BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg481044
Length=2930
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G21790.1 | Symbols: R1, RNR1, CLS8, ATRNR1 | ribonucleotide ... 4542 0.0
> AT2G21790.1 | Symbols: R1, RNR1, CLS8, ATRNR1 | ribonucleotide
reductase 1 | chr2:9293270-9297842 FORWARD LENGTH=2972
Length=2972
Score = 4542 bits (2459), Expect = 0.0
Identities = 2783/2934 (95%), Gaps = 44/2934 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGCGGGAAAATCCCAAATCTTTTCCCGGGAAAGTCGATAAAAAATTTCGGCCATTAAAGG 60
||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GGCGGGAAAATCCCAAAACTTTTCCCGGGAAAGTAGATAAAAAATTTCGGCCATTAAAGG 60
Query 61 ACAAAATCACAAGAAAGTAGAAACCCTAGACATTTTGAAAACCGAAACCCCAAAAACCCC 120
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACAAAATCACAAGAAAGTAGAAACCCTAGAGATTTTG-AAACCGAAACCCCAAAAACCCC 119
Query 121 TTTGACGCCT-C--CTTCTTATCTCTTTATAAAAAACCATTTCTTTCCTGCAACATCGTT 177
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TTTGACGCCTCCTTCTTCTTATCTCTTTATAAAAAACCATTTCTTTCCTGCAACATCGTT 179
Query 178 GC--A-CAT--------CAT---CTGTTCGATAAAATTCCTCTGAGAGAG----ATTTG- 218
|| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 180 GCTTATCATCAGACGCACATCACCTGTTCGATAAAATTCCTCTGAGAGTGTTTTTTTTGT 239
Query 219 TTTCCTTCTGACAAAGAAATATGTATGTAGTGAAGCGTGACGGAAGACAGGAGACTGTTC 278
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 240 TTTCCTTCTGACAAAGAAATATGTATGTAGTGAAGCGTGACGGAAGACAGGAAACTGTTC 299
Query 279 ATTTCGATAAGATTACTGCGAGGCTTAAGAAACTTAGCTATGGGCTTAGTAGTGACCATT 338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 300 ATTTCGATAAGATTACTGCGAGGCTTAAGAAACTTAGCTATGGGCTTAGCAGTGACCATT 359
Query 339 GTGACCCTGTCCTCGTTGCTCAGAAGGTTTGTGCTGGTGTCTATAAGGGAGTCACTACGA 398
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 360 GTGACCCTGTCCTCGTTGCTCAGAAGGTCTGTGCCGGTGTCTATAAAGGAGTCACTACGA 419
Query 399 GTCAACTTGATGAATTGGCTGCTGAGACTGCTGCTGCTATGACTTGTAACCATCCTGATT 458
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GTCAACTTGATGAGTTGGCTGCTGAAACTGCTGCTGCTATGACTTGTAACCATCCTGATT 479
Query 459 ATGCATCTCTTGCTGCTAGGATTGCTGTGTCAAATCTTCACAAGAACACTAAGAAGTCAT 518
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ATGCATCTCTTGCTGCTAGGATTGCTGTGTCGAATCTCCACAAGAACACTAAGAAGTCAT 539
Query 519 TTTCTGAGACGATTAAGGATATGTTCAATCATGTCAATGATAGATCTGGACTAAAGTCTC 578
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 540 TTTCTGAGACGATTAAGGATATGTTCTATCATGTCAATGATAGATCTGGACTAAAGTCCC 599
Query 579 CTCTAATAGCTGATGATGTATTTGACATAATTATGCAGAACGCTGCTCGTTTGGACAGTG 638
| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CACTAATAGCCGATGATGTGTTTGAGATAATTATGCAGAACGCTGCTCGTTTGGACAGTG 659
Query 639 AAATCATCTATGACCGTGATTTTGAATATGATTACTTTGGATTTAAAACTCTTGAGAGAT 698
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AGATCATCTATGACCGTGATTTTGAATATGATTACTTTGGATTTAAAACTCTTGAGAGAT 719
Query 699 CGTACCTCTTGAAAGTCCAAGGGACAGTTGTTGAAAGGCCTCAGCACATGCTGATGAGGG 758
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 720 CGTACCTCTTGAAAGTCCAAGGGACTGTTGTTGAAAGGCCTCAACACATGCTGATGAGGG 779
Query 759 TTGCTGTTGGCATCCACAAGGACGATATTGATTCCGCAATCCAAACTTACCATTTGATGT 818
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 780 TTGCTGTTGGGATCCACAAGGATGATATTGATTCCGTGATCCAAACCTACCATTTGATGT 839
Query 819 CTCAGAGATGGTTCACTCATGCATCTCCTACTCTCTTCAACGCAGGAACTCCAAGGCCTC 878
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CTCAGAGATGGTTCACTCATGCATCTCCTACTCTCTTCAACGCAGGAACTCCAAGGCCTC 899
Query 879 AATTAAGCAGCTGCTTTCTAGTCTGCATGAAAGATGATAGCATTGAGGGCATTTACGAAA 938
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 900 AATTAAGTAGCTGCTTTCTAGTCTGCATGAAAGATGATAGCATTGAGGGCATATATGAAA 959
Query 939 CACTCAAAGAATGTGCTGTTATAAGCAAATCTGCCGGAGGTATCGGTGTTTCGGTTCATA 998
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||
Sbjct 960 CACTCAAAGAGTGTGCTGTTATAAGCAAATCTGCTGGGGGTATTGGTGTTTCAGTTCATA 1019
Query 999 ATATCCGTGCAACTGGAAGCTACATTCGTGGCACAAATGGAACATCTAATGGTATTGTTC 1058
|||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ATATTCGTGCTACCGGAAGTTACATTCGTGGCACAAATGGAACATCTAATGGTATTGTTC 1079
Query 1059 CAATGCTGCGTGTATTCAATGATACTGCTCGTTATGTTGACCAAGGAGGAGGCAAGAGAA 1118
| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1080 CTATGCTGCGTGTATTCAACGATACAGCTCGTTATGTTGACCAAGGAGGAGGCAAGAG-A 1138
Query 1119 AGGAGGGAGCCTTTGCTGTATACCTGGAGCCATGGCATGCTGATGTCTTTGAGTTTCTGG 1178
| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1139 A--AGGGAGCCTTTGCTGTTTACCTGGAGCCATGGCATGCTGATGTCTATGAGTTTCTGG 1196
Query 1179 AGCTGCGGAAGAACCATGGGAAGGAAGAACACAGGGCTAGAGACTTGTTCTATGCTCTCT 1238
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1197 AGCTGCGAAAGAACCATGGAAAGGAAGAACACAGGGCTAGAGATTTGTTTTATGCTCTCT 1256
Query 1239 GGGTTCCAGATCTTTTCATGGAGAGGGTCCAGAATAACGGGCAGTGGTCACTGTTTTGTC 1298
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 GGCTTCCAGATCTTTTCATGGAGAGGGTCCAGAATAATGGGCAGTGGTCACTGTTTTGTC 1316
Query 1299 CTAACGAAGCTCCAGGTTTGGCAGATTGCTGGGGAGCTGAATTTGAGACACTGTACACGA 1358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1317 CTAACGAAGCTCCAGGTTTGGCAGATTGCTGGGGAGCTGAATTTGAGACACTGTACACTA 1376
Query 1359 AGTATGAAAGAGAGGGAAAGGCCAAAAAGGTTGTCCAGGCGCAGCAGCTTTGGTATGAAA 1418
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1377 AGTATGAAAGAGAGGGAAAGGCCAAAAAGGTTGTTCAGGCGCAGCAGCTTTGGTACGAAA 1436
Query 1419 TATTGACATCCCAGGTAGAAACAGGAACACCATACATGCTTTTCAAGGATTCATGCAACA 1478
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TATTGACATCCCAGGTAGAAACAGGAACACCATACATGCTTTTCAAGGATTCATGCAACC 1496
Query 1479 GAAAAAGTAATCAGCAAAATCTGGGTACCATAAAGTCGTCCAATTTATGCACTGAAATCA 1538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1497 GAAAAAGTAATCAGCAAAATCTGGGTACCATAAAGTCGTCCAACTTATGCACTGAAATCA 1556
Query 1539 TCGAGTACACTAGTCCAACAGAAACTGCTGTGTGCAATCTTGCATCTATTGCTTTACCCA 1598
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TTGAGTACACTAGTCCAACAGAAACTGCTGTGTGCAATCTTGCATCTATTGCTTTACCCA 1616
Query 1599 GATTTGTAAGGGAGAAGGGTGTCCCATTAGACTCTCATCCATCTAAGCTCGCTGGCAGTC 1658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1617 GATTTGTAAGGGAGAAGGGTGTCCCATTAGACTCTCATCCACCTAAGCTCGCTGGCAGTC 1676
Query 1659 TGGGCTCAAAGAATCGTTACTTTGATTTTGACAAGTTAGCAGAGGTGACTGCTACTGTTA 1718
||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TGGACTCAAAGAATCGTTACTTTGATTTTGAAAAATTAGCAGAGGTGACTGCTACTGTTA 1736
Query 1719 CTATTAATCTCAATAAGATAATAGATGTGAATTACTATCCTGTGGAGACTGCAAAAACTT 1778
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CTGTTAATCTCAATAAGATAATAGATGTGAATTACTATCCTGTGGAGACTGCAAAAACTT 1796
Query 1779 CAAACATGCGACACAGACCTATTGGTATCGGTGTACAAGGTCTTGCAGATGCATTTATCC 1838
|||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1797 CAAACATGCGTCATAGACCTATTGGTATTGGTGTACAAGGCCTTGCAGATGCATTTATCC 1856
Query 1839 TCCTTGGAATGCCATTTGATTCTCCAGAGGCCCAACAACTGAATAAGGATATATTCGAAA 1898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 TCCTTGGAATGCCATTTGATTCTCCAGAGGCCCAACAACTGAATAAGGATATATTCGAAA 1916
Query 1899 CCATATACTACCATGCACTCAAAGCATCTTCAGAGCTTGCTGCAAGAGTTGGCCCCTATG 1958
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1917 CCATATACTACCATGCACTCAAAGCATCTACAGAGCTTGCTGCAAGACTTGGCCCCTATG 1976
Query 1959 AAACCTACGCAGGAAGTCCCGTGAGTAAGGGAATCCTTCAACCTGACATGTGGAATGTTA 2018
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1977 AAACCTATGCTGGAAGTCCCGTGAGTAAGGGAATCCTTCAACCTGACATGTGGAATGTAA 2036
Query 2019 TTCCATCAAACCGCTGGGACTGGGCTGTTCTTAGAGATATGATATCAAAGAATGGAGTGA 2078
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 TTCCATCAGACCGCTGGGACTGGGCTGTTCTTAGAGATATGATATCAAAGAATGGAGTGA 2096
Query 2079 GGAATTCTCTTTTGGTAGCACCTATGCCAACTGCTTCAACCAGTCAGATCCTCGGGAACA 2138
|||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2097 GGAACTCTCTTTTAGTAGCACCAATGCCAACTGCTTCAACCAGTCAAATCCTTGGGAACA 2156
Query 2139 ATGAATGTTTTGAGCCATATACATCAAACATCTACAGCCGCAGAGTCTTGAGCGGTGAAT 2198
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2157 ATGAATGTTTTGAGCCCTACACATCAAACATCTACAGCCGCAGAGTCTTGAGTGGTGAAT 2216
Query 2199 TTGTAGTGGTGAATAAGCATCTTCTCCATGACTTAACTGATATGGGACTCTGGACTCCAA 2258
| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2217 TCGTAGTGGTTAATAAGCATCTTCTCCATGACCTAACTGATATGGGACTTTGGACTCCAA 2276
Query 2259 CGCTGAAAAACAAATTAATTAATGAGAATGGTTCCATAGTAAATGTTGCGGAGATACCTG 2318
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 2277 CGCTGAAAAACAAATTAATTAATGAGAATGGTTCTATAGTTAATGTTGCTGAGATACCTG 2336
Query 2319 ATGACTTGAAGGCAATTTACAGGACTGTCTGGGAAATCAAACAGAGAACAGTGGTGGACA 2378
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 ATGACTTGAAGGCGATTTACAGAACTGTCTGGGAAATCAAACAGAGAACAGTGGTGGACA 2396
Query 2379 TGGCTGTTGATCGTGGATGCTACATAGATCAAAGCCAAAGCTTAAACATACACATGGACA 2438
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 TGGCTGCTGATCGTGGATGCTACATAGATCAAAGCCAAAGCTTAAACATACACATGGACA 2456
Query 2439 AACCCAACTTTGCAAAACTCACTTC-CTTGCACTTTTATGCTTGGACAAAGGGTCTGAAA 2497
|||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2457 AACCCAACTTCGCAAAACTCACTTCGCTA-CACTTCTATACTTGGAAAAAGGGTCTGAAA 2515
Query 2498 ACCGGAATGTACTACCTGCGATCGCGTGCTGCAGCTGATGCGATAAAGTTCACAGTTGAC 2557
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2516 ACCGGGATGTACTACCTGCGATCCCGTGCTGCAGCTGATGCGATAAAGTTCACCGTTGAC 2575
Query 2558 ACCGCCATGCTCAAGGAGAAGCCGAGTGTAGCAGAAGGAGACAAAGAAGTAGAAGAAGAG 2617
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 ACAGCCATGCTCAAGGAGAAGCCGAGTGTAGCAGAAGGAGACAAAGAAGTAGAAGAAGAG 2635
Query 2618 GATAATGAAACTAAGTTGGCCCAGATGGTATGTTCCTTGACAAACCCTGACGACTGTTTG 2677
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2636 GATAATGAAACTAAGTTGGCGCAGATGGTATGTTCCTTGACAAACCCTGAAGAGTGTTTG 2695
Query 2678 GCCTGCGGAAGTTGAAGCTCTAATTTATATAGTTTGGGTCTTAAAAAGTTAGAAAGTAAA 2737
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 GCCTGCGGAAGTTGAAGCTCTAAGTTATA--GTTTGGGTCTTAAAAAGTTAGAAAGTAAA 2753
Query 2738 AGCATGTCTCTTGGACGTTGTGTCTTTTTTATTTACTTACTTGCTTGTTGATCTGGGTGT 2797
||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 2754 AGCATGTCTCTTGGACG--GT--CTTTTTTATTTACTT----GCTT----ATCTGGGTGT 2801
Query 2798 ATTTTGTTAATAGTTTCCTAATGCTTAATGTTGCTTGAGTTTT-GTGTAATCCAAtttcg 2856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2802 ATTTTGTTAATAGTTTCCTAATGCTTAATGTTGCTTGAGTTTTTGTGTAATCCAATTTCG 2861
Query 2857 ttttttcgttttttCTTGAAACAATAAGGTTTTGTAACGAGAAT-ATGTATAAC 2909
||||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2862 TTTTTACCTTTTCTCTTGAAACAATAAGGATTTGTAACGAGAATTATGTATAAC 2915
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 145634635529
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5