BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480918
Length=1873
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G20810.1 | Symbols: GAUT10, LGT4 | galacturonosyltransferase... 3092 0.0
> AT2G20810.1 | Symbols: GAUT10, LGT4 | galacturonosyltransferase
10 | chr2:8957793-8959780 FORWARD LENGTH=1915
Length=1915
Score = 3092 bits (1674), Expect = 0.0
Identities = 1813/1880 (96%), Gaps = 9/1880 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GCAGCGAAGAGAAAGAAGATGGTCGGTTGAGCTATTTTTGCTTCTCCCGACAAAATTCTC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GCAGCGAAGAGAAAGAAGATGGTCGGTTGAGCTATTTTTGCTTCTCCCGACAAAATTCTC 60
Query 61 AGATCCGAAAACTTGCACCATC-T--TTCAATTATAAGATCTGGGTTTTACACAGCGCTA 117
||||||||| |||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 AGATCCGAATACTTCCACCATCATCATTCATTTATAAGATCTGGGTTTTACACAGCTCTG 120
Query 118 CGAGTAC--TTACTATGGGGAGGAGAGGAGGAGATAGTTTCCGGAGAGCTGGACGGAGGA 175
||||||| | |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGAGTACAGTAACTATGAGAAGGAGAGGAGGGGATAGTTTCCGGAGAGCTGGACGGAGGA 180
Query 176 AGATCTCGAATGTTGTCTGGTGGGTTCTCTCTGGTATTGCCCTCTTGCTCTTCTTTCTCA 235
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 181 AGATCTCGAATGTGGTATGGTGGGTTCTCTCTGGTATTGCCCTCCTGCTCTTCTTTCTCA 240
Query 236 TTCTCTCCAAAGCTGGTCATATTGAACCTAGACCCTCTATTCCTAAGCGACGTTACCGTA 295
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTCTCTCCAAAGCTGGTCATATTGAACCTAGACCCTCTATTCCTAAGCGACGTTACCGTA 300
Query 296 ATGACAAATTCT-TAGAGGGTATGAATATGACTGAGGAAATGTTGAGTCCTACTTCTGTT 354
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 301 ATGACAAATT-TGTAGAGGGTATGAATATGACTGAGGAAATGTTGAGTCCTACTTCCGTT 359
Query 355 GCTCGTCAAGTTAATGATCAGATTGCTCTTGCTAAAGCTTTTGTTGTCATTGCTAAAGAA 414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GCTCGTCAAGTTAATGATCAGATTGCTCTTGCTAAAGCTTTTGTTGTCATTGCTAAAGAA 419
Query 415 AGTAAGAATCTTCAGTTTGCTTGGGACTTAAGTGCTCAGATCCGTAACTCTCAGCTGCTT 474
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 420 AGTAAGAATCTTCAGTTTGCTTGGGACTTAAGTGCTCAGATCCGTAACTCTCAGTTGCTT 479
Query 475 TTGTCGAGTGCTGCTACTAGGAGAAGTCCTTTGACTGTGTTGGAATCTGAGCCTACTATT 534
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 480 TTATCGAGTGCTGCTACTAGGAGAAGTCCCTTGACTGTCTTGGAATCTGAGTCTACTATT 539
Query 535 CGTGACATGGCTGTTTTGTTATACCAAGCTCAGCAGCTTCACTATGATAGTGCTACTATG 594
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CGTGACATGGCTGTTTTGTTATATCAAGCTCAGCAGCTTCACTATGATAGTGCTACTATG 599
Query 595 ATTATGAGGCTCAAGGCCTCCATTCAGGCTCTTGAAGAACAGATGAGTTCCGTTAGCGAG 654
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 600 ATTATGAGGCTTAAGGCCTCGATTCAGGCTCTTGAAGAACAAATGAGTTCCGTTAGCGAG 659
Query 655 AAGAGTTCCAAGTATGGACAGATTGCTGCTGAGGAAGTGCCTAAGAGTCTTTACTGTCTT 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AAGAGTTCCAAGTATGGACAGATTGCTGCTGAGGAAGTGCCTAAGAGTCTTTACTGTCTT 719
Query 715 GGTGTTCGTCTCACTATCGAATGGTTTCAGAACTTAGACTTACAGAGGAAC-CTTAAGGA 773
|||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 720 GGTGTTCGTCTCACTACCGAATGGTTTCAGAATTTAGACTTACAGA-GAACTCTTAAGGA 778
Query 774 AAGGAGTCGTGTTGATTCGAAACTCACGGATAACAGTCTCTACCATTTCTGTGTGTTTTC 833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 AAGGAGTCGTGTTGATTCGAAACTCACGGATAACAGTCTCTACCATTTCTGTGTGTTTTC 838
Query 834 TGATAACATTATTGCTACTTCTGTTGTGGTTAATTCCACTGCTCTCAATTCCAAGGCCCC 893
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CGATAACATTATTGCTACTTCTGTTGTGGTTAATTCTACTGCTCTCAATTCCAAGGCCCC 898
Query 894 TGAGAAAGTCGTGTTTCATCTTGTGACTAATGAGATCAACTATGCTGCAATGAAGGCTTG 953
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TGAGAAAGTTGTGTTTCATCTTGTGACTAATGAGATCAACTATGCTGCAATGAAGGCTTG 958
Query 954 GTTCGCCATTAATATGGACAACCTCAGAGGAGTCACTGTGGAGGTTCAGAAGTTCGAGGA 1013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GTTCGCCATTAATATGGACAACCTCAGAGGAGTCACTGTGGAGGTTCAGAAGTTCGAGGA 1018
Query 1014 TTTCTCATGGCTGAATGCTTCCTATGTTCCGGTCCTCAAGCAGCTGCAAGACTCTGATAC 1073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TTTCTCATGGCTGAATGCTTCCTATGTTCCGGTCCTCAAGCAGCTGCAAGACTCTGATAC 1078
Query 1074 ACAAAGCTACTATTTCTCTGGGCACAACGACGATGGGCGCACTCCAATCAAATTCAGAAA 1133
|||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1079 GCAAAGCTATTATTTCTCTGGACACAACGATGATGGGCGCACTCCAATCAAATTCAGGAA 1138
Query 1134 CCCCAAGTATCTCTCGATGCTCAACCATCTCAGGTTCTACATCCCTGAAGTGTTTCCTGC 1193
|||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CCCCAAGTATCTTTCCATGCTCAACCATCTTAGGTTCTACATCCCTGAAGTGTTTCCTGC 1198
Query 1194 GCTGAAGAAGGTAGTCTTTCTTGATGACGACGTTGTAGTTCAGAAGGATCTTTCGCCTCT 1253
|||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1199 GCTGAAGAAGGTGGTCTTTCTTGATGATGATGTTGTAGTTCAGAAGGATCTTTCATCTCT 1258
Query 1254 CTTTTCAATCGATTTAAACAAAAATGTGAACGGGGCTGTTGAGACCTGCATGGAGACATT 1313
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1259 CTTTTCGATCGATTTAAACAAAAATGTGAACGGGGCTGTTGAGACCTGCATGGAGACCTT 1318
Query 1314 CCACCGCTACCACAAGTATTTGAACTATTCTCATCCTCTCATACGCTCCCATTTTGATCC 1373
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1319 CCACCGCTACCACAAGTACTTGAACTATTCTCATCCTCTCATACGCTCCCACTTTGATCC 1378
Query 1374 AGATGCGTGTGGGTGGGCGTTCGGAATGAACGTCTTTGATTTAGTTGAATGGAGGAAGAG 1433
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1379 AGATGCGTGTGGGTGGGCGTTTGGAATGAACGTCTTTGATTTAGTTGAGTGGAGGAAGAG 1438
Query 1434 AAATGTGACCGGCATATACCACTACTGGCAAGaaaaaaaCGTGGATCGGACCTTATGGAA 1493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1439 AAATGTGACCGGCATATACCACTACTGGCAAGAAAAAAACGTGGACCGGACCTTATGGAA 1498
Query 1494 ACTTGGCACACTACCTCCAGGACTTCTGACATTTTACGGGTTAACAGAGGCACTAGAGGC 1553
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ACTGGGAACACTACCTCCAGGACTTCTGACATTTTACGGGTTAACAGAGGCACTAGAGGC 1558
Query 1554 GTCGTGGCATATCCTGGGATTGGGATACACGAATGTTGATGCTCGTGTGATAGAGAAAGG 1613
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GTCCTGGCATATCCTGGGATTGGGATACACGAATGTGGATGCTCGTGTGATAGAGAAAGG 1618
Query 1614 AGCTGTTCTTCACTTCAATGGGAACTTAAAGCCGTGGTTGAAGATCGGAATAGAGAAGTA 1673
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1619 AGCTGTTCTTCACTTCAATGGGAACTTAAAGCCATGGTTGAAGATCGGGATAGAGAAGTA 1678
Query 1674 CAAACCTTTGTGGGAGAGATACGTTGATTACAGTTCTCCTTTTATGCAACAATGCAATTT 1733
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 CAAACCTTTGTGGGAGAGATACGTTGATTACACTTCTCCTTTTATGCAACAATGCAATTT 1738
Query 1734 TCATTGATATCTTAGGGTCCATAGTTTTACTTCCACTTCTAGACAGCTATATCTTCCACA 1793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TCATTGATATCTTAGGGTCCATAGTTTTACTTCCACTTCTAGACAGCTATATCTTCCACA 1798
Query 1794 TTTGGTTACAGAGACACTTGCAAGAGTTTTGTATGCTCGAGCACCATCACTTACTGTATC 1853
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TTTGGTTACAGAGACACTTGCAAGAGTTTTGTATGCTCTAGCACCATCACTTACTGTATT 1858
Query 1854 TTGTGAATGTCATATTTAAA 1873
|||||||||| ||||| |||
Sbjct 1859 TTGTGAATGTGATATTCAAA 1878
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92720406615
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5