BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg481093
Length=3453
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G22300.1 | Symbols: CAMTA3, SR1 | signal responsive 1 | chr2... 5546 0.0
> AT2G22300.1 | Symbols: CAMTA3, SR1 | signal responsive 1 | chr2:9471388-9476646
FORWARD LENGTH=3484
Length=3484
Score = 5546 bits (3003), Expect = 0.0
Identities = 3271/3398 (96%), Gaps = 28/3398 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 74 TTTTTGATTCCTCTGTTTCACCAAGT--A--AA--CgaagaagaagaagaagaagaaagT 127
|||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 80 TTTTTGATTCCTCTGTTTCACCAAGTAGACGAAGTAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGT 139
Query 128 TTTCACCTTTACTCTAAAAGTGTTTCACTTTTTATGTCTGCTTTG-AGTTTCTGAGATCG 186
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 140 TTTCACCTTTACTCTAAAA--GTTTCACTTTTTATGTCTGCTTTGAAG-CTCTGAGATCG 196
Query 187 GAGAAAGGAA-ATCTATGGCGGAAGCAAGAAGATTTAGCCCAGATAATGAATTAGATGTT 245
||||||| || ||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 197 GAGAAAGCAATATCTATGGCGGAAGCAAGACGATTCAGCCCAGTTCATGAATTAGATGTT 256
Query 246 GGACAAATACTCTCAGAAGCACGGCATCGATGGCTTCGTCCTCCTGAAATCTGTGAAATT 305
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 257 GGACAAATACTCTCAGAAGCACGACATCGATGGCTTCGTCCTCCTGAAATCTGTGAAATT 316
Query 306 TTACAGAATTACCAAAGATTTCAAATTTCTACTGAGCCACCTACTACACCATCAAGTGGG 365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 317 TTACAGAATTACCAAAGATTTCAAATTTCTACTGAGCCACCTACTACACCATCAAGTGGG 376
Query 366 TCTGTTTTTATGTTTGATCGAAAGGTGCTCAGATACTTCAGGAAAGACGGGCACAATTGG 425
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 377 TCTGTTTTTATGTTTGATCGAAAGGTGCTCAGATACTTCAGGAAAGACGGTCACAATTGG 436
Query 426 AGGAAGAAAAAAGATGGAAAGACTGTGAAAGAAGCTCATGAGAGGTTGAAGGCGGGAAGC 485
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 437 AGGAAGAAAAAAGATGGAAAGACTGTGAAGGAAGCTCATGAGAGGTTGAAGGCGGGAAGC 496
Query 486 GTTGATGTTCTACATTGTTACTATGCGCATGGACAAGACAATGAAAACTTTCAAAGACGC 545
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 497 GTTGATGTTCTACATTGTTACTATGCGCATGGACAGGACAATGAAAACTTTCAAAGACGC 556
Query 546 AGTTACTGGTTGCTTCAGGAAGAGCTTTCCCACATAGTTTTTGTCCATTATCTCGAAGTT 605
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 557 AGTTACTGGTTGCTTCAGGAAGAACTTTCCCACATAGTTTTTGTTCACTACCTCGAAGTT 616
Query 606 AAGGGTAGTAGAGTTTCTACATCTTATAACCGGATGCAAAGGACTGAAGACGCTGCTCGG 665
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 617 AAGGGTAGTAGAGTTTCTACTTCTTTTAACCGGATGCAAAGGACTGAAGACGCGGCTCGG 676
Query 666 TCTCCTCAAGAAACTGGGGAAGCCTTGACCAGTGAACATGATGGTTATGCTTCTTGCAGC 725
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 677 TCTCCTCAAGAAACTGGGGACGCCTTGACCAGTGAACATGATGGTTATGCTTCTTGCAGC 736
Query 726 TACAATCAAAATGATCATAGCAATCATTCACAAACTACCGACTCAGCAAGTGTCAATGGC 785
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 737 TTCAATCAAAATGATCATAGCAATCATTCACAAACTACTGACTCAGCAAGTGTCAATGGT 796
Query 786 TTTCACTCTCCAGAACTTGAAGATGCTGAATCAGCATACAATCAGCATGGAAGTTCTATA 845
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 797 TTTCACTCTCCAGAACTTGAAGATGCTGAATCAGCATACAATCAGCATGGAAGTTCCACA 856
Query 846 G-TTCACTCTCATCAAGAATTTCAGCAGCCTGCGATAGGAGGAAGCCTTACTGGGTTTGA 904
| || |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 857 GCTT-ACTCTCATCAAGAACTTCAGCAGCCTGCAACAGGAGGAAACCTTACTGGTTTTGA 915
Query 905 TCCTTACTATCAAATCTCTTTGACGCCCAGGGATAGTTATCAAAAAGAGCTTCGCACAAT 964
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 916 TCCTTACTATCAAATCTCTTTGACGCCCAGGGATAGTTATCAAAAAGAGCTTCGCACAAT 975
Query 965 CCCCGTAACTGATTCGTCAATTATGGTAGACAAATGCAAAACTATCAACAGTCCTGGAGT 1024
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 CCCCGTAACTGATTCTTCAATTATGGTAGACAAAAGCAAAACTATCAACAGTCCTGGAGT 1035
Query 1025 AACAAATGGGTTAAGAAATAGAAAATCCATTGATTCCCAAACCTGGGAAGAGATTCTGGG 1084
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036 AACAAATGGGTTAAAAAACAGAAAATCCATTGATTCCCAAACCTGGGAAGAGATTCTGGG 1095
Query 1085 AAATTGTGGTTCTGGAGTTGAAGCCTTACCTTTGCAGCCTAACAGTGAGCATGAAGTGCT 1144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1096 AAATTGTGGTTCTGGAGTTGAAGCCTTACCTTTGCAGCCTAACAGTGAGCATGAAGTGCT 1155
Query 1145 GGACCAAATACTCGAAAGCTGCTCTTTTACAATGCAAGATTTTGCCAGTCTACAAGGGTC 1204
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1156 GGACCAAATACTCGAAA---GCTCTTTTACAATGCAAGATTTTGCTAGTCTACAAGAGTC 1212
Query 1205 CATGGTCAAAAGCCAGAATCAGGAGTTAAATTCAGGACTTACATCTGATAGTACCGTGTG 1264
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1213 CATGGTCAAAAGCCAGAATCAGGAGTTAAATTCAGGACTTACATCTGATCGTACCGTGTG 1272
Query 1265 GTTCCAAGGACAAGATGTTGAGCTAAATGCTATAAGCAATCTAGCTTCAAATGAAAAAGC 1324
|||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1273 GTTCCAAGGACAAGATATGGAGCTAAATGCTATAAGCAATCTAGCTTCGAATGAAAAAGC 1332
Query 1325 TCCATATCTATCTACGATGAAACAGCATCTGTTAGACGGTGCATTGGGCGAAGAAGGTTT 1384
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1333 TCCATATCTATCTACGATGAAACAACATCTGTTACACGGTGCATTGGGCGAAGAAGGTCT 1392
Query 1385 GAAAAAGATGGACAGTTTCAACCGCTGGATGAGCAAAGAACTTGGAGATGTTGGTGTTAT 1444
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 GAAAAAGATGGACAGTTTCAATCGCTGGATGAGCAAAGAACTTGGAGATGTTGGTGTTAT 1452
Query 1445 AGCTGATGCAAACGAGTCCTTTACTCAATCAAGTTCGAGAACCTACTGGGAAGAAGTTGA 1504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1453 AGCTGATGCAAACGAGTCCTTTACTCAATCAAGTTCAAGAACCTACTGGGAAGAAGTTGA 1512
Query 1505 GAGTGAGGATGGGTCCAATGGTCACAACTCTAGGAGGGAGTTAGATGGATATGTTATGAG 1564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1513 GAGTGAGGATGGGTCCAATGGTCACAACTCTAGGAGGGACATGGATGGATATGTTATGAG 1572
Query 1565 TCCTTCCCTCTCAAAGGAACAGCTCTTTAGCATCAATGACTTCTCTCCAAGCTGGGCATA 1624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1573 TCCTTCCCTCTCAAAGGAACAGCTCTTTAGCATCAATGACTTCTCTCCAAGCTGGGCTTA 1632
Query 1625 TGTGGGTTGTGAAGTGGTGGTTTTTGTCACTGGAAAATTCTTAAAGACTCGGGAGGAGAC 1684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1633 TGTGGGTTGTGAAGTGGTGGTTTTTGTCACTGGAAAATTCTTAAAGACTCGGGAGGAGAC 1692
Query 1685 TGAAATTGGCGAGTGGTCTTGCATGTTTGGGCAAACAGAAGTTCCAGCAGATGTTATATC 1744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1693 TGAAATTGGCGAGTGGTCTTGCATGTTTGGGCAAACAGAAGTTCCAGCAGATGTTATATC 1752
Query 1745 TAATGGTATTCTCCAATGTGTTGCTCCTATGCATGAGGCTGGAAGAGTTCCGTTTTATGT 1804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1753 TAATGGTATTCTCCAATGTGTTGCTCCTATGCATGAGGCTGGAAGAGTTCCCTTTTATGT 1812
Query 1805 AACATGTTCCAACAGATTGGCATGCAGTGAAGTGCGTGAATTCGAGTATAAGGTTGCCGA 1864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1813 AACATGTTCCAACAGATTGGCATGCAGTGAAGTGCGTGAATTCGAGTATAAGGTTGCCGA 1872
Query 1865 GTCTCAAGTTTTTGATAGAGAAACAGATGATGAGTCTACTATTAACATTCTTGAGGCAAG 1924
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1873 GTCTCAAGTTTTTGATAGAGAAGCAGATGATGAGTCTACTATTGACATTCTTGAGGCAAG 1932
Query 1925 ATTTGTTAAACTGTTGTGCTCGAAATCTGAAAACT-CAAGCCCTGTTTCCGGGAATGACA 1983
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1933 ATTTGTTAAACTGTTGTGCTCGAAATCTGAAAA-TACAAGCCCTGTTTCTGGGAATGACA 1991
Query 1984 GTCATTTGTCCCAATTGAGCGAGAAGATCAGTTTACTGCTTTTCGAGAACGATGACCAGT 2043
|| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1992 GTGATTTGTCACAATTGAGCGAGAAGATTAGTTTACTACTTTTCGAGAACGATGACCAGT 2051
Query 2044 TGGATCAGATGCTCATGAATGAAATCTCCCAAGAAAATATGAAAAACAACCTTTTGCAGG 2103
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2052 TGGATCAGATGCTCATGAATGAAATCTCCCAAGAAAATATGAAAAACAACCTTTTGCAGG 2111
Query 2104 AATTTCTGAAAGAAAGCTTACACTCATGGCTTTTACAAAAGATAGCAGAAGGTGGAAAAG 2163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 AATTTCTGAAAGAAAGCTTACACTCATGGCTTTTACAAAAGATAGCAGAAGGTGGAAAAG 2171
Query 2164 GTCCAAGTGTTTTGGATGAAGGTGGCCAAGGTGTATTACATTTTGCAGCTTCTCTTGGTT 2223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2172 GTCCAAGTGTTTTGGATGAAGGTGGCCAAGGTGTATTACATTTTGCAGCTTCTCTTGGTT 2231
Query 2224 ACAACTGGGCCTTAGAACCAACAATAATCGCCGGTGTAAGCGTTGATTTCCGCGATGTAA 2283
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2232 ACAACTGGGCCTTAGAACCAACAATAATCGCTGGTGTAAGCGTTGATTTTCGCGATGTAA 2291
Query 2284 ATGGTTGGACCGCACTTCATTGGGCAGCTTTCTTTGGCAGGGAGAGGATAATTGGTTCAC 2343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 ATGGTTGGACCGCACTTCATTGGGCAGCTTTCTTTGGCAGGGAGAGGATAATTGGTTCAC 2351
Query 2344 TCATAGCTCTTGGTGCTGCTCCTGGAACATTAACTGACCCAAATCCAGATTTCCCATCAG 2403
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 TCATAGCTCTTGGTGCTGCTCCTGGAACTTTAACTGACCCAAATCCAGATTTCCCATCAG 2411
Query 2404 GAAGCACACCTTCCGATCTAGCCTATGCTAATGGTCACAAAGGAATTGCTGGTTATCTCT 2463
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2412 GAAGCACACCTTCTGATCTAGCCTATGCTAATGGTCACAAAGGAATTGCTGGTTATCTCT 2471
Query 2464 CAGAATATGCCTTAAGGGCCCATGTTTCTTTGCTCAGTCTAAATGATAACAATGCGGAAA 2523
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2472 CAGAATATGCCTTAAGAGCTCATGTTTCTTTGCTCAGTCTAAATGATAAAAATGCCGAAA 2531
Query 2524 CTGTTGAGACCGCTCCTAGCCCATCCAGCTCATCATTGACAGACTCGTTGACAGCTGTAC 2583
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 CTGTTGAGATGGCTCCTAGCCCATCCAGCTCATCATTGACAGACTCGTTGACAGCTGTAC 2591
Query 2584 GTAACGCTACACAGGCAGCAGCTCGGATTCATCAGGTTTTCAGGGCCCAGTCTTTCCAGA 2643
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2592 GTAACGCTACTCAGGCAGCAGCTCGGATTCATCAGGTTTTCAGGGCTCAGTCTTTCCAGA 2651
Query 2644 AGAAGCAACTAAAAGAATTTGGAGATAGAAAGCTTGGAATGTCGGAGGAGCGTGCTCTTT 2703
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2652 AGAAGCAACTAAAAGAATTTGGAGATAAAAAGCTTGGAATGTCGGAGGAGCGTGCTCTTT 2711
Query 2704 CAATGCTTGCTCCTAAAACACACAAATCAGGACGGGCGCATAGTGATGATTCCGTGCAAG 2763
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2712 CGATGCTTGCTCCTAAAACACACAAATCAGGAAGGGCACATAGTGATGATTCCGTGCAAG 2771
Query 2764 CCGCAGCTATCCGGATTCAGAACAAGTTCCGCGGTTACAAGGGAAGAAAAGACTATTTGA 2823
|||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2772 CCGCTGCTATTCGGATTCAGAACAAGTTCCGAGGTTACAAGGGAAGAAAAGACTATTTGA 2831
Query 2824 TTACCAGACAAAGAATCATCAAAATACAGGCTCATGTGAGAGGTTACCAGGTTAGGAAAA 2883
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2832 TTACCAGACAAAGAATCATCAAAATACAGGCTCATGTGAGAGGTTATCAGTTTAGGAAAA 2891
Query 2884 ACTACAGAAAGATAATTTGGTCAGTGGGGATATTAGAGAAGGTGATATTGCGTTGGAGAC 2943
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2892 ACTACAGAAAGATAATTTGGTCAGTGGGGGTATTAGAGAAGGTGATATTACGTTGGAGAC 2951
Query 2944 GGAAAGGAGCTGGTTTGCGCGGGTTTAAGTCAGAAGCACTTGTTGATAAGATGCAAGACG 3003
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2952 GGAAAGGAGCTGGTTTGCGCGGGTTTAAGTCAGAAGCACTTGTTGAGAAGATGCAAGACG 3011
Query 3004 GAACAGCGAAAGAAGAAGACGATGATTTTTTCAAACAAGGAAGAAAGCAAACAGAGGAAA 3063
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3012 GAACAGAGAAAGAAGAAGATGATGATTTTTTCAAACAAGGAAGAAAGCAAACAGAGGATA 3071
Query 3064 GACTACAAAAAGCTCTTGCAAGAGTGAAATCAATGGTTCAATATCCTGAAGCTAGAGATC 3123
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3072 GGCTACAAAAAGCTCTTGCAAGAGTGAAATCCATGGTTCAATATCCTGAAGCTAGAGATC 3131
Query 3124 AATACCGTAGATTGCTAAATGTTGTCAACGACATCCAAGAAAGCAAGGTCGAAAAGGCTC 3183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 3132 AATACCGTAGATTGCTAAATGTTGTCAACGACATCCAAGAAAGCAAGGTTGAAAAAGCTC 3191
Query 3184 TTGAAAATTCAGAAGCAACATGTTTTGATGATGAT------CTGATAGATATTGAAGCAT 3237
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3192 TTGAAAATTCAGAAGCAACTTGTTTTGATGATGATGATGATCTGATAGATATTGAAGCAT 3251
Query 3238 TGTTGGAAGATGATGACACATTGATGTTGCCTATGTCCTCATCTATGTGGACCAGTTAAA 3297
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3252 TGTTGGAAGATGATGACACATTGATGTTGCCTATGTCCTCATCTTTGTGGACCAGTTAAA 3311
Query 3298 CCACTCCCAAGCTTTATTGTGTGATATTGTGTCACAGTTTTATTGACTCATTAAACTTGT 3357
||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3312 TCACTCTCAAGCTTTGTTGTG--ATATTGTGTCACAGTATTATTGACTCATTAAACTTGT 3369
Query 3358 AAATTCTTATGTATTCACTCTTCTCATATTCTGTAACTGCATTCATTACTCTAATTTAAA 3417
|||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3370 AAATTCTTGTGTAATCACTCTTCTCATATACTGTAACTGCATTCATGACTCTAATTTAAA 3429
Query 3418 TGATATAT-TT-GAAAAATAAATCAAACTTATATAACC 3453
|||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 3430 TGATATATATTTGAAACATAAATCAAACTTATGTAACC 3467
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 171871946718
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5