BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg481452
Length=2101
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G25970.1 | Symbols: | KH domain-containing protein | chr2:1... 3169 0.0
> AT2G25970.1 | Symbols: | KH domain-containing protein | chr2:11071651-11075669
REVERSE LENGTH=2157
Length=2157
Score = 3169 bits (1716), Expect = 0.0
Identities = 1984/2110 (94%), Gaps = 31/2110 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTCTTCCTTATCTCCGCCTCTTTCTAGGGTTTCTCTCAAATCCACAAAGCTCTTCAACC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 11 CTTCTTCCTTATCTCCGCCTCTTTCTAGGGTTTCTCTCAAAT---C--AGCTCTTCAACC 65
Query 61 ATGGCGGACGAATCTCAATACTCATCTGACACTTACTCCAACAAACGCAAATACGAAGAA 120
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 66 ATGGCGGACGAATCTCAATACTCATCGGATACTTACTCCAACAAACGCAAATACGAAGAA 125
Query 121 CAAACCGCTCCTCCTCCATCAACTCGCAGACCCACCGGTTTCTCTTCAGGTCCGATCCCA 180
| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 126 CCAACCGCTCCTCCTCCATCAACTCGCAGACCTACCGGCTTCTCTTCTGGTCCGATCCCA 185
Query 181 TCTGCTTCACCTGATCTCACCGCAACC-GCCGTTCCTCCACCGTCTTCTTACAACAGCGT 239
||||||||| ||||| |||||| ||| ||| || |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 186 TCTGCTTCAGTTGATCCCACCGC-ACCTACCGGTCTTCCACCTTCTTCTTACAACAGCGT 244
Query 240 TCCTCCTCCGATGGATGAAATCCAGATTGCTAAACAAAAAGCACAAGAAATCGCTGCTCG 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 TCCTCCTCCGATGGATGAAATCCAGATTGCTAAACAAAAAGCACAAGAAATCGCTGCTCG 304
Query 300 TCTTCTTAATAGTGCTGATGCTAAACGTCCTCGTGTTGAGAATGGTGCTTCTTATGATTA 359
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 305 TCTTCTTAATAGCGCTGATGCTAAACGTCCTCGTGTTGACAATGGTGCTTCTTATGATTA 364
Query 360 TGGTGATAATAAAGGGTTTAGCTCATATCCTTCTGAGGGTAAGCAGATGTCAGGGACGCC 419
|||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 365 TGGTGACAACAAAGGATTTAGCTCATATCCCTCTGAGGGTAAGCAGATGTCAGGGACGGT 424
Query 420 TCCGTCTTCCATACCGGTTTCGTATGGTAGCTTTCAAGGAACTACTAAGAAAATTGATAT 479
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 425 TCCGTCTTCGATACCGGTTTCGTATGGTAGCTTTCAAGGAACTACTAAGAAGATTGATAT 484
Query 480 TCCGAATATGAGAGTTGGTGTTATCATTGGTAAAGGTGGAGAGACTATTAAGTATCTTCA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 TCCGAATATGAGAGTTGGTGTTATCATTGGTAAAGGTGGAGAGACTATTAAGTATCTTCA 544
Query 540 ACTTCAGTCTGGAGCTAAGATTCAGGTTACTAGAGATATGGATGCAGACCCTAAT-GCTG 598
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 545 GCTTCAGTCTGGAGCTAAGATTCAGGTTACTAGAGATATGGATGCAGACCCTAATTG-TG 603
Query 599 CTACGAGGACTGTTGACCTAACTGGCACGCCTGACCAGATTTCCAAGGCTGAGCAGTTGA 658
|||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 604 CTACTAGGACTGTTGACCTAACTGGTACCCCTGATCAGATCTCAAAGGCTGAACAGTTGA 663
Query 659 TCACTGACGTCCTTCAAGAGGCTGAGGCAGGTAATACAGCTGGTTCAGGTGGAGG---CG 715
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 664 TCACTGACGTCCTTCAAGAGGCTGAGGCAGGCAATACAGCTGGTTCAGGTGGAGGAGGCG 723
Query 716 GCCGTAGGATGGGTGGACAAGCAGGAGCTGATCAGTTTGTTATGAAAATTCCGAATAATA 775
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 724 GCCGTAGGATGGGTGGACAAGCAGGGGCTGATCAATTTGTTATGAAAATTCCGAATAACA 783
Query 776 AGGTTGGTCTGATAATTGGTAAAGGAGGTGAGACAATCAAATCCATGCAAGCTAAGACTG 835
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 784 AGGTTGGTTTGATAATTGGTAAAGGAGGTGAAACAATCAAATCTATGCAAGCTAAGACTG 843
Query 836 GAGCTCGAATTCAGGTTATTCCTTTGCATTTGCCCCCTGGAGACCCAACGCCAGAACGAA 895
||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 844 GAGCTAGAATTCAGGTTATTCCTTTACATTTGCCCCCTGGAGACCCAACGCCAGAACGGA 903
Query 896 CTTTGCAGATTGATGGGATAACCGAGCAGATTGAACATGCTAAACAATTAGTTAATGAAA 955
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 904 CTTTGCAGATTGATGGGATAACCGAACAGATTGAACATGCTAAACAATTAGTTAATGAAA 963
Query 956 TCATCAGTGGCGAGAACCGTATGAGAAACTCAGCAATGGGCGGAGGTTATCCACAACAAG 1015
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 964 TCATCAGTGGCGAGAACCGTATGAGAAACTCAGCAATGGGTGGAGGCTATCCACAACAAG 1023
Query 1016 GTGGTTATCAAGCTCGCCCACCATCAAGCTGGGCACCACCTGGTGCTCCACCAGCACAAC 1075
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1024 GTGGTTATCAAGCCCGCCCACCCTCAAGCTGGGCACCACCTGGTGGTCCGCCAGCACAAC 1083
Query 1076 CTGGTTATGGTGGTTACATGCAACCAGGAGCATATTCAGGTCCACCTCAGTATGGTCAAT 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 CTGGTTATGGTGGTTACATGCAACCAGGAGCATATCCAGGTCCACCTCAGTATGGTCAAT 1143
Query 1136 CACCTTACGGGAGTTACCCTCAGCAAACTTCAGGTGGTTACTCCTCCACCTGGGATCAAT 1195
|||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| | || |||| |
Sbjct 1144 CACCTTACGGAAGTTACCCTCAACAAACTTCAGCTGGTTACT-----A--TG--ATCAGT 1194
Query 1196 CCTCTGTGCCACCATCCCAGCAGAGTGCGCAAGGTGAGTATGATTATTATGGTCAACAAC 1255
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1195 CCTCTGTGCCACCATCCCAGCAGAGCGCGCAAGGTGAGTATGATTATTACGGTCAGCAAC 1254
Query 1256 AGTCACAGCAACCAAGCAGTGGTGGTAGCTCAGCCCCACCAACAGATACCACAGGGTACA 1315
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 AGTCTCAGCAACCAAGCAGTGGTGGTAGCTCAGCCCCACCAACAGATACCACAGGGTACA 1314
Query 1316 ATTACTACCAGCATGCTTCTGGTTATGGCCAAGCTGGTCAGGGATACCAGCAAGATGGGT 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 ATTACTACCAGCATGCTTCTGGTTATGGCCAAGCTGGTCAGGGATACCAGCAAGATGGGT 1374
Query 1376 ATGGAGCTTACAATGCCTCTCAGCAATCAGGATATGGTCAAGCTGCTGGGTATGATCAAC 1435
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 ATGGAGCTTACAATGCCTCGCAGCAATCGGGATATGGTCAAGCTGCTGGGTATGATCAAC 1434
Query 1436 AGGGTGGTTACGGCAGCACCACTAATCCAAGTCAAGAGGAAGATACATCTCAAGCTGCTC 1495
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1435 AGGGTGGTTACGGCAGCACCACTAATCCAAGTCAAGAGGAAGATGCATCTCAAGCCGCTC 1494
Query 1496 CGCCATCGTCAGCTCAGTCTGGACAAGCTGGGTATGGTGCAACTGGTCAACAGCCGCCTG 1555
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 CACCATCGTCAGCTCAGTCTGGACAGGCTGGGTATGGTACAACTGGTCAACAGCCGCCTG 1554
Query 1556 CTCAAGGTAGTACTGGTCAGGCAGGGTATGGAGCTGCTCCAACTTCTCAGGCTGGTTACA 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 CTCAAGGTAGTACTGGTCAGGCAGGGTATGGAGCTCCTCCAACTTCTCAGGCTGGTTACA 1614
Query 1616 GCAGCCAGCCACCAGCAGCTTACAGTTCTGGGTATGGAGCACCACCACC-GTCTTCAAAG 1674
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1615 GCAGCCAGCCAGCAGCAGCTTACAATTCTGGGTATGGAGCACCACCACCTG-CTTCAAAG 1673
Query 1675 CCACCGGCTTATGGACAGAGCCAGCAGTCTCCAGGTGCTCCCGGGAGCTATGGTAGTCAG 1734
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1674 CCACCGACTTATGGCCAGAGCCAGCAGTCTCCAGGTGCTCCTGGGAGCTATGGTAGTCAG 1733
Query 1735 TCTGGGTATGCCCAACCAGCAGCGTCAGGGTATGGACAACCTCCAGCGTATGGGTATGGT 1794
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 TCTGGGTATGCCCAACCAGCAGCTTCAGGGTATGGACAACCTCCAGCGTATGGGTATGGT 1793
Query 1795 CAAGCACCACAGGCATATGGGTCTTATGGAGGATACACACAACCTGCTGCTGGTGGAGGT 1854
||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 CAAGCGCCACAGGGATATGGGTCTTATGGAGGATACACACAACCTGCTGCTGGTGGAGGT 1853
Query 1855 TACTCTTCAGACGGGTCTGCTGGAGCTGCCGCTGGTGGCGGTGGCGGTACACCGGCTTCA 1914
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1854 TACTCTTCAGACGGGTCTGCTGGAGCCACTGCTGGTGGTGGTGGTGGTACACCAGCTTCA 1913
Query 1915 CAGAGTGCTGCTCCACCTGCCGGACCACCCAAAGCATCCCCAAAAAGTTGATATGTTTAT 1974
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1914 CAGAGTGCTGCTCCACCTGCTGGACCGCCCAAAGCATCCCCGAAAAGTTGATATGTGTAT 1973
Query 1975 GGATAAATTTC-AGCTGTTATATACAATACAGGCtttcatgctctttatctttttcttga 2033
||||||||||| | |||||||| | || ||| |||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1974 GGATAAATTTCTA-CTGTTATACA-AA-ACATGCTTCCATGCTCTT-ATCTTTTTCTTGA 2029
Query 2034 ggattttttaatgtttgtctttcacattttagttctt-t-taacgttttctctttaTATT 2091
|||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||| | | | | |||||||||||
Sbjct 2030 GGATTTATCAATGTTTGTGTTTCACATTTTAGCTCTTGTCTGTCAACT-CTCTTTATATT 2088
Query 2092 AAAGATAATG 2101
||||||||||
Sbjct 2089 AAAGATAATG 2098
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104166130875
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5