BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg481584
Length=3118
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G27040.1 | Symbols: AGO4, OCP11 | Argonaute family protein |... 4924 0.0
> AT2G27040.1 | Symbols: AGO4, OCP11 | Argonaute family protein
| chr2:11536534-11542357 REVERSE LENGTH=3170
Length=3170
Score = 4924 bits (2666), Expect = 0.0
Identities = 2980/3130 (95%), Gaps = 28/3130 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TaaaaaagcaaaagagagaaattgaaaaaaaaggaaagaaaaaaaaTCCTCTCTTGTTTC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 33 TAAAAAAGCAAAAGAGAGAAATTGAAAAAAAAAGAAAGAAAAATAATCCTCTCTTGTTTC 92
Query 61 GGCTAGGGTTTCGTTTTTGTTTCATCGATAAACTCAAAGGAGATGGATTCAACAAATGGT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 93 GGCTAGGGTTTCGTTTTTGTTTCATCGATAAACTCAAAGGAGATGGATTCAACAAATGGT 152
Query 121 AACGGAGCTGATCTTGAATCAGCAAATGGAGCAAACGGGAGTGGGGTGGTTACTGATGCA 180
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| |||
Sbjct 153 AACGGAGCTGATCTTGAATCAGCAAATGGGGCAAACGGGAGT--GG-GGTTACTGAGGCA 209
Query 181 TTGCCACCTCCTCCACCAGTTATACCTCCAAATGTGGAACCAGTTCGTGTTAAAACTGAA 240
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 210 TTACCACCTCCTCCACCAGTTATACCTCCAAATGTGGAACCAGTTCGTGTTAAAACTGAA 269
Query 241 CTTGCTGAGAAGAA---G-AACTTGCGAGTTCCTATGGCTAGAAAAGGCTTTGGAACAAG 296
|||||||||||||| | | || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 270 CTTGCTGAGAAGAAGGGGCCAGTT-CGAGTTCCTATGGCTCGAAAAGGATTTGGAACAAG 328
Query 297 GGGACAAAAGATTCCATTGTTGACTAATCATTTCAAAGTCGATGTGGCTAATCTTCAGGG 356
||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 329 GGGCCAAAAGATCCCCTTGTTAACAAATCATTTCAAAGTCGATGTGGCTAATCTTCAGGG 388
Query 357 CCATTTCTTCCACTACAGTGTTGCGCTATTCTATGATGATGGTCGTCCTGTTGAAGC-AA 415
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 389 TCATTTCTTCCACTACAGTGTGGCTCTATTCTATGATGATGGTCGTCCTGTTGAA-CAAA 447
Query 416 AGGGTGTTGGAAGAAAAATCCTTGACAAGGTGCATGAGACTTACCATTCTGATCTAGATG 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 448 AGGGTGTTGGAAGAAAAATCCTTGACAAGGTGCATCAGACTTACCATTCTGATCTGGATG 507
Query 476 GTAAAGAGTTTGCTTATGATGGTGAGAAGACGCTGTTTACATATGGAGCTTTGCCTGA-T 534
||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 508 GTAAAGAGTTTGCTTATGACGGTGAGAAGACGTTGTTTACATATGGAGCTTTGCCT-AGT 566
Query 535 AACAAGATGGATTTTTCTGTGGTGCTTGAGGAAGTATCTGCTGCAAGGACTAATGGAAAC 594
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 567 AACAAGATGGATTTTTCTGTGGTGCTTGAGGAAGTATCTGCTACAAGGGCTAATGGAAAC 626
Query 595 GGAAGCCCCAATGGGAATGAAAGTCCAAGTGATGGTGATAGGAAAAGACTGCGTAGGCCT 654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 627 GGAAGCCCCAATGGGAATGAAAGTCCAAGTGATGGTGATAGGAAAAGACTGCGTAGGCCT 686
Query 655 AACCGGTCCAAAAACTTTAGAGTGGAGATCAGCTATGCGGCCAAAATTCCTCTACAAGCT 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 687 AACCGGTCCAAAAACTTTAGAGTGGAGATCAGCTATGCGGCCAAAATTCCTCTTCAAGCT 746
Query 715 CTTGCTAATGCAATGCGGGGACAAGAATCAGAGAACTCCCAGGAGGCAATACGGGTTCTT 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 747 CTTGCTAATGCAATGCGGGGACAAGAATCAGAGAATTCCCAGGAGGCAATACGGGTTCTT 806
Query 775 GATATCATATTGAGGCAACATGCTGCTAGACAAGGTTGCTTGCTTGTTCGACAGTCTTTT 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 807 GATATCATATTGAGGCAACATGCTGCTAGACAAGGTTGCTTGCTTGTTCGACAGTCTTTT 866
Query 835 TTCCACAATGATCCAAGTAACTGTGAACAAGTTGGTGGTAACATCTTAGGATGTAGGGGA 894
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 867 TTCCACAATGATCCAACCAACTGTGAACCAGTTGGTGGTAACATCTTAGGATGTAGGGGA 926
Query 895 TTTCACTCCAGTTTCAGAACAACGCAGGGTGGCATGTCACTTAATATGGATGTTACAACC 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 927 TTTCACTCCAGTTTCAGAACAACGCAGGGTGGCATGTCACTTAATATGGATGTTACAACC 986
Query 955 ACCATGATCATCAAGCCTGGTCCAGTGGTTGATTTCCTAATTGCTAACCAAAATGCGAGG 1014
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 987 ACCATGATCATCAAGCCTGGTCCAGTGGTTGATTTCCTAATTGCTAACCAAAATGCTAGG 1046
Query 1015 GATCCTTATTCGATTGACTGGTCTAAGGCTAAAAGGACCCTTAAGAACCTAAGGGTTAAA 1074
|| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1047 GACCCTTATTCGATTGACTGGTCTAAGGCTAAACGAACCCTTAAGAACCTAAGGGT-AAA 1105
Query 1075 G-TCAGCCCCTCAAACCAAGAATTCAGGATCACCGGATTGAGTGACAAGCCTTGCAGGGA 1133
| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 GGTCAGCCCCTCAGGCCAAGAATTCAAGATAACCGGATTGAGTGACAAGCCTTGCAGGGA 1165
Query 1134 ACAAACGTTTGAATTGAAGAAAAGGAACCCAAATGAAAATGGAGAGTTCGAAACTACTGA 1193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 ACAAACGTTTGAATTGAAGAAAAGGAACCCAAATGAAAATGGAGAGTTCGAAACTACTGA 1225
Query 1194 AGTGACAGTTGCTGACTACTTCCGTGAAACAAGGCATATTGATTTGCAATATTCTGCGGA 1253
||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226 AGTTACAGTTGCTGACTACTTCCGCGATACAAGGCATATTGATTTGCAATATTCTGCGGA 1285
Query 1254 TCTT-CCGTGCATCAATGTTGGGAAGCCAAAGCGACCCACTTACATTCCTCTTGAGCTCT 1312
| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1286 T-TTGCCTTGCATCAATGTTGGGAAGCCAAAGCGACCCACTTACATTCCTCTCGAGCTCT 1344
Query 1313 GCGCCTTGATTCCACTTCAGAGGTACACAAAAGCGCTTAACACATTCCAAAGATCTGCCC 1372
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1345 GCGCGTTGGTTCCACTTCAGAGGTACACAAAAGCACTTACCACGTTCCAAAGATCTGCCC 1404
Query 1373 TTGTTGAGAAATCCAGACAGAAACCCCAAGAGAGGATGACTGTTCTGTCCAAAGCTCTTA 1432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1405 TTGTTGAGAAATCCAGACAGAAACCCCAAGAGAGGATGACTGTTCTGTCCAAAGCTCTGA 1464
Query 1433 AAGTTAGCAACTATGATGCTGAACCACTCCTGCGTTCCTGTGGCATTTCGATCAGCTCCA 1492
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 AAGTTAGCAACTATGATGCGGAACCACTCCTGCGATCCTGTGGCATTTCGATCAGCTCCA 1524
Query 1493 ACTTTACTCAGGTGGAGGGTCGTGTTCTACCAGCTCCCAAGCTGAAAATGGGATGTGGAT 1552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 ACTTTACTCAGGTGGAGGGTCGTGTTCTACCAGCTCCCAAGCTGAAAATGGGATGTGGAT 1584
Query 1553 CTGAAACCTTTCCCAGAAATGGTCGCTGGAATTTCAACAACAAGCAATTTGTTGAGCCCA 1612
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1585 CTGAAACCTTTCCCAGAAATGGTCGCTGGAACTTCAACAACAAGGAATTTGTTGAGCCCA 1644
Query 1613 CCAAAATTGAACGATGGGTTGTTGTCAATTTCTCCGCTCGCTGTAATGTACGCCAAGTTG 1672
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1645 CCAAAATTCAACGATGGGTTGTTGTCAATTTCTCTGCTCGCTGTAATGTACGTCAAGTTG 1704
Query 1673 TTGATGATCTGATCAAAATTGGGGGATCAAAAGGAATTGAAATTGCTCCTCCCTTTCAAG 1732
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1705 TTGATGATCTGATAAAAATTGGAGGATCAAAAGGAATTGAAATTGCTTCTCCCTTTCAAG 1764
Query 1733 TGTTTGAGGAGGGTAATCAATTCCGCCGCGCTCCTCCTATGAATCGTGTTGAGAACATGT 1792
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1765 TGTTTGAGGAGGGTAATCAATTCCGCCGTGCTCCTCCTATGATTCGTGTTGAGAACATGT 1824
Query 1793 TTAAGGACATCCAGTCTAAACTCCCTGGTGTCCCACAATTCATACTATGTGTGCTCCCAG 1852
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1825 TTAAGGACATCCAATCGAAACTCCCTGGTGTCCCACAATTCATACTATGTGTGCTCCCTG 1884
Query 1853 AGAAAAAGAACTGTGATCTCTACGGGCCCTGGAAGAAGAAAAACTTAACTGAATTCGGCA 1912
| ||||||||| |||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1885 ACAAAAAGAACAGTGATCTCTATGGTCCATGGAAGAAAAAAAACTTAACTGAATTTGGCA 1944
Query 1913 TTGTTACTCAATGCATGGCCCCGACGCGGCAACCTAATGATCAGTATCTTACAAACTTAC 1972
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1945 TTGTTACTCAATGCATGGCTCCAACGCGGCAACCTAATGATCAGTATCTTACTAACTTAC 2004
Query 1973 TTTTGAAGATTAATGCAAAGCTTGGAGGCCTGAACTCAATGTTAAGTGTAGAGCGTACAC 2032
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2005 TTCTGAAGATTAATGCAAAGCTTGGAGGCCTGAACTCAATGTTAAGTGTAGAGCGTACAC 2064
Query 2033 CTGCCTTCACTGTGATTTCCAAGGTTCCAACCATTATCCTTGGGATGGATGTTTCACATG 2092
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2065 CTGCGTTCACTGTGATTTCTAAGGTTCCAACCATTATCCTTGGGATGGATGTTTCACATG 2124
Query 2093 GATCTCCTGGACAGTCTGATGTCCCGTCCATTGCTGCTGTGGTGAGTTCGAGGGAGTGGC 2152
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2125 GATCTCCTGGACAGTCTGATGTCCCGTCCATCGCTGCTGTGGTGAGTTCTAGGGAGTGGC 2184
Query 2153 CACTAATCTCCAAATATAGAGCATCTGTTCGGACACAGCCTTCTAAGGCTGAGATGATTG 2212
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 CACTGATATCCAAATATAGAGCATCTGTTCGGACACAGCCTTCTAAGGCTGAGATGATTG 2244
Query 2213 AGTCCCTTTTCAAGAAAAATGGAACTGAAGACGATGGCATCATCAAGGAGTTGCTGGTTG 2272
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2245 AGTCCCTTGTCAAGAAAAATGGAACTGAAGACGATGGCATTATCAAGGAGTTGCTGGTAG 2304
Query 2273 ATTTCTACACCAGCTCGAATAAGAGAAAGCCAGAGCATATCATAATTTTCAGGGATGGTG 2332
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2305 ATTTCTACACCAGCTCGAATAAGAGAAAACCAGAGCATATCATAATTTTCAGGGATGGTG 2364
Query 2333 TGAGTGAATCTCAATTCAATCAGGTTCTGAATATCGAACTCGATCAGATCATCGAGGCTT 2392
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2365 TGAGTGAATCTCAATTCAATCAGGTTCTGAATATTGAACTTGATCAGATCATCGAGGCTT 2424
Query 2393 GCAAGCTCCTT-GATGCGAATTGGAATCCGAAA-TTCCTCTTGTTGGTGGCTCAAAAGAA 2450
|||||||| || || || |||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2425 GCAAGCTC-TTAGACGCAAATTGGAACCC-AAAGTTCCTTTTGTTGGTGGCTCAAAAGAA 2482
Query 2451 TCATCATACAAAGTTCTTCCAGACATCGTCTCCTGATAATGTTCCCCCAGGGACAATCAT 2510
||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2483 TCATCATACCAAGTTCTTCCAGCCAACGTCTCCTGAAAATGTTCCTCCAGGGACAATCAT 2542
Query 2511 TGACAACAAAATATGTCACCCAAAGAACAATGATTTCTACCTCTGTGCGCACGCTGGAAT 2570
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2543 TGACAACAAAATATGTCACCCAAAGAACAATGATTTCTACCTCTGTGCTCACGCTGGAAT 2602
Query 2571 GATTGGAACTACCCGTCCAACTCACTACCATGTCCTGTATGATGAGATTGGTTTTTCACC 2630
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2603 GATTGGAACTACCCGCCCAACTCACTACCACGTCCTGTATGATGAGATTGGTTTTTCAGC 2662
Query 2631 TGATGAACTTCAGGAACTTGTCCACTCGCTCTCCTATGTGTACCAAAGAAGCACCAGTGC 2690
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663 TGACGAACTTCAGGAACTTGTCCACTCGCTCTCCTATGTGTACCAAAGAAGCACCAGTGC 2722
Query 2691 CATTTCTGTTGTTGCGCCGATCTGCTATGCTCACTTAGCAGCTGCTCAGCTTGGGACGTT 2750
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2723 CATTTCTGTTGTTGCGCCGATCTGCTATGCTCACTTGGCAGCTGCTCAGCTTGGGACGTT 2782
Query 2751 CATGAAGTTTGAAGATCAGTCGGAGACATCATCAAGCCATGGTGGCATTACAGCTCCTGG 2810
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||
Sbjct 2783 CATGAAGTTTGAAGATCAGTCTGAGACATCATCAAGCCATGGTGGTATCACAGCTCCAGG 2842
Query 2811 ACCAATCTCTGTTGCACAGCTCCCAAAACTCAAAGACAACGTCGCCAACTCCATGTTCTT 2870
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2843 ACCAATCTCTGTTGCACAGCTCCCAAGACTCAAAGACAACGTCGCCAACTCCATGTTCTT 2902
Query 2871 CTGTTAAATGAGCAGTCATACTTGGCTCAGTAAGTA-GTAGTAGTTAAATCGGCTTTCTG 2929
||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||
Sbjct 2903 CTGTTAAATGAGCAGCCCTACTTGGCTCAGTAAGTAAGTAGTAGTTCAATAGGCTATCTG 2962
Query 2930 ACTTTTATCTTAGGATCTCTCTCGGCTTTTAAGCGTTTAAGGCATCAAACACTAAGGCTT 2989
||||| | |||||||||||||||||| || |||| | |||||| | |||||||||||
Sbjct 2963 ACTTTCAGCTTAGGATCTCTCTCGGCCTTGAAGCC---A-GGCATCGA-CACTAAGGCTT 3017
Query 2990 GGTATGTTTTTTGTGACTATTATCGCCAGCCTTGTTTGCCTGTTGGGGTTTGAATATGCT 3049
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3018 GGAATGTTTTTTGTGACTATTATCGCCAGCCTTGTTTGCCTGTTGGGGTTTGAATATGCT 3077
Query 3050 TTTG-CCCCTTTTAACTATTCGGTTGTTTGGTTAAAGACTTATTGTAGTGAATATCTAAG 3108
|||| |||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3078 TTTGTCCCCCTT-AACAATTCGGTTGTTTAATTAAAGACTTATTGTAGTGAATATCTAAG 3136
Query 3109 TTCTGGAAGT 3118
||| ||||||
Sbjct 3137 TTCAGGAAGT 3146
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 155066020813
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5