BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480888
Length=3023
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G20580.1 | Symbols: RPN1A, ATRPN1A | 26S proteasome regulato... 4667 0.0
AT4G28470.1 | Symbols: RPN1B, ATRPN1B | 26S proteasome regulato... 3027 0.0
AT4G08140.1 | Symbols: | BEST Arabidopsis thaliana protein mat... 320 5e-86
> AT2G20580.1 | Symbols: RPN1A, ATRPN1A | 26S proteasome regulatory
subunit S2 1A | chr2:8858988-8864865 FORWARD LENGTH=3065
Length=3065
Score = 4667 bits (2527), Expect = 0.0
Identities = 2753/2861 (96%), Gaps = 19/2861 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 164 AGATGGCTCCAACTCCGGATCCCAACAGTGTCGGAGGCGGTGCGAAGCAAGATGAAGCTA 223
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 222 AGATGGCTCCAACTCAGGATCCCAACAGTGTCGGAGGCGGTGCGAAGAAAGATGAAGCTA 281
Query 224 CCTTGAAGGTTCCGTCTAAGGATCCCAAGAAGAAGGACGAGAAAAAAGATGAGGACTTGT 283
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 282 CCTTGAAGGTTCCGTCTAAGGATCCCAAGAAGAAGGACGAGAAAAAGGATGAGGATTTGT 341
Query 284 CTGAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTTGAGAGGGTTCAGGATC 343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 342 CTGAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTTGAGAGGGTTCAGGATC 401
Query 344 CTAATCCCGACTTGCAGAAGGCTGCTCTTGAAAGCATGAGGCAGGAAATCCGAGCTTCAA 403
||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 402 CTAATCCGGAATTGCAGAAGGCTGCCCTTGAGAGCATGAGGCAGGAAATCCGAGCTTCAA 461
Query 404 CAAGCTCAATGACGTCAGTTCCCAAACCACTAAAGTTTCTCCGTCCCCATTATGGAACTC 463
|||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 462 CAAGTTCCATGACTTCAGTTCCCAAACCACTAAAGTTTCTGCGTCCCCATTATGGAACTC 521
Query 464 TTAAAGCGTTTCATGAAACAATGGCCGATTCTGATCTCAAGAAGTACCTGTCTGATATCC 523
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 522 TTAAAGCGTTTCATGAAACAATGGCTGATTCTGATCTCAAAAAGTACCTGTCCGATATCC 581
Query 524 TGTCTGTCCTGGCCCTTACCATGTCTGCGGAAGGTGAAAGGGAAAGCTTAAGTTTTAGGT 583
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 582 TGTCTGTCCTGGCCCTTACCATGTCTGCAGATGGTGAAAGGGAAAGCTTAAGGTTTAGAT 641
Query 584 TGATTGGAACAGAGGGTGACATTGGATCGTGGGGTCACGAGTATGTCAGGAATTTAGCTG 643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 642 TGATTGGAACAGAGGGTGACATTGGATCGTGGGGTCATGAATATGTCAGGAATTTAGCTG 701
Query 644 GAGAGATTGCTCAAGAGTATACAAAGCGTCAGAGTGAGGAGGCCTCTATTGACGATTTAA 703
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 702 GAGAGATTGCACAAGAGTATACAAAGCGTCAGAGTGAGGAGGCCTCTATTGACGATTTAA 761
Query 704 TGGAGCTTGTGCAGCAAATTGTCGCTTTTCATATGAAGCATAATGCAGAAACCGAAGCTG 763
||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 TGGAGCTTGTGCAACAAATTGTTGCTTTTCACATGAAGCATAATGCAGAAACCGAAGCTG 821
Query 764 TTGACCTTTTAATGGATGTTGAGGATCTTGATCTCTTACTTGAGCATGTAGACAAAACAA 823
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 822 TTGATCTTTTAATGGATGTTGAGGATCTTGATCTCTTACTTGAGCATGTAGACAAAACAA 881
Query 824 ATTTCAAGAGGACATGCAACTATCTCACAAGTGCAGCAAAGTACCTCCCTGGACCAGATG 883
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||
Sbjct 882 ATTTCAAGAGGACATGCAACTATCTCACAAGTGCAGCTAGGTACCTTCCTGGACCAGATG 941
Query 884 ACATGTTGGTTTTAGATATTTCCTACATGATTTACATGAAGTTTGAAGAATATCCAAACG 943
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 942 ACATGTTGGTTCTAGATATTTCCTACATGATTTACATGAAGTTTGAAGAGTATCCAAACG 1001
Query 944 CTCTGCAGATTGCACTATTTCTTGATAACACGCAGTATGTTAAACAAGTATTTACCTCAT 1003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002 CTCTGCAGATTGCACTATTTCTTGATAACACGCAGTATGTTAAACAAGTATTTACCTCAT 1061
Query 1004 GTACGGATCTGCTGAAGAAGAAACAGTTCTGCTACATGATTGCTCGTCATGGTATAACCT 1063
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1062 GTACGGATCTGCTGAAGAAGAAACAGTTCTGCTACATGATTGCTCGTCATGGTATAACCT 1121
Query 1064 TTGACCTTGACGATGAGATGGTTGCAGATGATGATGACCGAGAAGCCCTACAGGATATTG 1123
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1122 TTGAACTTGACGATGAGATGGTTGCAGATGATGATGACCGGGAAGCCCTACAGGATATTG 1181
Query 1124 TTAACAACACTAAGTTAAGTGAAGGATATCTGACTCTTGCAAGGGATATTGAGGTCATGG 1183
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182 TTAACAACACTAAGTTAAGTGAAGGATATCTGACCCTTGCAAGGGATATTGAGGTCATGG 1241
Query 1184 AGGCCAAAACGCCTGAAGACATCTACAAGGCTCACTTGCTCGACGGCAGGGCTAGCTCTG 1243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1242 AGGCCAAAACGCCTGAAGACATCTACAAGGCTCACTTACTCGACGGCAGGGCTAGCTCCG 1301
Query 1244 GTGCAAGCGCGGATTCTGCTAGACAGAATTTGGCTGCTACCTTTGTCAATGCATTTGTAA 1303
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1302 GTGCAAGCGTGGATTCTGCTAGACAGAATTTGGCTGCTACCTTTGTCAATGCATTCGTAA 1361
Query 1304 ATGCTGGTTTTGGTCAGGACAAACTAATGACAGTACCTTCAGACTCGACCACCGGATCTT 1363
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1362 ATGCTGGTTTTGGTCAGGACAAACTAATGACAGTACCTTCAGACTCAACCACCGGATCTT 1421
Query 1364 CTGGAAATTGGCTCTTCAAAAATAAAGAACATGGCAAGACTAGTGCAGCTGCTAGTCTGG 1423
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 CTGGAAACTGGCTCTTCAAAAATAAAGAACATGGCAAGACTAGTGCAGCTGCTAGTCTGG 1481
Query 1424 GTATGATTCAACTGTGGGATGTGGACTCAGGACTTTCTCAACTCGACAAATATTTCCATA 1483
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 GTATGATTCAACTGTGGGATGTGGACTCTGGACTTTCCCAACTCGACAAATATTTCCATA 1541
Query 1484 GTAATGATAATCCTATCATTGCTGGAGCACTGCTGGGAGTTGGGATTGTAAATTGTGGCA 1543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 GTAATGATAATCCTATCATTGCTGGAGCACTGCTGGGAGTTGGGATTGTAAATTGTGGCA 1601
Query 1544 TTAAGAACGATTGTGATCCTGCATTGGCACTTCTTGGAGACTATATAGACAAAGAGGATT 1603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 TTAAGAACGATTGTGATCCTGCATTGGCACTTCTTGGAGACTATATAGACAAAGAGGATT 1661
Query 1604 CATCTGTCAGAATTGGTGCTATCATGGGTCTGGGAATTTCATACGCAGGTTCCCAAAATG 1663
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1662 CATCTGTCAGAATCGGTGCTATCATGGGTCTTGGAATTTCATACGCAGGTTCCCAAAATG 1721
Query 1664 ACCAGATTCGAAGCAAATTGTCCCCGATACTGAATGATGCGAAAGCGCCTCTCGATGTTA 1723
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
Sbjct 1722 ACCAGATTCGAAACAAATTGTCCCCGATACTGAATGATGCAAAAGCGCCTCTTGATGTGA 1781
Query 1724 TTGCATTTGCTTCACTTTCTTTGGGAATGATATATGTTGGTTCCTGTAACGAAGAAGTAG 1783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 TTGCATTTGCTTCACTTTCTTTGGGAATGATATATGTTGGTTCCTGTAACGAAGAAGTAG 1841
Query 1784 CACAATCTATTATATTTGCTTTGATGGATCGAAGTGAGGCAGAACTGGGAGATGCCCTCA 1843
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1842 CCCAGTCTATTATATTTGCTTTGATGGATCGAAGTGAGGCAGAACTGGGTGATGCCCTCA 1901
Query 1844 CTCGATTCTTGCCACTTGGTCTTGGACTTCTATACCTGGGCAAACAGGAAAGTGTAGAGG 1903
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1902 CTCGTTTCTTGCCACTTGGTCTTGGACTTCTATACCTGGGCAAACAGGAAAGTGTAGAGG 1961
Query 1904 CTACAGCTGAAGTTTCAAAGACGTTCAATGAGAAGATTAGAAAGTATTGTGATATGACAC 1963
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1962 CTACAGCTGAAGTTTCGAAGACCTTCAATGAGAAGATTAGAAAGTATTGTGATATGACAC 2021
Query 1964 TTCTTTCTTGTGCTTATGCTGGAACTGGGAATGTCCTAAAGGTCCAAGACCTTCTTGCTC 2023
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2022 TTCTTTCTTGTGCTTATGCTGGAACTGGAAATGTCCTAAAGGTACAAGACCTTCTTGCTC 2081
Query 2024 AGTGTGGCGAGCATCTTGAGAAAGGTGACATCCACCAGGGTCCAGCTGTGCTTGGGTTAG 2083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2082 AGTGTGGCGAGCATCTTGAGAAAGGTGACATCCACCAGGGTCCAGCTGTGCTTGGGTTAG 2141
Query 2084 CAATGGTTGCTATGTCTGAAGAACTGGGCGTTGATATGGAGATTCGTTCTTTGGAGCGGA 2143
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 2142 CAATGGTTGCTATGTCTGAAGAACTGGGAGTTGATATGGAGATCCGTTCTCTGGAGCGGA 2201
Query 2144 TGCTACAATATGGAGAACAAAACATTCGGCGTGCTGTACCTTTGGCCCTTGGTCTCCTTT 2203
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 TGCTACAATACGGAGAACAAAACATTCGGCGTGCTGTGCCTTTGGCCCTTGGTCTCCTTT 2261
Query 2204 GTATATCCAATCCAAAGGTGACTGTAATGGACACCTTGAGCCGACTTAGCCATGACACAG 2263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2262 GTATATCCAATCCAAAGGTGACTGTAATGGACACCTTGAGCCGGCTTAGCCATGACACAG 2321
Query 2264 ATTCGGAAGTTGCCATGGCAGCAATTATATCATTGGGACTGATTGGCGCTGGAACTAATA 2323
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2322 ATTCGGAAGTTGCCATGTCAGCAATTATATCATTGGGACTGATTGGCGCTGGAACTAATA 2381
Query 2324 ACGCAAGGATAGCTGGGATGCTTCGGAACCTCTCCAGCTATTATTACAAGGACGCCAATC 2383
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||
Sbjct 2382 ACGCAAGGATAGCCGGGATGCTTCGGAACCTCTCCAGCTATTATTACAAAGACATGAGTC 2441
Query 2384 TTCTCTTCTGTGTGCGTATTGCTCAAGGGCTGGTGCACATGGGAAAGGGTCTCTTAACAC 2443
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2442 TTCTCTTCTGTGTGCGTATTGCTCAAGGGCTTGTGCACATGGGAAAGGGTCTCTTGACAC 2501
Query 2444 TCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCCAACCGCACTTGCTGGTATAGTGA 2503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2502 TCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCCAACCGCACTTGCTGGTATAGTGA 2561
Query 2504 CACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAAACCAATCATACTCGGGAAGTACCATTATGTGC 2563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2562 CACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAAACCAATCATACTCGGGAAGTACCATTATGTGC 2621
Query 2564 TGTACTTCCTCGTTTTGGCGATGCAACCAAGGATGATGTTGACAGTGGACGAAAACCTGA 2623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2622 TGTACTTCCTCGTTTTGGCGATGCAACCAAGGATGATGTTGACAGTGGATGAAAACCTGA 2681
Query 2624 AGCCATTGTCAGTGCCAGTGCGGGTAGGACAAGCAGTTGATGTGGTTGGACAAGCGGGTC 2683
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2682 AGCCACTGTCAGTGCCAGTGCGGGTAGGACAAGCAGTTGATGTGGTTGGGCAAGCGGGTC 2741
Query 2684 GGCCCAAGACCATAACCGGTTTCCAGACACACTCCACACCTGTTCTCCTGGCTGCTGGAG 2743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2742 GGCCCAAGACCATAACCGGTTTCCAGACACACTCCACACCTGTTCTCCTGGCTGCTGGAG 2801
Query 2744 AGAGAGCCGAACTAGCCACCGACAAATACATTCCTCTGTCGCCGATACTGGAAGGATTCA 2803
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2802 AGAGAGCCGAACTAGCCACGGACAAATACATTCCTCTGTCGCCAATACTAGAAGGATTCA 2861
Query 2804 TCATCTTAAAGGAGAATCCAGACTACAGAGAGGAGTGAAGAGAGAGAGCTTCTGCTTCCT 2863
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2862 TCATCTTAAAGGAGAACCCAGACTACAGAGAGGAGTGAAGAGAGAGAGCTTCTGCTTCCA 2921
Query 2864 GCTGCATTCTCAATTCTCACTAGTTTTATTATTTCGTCTATGTTTTTATGCCTTCttttt 2923
|| || | | | | |||||||||| |||||||||||| | || | | | | |
Sbjct 2922 GC--CAGT-TG--T-C--ACTAGTTTTACTATTTCGTCTAT-T----AT-C-T-CATGGT 2965
Query 2924 ttCTTTCTA-TCTCCGTTTAAGCTTTGTTTCATTATCTCGGGATCTTTGTATGACTTGAC 2982
|| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2966 TT-TT-CTACTCTCCGTTTAAGCTTTGTTTCATTATCTTGGGATCTTTGTATGACCTGAC 3023
Query 2983 GCTTATAGTTATATAAACTTTAGTATCtttttttttttttt 3023
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3024 GCTTTTAGTTATATAAACTTTAGTCTCTTTTTTTTTTTTTT 3064
Score = 139 bits (75), Expect = 1e-31
Identities = 98/109 (90%), Gaps = 2/109 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 58 AGAGTTGCAGAAGAGATTGTTT-GTTT-AATTCCTGAAATTAGAGAGTTTTCGATAGCAC 115
||||||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 80 AGAGTTGCAGAAGAGTTTTTTTTGTTTTAATTCCTGCAATCAGAGAGTTTTCGATAGCAC 139
Query 116 AAGCATAGGCTTCTCGATTCGTCTGAGTGTTCAAATTCCAAGCTCTTTA 164
||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 140 AAGCACAAGCTTCTCGATTCGTTTGAGTGTTCAAATTTCAAGCTTTTTA 188
> AT4G28470.1 | Symbols: RPN1B, ATRPN1B | 26S proteasome regulatory
subunit S2 1B | chr4:14066875-14072545 REVERSE LENGTH=3071
Length=3071
Score = 3027 bits (1639), Expect = 0.0
Identities = 2344/2689 (87%), Gaps = 30/2689 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 166 ATGGCTCCAACTCCGGATCCCAACAGTGTCGGAGGCGGTGCGAAGCAAGATGAAGCTACC 225
||||||||| ||||||||| |||||||| || || |||||||||| || ||||||||
Sbjct 189 ATGGCTCCAGTTCCGGATCCGAACAGTGTTGGCGGTGGTGCGAAGCGGGACGAAGCTACG 248
Query 226 TTGAAGGTTCCGTCTAAGGATCCCAAGAAGAAGGACGAGAAAAAAGATGAGGACT-TGTC 284
|||| |||| ||||||||| |||||||||| || || ||||| || ||||| | ||||
Sbjct 249 ACGAAGATTCCTTCTAAGGATTCCAAGAAGAAAGATGATAAAAAGGAAGAGGA-TCTGTC 307
Query 285 TGAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTTGAGAGGGTTCAGGATCC 344
||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 308 TGAAGAGGACTTGCAACTAAAGCAGAATCTGGAGCTCTATGTTGAGAGAGTTCAGGACCC 367
Query 345 TAATCCCGACTTGCAGAAGGCTGCTCTTGAAAGCATGAGGCAGGAAATCCGAG-CTTCAA 403
||||| || || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| || | | ||||
Sbjct 368 CAATCCTGAGTTACAGAAGATTGCTCTTGAAAGCATGAGGAAGGAAATTCGTGAC-TCAA 426
Query 404 CAAGCTCAATGACGTCAGTTCCCAAACCACTAAAGTTTCTCCGTCCC-CATTATGGAACT 462
||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||| ||||||||| |
Sbjct 427 CAAGCTCCATGACATCAGTTCCAAAACCCCTCAAGTTTCTCCG-CCCTCATTATGGAGTT 485
Query 463 CTTAAAGCGTTTCATG-AAACAATGGCCGATTCTGATCTC-AAGAAGTACCTGTCTGATA 520
||||||| ||||||| ||| |||||| || ||||||||| || || | || ||||||
Sbjct 486 CTTAAAGAATTTCATGCAAA-AATGGCAGAGTCTGATCTCAAAAAAAT-GTTGGCTGATA 543
Query 521 TCCTGTCTGTCCTGGCCCTTACCATGTCTGCGGAAGGTGAAAGGGAAAGCTTAAGTTTTA 580
| || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 544 TACTTTCTGTCCTGGCACTGACCATGTCTGCTGAAGGTGAAAGGGAAAGCTTAAACTATA 603
Query 581 GGTTGATTGGAACAGAGGGTGACATTGGATCGTGGGGTCACGAGTATGTCAGGAATTTAG 640
|||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 604 GGTTGAATGGATCAGAGAGTGACATCGGATCGTGGGGTCACGAGTATGTCAGGAATTTGG 663
Query 641 CTGGAGAGATTGCTCAAGAGTATACAA-AGCGTCAGAGTGAGGAGGCCTCTATTGACGAT 699
||||||||||||| |||||||||||| | |||||| |||| ||| |||||||||| ||
Sbjct 664 CTGGAGAGATTGCAAAAGAGTATACAATA-CGTCAGGGTGAAGAGTCCTCTATTGAAGAC 722
Query 700 TTAATGGAGCTTGTGCAGCAAATTGTCGCTTTTCATATGAAGCATAATGCAGAAACCGAA 759
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 723 TTAATGGATCTTGTGCAGCAAATTGTTTCTTTTCACATGAAGCATAATGCCGAAACCGAA 782
Query 760 GCTGTTGACCTTTTAATGGATGTTGAGGATCTTGATCTCTTACTTGAGCATGTAGACAAA 819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 783 GCTGTTGACCTTTTAATGGATGTTGAGGATCTTGATCTCTTACTTGAGCATGTTGACAAT 842
Query 820 ACAAATTTCAAGAGGACATGCAACTATCTCACAAGTGCAGCAAAGTACCTCCCTGGACCA 879
|||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||
Sbjct 843 ACAAATTTCAGGAGGACGTGCAACTATCTCACGAGTGCAGCAAAGTATCTTCCAGGACCA 902
Query 880 GATGACATGTTGGTTTTAGATATTTCCTACATGATTTACATGAAGTTTGAAGAATATCCA 939
||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 903 GATGACATGTTGGTTCTAGATATTGCTTACATGATCTACATTAAGTTTGCAGAATATCCA 962
Query 940 AACGCTCTGCAGATTGCACTATTTCTTGATAACACGCAGTATGTTAAACAAGTATTTACC 999
||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 963 AACGCGCTGCAAATTGCATTATTTCTTGATAACATGCAGTATGTGAAGCAAGTATTTACC 1022
Query 1000 TCATGTACGGATCTGCTGAAGAAGAAACAGTTCTGCTACATGATTGCTCGTCATGGTATA 1059
|||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1023 TCATGTACCGATCTGGTAAAAAAGAAACAGTTCTGCTACATGATTGCACGTCATGGTATG 1082
Query 1060 ACCTTTGACCTTGACGATGAGATGGTTGCAGATGATGATGACCGAGAAGCCCTACAGGAT 1119
|||||||| |||||| | |||||||||||| |||| || ||| |||||| |||||||||
Sbjct 1083 ACCTTTGAGCTTGACCAAGAGATGGTTGCAAATGACGAAGACAAAGAAGCGCTACAGGAT 1142
Query 1120 ATTGTTAACAACACTAAGTTAAGTGAAGGATATCTGACTCTTGCAAGGGATATTGAGGTC 1179
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1143 ATTGTTAACAACTCTAAGTTGAGTGAAGGATATCTGACGCTTGCTAGGGATATTGAGGTC 1202
Query 1180 ATGGAGGCCAAAACGCCTGAAGACATCTACAAGGCTCACTTGCTCGACGGCAGGGCTAGC 1239
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 1203 ATGGAGGCCAAGACGCCTGAAGACATCTACAAGGCTCACTTGCTTGATGGTAGGGCTAGC 1262
Query 1240 TCTGGTGCAAGCGCGGATTCTGCTAGACAGAATTTGGCTGCTACCTTTGTCAATGCATTT 1299
|||||| |||| | ||| || ||||| || ||| | |||| || ||||| |||||||||
Sbjct 1263 TCTGGTCCAAGTGTGGACTCAGCTAGGCAAAATCTATCTGCGACTTTTGTGAATGCATTT 1322
Query 1300 GTAAATGCTGGTTTTGGTCAGGACAAACTAATGACAGTACCTTCAGACTCGACCACCGGA 1359
||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||| |||
Sbjct 1323 GTAAATGCTGGATTCGGCCAGGACAAATTAATGACAGTACCATCTGACTCAACCAGTGGA 1382
Query 1360 TCTTCTGGAAATTGGCTCTTCAAAAATAAAGAACATGGCAAGACTAGTGCAGCTGCTAGT 1419
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||
Sbjct 1383 TCGGCTGGAAACTGGCTCTTCAAAAATAAAGAACATGGAAAGACCAGTGCAGTTGCTAGT 1442
Query 1420 CTGGGTATGATTCAACTGTGGGATGTGGACTCAGGACTTTCTCAACTCGACAAATATTTC 1479
||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1443 CTGGGTATGATTCAATTGTGGGATGTGGAGACCGGACTAGGTCATCTCGACAAATATTTC 1502
Query 1480 CATAGTAATGATAATCCTATCATTGCTGGAGCACTGCTGGGAGTTGGGATTGTAAATTGT 1539
|||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1503 CATAGTAACGATAATCCCGTCGTTGCTGGAGCTCTGCTGGGAGTTGGGATTGTTAATTGT 1562
Query 1540 GGCATTAAGAACGATTGTGATCCTGCATTGGCACTTCTTGGAGACTATATAGACAAAGAG 1599
||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||| || ||||| ||||| |||
Sbjct 1563 GGCATTAAGAATGATTGTGACCCTGCATTTGCCCTTCTTTCAGGTTATATTGACAATGAG 1622
Query 1600 GATTCATCTGTCAGAATTGGTGCTATCATGGGTCT-GGGAATTTCATACGCAGGTTCCCA 1658
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| || |||| || ||||||||
Sbjct 1623 GATTCATCTGTCCGAATTGGTGCTATTATGGGTCTCGGGA-TTGCATATGCGGGTTCCCA 1681
Query 1659 AAATGACCAGATTCGAAGCAAATTGTCCCCGATACTGAATGATGCGAAAGCGCCTCTCGA 1718
|||||| ||||| || || ||||| || ||||| |||||||| || || ||||||||
Sbjct 1682 AAATGATCAGATAAAAATCAGGTTGTCTCCAATACTAAATGATGCCAACGCACCTCTCGA 1741
Query 1719 TGTTATTGCATTTGCTTCACTTTCTTTGGGAATGATATATGTTGGTTCCTGTAACGAAGA 1778
||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1742 TGTGATTGCATTTGCTGCACTTAGTTTGGGGATGATTTATGTTGGTTCGTGTAACGAAGA 1801
Query 1779 AGTAGCACAATCTATTATATTTGCTTTGATGGATCGAAGTGAGGCAGAACTGGGAGATGC 1838
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||
Sbjct 1802 GGTTGCACAATCTATTATATTTGCTTTGATGGATCGGAGCGAGGCAGAGCTGGGTGAAGC 1861
Query 1839 CCTCACTCGATTCTTGCCACTTGGTCTTGGACTTCTATACCTGGGCAAACAGGAAAGTGT 1898
||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1862 CCTCACTCGTTTCTTGCCTCTTGGACTTGGTCTTTTGTACCTTGGCAAACAGGAAAGTGT 1921
Query 1899 AGAGGCTACAGCTGAAGTTTCAAAGACGTTCAATGAGAAGATTAGAAAGTATTGTGATAT 1958
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1922 GGAGGCTACTGCAGAAGTTTCAAAGACGTTCAATGAGAAAATCAGAAAGTATTGTGATAT 1981
Query 1959 GACACTTCTTTCTTGTGCTTATGCTGGAACTGGGAATGTCCTAAAGGTCCAAGACCTTCT 2018
|||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1982 GACACTTCTTTCATGTGCATATGCTGGAACCGGGAATGTCCTTAAGGTCCAAGACCTTCT 2041
Query 2019 TGCTCAGTGTGGCGAGCATCTTGAGAAAGGTGACATCCACCAGGGTCCAGCTGTGCTTGG 2078
||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2042 GGCTCAGTGTGGAGAGCATCTGGTGAAAGGTGATATCCACCAGGGTCCAGCTGTGATTGG 2101
Query 2079 GTTAGCAATGGTTGCTATGTCTGAAGAACTGGG-CGTTGATATGGAGATTCGTTCTTTGG 2137
||||| ||||||||||||||||| ||| |||| | | ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2102 ATTAGCTATGGTTGCTATGTCTGAGGAATTGGGTC-TGGATATGGAGATCCGTTCTTTGG 2160
Query 2138 AGCG-GATGCTACAATATGGAGAACAAAACATTCGGCGTGCTGTACCTTTGGCCCTTGGT 2196
|||| | | ||||| |||||||| || |||||||| ||||| || |||||||| ||||||
Sbjct 2161 AGCGCG-TACTACAGTATGGAGAGCAGAACATTCGACGTGCAGTGCCTTTGGCTCTTGGT 2219
Query 2197 CTCCTTTGTATATCCAATCCAAAGGTGACTGTAATGGACACCTTGAGCCGACTTAGCCAT 2256
||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||
Sbjct 2220 CTCCTATGTATATCAAACCCAAAGGTGACTGTTATGGACACTTTGAGCAGACTAAGCCAT 2279
Query 2257 GACACAGATTCGGAAGTTGCCATGGCAGCAATTATATCA-TTGGGACTGATTGGCGCTGG 2315
||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||| | |||| ||||||||
Sbjct 2280 GACACAGATTCAGAAGTTGCAATGGCAGCAATTATCTCCCTTGG-ATTGATAGGCGCTGG 2338
Query 2316 AACTAATAACGCAAGGATAGCTGGGATGCTTCGGAACCTCTCCAGCTATTATTACAAGGA 2375
||| || || |||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 AACCAACAATGCAAGGATAGCTGGCATGCTTAGAAATCTCTCCAGCTATTATTACAAGGA 2398
Query 2376 CGCCAATCTTCTCTTCTGTGTGCGTATTGCTCAAGGGCTGGTGCACATGGGAAAGGGTCT 2435
|||| ||||| ||||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2399 TGCCAGCCTTCTTTTCTGTGTGCGCATCGCTCAAGGGTTTGTGCATATGGGAAAGGGTCT 2458
Query 2436 CTTAACACTCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCCAACCGCACTTGCTGG 2495
|||||| |||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 CTTAACTCTCAATCCTTTCCACTCCGAACGGCTCTTGCTATCGCCAACCGCACTTGCTGG 2518
Query 2496 TATAGTGACACTT-TTGCATGCATGCCTTGACATGAAA-CCAATCATACTCGGGAAGTAC 2553
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||
Sbjct 2519 TATAGTGACA-TTGTTGCATGCATGCCTTGACATGAAATCCATT-ATACTGGGGAAATAT 2576
Query 2554 CATTATGTGCTGTACTTCCTCGTTTTGGCGATGCAACCAAGGATGATGTTGACAGTGGA- 2612
|| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2577 CACTATGTGCTCTACTTCCTTGTTTTGGCGATGCAGCCAAGGATGATGCTGACGGTGGAT 2636
Query 2613 CGAAAACCTGAAGCC-ATTGTCAGTGCCAGTGCGGGTAGGACAAGCAGTTGATGTGGTTG 2671
| | | ||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2637 C-AGAGCCTGAAGCCCATC-TCGGTGCCAGTGCGGGTAGGACAAGCGGTTGATGTGGTTG 2694
Query 2672 GACAAGCGGGTCGGCCCAAGACCATAACCGGTTTCCAGACACACTCCACACCTGTTCTCC 2731
|||| || || || || ||||| || || || ||||| || ||||| |||||||||||||
Sbjct 2695 GACAGGCAGGCCGACCTAAGACAATCACTGGGTTCCAAACGCACTCAACACCTGTTCTCC 2754
Query 2732 TGGCTGCTGGAGAGAGAGCCGAACTAGCCACCGACAAATACATTCC-TCTGTCGCCGATA 2790
| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || |||||||| | ||||||| |||
Sbjct 2755 TTGCTGCTGGGGAGAGAGCTGAACTCGCAACCGAGAAGTACATTCCGT-TGTCGCCCATA 2813
Query 2791 CTGGAAGGATTCATCATCTTAAAGGAGAATCCAGACTACAGAGAGGAGT 2839
| ||||| ||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2814 TTAGAAGGTTTCGTCATATTGAAGGAAAATCCAGACTACAGAGAGGAGT 2862
> AT4G08140.1 | Symbols: | BEST Arabidopsis thaliana protein match
is: 26S proteasome regulatory subunit S2 1A (TAIR:AT2G20580.1);
Has 381 Blast hits to 381 proteins in 170 species:
Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 138; Fungi - 132; Plants
- 58; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 53 (source: NCBI BLink).
| chr4:5135673-5136140 FORWARD LENGTH=255
Length=255
Score = 320 bits (173), Expect = 5e-86
Identities = 199/212 (94%), Gaps = 0/212 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 333 GGTTCAGGATCCTAATCCCGACTTGCAGAAGGCTGCTCTTGAAAGCATGAGGCAGGAAAT 392
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 3 GGTTCAGGATCCTAATCCGGACTTGCAGAAGGCTGCTCTTGAGAGTATGAGGCAGGAAAT 62
Query 393 CCGAGCTTCAACAAGCTCAATGACGTCAGTTCCCAAACCACTAAAGTTTCTCCGTCCCCA 452
|||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 63 CCGAGCTTTAACAAGTTCAATGACTTCAGTTCCCAAACCACTAAAGTTTCTGCGTCCCCA 122
Query 453 TTATGGAACTCTTAAAGCGTTTCATGAAACAATGGCCGATTCTGATCTCAAGAAGTACCT 512
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |
Sbjct 123 GTATGTAACTCTTAAAGCGTTTCATGAAACAATGGCTGATTCTAATCTCAAGAAGTACAT 182
Query 513 GTCTGATATCCTGTCTGTCCTGGCCCTTACCA 544
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 TTCTGATATCCTGTCTGTCCTGGCCCTTACCA 214
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 150300161228
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5