BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg481268
Length=3482
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G24120.1 | Symbols: PDE319, SCA3 | DNA/RNA polymerases super... 5751 0.0
> AT2G24120.1 | Symbols: PDE319, SCA3 | DNA/RNA polymerases superfamily
protein | chr2:10248911-10254641 REVERSE LENGTH=3540
Length=3540
Score = 5751 bits (3114), Expect = 0.0
Identities = 3381/3507 (96%), Gaps = 29/3507 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGGTTTTAGAGAGGTTTGTTGGATTGATTTGCTCACAAAATTTC--TCTCTTCTTCAAA 58
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1 GAGGTTTTAGAGAGGTTTGTTGGATTGTTTTGCTCTCAAAATTTCTTTCTCTTCTTCAAA 60
Query 59 TGTTCATTAGAAGACCAATACCTTATCTTCTACTATCTTCACCTTCCTTCCATGGCTTCC 118
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGTTCATTGGAAGACCAATACCTTATCTTCTACTATCTTCACCTTCCTTCCATGGCTTCC 120
Query 119 GCTGCGGCGGCTTCTCCTTCTCTCTCCTTAAACCAAACCTCTCACTTCCAACACCAAACT 178
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 GCTGCGGCGGCTTCTCCTTCTCTCTCCTTAAACCCAACCTCTCATTTCCAACACCAAACT 180
Query 179 TCTCTCGTCACCTGGCTTAAACCTCCTCCCTCCTCCGCCCTCTTCCGCCGCAAAACCCTT 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTCTCGTCACCTGGCTTAAACCTCCTCCCTCCTCCGCCCTCTTCCGCCGCAAAACCCTT 240
Query 239 CCTTTCTTCGAACGCCACTCACTTCCGATTTCAGcttcttcttcttc--c-tctt-ct-a 293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||
Sbjct 241 CCTTTCTTCGAACGCCACTCACTTCCGATTTCAGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCT 300
Query 294 gct-c-t--ctctcCGTTCACGAGAAACCCATTTCGAATTCGGTTCATTTCCACGGCAAT 349
|| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 301 TCTACTTCCCTCTCCGTTCACGAGAAACCCATTTCGAATTCGGTTCACTTCCACGGCAAT 360
Query 350 CTCATTGAAAGCTTCGAGAATCAGGACTCTTCATACGCTGGAACCATTAAAGGAGCAAGC 409
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTCATCGAGAGCTTCGAGAATCAGGACTCTTCATACGCTGGAACCATTAAAGGAGCAAGC 420
Query 410 TTGATTGAGGAGCTTGAGAATCCTGTCGAAAGGAATGGACTTTCTGGTCGGAGAAGACTG 469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTGATTGAGGAGCTTGAGAATCCTGTCGAAAGGAATGGACTTTCTGGTCGGAGAAGACTG 480
Query 470 TTTATGCAAGACCCACCATGGATCTCTGCTTTGTTTCTCAAGGGTTTGAGTAAAATGGTT 529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTTATGCAAGACCCACCATGGATCTCTGCTTTGTTTCTCAAGGGTTTGAGTAAAATGGTT 540
Query 530 GATCAGACTTTGAAAATTGAGCGGAAAGATATCGATAAGAGGAAATTTGATTCCTTGAGG 589
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GATCAGACTTTGAAAATCGAGCGGAAAGATATCGATAAGAGGAAATTTGATTCCTTGAGG 600
Query 590 AGACGTCAAGTGAAAGAAGAGACTGAAGCGTGGGAGAGGATGGTTGATGAGTACAGAGAT 649
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AGACGACAAGTGAAGGAAGAGACTGAAGCGTGGGAGAGGATGGTTGATGAGTACAGAGAT 660
Query 650 TTGGAGAAGGAGATGTGTGAGAAGAATCTAGCTCCGAATTTACCTTATGTGAAACATATG 709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 661 TTGGAGAAGGAGATGTGTGAGAAGAATCTAGCTCCGAATTTGCCTTATGTGAAACATATG 720
Query 710 TTCTTAGGG-TGGTTTCAGCCGTTGAAAGATGTGATTGAGAGAGAGCAGAAGTTGCAGAA 768
||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTCTT-GGGATGGTTTCAACCTTTGAAAGATGTGATTGAGAGAGAGCAGAAGTTGCAGAA 779
Query 769 GAATAAGAGTAAGAAAGTTAGAGCAGCTTATGCTCCTCATATTGAGCTTTTGCCTGCTGA 828
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GAATAAGAGCAAGAAGGTTAGAGCAGCTTATGCTCCTCATATTGAGCTTTTGCCTGCTGA 839
Query 829 TAAAATGGCGGTTATTGTGATGCATAAGATGATGGGTTTGGTTATGTCTGGGCATGAAGA 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 840 TAAAATGGCGGTTATTGTGATGCATAAGATGATGGGTTTGGTTATGTCTGGACATGAAGA 899
Query 889 TGGGTGTATCCAAGTTGTTCAAGCTGCTGTTAGTATTGGCATAGCTATCGAACAAGAGGT 948
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 900 TGGGTGTATCCAAGTTGTTCAAGCTGCTGTTAGTATTGGCATAGCTATTGAGCAGGAGGT 959
Query 949 GAGGATTCATAACTTCTTGAAGAGAACTAGGAAGAACAATGCAGGGGACTCACAAGAGGA 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GAGGATTCATAACTTCTTGAAGAGAACTAGGAAGAACAATGCAGGGGACTCACAAGAGGA 1019
Query 1009 ATTGAAAGAAAAGCAATTGCTTAGGAAACGTGTTAATAGTTTGATTCGAAGGAAAAGGAT 1068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ATTGAAAGAAAAGCAATTGCTTAGGAAACGTGTTAATAGTTTGATTCGAAGGAAAAGGAT 1079
Query 1069 TATTGATGCATTAAAAGTGGTGAAAAGTGAAGGTACTAAACCATGGGGGCGAGCTACACA 1128
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1080 TATTGACGCATTAAAAGTGGTGAAAAGTGAAGGTACCAAACCATGGGGACGAGCTACACA 1139
Query 1129 AGCTAAGCTTGGAAGCCGTCTTCTAGAACTATTGATCGAAGCAGCTTATGTACAACCTCC 1188
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1140 AGCTAAGCTTGGAAGCCGTCTGCTAGAACTATTGATCGAAGCAGCTTATGTGCAACCTCC 1199
Query 1189 CTTGACCCAGTCAGGGGACTCTATACCCGAGTTTCGACCTGCATTCAGACACAAGTTTAA 1248
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1200 CTTGACCCAGTCTGGGGACTCTATACCCGAGTTTCGACCTGCATTCAGACACAGGTTTAA 1259
Query 1249 AACTGTGACCAAATATCCAGGGTCTAAGCTGGTGAGGAGATATGGAGTTATTGAATGTGA 1308
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AACTGTGACTAAATATCCAGGGTCTAAGCTGGTGAGGAGGTATGGAGTTATTGAATGTGA 1319
Query 1309 CTCGCTCCTTCTTGCAGGACTAGATAAATCTGCTAAGCATATGTTAATTCCTTATGTTCC 1368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CTCGCTCCTTCTTGCAGGACTAGATAAATCTGCTAAGCATATGTTAATTCCTTATGTTCC 1379
Query 1369 GATGTTAGTACCACCAAAGAGATGGAAAGGATATGACAAGGGTGGTTACTTGTTTTTGCC 1428
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1380 GATGTTAGTGCCACCAAAGAGATGGAAAGGATATGACAAGGGTGGTTACTTGTTTTTACC 1439
Query 1429 TTCCTATATCATGCGTACTCATGGATCCAAAAAGCAGCAAGATGCACTTAGAGATATTAG 1488
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1440 TTCCTATATCATGCGTACTCATGGATCCAAAAAGCAGCAAGATGCACTGAAAGATATTAG 1499
Query 1489 TCACAAGACTGCTCATAGAGTATTTGAGGCATTGGATACACTTGGGAATACCAAGTGGAG 1548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TCACAAGACTGCTCATAGAGTATTTGAGGCATTGGATACACTTGGGAATACCAAGTGGAG 1559
Query 1549 GGTGAATAGGAATATACTTGATGTGGTGGAAAGGCTCTGGGCTGATGGAGGCAACATTGC 1608
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GGTGAATAGGAATATACTTGATGTGGTAGAAAGGCTCTGGGCTGATGGAGGCAACATTGC 1619
Query 1609 AGGCTTAGTTAATCGTGAAGACGTTCCCATACCAGAGAAACCATCCTCTGAGGATCCAGA 1668
||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1620 AGGCTTAGTTAATCGTGAAGATGTTCCCATACCCGAAAAACCATCCTCTGAGGATCCTGA 1679
Query 1669 AGAAATCCAATCCTGGAAATGGAGTGTTCGAAAGGCCAACAAGATTAACAGAGAGAGACA 1728
|||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1680 AGAACTCCAGTCCTGGAAATGGAGTGCTCGAAAGGCCAACAAGATTAACAGAGAGAGGCA 1739
Query 1729 TTCTCTAAGATGTGATGTTGAGCTCAAACTTTCTGTGGCTAGAAAAATGAAAGACGAGGA 1788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1740 TTCTCTAAGATGTGATGTTGAGCTCAAACTTTCTGTGGCTAGAAAAATGAAGGACGAAGA 1799
Query 1789 AGGATTCTACTACCCTCACAATCTTGACTTCAGGGGCCGTGCATACCCAATGCATCCTCA 1848
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AGGATTCTACTACCCTCACAATCTTGACTTTAGAGGCCGTGCATACCCAATGCATCCTCA 1859
Query 1849 TCTAAATCATCTGAGTTCTGATCTTTGTCGTGGAACCCTGGAGTTTGCTGAAGGACGACC 1908
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TCTGAATCATCTGAGTTCTGATCTTTGCCGTGGAACCCTGGAGTTTGCTGAAGGACGACC 1919
Query 1909 ACTTGGAAAGTCAGGCTTGCATTGGCTGAAAATACATTTAGCAAACCTCTTTGCTGGTGG 1968
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1920 ACTTGGAAAGTCAGGCTTGCATTGGCTGAAAATACATTTAGCAAACCTCTATGCAGGTGG 1979
Query 1969 TGTTGAAAAGCTCTCACATGATGCCCGTCTGGCTTTTGTGGAAAACCATTTGGATGATAT 2028
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 TGTTGAAAAGCTCTCACATGATGCCCGTCTGGCTTTCGTGGAAAACCATTTGGATGATAT 2039
Query 2029 AATGGATTCAGCTGAAAATCCTATACATGGAAAACGATGGTGGTTAAAGGCTGAAGATCC 2088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AATGGATTCAGCTGAAAATCCTATACATGGAAAACGATGGTGGTTAAAGGCTGAAGATCC 2099
Query 2089 GTTTCAGTGTTTAGCTGCATGTGTTATTCTGACACAAGCCTTGAGAAGCCCTTCACCTTA 2148
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2100 GTTTCAGTGTTTAGCTGCATGTGTTATTCTGACACAAGCCTTGAAAAGCCCTTCACCTTA 2159
Query 2149 TTCAGTAATTTCCCACTTGCCTATTCATCAGGATGGGTCGTGTAATGGTCTACAGCATTA 2208
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2160 TTCAGTAATTTCCCACTTGCCTATTCATCAGGATGGGTCGTGCAATGGTCTACAGCATTA 2219
Query 2209 TGCAGCTTTAGGAAGAGATAGTTTTGAAGCTGCGGCAGTTAATCTAGTTGCAGGAGAAAA 2268
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 TGCAGCTTTAGGAAGAGATAGTTTTGAAGCTGCGGCAGTTAATCTAGTTGCAGGAGAAAA 2279
Query 2269 ACCAGCTGATGTCTATTCCGAAATTTCACGGAGAGTCCATGAAATAATGAAGAAGGACAG 2328
||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 ACCAGCTGATGTCTACTCTGAAATTTCACGGAGAGTTCATGAAATAATGAAGAAGGACAG 2339
Query 2329 CAGTAAGGATCCTGAGTCAAACCCAACCGCCGCGTTGGCAAAGATCCTTATCACTCAAGT 2388
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 CAGTAAGGATCCTGAGTCAAACCCAACCGCCGCACTGGCAAAGATCCTTATCACTCAAGT 2399
Query 2389 CGACAGGAAGCTGGTAAAGCAGACGGTAATGACGTCAGTATATGGTGTCACTTATGTTGG 2448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2400 CGACAGGAAGCTGGTAAAGCAGACGGTAATGACGTCAGTATATGGTGTCACCTATGTAGG 2459
Query 2449 AGCGCGTGAACAAATAAAAAGAAGATTAGAAGAGAAAGGTGTTATCACTGACGAGAGAAT 2508
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 GGCTCGTGAACAAATAAAAAGAAGATTAGAAGAGAAAGGTGTTATCACTGACGAGAGAAT 2519
Query 2509 GTTATTTGCTGCTGCTTGCTATTCTGCAAAAGTGACCCTAGCTGCCCTTGGAGAGATATT 2568
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 GTTATTTGCTGCTGCTTGCTATTCTGCAAAAGTGACGCTAGCTGCCCTTGGAGAGATATT 2579
Query 2569 TGAAGCGGCTCGTGCCATTATGAGTTGGCTTGGTGATTGTGCAAAGATAATTGCTTCCGA 2628
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 TGAAGCGGCACGTGCCATTATGAGTTGGCTTGGTGATTGTGCAAAGATAATTGCTTCCGA 2639
Query 2629 TAATCATCCAGTGCGATGGATCACCCCTCTTGGACTTCCTGTTGTGCAACCCTATTGTAG 2688
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2640 TAATCATCCAGTGCGATGGATCACCCCTCTTGGGCTTCCTGTTGTGCAACCCTATTGCAG 2699
Query 2689 AAGTGAAAGACATCTGATAAGAACATCTCTTCAGGTTTTGGCTCTGCAGCGAGAGGGTAA 2748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 AAGTGAAAGACATCTGATAAGAACATCTCTTCAGGTTTTGGCTCTGCAGCGAGAGGGTAA 2759
Query 2749 CACGGTGGATGTTAGGAAACAAAGAACTGCATTTCCTCCAAATTTTGTGCACTCGCTGGA 2808
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2760 CACGGTCGATGTTAGGAAACAAAGAACTGCATTTCCTCCCAACTTTGTGCACTCGCTGGA 2819
Query 2809 CGGCACCCACATGATGATGACTGCTGTTGCATGTCGAGAGGCTGGCCTAAACTTTGCAGG 2868
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2820 CGGCACTCACATGATGATGACTGCTGTTGCATGTCGAGAGGCCGGCCTAAACTTTGCAGG 2879
Query 2869 TGTGCATGATTCCTACTGGACCCATGCATGTGACGTTGACACAATGAACAGGATACTTAG 2928
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2880 TGTGCATGACTCATACTGGACCCATGCATGTGACGTTGACACAATGAACAGAATACTTAG 2939
Query 2929 AGAGAAATTTGTTGAGCTTTACAACACACCGATCCTTGAAGATTTACTCCAAAGTTTCCA 2988
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2940 AGAGAAATTCGTTGAGCTTTACAACACACCGATCCTTGAAGATTTGCTCCAAAGTTTCCA 2999
Query 2989 AGAATCATACCCGAATCTCGTGTTTCCTCCAGTACCAAAGAGAGGAGATTTCGATTTAAA 3048
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3000 AGAATCATACCCGAATCTCGTGTTTCCTCCAGTACCAAAGAGAGGTGATTTCGATTTAAA 3059
Query 3049 AGAAGTTCTCAAATCACAGTACTTCTTCAACTGAGTCATGCACGTAGAACCAGCAAACCA 3108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||
Sbjct 3060 GGAAGTTCTCAAATCACAGTACTTCTTCAACTGAGTCATGCATGTAGCACCAGTGAACCA 3119
Query 3109 TCTGAAAAAGGAAGCAAGTTTTTGACTCAGGGATCTTCCTTGGTGGCCTGTAAATAACAT 3168
|||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3120 TCTGAAGAAGGGAGCAAGTTTTTGACGCAGGGATCTTCCTTGGTGGCCTGTAAATAACAT 3179
Query 3169 CCACCACCTCAAAC-GACATGGAAAGAACCAGAAATGTGCACGAAAGACAGACTGCTGCT 3227
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||
Sbjct 3180 CCACCACCTCAAAATGACATGGAAAGAACCAGAAATGTGCAAGAAAGACAAACTGATACT 3239
Query 3228 GCAACACACTAAGATTCTGACATAAATTATCTTGCAGCAGAAGAGGAGGAATTCAGACAA 3287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 3240 GCAACACACTAAGATTCTGACATAAATTATCTTGCAGCAGAAGAGGA--A-TTCAGACAA 3296
Query 3288 ATCTACTTAGAGCAATTTTGGCATCATTGAAGAAGTTTCTAG----GT--------CCTA 3335
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 3297 ATCTACTTAGAGAAATTTTGGCAGCATTGAAGAAGTTTCTAGCTCAGTAGGTAGGTCCTA 3356
Query 3336 GACAATCTTGAATAATTGATGTAAGGTATGAGTCATTTGCATCAAGCTTGTTTTTGGGGA 3395
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3357 GACAGTCTTGAATAATTGATGTAAGGTATGAGTCATTTGCATCAAGCTTGTTTTTGGAGA 3416
Query 3396 TGAGATTAGGATTAGAGTTTTGTTGTATCTGTCATTCGTAATGTTGTACAGAGAGAGACT 3455
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3417 TGAGATTAGGATTAGAGTTGTGTTGTATCTGTCATTCGTAATGTTGTACAGAGAGAGACT 3476
Query 3456 TCATATACAAAACAAGAACACAATAAC 3482
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3477 TCATATACAAAACAAGAACACAATAAC 3503
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 173326788065
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5