BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480636
Length=3024
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G17510.2 | Symbols: EMB2763 | ribonuclease II family protein... 2158 0.0
> AT2G17510.2 | Symbols: EMB2763 | ribonuclease II family protein
| chr2:7609338-7616342 REVERSE LENGTH=3196
Length=3196
Score = 2158 bits (1168), Expect = 0.0
Identities = 1300/1364 (95%), Gaps = 7/1364 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TCCGTTCTGACGACTGAAAACTTCTTCACCGGCGAACTCG-AAATTTTTCCAGCAAGAAA 60
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 170 TCCGTTCTGACGACTGAAATCTTCTTCACCGGCGAAATCGAAAAGTTTTCCAGCAAGAAA 229
Query 61 TTGAAGATGTTGCAGAGCAAAGTTTTCAATAAGAAAACCAGAGGAGGAAGAATCCAAAAG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 230 TTGAAGATGTTGCAGAGCAAAGTTTTCAATAAGAAAACCAGAGGAGGAAGAATCCAAAAG 289
Query 121 CAAGTAAGAGAGGTTTATCTAAGAGATGACATATACTGTGGAGCTTTTTCTTGCAAGTCT 180
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 290 CAAGTAAGAGAGGTTTATCTACGAGATGACATATACTGTGGAGCTTTCTCTTGCAAGTCT 349
Query 181 TGTGATTCTTCAGCTGCTCGTTTGTCTTCCCCTAAGATTCTTGTTGTAGACACCAACGTC 240
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| || |||||||||
Sbjct 350 TGTGATTCTTCAGCTGCTCGTTTGTCTTCCTCTAAGATAATCGTTGTTGATACCAACGTC 409
Query 241 GTTCTTCACCAAATTGATTTGTTGGAAAATCAAG-CTATAGACAGTGTTGTTGTTCTGTC 299
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 410 GTTCTTCACCAAATTGATTTGTTGGAAAAT-AAGGCTATAGACACTGTTGTTGTTCTGTC 468
Query 300 TGTGGTGCTGGACGAGGTTAAGAACAGGAATAGATCTGTTTACAACAGAATTAGAGCT-C 358
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| || |
Sbjct 469 TGTGGTGTTGGACGAAGTTAAGAACAGGAATAGATCGGTTTACAATAGAATCAGA-CTTC 527
Query 359 TCTGCAGCAATCCAACCAGACAGTTCTATGTTTTTTCCAATCATGTCCACAAGGATACTT 418
|||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 TCTGCAGCAATCCAGCGAGACAATTCTATGTTTTCTCCAATCATGTCCACAAGGATACTT 587
Query 419 ATGTGCAGGCCATGGAGAAAGAGAGTGCCAATGACCACAACGATAGAGCTATTCGCGTCG 478
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 ATGTGCAAGCCATGGAGAAAGAGAGTGCAAATGACCACAACGATAGAGCTATTCGCGTCG 647
Query 479 CTACGCTATGGTACCAGAAGCATCTAGGGGATACATCTCAGGTGTTGCTTGTAACTAATG 538
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 648 CTACTCTATGGTACCAGAAGCATCTAGGGGATACATCTCAGGTGTTGCTTGTAACTAATG 707
Query 539 ATAGGGAAAATAAAAGGAAGGCCACTGAAGAGGGAATATCTGCAGAGACAATTGAGGCTT 598
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 708 ATAGGGAAAATAAACGGAAGGCCACTGAAGAGGGAATATCTGCGGAGACAATTGAGGCTT 767
Query 599 ACGTTAAATCAATTGGACAACCTGAATTATTGGATCTGCTTGCCCAACCAACCAATGAAG 658
| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 ATGTTAAATCACTTGGACAACCTGAATTGCTGGATCTGCTTGCCCAACCAACCAATGAAG 827
Query 659 ACGTAACTATGGAAGATGCAGATGATTCTAGACCTTCGAAGAGGAAACTTATATACCAAG 718
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 ACATAACTATGGAAGATGCAGATGATTCTAGACCTTCGAAGAGGAAACTTATATACCAAG 887
Query 719 AGCATAAGCCCATGTCTGAGATTACTGCTGGCTTACACCGTGGAATATATCATCAAGGAA 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 AGCATAAGCCCATGTCTGAGATTACTGCTGGCTTACACCGTGGAATATATCATCAAGGAA 947
Query 779 AACTCCGTGTCAATCGTTTCAATCCTTTCGAAGCGTATGTTGGAAGTGAGAGCATTGGCG 838
||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 948 AACTCCGGGTCAATCGTTTCAATCCTTACGAAGCTTATGTTGGAAGCGAGAGCATTGGTG 1007
Query 839 AAGAAATAATTATCTATGGGCGCAGCAACATGAACAGGGCTTTCGATGGTGATATTGTTG 898
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1008 AAGAGATAATTATCTATGGGCGCAGCAACATGAACAGGGCTTTTGATGGTGATATTGTTG 1067
Query 899 CGGTCGAACTCTTGCCTCGCGATCAATGGCAAGAGGAAAAGGCATTATCTATAGCTGAAG 958
| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 CAGTCGAACTCTTGCCTCGGGATCAATGGCAAGATGAGAAGGCATTATCTATAGCTGAAG 1127
Query 959 AAGATGATGAAGAGGACGATACTGTTCATTTGGCTCCCAACAGTGCTGATGATGCTCCTA 1018
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||
Sbjct 1128 AAGATGATGAAGAGGATGATACTGTTCATTTGGCTCCCGACAATGTTGATGATGCTCCTA 1187
Query 1019 GAACCTCAAATTTATCCCAGGAAACTTCTGGGGATAAAAATGCTA-CCCCTGCTCGTCCA 1077
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||
Sbjct 1188 GAACCTCAAATTTATCCCATGAAACTTCTGGGGATAAAAATGC-AGCCCCTGTTCGTCCA 1246
Query 1078 TCGGGTCGTGTAGTCGGTGTTATCCGTAGAAATTGGCACTCCTATTGTGGATCTCTTGAA 1137
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1247 TCAGGCCGTGTAGTCGGTGTTATCCGTAGAAATTGGCACTCCTATTGTGGATCTCTTGAA 1306
Query 1138 CCAATGTCACTACCGGCTGGTAGTGGTGGAACGGCGCATGCTTTATTTGTCTCTAAAGAT 1197
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 CCGATGTCACTACCTGCTGGTAGTGGTGGAACGGCACATGCTTTATTTGTCTCTAAAGAT 1366
Query 1198 CGCAGAATTCCCAAGATTCGCATTAATACTCGACAGCTGCAGAACCTTTTGGATATGAGG 1257
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 CGCAGAATTCCCAAGATCCGCATTAATACTCGACAGCTGCAGAACCTTTTGGATATGAGG 1426
Query 1258 ATAGTAGTGGCAGTTGATTCTTGGGACCGTCAATCTCGATATCCTTCTGGTCATTATGTA 1317
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1427 ATAGTAGTGGCAGTTGATTCCTGGGACCGTCAATCTCGATATCCTTCTGGTCATTACGTA 1486
Query 1318 CGACCAATCGGCAAAATAGGTGACAGGGAAACTGAAACAGAGGT 1361
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1487 CGACCAATCGGCAAAATAGGTGACAAGGAAACTGAAACAGAGGT 1530
Score = 2087 bits (1130), Expect = 0.0
Identities = 1261/1324 (95%), Gaps = 10/1324 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1586 ACATTGCTGATGTAACAAATTTTGTTCACCCTGGTACTCCTTTGGATGATGAGGCATCAA 1645
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 ACATTGCTGATGTAACGAATTTTGTTCACCCTGGTACTCCTTTGGATGATGAGGCATCAA 1916
Query 1646 AAAGAGGCACATCTGTCTACCTTGTTGAGCGTCGTATTGACATGCTTCCCAAGCCTTTAA 1705
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1917 AAAGAGGCACATCTGTCTACCTTGTTGAGCGCCGTATTGACATGCTTCCCAAACCTTTAA 1976
Query 1706 CTGAAGATATTTGCTCGCTTAGAGCTGATGTGGAAAGGCTTGCATTCTCGGTTATTTGGG 1765
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 CTGAAGATATTTGCTCTCTTAGAGCTGATGTGGAAAGGCTTGCATTCTCGGTTATTTGGG 2036
Query 1766 AAATGAGCCCTGACGCTGAGATTATCTCAACGAGATTCACAAAGAGTATAATCAAGTCTT 1825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2037 AAATGAGCCCTGACGCTGAGATTATCTCAACGAGATTCACAAAGAGTATTATCAAGTCTT 2096
Query 1826 CTGCAGCATTGTCTTATGTTGAAGCTCAGGCTCGGATGGATGACAGCCGATTGACAGACT 1885
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 CTGCAGCATTGTCCTATATTGAAGCTCAGGCTCGGATGGATGACAGCCGATTGACAGACT 2156
Query 1886 CCCTGACTACAGATCTGAGGAACATGAATACTTTGGCAAAGATAATGAGGCAAAGGCGTA 1945
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 CCCTGACTACAGATCTGAGGAATATGAATACCTTGGCAAAGATAATGAGGCAAAGGCGTA 2216
Query 1946 TCGATAGGGGAGCCTTAACTCTTGCTTCTGCTGAAGTCAAATTTCAGATTGATACCG-AG 2004
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| ||| ||
Sbjct 2217 TCGATAGGGGAGCCTTAACTCTTGCTTCTGCGGAAGTCAAATTTGATATTGAT-CCGGAG 2275
Query 2005 ACTCATGATCCTCTCGACATTGGCATGTATCAGATTCGT-GAAGCAAATCAAATGGTTGA 2063
| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||
Sbjct 2276 AATCATGATCCTCTTAACATTGGTATGTATCAGATTC-TCGAAGCAAACCAAATGGTTGA 2334
Query 2064 GGAATTCATGCTTGCTGCAAATGTTTCAGTGGCTGGACAAATCCTTAAACTATTCCCTTC 2123
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2335 GGAATTCATGCTTGCTGCAAATGTTTCCGTCGCTGGACAGATCCTGAAACTATTCCCTTC 2394
Query 2124 TTGTTCACTATTAAGGCGTCATCCTACTCCAACAAGAGAAATGCTTGAACCACTGCTGCG 2183
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2395 TTGTTCACTATTAAGGCGTCATCCTACTCCAACAAGAGAAATGCTTGAACCACTACTGCG 2454
Query 2184 TACTGCTGCAGCTATTGGA-TTGACCTTAGATGTCTCTTCATCTAAAGCTTTGGCTGATT 2242
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 TACTGCTGCAGCTATTGGGCTT-ACCTTAGATGTCTCTTCATCTAAAGCTTTGGCTGATT 2513
Query 2243 CACTGGACCGAGCTGTGGGTGAGGATCCATATTTCAACAAGCTGATCAGGATATTGGCAA 2302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2514 CACTGGACCGAGCTGTGGGTGAGGATCCATATTTCAACAAGTTGATCAGGATATTGGCAA 2573
Query 2303 CTAGGTGCATGACACAGGCTGTGTACTTCTGTAGTGGGGATCTCACTCCTCCAGAATATC 2362
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 2574 CTAGGTGCATGACGCAGGCTGTGTACTTCTGTAGTGGGGATCTCAGTCCTCCCGAATATC 2633
Query 2363 ATCATTATGGACTTGCAGCACCCCTGTATACTCATTTTACATCCCCGATCCGGAGATATG 2422
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2634 ATCATTATGGGCTTGCAGCACCCCTGTATACTCATTTTACATCCCCTATCCGTAGATATG 2693
Query 2423 CCGATGTCTTTGTGCACAGGCTACTTGCCGCTTCACTT-GGAATATACAAGCTTCCAACA 2481
|||||||||||||||||||| ||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 CCGATGTCTTTGTGCACAGGTTACTTGCTGCGTCA-TTAGGAATATACAAGCTTCCAACG 2752
Query 2482 GTGTTCCAAGATAGACCTCAACTTACTAGTGTTGCTGATAATTTGAACTATCGGCATAGG 2541
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2753 GTGTTCCAAGACAGACCTCAACTTACTAGTGTTGCTGATAATTTGAACTATCGACATAGG 2812
Query 2542 AATGCCCAGATGGCAAGTCGAGCTTCAGTAGAGCT-TCACACTCTCATCTACTTCAGAAA 2600
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||
Sbjct 2813 AATGCCCAGATGGCAGGTCGAGCTTCAGTAGAGCTGT-ACGTTCTCATTTACTTCAGAAC 2871
Query 2601 CCGACCCACAGATGCAGAGGCGAGAGTTGTGAAGATAAGATCCAATGGTTTTATAGTATT 2660
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2872 CCGACCCACAGATGAAGAGGCGAGAGTTGTGAAGATAAGATCCAATGGTTTTATAGTATT 2931
Query 2661 CGTCCCGAAGTATGGAATCGAAGGCCCTGTTTACTTAACTGGAAAGGGAGAGAAAGGAGC 2720
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2932 TGTCCCCAAGTATGGAATCGAAGGCCCTGTTTATTTAACAGGAAAGGGAGAGAAAGGAGC 2991
Query 2721 TGGTGAATGGTATGTAGATGAGGAGAAGCAGAAGATTGTTAAGATGGATGGAAGTTTATC 2780
|||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2992 TGGTGATTGGTATGTTGATGAGGAGAAGCAAAAGATTGTTAAGATGGATGGAAGTTTATC 3051
Query 2781 TTACAGTGTCTTGCAAACAGTGAAGATTCACATGGAGGTAGTAGAGCCTCAGCCCAACCG 2840
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3052 TTACAGTGTCTTGCAAACAGTGAAGATCCACATGGAGGTAGTAGAGCCTCAGCCTAACCG 3111
Query 2841 ACCGAAACTCCAACTCACTCTCTTGTAAAACTCTTCAACCTTGTAGTTTCACTTTCACTT 2900
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3112 ACCGAAACTCCAACTCACTCTCTTGTAAAACTCTTAAACCTTGTAGTTTCACTTTCCCTT 3171
Query 2901 GTGT 2904
||||
Sbjct 3172 GTGT 3175
Score = 368 bits (199), Expect = 2e-100
Identities = 218/227 (96%), Gaps = 2/227 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1360 GTTGTATTGATAGAGAATGATGTTGACTACTCGCCATTCTCTTCTCAAGTTCTGGCATGC 1419
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1595 GTTGTGTTGATAGAGAATGATGTTGACTACTCGCCGTTCTCTTCTCAAGTTCTGGCATGC 1654
Query 1420 TTGCCACCCTTACCCTGGTCTGTAT-CTCCTGAAGACGTATCCAATCCTATCAGGCAAGA 1478
|||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1655 TTGCCACCCTTACCTTGGTCTGTATCCT-CTGAAGACGTATCCAATCCTGTTAGGCAAGA 1713
Query 1479 CTTACGACATTTGCTTGTCTTTAGTGTGGACCCTCCGGGTTGCAAGGATATTGATGATGC 1538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1714 CTTACGACATTTGCTTGTCTTTAGTGTGGACCCTCCGGGTTGCAAGGATATTGATGATGC 1773
Query 1539 ACTACACTGTACATCGCTTCCAAACGGGAACTTTGAACTTGGAGTCC 1585
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774 ATTGCACTGTACATCGCTTCCAAACGGGAACTTTGAACTTGGAGTCC 1820
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 150350328171
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5