BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg481115
Length=2805
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G22560.1 | Symbols: | Kinase interacting (KIP1-like) family... 2765 0.0
> AT2G22560.1 | Symbols: | Kinase interacting (KIP1-like) family
protein | chr2:9585883-9588838 FORWARD LENGTH=2853
Length=2853
Score = 2765 bits (1497), Expect = 0.0
Identities = 1660/1738 (96%), Gaps = 13/1738 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTACGACGATGCTGCAGA-GAGCTGCGAGTAATGCGTATTCATGGTGGTGGGCGAGTCA 59
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTACGACGATGCTGCA-ACGAGCTGCGAGTAATGCGTATTCATGGTGGTGGGCGAGTCA 59
Query 60 TATTCGAACCAAACAATCTAAATGGCTCGAACAAAACCTTCAAGATATTGAAGAGAAGGT 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TATTCGAACCAAACAATCTAAATGGCTCGAACAAAACCTTCAAGATATTGAAGAGAAGGT 119
Query 120 TCAATATGTGTTGAAGCTGTTACAAGAAGATGGAGATTCGTTTGCGAAACGTGCAGAGAT 179
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 120 TCAATATGTGTTGAAGCTATTACAAGAAGATGGAGATTCGTTTGCGAAGCGTGCAGAGAT 179
Query 180 GTATTACAAGAAGAGACCAGAGCTCATTAGCTTTGTTGAAGAATCTTACAGAGCTTATAG 239
|||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GTATTATAAGAAGAGACCAGAACTCATTAGCTTCGTTGAAGAATCTTACAGAGCTTATAG 239
Query 240 AGCTTTAGCTGAGCGTTATGATCATATTTCTACAGAGCTTCAAAATGCTAACACGACGAT 299
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 AGCTTTAGCTGAACGTTATGATCATATTTCTACAGAGCTTCAAAATGCTAACACGACGAT 299
Query 300 TGCCTCTGTTTTTCCTGACCAAGTCCCAAACTTTGCCATGGATGATGATGAT-GATGTGT 358
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| |||
Sbjct 300 CGCCTCTGTTTTTCCTGATCAAGTTCCAAACTTTGCCATGGATGATGAT-ATTGATATGT 358
Query 359 CTAGATTCGCCAAAAGATCGAATATTTCTGGTGCTAATGTCCCTAATGTTCCGAAATTGC 418
||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 359 CTAAATTTGCTAAAAGATCGAATATTTCTGGTGCTAATGTCCCTAATGTTCCCAAACTGC 418
Query 419 CTGTTAAGGATTTGAAGAGCGCGGTTAAAGTGGCTACGAAGAAGCTTCAGCCGAGGAAAT 478
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 CTGTTAAGGATTTGAAGAGTGCGGTTAGAGTGGCTACGAAGAAGCTTCAGCCGAGGAAAT 478
Query 479 CTATGAAGTACACGGGTGGTTCTACGAATGTGGTTGTTAAGAGCTCGGGTTTGAGTAAGC 538
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CTATGAAGTACACGGGTGGTTCTACGAATGTTGTTGTTAAGAGCTCGGGTTTGAGTAAGC 538
Query 539 CTGAGGCGATGGGGGAGATTGATAAGTTGCAGAAAGAGATTTTGGCCTTGCAGACGGAGA 598
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 539 CTGAGGCGATGGGGGAGATTGATAAGTTGCAGAAAGAGATTTTGGCGTTGCAGACGGAGA 598
Query 599 AGGAGTTTGTGAAGAGCTCTTACGAGATAGGTTTGTCTAAGTATTGGGAGTTTGAAAAGG 658
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 599 AGGAGTTTGTGAAGAGTTCTTATGAGATAGGTTTGTCTAAGTATTGGGAGTTTGAAAAAG 658
Query 659 GTATTAAGGAGAAACAAGAGAGGATCTGTGGTTTGCAGGATGAGTTTGGTGAGAGTGTTG 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GTATTAAGGAGAAACAAGAGAGGATCTGTGGTTTGCAGGATGAGTTTGGTGAGAGTGTTG 718
Query 719 CGATTGAAGACGATGAAGCTCGGAGATTGATGACCGAGACTGCGATAAAGTCTTGTCAGG 778
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 CGATTGAAGACGAGGAAGCTCGGAGATTGATGACCGAGACTGCGATAAAGTCTTGTCAGG 778
Query 779 AGAAGCTAGTGGAGTTGCAGGAGAAGCAAGAGAGGTCTTATGAAGAAGCTAGAGAAGAGC 838
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 AGAAGCTAGTGGAGTTGCAGGAGAAGCAAGAGAAGTCTTATGAAGAAGCTAGAGAAGAGC 838
Query 839 ATGTGAAGATTAAGGAGTCTAAAGACAAGCTAAGATCTATGGCAAGCCAGTTTTTAGGAG 898
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 839 ATGTGAAGATTAAAGAGTCTAAAGAGAAGCTAAGATCTATGGCAAGCCAGTTTCTAGGTG 898
Query 899 ACGAAAGTGTCTTTGCAAAAGACGATGGTGATGAAGTTAGAAGAACAGAAGAGTTGGAGC 958
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 899 ATGAAAGTGTCTTTGCGAAAGACGATGGTGATGAAGTTAGAAGAACAGCAGAGTTGGATC 958
Query 959 ATGAGATCAAAGAGATGTCTAGAAAGAAGAAAGAGTTGGAATCTGTAAAGGAGAAGATTA 1018
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 959 ATGAGATCAAAGAGATGTCTAGGAAGAAGAAAGAGTTGGAATCTGTTAAGGAGAAGATTA 1018
Query 1019 GAGAACATTTTGAGTCTGGTGCGAATTCATCGCTCAACGCTACAGATATGGCTGAGAAAG 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GAGAACATTTTGAGTCTGGTGCGAATTCATCGCTCAATGGGACAGATATGGCTGAGAAAG 1078
Query 1079 TCGATGAGCTTGTGAACAAAGTGATTAGCTTGGAGAGCGCGGTTTCCTCGCAGACTGCTT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TCGATGAGCTTGTGAACAAAGTGATTAGCTTGGAGAGTGCGGTTTCCTCGCAGACTGCTT 1138
Query 1139 TGATACAGAGACTAAGAAACGAGACCAACGGTCTTCAGACACAGATCAGTACTCTTGAGA 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1139 TGATACAGAGACTAAGAAACGAGACCAACGGTCTTCAGACGCAGATCAGTACTCTTGAAA 1198
Query 1199 CAGATAAGGCGTTGTTAGCAGACGACAAGAGTGATCTGAGGAACAAGCTGAGAG-AAATG 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1199 CAGATAAGGCGTTGTTAGCAGACGACAAGAGTGATCTGAGGAACAAGCTGA-AGGAAATG 1257
Query 1258 GAAGAGAAACTCAAGGCATTGCAGGATTTGGACAGAAATGTTTTGGACAAGAGTAGCAAC 1317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GAAGAGAAACTCAAGGCATTGCAGGATTTGGACAGAAATGTTTTGGACAAGAGTAGCAAT 1317
Query 1318 CTGCAGACACATTTTGATGACGCTTGTCATAACCTCGATAACCTCTCTGGTGGGAACCTG 1377
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CTGCAGACACATTTTGATGACGCTTGTCATAATCTTGATAACCTCTCTGGTGGGAACCTG 1377
Query 1378 CATGAGGTGAAGCCAGAGAGCGAGTCTGGTAACTTGGCAATGAATATGGAATCGCAGAAA 1437
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | ||| ||| ||||||||
Sbjct 1378 CATGAGGTGAAGCCAGAGAGCGAGTCTGATAACTTGGCGATTAGTATAGAACCGCAGAAA 1437
Query 1438 GATCTGGAAGGTGAGAAGAGGACTTTAGACATCAGTGAAGAGACAAAGGAACATCAAAAG 1497
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1438 GATCTGGAAGGTGAGAAGAGGACTTTAGATATCAGTGAAGAGATAAAGGAACATCAAAAG 1497
Query 1498 GAAATGGGTGAGGAGAAGAAAGAGGCACCTGAGAAGAGTGTAAAATTCGAGCAGACCCGC 1557
|||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GAAACGGGTGAGGAGAAGAAAGAAGCACCTGTGAAGAGTGTAAAATTCGAGCAGACCCGC 1557
Query 1558 AATGCTACAATAGAAGCAGAAGATATTATCTTCCCAAGTACAAATCCAGAAACTGT-TTC 1616
||||| ||||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1558 AATGCGACAATAG---CAGAAGATAGTACCATCCCAAGTACAAATCCAGACACTGTGTT- 1613
Query 1617 GGAATCTACTGAAAAAGTAGATTCTGATTTAGAGAAGCAAGGTGCATCTGATAATACAGA 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 1614 GGAATCTACTGAAAAAGTAGATTCTGATTTAGAGAAGCAAGATGCATCTGATAAGACAGA 1673
Query 1677 TTCTGTTCTTGATAATGTTTTGGAGAAGCAAGGTGCGTCTGAT-ACGACAGATTCTGT 1733
||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||| | ||||||||||||
Sbjct 1674 TTCTGTTCTTGATAATGTTTTAGAGAACCAAGCTGCATCTGATCA-GACAGATTCTGT 1730
Score = 1897 bits (1027), Expect = 0.0
Identities = 1118/1163 (96%), Gaps = 2/1163 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1644 TTTAGAGAAGCAAGGTGCATCTGATAATACAGATTCTGTTCTTGATAATGTTTTGGAGAA 1703
||||||||| |||| |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1692 TTTAGAGAACCAAGCTGCATCTGATCAGACAGATTCTGTTCTTGATTCTGTTTTGGAGAA 1751
Query 1704 GCAAGGTGCGTCTGATACGACAGATTCTGTGCCGAATAATGTTGT-AGAGAAGGAGTCTG 1762
|||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1752 GCAAGGTGAATCTGATAAGATAGATTCTGTGCCGAGTAATGTT-TCAGAGAAGGAGTCTG 1810
Query 1763 ATATCACTTTCAATAGTGAAGAACAAGAGGATCGAAAGGAGAAAGAAAGTGAACCAGATT 1822
|||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1811 ATATCAGTTTCAATGGTGAACAACAAGAGGATCAAAAGGAGAAAGAAGGTGAACCAGATT 1870
Query 1823 GGAAAGAGATGTTCATGAAGGGAATGGAAAACAGGGAAAAGCATTTGCTTACAGAGTACA 1882
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 GGAAAGAGATGTTCATGAAGGGAATGGAGAACAGGGAAAAGCATTTGCTTACAGAGTACA 1930
Query 1883 CGGCTATTCTCAGGAACTACAAGGATATGAAGAAAACTTTGGATGAAACCAAGACAAAGA 1942
| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 CAACTATTCTCAGGAACTTCAAGGATATGAAGAAAACTTTGGATGAAACCAAGACAAAGA 1990
Query 1943 TGAAGACAGAAAACGCGACAAAAGATGATGAGATCAAGCTACTAAGAGAGAAAATGAGCC 2002
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1991 TGAAGACAGAGAATGCGACAAAAGATGATGAGATCAAGCTACTAAGAGAGAAAATGAGCC 2050
Query 2003 TCCTGCAGAAGGGTCTAGGAGACAGTAATGACTTGATGGAAAACCAATTGTCAAACGACG 2062
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051 TCTTGCAGAAGGGTCTAGGAGACAGTAATGACTTGATGGAAAACCAATTGTCAAACGACG 2110
Query 2063 ACTATTCGATCGGTTTCATGGCTGCAGAAAACCAGAACATGTCCCTGGTTGAGGAACAGT 2122
|||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2111 ACTACTCCATCGGATTCATGGCTGCAGAAAACCAGAACATGTCCCTGGTTGAGGAGCAGT 2170
Query 2123 TCAGGTTGAATATTGATGAGCTTCTAGAAGAGAATTTGGATTTCTGGTTAAGGTTCAGCA 2182
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171 TCAGGCTGAATATTGATGAGCTTCTAGAAGAGAATTTGGATTTCTGGTTAAGGTTCAGCA 2230
Query 2183 CAGCATTTGGACAGATACAGAGCTACGATACTTCAATCGAAGATTTACAAGCCGAGATAT 2242
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2231 CAGCATTTGGACAGATACAGAGCTACGACACTTCAATCGAAGATCTACAAGCCGAGATAT 2290
Query 2243 CAAAGCTCGAGCAAAGAAGAAAGCAAGATGGAAGCAGCACAGCCAAATATGCCCTGAGAT 2302
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2291 CAAAGCTCGAGCAGAGAAGAAAGCAAGATGGAAGCAGCACAGCCAAATATGCCCTGAGAT 2350
Query 2303 CAGATGTTCGACCACTGTATGTACACTTAAGGGAAATAAACACAGACCTGGGGCTCTGGC 2362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2351 CAGATGTTCGACCACTGTATGTACACTTAAGGGAAATAAACACAGACCTGGGGCTCTGGC 2410
Query 2363 TGGAGAAAGGTGCTTCCTTGAAAGAGGAACTGAAATCCAGATTTGAGTCGTTGTGTAACA 2422
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2411 TGGAGAAAGGTGCTGCCTTGAAAGAGGAACTGAAATCCAGATTCGAGTCCTTGTGTAACA 2470
Query 2423 TACAGGATGAGATAACAAAAGCCCTGAAGTCAAGTGCTGAAGACGATGATTTCAGATTCA 2482
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2471 TACAGGATGAGATAACAAAAGCCCTCAAGTCAAGTGCTGAAGACGATGATTTCAGATTCA 2530
Query 2483 CGAGCTATCAAGCTGCTAAATTTCAAGGTGAGGTGTTGAACATGAAGCAGGAGAACAACA 2542
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2531 CGAGCTATCAAGCTGCTAAATTCCAAGGTGAGGTGTTGAACATGAAGCAGGAGAACAACA 2590
Query 2543 AAGTGGCAGACGAGTTACAGGCCGGGTTAGATCACATTACCACGCTTCAACTCGAGGTTG 2602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 AAGTGGCAGACGAGTTACAGGCCGGGTTAGATCACATTACCACGCTTCAACTCGAGGTTG 2650
Query 2603 ACAAGACTCTAGGAAAGCTGATAGAGGAGTTTGCTCTTTCGGGTTCAAAGAACAAATCTG 2662
| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2651 ATAAGACTCTAGGAAAGCTGATCGACGAGTTTGCTCTTTCGGGTTCAAAGAACAAATCTG 2710
Query 2663 ATCTTGATCTCCAGCATTCAGATAGCCGCTCAAGAGTACCCTTAAGGTCATTCATCTTTG 2722
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2711 ATCTTGATCTCCAGCATTCCGATAGCCGCTCAAGAGTGCCCTTAAGGTCATTCATCTTTG 2770
Query 2723 GCTCCAAACAGAAGAGAGCAAAGCCGTCCATATTCTCCTGCATGCATCCCTCACTATATA 2782
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2771 GCTCCAAACAAAAGAGAGCAAAGCCATCCATATTCTCCTGCATGCATCCCTCACTATATA 2830
Query 2783 GAAAGATGAAGACTTCTACATAG 2805
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2831 GAAAGATGAAGACTTCTACATAG 2853
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139363767654
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5