BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480470
Length=2651
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G20000.1 | Symbols: HBT, CDC27b | CDC27 family protein | ch... 4193 0.0
> AT2G20000.1 | Symbols: HBT, CDC27b | CDC27 family protein |
chr2:8632078-8637300 REVERSE LENGTH=2881
Length=2881
Score = 4193 bits (2270), Expect = 0.0
Identities = 2549/2679 (95%), Gaps = 38/2679 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAGGCTAATGGATCTGTCACGTGCGGAATTGTTTGAAAACAGAGCATCGCACGTGCCGCA 60
||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 212 AAGGCTAATGGGTCTGTCACGTGCGGAATAGACTGAAAACAGAGCATCGCACGTGCCGCA 271
Query 61 TCAAAATTTGAAATCACGACGACTTC-aaaaaa----aaa----aa-aaaaaaaT----A 106
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || |||||||| |
Sbjct 272 TCAAAATTTGAAATCACGACGACTTCAAAAAAATCCCAAATGGTAAGAAAAAAATAAAAA 331
Query 107 GTTGCAGAAAAAACAGAAAACCCACGTTtctctctcttctctctctctcGAAGAAGAAAG 166
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 332 GTTGCAGAAAAAACAGAAAACCCTCTTTTCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCGAGGAAGAAAG 391
Query 167 G---CAACTATGGAAGCTATGCTTGTGGACTGTGTGAACAACAGTCTTCGTCATTTTGTC 223
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 392 GCAACAACTATGGAAGCTATGCTTGTGGACTGTGTAAACAACAGTCTTCGTCATTTTGTC 451
Query 224 TACAATAATGCTATTTTCATGTGCGAGCGTCTCTGCGCTGAGTTTCCTTCTGAGGTTAAT 283
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 TACAAAAATGCTATTTTCATGTGCGAGCGTCTCTGCGCTGAGTTTCCTTCTGAGGTTAAT 511
Query 284 TTGCAGCTATTAGCCACCAGCTACCTGCAGAATAATCAAGCTTACAGTGCATATCATTTG 343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 512 TTGCAGCTATTAGCCACCAGCTACCTGCAGAATAATCAAGCTTACAGTGCATATCATCTG 571
Query 344 CTAAAGGGAACACAAATGGCTCAGTCCCGGTACTTGTTCGCGTTATCATGCTTCCAGATG 403
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 572 CTAAAGGGAACACAAATGGCTCAGTCCCGATACTTGTTCGCATTATCATGCTTCCAGATG 631
Query 404 GACCTTCTCAATGAAGCTGAATCTGCACTCTGCCCTGTTAATGAACCTGGTGCGGAGATC 463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 632 GACCTTCTCAATGAAGCTGAATCTGCACTCTGCCCTGTTAATGAACCTGGTGCGGAGATC 691
Query 464 CCAAATGGTGCAGCTGGGCATTACCTTCTTGGACTTATTTACAAGTATACTGATAGAAGG 523
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 CCAAATGGTGCAGCAGGCCATTACCTTCTTGGACTTATTTACAAGTATACTGATAGAAGG 751
Query 524 AAGAATGCTGCTCAACAATTTAAACAGTCTTTGACAATAGACCCTCTACTTTGGGCCGCA 583
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 752 AAGAATGCTGCTCAACAATTTAAACAGTCCTTGACAATAGACCCTCTACTTTGGGCTGCA 811
Query 584 TATGAGGAATTATGTATATTAGGTGCTGCTGAGGAAGCAACTGCGGTTTTTGGTGAAACA 643
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 812 TATGAGGAATTATGTATATTAGGTGCTGCTGAGGAAGCAACTGCAGTTTTTGGTGAAACA 871
Query 644 GCTGCTCTCTCTATTCAAAAGCAGTACATGCAACAACTGTCAACTTCCCTCGTCTTAAAC 703
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 872 GCTGCTCTCTCCATTCAAAAGCAGTATATGCAACAACTGTCAACTTCCCTCGGCTTAAAC 931
Query 704 ACGTATAATGAGGAACGTAATTCGACTTCTATTAAAAACACGAGTTCTGAAGATTATAGT 763
|| || || |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 932 ACTTACAACGAGGAACGTAATTCAACTTCTACTAAAAACACGAGTTCTGAAGATTATAGT 991
Query 764 CCCAGGCAGTCTAAACACACACAAAACCATGGCCTTAAAGATATCTCTGGAAATTTCCAT 823
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 992 CCAAGGCAGTCTAAACACACACAAAGCCATGGCCTTAAAGATATCTCCGGAAATTTCCAT 1051
Query 824 TCTCATGGACTTAATGGAGGTGTTTCGAACATGTCATTCTATAATACTCCTTCACCAGTG 883
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1052 TCTCATGGAGTTAATGGAGGTGTTTCGAACATGTCATTCTATAATACGCCTTCGCCAGTG 1111
Query 884 GCTGCACAGCTATCCGGTATAGCTCCACCACCACTTTTCCGGAATTTTCAGCCAGCTGTT 943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 GCTGCACAGCTATCCGGTATAGCTCCACCACCACTTTTCCGGAATTTTCAGCCAGCTGTT 1171
Query 944 GCAAATCCAAACTCTCTTATTACTGACAGTTCTCCAAAGTCCACAATTAACTCTACTCTT 1003
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1172 GCAAACCCAAACTCCCTTATTACTGACAGTTCTCCAAAGTCCACTGTTAACTCTACTCTT 1231
Query 1004 CAAGCACCCAGAAGAAAGTTTGTAGATGAAGGAAAGTTACGTAAGATTTCTGGCAGGCTA 1063
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1232 CAAGCACCTAGAAGAAAGTTTGTAGATGAAGGAAAGTTACGTAAGATTTCTGGCAGACTA 1291
Query 1064 TTTTCTGATTCTGGTCCACGACGGAGCTCAAGACTGTCTGCTGATTCAGGGGCAAACACT 1123
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1292 TTTTCTGATTCTGGTCCACGACGGAGTTCAAGACTGTCTGCTGATTCAGGGGCAAACATT 1351
Query 1124 AATTCAAGTGTTGCAACAGTAAGCGGAAATGTGAACAACGCTTCCAAGTATTTGGGAGGT 1183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352 AATTCAAGTGTTGCAACAGTAAGCGGAAATGTGAACAACGCTTCCAAGTATTTGGGAGGT 1411
Query 1184 TCTAAATTGAGTTCTTTGGCACTTCGTTCTGTAACACTTCGGAAGGGACACTCCTGGGCA 1243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1412 TCTAAATTGAGTTCTTTGGCACTTCGTTCTGTAACACTTCGGAAGGGACACTCCTGGGCA 1471
Query 1244 AATGAAAACATGGATGAAGGGGTCCGTGGGGAACCTTTTGATGATTCAAGGCCTAATACT 1303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1472 AATGAAAACATGGATGAAGGGGTCCGTGGGGAACCTTTTGATGATTCAAGGCCTAATACT 1531
Query 1304 GCCTCAACGACT--TCCAATGATGCTAAATCCTGTGATCAAGAAGATGAAACAATGTCGA 1361
|||||||||||| | | ||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1532 GCCTCAACGACTGGTTCTATG--GCT---TCCAATGATCAAGAAGACGAAACAATGTCGA 1586
Query 1362 TTGGTGGCACAGCGATGAG-T-GC-AAGAATCACAATTGGTGTTTCGGAAATTTTGAACC 1418
||||||||| ||| ||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1587 TTGGTGGCATAGCAATGAGTTCTCAAACAATCACAATTGGTGTTTCGGAAATTTTAAACC 1646
Query 1419 TCCTTAGGACACTCGGAGAAGGGTGTAGACTTTCGTACATGTACAGGTGTCAGGAGGCAC 1478
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1647 TCCTTAGGACACTCGGAGAAGGGTGTAGACTTTCATACATGTACAGGTGTCAGGAGGCAC 1706
Query 1479 TGGATACATATATGAAACTCCCACATAAGCATTATAATACAGGATGGGTTCTATCCCAGG 1538
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1707 TGGATACGTATATGAAACTTCCACATAAGCATTATAATACAGGATGGGTTCTTTCCCAGG 1766
Query 1539 TCGGGAAGGCATACTTTGAATTAATTGACTATTTAGAAGCTGAAAAAGCATTCCGTCTTG 1598
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1767 TCGGGAAAGCATACTTTGAACTAATTGACTATTTAGAGGCTGAAAAGGCATTCCGTCTTG 1826
Query 1599 CCCGCCAGGCTTCTCCTTATCGCTTAGAAGGAATGGATATATACTCTACGGTCCTCTACC 1658
|||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1827 CCCGTCTGGCTTCTCCTTATTGCTTAGAAGGAATGGATATATACTCTACGGTCCTCTATC 1886
Query 1659 ATTTGAAGGAAGATATGAAGCTGAGTTACTTGGCTCAGGAACTAATATCAACCGATCGCT 1718
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1887 ATTTGAAGGAAGACATGAAGCTGAGTTACTTGGCTCAGGAACTAATATCAACCGATCGCT 1946
Query 1719 TAGCCCCTCAATCTTGGTGTGCTATGGGAAATTGCTATAGCTTGCAAAAGGACCATGAGA 1778
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947 TAGCTCCTCAATCTTGGTGTGCTATGGGAAATTGCTATAGCTTGCAAAAGGACCATGAGA 2006
Query 1779 CCGCACTGAAGAATTTCCTACGAGCTGTTCAACTGAATCCAAGATTTGCATATGCACATA 1838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2007 CCGCACTGAAGAATTTCCTACGAGCTGTTCAACTGAATCCAAGATTTGCATATGCACATA 2066
Query 1839 CCCTATGTGGCCACGAATACACAACTCTTGAAGATTTTGAGAACGGAATGAAAAGTTACC 1898
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2067 CCTTATGTGGCCACGAATACACAACTCTTGAGGATTTTGAGAACGGAATGAAAAGTTACC 2126
Query 1899 AAAACGCACTTCGTGTAGATACAAGACACTACAACGCATGGTACGGGCTTGGAATGATAT 1958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2127 AAAACGCACTTCGTGTAGATACAAGACACTACAACGCATGGTACGGGCTTGGAATGATAT 2186
Query 1959 ATCTACGCCAAGAGAAGTTAGAGTTCTCAGAGCATCACTTCAGAATGGCTTTCCTAATAA 2018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2187 ATCTACGCCAAGAGAAGTTAGAGTTCTCAGAGCATCACTTCAGAATGGCTTTCCTAATAA 2246
Query 2019 ACCCGAGTTCATCTGTTATAATGTCTTATTTAGGGACATCTTTGCATGCCTTAAAGAAAA 2078
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2247 ACCCGAGTTCCTCTGTTATAATGTCTTATTTAGGGACATCTTTGCATGCCTTGAAGAGAA 2306
Query 2079 GTGAGGAAGCACTAGAGATAATGGAGCAAGCTATAGTAGCAGACAGAAAAAACCCTCTTC 2138
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2307 GTGAGGAAGCACTAGAGATAATGGAGCAAGCCATAGTAGCAGATAGAAAAAACCCTCTTC 2366
Query 2139 CAATGTACCAGAAAGCTAACATACTTGTCTGCTTAGAAAGATTAGATGAAGCTCTAGAAG 2198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2367 CAATGTACCAGAAAGCTAACATACTTGTCTGCTTAGAAAGATTAGATGAAGCTCTAGAAG 2426
Query 2199 TTCTTGAGGAGCTCAAAGAGTATGCGCCTTCAGAGAGCAGCGTTTACGCTTTAATGGGGA 2258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2427 TTCTTGAGGAGCTCAAAGAGTATGCGCCTTCAGAGAGCAGCGTTTACGCTTTAATGGGCA 2486
Query 2259 GGATCTATAAGCGGCGAAACATGCACGATAAGGCCATGCTTCATTTCGGTCTAGCTTTGG 2318
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2487 GGATCTATAAGCGGCGAAACATGCACGATAAAGCCATGCTTCATTTCGGTCTAGCTTTAG 2546
Query 2319 ATATGAAACCGCCTGCAACTGACGTTGCTGCAATAAAGGCTGCAATGGAGAAATTGCATG 2378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2547 ATATGAAACCGCCTGCAACTGACGTTGCTGCAATAAAGGCTGCAATGGAGAAATTGCATG 2606
Query 2379 TTCCAGATGAGATCGACGAGAGCCCATGAAACCATTGATGCTCCAAGAACCTTGG-TATG 2437
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||| ||||
Sbjct 2607 TTCCAGATGAGATCGATGAGAGCCCGTGAAACCATAGCTACTCCAAGAACCTTGGGTATG 2666
Query 2438 AATTAATATGAAACCGTTGCTGCTCCACGAACCATGGGTATGAAATATTT-GTGCAAAGC 2496
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2667 AATTAATGTGAGACCGTTGCTGCTCCACGAACCATGGGTATGAATTATTTAGTGCAAAGC 2726
Query 2497 CTACCTCTTTTAGGGAACTAGTTGGGTCTTAAATCTC-TTTGGT-ACCAAAACCGTAACA 2554
||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||| || |||||| ||||||||
Sbjct 2727 CTACCTCTTTTAGGGAACTAGTTGGGT-TTGAATGTAGTTTTGTTACCAAA-CCGTAACA 2784
Query 2555 CAGCCACAAGAACTTACCACATGACTTGAGTATGTATCATGAGTTGATCTGTATGTTGTC 2614
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2785 CAGCCACAAGAGC---CCACATGACTTGAGTATGTATCATGAGTTGATCTGTATGTTGTC 2841
Query 2615 CATAAC--TACTTATTCGCAATATATAAATTTACCACAT 2651
| |||| ||| || ||||||||||| | ||| ||||||
Sbjct 2842 CGTAACACTACCTAATCGCAATATATGATTTTTCCACAT 2880
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131638058432
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5