BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480677
Length=2622
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G17790.1 | Symbols: VPS35A, ZIP3 | VPS35 homolog A | chr2:77... 4224 0.0
> AT2G17790.1 | Symbols: VPS35A, ZIP3 | VPS35 homolog A | chr2:7733635-7739673
FORWARD LENGTH=2743
Length=2743
Score = 4224 bits (2287), Expect = 0.0
Identities = 2543/2660 (96%), Gaps = 43/2660 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 Gagaaacccagagatcgagattgagattt-----aga-gaaga--agaagatgatcgcag 52
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 GAGAAACCCAGAGATCGAGATTGAGATTTAGAGAAGACGAAGATCAGAAGATGATCGCAG 60
Query 53 acggatcagaagatgaagagaaATGGCTCGCCGCCGGTGCTGCTGCGTTCAAGCAAAACG 112
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 ACGGATCAGAAGATGAAGAGAAATGGCTCGCCGCCGGTGCTGCTGCTTTCAAGCAAAACG 120
Query 113 CATTCTACATGCAACGCGCTATTGACTCGAATAATCTGAAAGACGCTCTCAAGTATTCGG 172
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 CATTTTACATGCAACGCGCTATTGACTCGAATAATCTGAAAGATGCTCTCAAGTATTCGG 180
Query 173 CTCAGATGCTTAGCGAGTTACGGACTTCGAAGCTATCACCTCACAAGTACTATGATCTCT 232
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 181 CTCAGATGCTAAGCGAGTTACGGACTTCGAAGCTATCACCTCACAAGTACTATGATCTAT 240
Query 233 ATATGCGAGCTTTTGATGAATTGAGGAAACTTGAGATTTTCTTTATGGAAGAAACTCGGC 292
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 241 ATATGAGAGCTTTTGATGAATTGAGGAAACTTGAGATTTTCTTTATGGAAGAAACTCGTC 300
Query 293 GTGGCTGCTCGGTCATTGAACTCTATGAGCTGGTTCAGCATGCTGGTAACATATTACCAC 352
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 301 GTGGCTGCTCAGTCATTGAACTCTATGAGCTGGTTCAGCATGCTGGTAACATATTACCGC 360
Query 353 GTTTGTATCTCCTATGTACAGCAGGATCCGTTTATATCAAAACCAAGGAAGCTCCTGCCA 412
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTTTGTATCTCCTATGTACAGCAGGATCCGTGTATATCAAAACCAAGGAAGCTCCTGCCA 420
Query 413 AGGAAATTCTTAAAGATCTTGTTGAGATGTGTCGTGGGATTCAGCATCCTCTACGTGGTC 472
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGGAAATTCTTAAAGATCTTGTTGAGATGTGCCGTGGGATTCAGCATCCTCTACGTGGTC 480
Query 473 TCTTCTTGAGAAGTTACCTTGCGCAGATTAGTCGAGATAAATTACCTGACATTGGTTCTG 532
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TCTTCTTAAGAAGTTACCTTGCGCAGATTAGTCGAGATAAATTACCTGACATTGGTTCTG 540
Query 533 AGTATGAAGGAGATGCTGATACAGTCACAGATGCTGTGGAGTTTGTTCTACTGAACTTTA 592
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 541 AGTATGAAGGAGATGCTGATACAGTCATAGATGCTGTGGAGTTTGTACTACTGAACTTTA 600
Query 593 CTGAGATGAATAAACTCTGGGTCAGAATGCAACATCAGGGACCTGCTCGAGAAAAGGAGA 652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CTGAGATGAATAAACTCTGGGTCAGAATGCAACATCAGGGACCTGCTCGAGAAAAGGAGA 660
Query 653 GACGGGAGAAAGAGAGGGGCGAGCTTCGTGACCTTGTTGGAAAGAACCTTCACGTGCTGA 712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GACGGGAGAAAGAGAGGGGCGAGCTTCGTGACCTTGTTGGAAAGAACCTTCACGTGCTGA 720
Query 713 GTCAGTTAGAAGGTGTGGACCTTGATATGTACAGAGATACAGTTCTTCCTAGAGTCTTAG 772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTCAGTTAGAAGGTGTGGACCTTGATATGTACAGAGATACAGTTCTTCCTAGAGTCTTAG 780
Query 773 AGCAGATAGTGAACTGCAGAGATGAGATTGCCCAATATTACCTAATAGACTGTATCATTC 832
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 781 AGCAGATTGTGAACTGCAGAGATGAGATTGCCCAATATTACCTAATAGACTGTATAATTC 840
Query 833 AAGTTTTTCCTGACGAGTATCACTTGCAGACTCTAGATGTACTTCTTGGGGCGTGTCCAC 892
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 841 AAGTTTTTCCTGACGAGTATCACTTGCAGACTCTAGATGTACTTCTTGGGGCGTGTCCTC 900
Query 893 AACTTCAGCCATCAGTTGACATCATGACAGTGCTTTCCCGTTTAATGGAGAGGCTATCAA 952
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 901 AACTTCAGGCATCAGTTGACATCATGACAGTGCTTTCCCGTTTAATGGAGAGGCTGTCAA 960
Query 953 ATTATGCTGCCTTAAATGCTGAAGTATTACCTTACTTCCTGCAAGTGGAAGCTTTCTCAA 1012
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ATTATGCTGCCTTAAATGCGGAAGTATTACCTTATTTCCTGCAAGTGGAAGCTTTCTCAA 1020
Query 1013 AGTTGAATAATGCAATTGGAAAGGTGATAGAAGCACAAGAAGACATGCCTATTCTGAGTG 1072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AGTTGAATAATGCAATTGGAAAGGTGATAGAAGCACAAGAAGACATGCCTATTCTGAGTG 1080
Query 1073 CAGTAACCCTATATTCCTCCCTTCTCAAGTTTACTCTTCATGTTCACCCTGATCGGCTTG 1132
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CAGTAACCCTATATTCCTCCCTTCTCAAGTTTACTCTTCACGTTCACCCTGATCGGCTTG 1140
Query 1133 ATTATGCGGACCAAGTGTTGGGATCATGTGTTAAGCAACTGTCCGGAAAAGGAAAGATTG 1192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ATTATGCGGACCAAGTGTTGGGATCATGTGTTAAGCAACTGTCCGGAAAAGGAAAGATTG 1200
Query 1193 ATGACACTCGTGCAACAAAGGAGCTTGTCTCGCTTTTGAGTGCTCCCTTAGAGAAGTATA 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ATGACACTCGTGCAACAAAGGAGCTTGTCTCGCTTTTAAGTGCTCCCTTAGAGAAGTATA 1260
Query 1253 ATGATGTTGTCACCGCCCTTAAATTAACTAACTATCCCCTTGTAGTGGAGTACCTTGATA 1312
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1261 ATGATGTTGTCACCGCCCTTAAACTAACTAACTATCCCCTCGTGGTGGAGTACCTTGATA 1320
Query 1313 CCGAAACAAAGAGAATAATGGCTACTGTTATAATTCGAAGCATTATGAAAAACAATACTC 1372
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CCGAAACAAAGAGAATAATGGCTACTGTTATAGTTCGAAGCATTATGAAAAACAATACTC 1380
Query 1373 TTATTACTACAGCGGAGAAGGTTGAAGCATTGTTTGAACTGATTAAAGGACTTATCAACG 1432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1381 TTATTACTACAGCGGAGAAGGTTGAAGCATTGTTTGAACTGATTAAAGGAATTATCAACG 1440
Query 1433 ATTTGGATGAGCCGCAAGGTCTTGAGGTTGATGAAGATGATTTTGAGGAGGAGCAGAATT 1492
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1441 ATTTGGATGAGCCGCAAGGTCTTGAGGTTGATGAAGATGATTTTCAGGAGGAGCAGAATT 1500
Query 1493 CTGTTGCGCGTCTCATTCACATGTTATATAATGATGACCCAGAAGAGATGTTTAAGATAG 1552
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CTGTTGCGCTTCTCATTCATATGTTATATAATGATGACCCAGAAGAGATGTTTAAGATAG 1560
Query 1553 TCAGTATCCTGAAGAAGCATTTCCTGACAGGAGGGCCAAAGCGCTTAAAGTTCACCATTC 1612
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1561 TCAATGTCCTGAAGAAGCATTTCCTGACAGGAGGGCCAAAGCGCTTAAAATTCACCATTC 1620
Query 1613 CTCCCCTTGTTGTTTCTACTCTAAAGCTAATCAGGCGATTGCCAGTGGAAGGAGACAATC 1672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 CTCCCCTTGTTGTTTCTACTCTAAAGCTAATCAGGCGATTGCCAGTGGAAGGAGACAATC 1680
Query 1673 CTTTTGGAAAAGAGGCTTCCGTTACTGCTACTAAAATATTCCAATTTCTAAATCAGATTA 1732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CTTTTGGAAAAGAGGCTTCCGTTACTGCTACTAAAATATTCCAATTTCTAAATCAGATTA 1740
Query 1733 TCGAAGCGCTACCTAATGTTCCATCACCTGACCTAGCATTCCGGTTGTACTTGCAATGTG 1792
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TCGAAGCGCTACCTAATGTTCCATCACCTGACCTGGCATTCCGGTTGTACTTGCAATGTG 1800
Query 1793 CTGAGGCTGCGAATAAGTGTGATGAAGAACCAATTGCATACGAATTTTTCACCCAGGCAT 1852
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 CTGAGGCTGCGGATAAGTGTGATGAAGAACCAATTGCATACGAATTTTTCACCCAGGCAT 1860
Query 1853 ACATCTTATACGAAGAAGAAATTTCGGACTCAAAGGCCCAAGTGACCGCGTTACAACTTA 1912
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1861 ACATCTTATACGAAGAAGAAATTTCGGACTCAAAGGCCCAGGTGACTGCGTTACAACTTA 1920
Query 1913 TAATTGGAACTCTGCAAAGGATGCACGTATTTGGTGTTGAGAATAGAGATACATTAACGC 1972
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 TAATTGGAACTCTGCAGAGGATGCAAGTATTTGGTGTTGAGAATAGAGATACATTAACGC 1980
Query 1973 ACAAGGCTACAGGGTATTCAGCGAAACTTCTAAAGAAACCTGATCAATGTCGAGCTGTCT 2032
|||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1981 ACAAGGCTACGGGGTATGCAGCGAAACTTCTAAAGAAACCTGATCAATGTCGAGCTGTTT 2040
Query 2033 ATGCCTGTTCACATTTGTTCTGGCTGGAAGATCGTGAGACCATACAAGATGGAGAAAGGG 2092
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 ATGCCTGTTCTCATTTGTTCTGGCTGGAAGATCGTGAGACCATACAAGATGGAGAAAGGG 2100
Query 2093 TTCTACTATCTCTGAAACGAGCGCTTAAAATTGCAAATTCGGCTCAACAAATGGCCAACA 2152
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2101 TTCTACTTTGTCTGAAACGAGCGCTTAAAATTGCAAATTCGGCTCAACAAGTGGCCAACA 2160
Query 2153 AAGCACGGGGTAGTACAGGATCTGTTACCCTCTTCATCGAGATACTAAACAAGTACCTTT 2212
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2161 CAGCTCGGGGTAGTACAGGGTCTGTTACCCTCTTCATCGAGATACTAAACAAGTACCTCT 2220
Query 2213 ATTTCTATCAGAAAGGGGTTCCACAGATAACAGTTGAATCAGTGGGAAGCCTGATAAAAC 2272
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 2221 ATTTCTATGAGAAAGGGGTTCCACAGATAACAGTTGAATCAGTAGAAAGCCTGATAAAAC 2280
Query 2273 TAATCAAGAACGAAGAATCGATGCCATCTGATCCATCTGCTGAATCGTTCTTTGCAAGTA 2332
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 2281 TGATCAAGAACGAAGAATCGATGCCCTCTGATCCATCTGCTGAATCATTCTTTGCAACTA 2340
Query 2333 CGCTTCAGTTCATGGAGTTCGAAAAGCAGAAAGAGGGTGCCATTGGTGAAAGATACCAGG 2392
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2341 CGCTTGAGTTCATGGAGTTCCAAAAGCAGAAAGAGGGTGCCATTGGTGAGAGATACCAGG 2400
Query 2393 AGATCAAAGTATAGAATCTCATGTTGGTCaaaa-aa--------------a--aaaaaaa 2435
|||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||
Sbjct 2401 CGATCAAAGTATAGAATCTCATGTTGGTCAAAAGAAGTCGGTTTGTTTTTATTAAAAAAA 2460
Query 2436 GA----GCTTTGCTTTGAGTCAGTTTGAGAATCAGGAA-GGGACT--T---GTGTTGATT 2485
| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| | |||||| ||
Sbjct 2461 AAAAAAGCTTTGCTTTGAGTC-GTTTGAGAATC-GGAAAGGGACTGATATTGTGTTGCTT 2518
Query 2486 GCTGCTGGAAATGTAAACCTGG-TTTAGGTCTGGTTTTTATACCTCGGATATTCAAGGCG 2544
|||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||
Sbjct 2519 GCTGCTCGAAATGTAAACCCGGGTTTAGGTCTAGTTTT-ATTCCTCGGATTTTCAAGGCG 2577
Query 2545 GTTCATGGTTTGTATCTTGTGGAGTTTGCTATGTTTGTTTATATGAATCTTTA-T-TGCT 2602
||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| | | ||
Sbjct 2578 GTTCATGGTCTGTAACTTGTGGAGTTTG--ATGTGTGTTTATACGAATCTTTAGTATTCT 2635
Query 2603 GAGTTTAACATTGGATATTA 2622
||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 GAGTTTAACATTGGATATTA 2655
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130183217085
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5