BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg480596 Length=2890 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT2G17140.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4599 0.0 > AT2G17140.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr2:7462811-7466626 FORWARD LENGTH=3088 Length=3088 Score = 4599 bits (2490), Expect = 0.0 Identities = 2765/2898 (95%), Gaps = 18/2898 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 GTAGTTTC-ATGGAACAATCTCTTGTGAAGGCTTTGTTGAAGAACACTAACAATCCGAGA 59 |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2 GTAG-TTCTATGGAACAATCTCTTGTGAAGGCTTTGTTGAAGAACACGAACAATCCGAGA 60 Query 60 TTAGCATGGAGAATCTTCAAGAGGATTTTCTCTTCTCCTTCAGAAGAAAGCCATGGCATT 119 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TTAGCATGGAGAATCTTCAAGAGGATATTCTCTTCTCCTTCAGAAGAAAGCCATGGCATT 120 Query 120 TCTTTAGCTGCGACTCCTACCATGGCTTGTATCCTGGTTCGAGCCAAAATGCACGAAGAA 179 ||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TCTTTAGATGCGACTCCTACAATCGCTCGTATCCTGGTTCGAGCCAAAATGCACGAAGAA 180 Query 180 ATCGAAGAGCTTCACAATCTTATACTCTCTTCGTCAATTCAAAAGACGAAACTTTCCTCT 239 ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 181 ATCCAAGAGCTTCACAATCTTATACTCTCTTCTTCAATCCAAAAGACGAAACTTTCGTCT 240 Query 240 CTTCTCTCTGTTGTCTCAATCTTTGCGAAATCGAATCACATTGACAAAGCGTTTCCGCAG 299 |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 241 CTTCTCTCTGTTGTATCCATCTTCGCGAAATCGAATCACATTGATAAGGCGTTTCCGCAG 300 Query 300 TTTCAATTCGTACGGTCGCGGTTTCCTGAGAACAAACCT-GGGATTTATCTGTATAATGT 358 ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| | Sbjct 301 TTTCAGTTAGTACGGTCGCGGTTTCCTGAGAACAAACCTAGCG-TTTATCTGTATAATTT 359 Query 359 GTTGCTTGAAAGTTGTATAAGGGAACGACGTGTAGAGTTCGTTTCGTGGCTGTATAAAGA 418 ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 360 GTTGCTTGAAAGTTGCATAAAGGAACGACGTGTGGAGTTCGTTTCGTGGTTGTATAAAGA 419 Query 419 TATGGTTTTGTGTGGGATTTCTCCAGAGACTTATACGTTTAATCTCTTGATACGTGCTTT 478 ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 TATGGTTTTGTGTGGGATTGCTCCACAGACTTATACTTTTAATCTCTTGATACGTGCTTT 479 Query 479 GTGTGATTCAAGTTGTGTTGATGCTGCTCGAGAGTTGTTCGACGAAATGCCTGAGAAAGG 538 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 GTGTGATTCAAGTTGTGTTGATGCTGCTCGAGAGTTGTTCGACGAAATGCCTGAGAAAGG 539 Query 539 TTGTAAGCCAAATGAGTTTACTTTTGGGATTTTGGTTCGTGGGTATTGTAAAGCTGGTTT 598 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 TTGTAAGCCAAATGAGTTTACTTTTGGGATTTTGGTTCGTGGGTATTGTAAAGCTGGTTT 599 Query 599 GACTGATAAAGGA-TTGGAGTTGTTGAATTCAATGGAGAGTTTTGGGGTTTTGCCTAATA 657 |||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 600 GACTGATAAAGGGCTTGAA-TTGTTGAATGCAATGGAAAGTTTTGGGGTTTTGCCTAATA 658 Query 658 AAGTTGTGTATAACACCATTGTTTCGAGTTTCTGTAGAGAAGGTAGGAATGATGATTCTG 717 ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 659 AAGTTATCTATAACACCATTGTTTCGAGCTTCTGTAGAGAAGGTAGGAATGATGATTCTG 718 Query 718 AAAAGCTGGTGGAGAAGATGCGGGAGGAAGGTTTTGTTCCTGATATTGTAACTTTCAACT 777 ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||| Sbjct 719 AAAAGATGGTGGAGAAGATGCGGGAGGAAGGTTTGGTGCCTGATATTGTCACTTTTAACT 778 Query 778 CTAGGATATCAGCTCTTTGTAAAGAAGGAAAGGTTTTGGACGCGTCTAGAATTTTCAGTG 837 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 779 CTAGGATATCAGCGCTTTGTAAAGAAGGAAAGGTTTTGGATGCGTCTAGAATTTTCAGTG 838 Query 838 ATATGGAGCTAGATGAGTATCTGGGTCTTCCTCGTCCCAATAGTATAACGTATAATTTGA 897 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| Sbjct 839 ATATGGAGCTAGATGAGTATCTGGGTCTTCCTCGTCCCAATAGTATAACATATAACTTGA 898 Query 898 TGTTGAAAGGTTTCTGCAAGGTAGGGTTGCTGGAGGATGCCAAGACCCTCTTTGAGTCGA 957 |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 TGTTGAAAGGTTTCTGTAAGGTAGGGTTGCTGGAAGATGCCAAGACCCTCTTTGAGTCGA 958 Query 958 TTAGAGAAAATGATGATCTCGCTAGCTTGCAGAGTTACAATATTTGGCTGCAGGGTTTGG 1017 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 TTAGAGAAAATGATGATCTCGCTAGCTTGCAGAGTTACAATATTTGGCTGCAGGGTTTGG 1018 Query 1018 TCAGACATGGGAAGTTTATAGAGGCTGAAACAGTCCTAAAGCAAATGATTGATAAGGGAA 1077 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| Sbjct 1019 TCAGACATGGGAAGTTTATAGAGGCTGAAACAGTCCTGAAGCAAATGACTGATAAGGGAA 1078 Query 1078 TAGGGCCAAGTATTTATTCTTACAATATCTTGATGGATGGATTGTGTAAATTGGGCATGC 1137 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 TAGGACCAAGTATTTATTCTTACAATATCTTGATGGATGGATTGTGTAAATTGGGCATGC 1138 Query 1138 TATCCGATGCAAAAACTATCGTTGGTTTGATGAAAAGAAATGGTGTTTCCCCGGATGCTG 1197 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1139 TATCCGATGCAAAAACTATTGTTGGTTTGATGAAAAGAAATGGTGTTTGCCCGGATGCTG 1198 Query 1198 TAACTTATGGCTGCCTTCTACATGGTTATTGCAGTGTTGGGAAAGTCGATGCAGCTAAAA 1257 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 TAACTTATGGCTGCCTTCTTCATGGTTATTGCAGTGTTGGGAAAGTCGATGCAGCTAAAA 1258 Query 1258 GCTTGTTGCAGGAGATGATGAGGAATAATTGCTTACCAAATGCTTATACTTGCAATATTC 1317 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1259 GCTTGTTGCAGGAGATGATGAGGAATAATTGTTTACCAAATGCTTATACTTGCAATATTT 1318 Query 1318 TGCTCCATAGCCTTTGGAATATGGGGAGAATATCTGAAGCGGAAGAGTTGCTGCGAAAGA 1377 |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1319 TGCTACATAGCCTTTGGAAGATGGGGAGAATATCTGAAGCGGAAGAGTTGCTGCGAAAGA 1378 Query 1378 TGAATGAAAAAGGTTATGGACTAGATACTGTCACCTGCAACATTATCGTTGACGGACTCT 1437 ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 TGAATGAGAAAGGTTATGGACTAGACACTGTCACCTGCAACATTATCGTTGACGGACTCT 1438 Query 1438 GTGGAAGTGGGGAATTAGATAAAGCTATTGAGATAGTTAAGGGAATGCGGGTGCATGGAA 1497 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1439 GTGGAAGCGGGGAATTAGATAAAGCTATTGAGATAGTTAAGGGAATGCGGGTGCATGGAA 1498 Query 1498 GTGCTGCTCTTGGTAACCTAGGCAATTCATATATCGGCCTGGTGGATGATAGCTTGATCG 1557 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1499 GTGCTGCTCTTGGTAACTTAGGCAATTCATATATCGGACTGGTGGATGATAGCTTGATCG 1558 Query 1558 AGAACAATTGTTTGCCTGACCTGATCACGTATTCAACTTTACTTAATGGTTTGTGCAAAG 1617 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1559 AGAACAACTGTTTGCCTGACCTGATCACGTATTCAACTTTACTTAATGGTTTGTGCAAAG 1618 Query 1618 CTGAAAGGTTTGCTGAAGCAAAAACATT-GTTTGCCGAGATGATGGGAGAAAAACTGCAA 1676 ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1619 CTGGAAGGTTTGCTGAAGCAAAAA-ATTTGTTTGCCGAGATGATGGGAGAGAAACTGCAA 1677 Query 1677 CCGGACTCTGTCGCATACAACATTTTCATCCATCATTTCTGCAAACAGGGGAAAATATCA 1736 |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1678 CCGGACTCGGTCGCATATAACATTTTCATTCATCATTTCTGCAAACAGGGGAAAATATCA 1737 Query 1737 TCTGCATTTCGCGTTCTCAAAGACATGGAGAAGAAAGGTTGTCATAAGAGCCTAGAGACT 1796 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1738 TCTGCATTTCGCGTTCTCAAAGACATGGAGAAGAAAGGTTGTCATAAGAGCCTAGAGACT 1797 Query 1797 TATAACTCTCTGATCCTGGGCTTAGGCATAAAAAACCAGATTTTTGAAATTCATGGACTG 1856 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1798 TATAACTCACTGATCCTGGGCTTAGGCATAAAAAACCAGATTTTTGAAATTCATGGACTG 1857 Query 1857 ATGGATGAGATGAGAGAAAAAGGCATATCACCTAATATCTGCACCTACAATACTGCAATC 1916 ||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 ATGGATGAGATGAAAGAAAAGGGCATTTCACCAAATATATGCACCTACAATACTGCAATC 1917 Query 1917 CAGTATCTTTGTGAGGGAGGAAAAGTTGAAGATGCAACTAACCTCCTGGATGAAATGATG 1976 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1918 CAGTATCTTTGTGAGGGAGAAAAAGTTGAAGATGCAACTAACCTCCTTGATGAAATGATG 1977 Query 1977 CAAAAGAACATAGCCCCAAATGTATTTTCCTTCAAATATTTAATTGGAGCGTTCTGTAAG 2036 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| Sbjct 1978 CAAAAGAACATAGCCCCAAATGTATTTTCCTTCAAATATTTGATTGAAGCGTTCTGTAAG 2037 Query 2037 GTCCCTGATTTTGACATGGCCCAAGAAGTGTTTGAGACTGCTGTAAGTATCTGTGGACA- 2095 |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2038 GTCCCTGATTTTGATATGGCCCAAGAAGTCTTTGAGACTGCTGTAAGTATCTGTGGACAG 2097 Query 2096 AAAGGAAGGCCTGTACAGCTTGATGTTCAATGAGTTGCTTGCTGCAGGGCAACTATTAAA 2155 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2098 AAAG-AAGGCCTGTACAGCTTGATGTTCAATGAGTTGCTTGCTGCAGGGCAACTACTAAA 2156 Query 2156 GGCTACGGAGTTGCTTGAAGCTGTTTTAGATAGAGGGTTTGAGTTGGGGACTTTTCTTTA 2215 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2157 GGCTACGGAGTTGCTCGAAGCTGTTTTAGATAGAGGTTTTGAGTTGGGGACTTTTCTTTA 2216 Query 2216 TAAAGATCTTGTTGTGAGCTTGTGTAAGAAGGATGAGCTAGAAGTAGCTAGTGGAATTTT 2275 |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2217 TAAAGATCTTGTTGAGAGCTTATGTAAGAAGGATGAACTAGAAGTAGCTAGTGGAATTTT 2276 Query 2276 GCATAAGATGATAGACAAAGGATATGGGTTTGACCCTGCGGCATTAATGCCTGTGATAGA 2335 ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 2277 GCATAAGATGATAGACAGAGGATATGGATTTGACCCTGCAGCATTGATGCCTGTGATAGA 2336 Query 2336 TGGCTTAGGAAAGATGGGAAACAAGAAAGACGCAAATAATTTTGCTGAGAAGATGATGGA 2395 ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| Sbjct 2337 TGGCTTAGGTAAGATGGGAAACAAGAAAGAGGCAAACAGTTTTGCTGATAAGATGATGGA 2396 Query 2396 AATGGCTTCGGTTGGTGAAGTAGCAAACAAAGTCGATCCAAATGCAACGGATATACACCA 2455 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2397 AATGGCTTCAGTTGGTGAAGTAGCAAACAAAGTCGATCCAAATGCAAGGGATATACACCA 2456 Query 2456 GAAAAAGCATAATAAGTATAGTGGTAACAACTGGCAGAATATATTACACAGAGATGACGG 2515 |||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2457 GAAAAAGCATAATAAGAATGGTGGAAACAACTGGCAGAATATATTACACAGAGATGACGG 2516 Query 2516 TAGTGGAATTGCGCTAAAGTCTCTGTCAAGGGTTAAAAAAGGATGGGGTCAAGGGGATAT 2575 ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2517 TAGTGGAATTGCGTTAAGGTCTCTGTCAAGAGTTAAAAAAGGATGGGGTCAAGGGGATAT 2576 Query 2576 ATCAAGCTTTCAGCCTC-AGAGAGTTGACTACTTAGATTACTGGGAGGACGATGGTTAAG 2634 ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2577 ATCAAGCTTTCAGCCTCCA-AGAGTTGACTACTTAGACTACTGGGAGGACGATGGTTAAG 2635 Query 2635 GATATTGCATGACTCTGTTTTCTTTCTGATGGGAAAGTTCAGATGACGGTCAAGCAAGTT 2694 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 2636 GAT-TTGCATGACTCTGTTTTCTTTCTGATGGGAAAGTTCAGATGGCG--CAAGCAAGTT 2692 Query 2695 TTTGAG-TGCAGCTCATCAAGGATGATAGGTAAAGCTATGCTGGTAGAAGCAGACAAGAC 2753 |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| Sbjct 2693 TTTGAGGTGCAGCTCATCAAGGATGACAGGTAAAGCTAAGCTGGTAGAACCAGACAAGAC 2752 Query 2754 TACATGGCTGGACACAGATATGCTTATAAGAACGAAGTTTAAACATAAGAGCTGCCTGCT 2813 ||||||||||||| | |||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2753 GACATGGCTGGACAAATATATCCTTGTTAGAACGACGTTTAAACATAAGAGCTGCCTGCT 2812 Query 2814 TTAATCATGAATTTGAAGCC-AACTTTGAATTTTGGGTGGGAGGAACACAATCTACATTA 2872 || || | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2813 TTCATAAAGAATTTGA-GCCCAACTTTGAATTTTGGGTGGGAGGAACACAATCTACATTA 2871 Query 2873 TTGGAGAAAATGTAAGCT 2890 |||||||||||||||||| Sbjct 2872 TTGGAGAAAATGTAAGCT 2889 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 143627957809 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5