
Query 468 CACAACTTATAAGACCAATGACTATGAAAGACCCTTTGCTCCATTTGTCGGAGTCAATCA 527
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 529 CACAACTTATAAGACCAATGAATATGATAGACCCTTTGCTCCATTTATCGGGGTCAATCA 588
Query 528 TCATAAGCAAACTGTTGTGTTTGGTGCTGCTCTCTTATATGATGAAACCACTGAGTCATA 587
||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 589 TCACATGCAAACAGTTGTGTTTGGTGCTGCTCTCTTATATGATGAAACCAGTGAGTCATA 648
Query 588 TAAGTGGCTTTTCGAGACTTTTCTTGGAGCAATGTCTGGAAAACAACCTGAAACAATTCT 647
||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||| |
Sbjct 649 TAAGTGGTTTTTCGAGACTATTCTTGGAGCAATTTCTAGAAAACAAACAAAAACAATTTT 708
Query 648 TACAGACCAATGTGCAGCAATGGCGAATGCAATAGTGAAGGTATTTCCTGATACAAAGCA 707
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 709 TACAGACCAATGTGCAGCAATGCCGAATACAATAGTAAATGTATTCCCTGATACAAAACA 768
Query 708 TAGATTATGTGTTTGGCATATTTACCAAAATGCTGCAAAGAAGTTGAGTCATGTATTTCA 767
||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 769 TAGATTATGTGTTAGACATATTTAGCAAAATGATGCGAAGAAGTTGAGTCATGTACTTCG 828
Query 768 TGGAGCAGAACAATTTGCCATGAACTTTAGTAAATGTGTATATGACCATGAGGAAGAAGA 827
||||||| |||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 829 TGGAGCATAACAATTTGCCATGGATTTTGGTAAGTGTGTATATGATCATGAGGAAGAAGA 888
Query 828 AGAATGGTTATTGGCATGGAGTAATATGCTCCAGTAGCATAAATTGACGGGGGATAAATG 887
||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 889 AGACTTGTTATTGGCATGGAGTAATATGCTCCAGAAGCATAACTTGACAAATGATAAATG 948
Query 888 GTTGAAGAATTTATTTGAGCTGAGAGAAAAATGGGCAATGGTATATGGACGTCATACTTT 947
|||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 GTTGAAGAATTTGTTTGAACTGAGAGAAAAATGTGCAATGGTATATGGACGTCATACTTT 1008
Query 948 TACAGCAGATATGGTGAGCACACAGCGTAGTGAAAGTATGAATAATATTTTGaaaaaaaT 1007
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 TACAGCAGATATGGTGAGCACACAACGTAGTAAAAGTATGAATAATATTTTGAAAAAAAT 1068
Query 1008 ACTTGAAGCATAGTTATAACTTGTTGTGCTTCTTTGAACACTATGAGAGAGTGTTGGAGG 1067
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1069 ACTTGAAGCATAGTTATAACTTGTTGTGCTTCTCTGAACACTCCGAGAGAGTGTTGGAAG 1128
Query 1068 ATCAACGATATAAAGAATTAGTTGCTGACTTCAATATGATGCATACCTCGCCGGTATTAT 1127
||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 ATCAACGATATAAGGAATTAGTTGGTGATTTCAATATGATGCATACCTCGCCGGTATTAT 1188
Query 1128 GTGCTACTGTAGAGATGTTG---------CAACATGCAGAGGAAGTGTATACACCAGAAG 1178
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1189 GTGCTACTGTAGAGATGTTGGAGATGTTGCAACATGCAGAGGAAGTGTATATACCCGAAA 1248
Query 1179 TTTTTAGCTTGTTCCAGAAGCAATTCATAGTTATCGGTGATTATGTTGCCAAAAAGGTTA 1238
||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1249 TTTGTAGCTTGTTCCAGAAACAATACATAGTTATTGGTGATTATGTTGCCAACAAGGTTA 1308
Query 1239 GTAAGTCTGAGATGGTGTATGAATACAATGTATCTTATCGAGGTGTAGCACGAG-AGCAT 1297
|||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||| |||||| ||| || |||||
Sbjct 1309 GTAAGTCTGAGATGGTATATAAATATAAAGTATCTTATCGTGGTGTATCAC-AGGAGCAT 1367
Query 1298 TTGGTTAATTATGATGCTGCAAACGAGACAATACATTGTGGTTGCAAGAAGTTTTCTTTT 1357
|||||||||||||||| | ||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||
Sbjct 1368 TTGGTTAATTATGATGTTTCAAACAAGACGATATGTTGTTGTTGCATGAAGTTTAGTTTT 1427
Query 1358 GCTGGGATTTTATGTCGTCATGCATTGAAAGTGTTGGACAAGAAGAATGTTAGAAGAATT 1417
|||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 GCTGCGATTTTATGTCGTCATGCATCGAAAGTGTTGGACAAGAAGAATGTTAGAAGAATC 1487
Query 1418 CCATCTACTTACATTCTAAATCGATGGAGTAAAGAGGCAAAAGCACGAAACATATCTTAT 1477
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Sbjct 1488 CCATCTACCTACATTCTAAATCGATGGAGTAAAGAGGCAAAAGCACAAAAAATATCTTCT 1547
Query 1478 TATCATTCAGAGTCACCTAATGAAACAGTCAAGCAATCGATTGGAAAGCGATATAGCCAT 1537
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Sbjct 1548 TATCATTCAGAGTCACCTGATGAGACAGTCAAGCAATCGATTGGAAATCAATATAGCCAT 1607
Query 1538 ATATGTCATACTTTCCGTGAGATTGCATATGTTGCTGCTGATCATATAGAAATGACATTG 1597
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Sbjct 1608 ATATGTCGTACTTTCCGTGAGACTACATATGTTGCTGATGATCATATAGAATTGACGTTG 1667
Query 1598 TGTGCAAA 1605
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Sbjct 1668 TGTGCAAA 1675
> AT1G36660.1 | Symbols: | pseudogene, similar to P0529E05.9,
blastp match of 38% identity and 2.8e-54 P-value to GP|18461196|dbj|BAB84393.1||AP003279
P0529E05.9 {Oryza sativa (japonica
cultivar-group)} | chr1:13861470-13862969 REVERSE LENGTH=1500
Length=1500
Score = 1094 bits (592), Expect = 0.0
Identities = 722/785 (92%), Gaps = 7/785 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 685 AAGGTATTTCCTGATACAAAGCATAGATTATGTGTTTGGCATATTTACCAAAATGCTGCA 744
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Sbjct 720 AAGGTATTCCCTGATACAAAACATTGATTATGTGTTTGGCATATTTACCAAAATGCTGCA 779
Query 745 AAGAAGTTGAGTCATGTATTTCATGGAGCAGAACAATTTGCCATGAACTTTAGTAAATGT 804
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Sbjct 780 AAGAAGTTGAGTCATGTATTTCATGGAGCAGAACGATTTGCCATGGATTTTAGTAAGTGT 839
Query 805 GTATATGACCATGAGGAAGAAGAAGAATGGTTATTGGCATGGAGTAATATGCTCCAGTAG 864
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Sbjct 840 GTATATGACCATGAGGAAGAAGAAGATTGGTTATTGGCATGGAGTAATATGCTCCAGAAG 899
Query 865 CATAAATTGACGGGGGATAAATGGTTGAAGAATTTATTTGAGCTGAGAGAAAAATGGGCA 924
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Sbjct 900 CAT-AATTAACAGCGGATAAATGGTTGAAGAATTTGTTTGAGATGAGAGATAAATGGGCA 958
Query 925 ATGGTATATGGACGTCATACTTTTACAGCAGATATGGTGAGCACACAGCGTAGTGAAAGT 984
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Sbjct 959 ATGGTATATGAACGTCATACTTTTACAGCAGATATGGTGAGCACACAACGTAGTGAAAGT 1018
Query 985 ATGAATAATATTTTGaaaaaaaTACTTGAAGCATAGTTATAACTTGTTGTGCTTCTTTGA 1044
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Sbjct 1019 ATGAATAATATTTTGAAAAAAATACTTGAAGCATAGTTATAACTTGTTGTGCTTCTTTGA 1078
Query 1045 ACACTATGAGAGAGTGTTGGAGGATCAACGATATAAAGAATTAGTTGCTGACTTCAATAT 1104
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Sbjct 1079 ACACTACGAGAGAATGTTGGAGGATCGACGATATAAGGAATTAATTGCTGACTTCAATAT 1138
Query 1105 GATGCATACCTCGCCGGTATTATGTGCTACTGTAGAGATGTTGCAACATGCAGAGGAAGT 1164
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Sbjct 1139 GATGCATACCTCGTAGGTATTATGTGCTACTGTGGAGATGTTGCAACATGCAGAGGAAAT 1198
Query 1165 GTATACACC-AGAAGTTTTTAGCTTGTTCCAGAAGCAATTCATAGTTATCGGTGATTATG 1223
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Sbjct 1199 GAATACACCCAAAAAATTTAA-CTTGTTCCAGAAACAATACATAGTTATTGGTGATTATG 1257
Query 1224 TTGCCAA-AAAGGTTAGTAAGTCTGAGATGGTGTATGAATACAATGTATCTTA-TCGAGG 1281
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Sbjct 1258 TTGCCAACAAAG-TTAGTAAGTCTGAGATGGTATATGAATATAAAGTATCTTACT-GTGG 1315
Query 1282 TGTAGCACGAGAGCATTTGGTTAATTATGATGCTGCAAACGAGACAATACATTGTGGTTG 1341
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Sbjct 1316 TGTAGCATGGGAGCATTTGGTTAATTATGATGCTGTAAACGAGTCGATATGTTATAGTTG 1375
Query 1342 CAAGAAGTTTTCTTTTGCTGGGATTTTATGTCGTCATGCATTGAAAGTGTTGGACAAGAA 1401
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Sbjct 1376 CATGAAGTTTAGATTTGCCGGGATTTTATGTCTTCATGCATTGAAAATGTTGGACAAGAA 1435
Query 1402 GAATGTTAGAAGAATTCCATCTACTTACATTCTAAATCGATGGAGTAAAGAGGCAAAAGC 1461
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Sbjct 1436 GAATGTTAGAAGAATTCCATCTACCTACATTCTAAATCGATGGAGTAAAGAGGCAAAAAC 1495
Query 1462 ACGAA 1466
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Sbjct 1496 ACGAA 1500
Score = 555 bits (300), Expect = 6e-157
Identities = 428/486 (88%), Gaps = 24/486 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 226 AGTAGAGAAGTAGGAGGGTAAGTAAATCTGGG-TTTTTTGAAGAAGGATTATCAAAATTA 284
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Sbjct 12 AGTAGAGAAGTTGG-GGGCGAGAAAATCTGGGTTTTTTTGAAGAAAGATTATCGAAATTA 70
Query 285 CATATACCGAAAGCGAATGGCAAAAATGGAAAAGGGAGATGTTGGAGCTGTTTTGGAGTA 344
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Sbjct 71 CATATACCAAAAAAGAATGGCAAAAATGGAAAAGGAAGATGGTGGAGCTGTTTTGGAATA 130
Query 345 CTTTCAG------A-A-A----AA----t-tttttttATTCAATGCAACTTGATGAGGAT 387
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Sbjct 131 CTTTCAGAAAAAAAGAGAGTGTAATTCGTCTTTTTTTATTCAATGCAACTTGATGAGGAT 190
Query 388 GATATGATCACTAATATCTTCTGGGCAGATGATCGGTCTATAAGTGATTACAATCTTTTT 447
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Sbjct 191 GATATGATCATTAATATATTCTGGGCAGATGATCGGTCTATAAGTGATTACAATCTTTTT 250
Query 448 GGAGATGTCGTTTGCTTTGACACAACTTATAAGACCAATG-ACTATGAAAGACCCTTTGC 506
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Sbjct 251 GGAGATGTCATTTGCTTTGA-ACAACTTATAAGACCAATGCA-TATGATAGACCCTTTGC 308
Query 507 TCCATTTGTCGGAGTCAATCATCATAAGCAAACTGTTGTGTTTGGTGCTGCTCTCTTATA 566
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Sbjct 309 TC-ATTTGTCGGGGTCAATCATCACAAGCAAACAGTTGTGTTTGGTAATGCTCTCTTATA 367
Query 567 TGATGAAACCACTGAGTCATATAAGTGGCTTTTC-GAGACTTTTCTTGGAGCAATGTCTG 625
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Sbjct 368 TGATGAAACCAGTGACTCATCTAAGTGTATTTTTTGAGACTTTTCTTGGAGCAATGTCTG 427
Query 626 GAAAACAACCTGAAACAATTCTTACAGACCAATGTGCAGCAATGGCGAATGCAATAGTGA 685
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Sbjct 428 GAAAACAACCAAAAACAATTCTTACAGACCAATGTACAATAATGGCGAATGCAATAGTAA 487
Query 686 AGGTAT 691
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Sbjct 488 ATGTAT 493
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79266660555
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5