BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480837
Length=2515
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G18940.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3749 0.0
> AT2G18940.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr2:8203730-8206395 REVERSE LENGTH=2666
Length=2666
Score = 3749 bits (2030), Expect = 0.0
Identities = 2368/2524 (94%), Gaps = 51/2524 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATGGACGGAGCACTCTTCCCTCACAAACCTCCATACCCAATTCAATCCAAAAGATCTCC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 54 AATGGACGGAGCACTCTTCCCTCACAAACCTCCATACCCAATTCAATCCAAGAGACCTCC 113
Query 61 ACCACCTCAATCCTCTAACCAATCCATCAAATTCAGCTCCGCTACACTTCACTTAcctcc 120
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 114 ACCATCTCAATCCTCTAACCAATCTATCAAATTCAGTTCCGCTACTCTTCACTTACCTCC 173
Query 121 tccttctcctccttctttccctctcgattctcttcttcaccatctcgttcacctctcttc 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 TCCTTCTCCTCCTTCTTTCCCTCTCGATTCTCTTCTTCACCATCTCGTTCACCTCTCTTC 233
Query 181 cacgcctcC-ACGACA-T--------GCCGCTGCTCGTTTCCCTTCTCTCCAAGTCTCCA 230
| ||||||| | |||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 234 CCCGCCTCCTA-GACACTCCAACTCCGCCGCCGCTCGTTTCCCTTCTCTCGAAGTCTCGA 292
Query 231 CATCATCGGCTCATAAATGGCGTCACGAGTCGACGAAACCCATGTCGAGTTCTGTTCTGG 290
| | || |||| | | |||| || | | ||||| || | | ||
Sbjct 293 C-TGAT----TCATCA-T--CGTC--GA----A--A--CCCAT-TC---T---G----GG 323
Query 291 GTGTTGAAATTGAGAACGAGAGAGATGGGTCTTTGAAGCTACT-GTGTAAGAAAGAAGTT 349
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || ||||||||||||||||
Sbjct 324 -TATTGAAATTGAGAACGAGAGAAATGGGTCTTTGAAACT-CTTGTGTAAGAAAGAAGTT 381
Query 350 GTCTTGGTTAATTCCATTGTTGAACAGCCTTTGCCAAGGTTA-AGCAG-TTTCTTCGATT 407
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || || ||| || ||||
Sbjct 382 GTCTTGGTTAATTCCATTGTTGAACAGCCTTTGACT-GGTTTGAGTAGGTTTTTT-GATT 439
Query 408 CGGTGAAATCTGAATCGCTTAGAACTGATTTGGTTAGTTTGGTTAAGGGTCTGGATGATT 467
| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 440 CTGTGAAATCGGAATTGCTTAGAACTGATTTGGTTAGTTTGGTTAAGGGTCTAGATGATT 499
Query 468 CTGGGCATTGGGAAAGAGCTGtttttttATTTGAATGGTTAGTTTTGTCTTCGAATTCCG 527
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 500 CTGGGCATTGGGAAAGAGCTGTTTTTTTGTTTGAATGGTTAGTTTTGTCTTCAAATTCTG 559
Query 528 GAGCTTTGAAGCTAGATCATCATGTTATCGAAATCTTAGTTAGGATTTTAGGTAGAGAAT 587
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 560 GAGCTTTGAAGCTAGATCATCAAGTTATCGAAATCTTTGTTAGGATTTTAGGTAGAGAAT 619
Query 588 CTCAGTACTCTGTTGCAGCTAAGTTGCTCGATAAAATTCCTCTACAAGACTATATGCTCG 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||
Sbjct 620 CTCAGTACTCTGTTGCAGCTAAGTTGCTCGATAAAATTCCTCTACAAGAATATCTCCTCG 679
Query 648 ATGTTCGTGCTTACACGACGATCTTACATGCGTATTCACGGACAGGGAAGTATGAAAAGG 707
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 680 ATGTTCGGGCTTACACGACGATCTTACATGCGTATTCACGGACTGGGAAGTATGAAAAGG 739
Query 708 CTATCGATTTGTTTGAGAGGATGAAAGAGATGGGTCCTTCACCTACTTTGGTGACTTACA 767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 CTATCGATTTGTTTGAGAGGATGAAAGAGATGGGTCCTTCACCTACTTTGGTGACTTACA 799
Query 768 ATGTGATTCTCGATGTTTTCGGGAAAATGGGTCGATCTTGGAGGAAAATTCTTGGGGTTT 827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 800 ATGTGATTCTCGATGTTTTCGGGAAAATGGGTCGATCTTGGCGGAAAATTCTAGGGGTTT 859
Query 828 TAGAGGAAATGAGAAGCAAAGGATTGAAGTTTGATGAGTTTACTTGTAGTACTGTGCTAT 887
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 860 TAGATGAAATGAGAAGCAAAGGATTGAAGTTTGATGAGTTTACTTGTAGTACTGTGCTCT 919
Query 888 CTGCTTGTGCAAGAGAAGGTTTGTTAAGAGAGGCCAAGGACTTTTTCGCTGAACTTAAGT 947
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 920 CTGCTTGTGCAAGAGAAGGTTTGTTAAGAGAGGCCAAGGAGTTTTTCGCTGAACTTAAGT 979
Query 948 CATGCGGCTATGAACCTGGAACTGTAACTTACAATGCTTTGTTGCAAGTTTTTGGTAAAG 1007
||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 CATGCGGCTATGAACCTGGTACTGTTACGTACAATGCTTTGTTGCAAGTTTTTGGTAAAG 1039
Query 1008 CAGGAGTTTATACAGAAGCATTGAGTGTTTTGAAGGAGATGGAGGaaaaaaaCTGTCCAG 1067
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||
Sbjct 1040 CAGGAGTTTATACAGAAGCGTTGAGTGTTTTGAAAGAGATGGAGGAAAATAGCTGCCCAG 1099
Query 1068 CTGATTCCGTGACATACAATGAGCTTGTTGCCGCTTATGTTAGAGCCGGTTTTAGCAAGG 1127
| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1100 CAGATTCTGTGACATATAATGAGCTTGTTGCTGCTTATGTTAGAGCTGGTTTTAGCAAGG 1159
Query 1128 AAGCTGCTGGTGTCATTGAGATGATGACGCAAAAGGGTGTAATGCCAAACGCAATCACTT 1187
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1160 AAGCTGCTGGTGTCATTGAGATGATGACGAAAAAGGGTGTAATGCCGAACGCAATCACTT 1219
Query 1188 ATACTACAGTGATAGATGCATATGGAAAGGCGGGAAAAGAGGACGAGGCTTTGAAGCTGT 1247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 ATACTACAGTGATAGATGCATATGGAAAGGCGGGAAAGGAGGACGAGGCTTTGAAGCTGT 1279
Query 1248 TTTATAGTATGAAAGAAGCTGGTTGTGTTCCGAATACTTGCACCTACAATGCAGTGCTTA 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 TTTATAGTATGAAAGAAGCTGGTTGTGTTCCGAATACTTGCACCTACAATGCAGTGCTTA 1339
Query 1308 GTATGTTAGGGAAAAAGTCGAGATCCAATGAAATGATAAAGATGTTATGTGATATGAAGT 1367
|| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 GTCTGTTGGGGAAGAAGTCGAGATCCAACGAAATGATAAAGATGTTATGTGATATGAAGT 1399
Query 1368 CTAATGGGTGTTTCCCTAATCGGGCCACTTGGAACACAATGCTTGCTCTGTGTGGGAATA 1427
||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 CTAATGGATGTTCCCCTAATCGTGCCACTTGGAACACAATGCTTGCTCTGTGTGGGAATA 1459
Query 1428 AAGGTATGGATAAGTTTGTGAACAGGGTGTTCCGTGAAATGAAGAGCTGCGGATTTGAAC 1487
| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 AGGGTATGGATAAGTTTGTGAACCGGGTGTTCCGTGAAATGAAGAGCTGCGGATTTGAAC 1519
Query 1488 CTGATAGGGACACATTCAACACGCTGATTAGTGCTTATGGGCGATGTGGTTCAGAGGTTG 1547
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 CTGATAGGGACACATTCAACACGCTGATCAGTGCCTATGGGCGATGTGGTTCAGAGGTTG 1579
Query 1548 ATGCATCAAAAATGTATGGTGAGATGACAAGAGCAGGGTTCAACGCTTGTGTTACAACTT 1607
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1580 ATGCATCGAAAATGTATGGTGAGATGACAAGAGCAGGGTTCAACGCTTGCGTTACGACTT 1639
Query 1608 ACAACGCGTTACTTAATGCCTTGGCTAGAAAAGGAGATTGGAGATCGGGCGAGAATGTGA 1667
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1640 ACAACGCGTTACTTAATGCCTTGGCAAGAAAAGGAGATTGGAGATCAGGCGAAAATGTGA 1699
Query 1668 TTTCCGACATGAAAAGTAAAGGTTTCAAACCCACTGAAACATCTTATTCCTTGATGCTTC 1727
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 TTTCCGACATGAAAAGTAAAGGTTTCAAACCTACTGAAACATCTTATTCCTTGATGCTTC 1759
Query 1728 AGTGTTATGCTAAAGGAGGGAACTATCTAGGAATAGAGAGAATCGAGGAGGGGATAAACG 1787
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |
Sbjct 1760 AGTGTTATGCTAAAGGAGGGAACTATCTAGGGATAGAGAGAATCGAGAATAGGATAAAGG 1819
Query 1788 AGGGCCAAATATTCCCGAGCTGGATGCTTTTGAGAACACTACTTCTCGCAAACTTCAAAT 1847
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1820 AGGGCCAAATATTCCCGAGCTGGATGCTTTTGAGAACATTACTCCTCGCAAACTTTAAAT 1879
Query 1848 GCCGAGCACTAGCGGGATCAGAGAGAGCATTCACGTTGTTTAAAAAGCACGGATACAAAC 1907
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 GCCGAGCACTAGCAGGATCAGAGAGAGCATTCACATTGTTTAAAAAGCACGGATACAAAC 1939
Query 1908 CCGACATGGTGATTTTCAACTCAATGCTCTCCATTTTCACGAGGAACAACATGTACGATC 1967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1940 CCGACATGGTGATTTTCAACTCAATGCTCTCCATTTTCACGAGGAACAACATGTACGATC 1999
Query 1968 AAGCAGAGGGGATTCTTC-AGTCTATCCGCGAGGACGGGCTAAACCCGGATCTTGTAACC 2026
|||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2000 AAGCAGAGGGGATTCT-CGAGTCTATCCGCGAGGATGGGCTAAGCCCGGATCTTGTAACC 2058
Query 2027 TACAACAGCCTCATGGACATGTACGTAAGAAGAGGAGAGTGTTGGAAAGCCGAAGAAATC 2086
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2059 TACAACAGCCTGATGGACATGTACGTAAGAAGAGGAGAGTGTTGGAAAGCCGAAGAAATC 2118
Query 2087 CTCAAGACTCTAGAAAAATCCCAGTTAAAACCGGACCTGGTCTCTTACAACACGGTGATC 2146
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 CTCAAGACTCTAGAAAAATCGCAGTTAAAACCGGACCTGGTCTCTTACAACACGGTGATC 2178
Query 2147 AAAGGTTTCTGCAGAAAAGGGTTGATGCAAGAAGCGGTTAGGATGCTCTCTGAGATGACA 2206
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2179 AAAGGTTTCTGCAGAAGAGGGTTGATGCAAGAAGCGGTTAGGATGCTGTCTGAGATGACA 2238
Query 2207 GAACGAGGAATCAGACCATGCATATTCACTTACAACACGTTTGTTTCGGGTTACACGGCA 2266
|| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2239 GAGCGGGGAATCAGACCGTGCATTTTCACTTACAACACGTTTGTTTCGGGTTACACGGCG 2298
Query 2267 ATGGGAATGTATGGAGAGATAGAAGATGTGATTGAGTGCATGGCGAAGAATGATTGCAGA 2326
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2299 ATGGGAATGTTTGCAGAGATAGAAGATGTGATTGAGTGCATGGCGAAGAATGATTGCAGA 2358
Query 2327 CCAAATGAGCTGACTTTTAAGATGGTTGTGGATGGTTATTGCAGAGCAGGGAAGTATAGT 2386
|||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2359 CCAAATGAGCTGACTTTTAAAATGGTAGTAGATGGTTATTGCAGAGCAGGGAAGTATAGT 2418
Query 2387 GAAGCTATGGATTTTGTATCCAAGATTAAGACCTTTGATCCTTGCTTTGATGATCAGTCT 2446
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2419 GAAGCTATGGATTTTGTGTCCAAGATTAAGACCTTTGATCCTTGCTTCGATGATCAGTCT 2478
Query 2447 ATTCAACGGCTTGCTCTTCGAGTACGTGAGAATTTAGAATCCTAA-T-AATAATACATGT 2504
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| || |
Sbjct 2479 ATTCAACGGCTTGCTCTCCGAGTACGTGAGAATTTAGAATCCTAAATCAATTATATATTT 2538
Query 2505 TTCT 2508
||||
Sbjct 2539 TTCT 2542
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124815354184
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5