BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg481876
Length=2244
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G29630.2 | Symbols: THIC | thiaminC | chr2:12667034-12670311... 3594 0.0
> AT2G29630.2 | Symbols: THIC | thiaminC | chr2:12667034-12670311
FORWARD LENGTH=2435
Length=2435
Score = 3594 bits (1946), Expect = 0.0
Identities = 2131/2221 (96%), Gaps = 9/2221 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 26 TTC-TCGACCAGATCAGATTCACAGCTTCCTCTTCCAGCTATGGCTGCTTCAGTACACAG 84
||| || || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 53 TTCGTCTACTAGATCAGATCCAAAGCTTCCTCTTCCAGCTATGGCTGCTTCAGTACACTG 112
Query 85 TACCTTGATGTCCGTCGTATGCAACAACAA-ATCTCACTCTGCTTGGCCTAAACTTCCAA 143
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 113 TACCTTGATGTCCGTCGTATGCAACAACAAGA-ATCACTCTGCTCGGCCGAAACTTCCAA 171
Query 144 ACTCGTCTTTGTTACCTGGATTCGATCTTGTTGTTCAAGCTGCTGCTGCTACTCGATTCA 203
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 172 ACTCGTCTTTGTTACCTGGATTCGATGTTGTTGTTCAA---GCTGCTGCTACTCGATTCA 228
Query 204 AGAAGGAAACAACAACCACACGAGCCACTTTGACCTTTGATCCACCAACCACTAATTCTG 263
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 229 AGAAGGAAACAACAACCACAAGAGCCACTTTGACGTTTGATCCACCAACCACTAATTCTG 288
Query 264 AGAGAGCTAAGCAGAGAAAACACACCATTGATCCTTCTTCTCCTGATTTTCAACCAATCC 323
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 289 AGAGAGCTAAGCAGAGAAAACACACCATTGATCCTTCTTCTCCTGATTTTCAACCAATTC 348
Query 324 CATCTTTTGAAGAATGTTTTCCTAAGAGCACTAAAGAACACAAGGAAGTTGTTCATGAAG 383
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 349 CATCTTTTGAAGAATGCTTTCCTAAGAGCACTAAAGAACACAAGGAAGTTGTCCATGAAG 408
Query 384 AATCTGGTCATGTTCTTAAAGTTCCTTTTCGCCGTGTTCATTTGTCTGGTGGTGAGCCAG 443
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 409 AATCTGGTCATGTTCTTAAAGTTCCCTTTCGTCGTGTTCATTTGTCTGGTGGTGAGCCAG 468
Query 444 CTTTTGATAATTATGACACTAGTGGTCCTCAAAATGTTAATGCACACATTGGGCTTCCTA 503
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 469 CTTTTGATAATTATGACACTAGTGGTCCTCAAAATGTTAATGCACACATTGGGCTTGCTA 528
Query 504 AGCTAAGGAAGGAGTGGATTGATCGCCGAGAGAAGCTAGGAACACCGAGATACACTCAAA 563
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 529 AGCTAAGGAAGGAGTGGATTGATCGTCGGGAGAAGCTAGGAACACCAAGATACACTCAAA 588
Query 564 TGTACTACGCTAAGCAAGGGATCATAACTGAGGAAATGCTCTACTGTGCTACGAGAGAGA 623
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 589 TGTACTACGCTAAGCAAGGGATCATAACTGAGGAAATGCTCTACTGTGCTACTAGGGAGA 648
Query 624 AACTCGACCCTGAGTTTGTAAGATCAGAAGTTGCACGAGGGCGGGCGATTATCCCTTCCA 683
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 649 AGCTAGACCCTGAGTTTGTAAGATCAGAAGTTGCACGAGGACGGGCGATTATCCCTTCCA 708
Query 684 ACAAGAAACATTTGGAGCTGGAACCGATGATTGTTGGTAGAAAGTTCTTGGTTAAGGTCA 743
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 709 ACAAGAAGCATTTGGAGCTGGAACCGATGATTGTTGGTAGAAAGTTCTTGGTCAAGGTCA 768
Query 744 ATGCGAATATAGGAAACTCTGCTGTTGCAAGTTCTATTGAAGAGGAAGTCTACAAGGTTC 803
|||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 769 ATGCGAATATCGGAAACTCTGCTGTTGCCAGCTCTATTGAAGAGGAAGTCTACAAGGTTC 828
Query 804 AGTGGGCAACCATGTGGGGAGCTGATACAATCATGGATCTCTCAACTGGTCGTCATATCC 863
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 829 AGTGGGCAACCATGTGGGGAGCTGATACAATCATGGATCTCTCAACTGGTCGTCACATCC 888
Query 864 ACGAGACACGCGAGTGGATCCTAAGGAATTCTGCTGTGCCTGTTGGTACAGTGCCTATTT 923
| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 889 ATGAGACACGTGAGTGGATCCTAAGGAATTCAGCTGTGCCTGTTGGTACGGTGCCTATTT 948
Query 924 ATCAAGCACTTGAGAAAGTGGATGGAATTGCTGAGAATCTTAGCTGGGAAGTCTTCAGGG 983
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |
Sbjct 949 ATCAAGCACTTGAGAAAGTGGATGGAATTGCTGAGAATCTTAACTGGGAGGTTTTCAGAG 1008
Query 984 AGACTCTGATTGAACAAGCTGAGCAAGGTGTAGACTATTTCACAATCCATGCTGGAGTTT 1043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 AGACTCTGATTGAACAAGCTGAGCAAGGTGTAGACTATTTCACAATCCATGCTGGAGTTT 1068
Query 1044 TGCTGCGTTACATTCCCTTAACAGCCAAGCGTATGACCGGGATCGTTTCGCGTGGAGGAT 1103
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 TGCTGCGTTACATTCCCTTAACTGCCAAGCGTTTGACCGGGATCGTTTCGCGTGGAGGAT 1128
Query 1104 CCATTCATGCTAAATGGTGCTTAGCTTACCACAAGGAGAACTTTGCTTACGAGCACTGGG 1163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 CCATTCATGCTAAATGGTGCTTAGCTTACCACAAGGAGAACTTTGCTTACGAGCACTGGG 1188
Query 1164 ATGACATTCTAGACATCTGTAACCAGTATGATGTGGCTCTTTCCATTGGAGATGGTCTGA 1223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 ATGACATTCTAGACATCTGTAACCAGTATGATGTGGCTCTTTCCATTGGAGATGGTCTGA 1248
Query 1224 GACCTGGCTCGATTTATGATGCTAATGACACTGCTCAGTTTGCGGAGCTCCTTACTCAAG 1283
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1249 GACCTGGCTCCATTTATGATGCTAACGACACTGCTCAGTTTGCAGAGCTCCTTACTCAAG 1308
Query 1284 GTGAACTAACTCGCCGAGCATGGGAGAAAGATGTGCAGGTGATGAATGAAGGGCCAGGAC 1343
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1309 GTGAACTAACTCGCCGAGCGTGGGAAAAAGATGTGCAGGTGATGAATGAAGGGCCAGGGC 1368
Query 1344 ATGTCCCAATGCACAAGATTCCAGAGAATATGCAGAAGCAGTTGGAATGGTGTAACGAGG 1403
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1369 ATGTCCCAATGCACAAGATTCCAGAGAATATGCAGAAGCAGTTGGAGTGGTGTAACGAGG 1428
Query 1404 CACCATTCTACACTCTTGGGCCTTTGACTACTGATATTGCCCCTGGATATGATCACATTA 1463
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 CACCATTCTACACCCTTGGTCCTTTGACTACTGATATTGCCCCTGGATATGATCACATTA 1488
Query 1464 CCTCTGCCATTGGAGCTGCCAATATTGGAGCTTTAGGCACAGCTCTTCTTTGCTATGTAA 1523
||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489 CCTCTGCCATTGGAGCTGCCAATATTGGAGCCTTGGGTACAGCTCTTCTTTGCTATGTAA 1548
Query 1524 CACCGAAAGAACACCTCGGGCTACCAAACAGGGACGATGTGAAGGCTGGGGTTATAGCAT 1583
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1549 CACCAAAAGAACACCTTGGGCTACCAAACAGGGACGATGTGAAGGCCGGGGTTATAGCAT 1608
Query 1584 ACAAGATCGCCGCTCATGCAGCTGATCTAGCCAAACAGCATCCACATGCCCAGGCATGGG 1643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1609 ACAAGATCGCCGCTCATGCAGCTGATCTAGCCAAACAGCATCCACATGCTCAGGCATGGG 1668
Query 1644 ATGATGCGCTTAGCAAAGCGCGATTTGAGTTTAGATGGATGGACCAGTTTGCTCTGTCTT 1703
| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1669 ACGATGCGCTGAGCAAAGCGCGGTTTGAGTTTAGATGGATGGACCAATTTGCTCTGTCGT 1728
Query 1704 TGGACCCCATGACTGCTATGTCTTTCCATGATGAAACTCTTCCAGCTGATGGAGCCAAGG 1763
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 TGGACCCCATGACTGCTATGTCTTTCCATGATGAAACTCTTCCAGCTGATGGAGCCAAGG 1788
Query 1764 TTGCACACTTTTGCTCCATGTGTGGACCAAAATTCTGCTCTATGAAGATAACAGAAGACA 1823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 TTGCACACTTTTGCTCCATGTGTGGACCAAAATTCTGCTCTATGAAGATAACAGAAGACA 1848
Query 1824 TCCGAAAGTATGCAGAGGAGAATGGTTATGGCAGTGCTGAAGAAGCCATCAGACAAGGAA 1883
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1849 TCCGAAAGTATGCAGAGGAGAATGGTTATGGCAGTGCTGAAGAAGCAATCAGACAAGGAA 1908
Query 1884 TGGATGCTATGAGTGAAGAGTTCAACATTGCCAAGAAAACCATTAGCGGAGAACAGCACG 1943
||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 TGGATGCTATGAGTGAAGAATTCAACATCGCAAAGAAAACCATTAGCGGAGAACAGCACG 1968
Query 1944 GTGAAGTAGGCGGAGAAATCTATTTGCCAGAGAGCTATGTCAAGGCTGCTCAGAAATAAA 2003
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1969 GTGAAGTAGGTGGAGAAATATATTTGCCAGAGAGCTATGTCAAAGCTGCTCAGAAATAAA 2028
Query 2004 AGGCAAAGGGTTTAAACAAGATCTCGCTTACCCAAGTCTTGGTGCCTGTTGGACTATACC 2063
||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2029 AGGCAAATGTTTTAAACAAGACCTTGCTTACCCAAGTCTTGGTGCCTGTTGGACTATACC 2088
Query 2064 TCGATAAAGGCACAAACTGTCGGGGTGCTTGAACCAGGCTAGCCCGCTAAAAGGCGGGTT 2123
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |
Sbjct 2089 TGGATAAAGGCACAAACTGTTGGGGTGCTTGAACCAGGATAGCCTGCGAAAAGGCGGGCT 2148
Query 2124 ATCCGGGACCAGGCTGAGAAAGTCCCTTTGAACCTGAACAGGGTAATGCCTGCGCAGGGA 2183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 ATCCGGGACCAGGCTGAGAAAGTCCCTTTGAACCTGAACAGGGTAATGCCTGCGCAGGGA 2208
Query 2184 GTGTGCAGttttttttttCCTGTTCTGTAGCTTTCTAAAGGAGAAGAAGCTACGGTTGCC 2243
|||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2209 GTGTGCAGTTTTTTTTTT--T-TCCTGTAGCTTTCTAAAGGAGAAGAAGCTACTGTTGCC 2265
Query 2244 G 2244
|
Sbjct 2266 G 2266
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111344808810
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5