BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg482032
Length=2257
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G31060.3 | Symbols: | elongation factor family protein | ch... 3554 0.0
> AT2G31060.3 | Symbols: | elongation factor family protein |
chr2:13213100-13218724 REVERSE LENGTH=2592
Length=2592
Score = 3554 bits (1924), Expect = 0.0
Identities = 2174/2289 (95%), Gaps = 39/2289 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGATCTAAAACCCTATCAGAGACCATTTTCGCGTGAACAAAGATGGCGGGGCCTCTGCTT 60
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 140 AGATCTAAAACCCTATCAGAGACCA-TTTCGCGTGAACAAAGATGGCGGGGCCTTTGCTT 198
Query 61 CGATCTCTTTGGTCAAACACCACTCGAAGATCCTTCTCTTCTCAATCATCACCTTCCAAA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 199 CGATCTCTTTGGTCAAACACCACTCGAAGATCCTTCTCTTCTCATTCATCACCTTCCAAA 258
Query 121 TTCGGACACTCGCTCTCTTCCTTACGCT-CTTTCTCAGCAGCCACCGCTTCCTCGGCTGC 179
|||||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 259 TTCGGATACTCGCTCTCCTCCTTACGCTCCTTT-TCAGCAGCCACCGCTTCCACAGCTGC 317
Query 180 AGCCGGAGCTCCTAGTAGCTCGCTTGATCCTAATCGACTAAGGAACGTGGCTGTTATAGC 239
|||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 318 AGCCGGAGCTCCTAATAGCTCGCTTGACCCTAATCGACTAAGAAACGTGGCTGTGATAGC 377
Query 240 TCATGTTGATCATGGGAAGACAACGCTTATGGACCGGCTTCTTCGTCAGTGTGGTGCTGA 299
|||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 378 TCATGTCGATCACGGGAAGACAACACTTATGGACAGGCTTCTTCGTCAGTGTGGTGCTGA 437
Query 300 TATCCCTCATGAGCGTGCTATGGATTCTATTAATCTTGAGCGTGAACGAGGGATCACTAT 359
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 438 TATCCCTCACGAGCGTGCTATGGATTCTATTAATCTTGAGCGTGAACGAGGGATCACTAT 497
Query 360 TTCTTC-AA---A--G------GTGACATCTATATTTTGGAAGGAAAACGAACTTAACAT 407
|||||| || | | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 498 TTCTTCAAAGGTATCGCCTTTCGTGACATCAATATTTTGGAAGGACAACGAACTTAACAT 557
Query 408 GGTAGACACACCTGGTCACGCAGATTTTGGTGGTGAGGTTGAACGAGTTGTTGGTATGGT 467
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 558 GGTAGACACACCTGGTCACGCAGATTTTGGTGGTGAGGTTGAACGAGTCGTTGGTATGGT 617
Query 468 TGAAGGAGCTATATTAGTTGTTGATGCTGGAGAAGGCCCTCTTGCACAGACTAAGTTTGT 527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 618 TGAAGGAGCTATATTAGTTGTTGATGCTGGAGAAGGCCCTCTTGCACAGACTAAGTTTGT 677
Query 528 TCTCGCCAAGGCCTTGAAGTACGGGCTACGACCGATTCTTCTCTTAAACAAGGTAGATCG 587
||| ||||| ||||||||||| || ||||| || || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 678 TCTTGCCAAAGCCTTGAAGTATGGACTACGCCCAATCCTTCTCTTAAACAAGGTAGATCG 737
Query 588 ACCTTCAGTCACAGAAGAGAGGTGTGATGAAGTGGAGAGTTTGGTGTTTGATCTTTTTGC 647
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 738 ACCTTCAGTCACGGAAGAGAGGTGTGATGAAGTGGAGAGTTTGGTGTTTGATCTTTTTGC 797
Query 648 AAATCT-TGGTGCTACAGAGGAACAACTAGATTTTCCGGTGCTTTATGCCTCTGCAAAAG 706
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 798 AAAT-TGTGGTGCTACAGAGGAACAACTAGATTTTCCGGTGCTTTATGCCTCTGCAAAAG 856
Query 707 AAGGGTGGGCATCTTCTACCTATACCAAAGACCCTCCTGTAGATGCAAAGAATATGGCAG 766
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 857 AAGGGTGGGCATCTTCTACCTATACCAAAGACCCTCCTGTAGATGCGAAGAATATGGCAG 916
Query 767 ATTTGCTTGATGCTGTAGTAAGACATGTTCAGCCACCAAAAGCAAACCTTGATGAGCCAT 826
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 917 ATTTGCTTGATGCCGTAGTAAGACATGTTCAGCCTCCAAAAGCAAACCTTGATGAGCCAT 976
Query 827 TTCTGATGCTGGTTTCAATGATGGAGAAGGACTTCTATCTCGGACGAATATTAACTGGAA 886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 977 TTCTGATGCTGGTTTCAATGATGGAGAAGGACTTCTATCTCGGACGAATATTAACTGGAA 1036
Query 887 GAGTAACTTCTGGAGTTGTTCGTGTTGGTGACAGAGTCAATGGGCTACGCAAAACTGATT 946
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1037 GAGTAACTTCTGGAGTTGTCCGTGTTGGTGACAGAGTCAATGGACTACGCAAAACTGATT 1096
Query 947 CCGGCTCTGAGAAAATAGAAGAAGCAAAGGTTGTGAAGCTAATGAAGAAGAAAGGTACAA 1006
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1097 CTGGCTCTGAGAAAATAGAAGAAGCAAAGGTTGTGAAGCTAATGAAAAAGAAAGGTACAA 1156
Query 1007 CCATAGTTTCAATTGACGCTGCAGGGGCTGGTGATATTATCTGTATGGCTGGTTTGGCAG 1066
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1157 CCATAGTTTCAATTGACGCTGCTGGGGCTGGTGATATTATCTGTATGGCTGGTTTGACAG 1216
Query 1067 CTCCATCGATAGGTCACACTGTGGCTAGTGCAGAGGTCACAACTGCACTCCCTACTGTTG 1126
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1217 CTCCATCAATAGGTCACACGGTGGCTAGTGCAGAGGTCACAACTGCACTCCCTACTGTTG 1276
Query 1127 AGCTGGATCCACCAACAATTTCTATGACGTTTGGTGTCAATGACTCTCC-TCTGGCTGGT 1185
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1277 AGTTAGATCCACCAACAATTTCTATGACGTTTGGTGTCAATGACTCTCCGT-TGGCTGGT 1335
Query 1186 CGGGATGGTACCCACTTAACTGGAGGGAGAATTGGGGACCGGTTAATGGCAGAAGCTGAA 1245
| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 CAGGATGGCACCCACTTAACTGGAGGAAGAATCGGGGACCGGTTAATGGCAGAAGCTGAA 1395
Query 1246 ACAAATCTTGCCATAAACGTTATTCCAGGCTTGTCAGAGTCATATGAAGTCCAAGGGAGA 1305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1396 ACAAATCTTGCCATAAACGTTATTCCAGGCTTGTCAGAGTCATATGAAGTCCAAGGGAGA 1455
Query 1306 GGAGAACTTCAACTTGGTATCTTGATTGAGAATATGAGGCGGGAAGGTTTTGAGCTCTCA 1365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1456 GGAGAACTTCAACTTGGTATCTTGATTGAGAATATGAGGCGGGAAGGTTTTGAGCTCTCA 1515
Query 1366 GTCTCACCACCTAAAGTCATGTATAAAACTGACAAGGGACAAAGGCTTGAACCAATTGAA 1425
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1516 GTCTCACCACCTAAAGTCATGTATAAAACTGAAAAGGGACAAAAGCTTGAACCAATTGAA 1575
Query 1426 GAGGTGACTATTGAGATTAATGAAGAACACGTAGGATTAGTGATGGAAGCTCTCTCCCAC 1485
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1576 GAGGTGACTATTGAGATTAATGATGAACACGTAGGATTAGTGATGGAAGCTCTCTCCCAC 1635
Query 1486 AGGCGGGCGGAAGTTATTGACATGGGCCCTGTCCCTGGAAATGATGGTAGGACGAGACTG 1545
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1636 AGGCGGGCGGAAGTTATTGACATGGGCCCTGTCCCTGGAAATGAGGGTAGGACGAGACTG 1695
Query 1546 TCACTAACTTGTCCTTCAAGAGGGT-TGGTTGGATACAGATGTGTGTTTAGCAGCGACAC 1604
||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1696 TCACTAACTTGTCCTTCAAGAGG-TCTGGTTGGGTACAGATGTGTGTTTAGCAGCGACAC 1754
Query 1605 CCGTGGAACTGGATTCATGCATCGTGCTTTCCTAACTTATGAAAAGTACCGAGGTCCGCT 1664
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1755 ACGAGGAACTGGATTCATGCATCGTGCTTTCCTAACTTATGAAAAGTACCGAGGTCCGCT 1814
Query 1665 TGGAAATGTTAGGAAAGGAGTATTGGTTTCCATGGGATTTGGTACTATTACAGCTCATTC 1724
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1815 TGGAAATGTTAGGAAAGGAGTATTGGTTTCCATGGCACGTGGTACTATCACAGCTCATTC 1874
Query 1725 TCTGATGAGTTTGGAAGCTCGTGGAATTCTCTTTGTGTCTCCGGGGCTGGATTCATATGA 1784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1875 TCTGATGAGTTTGGAAGCTCGTGGAATTCTCTTTGTGTCTCCGGGGCTGGATTCATATGA 1934
Query 1785 TGGTATGATTATCGGTGAGCATTCACGAGATACAGATCTTGATGTTAACCCAGTTAGGGC 1844
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 1935 TGGTATGATTATCGGTGAGCATTCACGAGAAACAGATCTTGATCTTAACCCAGTTAAGGC 1994
Query 1845 CAAAGAACTTACAAACATTCGCTCTGCTGGGAAAGATGAAAATGTGAAGCTATCTCCACC 1904
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995 CAAAGAACTTACAAACATTCGCTCTGCTGGGAAAGACGAAAATGTGAAGCTATCTCCACC 2054
Query 1905 TCGCCTTATGACACTAGAGGAAGCTATAGGATACGTTGCCTCAGATGAACTTATTGAGGT 1964
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2055 TCGTCTTATGACACTTGAGGAAGCTATAGGATACGTTGCCTCAGATGAGCTTATAGAGGT 2114
Query 1965 TACACCAAAGACGATTCGGTTGAGGAAAAGATGTCTAGACGTTAACAAGCGTAAATCCCT 2024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2115 GACACCAAAGACGATTCGGTTGAGGAAAAGATGTCTAGACGTTAACAAGCGTAAATCCCA 2174
Query 2025 GAGCAAACGAGCCAAAGAGTAAA--GTTATCTTCCACACTTGGCTCTCCGATTTAATTTT 2082
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| | | ||||||
Sbjct 2175 GAGCAAACGAGCCAAAGACTAAAAAGTTATCTTCCACACTTGACTCTCTGGTACAATTTT 2234
Query 2083 TACTG-AAGCTGGTTTAGTTCTTGTCACAATTCTAGAAAAAGAAAATTATTGAATATGTA 2141
|| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2235 TA-TGGAAGCTGGTTTAGTTCTTGTCACAATCCTAGAAAAAGAAAATTATTGAATATGTA 2293
Query 2142 CGA-A--CG---AGA--A-A--C-AGATTA-TATACTTATACCCAAGAAGATGCATTCTT 2188
||| | | ||| | | | ||||| || |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2294 CGAGAAACATTCAGATTATATACTAGATTCGTA-ACTTATACGCAAGAAGATGCATTCTT 2352
Query 2189 GTATTGATAACAATAAGAAGATAGATCGATCCCGATATTGTATTATCATTGTGGACCACC 2248
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2353 GTATTGATAACAATAAGAAGATAGATCGATCCCGATGCTGTATTATCATTGTGGACCACC 2412
Query 2249 GGATTTATC 2257
|||||||||
Sbjct 2413 GGATTTATC 2421
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111997415895
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5