BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480596
Length=2890
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G17140.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4599 0.0
> AT2G17140.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr2:7462811-7466626 FORWARD LENGTH=3088
Length=3088
Score = 4599 bits (2490), Expect = 0.0
Identities = 2765/2898 (95%), Gaps = 18/2898 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTAGTTTC-ATGGAACAATCTCTTGTGAAGGCTTTGTTGAAGAACACTAACAATCCGAGA 59
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2 GTAG-TTCTATGGAACAATCTCTTGTGAAGGCTTTGTTGAAGAACACGAACAATCCGAGA 60
Query 60 TTAGCATGGAGAATCTTCAAGAGGATTTTCTCTTCTCCTTCAGAAGAAAGCCATGGCATT 119
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTAGCATGGAGAATCTTCAAGAGGATATTCTCTTCTCCTTCAGAAGAAAGCCATGGCATT 120
Query 120 TCTTTAGCTGCGACTCCTACCATGGCTTGTATCCTGGTTCGAGCCAAAATGCACGAAGAA 179
||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTTTAGATGCGACTCCTACAATCGCTCGTATCCTGGTTCGAGCCAAAATGCACGAAGAA 180
Query 180 ATCGAAGAGCTTCACAATCTTATACTCTCTTCGTCAATTCAAAAGACGAAACTTTCCTCT 239
||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 181 ATCCAAGAGCTTCACAATCTTATACTCTCTTCTTCAATCCAAAAGACGAAACTTTCGTCT 240
Query 240 CTTCTCTCTGTTGTCTCAATCTTTGCGAAATCGAATCACATTGACAAAGCGTTTCCGCAG 299
|||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 241 CTTCTCTCTGTTGTATCCATCTTCGCGAAATCGAATCACATTGATAAGGCGTTTCCGCAG 300
Query 300 TTTCAATTCGTACGGTCGCGGTTTCCTGAGAACAAACCT-GGGATTTATCTGTATAATGT 358
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |
Sbjct 301 TTTCAGTTAGTACGGTCGCGGTTTCCTGAGAACAAACCTAGCG-TTTATCTGTATAATTT 359
Query 359 GTTGCTTGAAAGTTGTATAAGGGAACGACGTGTAGAGTTCGTTTCGTGGCTGTATAAAGA 418
||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 360 GTTGCTTGAAAGTTGCATAAAGGAACGACGTGTGGAGTTCGTTTCGTGGTTGTATAAAGA 419
Query 419 TATGGTTTTGTGTGGGATTTCTCCAGAGACTTATACGTTTAATCTCTTGATACGTGCTTT 478
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TATGGTTTTGTGTGGGATTGCTCCACAGACTTATACTTTTAATCTCTTGATACGTGCTTT 479
Query 479 GTGTGATTCAAGTTGTGTTGATGCTGCTCGAGAGTTGTTCGACGAAATGCCTGAGAAAGG 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GTGTGATTCAAGTTGTGTTGATGCTGCTCGAGAGTTGTTCGACGAAATGCCTGAGAAAGG 539
Query 539 TTGTAAGCCAAATGAGTTTACTTTTGGGATTTTGGTTCGTGGGTATTGTAAAGCTGGTTT 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TTGTAAGCCAAATGAGTTTACTTTTGGGATTTTGGTTCGTGGGTATTGTAAAGCTGGTTT 599
Query 599 GACTGATAAAGGA-TTGGAGTTGTTGAATTCAATGGAGAGTTTTGGGGTTTTGCCTAATA 657
|||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GACTGATAAAGGGCTTGAA-TTGTTGAATGCAATGGAAAGTTTTGGGGTTTTGCCTAATA 658
Query 658 AAGTTGTGTATAACACCATTGTTTCGAGTTTCTGTAGAGAAGGTAGGAATGATGATTCTG 717
||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AAGTTATCTATAACACCATTGTTTCGAGCTTCTGTAGAGAAGGTAGGAATGATGATTCTG 718
Query 718 AAAAGCTGGTGGAGAAGATGCGGGAGGAAGGTTTTGTTCCTGATATTGTAACTTTCAACT 777
||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 719 AAAAGATGGTGGAGAAGATGCGGGAGGAAGGTTTGGTGCCTGATATTGTCACTTTTAACT 778
Query 778 CTAGGATATCAGCTCTTTGTAAAGAAGGAAAGGTTTTGGACGCGTCTAGAATTTTCAGTG 837
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 779 CTAGGATATCAGCGCTTTGTAAAGAAGGAAAGGTTTTGGATGCGTCTAGAATTTTCAGTG 838
Query 838 ATATGGAGCTAGATGAGTATCTGGGTCTTCCTCGTCCCAATAGTATAACGTATAATTTGA 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 839 ATATGGAGCTAGATGAGTATCTGGGTCTTCCTCGTCCCAATAGTATAACATATAACTTGA 898
Query 898 TGTTGAAAGGTTTCTGCAAGGTAGGGTTGCTGGAGGATGCCAAGACCCTCTTTGAGTCGA 957
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TGTTGAAAGGTTTCTGTAAGGTAGGGTTGCTGGAAGATGCCAAGACCCTCTTTGAGTCGA 958
Query 958 TTAGAGAAAATGATGATCTCGCTAGCTTGCAGAGTTACAATATTTGGCTGCAGGGTTTGG 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TTAGAGAAAATGATGATCTCGCTAGCTTGCAGAGTTACAATATTTGGCTGCAGGGTTTGG 1018
Query 1018 TCAGACATGGGAAGTTTATAGAGGCTGAAACAGTCCTAAAGCAAATGATTGATAAGGGAA 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1019 TCAGACATGGGAAGTTTATAGAGGCTGAAACAGTCCTGAAGCAAATGACTGATAAGGGAA 1078
Query 1078 TAGGGCCAAGTATTTATTCTTACAATATCTTGATGGATGGATTGTGTAAATTGGGCATGC 1137
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TAGGACCAAGTATTTATTCTTACAATATCTTGATGGATGGATTGTGTAAATTGGGCATGC 1138
Query 1138 TATCCGATGCAAAAACTATCGTTGGTTTGATGAAAAGAAATGGTGTTTCCCCGGATGCTG 1197
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1139 TATCCGATGCAAAAACTATTGTTGGTTTGATGAAAAGAAATGGTGTTTGCCCGGATGCTG 1198
Query 1198 TAACTTATGGCTGCCTTCTACATGGTTATTGCAGTGTTGGGAAAGTCGATGCAGCTAAAA 1257
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TAACTTATGGCTGCCTTCTTCATGGTTATTGCAGTGTTGGGAAAGTCGATGCAGCTAAAA 1258
Query 1258 GCTTGTTGCAGGAGATGATGAGGAATAATTGCTTACCAAATGCTTATACTTGCAATATTC 1317
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GCTTGTTGCAGGAGATGATGAGGAATAATTGTTTACCAAATGCTTATACTTGCAATATTT 1318
Query 1318 TGCTCCATAGCCTTTGGAATATGGGGAGAATATCTGAAGCGGAAGAGTTGCTGCGAAAGA 1377
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TGCTACATAGCCTTTGGAAGATGGGGAGAATATCTGAAGCGGAAGAGTTGCTGCGAAAGA 1378
Query 1378 TGAATGAAAAAGGTTATGGACTAGATACTGTCACCTGCAACATTATCGTTGACGGACTCT 1437
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TGAATGAGAAAGGTTATGGACTAGACACTGTCACCTGCAACATTATCGTTGACGGACTCT 1438
Query 1438 GTGGAAGTGGGGAATTAGATAAAGCTATTGAGATAGTTAAGGGAATGCGGGTGCATGGAA 1497
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 GTGGAAGCGGGGAATTAGATAAAGCTATTGAGATAGTTAAGGGAATGCGGGTGCATGGAA 1498
Query 1498 GTGCTGCTCTTGGTAACCTAGGCAATTCATATATCGGCCTGGTGGATGATAGCTTGATCG 1557
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 GTGCTGCTCTTGGTAACTTAGGCAATTCATATATCGGACTGGTGGATGATAGCTTGATCG 1558
Query 1558 AGAACAATTGTTTGCCTGACCTGATCACGTATTCAACTTTACTTAATGGTTTGTGCAAAG 1617
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 AGAACAACTGTTTGCCTGACCTGATCACGTATTCAACTTTACTTAATGGTTTGTGCAAAG 1618
Query 1618 CTGAAAGGTTTGCTGAAGCAAAAACATT-GTTTGCCGAGATGATGGGAGAAAAACTGCAA 1676
||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1619 CTGGAAGGTTTGCTGAAGCAAAAA-ATTTGTTTGCCGAGATGATGGGAGAGAAACTGCAA 1677
Query 1677 CCGGACTCTGTCGCATACAACATTTTCATCCATCATTTCTGCAAACAGGGGAAAATATCA 1736
|||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 CCGGACTCGGTCGCATATAACATTTTCATTCATCATTTCTGCAAACAGGGGAAAATATCA 1737
Query 1737 TCTGCATTTCGCGTTCTCAAAGACATGGAGAAGAAAGGTTGTCATAAGAGCCTAGAGACT 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 TCTGCATTTCGCGTTCTCAAAGACATGGAGAAGAAAGGTTGTCATAAGAGCCTAGAGACT 1797
Query 1797 TATAACTCTCTGATCCTGGGCTTAGGCATAAAAAACCAGATTTTTGAAATTCATGGACTG 1856
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 TATAACTCACTGATCCTGGGCTTAGGCATAAAAAACCAGATTTTTGAAATTCATGGACTG 1857
Query 1857 ATGGATGAGATGAGAGAAAAAGGCATATCACCTAATATCTGCACCTACAATACTGCAATC 1916
||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 ATGGATGAGATGAAAGAAAAGGGCATTTCACCAAATATATGCACCTACAATACTGCAATC 1917
Query 1917 CAGTATCTTTGTGAGGGAGGAAAAGTTGAAGATGCAACTAACCTCCTGGATGAAATGATG 1976
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1918 CAGTATCTTTGTGAGGGAGAAAAAGTTGAAGATGCAACTAACCTCCTTGATGAAATGATG 1977
Query 1977 CAAAAGAACATAGCCCCAAATGTATTTTCCTTCAAATATTTAATTGGAGCGTTCTGTAAG 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1978 CAAAAGAACATAGCCCCAAATGTATTTTCCTTCAAATATTTGATTGAAGCGTTCTGTAAG 2037
Query 2037 GTCCCTGATTTTGACATGGCCCAAGAAGTGTTTGAGACTGCTGTAAGTATCTGTGGACA- 2095
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 GTCCCTGATTTTGATATGGCCCAAGAAGTCTTTGAGACTGCTGTAAGTATCTGTGGACAG 2097
Query 2096 AAAGGAAGGCCTGTACAGCTTGATGTTCAATGAGTTGCTTGCTGCAGGGCAACTATTAAA 2155
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2098 AAAG-AAGGCCTGTACAGCTTGATGTTCAATGAGTTGCTTGCTGCAGGGCAACTACTAAA 2156
Query 2156 GGCTACGGAGTTGCTTGAAGCTGTTTTAGATAGAGGGTTTGAGTTGGGGACTTTTCTTTA 2215
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 GGCTACGGAGTTGCTCGAAGCTGTTTTAGATAGAGGTTTTGAGTTGGGGACTTTTCTTTA 2216
Query 2216 TAAAGATCTTGTTGTGAGCTTGTGTAAGAAGGATGAGCTAGAAGTAGCTAGTGGAATTTT 2275
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 TAAAGATCTTGTTGAGAGCTTATGTAAGAAGGATGAACTAGAAGTAGCTAGTGGAATTTT 2276
Query 2276 GCATAAGATGATAGACAAAGGATATGGGTTTGACCCTGCGGCATTAATGCCTGTGATAGA 2335
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2277 GCATAAGATGATAGACAGAGGATATGGATTTGACCCTGCAGCATTGATGCCTGTGATAGA 2336
Query 2336 TGGCTTAGGAAAGATGGGAAACAAGAAAGACGCAAATAATTTTGCTGAGAAGATGATGGA 2395
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 2337 TGGCTTAGGTAAGATGGGAAACAAGAAAGAGGCAAACAGTTTTGCTGATAAGATGATGGA 2396
Query 2396 AATGGCTTCGGTTGGTGAAGTAGCAAACAAAGTCGATCCAAATGCAACGGATATACACCA 2455
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2397 AATGGCTTCAGTTGGTGAAGTAGCAAACAAAGTCGATCCAAATGCAAGGGATATACACCA 2456
Query 2456 GAAAAAGCATAATAAGTATAGTGGTAACAACTGGCAGAATATATTACACAGAGATGACGG 2515
|||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 GAAAAAGCATAATAAGAATGGTGGAAACAACTGGCAGAATATATTACACAGAGATGACGG 2516
Query 2516 TAGTGGAATTGCGCTAAAGTCTCTGTCAAGGGTTAAAAAAGGATGGGGTCAAGGGGATAT 2575
||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 TAGTGGAATTGCGTTAAGGTCTCTGTCAAGAGTTAAAAAAGGATGGGGTCAAGGGGATAT 2576
Query 2576 ATCAAGCTTTCAGCCTC-AGAGAGTTGACTACTTAGATTACTGGGAGGACGATGGTTAAG 2634
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 ATCAAGCTTTCAGCCTCCA-AGAGTTGACTACTTAGACTACTGGGAGGACGATGGTTAAG 2635
Query 2635 GATATTGCATGACTCTGTTTTCTTTCTGATGGGAAAGTTCAGATGACGGTCAAGCAAGTT 2694
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2636 GAT-TTGCATGACTCTGTTTTCTTTCTGATGGGAAAGTTCAGATGGCG--CAAGCAAGTT 2692
Query 2695 TTTGAG-TGCAGCTCATCAAGGATGATAGGTAAAGCTATGCTGGTAGAAGCAGACAAGAC 2753
|||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 2693 TTTGAGGTGCAGCTCATCAAGGATGACAGGTAAAGCTAAGCTGGTAGAACCAGACAAGAC 2752
Query 2754 TACATGGCTGGACACAGATATGCTTATAAGAACGAAGTTTAAACATAAGAGCTGCCTGCT 2813
||||||||||||| | |||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2753 GACATGGCTGGACAAATATATCCTTGTTAGAACGACGTTTAAACATAAGAGCTGCCTGCT 2812
Query 2814 TTAATCATGAATTTGAAGCC-AACTTTGAATTTTGGGTGGGAGGAACACAATCTACATTA 2872
|| || | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 TTCATAAAGAATTTGA-GCCCAACTTTGAATTTTGGGTGGGAGGAACACAATCTACATTA 2871
Query 2873 TTGGAGAAAATGTAAGCT 2890
||||||||||||||||||
Sbjct 2872 TTGGAGAAAATGTAAGCT 2889
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 143627957809
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5